Session des quatre premiers posters

JIG2007 - 3
mes
Journes Internationales sur lInformatique Graphique 62
Reconnaissance de Caryotype Humain
Par Descripteur de Fourier

N. Ben messaoud, N. Boughanemi
Dpartement dElectronique
Universit des Sciences et de la Technologie dOran (USTOMB)
USTO- BP. 1505 Oran El Mnaouer 31 000 ORAN
Algrie
nab232003@yahoo.fr, boug_nabil@yahoo.com



Rsum 2. Problmatique
La reconnaissance de caryotype humain sert faire
une classification des chromosomes de la plaque
mtaphasique afin dy arriver attribuer chaque
chromosome sa classe approprie en se basant sur des
critres pertinents.
Ce prsent travail consiste dvelopper un systme de
reconnaissance de caryotype humain, qui consiste
passer par plusieurs tapes afin dy arriver attribuer
chaque chromosome dans la classe qui lui est appropri
(dans notre cas 24 classes correspondants aux classes
des chromosomes humain) et cela en appliquant un
descripteur de forme (descripteur de Fourier), et autres
primitives morphologiques.
Ce travail sintgre dans la ralisation des systmes
daide aux diagnostics dans la biologie gntique.

Mots cls chromosome, caryotype, classification,
descripteur de Fourier, point critique, reconnaissance
sparation des chromosomes.

1. Introduction

Le traitement et lanalyse dimage par ordinateur
occupent par ailleurs une place importante dans le
domaine mdical et biomdicale et deviennent de plus en
plus populaire dans plusieurs domaines de biologie et
mdecine [1].
Cette fin de sicle a vu le franchissement dune
tape importante pour la reconnaissance de notre
biologie et ces trente dernires annes, le gnome
humain a fait lobjet dtudes trs importantes qui ont
entran un vritable progrs scientifique et mdical [2].
Nous considrons ici un des applications danalyse
dimages dans la biologie gntique, concernant la
reconnaissance de caryotype humain qui ncessite la
classification des chromosomes humains en 24 classes
correspondant au nombre de classe chez lhomme saint
. L'analyse de chromosome est importante dans
beaucoup de situations comme l'examen prnatal
d'amniocentses, Dtection des maladies malignes telles
que la leucmie, surveillant des mutations
environnementales de gne, etc. Le " caryotype " humain
normal ou l'ensemble de chromosomes se compose de
22 paires ou " autosomes " homologues et une paire de
chromosomes de sexe.

Dans notre systme nous devons traiter aussi les
cas ou les chromosomes se touchent ou se chevauchent
en appliquant la mthode des points critiques et celle de
la transformation daxe mdian (MAT) [3,4], comme on
applique une classification base sur lutilisation de
descripteur de Fourier sur la signature de forme de
chaque chromosome isol aprs les avoirs sparer
chacun dans une image.















Aprs un prlvement sur l'individu, ses
cellules (souvent des lymphocytes obtenus par un
Prlvement sanguin) sont mises en culture in-vitro) et
appliquant plusieurs techniques de colorations le
cytognticien arrive capter des images mtaphasiques
dans lesquelles les chromosomes sont disperss, Par
consquent nous pouvons nous demander :
Comment peut on y arriver attribuer chaque
chromosome dans sa classe appropri ?
Quelles sont les caractristiques discriminantes
appropries dans la classification ?
Quel est le classifieur utilis ?
Comment peut on traiter le cas o les chromosomes se
touchent ou se chevauchent ?


1
2
3
Classe 1
Classe 2
Classe 23
Classe 24
Classe 1
Classe 2
Classe 23
Classe 24
Prparation des images
mtaphasiques
T
r
a
ite
m
e
n
ts
d
e
s
im
a
g
e
s

m

ta
p
h
a
s
iq
u
e
s
Classification des
chromosomes
Reprsentation par
un caryotype

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3 . Systme de reconnaissance de caryotype
humain

La reconnaissance de caryotype, vise le traitement
et l'interprtation des images mtaphasique afin d y
arriver associer chaque chromosome sa propre classe.
Tout systme de reconnaissance de caryotype humain se
compose de trois modules essentiels (voir figure 1)
















1- Le premier module est constitu dimages
chromosomiques brutes qui sont photographi au niveau
de laboratoire de cytogntique, dans notre cas les
images mtaphasiques utilises sont issues de laboratoire
de gntique molculaire de dpartement de
biotechnologie au niveau de notre universit (USTO).

