microbiologie

PRÉSENTATION 1
microbiologie, domaine d’études s’intéressant aux organismes de taille microscopique, en particulier aux bactéries, aux
protozoaires, aux virus ainsi qu’à certains champignons (levures) et algues unicellulaires de petite taille.

La microbiologie englobe l’ensemble des disciplines biologiques qui concernent ces micro-organismes, notamment la
bactériologie, la virologie et la parasitologie. La microbiologie, qui s’est développée de concert avec la microscopie, étudie non
seulement la morphologie des micro-organismes, mais également leur mode de vie, leur métabolisme, leur structure moléculaire,
leurs éventuelles propriétés pathogènes et leurs caractéristiques antigéniques (propres à susciter une réponse du système
immunitaire).

HISTORIQUE 2
Naissance de la microbiologie 2.1
La naissance de la microbiologie correspond à la découverte, grâce au microscope, de l’existence d’une vie minuscule, notamment
dans des gouttes d’eau ou autres surfaces : c’est le naturaliste hollandais Antonie Van Leeuwenhoek qui, le premier, en 1683,
observe de tels micro-organismes (bactéries et protozoaires), qu’il baptise « animalcules ».

Essor de la discipline 2.2

Ce n’est toutefois qu’à partir de la seconde moitié du XIXe siècle que les connaissances en microbiologie évoluent vraiment, avec,
d’une part, Louis Pasteur (souvent considéré comme le père de la microbiologie moderne) et, d’autre part, Robert Koch (qui
découvre l’agent responsable de la tuberculose, le bacille de Koch). Ce développement est tout particulièrement stimulé par les
implications médicales de la microbiologie. Ainsi, les travaux des deux chercheurs et de leurs élèves permettent de mettre en
évidence un certain nombre de micro-organismes pathogènes, des bactéries, des unicellulaires parasites, etc. De plus, Pasteur, à la
suite d’une conférence donnée à la Sorbonne en 1864, fait admettre un principe capital pour l’avancement des recherches : les
micro-organismes, comme tous les autres êtres vivants, n’apparaissent pas spontanément, mais à partir de « germes » existants
(c’est le coup final porté à la théorie de la génération spontanée, controversée depuis déjà deux siècles).

Le champ de la microbiologie s’élargit, passant des bactéries et de l’ensemble des agents pathogènes microscopiques aux
champignons unicellulaires, les levures, dont Pasteur démontre le rôle dans la fermentation alcoolique.

La question de la classification des micro-organismes 2.3

La classification des micro-organismes se fonde d’abord sur leur morphologie. Les bactéries de forme allongée sont ainsi
baptisées bacilles, celles en chaînettes streptocoques. Les savants essaient ensuite de répartir l’ensemble des micro-organismes
dans les deux règnes établis par Aristote (le règne animal et le règne végétal) : en effet, si Van Leeuwenhoek les a tous qualifiés de
« petits animaux », on constate assez vite que certains ont des caractéristiques végétales (par exemple une activité de
photosynthèse). Cependant, la répartition entre les deux règnes s’avère impossible pour un certain nombre d’organismes, qui
possèdent à la fois des caractères animaux et végétaux (voir classification des espèces). Par ailleurs, les agents pathogènes
invisibles même au microscope (tel celui de la rage, étudié par Pasteur) continuent à être appelés virus.

C’est à la fin du XIXe siècle que le biologiste allemand Ernst Haeckel groupe l’ensemble des bactéries dans un règne à part, celui
des monères. Par ailleurs, diverses expériences permettent d’améliorer grandement les connaissances sur la structure des bactéries.
Ainsi, Hans Christian Joachim Gram (1853-1938) met au point la méthode de coloration qui porte son nom et permet de découvrir
l’existence de deux grands types de bactéries : celles qui réagissent positivement à la réaction (bactéries dites Gram+) ont une
paroi épaisse, tandis qu’une réaction négative signale une paroi très fine (bactéries Gram-).

