Virus de l'immunodéficience humaine

Human immunodeficiency virus 1

Le virus de l'immunodéficience humaine ou VIH-1, Human immunodeficiency virus 1, (en anglais, human
immunodeficiency viruses ou HIV) est une espèce de rétrovirus infectant l'humain et responsable du syndrome Human immunodeficiency virus
d'immunodéficience acquise (sida), qui est un état affaibli du système immunitaire le rendant vulnérable à de 1
multiples infections opportunistes.

Transmis par plusieurs fluides corporels (sang, sécrétions vaginales, sperme ou lait maternel), le sida est
aujourd'hui considéré comme une pandémie ayant causé la mort d'environ 32 millions de personnes entre 1981
2
(date de la première identification de cas de sida) et 2018 . On estime qu'environ 1 % des personnes âgées de
2
15 à 49 ans sont porteurs du VIH, principalement en Afrique subsaharienne .

Bien qu'il existe des traitements antirétroviraux luttant contre le VIH et retardant par conséquent l'apparition du
sida, réduisant ainsi la mortalité et la morbidité, il n'existe à l'heure actuelle aucun vaccin ou traitement définitif.
Le moyen de lutte le plus efficace reste donc la prévention, qui passe notamment par les rapports sexuels
protégés et la connaissance de son statut sérologique de manière à éviter d'infecter autrui.

Schéma de la section d'un VIH.

Classification selon l’ICTV

Royaume Riboviria
Règne Pararnavirae
Embranchement Artverviricota
Classe Revtraviricetes
Ordre Ortervirales
Famille Retroviridae
Sous-famille Orthoretrovirinae
Genre Lentivirus

Espèce
Human immunodeficiency virus 1
1
ICTV 1993
Sommaire
Histoire
Découverte et isolement du VIH
Controverse sur la paternité de la découverte
Séquençage et découverte du VIH-2
Vers une prise de conscience
Structure
Transmission
Cycle de réplication
La fixation ou attachement à une cellule
La fusion, la pénétration et la décapsidation
La transcription inverse
L'intégration
La formation d'un ARN messager
L'épissage
La traduction de l'ARN
Maturation des protéines virales
L'assemblage
Le bourgeonnement
La maturation des virus
Variantes génétiques et origines du VIH
Origine de la variabilité
Diagnostic et suivi infectieux
Diagnostic
Autres méthodes
Suivi infectieux
Physiopathologie
Non-progresseurs à long terme
Contrôleurs du VIH
Épidémiologie
Traitements
Antirétroviraux
Inhibiteurs de la transcriptase inverse
Inhibiteurs nucléosidiques (INTI)
Inhibiteurs non nucléosidiques (INNTI)
Analogues nucléotidiques
Inhibiteurs de la protéase
Inhibiteurs d'intégrase
Inhibiteurs de fusion
Choix thérapeutique
Prévention
Traitement post-exposition
Nouvelles avancées
Contestation du lien avec le sida
Notes et références
Référence biologique
Voir aussi
Articles connexes
Sources
Liens externes

Histoire
Les débuts de l'épidémie de sida datent du 5 juin 1981, quand le CDC américain annonce une recrudescence, dans les villes de Los Angeles, San Francisco et New
York, de cas de pneumonies à Pneumocystis carinii et de sarcomes de Kaposi. Ces deux maladies ont pour particularité d'affecter les personnes immunodéprimées. Il
est justement remarqué que, chez ces patients, le taux de lymphocytes T4 est en chute libre. Ces cellules jouent un rôle essentiel dans le système immunitaire. Les
premiers malades sont tous homosexuels, ce qui fait que ce syndrome, qui ne portait pas encore le nom de sida, est provisoirement appelé le syndrome gay ou cancer
3
gay. Une des premières causes suggérées de cette immunodépression est le poppers, un vasodilatateur très utilisé chez les homosexuels . Mais, dans les mois qui
suivent, d'autres personnes sont infectées, des toxicomanes par injections, des hémophiles et des Haïtiens. Cette découverte révèle que le poppers n'est pas la cause, et
une origine infectieuse est de plus en plus admise. Il reste alors à trouver l'agent infectieux.

