Utilisation d’Osirix

J.P. Chemla

jeudi 15 décembre 11
 Plan
• Présentation d’Osirix
• Manipulation d’images 2D/4D
• Manipulation d’images 3D
• Communications
• entre postes
• avec un serveur PACS
jeudi 15 décembre 11
 Osirix
• caractéristiques :

• Open source

• pour Mac

• ouvert aux plug-in tiers

• histoire :

• projet académique de l'hôpital de Genève

• 40 000 utilisateurs réguliers identifiables

jeudi 15 décembre 11
 Fonctionnement
• Dossier Osirix Data :
• utilise un base de données SQLite (fichiers sql)
avec les statuts, rapports, commentaires..
• ajout de fichiers :
ajout des
Fichiers enregistrements
(CD, dossier INCOMING) base de données

Dicom parser

Réseau Dicom
Fichiers DATABASE
Listener
dicom ou lien

jeudi 15 décembre 11
 • Dossier ROI : images Dicom générées par Osirix (avec
les ROI)

• Dossier REPORTS : les rapports (la base ne contient

que le lien vers ces fichiers)

• On peut gérer plusieurs Dossiers «Osirix Data»

• Possibilité de reconstruction de la base de données

(long) - (shift+alt à l’ouverture)

• Fichier préférences :
~/Library/Preferences/com.rosetantoine.osirix.com

• Possibilité d’auto-nettoyage des vieilles études

jeudi 15 décembre 11
 • On peut voir (et modifier éventuellement)
les champs Dicom des images

• Création d’albums manuels ou intelligents :

le filtre se fait sur la base (pas les champs
Dicom) mais on peut affecter au
commentaire un des champs Dicom

jeudi 15 décembre 11
 Workflow classique
• Query and Retrieve (serveur Pacs)

• Enregistrement en local

• Affichage

• Post Processing

• génération d’un rapport et/ou images

secondaires

• Renvoyer sur le Pacs

jeudi 15 décembre 11
 Manipulations de base
• ouvrir un patient (exemple : Wrix)

• Afficher un série d’un patient

• composition de la fenêtre, défilement des

images de la série avec la molette

• ouvrir 2 séries en même temps : traits verts

pour situer l’image d’une série sur l’autre série

• Visualisation des méta-données DICOM

jeudi 15 décembre 11
 Visualisation 4D

• ouvrir Fivix puis la série de 810 images

• choisir visualisation 4D (si besoin, modifier
la barre d’outils)
• faire jouer le temps en continu. La molette
permet de choisir la coupe pendant que le
temps défile

jeudi 15 décembre 11
 Sous-sélection d’images
• Choisir un patient (ex: Pelvix)
• appuyer sur touche ‘alt’ puis cliquer sur
visualisation 2D : on peut choisir l’image de
départ, l’image de fin et l’échantillonnage (1
image sur 2 par exemple)
• La série ainsi obtenue est moins
gourmande en espace mémoire

jeudi 15 décembre 11
 Modification de visualisation
• Une fois une image d’une série à l’écran, les réglages possibles
sont :

• fenêtrage : NF/LF pour choisir dans les niveaux de gris codés

sur 16 bits (souvent le cas) ceux qui seront représentés à
l’écran. (faire un cliquer-glisser vertical ou horizontal) Certains
réglages sont accessibles : pulmonaires (pour avoir des détails
dans les zones sombres), densité osseuse (pour avoir des
détails dans les zones claires)

• zoom, rotation

• zoom local (shift)

• traduction des niveaux de gris en fausses couleurs (CLUT)

jeudi 15 décembre 11
 Fusion de séries d’images
• Choisir le patient Wrix

• ouvrir les 2 séries AxialT1 et

Stir Corr. RT.

• faire glisser la mini-icone de

la barre de titre de la
seconde série sur la première
série. Choisir fusion d’images

• Les 2 modalités sont

visualisées en même temps
(voir image ci-contre)

jeudi 15 décembre 11
 • Fusion d’images : sur VOLUMERGE,
fusionner 2 séries puis aplatir l’image.

• Filtres de convolution : essayer sur un

patient différents filtres. cela ne modifie pas
les images DICOM d’origine. On peut par
contre enregistrer une nouvelle série

jeudi 15 décembre 11
 ROI : Régions d’intérêt
• On peut tracer des carrés, flèches, ronds, polygones etc.. sur les
images (ces objets sont ajoutés sur les images et ne modifient pas
les images DICOM). Cela peut servir à mesurer (distances, angles
surfaces...)

• Si on veut ajouter ces dessins sur toutes les images d’une série :
shift+clic

• Supprimer toutes les ROI : cmd+delete

• On peut marquer certaines images comme images clés

• Une fois ces ROI et images clés créées, on peut enregistrer une
nouvelle série (exporter DICOM)

jeudi 15 décembre 11
 Curved MPR
• Ouvrir le patient Incisix,

• Choisir Curved MPR 2D

• tracer une courbe qui

suit les dents

• on obtient sur une

image avec toutes les
dents

jeudi 15 décembre 11
 Calcul de volume
• Par exemple sur le • Puis choisir ROI3D,
patient MACOSIX en calcul de volume
prenant 1 image / 3
• Visualiser la série
• Sur une série d’images, d’image en 3D rendu
tracer un polygone volumique
fermé autour d’un
organe (exemple : le
foie) sur quelques
• chercher «gestionnaire
ROI» et choisir à
images visualiser le volume
précédent, placé dans la
visu 3D

jeudi 15 décembre 11
 Outils 3D
• Exemple : Cardix • rogner et utiliser les
ciseaux pour n’avoir plus
• choisir 3D rendu que le coeur de
représenté
volumique

• choisir le fenêtrage pour • Sur un autre patient,

avoir les densités
choisies visualisées
(exemple : coeur /
vaisseaux)
(ex: Anurix), choisir low
contrast et voir
l’utilisation de la
suppression des os dans
la visu 3D

jeudi 15 décembre 11
 Editeur de CLUT 16bits
• Sur PELVIX, faire une
visualisation 3D

• choisir éditeur CLUT

16bits puis créer 2 ou
trois courbes pour avoir
avec des couleurs et des
transparences
différentes les tissus
mous, les os et les
broches

jeudi 15 décembre 11
 Recalage 3D
• Sur les deux patients
PELVIX (même patien avant
et après la pose de broches)

• ouvrir les deux séries

d’images. Faire 3 points
(ROI) aux mêmes endroits
dans les 2 séries

• faire glisser la mini-icone

d’une série sur l’autre et
choisir recalage basé sur les
points

jeudi 15 décembre 11
 Extraction de volume
• sur le patient carcinomix • Enfin faire le calcul de
volume
• Choisir ROI-> région de
croissance (3D,
intervalle), cliquer au
centre du carcinome
puis calculer

• pour éviter les ‘trous’,

choisir ROI->ROI
brosse-> fermeture

jeudi 15 décembre 11
 Endoscopie virtuelle
• Choisir le patient
colonix
• Outils 2D/3D->
endoscopie
• Positionner l’endoscope
jeudi 15 décembre 11
• Pour faire un film qui
simule un déplacement,
utiliser fly thru
(mémoriser les positions
successives) puis jouer le
film.
jeudi 15 décembre 11