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CH 14.

Acides aminés
Peptides et protéines
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels

Les protéines sont des assemblages macromoléculaires


biologiques formés par enchaînement d'acides aminés.
1. Acides aminés naturels

Naturels = issus des protéines. α Aminoacides

Centre chiral
COOH
α
C H
R
NH2
Les acides aminés naturels ont la configuration qui correspond au
L-glycéraldéhyde :

CHO COOH
HO C H H2N C H

CH2OH R

L-glycéraldéhyde L aminoacide

COOH
COOH
H2N C H
C H = R
NH2
R
On dénombre 20 acides aminés naturels
12 sont synthétisés par l'organisme
8 sont issus de l'alimentation : les 8 acides aminés essentiels
(soulignés dans les schémas).

A. Les acides aminés alkylés


2.29
COOH 2.35 COOH 2.35 COOH
9.78 NH2 9.87 NH2 9.74 NH2
Glycine (Gly)G Alanine (Ala)A Valine (Val)V

COOH COOH
2.33 2.32

NH2 9.74 NH2 9.76

Leucine (Leu)L Isoleucine (Ile)I


B. Les acides aminés aliphatiques avec alcools

COOH 2.19
COOH 2.09
HO HO
NH2 9.21 NH2 9.11

Sérine (Ser)S Threonine (Thr)T

C. Les acides aminés soufrés

COOH 1.92
S COOH 2.13
HS
8.35
NH2 10.46 NH2 9.28

Cystéine (Cys)C Méthionine (Met)M


D. Acide aminé hétérocyclique COOH
1.95

NH Proline (Pro)P
10.64

E. Acides aminés aromatiques

COOH COOH 2.20


2.16

NH2 NH2
9.18 HO 9.11
10.13
Phénylalanine (Phe)F Tyrosine (Tyr)Y

COOH 2.43

NH2
NH 9.44

Tryptophane (Trp)W
F. Aminodiacides et amides

HOOC COOH 2.10


COOH 1.99 4.07
HOOC
3.90 NH2
NH2 9.47
9.90

Acide aspartique (Asp)D Acide glutamique (Glu)E

O
H2N COOH 2.10
COOH 2.17
H2N
O NH2
8.84 NH2 9.13
Asparagine (Asn)N Glutamine (Gln)Q
G. Diaminoacides

NH2 1.82
H2N COOH 12.48
2.16 COOH
10.79 HN NH
NH2
9.18 NH2 8.99
Lysine (Lys)K Arginine (Arg)R

1.80
COOH
6.04
N NH NH2
9.33

Histidine (His) H
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
En raison de la présence simultanée des deux fonctions acide
et base, les acides aminés ont un comportement amphotère:
l'état de la molécule va dépendre du pH.

- - -
R COOH OH R COO - R COO
OH
NH3+ H+ NH3+ H+
NH2

pH acide pH basique
forme dipolaire
(zwitterion)
-
R COOH Ka1 R COO
+ H+
NH3+ NH3+
- -
pH R COO Ka2 R COO
+ H+
NH3+ NH2

pKa2
.
piso
.
pKa1
. Equiv. base

0 0.5 1 1.5 2
R COOH COO
- COO
-
R R

NH3+ NH3+ NH2


Dans l'eau, quel que soit le pH, les acides aminés sont des
espèce chargées.
On peut régler le pH pour atteindre le point isoélectrique
mais en aucun cas, les espèces ne sont exemptes de
charges.
Papier
Papier

pH 9-10 et >
pH = point isoélectrique
pH 2-3 et <

Ions Point Ions


négatifs
Ions d'application
Point positifs
Ions
négatifs d'application positifs
Diacide aminé ou acide diaminé: !! à la séquence des pKa

Ex 1 : Acide aspartique 1) COOH proche de NH3+ : pKa1 = 2.09


2) autre COOH : pKa2 = 3.86
3) NH3+ : pKa3 = 9.82
!!!!! Point isoélectrique : 3

- COO-
HOOC COOH OH HOOC
NH3+ pKa1 = 2.09 NH3+

COO-
-
HOOC OH -
OOC COO-
NH3+ pKa2 = 3.86 NH3+

- COO-
- - COO-
OOC OH OOC
NH3+ pKa3 = 9.82 NH2
Ex 2 : Lysine :
1) COOH : pKa1 = 2.18
2) NH3+ voisin : pKa2 = 9.2
3) autre NH3+ : pKa3 = 10.8
!!!!! Point isoélectrique : 10

