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Acides aminés
Peptides et protéines
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
Centre chiral
COOH
α
C H
R
NH2
Les acides aminés naturels ont la configuration qui correspond au
L-glycéraldéhyde :
CHO COOH
HO C H H2N C H
CH2OH R
L-glycéraldéhyde L aminoacide
COOH
COOH
H2N C H
C H = R
NH2
R
On dénombre 20 acides aminés naturels
12 sont synthétisés par l'organisme
8 sont issus de l'alimentation : les 8 acides aminés essentiels
(soulignés dans les schémas).
COOH COOH
2.33 2.32
COOH 2.19
COOH 2.09
HO HO
NH2 9.21 NH2 9.11
COOH 1.92
S COOH 2.13
HS
8.35
NH2 10.46 NH2 9.28
NH Proline (Pro)P
10.64
NH2 NH2
9.18 HO 9.11
10.13
Phénylalanine (Phe)F Tyrosine (Tyr)Y
COOH 2.43
NH2
NH 9.44
Tryptophane (Trp)W
F. Aminodiacides et amides
O
H2N COOH 2.10
COOH 2.17
H2N
O NH2
8.84 NH2 9.13
Asparagine (Asn)N Glutamine (Gln)Q
G. Diaminoacides
NH2 1.82
H2N COOH 12.48
2.16 COOH
10.79 HN NH
NH2
9.18 NH2 8.99
Lysine (Lys)K Arginine (Arg)R
1.80
COOH
6.04
N NH NH2
9.33
Histidine (His) H
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
En raison de la présence simultanée des deux fonctions acide
et base, les acides aminés ont un comportement amphotère:
l'état de la molécule va dépendre du pH.
- - -
R COOH OH R COO - R COO
OH
NH3+ H+ NH3+ H+
NH2
pH acide pH basique
forme dipolaire
(zwitterion)
-
R COOH Ka1 R COO
+ H+
NH3+ NH3+
- -
pH R COO Ka2 R COO
+ H+
NH3+ NH2
pKa2
.
piso
.
pKa1
. Equiv. base
0 0.5 1 1.5 2
R COOH COO
- COO
-
R R
pH 9-10 et >
pH = point isoélectrique
pH 2-3 et <
- COO-
HOOC COOH OH HOOC
NH3+ pKa1 = 2.09 NH3+
COO-
-
HOOC OH -
OOC COO-
NH3+ pKa2 = 3.86 NH3+
- COO-
- - COO-
OOC OH OOC
NH3+ pKa3 = 9.82 NH2
Ex 2 : Lysine :
1) COOH : pKa1 = 2.18
2) NH3+ voisin : pKa2 = 9.2
3) autre NH3+ : pKa3 = 10.8
!!!!! Point isoélectrique : 10
-
H3N +
COOH OH H3N+ COO-
NH3+ pKa1 = 2.18 NH3+
-
H3N+ COO - OH H3N+ COO-
-
H3N +
COO - OH H2N COO-
NH2 pKa3 = 10.8 NH2
Ex 3 : Arginine : 1) COOH : pKa1 = 1.8
2) NH3+ : pKa2 = 9.0
3) Guanidinium : pKa3 = 12.5
!!!!! Point isoélectrique : 10.8
NH2+ - NH2+
COOH
OH
H2N NH COO-
H2N NH
NH3+ pKa1 = 1.8 NH3+
NH2+ - NH2+
OH
H2N NH COO- H2N NH COO-
NH3+ pKa2 = 9.0
NH2
NH2+ - NH
OH
H2N NH COO- H2N NH COO-
NH2 pKa3 = 12.5 NH2
Le groupe guanidine: H ..
plus basique que RNH2 N . . H
(moins acide que RNH3+)
H
.. C N +
H CH2
N
H
H .. H ..
N . .. H H+ N . .. H
H
. C N
H
. C N
H CH2 H CH2
N + N
.. H
Paire sp2 H .
Basicité accrue Résonance +N . .. H
stabilisant
H
.. C N
H CH2
le guanidinium N
H
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.1 Définition - Conventions :
Un peptide est une molécule constituée d'acides aminés
enchaînés par un lien peptidique (amide).
R' H
-
+ N COO
H3N
Mélanges tampon
à pH croissant
Identification
et dosage
HCl 6N Ninhydrine
Détecteur
110°C 24 H
Le temps de séjour dans la colonne, caractéristique pour chaque
acide aminé et fonction du pH imposé, est le "temps de rétention"
Détection par la ninhydrine:
Réaction spécifique de détection des acides aminés : la coloration
violette apparaît pour toute solution qui contient un acide aminé à
groupe NH2 primaire.
O
-
OH R COO
2
OH +
NH3+
O
O O
+
N + RCHO + CO2 + 3 H2O + H
O O
-
violet
Résine avant Addition du Elution du Elution du Elution du
addition de mélange de tampon 1 tampon 2 tampon 3
l'échantillon Asp, Ser, Lys à pH 3,25 à pH 4,25 à pH 5,25
NO2 R O
NH
O2N NH NH
O R'
HCl/H2O
NO2 R O O
+ H2N + .....
O2N NH
OH + H2N
OH OH
O R' R"
N C S
etc...
L'isothiocyanate se fixe sur l'acide N terminal du peptide en
milieu basique, et après une réaction de cyclisation, se
décroche en milieu acide, en formant une hydantoïne qu'on
peut identifie par son temps de rétention sur une colonne de
chromatographie.
