Turing et la morphogense: les "structures de Turing"

Annick Lesne
Directrice de recherche CNRS au Laboratoire de Physique Thorique de la Matire
Condense (CNRS-Paris 6) et l'IHS (Bures-sur-Yvette)

En 1952, Turing proposait un modle mathmatique de morphogense. Les structures

spatiales formes par le mcanisme physico-chimique trs simple qu'il a suggr s'appellent
depuis des "structures de Turing". Nous analysons l'originalit de cet article, son influence et
sa modernit.

Structures de Turing observes dans un racteur chimique

(avec l'aimable autorisation de Patrick de Kepper)
Il a fallu attendre quarante ans aprs Turing et un concours de circonstances pour obtenir la
premire mise en vidence exprimentale d'une structure de Turing (Castets et coll. 1990,
Physical Review Letters, n 64, p. 2953), c'est--dire d'un motif en bandes ou en taches
rgulirement espaces, observ dans un systme aliment en continu, et suivant le
mcanisme de raction-diffusion propos par Turing. Pour que le mlange uniforme d'espces
chimiques se dstabilise sous l'effet des ractions et de la diffusion molculaire, il faut que le
mlange contienne une espce auto-activatrice A, activant la production d'une seconde espce
B inhibitrice, et que B diffuse plus vite que A. Cette seconde condition n'est pas souvent
ralise: il faut que la molcule B soit beaucoup plus grosse que A, ce qui dcoule ici de la
complexation de B une (grosse) molcule d'amidon, des fins de visualisation. Il faut aussi
raliser la raction dans un gel, afin d'viter que la convection ne vienne tout homogniser.
Turing montre avec ce modle trs simple tout ce qu'on peut dj expliquer avec seulement
des mcanismes physico-chimiques. Ce modle emblmatique est aujourd'hui invoqu pour
expliquer de nombreuses structures naturelles, y compris vivantes, et il est en gnral
complt pour mieux rendre compte de la ralit.
Rsum: Le modle propos par Turing est un exemple typique de systme de raction-
diffusion. Turing explique la formation de structures, appele aujourd'hui des structures de
Turing, par la conjonction de ractions locales et de la diffusion molculaire. Bien que la
diffusion tende lisser les diffrences de concentrations, le couplage avec des ractions entre
une espce qui active sa propre production et la production d'une espce inhibitrice, ajout
une diffrence suffisante entre les coefficients de diffusion, peut conduire l'apparition
spontane de motifs priodiques (bandes ou taches) dans un milieu initialement homogne.
Ce mcanisme trs simple de formation de motifs est devenu un modle emblmatique,
invoqu pour expliquer de nombreuses structures naturelles, en particulier vivantes.

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Un article fondateur
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En 1952, dans un article intitul "The chemical basis of morphogenesis", Turing proposait un
modle mathmatique trs simple suivant lequel la conjonction de la diffusion molculaire et
de certaines ractions chimiques pouvait conduire une structuration spatiale des
concentrations des espces chimiques. Il suggrait que ces processus purement physico-
chimiques pouvaient tre la base de la morphogense animale et vgtale. De telles
structures sont souvent appeles structures de raction-diffusion (voir le zoom ci-dessous) ou
structures de Turing. Elles font partie de la classe plus gnrales des structures dites
dissipatives, car une dissipation d'nergie chimique est ncessaire pour amener et maintenir le
systme assez loin de l'quilibre afin qu'une structuration puisse apparatre spontanment (on
parle d'auto-organisation). Elles s'observent ainsi dans des systmes ouverts, aliments en
continu. Turing ne prtend pas qu'il s'agit du seul mcanisme possible de morphogense, ni
mme qu'il est effectivement l'uvre dans tel ou tel systme vivant --- il est conscient du
manque de preuves exprimentales. Son but est davantage de proposer un mcanisme
plausible, et de montrer tout ce qu'il permet dj d'expliquer, malgr sa simplicit. Il souligne
que le modle est une "simplification" et une "idalisation", et par consquence une
"falsification" (au sens d'une contre-faon, les termes sont de Turing), mais il fait la ptition
de principe que les quelques mcanismes retenus sont effectivement les mcanismes
dominants. De nombreux articles et livres ont dj t consacrs aux structures de Turing et
la validation de leur implication dans la morphogense biologique (nous donnons ci-dessous
quelques rfrences). Nous allons plutt prsenter les apports tout autant techniques que
conceptuels de l'article de 1952, en soulignant sa modernit.