-
H3N +
COOH OH H3N+ COO-
NH3+ pKa1 = 2.18 NH3+

-
H3N+ COO - OH H3N+ COO-

NH3+ pKa2 = 9.2 NH2

-
H3N +
COO - OH H2N COO-
NH2 pKa3 = 10.8 NH2
Ex 3 : Arginine : 1) COOH : pKa1 = 1.8
2) NH3+ : pKa2 = 9.0
3) Guanidinium : pKa3 = 12.5
!!!!! Point isoélectrique : 10.8

NH2+ - NH2+
COOH
OH
H2N NH COO-
H2N NH
NH3+ pKa1 = 1.8 NH3+

NH2+ - NH2+
OH
H2N NH COO- H2N NH COO-
NH3+ pKa2 = 9.0
NH2
NH2+ - NH
OH
H2N NH COO- H2N NH COO-
NH2 pKa3 = 12.5 NH2
Le groupe guanidine: H ..
plus basique que RNH2 N . . H
(moins acide que RNH3+)
H
.. C N +
H CH2
N
H

H .. H ..
N . .. H H+ N . .. H
H
. C N
H
. C N
H CH2 H CH2
N + N
.. H

Paire sp2 H .
Basicité accrue Résonance +N . .. H
stabilisant
H
.. C N
H CH2
le guanidinium N
H
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.1 Définition - Conventions :
Un peptide est une molécule constituée d'acides aminés
enchaînés par un lien peptidique (amide).

R' H
-
+ N COO
H3N

Acide aminé N terminal O R Acide aminé C terminal


Lien peptidique
Par convention, à gauche l'acide aminé N terminal et à droite
l'acide C terminal :
AAN-AA-AA-AAC
Acide N terminal - - - Acide C terminal
Ex : Glycyl-alanine Alanyl-glycine
Gly-Ala Ala-Gly
H CH3 H
- -
N COO N COO
H3N+ H3N+
O CH3 O

!!!!! Complexité des enchaînements possibles !!!!


Tripeptide constitué de Gly Ala et Val

6 possibilités Gly-Ala-Val Gly-Val-Ala


Ala-Gly-Val Ala-Val-Gly
Val-Ala-Gly Val-Gly-Ala
(tétrapeptide 24 possibilités, pentapeptide 120 , octapeptide 40 320)
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
Une protéine est un polypeptide particulier de poids
moléculaire élevé (15 000 à 1 000 000) et constitué à partir
des 20 acides aminés (120 à 8000 par molécule)

La structure primaire d'une protéine : quels sont les acides aminés?


combien ?
quelle est la séquence?
3.2.1 Déterminer la composition

L'hydrolyse complète de la protéine (par HCl-H2O 6N à 110°,


24 heures) fournit un mélange des acides aminés.

Ces derniers sont analysés (par chromatographie à échange


d'ions) : la chromatographie les sépare par passage à travers
une colonne et "élution" par des mélanges tampons à pH
croissants (analyseur d'acides aminés).

On enregistre, à la sortie de la colonne, la succession des acides


aminés qui sont identifiés et dosés par comparaison avec des
acides de référence.
Hydrolysat

Mélanges tampon
à pH croissant

Identification
et dosage

HCl 6N Ninhydrine

Détecteur

110°C 24 H
Le temps de séjour dans la colonne, caractéristique pour chaque
acide aminé et fonction du pH imposé, est le "temps de rétention"
Détection par la ninhydrine:
Réaction spécifique de détection des acides aminés : la coloration
violette apparaît pour toute solution qui contient un acide aminé à
groupe NH2 primaire.

O
-
OH R COO
2
OH +
NH3+
O

O O
+
N + RCHO + CO2 + 3 H2O + H

O O
-
violet
Résine avant Addition du Elution du Elution du Elution du
addition de mélange de tampon 1 tampon 2 tampon 3
l'échantillon Asp, Ser, Lys à pH 3,25 à pH 4,25 à pH 5,25

Elution de Asp Elution de Ser Elution de Lys


3.2.2 Détermination de la séquence
A. L'acide terminal est identifié par la réaction de SANGER :
NO2 R O
NH
O2N F + H2N NH
O R'

NO2 R O
NH
O2N NH NH
O R'
HCl/H2O
NO2 R O O
+ H2N + .....
O2N NH
OH + H2N
OH OH
O R' R"