XXe siècle : les grandes avancées 2.4

À la fin du XIXe siècle et au début du XXe, des microbiologistes tel le Russe Sergueï Winogradsky, considéré comme le fondateur
de l’écologie microbienne, entreprennent des recherches sur le métabolisme des bactéries (études initiées par Pasteur). Il établit
que les bactéries fonctionnent selon deux modes : l’aérobiose, qui est fondée sur la consommation d’oxygène, et l’anaérobiose,
qui permet aux bactéries de vivre dans un milieu totalement dépourvu d’oxygène. En outre, les bactéries ne synthétisent pas toutes
les mêmes protéines ni les mêmes toxines dans le milieu. Winogradsky découvre les bactéries chimiosynthétiques ; met en
évidence le rôle des micro-organismes dans le cycle de l’azote, et devient l’un des premiers à étudier les bactéries symbiotiques.

En revanche, il faut attendre le premier tiers du XXe siècle pour que les virus soient mieux connus. En effet, si, dans les années
1905, un certain nombre de microbiologistes démontrent que les maladies à virus connues sont bien dues à des agents pathogènes
minuscules et non à des toxines, les virus restent invisibles, et leur nature inconnue, jusque dans les années 1930. En 1935, un
virus est enfin isolé et cristallisé : celui de la mosaïque du tabac, par le biochimiste américain Wendell Stanley. C’est en 1938 que
des virus sont pour la première fois observés en tant que tels, avec l’invention de la microscopie électronique.

Les recherches actuelles emploient les technologies nouvelles mises à la disposition de la biologie : le microscope à balayage
électronique, les techniques de la biologie moléculaire (comme le séquençage de l’ADN), etc. Aussi la classification des micro-
organismes se fonde-t-elle aujourd’hui sur leur structure moléculaire. Ainsi, les bactéries forment l’ensemble des procaryotes,
c’est-à-dire des cellules dont le matériel génétique, sous forme d’ADN, est libre dans le cytoplasme et non inclus dans un noyau,
tandis que les autres organismes unicellulaires sont classés parmi les eucaryotes (dont le génome est enfermé dans le noyau
cellulaire). Parmi ces unicellulaires eucaryotes, on distingue les protistes (groupe réunissant les unicellulaires animaux et
végétaux) et les levures, qui sont classées dans le règne des champignons. En outre, au sein de chacun de ces groupes, une
classification plus fine a été peu à peu mise en place, en fonction de leurs caractéristiques propres. Les virus, quant à eux, forment
un monde à part, à la limite du vivant (ils ne peuvent en effet en aucune façon se reproduire par eux-mêmes, mais doivent
obligatoirement parasiter une cellule vivante).

Enfin, la découverte en 1982 des prions, par Stanley Prusiner et son équipe, a ouvert la voie à une nouvelle branche de la
microbiologie. Les prions, simples protéines dépourvues de matériel génétique, suscitent encore bien des interrogations quant à
leur mode de fonctionnement et à leur transmission.

APPLICATIONS 3
Les applications de la microbiologie sont nombreuses : industrie agroalimentaire, agriculture, environnement, médecine, etc.
Ainsi, on utilise la fermentation alcoolique que réalisent les levures pour fabriquer le pain ou la bière, la fermentation lactique
pour les fromages, etc. Dépollueurs, certains micro-organismes dégradent des substances polluantes rejetées dans la nature. Les
bactéries, ainsi que de nombreux unicellulaires eucaryotes, sont d’importants outils de la recherche génétique et permettent par
ailleurs la production en grande quantité de protéines et hormones diverses (voir organismes génétiquement modifiés).