Le reste du peptide peut recommencer la réaction avec une
nouvelle molécule d'isothiocyanate pour identifier l'acide
aminé suivant.
BrCN Chymotrypsine
Ala-Ala-Lys-Cys-Met-Cys-Arg-Tyr-Ile-Phe-Gly-Trp-Ile-Pro
Trypsine Carboxypeptidase
Exemple de détermination de séquence
Un échantillon du peptide inconnu est d'abord hydrolysé
totalement (HCl 6N, 110°, 24 H) et par l'analyseur d'acides
aminés fournit la composition suivante :
20 acides aminés
Ala Arg Cys Glu Gly Leu Lys Phe Pro Thr Tyr Val
2 1 2 1 2 2 1 2 1 1 2 3
La chaîne totale (30 acides aminés) est séquençable par
Edman. Pour cet exemple, nous procédons cependant à la
fragmentation par la chymotrypsine:
Chymotrypsine
Val-Cys-Ala-Leu-Tyr-Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys-Ala
Trypsine
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.1 L'activation
Créer un lien peptidique c'est faire réagir la fonction amine
d'un acide aminé avec le groupe carboxyle d'un autre.
Un réactif activant ce couplage (DCC) est nécessaire: acide et
amine ne réagissent pas spontanément pour donner un lien
peptidique.
R1
NH2 + HOOC R2
DCC
dicyclohexylcarbodiimide N C N
R1
NHCO R2 + NH CO NH
dicyclohexylurée
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.2 La chémosélectivité:
L'activation n'est pas suffisante pour construire un peptide: il
faut associer les deux acides aminés dans un ordre précis.
La double fonctionnalité pose le problème de la chémosélectivité.
NH2 NH2
HOOC R1 HOOC R2
+ NHCO R1 + NHCO R2
NH2 NH2
+ tripeptides + tétra...
+ dicyclohexylurée
La chémosélectivité peut se résoudre par la protection des
groupements dont on veut bloquer la réaction
Réaction parasite
Le problème A Q C
R R
B D
La solution
Réaction souhaitée
A P A P Q A P A
R R R R + P
B B D D
O O
R NH3+ O R NH C O
+ O
COO- COOH
O
O
HCl CH3COOH
(déprotection)
dicarbonate
R NH3+
de ditertiobutyle + CO2 +
COOH
Produits gazeux
Mécanisme de déprotection :
H+ H
O CH2 O
R NH C O C CH3 R NH C OH +
CH3
COOH COOH
R NH2
+ CO2
COOH
La protection CO-Pac : (Pac = groupe protecteur de la fonction acide)
HO R COO
-
R COO
+ + NH2
NH3
HO
R NH2
- +
COO
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
4.3 Synthèse des peptides 4.3.1. En 3 étapes:
• la protection des acides aminés
R1 COOH R1 COOH
+ Pam
NH2 NHPam
R2 COOH R2 COPac
+ Pac
NH2 NH2
• la déprotection du peptide :
R1 CONH COPac R1 CONH COOH
NHPam R2 NH2 R2
4.3.2. La technique : Synthèse sur support solide MERRIFIELD
Un polymère contenant 1% de noyaux aromatiques
chlorométhylés sert de point d'ancrage pour la synthèse
réactifs
Polymère
CH2Cl
P CH2Cl
Produits
La synthèse :
- -
P CH2Cl + OOC R1 P CH2OOC R1 + Cl
NHPam NHPam
déprotection
P CH2OOC R1
NH2 + HOOC R2
couplage activé DCC NHPam
R2 R1
P CH2Br +
H2N CONH COOH
4.3.3 Un exemple complet: la synthèse du dipeptide Ala-Phe :
O
O
O
NH3+ + O NH C O
- O
COO COOH
O
Phe Phe-tBoc
P CH2Cl
HCl O
NH2 + CO2 + CH3COOH NH C O
P CH2OOC P CH2OOC
Poly-Phe Poly-Phe-tBoc
O
Ala NH3+ O
+ O
-
COO O
O
O
Poly-Phe NH2 NH C O Ala-tBoc
+ COOH
P CH2OOC
N C N
O
NH C O
NH CO + NH CO NH
P CH2OOC Poly-Phe-Ala-tBoc
O
NH C O
Poly-Phe-Ala-tBoc NH CO
HCl
P CH2OOC CH3COOH
NH2
Poly-Phe-Ala NH CO CO2 +
+
P CH2OOC
HBr
CF3COOH
NH3+
P CH2Br + NH CO Ala-Phe
COOH
La chimie des groupes protecteurs demande :
(-)
O H O (+) H
C N C N
R R' R R'
N C
H O
O H
C N
O O
H H
C N C N
Ox.
SH S
SH S
Red.
C N C N
H H
O O
Certaines protéines
contiennent des éléments de
structure en feuillets
plissés, à nouveau ordonnés
entre autre grâce à des liens
hydrogène.
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
5. Structure des protéines:
5.1 Structure primaire
5.2 Structure secondaire
5.3 Structure tertiaire
5.3 Structure tertiaire des protéines
Protéines de stockage:
Ex: caséine du lait
ovalbumine du blanc d'oeuf
ferritine
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
5. Structure des protéines:
5.1 Structure primaire
5.2 Structure secondaire
5.3 Structure tertiaire
5.4 Structure quaternaire
5.4 Structure quaternaire des protéines