ARN structure, et propriétés

UNIVERSITE DE BECHAR
Module de Biologie moléculaire et génie génétique

(Cours)

Responsable du module : Mr. BOUSSOUAR Naceur

LES ACIDES RIBONUCLÉIQUES

A.R.N.

1. Structure des ARN

1.1. Structure primaire :

1.1.1. Composition

Les acides ribonucléiques (ARN) sont des polymères de ribonucléotides unis entre eux par des
liaisons 3’-5’ phosphodiester, ils ont une composition similaire à l’ADN, néanmoins quelques
différences spécifiques :
1- Le sucre sur lequel sont liés l’acide phosphorique et
la base azotée est le ribose.

Figure n°1

2- Dans l’ARN, les bases azotées sont, l’adénine (A), la guanine (G), la cytosine (C), et l’uracile
(U) au lieu de la thymine (T) présente dans l’ADN.
Les ribonucléosides correspondants sont ; l’adénosine, la guanosine, la cytidine, et l’uridine.
Les ribonucléotides correspondants sont ; l’adénosine 5’-triphosphate (ATP), la guanosine 5’-
triphosphate (GTP), la cytidine 5’-triphosphate (CTP), et l’uridine 5’-triphosphate (UTP)
Les ribonucléotides s’associent pour former une seule chaîne polyribonucléotidiques. Cette structure
à un seul brin est appelée structure monocaténaire.
Comme pour l’ADN, la séquence ribonucléotidique de l’ARN s’écrit aussi sous forme d’une
séquence de base orientée dans le sens 5’ 3’

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Figure n°2 : les ribonucléosides (conformation (syn))

1.2. Structure secondaire des ARN

1.2.1. Conformation en double hélice

Bien que la plupart des molécules d’ARN sont à simple brin, des liaisons H peuvent s’établir pour
permettre l’appariement des bases selon : A-U et C-G.
 Ces liaisons s’établissent entre 2 segments distants d’une même chaîne d’ARN présentant une
complémentarité suffisante pour des appariements. Ceci entraîne une conformation en double
hélice sur certaines zones de la molécule d’ARN.
 Ces appariements peuvent se faire sur des longueurs très variables : de quelques bases à
plusieurs dizaines.
 La formation de ces doubles hélices entraîne des motifs structuraux bien définis et
reproductibles :

1.2.2. Les motifs élémentaires

Figure n°3 les motifs élémentaires

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Ces motifs sont :

 Des boucles internes
 Des boucles externes
 Des tiges
 Des renflements
Ils conditionnent la stabilité de la molécule ainsi que ses fonctions.

1.3. Structure tertiaire des ARN

Des régions secondaires plus ou moins distantes (dans un plan en 2 dimensions) d’une molécule
d’ARN peuvent interagir entre elles et entraîner un repliement dans l’espace de la molécule.

Ces interactions peuvent être :

 Des liaisons H entre bases complémentaires de régions non appariées
 Des interactions entre bases modifiées
 Entre atomes du squelette ribose-phosphate
 Entre bases et atomes du squelette ribose-phosphate
Exemples : H du OH du 2’ du ribose et O du groupe phosphate
Les molécules d'ARN peuvent exister sous plusieurs conformations réversibles
dépendantes des conditions de milieu : Mg2+, protéines, peptides…

2. Les différents types d'ARN

2.1. Les ARN messagers (ARNm)

Cette classe est la plus hétérogène dans la taille et la stabilité. Tous les membres de cette classe
fonctionnant comme messagers, les ARNm transportent l'information contenue dans un gène à la
machinerie responsable de la synthèse protéique, où chacun sert comme une matrice sur laquelle une
séquence spécifique des acides aminés est polymérisée pour former une molécule protéique
spécifique, le produit final de gène.

2.1.1. Caractéristiques générales

 Ce sont les copies de gènes de l’ADN. Ils assurent le transfert de l'information génétique des
chromosomes vers le cytoplasme où ils sont traduits en protéine.
 Leur séquence en bases détermine la séquence en acides aminés de la protéine. De plus ils
possèdent des séquences nécessaires au mécanisme de la traduction et à sa régulation.
 Les ARNm correspondent à 1 faible pourcentage des ARN cellulaires : 2 à 4%
 Leur durée de vie est relativement courte :
o 1 à 2 minutes chez une bactérie (correspond au temps de synthèse d’une chaîne
polypeptidique de taille moyenne car traduction et transcription sont couplées)