Découverte et isolement du VIH

4
 4
L'origine virale est privilégiée, eu égard aux modes de transmission alors identifiés (sanguin et sexuel). Plusieurs virus
5
sont mis en cause , mais on s'aperçoit qu'ils ne sont qu'une conséquence. Robert Gallo et son équipe, qui ont découvert
le premier rétrovirus humain, le HTLV-1, pensent qu'un mutant de ce dernier est la cause du sida. Il explique cela par le
fait que le HTLV-1 fait proliférer les lymphocytes T4, cet agent infectieux faisant l'inverse, une mutation peut donc en
être la cause. Cette hypothèse est renforcée par le fait que certains des cas haïtiens sont positifs à un test de dépistage du
3
HTLV-1. Cette positivité se révèlera être causée par un biais, le HTLV-1 étant très présent à Haïti .

À partir de 1982, avec les premiers cas identifiés en France, la recherche française débute. Willy Rozenbaum, médecin
à l'hôpital Bichat de Paris, veut inciter les chercheurs à étudier plus en avant le sida et à en trouver la cause. Par
l'entremise de Françoise Brun-Vézinet, une collègue médecin, Willy Rozenbaum contacte Jean-Claude Chermann,
Luc Montagnier en 1995 et Françoise
Françoise Barré-Sinoussi et Luc Montagnier, de l'unité d'oncologie virale de l'Institut Pasteur, qui avaient les outils pour
Barré-Sinoussi en 2008.
étudier les rétrovirus. Ces derniers acceptent de commencer les recherches.

En 1983, Robert Gallo n'est pas parvenu à isoler le virus dans les échantillons sanguins de patients atteints du sida.
Willy Rozenbaum pense alors que chez les malades du sida, la plupart des cellules infectées sont détruites et que c'est la raison du manque de résultats dans ces
tentatives d'isolement du virus. Il a alors l'idée de chercher le virus dans un organe riche en lymphocytes, les ganglions lymphatiques de personnes malades mais qui
ne sont pas encore en phase de sida. En janvier 1983, Willy Rozenbaum prélève un échantillon d'un patient atteint d'une lymphadénopathie, pathologie identifiée
comme une maladie opportuniste du stade pré-sida. L'échantillon est mis en culture et Françoise Barré-Sinoussi découvre une activité de transcriptase inverse,
confirmant la présence d'un rétrovirus. Une apoptose apparaît et l'adjonction de globules blancs à la mise en culture relance alors l'activité de transcriptase inverse. Un
6
examen au microscope électronique a permis de visualiser, pour la première fois, le virus , le 4 février 1983.

Après une prise de contact avec Robert Gallo, pour un échange d'informations, l'équipe de l'Institut Pasteur confirme que le
6
virus identifié chez le patient lymphadénopathique n'est pas le HTLV-1 . Ce nouveau rétrovirus est alors appelé
7
Lymphadenopathy Associated Virus (LAV) et les résultats sont publiés dans Science le 20 mai 1983 . À ce stade, le lien entre
le LAV et le sida n'est pas clairement établi par l'équipe de Luc Montagnier. Luc Montagnier et David Klatzmann découvrent
que ce virus détruit les lymphocytes T4 (LT4) avec lesquels il est mis en culture. On savait que le nombre de LT4 diminuait
beaucoup chez les malades atteints de sida. Le LAV était donc sûrement l'agent provoquant le sida.

L'équipe de Robert Gallo publie le 4 mai 1984, dans Science, les résultats de l'isolement d'un virus qu'elle considère comme
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responsable du sida et le nomme HTLV-3 , qui s'avérera, bien plus tard, provenir d'un échantillon envoyé par l'Institut
Pasteur. L'équipe de Jay A. Levy à San Francisco fait de même le 24 août 1984 et trouve plusieurs rétrovirus, qu'elle nomme
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AIDS-associated retroviruses (ARV) . Le VIH en microscopie électronique
à transmission, image de 1985.
Pendant un temps, les trois dénominations HTLV-3, LAV et ARV cohabiteront. En 1986, le sigle VIH (ou HIV) est choisi.