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Expliquer la formation de motifs
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Turing souligne d'entre le dfi majeur auquel se trouve confronte toute tentative d'expliquer
la morphogense: comment passe-t-on d'un embryon initialement parfaitement symtrique
(une sphre) un organisme structur. Il se ramne au problme de la formation de motifs
partir d'un tat homogne. Ce phnomne a dj un nom: on parle de brisure spontane de
symtrie. Ce terme peut sembler contre-intuitif dans le cas des structures de Turing qui
prsentent de remarquables symtries, en l'occurrence la priodicit spatiale des motifs, en
bandes ou en taches suivant la gomtrie du systme (voir figure). Il y a brisure de symtrie
par rapport la symtrie complte d'un tat homogne (invariant par toute translation,
rotation, rflexion, inversion et dilatation). Mathmatiquement, cela se reflte dans le fait que
la solution de l'quation d'volution prsente moins de symtries que l'quation elle-mme.
Turing donne toute de suite l'explication de base (et une analyse complte de son modle en
prsence de bruit dans un paragraphe technique de son article): les diffrentes perturbations
alatoires subies par l'tat homogne, compltement symtrique, vont avoir un devenir trs
diffrent. Certaines vont tre amorties, d'autres amplifies. La dynamique intrinsque va ainsi
slectionner certaines fluctuations, dont les caractristiques particulires vont se reflter dans
la solution. Les autres fluctuations n'auront aucun effet. Ceci n'est rien d'autre qu'un
phnomne de rsonance, bien connu dans l'tude des pendules et autres oscillateurs. Une
consquence remarquable est que la perturbation ne dtermine pas les caractristiques des
motifs mais seulement la possibilit de son mergence. C'est l'instabilit intrinsque de la
dynamique qui prescrit les caractristiques du motif. L'ide est remarquable: suivant le
modle de Turing, la formation des motif est spontane, elle ne ncessite ni patron pralable
ni prescription extrieure.

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Une conjonction de ractions
chimiques et de diffusion
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La dynamique que Turing explicite dans son modle rsulte du couplage entre des ractions
chimiques et la diffusion des ractifs (voir le zoom si-dessous). Les "structures de Turing"
correspondent aux variations spatialement priodique des concentrations des espces
chimiques (voir figure). Turing a appel ces ractifs chimiques des "morphognes" car il
pensait qu'ils pouvaient participer la morphogense biologique, en induisant le
dveloppement de structures rptes comme les taches d'un gupard (voir figure), les ptales
de fleurs ou les tentacules de l'hydre (voir figure). L'effet de la diffusion molculaire est
d'homogniser un mlange d'espces chimiques. Pour observer des variations spatiales de
concentrations, il faut donc que d'autres mcanismes entrent en jeu. Turing propose un
scnario bas sur la conjonction des facteurs suivants:
-- l'espce A est auto-activatrice
-- l'espce A active aussi la production de la seconde espce B
-- l'espce B inhibe la production de A
-- B diffuse plus vite que A.
Il suffit alors qu'une petite fluctuation locale induise un lger excs de l'activateur A pour que
la production de A et de B s'acclre cet endroit. L'excs de B, diffusant plus vite que
l'excs de A, cre une couronne inhibitrice autour du point initial, isolant le pic de A par une
zone plus riche en B. Cette explication intuitive et locale doit tre complte par une vision
plus globale. A une certaine distance de la premire fluctuation, une autre peut se dvelopper
de faon analogue et crer un pic de A, et ainsi de suite. La rpartition dynamiquement la plus
stable des pics d'activateur, dcoulant de l'amplification slective des innombrables infimes
fluctuations qui affectent spontanment l'tat de mlange homogne, forme un motif
priodique. Turing parle "d'ondes stationnaires" pour dsigner un tel motif mais le terme ne
doit pas prter confusion: la dynamique est trs diffrente des quations d'onde dcrivant la
propagation du son ou de la lumire. Pour rendre compte de ces mcanismes molculaires,
Turing considre un modle macroscopique en termes de concentrations des espces
chimiques, sans jamais oublier qu'il s'agit d'une approximation que la ralit dborde; en
particulier, Turing discute les conditions d'application de la loi d'action de masse pour dcrire
les ractions chimiques, avec des mises en garde toujours pertinentes. En termes
mathmatiques, l'volution du systme sera dcrite par un systme d'quations diffrentielles
(dans le cas discret, o le systme est reprsent comme un ensemble fini de cellules et leurs
concentrations respectives en espces chimiques) ou par une quation aux drives partielles
(dans le cas continu, o le systme est reprsent l'aide de champs de concentration, c'est
dire des fonctions continues de l'espace et du temps).