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o plus long chez les organismes supérieurs (quelques heures à 24 h)

 La taille des ARNm est très variable :
o dépend de la taille de la protéine à traduire.
o dépend également s’il s’agit d’un ARN polycistronique (pour la transcription
ininterrompue de plusieurs gènes adjacents) ou monocistronique (correspondant à un seul
gène avec ses zones en amont et aval pour la régulation)

2.1.2. Structure
Ce sont des polyribonucléotides monocaténaires. Le segment d’ADN, contenant l’ensemble des
triplets codant pour une chaîne polypeptidique, ainsi que les signaux d’initiation et de terminaison
s’appelle un cistron. Si l’ARNm code pour une chaîne polypeptidique, il est appelé ARNm
monocistronique. Chez les bactéries, une même molécule d’ARNm code, souvent, pour plusieurs
chaînes polypeptidiques : dans ce cas l’ARNm est dit polycistronique.

Cas particulier des ARNm des eucaryotes :

Les ARNm des eucaryotes possèdent
 A leur extrémité 5’, un groupement 7-méthyle-guanosine monophosphate appelée « coiffe
en 5’ » ou structure CAP (chaperon)
 A l’extrémité 3’, une « queue polyA » par fixation d’une chaîne de résidus adénosine (de 50 à
250)

Met-7-G-Ribose-5'-O-P-P-P-O-5'-Ribose-P---------------------------3'A-A-A-A---------------A-AA

Ces 2 caractéristiques sont mises en place sur l’ARNm lors de la maturation des préARNm.
Rôles : protection de l’ARNm des 3’ et 5’ vis-à-vis des exonucléases
Régulation de la traduction

2.2. Les ARN stables

2.2.1 Les ARN de transfert (ARNt)

Ils interviennent dans la traduction : ils assurent le transport et le positionnement des acides aminés
au cours de synthèse des protéines
ARNt = petites molécules d’ARN portant un acide aminé correspondant à un codon de l’ARNm qui
sera reconnu par l’ARNt grâce à son anticodon.

a) Caractéristiques générales

 Taille : Formés de 70 à 90 nucléotides seulement ( 30000 Da)

 Chaque ARNt est spécifique d’un acide aminé

 Il existe environ 70 ARNt différents alors qu’il n’existe que 20 acides aminés différents ; donc
plusieurs ARNt portent le même AA, ils sont appelés ARNt isoaccepteurs.

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Ils diffèrent entre eux au niveau de leur séquence nucléotidique mais ils peuvent avoir soit :
o Le même anticodon
o Des anticodons différents mais qui correspondent au même AA (car plusieurs codons du
code génétique codent pour le même AA (“ dégénérescence du code génétique ”)
 Ils représentent  15% de l’ARN total

 Ils comportent des nucléotides atypiques rares, c.-à-d. inhabituels, par exemple par la nature des
bases qu’ils renferment :
o Bases méthylées (méthylG, méthylC)
o Bases rares (T !, dihydrouracile)
o Liaison base-ribose inhabituelle : comme dans la pseudouridine où le C1’ du ribose est lié
au C5 de l’U au lieu du N1)
Ces bases inhabituelles ne sont d’ailleurs pas incorporées telles quelles au moment de la synthèse de
l’ARNt. Elles sont formées secondairement, par modification d’une des 4 bases (A, G, C, U)
normalement utilisées lors de la synthèse.
Malgré la diversité de leur structure primaire, les molécules d’ARNt se ressemblent toutes au niveau
des structures secondaires et tertiaires.

b) Structure secondaire en “feuille de trèfle”

Elle doit son nom à la représentation à plat de la molécule qui fait alors imaginer une tige avec 3
feuilles.
Elle correspond à une structure formée de plusieurs boucles et tiges maintenues par des liaisons H ;
ce qui donne 4 bras en hélice que l’on désigne par leur fonction ou leur caractéristique de structure.