Controverse sur la paternité de la découverte

L’équipe de l’Institut Pasteur et celle de Robert Gallo ont d’abord volontiers échangé réflexions, informations et matériels biologiques : l’urgence des enjeux
sanitaires, des considérations stratégiques de part et d’autre, et des relations personnelles y avaient d’abord concouru. Divers comportements de l’équipe américaine
commencent par étonner les Français, puis finissent par éroder leur confiance qui pâtit beaucoup de la conférence de presse organisée par le HHS le 23 avril 1984
quand la secrétaire américaine à la Santé Margaret Heckler affirma que Robert Gallo avait découvert le virus du sida. C’est à l’occasion de cette même conférence que
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les Américains annoncèrent la prochaine distribution d’un test de diagnostic pour lesquels Gallo et le HHS avaient déposé une demande d’enregistrement juste
quelques heures auparavant. Or l’Institut Pasteur avait déposé une demande de brevet de test de dépistage devant le Bureau américain des brevets le 5 décembre 1983.
Cette demande s’était heurtée à un premier refus pour des raisons administratives. Tandis qu’une deuxième demande se voit refusée, la demande de Gallo et du HHS
11 12
est acceptée en mai 1985 . C’est ce traitement inégal concernant les brevets qui conduira l’Institut Pasteur à engager quatre actions en justice . La polémique
scientifique concernant la priorité des découvertes, qui faute d’éléments définitivement concluants à l’époque, ne faisait que commencer, allait trouver dans ces actions
13
judiciaires un écho tout autant qu’un point d’appui : l’enjeu financier considérable représenté par les royalties dues sur la vente des tests sera une des clefs de cette
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controverse. La presse généraliste, surtout américaine, interviendra plutôt dans un deuxième temps pour relancer la controverse, en n’hésitant pas à soulever des
15, 16
soupçons de fraudes scientifiques à l’encontre de Robert Gallo et d’un de ses collègues .
17
L’Institut Pasteur porte d’abord plainte contre le NIH le 13 décembre 1985 car il pense que la souche utilisée pour mettre au point le
test VIH américain a été conçue à partir de la souche envoyée par Montagnier à Gallo. L’Institut Pasteur demande au tribunal de
reconnaître que le National Cancer Institute, où travaille Gallo, a violé un contrat en faisant une utilisation commerciale du virus Lav qui
leur avait été pourtant transmis à seule fin d’étude. Pasteur demandait également au tribunal d’affirmer la priorité de leur découverte du
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virus du sida et de les déclarer seuls bénéficiaires des royalties sur les tests de dépistage développés à partir de celui-ci . L’Institut
Pasteur perd en première instance pour des raisons formelles qui seront invalidées en appel en mars 1987 quelques jours seulement avant
19
un compromis dont le premier effet est de mettre un terme aux différentes actions judiciaires entreprises — le procès auprès de
l’United States Court of Claims principalement, mais aussi les actions auprès de l’office américain des brevets (USPTO) ou au titre de la
FOIA. Le différend ne se règle donc pas par une décision de justice mais par un compromis entre les parties (« out of court
agreement »), paraphé solennellement le 31 mars 1987, lors d’une rencontre entre le président des États-Unis, Ronald Reagan, et le
20 21
Robert Gallo en 1995. Premier ministre français de l’époque, Jacques Chirac . L’accord n’est toutefois définitivement signé que le 4 décembre 1987 : la
question de la priorité est résolue en qualifiant Gallo et Montagnier de « co-découvreurs » du virus du sida ; les Français renoncent aux
redevances déjà encaissées par leurs adversaires américains ; les redevances associées sont partagées entre les instituts américains alors
22
que, en Europe, elles reviennent intégralement à l’Institut Pasteur . Les deux parties se sont en outre mises d’accord sur une chronologie des découvertes, Gallo et
23
Montagnier s’engageant à ne publier aucune déclaration qui contredirait ce canon .