ZOOM sur .... les systmes de raction-diffusion

L'effet de la diffusion sur la concentration c(x,t) au point x et l'instant t d'une espce
chimique est dcrit par l'quation de diffusion c/t = D c o est l'oprateur Laplacien.
Elle rend compte de la diffusion des molcules des rgions de grande concentration vers les
rgions de faible concentration, avec un courant proportionnel au gradient de concentration.
Le coefficient de proportionnalit D s'appelle le coefficient de diffusion. Dans les systmes de
raction-diffusion, il s'ajoute un terme de raction, purement local, de la forme f[c(x,t)]. Il
vient c/t = D c +f(c). De telles quations sont utilises pour modliser des phnomnes
naturels les plus divers, allant de la propagation d'un front de combustion ou d'une pidmie
aux ondes spirales observes dans des milieux excitables tel le tissu cardiaque ou les rseaux
de neurones. Les mmes mthodes de rsolution s'appliquent (voir par exemple le livre de J.
Murray).

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Prdiction de la priode des motifs
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Turing poursuit l'analyse pour une configuration en anneau correspondant des conditions
aux bords priodiques. Il se concentre sur le moment o l'tat homogne laisse place un tat
structur: c'est le moment o le mcanisme essentiel, responsable de la brisure de symtrie,
est l'uvre, et ce qui se passe est bien dcrit par l'quation d'volution linarise. Une
mthode systmatique est de chercher la solution comme une superposition de modes
sinusodaux ak(t) cos(kx+). Le caractre linaire de la dynamique permet de considrer
sparment le devenir de chaque mode. Turing obtient une dpendance exponentielle en
temps, exp[b(k)t], o l'exposant b(k) dpend de priode 2/k du mode. Les modes tels que la
partie relle Re[b(k)] est positive sont dits "instables" car leur amplitude augmente sous l'effet
de la dynamique (voir figure). Turing tablit la condition d'instabilit en fonction des
paramtres du modle, et il montre que plusieurs rgimes sont possibles: des motifs
priodiques stationnaires, mais aussi des structures se propageant vitesse constante. Cette
analyse linaire de stabilit n'est valable qu'au voisinage de l'tat d'quilibre homogne. Elle
n'explique pas la stabilisation du motif par la dynamique complte, mais elle est suffisante
pour prdire la priode spatiale 2 /k* du motif, qui est simplement celle du mode le plus
instable. La priode du motif est ainsi intrinsque, contrle par la dynamique et non par une
htrognit pralable du substrat, la gomtrie ou les conditions initiales. Ceci est vrai un
dtail technique prs: en gomtrie borne, les conditions aux bords imposent des contraintes
sur les priodes possibles. Le nombre de pics, de bandes ou de digitations sera le nombre
entier le plus proche de k*L/2 o L est la taille du systme. Il faut souligner que l'chelle
spatiale des motifs est sans commune mesure avec les chelles molculaires des processus
sous-jacents, montrant le caractre mergent de leur formation. Il n'y a pas de traitement
systmatique de l'quation d'volution non linaire, pour laquelle Turing recommande le
recours la rsolution numrique, avec la restriction que seule une tude au cas par cas est
alors possible. En prsence de plusieurs modes instables, le nombre de bandes observ dans le
motif peut varier de quelques units. On observe par exemple une variation du nombre de
tentacules chez l'hydre et du nombre de feuilles dans une rosette chez l'asprule (voir figure).
Turing termine son article par extension la sphre en dcomposant la solution cherche sur
une base d'harmoniques sphriques. L'application qui le motive est l'tape de l'embryogense
appele "gastrulation", durant laquelle on observe la premire invagination de l'embryon
jusque-l sphrique.