Figure n°4 : Structure secondaire

en feuille de trèfle des ARNt

 Tige ou bras accepteur :

 Le trinucléotide terminal en 3’ est toujours 5’CCA3’
 Fixe l’AA par le OH en 2’ ou 3’ du ribose de l’adénine de l’extrémité 3’ au groupement COOH
de l’AA
 L’extrémité 5’ est toujours phosphorylée

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 La tige est en double hélice par appariement de 7 pb

 Boucle et tige anticodon :

Anticodon = 3 bases de l’ARNt complémentaires du codon de l’ARNm correspondant à l’AA porté
par l’ARNt

 Boucle et tige D :
“D”= dihydrouridine

 Bras TψC :
Contient séquence : thymine-pseudouridine-cytosine

 Boucle variable :
Contient plus ou moins de nucléotides pour compenser le fait que les ARNt n’ont pas tous le même
nombre de nucléotides mais ont la même structure (basée sur 76 nt).

c) Structure tertiaire en “L” des ARNt

Correspond à la conformation tridimensionnelle de l’ARNt. Elle résulte de l’interaction entre :

 La tige-boucle TψC et boucle variable
 La tige-boucle D

Cette compaction laisse l’extrémité 3’ libre et la boucle anticodon tout à fait accessible.

2.2.2. Les ARN ribosomaux (ARNr) (ARN ribosomiques)

a) Caractéristiques générales

 Représentent environ 80% des ARN cellulaires totaux

 Riche en G et C
 Ce sont les composants des ribosomes

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Rappel : ribosomes = agrégats multimoléculaires d’ARN et de protéines, formant 2 sous-unités

associées de taille différente.

Composition des ribosomes

(S = coefficient de sédimentation en unités Svedberg, m=masse moléculaire en kDa)

Il existe donc différents ARNr distincts par leur coefficient de sédimentation :

 Chez les bactéries : ARNr 16S, 23S et 5S
 Chez les eucaryotes : ARNr 18S, 28S, 5,8S et 5S

Les ARNr ont un rôle structural et fonctionnel dans les ribosomes.

b) Structures secondaire et tertiaire

 Structure secondaire :
Bien que leur structure primaire soit différente, il est retrouvé une même structure secondaire-type
conservée chez de nombreux ARNr

 Structure tertiaire
Les ARNr ont des conformations tertiaires complexes dues à de nombreux repliements qui
compactent la molécule

2.2.3. Les ARNsn (small nuclear RNA):

Les cellules eucaryotes contiennent des ARN stables liés à des protéines (RNPsn). Ils sont présents
surtout dans le noyau, de nombreuses copies (105 à 106 copies/cellules). Ils sont appelés SNURPS
(small nuclear ribonucleoprotein particles). Ils interviennent dans les modifications
posttranscriptionnelles des ARNm. (Fabrication des polyA, enlèvement des introns).
Les ARNsn ont une activité catalytique (ribozymes), ils coupent les ARNhn pour libérer les introns
et soudés les exons.
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3. Propriétés des ARN

3.1. Propriétés physiques et chimiques

Solubilité et absorption UV : identiques aux ADN monocaténaires (la longueur d’onde
d’absorption maximale d’un rayon par l’ARN est de 260 nm) donc l’ARN est
hyperchromatique lorsqu’on le compare à l’ADN double brin.
Les ARN sont des polyacides forts.
Leurs sels de Na+ sont solubles dans l'eau.
Les sels d'ammonium quaternaire sont solubles dans les solvants organiques.
Ils sont précipités par les alcools et les cétones.

3.2. Dénaturation thermique

La dénaturation thermique se manifeste également chez les ARN du fait de l’existence de

zones en double hélice qui se dissocient successivement. Le comportement thermique de
l’ARN diffère de celui de l’ADN. Si la température est élevée, l’absorption des rayons UV
d’un échantillon d’ARN augmente graduellement de façon irrégulière à mesure que
l’empilement des bases dans les régions à double brin est réduit. Les courtes régions de
paires de bases se dénatureront avant les régions longues.

3.3. Hydrolyse des ARN :

Hydrolyse acide :
A chaud, en milieu acide, les ARN sont hydrolysés en : H 3PO4 + Bases azotées + Dérivés
furfuraliques (pentoses dégradés)

Hydrolyse alcaline :
L’ARN est susceptible d’être hydrolysé sous l’effet des composés basiques. Ceci est dû à la
présence du groupement 2’-OH de l’ARN, parfaitement positionnée pour participer au
clivage du squelette d’ARN par attaque intramoléculaire du phosphate de la liaison
phosphodiester. Cette réaction est favorisée par un pH élevé. Les produits sont un 5’-OH
libre et un 2’-3’ phosphodiester cyclique, hydrolysé en 2’ ou 3’ monophosphate.
Cette caractéristique est un moyen d’éliminer les ARN d’un milieu en protégeant l’ADN.

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Figure n°5 L’effet d’une base sur l’ARN (formation de 2’-3’ phosphodiester cyclique)

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