Le 19 novembre 1989 dans le Chicago Tribune, John M. Crewdson signe un très long article intitulé The Great AIDS Quest-science under the microscope : Robert
Gallo y est, au mieux, accusé d’avoir fait une erreur en contaminant sa souche avec celle de l’Institut Pasteur et, au pire, d’être coupable de fraude scientifique. Par la
24 25
suite, différents articles de Crewdson ou d’autres personnes suivent, relançant la controverse, ce qui conduit les autorités américaines à diligenter plusieurs
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enquêtes administratives, tandis qu’une commission parlementaire menée par le démocrate John Dingell lancera aussi des investigations poussées . Dans une lettre
publiée le 30 mai 1991 dans la revue Nature, Gallo reconnaît — de façon alambiquée — que la souche utilisée par les NIH a été contaminée par celle de l’Institut
22, 27
Pasteur ; il dément toute fraude scientifique . Au cours de l’été 1991, un rapport préliminaire de l’OSI disculpe Gallo de toute accusation de mauvaise conduite
tout en le critiquant pour avoir censuré certains articles ; l’OSI se montre plus sévère à l’égard de Mikulas Popovic, qui, refusant le rôle de bouc émissaire, révèlera en
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septembre 1991 que le professeur Gallo lui aurait demandé de ne pas faire référence au virus envoyé quelques mois plus tôt par l’Institut Pasteur. En janvier 1992 ,
l’OSI, dans son rapport final, reconnaît Popovic coupable de mauvaise conduite scientifique (sans pour autant l’exclure des NIH) mais acquitte Gallo au bénéfice du
doute. Le rapport est contesté par une commission d’évaluation. Le 10 février 1992, le Chicago Tribune confirme les « falsifications » américaines sur la découverte
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du virus du sida. Le 17 juillet 1992, les États-Unis rejettent la demande française de renégociation de l’accord de mars 1987 . L’arrivée à la présidence des États-
Unis de Bill Clinton va infléchir le cours de la controverse : la directrice du NIH est remplacée (par le docteur Harold Varmus), l'enquête de l’ORI débloquée et les
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négociations pour une réévaluation des royalties sur les tests reprises. En décembre 1992 , le professeur Gallo, disculpé de toute accusation de vol, est reconnu
coupable — par le Bureau de l'intégrité de la recherche (ORI) du ministère de la Santé — de « mauvaise conduite scientifique » pour avoir omis de créditer les
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apports de l’équipe de Montagnier dans ses propres travaux . Gallo fit ensuite appel de cette décision. En novembre 1993, l’ORI choisit d’abandonner l’enquête
avant même que Gallo ait été entendu par le bureau d’appel : Popovic ayant été disculpé de toute faute quelque temps auparavant par le bureau d’appel, l’ORI —
32, 33
comme tous les observateurs — anticipa qu’il en serait de même pour Gallo .

En janvier 1994 l’Inspecteur Général du HHS préconise que Gallo soit poursuivi — au pénal — par le procureur des États-Unis de l’État du Maryland qui refuse de
se saisir de l’affaire.

Finalement, et à la suite notamment d'un Investigative Memorandum de l’inspecteur général June Gibbs Brown daté du 6/10 juin, des institutions fédérales
22
américaines reconnaissent, le 11 juillet 1994, que la découverte du VIH est purement française et que Robert Gallo est coupable de fraude scientifique . Ce même 11
juillet, le conseil d’administration de la Fondation franco-américaine (créée par l’accord de mars 1987) reconnaît la priorité des chercheurs français et institue une
répartition des redevances plus favorables à l’Institut Pasteur. En octobre 2010 cette affaire connaît un nouvel épisode mineur opposant l’Institut Pasteur aux
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laboratoires Abbott . La reconnaissance de cette paternité est confirmée en 2008 par le Comité Nobel, lorsqu’il attribue le Prix Nobel de Médecine à Luc
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Montagnier et Françoise Barré-Sinoussi, sans mentionner les travaux de Robert Gallo sur le sujet . Lors d’un entretien, peu de temps après l’attribution des Nobel,
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Robert Gallo se déclare « déçu » de ne pas être également honoré, mais considère que tous les récipiendaires méritent ce prix .