En médecine, la microbiologie permet de comprendre les mécanismes d’infection, de développement et de survie des agents
pathogènes. Une connaissance approfondie des mécanismes aux niveaux moléculaire et cellulaire autorise en effet une lutte
efficace contre un nombre très important de maladies. Les avancées techniques permettent aujourd’hui une étude accélérée des
agents pathogènes « nouveaux » découverts chaque année. Une illustration magistrale en est le virus du sida, qui, alors qu’il n’est
identifié que depuis 1983 (la maladie elle-même n’étant connue que depuis 1981), est aujourd’hui l’un des virus les mieux connus
du point de vue de sa structure et de son fonctionnement. Citons enfin le rôle de la microbiologie dans la mise au point de
nouveaux vaccins, dans la compréhension des phénomènes épidémiologies, etc.

La microbiologie a, en outre, permis de compléter les théories évolutives, en particulier sur l’apparition des cellules eucaryotes.
Ainsi, la ressemblance structurale et moléculaire des mitochondries (organites cellulaires eucaryotes) avec certaines bactéries (qui
ont probablement été les premiers organismes à avoir peuplé la Terre) suggère que l’origine des cellules eucaryotes réside dans la
colonisation, par des bactéries, d’autres cellules (voir origine de la vie).

virologie
PRÉSENTATION 1
virologie, discipline de la microbiologie spécialisée dans l’étude des virus.

NAISSANCE DE LA VIROLOGIE 2
L’existence d’agents pathogènes plus petits que les bactéries est établie en 1892 par le chercheur russe D. I. Ivanovski, qui
travaille sur les germes responsables d’une pathologie végétale, la mosaïque du tabac. En 1898, le botaniste hollandais Martinus
W. Beijerinck les baptise virus, mot latin signifiant « poison ». Quelques années plus tard, on découvre que certains virus peuvent
se développer à l’intérieur des bactéries en les détruisant ; aussi sont-ils appelés bactériophages. À la même époque, Louis
Pasteur, après avoir montré qu’un virus est responsable de la rage, met au point un vaccin destiné à lutter contre cette maladie.

VIROLOGIE MODERNE 3
En 1935, le biochimiste américain Wendell Meredith Stanley réussit à isoler le virus de la mosaïque du tabac et à démontrer qu’il
est uniquement composé de matériel génétique, sous forme d’acide ribonucléique (ARN), et d’une enveloppe protéique. Mais ce
n’est qu’à partir des années quarante que l’on peut observer les virus, grâce à l’apparition du microscope électronique. Puis, grâce
aux centrifugeuses à haute vitesse, les microbiologistes parviennent à les concentrer et les purifier. L’étude des virus franchit une
étape essentielle dans les années cinquante, avec la mise au point de méthodes permettant la culture de cellules autorisant la
réplication virale. De nombreux virus sont ainsi découverts et, dans les années 1960 et 1970, les virologistes déterminent les
caractéristiques physiques et chimiques d’un grand nombre d’entre eux.

RECHERCHES ACTUELLES 4
L’étude des virus et des interactions avec les cellules hôtes continue de faire l’objet de nombreuses études en microbiologie.
Petites structures très simples à l’échelle du vivant, les virus demeurent d’une incroyable complexité à l’échelle de la molécule.
Ce sont donc des modèles de première importance pour étudier un grand nombre de mécanismes biologiques. Par exemple,
l’existence de l’ARN messager (ARNm) fut découverte au cours de travaux sur la réplication des bactériophages dans les
bactéries. L’étude des bactériophages a aussi été fondamentale dans la compréhension de l’utilisation de l’information génétique
par les cellules. La virologie tient également une place centrale dans les recherches de génie génétique et de thérapie génique,
domaines qui utilisent des vecteurs viraux pour intégrer des gènes dans des cellules.

parasitologie
PRÉSENTATION 1
parasitologie, étude des parasites, en vue de mettre au point des traitements efficaces contre les maladies qu'ils provoquent
(parasitoses). Celles-ci touchent actuellement plusieurs centaines de millions de personnes, principalement dans les pays en
développement et dans les régions tropicales.