L'acide aminé N terminal est reconnu par son produit de


condensation avec le réactif de Sanger et l'ensemble des
produits est analysé par chromatographie.
B. Dégradation d'EDMAN :
R O
NH
N C S + H2N NH
O R'
Isothiocyanate de phényle Peptide
(conditions basiques)
S R O
NH
NH HN NH
O R'

HCl/H2O (conditions acides)


S O
NH H2N
N + NH
R R'
O
Peptide - acide N terminal

N C S

etc...
L'isothiocyanate se fixe sur l'acide N terminal du peptide en
milieu basique, et après une réaction de cyclisation, se
décroche en milieu acide, en formant une hydantoïne qu'on
peut identifie par son temps de rétention sur une colonne de
chromatographie.
Le reste du peptide peut recommencer la réaction avec une
nouvelle molécule d'isothiocyanate pour identifier l'acide
aminé suivant.

Cette opération est applicable environ 60 fois de suite et


permet de déterminer la séquence de peptides courts.
C. Coupure sélective de liens peptidiques :

Pour les peptides à longue chaîne, on fragmente en morceaux plus


petits qui sont ensuite séquencés par d'autres méthodes (par
exemple Edman).

Les réactifs de fragmentation, parmi lesquels des enzymes appelés


protéases, catalysent la rupture de la chaîne protéique en des
endroits spécifiques.
Points de rupture:
Chymotrypsine : le CO de Tyr, Phe et Trp
Trypsine : le CO de Lys et Arg
BrCN : le CO de Met
Carboxypeptidase : identifie le C terminal

BrCN Chymotrypsine

Ala-Ala-Lys-Cys-Met-Cys-Arg-Tyr-Ile-Phe-Gly-Trp-Ile-Pro

Trypsine Carboxypeptidase
Exemple de détermination de séquence
Un échantillon du peptide inconnu est d'abord hydrolysé
totalement (HCl 6N, 110°, 24 H) et par l'analyseur d'acides
aminés fournit la composition suivante :

20 acides aminés

Ala Arg Cys Glu Gly Leu Lys Phe Pro Thr Tyr Val
2 1 2 1 2 2 1 2 1 1 2 3
La chaîne totale (30 acides aminés) est séquençable par
Edman. Pour cet exemple, nous procédons cependant à la
fragmentation par la chymotrypsine:

Chymotrypsine Phe 2 acides aminés isolés


Peptide Tyr
A
B 3 peptides
C
A, B et C sont séquencés par la méthode d'Edman:
A = Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe
B = Val-Cys-Ala-Leu-Tyr
C = Thr-Pro-Lys-Ala

La chymotrypsine ne coupe pas à droite de Ala: le fragment C


est donc la séquence terminale. La carboxypeptidase confirme
que Ala est bien l’acide C terminal
1 27 28 29 30
????? - Thr-Pro-Lys-Ala
C

Un nouvel échantillon du peptide initial est soumis au


clivage par la trypsine et il en sort 3 fragments :
Trypsine Ala (=Ala30) puisqu'il est à droite de Lys29
Peptide D
2 peptides
E
D est séquencé par méhode d'Edman et on trouve :
D = Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys
E = Val-Cys-Ala-Leu-Tyr-Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg
Comme D se termine par Lys, il s'agit de Lys29 et la
comparaison des séquences de C et D permet de mieux
préciser l'extrémité du peptide
La reconstitution de la séquence complète est aisément réalisée
en partant du peptide porteur du C terminal et en cherchant
les recouvrements des fragments.
Val-Cys-Ala-Leu-Tyr
Val-Cys-Ala-Leu-Tyr-Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg
Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe
Phe
Tyr
Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys
Ala
Thr-Pro-Lys-Ala

Chymotrypsine

Val-Cys-Ala-Leu-Tyr-Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys-Ala

Trypsine
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.1 L'activation
Créer un lien peptidique c'est faire réagir la fonction amine
d'un acide aminé avec le groupe carboxyle d'un autre.
Un réactif activant ce couplage (DCC) est nécessaire: acide et
amine ne réagissent pas spontanément pour donner un lien
peptidique.
R1

NH2 + HOOC R2

DCC
dicyclohexylcarbodiimide N C N

R1

NHCO R2 + NH CO NH

dicyclohexylurée
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2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.2 La chémosélectivité:
L'activation n'est pas suffisante pour construire un peptide: il
faut associer les deux acides aminés dans un ordre précis.
La double fonctionnalité pose le problème de la chémosélectivité.