Séquençage et découverte du VIH-2

À côté de la controverse, la recherche continue et le LAV est étudié sous tous les aspects : plusieurs points sont alors démontrés, comme le fait qu'il est totalement
différent du HTLV-1 ― oncovirus poussant les lymphocytes T à se multiplier, alors que le LAV les tue. Avec la coopération du CDC, l'équipe de l'Institut Pasteur
renforce de plus en plus l'hypothèse que le VIH est la cause du sida, ce qui est depuis considéré comme un fait avéré par la communauté scientifique. En janvier 1985,
37
le séquençage du LAV est réalisé par une équipe de l'Institut Pasteur, qui publie ses résultats dans Cell . C'est cette même année qu'a été confirmée l'identité
commune entre les trois virus LAV, HTLV-3 et ARV.

Le 18 juillet 1986, les résultats de l'étude d'un patient venant d'Afrique de l'Ouest sont publiés, dans Science, par l'équipe de Luc Montagnier, en collaboration avec
38
des médecins portugais. Les examens ont permis d'identifier un nouveau type de LAV, le LAV-2 . Le séquençage du nouveau virus est réalisé l'année suivante, ainsi
que la mise au point d'un test de dépistage.

En 1986, le LAV (ainsi que les autres dénominations) est officiellement renommé en virus de l'immunodéficience humaine (VIH), le LAV-1 devient le VIH-1, et le
LAV-2, le VIH-2.

Vers une prise de conscience

La communauté internationale prend conscience de la gravité de l'épidémie qui se transforme rapidement en pandémie et c'est ainsi que, le 26 octobre 1987,
39
l'Assemblée générale des Nations unies vote une résolution invitant tous les États et toutes les agences onusiennes à coopérer pour lutter contre cette pandémie .
Depuis, la lutte contre le VIH/sida est devenue une priorité pour l'ONU à travers son programme Onusida, ainsi que pour nombre de gouvernements. La communauté
scientifique est également très active en vue de mettre au point un vaccin, faisant du VIH le virus le plus étudié à ce jour.

Bien que l'AZT ait été utilisée dès 1986 pour lutter contre le VIH, il faudra attendre le milieu des années 1990 pour qu'arrivent sur le marché des traitements vraiment
efficaces contre la réplication du VIH. Ces traitements, appelés trithérapies, combinent plusieurs médicaments pour combattre le VIH sur plusieurs fronts à la fois. Le
développement de tests biologiques permettant d'estimer la charge virale a grandement participé à l'efficacité de ces traitements, aboutissant à modifier en conséquence
la trithérapie, pour la rendre la plus efficace possible.

Structure
Le VIH est un rétrovirus du genre des lentivirus (du latin lentus « lent »), qui se caractérisent par
une longue période d'incubation avec, par conséquent, une évolution lente de la maladie.
40
Le VIH-1 est un virus sphérique d'un diamètre moyen de 145 nanomètres . Comme de nombreux
virus infectant les animaux, il dispose d'une enveloppe composée d'un fragment de la membrane de
la cellule infectée. Dans cette enveloppe lipidique sont insérés des trimères de glycoprotéine
d’enveloppe (Env). Chaque protéine Env est formée de 2 sous-unités : une sous-unité de surface
gp120 et une sous-unité transmembranaire gp41. La surface d’un virus VIH contiendrait en
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moyenne seulement 14 trimères Env . Lors de l'attachement du virus à la cellule, la protéine Env
gp120 se lie à un récepteur CD4 présent à la surface des cellules CD4+ du système immunitaire.
C'est pour cette raison que le VIH n'infecte que des cellules ayant ce récepteur à leur surface, qui
sont en très grande majorité les lymphocytes CD4+.