HISTORIQUE 2
La parasitologie actuelle plonge ses racines au milieu du XVIIe siècle, lorsque Francesco Redi découvre que les ascaris (vers
parasites du système digestif des vertébrés transmis par les aliments) pondent des œufs et naissent, non pas de novo, mais de
parents les ayant précédés (Redi est l’un des premiers à contester la théorie de la génération spontanée). Peu à peu, les
connaissances sur la morphologie des parasites progressent avec les travaux de Réaumur en France, Pallas en Russie, Goeze en
Allemagne. Mais c'est Pasteur qui, en imposant la notion de la nature vivante des germes, donne son véritable essor à la
parasitologie.

Dès lors, les découvertes se multiplient : en 1875, Loesch découvre l'amibe dysentérique et son rôle pathogène ; en 1880,
Alphonse Laveran identifie l'hématozoaire du paludisme et quinze ans plus tard, Ronald Ross montre que sa transmission passe
par les moustiques du genre Anopheles (les anophèles).

MISE AU POINT DES TRAITEMENTS 3

Si les Indiens du Pérou combattaient déjà le paludisme grâce à l'écorce de quinquina, sa prophylaxie doit attendre la découverte,
en 1939, des propriétés insecticides du DDT, qui a permis de lutter contre les moustiques vecteurs. Les parasites transmis par des
insectes (comme le trypanosome responsable de la maladie du sommeil, ou les filaires responsables des filarioses) sont alors
presque anéantis. Mais quelques décennies d'utilisation massive de ces produits suffisent à rendre résistants certains parasites (voir
antiparasitaires ; antipaludéens).

De ce fait, la parasitologie s'oriente aujourd'hui vers d'autres modes de destruction, telle la lutte biologique, ou encore un vaccin
propre à chaque type de parasitose. Cette piste prometteuse s'appuie sur le dépistage des maladies parasitaires et sur leur
compréhension au niveau cellulaire. Mais elle rencontre deux obstacles : les parasites ont peu à peu développé des défenses contre
le système immunitaire de leur hôte et ils existent souvent sous plusieurs formes.

virus (biologie)
PRÉSENTATION 1
virus (biologie), micro-organisme constitué essentiellement d’un acide nucléique entouré d’une coque protéique, parasite
intracellulaire obligatoire, souvent agent de maladies, bénignes ou graves. Actuellement, plusieurs milliers de virus ont été
recensés. La virologie est le domaine de la microbiologie qui s’intéresse aux virus.

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES 2
La principale caractéristique d’un virus est liée à son incapacité à se reproduire seul : obligé d’infecter des cellules, il utilise le
matériel de transcription et de traduction de la cellule hôte pour ses propres besoins. Il doit en effet synthétiser des protéines dont
le code est contenu dans son propre matériel génétique. Ces protéines jouent un rôle dans la construction des nouveaux virus
auxquels il donnera naissance ou permettent la réplication de l’acide nucléique viral. Les virus sont donc des parasites
intracellulaires obligatoires.

Les virus sont composés soit d’acide ribonucléique (ARN), soit d’acide désoxyribonucléique (ADN) — jamais les deux
simultanément —, d’une coque protectrice appelée capside, constituée de protéines seules ou combinées à des glucides, et parfois
entourés d’une membrane plasmique provenant d’une cellule hôte dont le virus est sorti, assemblage de phospholipides et de
protéines. L’acide nucléique est généralement constitué d’une seule molécule, soit à simple brin, soit à double brin qui, chez
certains virus, peut être segmentée en deux ou trois morceaux.

TAILLE ET FORME 3
La taille et l’aspect des virus sont très variés, mais ils ont pour caractéristique commune d’avoir des dimensions extrêmement
réduites : à quelques exceptions près, ils ne sont observables qu’au microscope électronique — alors que les micro-organismes de
plus grande taille, telles les bactéries, sont visibles au microscope optique.