2- Le deuxime module constitue les diffrentes
mthodes appliques pour extraire les caractristiques
des chromosomes dans notre cas le calcul du descripteur
de Fourier de signature de forme de chaque chromosome
de la plaque mtaphasique ainsi que les caractristiques
morphologique telles que la taille et la position du
centromre pour chaque chromosome.


3- Le dernier module consiste faire une classification
de chromosomes de la plaque mtaphasique dans des 24
classes en se basant sur des connaissances dj acquises
en appliquant un type de classificateur dans notre cas on
utilise une distance euclidienne et un rseau de neurone
MLP.

4 . Prtraitement des images
chromosomiques

Avant de procder lextraction de caractristiques
et lapplication de signature de forme et le calcul des
coefficients de Fourier nous devons amliorer la qualit
de nos images en liminant le bruit et en galisant
lhistogramme des niveaux de gris.

Images
chromosomiques
Classe1,.,
Classe23


Extractio
Dcision
Reconnaissance
X X X
1 2 3 4 5
Figure 1 : Les modules constituants le systme de
reconnaissance de caryotype humain
Dbut
Dbut
Lecture de limage
Lecture de limage
Egalisation dhistogramme
Egalisation dhistogramme
Filtrage (moyenneur)
Filtrage (moyenneur)
Seuillage
Seuillage
Ouverture
Ouverture

Fin
Figure 2 : Organigramme de prtraitement
Image aprs galisation
dhistogramme
Image aprs Filtrage
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5. Segmentation des images mtaphasiques

Est ltape la plus difficile et la plus importante elle
ncessite la dtection des chevauchements de
chromosome et de les sparer en passant par isolement
et la dtection des points intressants (points critiques
afin dy arriver extraire les lignes de sparation,
ensuite une orientation des chromosomes sera faite et
cela verticalement pour pouvoir par suite appliquer une
mthode de dtection de la position du centromre qui
sera par suite utilise comme caractristique.







































.
















Image aprs seuillage
Image aprs ouverture
Orientation des chromosomes
1
Calcul de P et Q et C
Calcul de DF
Classement des chromosomes
Fin


Application de point critique
Seuillage de chromosomes isols
Isolement de chromosome
Extraction de contour de chaque
chromosome isol
Pour chaque chromosome i
P chrom
i>PCG
N O
Chevauchement
N O
Application de MAT
1
Figure 3 : Un exemple de prtraitement dune
image chromosomique
Figure 4 : Organigramme gnral de notre systme de
reconnaissance de caryotype y compris la segmentation

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5.1 Isolement des chromosomes

Afin de prparer les images de mtaphases la
procdure de sparation, nous avons utilis une
segmentation inspire de la mthode dtiquetage en
composantes connexes ; cette tape permet de donner
chacun des objets chromosomiques (chromosomes
seuls, deux chromosomes se touchant ou se
chevauchant), une valeur de niveau de gris et son
principe est de balayer toute limage seuille et quand
nous trouvons un pixels noir cela veut dire que nous
venons de dtecter un objet et nous affectons cet
objet un niveau de gris par exemple 100 et pour tous
les autres pixels trouvs durant le balayage de
limage on test si cest voisin de pixels prcdent
(voisinage de 8) si oui nous lui affectons le mme
niveau de gris sinon nous le dclarons comme tant un
objet numro 2 et nous incrmentons le niveau de gris
101 et la procdure se rpte jusqua ce que nous
terminons le balayage de toute limage qui nous
indique la dtection de tous les chromosomes de
limage mtaphasique et comme a nous venons
dtiqueter tous les chromosomes avec un niveau de
gris diffrent, ensuite nous affichons chaque
chromosome dans une image appart, et comme a nous
venons disoler les chromosome pour pouvoir les
traiter sparment et en mme temps.

