À l'intérieur de l'enveloppe, se trouve une matrice protéique (MA) composée de protéines p17 et,
encore à l'intérieur, la capside (CA) composée de protéines p24. C'est ce dernier type de protéines
Le virus de l'immunodéficience humaine.
qui, avec gp41 et gp120, sont utilisés dans les tests VIH western blot. Les protéines nucléocapside
p7 (NC) protègent l'ARN viral en le recouvrant. La protéine p6 est exclue de la capside et se trouve
entre la matrice et la capside, elle permet la sortie par bourgeonnement des virus nouvellement
formés dans la cellule.
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Le génome du VIH, contenu dans la capside, est constitué d'un simple brin d'ARN en double exemplaire (9181 nucléotides) , accompagné d'enzymes :

La transcriptase inverse p66/p51 ou rétrotranscriptase qui rétrotranscrit l'ARN viral en ADN viral.
L'intégrase p32 qui intègre l'ADN viral à l'ADN cellulaire.
La protéase p12 qui participe à l'assemblage du virus en clivant les précurseurs protéiques Gag p55 et Gag-Pol p160. La protéase est
43
présente dans la capside .

Ces trois enzymes sont les principales cibles des traitements antirétroviraux, car elles sont spécifiques aux rétrovirus.

Le génome du VIH est composé de neuf gènes. Les trois principaux sont gag, pol et env, qui définissent la structure du virus et sont communs à tous les rétrovirus.
Les six autres gènes sont tat, rev, nef, vif, vpr et vpu (ou vpx pour le VIH-2), qui codent des protéines régulatrices.
Transmission
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Risque de transmission du VIH-1 selon la voie d'exposition .
Le VIH est présent dans de nombreux fluides organiques. On en a retrouvé dans la salive, les
Nombre de contaminations
larmes et l'urine, mais en des concentrations insuffisantes pour que des cas de transmission estimées pour 10 000
Voie d'exposition
soient enregistrés. La transmission par ces fluides est considérée de ce fait comme négligeable. expositions à une
En revanche des quantités de VIH suffisamment importantes pour déclencher une infection ont source infectée
45
été détectées dans le sang, le lait maternel, la cyprine, le sperme, ainsi que le liquide précédant Transfusion sanguine 9 000
52 46
l'éjaculation et la concentration du virus dans les sécrétions génitales (sperme et sécrétions au Accouchement 2 500
niveau du col de l’utérus chez la femme) sont de bons prédicteurs du risque de transmission du Partage de seringue 47
53 67
chez des toxicomanes
VIH à une autre personne . 48, 49
Rapport anal, réceptif* 50
50
Par voie de conséquence, les trois modes de contaminations sont : Blessure percutanée par aiguille 30
48, 49, 51
Rapport pénis-vagin, réceptif* 10
48, 49
les rapports sexuels non protégés. Qu'ils soient hétérosexuels ou homosexuels, Rapport anal, insertif* 6,5
48, 49
ils représentent la part la plus importante des contaminations Rapport pénis-vagin, insertif* 5
49
le contact avec du matériel contaminé chez : Fellation, réceptif* 1
49
Fellation, insertif* 0,5
les toxicomanes, par injection * sans préservatif
les tatouages, par une mauvaise hygiène du matériel
les transfusés
le personnel de santé
la transmission mère-enfant, durant la grossesse, pendant l'accouchement et lors de l'allaitement. Sans traitement et avec un accouchement
54
naturel, le taux de transmission varie, selon les études, entre 10 et 40 % . C'est durant l'accouchement que les risques d'infection sont les
55
plus élevés (65 % de tous les cas d'infection) . Un traitement et la pratique éventuelle d'une césarienne peuvent faire baisser ce chiffre à
56
1% .