De nombreux virus ont une forme pseudosphérique très simple sans aucune symétrie, dont le diamètre varie entre 60 et
300 nanomètres (1 nm équivaut à 1/1 000 000 mm). Les plus petits, dont la forme est icosaédrique (polygones à vingt côtés),
mesurent entre 18 et 20 nm de large. Certains bactériophages portent, outre cette structure, une sorte de queue qui leur permet
d’injecter leur génome à l’intérieur de la bactérie qu’ils infectent. Les plus longs virus sont les virus en bâtonnet, dont certains
peuvent atteindre plusieurs microns (1 µm équivalant à 1/1 000 mm) de longueur, mais mesurent généralement moins de 100 nm
de large.

Le plus gros virus connu à ce jour, identifié début 2003 par une équipe de l’Université de la Méditerranée (Marseille), atteint la
taille de petites bactéries. Baptisé mimivirus (pour mimicking-microbe virus, « virus imitant un microbe » — le terme microbe
étant compris ici dans le sens de bactérie), il infecte des amibes et se présente sous la forme de particules icosaédriques de 400 nm
de diamètre, entourées de fibrilles atteignant 80 nm de long. Ces dimensions en font l’un des seuls virus (avec les poxvirus) à être
visible au microscope optique. Le mimivirus est également particulier par son génome : beaucoup plus gros que celui des autres
virus connus, celui-ci renferme plus de 1 200 gènes (autant que certaines bactéries) ; on pense que son fonctionnement est plus
complexe, et qu’il pourrait être capable de réguler la synthèse des protéines imposée à sa cellule hôte.

CYCLE VIRAL 4
Contamination 4.1
Les diverses modalités de la contamination dépendent à la fois du virus et de l’hôte. Les virus végétaux se transmettent le plus
souvent par des insectes, parfois par le frottement des feuilles, la plante contaminée infectant l’autre de proche en proche. La
plupart des contaminations virales chez l’homme et chez les animaux proviennent des voies respiratoires (virus de la grippe ou de
la rougeole) ou sexuelles, ou se produisent par transmission du virus de la mère à l’embryon à travers la barrière placentaire. Un
grand nombre d’infections (la rage, par exemple) sont consécutives à des morsures d’animaux ou à des piqûres d’insectes (virus
de la fièvre jaune). Le mode de contamination par contact, rare, ne concerne guère que les papillomavirus.

Une fois l’hôte infecté, le virus peut pénétrer à l’intérieur des cellules. Des modes de reconnaissance spécifiques faisant intervenir
à la fois la capside virale et la membrane cellulaire sont indispensables à la contamination. Cela explique pourquoi chaque virus
n’envahit qu’un type particulier de cellules, spécifique. Par exemple, le VIH infecte les lymphocytes T4 grâce aux récepteurs CD4
situés à la surface de ces derniers.

Réplication virale 4.2

Après reconnaissance de la cellule par le virus et entrée du génome viral, la réplication de ce dernier peut commencer. Les virus,
qui ne contiennent pas les enzymes et les précurseurs métaboliques indispensables à leur réplication, doivent utiliser pour leurs
propres besoins ceux de la cellule hôte qu’ils envahissent, de même que le matériel transcriptionnel et traductionnel de la cellule
(ARN de transfert, bases, acides aminés, et énergie sous forme d’ATP). Le mode de reproduction des virus, extrêmement varié,
repose essentiellement sur le fait que le matériel génétique du virus peut être de l’ADN ou de l’ARN, simple ou double brin. Par
comparaison, le matériel génétique des cellules eucaryotes ou procaryotes (bactéries) n’est constitué que d’ADN double brin, et
son mode de réplication est unique.

Si le génome est constitué d’ADN double brin, il passe d’abord dans le noyau (s’il infecte une cellule eucaryote), où il constitue
une sorte de chromosome surnuméraire, qui pourra être transcrit en ARN messager (ARNm). Dans le cas de cellules procaryotes,
ce matériel supplémentaire reste libre dans le cytoplasme (tout comme celui de la bactérie infectée). Dans certains cas, son mode
de réplication est similaire à celui de la cellule hôte (cas du bactériophage lambda) ; dans d’autres, il est complètement différent,
passant par une étape intermédiaire d’ARN cytoplasmique, qui servira de modèle à la formation de nouveaux génomes viraux (cas
du virus de l’hépatite B).