HOOC R1 HOOC R2 HOOC R1 HOOC R2


+ DCC
NH2 NH2 NHCO R2 + NHCO R1

NH2 NH2

HOOC R1 HOOC R2

+ NHCO R1 + NHCO R2

NH2 NH2

+ tripeptides + tétra...

+ dicyclohexylurée
La chémosélectivité peut se résoudre par la protection des
groupements dont on veut bloquer la réaction
Réaction parasite

Le problème A Q C
R R
B D

La solution
Réaction souhaitée

On bloque la fonction A par un groupe protecteur P.

A P A P Q A P A
R R R R + P
B B D D

Protection Réaction Déprotection


La protection NH-Pam : (Pam = groupe protecteur de la fonction amine)

Le groupe tBoc: (t.butoxycarbonate)


La fonction amino est transformée en fonction carbamate dont
le groupe t.butyle sera éliminé, lors de la déprotection, sous
forme d'isobutène.

O O
R NH3+ O R NH C O
+ O
COO- COOH
O
O
HCl CH3COOH
(déprotection)
dicarbonate
R NH3+
de ditertiobutyle + CO2 +
COOH

Produits gazeux
Mécanisme de déprotection :

H+ H
O CH2 O
R NH C O C CH3 R NH C OH +
CH3
COOH COOH

R NH2
+ CO2
COOH
La protection CO-Pac : (Pac = groupe protecteur de la fonction acide)

La fonction acide est transformée en ester de méthyle, éthyle


ou benzyle et la déprotection utilise la saponification

HO R COO
-
R COO
+ + NH2
NH3

déprotection NaOH H2O

HO
R NH2
- +
COO
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2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
4.3 Synthèse des peptides 4.3.1. En 3 étapes:
• la protection des acides aminés
R1 COOH R1 COOH
+ Pam
NH2 NHPam
R2 COOH R2 COPac
+ Pac
NH2 NH2

• le couplage, avec activation, des dérivés protégés :


R1 COOH R2 COPac DCC R1 CONH COPac
+ NHPam R2
NHPam NH2

• la déprotection du peptide :
R1 CONH COPac R1 CONH COOH

NHPam R2 NH2 R2
4.3.2. La technique : Synthèse sur support solide MERRIFIELD
Un polymère contenant 1% de noyaux aromatiques
chlorométhylés sert de point d'ancrage pour la synthèse

réactifs

Polymère
CH2Cl

P CH2Cl
Produits
La synthèse :
- -
P CH2Cl + OOC R1 P CH2OOC R1 + Cl

NHPam NHPam
déprotection

P CH2OOC R1

NH2 + HOOC R2
couplage activé DCC NHPam

P CH2OOC R1 déprotection P CH2OOC R1


NHCO R2 NHCO R2
NH2 NHPam
HBr CF3COOH

R2 R1
P CH2Br +
H2N CONH COOH
4.3.3 Un exemple complet: la synthèse du dipeptide Ala-Phe :

Cette synthèse comporte 7 étapes.

(La synthèse de la ribonucléase, enzyme de 124 acides aminés,


demande 369 réactions et 6 semaines de travail).
Ala est l'acide N terminal et Phe est l'acide C terminal qui doit
être accroché au polymère en premier lieu.

O
O
O
NH3+ + O NH C O
- O
COO COOH
O
Phe Phe-tBoc
P CH2Cl

HCl O
NH2 + CO2 + CH3COOH NH C O

P CH2OOC P CH2OOC

Poly-Phe Poly-Phe-tBoc
O
Ala NH3+ O
+ O
-
COO O
O

O
Poly-Phe NH2 NH C O Ala-tBoc
+ COOH
P CH2OOC

N C N

O
NH C O

NH CO + NH CO NH

P CH2OOC Poly-Phe-Ala-tBoc
O
NH C O

Poly-Phe-Ala-tBoc NH CO
HCl
P CH2OOC CH3COOH

NH2
Poly-Phe-Ala NH CO CO2 +
+

P CH2OOC
HBr
CF3COOH

NH3+

P CH2Br + NH CO Ala-Phe
COOH
La chimie des groupes protecteurs demande :

- de hauts rendements de protection et déprotection

- la sélectivité de la protection : ne faire réagir que la


fonction visée

- la sélectivité de la déprotection : ne pas toucher au


lien peptidique et éventuellement ne déprotéger
qu'une fonction.
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PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
5. Structure des protéines:
5.1 Structure primaire
5.1 Structure primaire des protéines