Cycle de réplication
Les cellules cibles du VIH sont celles présentant des récepteurs CD4 à leur surface. Ainsi, les lymphocytes T CD4+, les macrophages, les cellules dendritiques et les
57
cellules microgliales cérébrales peuvent être infectées par le VIH . Ainsi, la réplication virale a lieu dans plusieurs tissus.

La réplication du virus se déroule en plusieurs étapes :

La fixation ou attachement à une cellule

Cette étape repose sur une reconnaissance entre les protéines de la surface virale gp120 et
les récepteurs CD4 de la cellule cible. Après l'union avec un récepteur CD4, gp120
change de conformation et est attiré vers un corécepteur devant également être présent à
côté de la molécule CD4. Plus d'une dizaine de corécepteurs ont été identifiés, mais les
58
principaux sont CXCR4 pour les lymphocytes T CD4+ et CCR5 pour les macrophages .

La fusion, la pénétration et la décapsidation

C'est la seconde étape de l'infection, intervenant juste après l'union de gp120 avec le Processus d'attachement du VIH :
corécepteur. Cette union libère la protéine gp41, qui se fixe sur la membrane 1) Fixation de la gp120 au récepteur CD4
cytoplasmique. Par repli sur elle-même, gp41 attire l'enveloppe virale vers la membrane 2) Fixation d'une boucle variable de la gp120 au corécepteur et fixation de
cytoplasmique, puis la fusion des membranes cellulaire et virale a lieu grâce à un peptide la gp41 sur la membrane cellulaire
de fusion présent dans gp41. La capside du VIH pénètre alors dans le cytoplasme de la 3) Pénétration dans la cellule.
cellule ; une fois à l'intérieur de la cellule, elle se désagrège, libérant les deux brins d'ARN
et les enzymes qu'elle contenait.

Ainsi, la protéine gp120 est responsable de l'attachement et gp41 de la fusion, puis de la pénétration au sein de la cellule.

La transcription inverse

Cette étape est spécifique aux rétrovirus. En effet, ces derniers ayant pour génome de l'ARN et non de l'ADN, une opération de transcription inverse (ou
rétrotranscription) intervient afin de convertir l'ARN viral en une molécule d'ADN en double hélice, seule structure compatible avec celle de l'ADN cellulaire dans
lequel le génome viral doit être intégré pour assurer la réplication du virus. Cette transcription inverse est réalisée par une enzyme virale : la transcriptase inverse, une
ADN polymérase ARN-dépendante associée à l'ARN viral dans la nucléocapside. Après pénétration de la capside dans le cytoplasme, la transcriptase inverse
parcourt l'ARN viral et le transcrit en une première molécule d'ADN simple-chaîne, ou ADN brin(-). Pendant cette synthèse, l'ARN matrice est dégradé par une
activité ribonucléase H portée par la transcriptase inverse. La dégradation de l'ARN est totale, sauf pour deux courtes séquences riches en purines appelées séquences
PPT (polypurine tracts). Ces deux courtes séquences vont servir d'amorces à la transcriptase inverse pour la synthèse du second brin d'ADN, le brin(+), en utilisant
l'ADN brin(-) comme matrice. L'ADN final produit est ainsi une molécule en double hélice (ADN bicaténaire aussi appelé ADN double-brin). Ce processus de
transcription inverse est complexe, et requiert la présence des protéines de nucleocapside fixées sur l'ARN viral puis sur l'ADN brin(-). Une particularité de la
transcriptase inverse est de ne pas être fidèle dans sa transcription et de souvent faire des erreurs. C'est la raison pour laquelle le VIH a une très grande variabilité
génétique.