5.2 Traitement de cas des chromosomes qui se
croisent ou se touchent

La sparation des chromosomes qui se croisent
ou se touchent est une tache primordiale avant de
passer la classification et plusieurs travaux ont t
effectus dans ce cas [5, 6, 7, 8], celui que nous avant
appliqu est une combinaison entre la mthode de
[5,6,] qui ncessite de calculer les points critiques de
chromosomes qui se croisent ou se touchent ensuite on
extrait les points concave et on construit un ensemble
de paire de point reprsentant les lignes de sparation
ensuite une limination de quelques paire sera faite en
se basant sur le critre de distance entre deux points de
chaque paire et langle mesur mais le nombre de ligne
de sparation reste toujours grand cest pour a nous
avons appliqu la mthode de [3] qui utilise la
transformation daxe mdian (MAT) base sur la
squelettisation et chaque cas ( croisement,
chromosomes touchants) est trait sparment.

5.3 Calcule de points critiques

La mthode que nous avons applique est celle de
Zhu Chirlain (voir figure 6)

























Figure 5 : Isolement de chromosomes
Binarisation
Isolement
Extraction de contour de
chromosomes isols
Lecture de limage
Dtection des contours
Calcul des M points Calcul des points
Combinaison des M points
Calcul du niveau critique de chaque
Elimination des points faible niveau
Affichage des points critiques
Dbut
fin

:
,
Figure 6 : Algorithme de points critiques
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5.4 La transformation daxe mdian (MAT)
MAT est largement rpandue comme
transformation commode pour les objets ovales, par
exemple, dans la reconnaissance de caractres ou
l'analyse de chromosome o la largeur des objets
contient peu l'information utile. MAT prserve les
proprits topologiques de l'objet [4] la mthode que
nous avons opt pour est la squelettisation de Zhang-
Suen














5.4.1 Application de MAT pour la sparation des
chromosomes

Pour le cas de croisement nous avons calcul le
points dintersection des deux chromosomes en
balayant limage par un masque de 3x3 est le point
dintersection sera celui qui a plus de trois voisins
ensuite pour dtecter les vraies lignes de sparation
nous avons calcul les distances entre le point
dintersection et les points concaves calculs
auparavant et les quatre petites distances seront
considres comme tant les vraies points de coupes,
dans le cas de chromosomes touchant nous calculons
le point de forte courbure de squelette et nous calculons
aussi les distances entre ce point et dautres points
concaves et comme a nous arrivons dtecter deux
points de coupe.







Points
Points
concaves
concavesco
Points Points
concaves
concavesco
Figure 7 : Exemples sur calcule des points
critique et concaves
Points
concaves
Lignes de
sparation
Points
concaves
Lignes de
sparation
possibles
Figure 8 : Exemples de construction de points critiques

Squelettisation et superposition
Figure 9 : Application de MAT sur image
chromosomique
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6. La reconnaissance des chromosomes par
descripteur de Fourier

6.1 Descripteur de Fourier

Les descripteurs de Fourier sont utiliss dans notre
travail comme caractristiques dans la reconnaissance des
chromosomes, chaque chromosome est reprsent par des
coefficients de Fourier (voir formules 1, 2,3).









Comme on peut restituer notre forme (chromosome)
initiale en appliquant les formules 4, 5







N : est le nombre de point de contour de chromosome

















6.2 Classification des chromosomes par
descripteur de Fourier

Dans les premiers tests que nous avons
appliqu nous avons utilis la mthode de template
matching en calculant une distance euclidienne
entre les coefficients de Fourier de chromosome
que nous voulons classer et ceux des autres
chromosomes de limage chromosomique et le
chromosome homologue de celui que nous
voulons classer sera celui dans lerreur de distance
est minimale.