A la fin de la biosynthèse, les chaînes polypeptidiques


subissent un reploiement en structures complexes qui créent
des cavités dans lesquelles viendront se loger de petites
molécules, par exemple des antigènes, s’il s’agit d’anticorps,
des substrats, s’il s’agit d’enzymes.
Cette structure dépend d’abord de la séquence et de la
composition (nombre et nature des acides aminés) de la
protéine, c.à d. de sa structure primaire. Cette structure est
obtenue par le séquençage de la protéine.
5.1.1. Le lien peptidique :

(-)
O H O (+) H
C N C N
R R' R R'

La conjugaison donne au lien C-N un caractère de liaison


double:
C-N a une longueur de 1.32 Å dans le lien peptidique.
C-N a une longueur de 1.47 Å normalement.
6 atomes sont dans le même plan, N et C sont sp2.
5.1.2. Les liaisons hydrogène :

N C
H O
O H
C N

Dans une même chaîne ou entre deux chaînes différentes, les


liens hydrogènes créent rigidité et organisation de la protéine.
Chaque lien apporte environ 5 Kcal de stabilisation.
5.1.3. Les liaisons disulfure :

O O
H H
C N C N

Ox.
SH S
SH S
Red.

C N C N
H H
O O

Entre 2 cystéines de la chaîne polypeptidique, un lien disulfure


peut former une boucle. Deux chaînes peuvent aussi
s'accrocher par ce lien.
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
5. Structure des protéines:
5.1 Structure primaire
5.2 Structure secondaire
5.2 Structures secondaires des protéines

Dans la forme reploiée, on trouve des structures


régulières facilement reconnaissables : des hélices et des
feuillets.
On appelle celles-ci des structures secondaires.
Hélice α :

Les hélices α sont


caractérisées par :
un pas de 5.4 Å
3,6 acides aminés
par tour d'hélice
en moyenne.
Des liens hydrogène
contribuent à cette
structuration en hélice
Feuillets plissés β :

Certaines protéines
contiennent des éléments de
structure en feuillets
plissés, à nouveau ordonnés
entre autre grâce à des liens
hydrogène.
CH 14. ACIDES AMINES, PEPTIDES ET
PROTEINES
1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
5. Structure des protéines:
5.1 Structure primaire
5.2 Structure secondaire
5.3 Structure tertiaire
5.3 Structure tertiaire des protéines

Les protéines se présentent sous plusieurs aspects en raison


de leur forme qui est réglée par les interactions de type liens
H ou S-S et par la solubilité et la polarité de leurs
différentes zones.

La répartition dans l’espace de tous les atomes d’une chaîne


polypeptidique constitue sa structure tertiaire.
5.3.1 Protéines fibreuses (insolubles dans l'eau)

Kératines (peau, cheveux , griffes)


La kératine du cheveu est constituée de 3 hélices α
juxtaposées et unies par des ponts disulfures
La kératine des ongles a la même structure mais est plus
riche en cystéine dans les hélices, donc avec plus de liens S-S
et de rigidité.

Collagène : tissus conjonctifs (cartilages, tendons, veines)


Le collagène est constitué de 3 hélices entrelacées.

Soies: (fibroïne des cocons)


La soie est un empilement de feuillets plissés
5.3.2 Protéines globulaires (solubles dans l'eau et de forme
à peu près sphériques).
Les enzymes : catalyseurs biologiques spécifiques,
comportant une cavité de forme particulière, le site actif.

Hormones peptidiques, telles que l'insuline et certains


messagers chimiques peptidiques.

Protéines de transport comme l'hémoglobine ou la


myoglobine

Protéines de stockage:
Ex: caséine du lait
ovalbumine du blanc d'oeuf
ferritine
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1. Acides aminés naturels
2. Propriétés acide - base
3. Peptides
3.1 Définition - Conventions
3.2 Composition et séquence des protéines
4. Synthèse des peptides
4.1 L'activation
4.2 La chémosélectivité:
4.3 Synthèse des peptides
5. Structure des protéines:
5.1 Structure primaire
5.2 Structure secondaire
5.3 Structure tertiaire
5.4 Structure quaternaire
5.4 Structure quaternaire des protéines

Ceci relève de l'agglomération de sous unités entre elles :


l'hémoglobine est un agrégat de 4 polypeptides sphériques.