Dtermination de la priode spatiale du motif.

Une quation d'volution linarise suffit dcrire comment le systme s'carte de l'tat
uniforme. Turing cherche la solution sous la forme d'une superposition de modes spatialement
priodiques. Le caractre linaire de la dynamique permet de considrer sparment leur
devenir. Turing montre que la dpendance temporelle du mode de priode 2/k est exp[b(k)t].
Le schma, inspir de la Figure 1 de l'article de Turing, reprsente l'allure de la relation de
dispersion, c'est--dire l'expression de la partie relle Re[b(k)] du taux de croissance en
fonction de k. Le paramtre de contrle est le rapport DB/DA des coefficients de diffusion des
deux espces. Lorsque ce paramtre est sous un seuil (courbe verte), le mode est amorti au
cours du temps. Le seuil d'instabilit,est atteint lorsque le taux de croissance est ngatif sauf
en un point kc o il s'annule (courbe rouge). Lorsque le paramtre est au dessus du seuil
(courbe bleue), le mode initi par une fluctuation alatoire est amplifi par la dynamique et
donne naissance un motif spatialement priodique caractris par k*. La priode du motif
est l'entier le plus proche de k*L/2 o L est la taille du systme.
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Une validation exprimentale
dlicate mais avre
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Il a fallu quarante ans avant que les premires structures de Turing soient mises en vidence
exprimentalement. Il faut en effet des situations assez particulires o le coefficient de
diffusion de l'espce inhibitrice est beaucoup plus grand que celui de l'espce activatrice (voir
figure). Les exemples donns par Turing sont les motifs tachets (voir figure), l'hydre et la
phyllotaxie des feuilles en rosette (voir figure), et l'tape de l'embryogense appele
gastrulation, durant laquelle on observe la premire invagination de l'embryon jusque-l
sphrique. Il est possible que le mcanisme propos par Turing ne fournisse que le principe
directeur de la formation des motifs observs chez les tres vivants, et que d'autres
mcanismes plus fins et spcifiques se surimposent. En effet, la similitude des motifs
observs ne fournit pas la preuve que le mcanisme propos par Turing est rellement
l'uvre. Ce pige de l'analogie se rencontre par exemple avec la structure en bandes d'un
embryon de drosophile, tout fait similaire une structure de Turing mais o chaque bande
est en fait contrle individuellement par un mlange de morphognes qui lui est spcifique
(voir Maynard Smith). Des arguments supplmentaires en faveur (ou rejetant) d'un
mcanisme de Turing sont obtenus grce l'tude des dfauts ou de la rponse des
perturbations (par exemple la rgnration, ou non, des motifs lors de la cicatrisation aprs
une blessure) qui rvle davantage les mcanismes en jeu et le niveau auxquels ils entrent en
jeu, lors de l'embryogense ou bien en continu lors de la croissance de l'animal.