1
2 3 4 5 6 7 8
1
1
1
1
1 1 1
1
1
1 2
2 2
2
2
2 2
2 2
3 3 3 3 3
3 3
3 3 3
4
4 4 4 4 4
4

Le
Le squelette
Le point dintersection

Les vraies lignes de
sparation
Le point de forte
courbure
La ligne de sparation
) 2 exp(
1
1
km j z
N
Z
N
k
k m
=

=
) / 2 exp(
1
) (
1
0
N mn j x
N
n a
N
m
m
=

=
) / 2 exp(
1
) (
1
0
N mn j y
N
n b
N
m
m
=

=
(1)
(2)
(3)
) / 2 exp( ) (
1
0
N mn j b m y
N
n
n

=
=
(4)
(5)
Numro de
chromosomes
) / 2 exp( ) (
1
0
N mn j a m x
N
n
n

=
=
Figure 10 : Sparation des chromosomes par MAT
Nombre de
coefficient
Descripteur de Fourier de la
signature de formes de tous
les chromosomes
Figure 11 : Les 128 coefficients de Fourier de 46
chromosomes dune image mtaphasique
Figure 12 : Chromosomes de la base utilise
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Chromosome 2 classer correspond chromosome
1(bonne classification)

Chromosome 4 classer correspond chromosome 3
(bonnes classifications)


7. Conclusion

Dans notre exprimentations effectus pour la
reconnaissance des chromosomes par descripteur de
Fourier nous avons arriv jusquau 65% de bonne
classification et notre travail nest pas encore achev
et nous voulons par suite fusionner les paramtres
morphologiques des chromosomes et les descripteurs
de Fourier en appliquant dautres classificateurs afin
damliorer notre systme.

8. Rfrences

[1] Classification of Banded Chromosomes using
Error-Correcting Grammatical Inference (ECGI) and
Multilayer Perceptron (MLP)
M. G. Thomason VII National Symposium on Pattern
Recognition and Image Analysis, proc pp 31-36 1997.

[2] O.Dehaese,E levadoux,F.
Berthomier,v.sauton-mirinda le caryotype
Lyon Pharmaceutique 2000 ; 51, 1, 47-68

[3] Latifa Hamami, Radia Haroun, Sidali Bouhriche et
Houria Ait Abdesslem Sparation Des
Chromosomes Se Touchant Ou Se Chevauchant A
Partir De Mtaphases 2002.

[4] Lerner, B., Rosenberg, B., Levinstein, M.,
Guterman, H., Dinstein, I. and Romem, Y. Medial
Axis Transform Based Features and a Neural Network
for Human Chromosome Classification1993.

[5] G. AGAM, Geometric separation of partially
overlapping non rigid objects applied to automatic
chromosome classification, IEEE transactions on
pattern analysis and machine intelligence, Vol. 19, N
11, November 1997.

[6] Xia Shunren*, Xu Weidong and Shen Yutang
TWO INTELLIGENT ALGORITHMS APPLIED
TO AUTOMATIC CHROSOME INCISION
ICASSP 2003.

[7] L. JI, Decomposition of overlapping
chromosomes, Automation of cytogenetics, Springer-
Verlag Berlin Heidelberg New York 1989.

[8] B. LERNER, Toward a completely automatic
neural network based human chromosome analysis,
IEEE transactions on systems man and cybernetics
part B: cybernetics, Vol. 28, N 4, August 1998.



Chromosomes de la base utilise
1
2 3 4 5 6 7 8 9
1 1 1
1 1 1 1 1 1
1
2
2 2
2
2
2 2
2 2
3 3 3 3 3
3 3
3 3 3
4
4 4 4 4 4
4
Erreur de classification des
chromosomes
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
1 4 7 10 13 16 19 22 25 28 31 34 37 40 43 46 49
les images de chromosome
l
e
s

e
r
r
e
u
r
s

Figure 13 : Le graphe derreur de
l ifi i
Erreur minimale

Erreur de classification de
chromosomes
0
0,1
0,2
0,3
0,4
1 6 11 16 21 26 31 36 41 46
les images de chromosome
e
r
r
e
u
r
erreur
Figure 14 : Le graphe derreur de classification
Lerreur minimale