Les rétrovirus constituent un groupe à part : leur génome, constitué d’ARN, est tout d’abord transcrit en ADN (on parle de
rétrotranscription, car elle se fait dans le sens inverse de la transcription classique — ADN vers ARN). Le double brin d’ADN issu
de ce processus s’intègre ensuite à l’ADN du noyau de la cellule hôte. Les autres virus à ARN présentent plusieurs modalités de
réplication, selon qu’ils sont double ou simple brin. Dans tous les cas, les enzymes qui permettent soit de synthétiser de l’ARN à
partir d’ADN, soit de l’ADN à partir d’ARN (transcriptase inverse des rétrovirus), sont indispensables et doivent donc être
synthétisées à partir du génome viral, puisqu’elles n’existent pas dans les cellules, avant d’être utilisées pour la réplication du
virus. L’ADN d’un rétrovirus, intégré dans le génome de la cellule hôte, fait partie de son matériel génétique : on l’appelle alors
provirus. Le génome viral est exprimé tout au long de la vie de la cellule, qui devient une sorte d’usine à virus. De plus,
l’intégration du génome viral dans l’ADN cellulaire peut conduire à la cancérisation de la cellule.

En même temps que se réplique le matériel génétique du virus, les protéines nécessaires à la formation de la capside sont
synthétisées, par le procédé « classique » de transcription en ARNm, puis de traduction de ce dernier. Lorsque l’acide nucléique a
été multiplié un grand nombre de fois (jusqu’à plusieurs dizaines de milliers de copies) et que les unités protéiques constituant
l’enveloppe virale sont synthétisées, ces composés s’auto-assemblent selon un mécanisme encore inconnu et forment de nouveaux
virus. Ainsi, un seul virus peut en générer des milliers d’autres.

Libération 4.3
À la suite de l’assemblage de leurs composants, les virus s’agglomèrent dans le cytoplasme, sous la surface de la membrane
cellulaire. Pour certains, le processus de libération s’accompagne d’une destruction de la cellule infectée. C’est le cas des
bactériophages, dont la sortie provoque la lyse des bactéries infectées. Pour d’autres, des bourgeons se forment sur la membrane
cellulaire sans détruire la cellule, et les virus sortent, emportant le bout de membrane plasmique qui les entoure. L’infection peut
alors être silencieuse — c’est-à-dire que les virus se répliquent à l’intérieur de la cellule sans l’endommager. Cependant, même
lorsque la sortie des virus a lieu par bourgeonnement, il peut s’ensuivre une destruction cellulaire (par exemple, lorsque les copies
virales, trop nombreuses, provoquent une multitude de perforations dans la membrane cellulaire qui n’a pas le temps de se
régénérer).

VIRUS ET SANTÉ 5
Il existe des centaines de virus qui peuvent provoquer des maladies très diverses chez toutes les espèces vivantes (Voir aussi
maladies animales). Chaque virus est spécifique d’une ou de plusieurs espèces proches.

La majorité des infections virales se traduit simplement par une légère fatigue ; ainsi, le rhume est une infection virale qui affecte
chaque année des millions de personnes. D’autres infections entraînent des complications plus ou moins graves dues au virus lui-
même ou à une infection bactérienne opportuniste. C’est le cas des virus de la grippe, de la rougeole, des oreillons, des boutons de
fièvre (ou herpès), de la varicelle, du zona, des verrues et des hépatites. Enfin, certaines contaminations posent un problème très
grave, car elles sont mortelles à court terme ; c’est le cas de la rage, des fièvres hémorragiques, de l’encéphalite, de la
poliomyélite et de la fièvre jaune. Des virus et des cytomégalovirus peuvent être à l’origine de malformations congénitales ou
provoquer la mort du fœtus. Le virus de la rubéole, par exemple, le plus souvent bénin, peut passer totalement inaperçu ; en
revanche, il provoque de graves malformations chez l’enfant s’il touche une femme enceinte. C’est la raison pour laquelle la
vaccination antirubéolique des fillettes est indispensable.