Gupard
L'implication effective du mcanisme de Turing dans la morphogense animale est un sujet
encore ouvert et dbattu. Les rayures du poisson-ange, les motifs de certains coquillages, le
pelage du gupard figurent parmi les exemples consensuels. Les motifs rsultent d'une
dynamique globale: on ne peut supprimer une tache sans les supprimer toutes. Leur priode
spatiale est entirement dtermine par les paramtres de la dynamique. En revanche, le type
de motif, taches ou bandes, est dtermin par la gomtrie du systme. Des simulations ont
montr qu'un motif en taches se transforme en motif en bandes lorsque le rapport d'aspect
(longueur rapporte la largeur) change. L'exemple couramment cit est celui des animaux
tachets comme le gupard ou la genette, qui prsentent des taches sur le corps mais des
rayures l'extrmit de leur queue, plus troite. Une difficult de la validation est que le
mcanisme de Turing peut n'tre prsent que pendant une courte phase du dveloppement. Le
fait que la distance entre les rayures augmente quand l'animal grandit, alors que le modle de
Turing la prdit constante, n'est pas un argument contraire suffisant.
Hydre d'eau douce (Hydra) et feuilles d'asprule (Asperula odorata)
Deux exemples de morphogense cits par Turing en illustration de son modle sont le
positionnement des tentacules de l'hydre et celui en rosette des feuilles de l'asprule. L'hydre
est un petit animal aquatique pluricellulaire d'une dizaine de millimtres de long (du mme
embranchement que les mduses et les anmones de mer) capable de se rgnrer aprs avoir
t tronqu ou mme pass la moulinette et rduit un amas informe de cellules -- c'est
peu prs le traitement qu'on lui fait subir en laboratoire. L'apparition des cinq dix bras
terminaux et leur positionnement en toile rgulire autour de la "bouche" de l'animal
semblent rgis par un mcanisme de Turing au niveau molculaire, comme le suggrent Koch
& Meinhardt. Un processus analogue expliquerait le bourgeonnement en rosette des feuilles
de l'asprule un niveau donn de la tige. Turing argumente que la "bouche" de l'hydre et la
priphrie de la tige de la plante peuvent tre assimils de par leur gomtrie au cas de
l'anneau de cellules qu'il a rsolu mathmatiquement. Le nombre de tentacules ou de feuilles
est donn par l'entier le plus proche du primtre divis par la priode du mode le plus
instable

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Des perspectives encore
prometteuses aujourd'hui
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L'article de Turing, trs riche, est cependant crit avec un grand effort pour rendre accessibles
les aspects techniques, tant mathmatiques que biologiques. Soixante ans aprs sa publication,
il mrite toujours d'tre lu tant par les curieux que par les spcialistes. Turing y annonce une
srie de rsultats, paratre dans un article ultrieur. La mort prmature de Turing nous en a
priv. Son approche est mthodologiquement exemplaire: le modle qu'il propose montre la
richesse de structures qu'on peut expliquer en n'invoquant qu'un ensemble minimal de
mcanismes uniquement physico-chimiques, sans avoir besoin d'arguments ou d'ingrdients
spcifiques. En indiquant que les gnes contrlent les vitesses des ractions impliques, il fait
un pas majeur dans l'explication du lien entre gnotype et phnotype. Turing mentionne la
contribution mcanique l'volution du systme, typiquement des forces et contraintes
lastiques: c'est tout un champ de recherches actuel, tudiant le rle des couplages mcano-
chimiques dans les processus intracellulaires ou cellulaires, qu'il anticipe. Turing mentionne
galement (sans la traiter) la difficult lie au fait que le substrat, typiquement un embryon en
train de se dvelopper, n'a pas une gomtrie fixe, mais une gomtrie qui volue avec le
temps. Ce n'est que trs rcemment que des chercheurs tels Jean-Louis Giavitto (un des
auteurs de ce numro) et ses collaborateurs ont dvelopp le concept de systme dynamique
structure dynamique pour envisager la formation de motifs dans un systme lui-mme en
volution. Et l'extension du modle de Turing sur des gomtries dj structures (rseaux,
substrats lacunaires) commence seulement tre envisage

Pour en savoir plus

Bourgine P., Lesne A. (ds.) Morphogense. Belin (2006).
De Kepper P., Dulos E. Chimie des formes et motifs de pelage, Dossier Pour la Science, n44 (2004).
Koch A.J., Meinhardt H. Biological pattern formation, Rev. Mod. Phys. n66, pp. 14811507 (1994).
Lesne A. Auto-organisation, Notions, Encyclopaedia Universalis.
Maynard Smith J. La construction du vivant, Cassini (2001).
Meinhardt H. The Algorithmic beauty of sea shells. Springer (1995).
Murray J.D. Mathematical biology, Springer (2005).

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