Le sida est provoqué par un rétrovirus. Il existe également des virus liés aux cancers humains comme le HTLV, mais le virus de
l’hépatite B (VBH) peut également être responsable de cancers du foie, de même que certaines formes de papillomavirus
pourraient jouer un rôle dans la cancérogenèse. La recherche contemporaine découvre les effets d’autres virus sur l’apparition de
certains types de cancer et de maladies chroniques comme la sclérose en plaques et d’autres maladies dégénératives.

TRAITEMENT ET PROPHYLAXIE 6
La vaccination est actuellement la seule méthode efficace dans la prévention des maladies virales. Elle permet de renforcer les
défenses immunitaires de l’individu contre un microbe, en injectant ce microbe sous une forme qui n’est plus pathogène (qui ne
provoque pas la maladie) ou qui ne peut se répliquer. La vaccination protège l’organisme contre le virus qui a servi à fabriquer le
vaccin.

Il n’existe pas de traitement totalement efficace contre les infections virales, car aucun médicament n’est en mesure de détruire
spécifiquement les virus sans entraîner d’effets secondaires sur l’organisme. Les antiviraux entravent la réplication de l’acide
nucléique viral, soit en agissant sur les enzymes de synthèse, soit en bloquant cette réplication par l’utilisation d’analogues des
précurseurs des acides nucléiques. Ce sont des virostatiques, dénommés ainsi car ils empêchent l’infection, sans détruire les virus
ou les cellules hôtes.

On a fondé beaucoup d’espoir sur l’interféron, une protéine non toxique synthétisée par certaines cellules animales infectées par
des virus, car il est produit par les cellules elles-mêmes ; cependant, il n’est encore utilisé que dans le traitement des hépatites
chroniques, et permet de protéger les cellules proches des cellules infectées contre une contamination virale.

VIRUS ET RECHERCHE 7
La recherche sur les virus s’intéresse, d’une part, à leur mécanisme de réplication, dans le but de pouvoir stopper leur
développement et d’éliminer ainsi les maladies virales, et, d’autre part, à comprendre comment les virus reconnaissent les cellules
qu’ils infectent afin d’éviter cette infection. L’étude des maladies virales a également permis de mieux appréhender la réponse
immunitaire face aux agents infectieux.

Les virus peuvent être utilisés pour injecter dans les cellules de nouveaux gènes que ces dernières ne possédaient pas. Ainsi, en
construisant des virus chimères contenant à la fois une partie du matériel génétique viral, mais non pathogène, et un gène
extérieur, on peut transformer des cellules, voire des organismes entiers, si les cellules infectées sont des cellules embryonnaires
(voir organismes génétiquement modifiés). Cette technique a été utilisée pour modifier des plants de tabac en les infectant avec un
virus de la mosaïque du tabac chimère, ou des bactéries avec le bactériophage lambda.

Elle pourrait également être mise en œuvre dans le cadre de la thérapie génique, qui vise à introduire un gène dans des cellules
pour traiter une maladie due au déficit ou au dysfonctionnement d’un gène essentiel. En effet, en utilisant un virus chimère qui
infecterait ces cellules, on pourrait y introduire un exemplaire fonctionnel du gène voulu. Pour certains cancers du poumon, cette
méthode est au stade des essais cliniques.
Malgré des résultats encourageants, publiés en septembre 1996, la méthode n’est encore ni utilisable à grande échelle ni
généralisable. Il n’est pas exclu, par exemple, qu’un virus rendu totalement inoffensif puisse redevenir pathogène à la suite d’une
série de mutations.