L'intégration

L'ADN bicaténaire pénètre dans le noyau cellulaire, selon un processus actif encore mal compris. Cet import nucléaire constitue une particularité propre aux lentivirus
qui sont, de fait, capables d'infecter des cellules en phase stationnaire, c'est-à-dire dont le noyau est intact. Pour ce faire, l'ADN bicaténaire est, à ce moment du cycle,
étroitement associé à l'intégrase et d'autres composants protéiques viraux et cellulaires, dans un complexe appelé complexe de pré-intégration. Ce complexe possède la
capacité d'interagir avec des éléments de la membrane nucléaire, pour traverser cette membrane et accéder à la chromatine cellulaire. L'ADN s'intègre ensuite au
hasard dans le génome de la cellule cible, sous l'effet de l'enzyme intégrase.
La formation d'un ARN messager

Les deux brins d'ADN de la cellule « s'écartent » localement sous l'effet de l'ARN polymérase. Des bases
azotées libres du noyau viennent prendre la complémentarité de la séquence et se polymérisent en une chaîne
monobrin, l'ARNm (messager).

L'épissage

L'ARNm ainsi obtenu est hétérogène. En effet, il est constitué d'une succession d'introns (parties non
codantes) et d'exons (parties codantes). Cet ARNm doit subir une maturation pour pouvoir être lu par les
ribosomes. Se passe alors une excision des introns, pour ne laisser que les exons.

La traduction de l'ARN

Une fois sorti du noyau par l'un des pores nucléaires, l'ARNm est lu par les ribosomes du RER (réticulum
endoplasmique rugueux). L'ARNm vient en fait se glisser entre les deux sous-unités du ribosome. À chaque
codon (groupe de trois nucléotides) de l'ARNm, le ribosome attribue un acide aminé. Les différents acides
aminés se polymérisent au fur et à mesure de la lecture. Un codon initiateur AUG (Adénine-Uracile-Guanine)
fera débuter la synthèse, tandis qu'un codon stop (UAA ; UGA ; UAG) en marquera la fin.

Maturation des protéines virales

Les polypeptides ainsi formés ne sont pas encore opérationnels, ils doivent subir une maturation dans
l'appareil de Golgi.

L'assemblage

Les protéines de structure du virus (matrice, capside et nucléocapside) sont produites sous forme de
polyprotéines dénommées polyprécurseurs Gag. Les enzymes virales sont produites elles aussi sous forme de
polyprotéines appelées Gag-Pol (Matrice-Capside-Nucléocapside-Protéase-Reverse Transcriptase -
Intégrase). Lorsqu'elles sortent du Golgi, les polyprotéines Gag et Gag-Pol sont transportées vers la
membrane cellulaire où elles rejoignent les glycoprotéines virales membranaires. Les domaines MA (matrice)
de Gag et Gag-Pol interagissent avec la membrane, tandis que les ARN viraux sont capturés par les domaines Cycle de réplication du virus de l'immunodéficience
NC (nucléocapside) de Gag et Gag-Pol. Des interactions entre les différents domaines de Gag, en particulier humaine.
les capsides, permettent l'assemblage d'une structure globulaire conduisant à la formation d'une particule
virale par bourgeonnement de la membrane plasmique.

Le bourgeonnement

La capside sort de la cellule infectée en arrachant une partie de la membrane cellulaire (à laquelle ont été préalablement fixées les
protéines virales de surface (gp120 et gp41)).

La maturation des virus

Les particules issues du bourgeonnement sont dites immatures. Les interactions des précurseurs Gag et Gag-Pol entraînent un
rapprochement de domaines (PR) dentiques de la protéase, qui vont dimériser et former une protéase active. Cette autoactivation
de la protéase va entraîner la coupure des domaines PR aux alentours, et cette réaction en chaîne va permettre l'activation de Bourgeonnement d'un virion sur
toutes les protéases virales. Ces dernières vont ensuite couper les polyprécurseurs Gag et Gag-Pol entre chacun de leurs un lymphocyte en culture.
domaines. Ceci va libérer la Matrice de la Capside et de la Nucléocapside, cette dernière restant fixée sur l'ARN viral. Les
protéines de capside, par leurs propriétés intrinsèques d'auto-assemblage, formeront la capside à la forme conique caractéristique.
Dans cette capside : la nucléocapside, formée de l'ARN viral, des protéines de nucléocapside, de la transcriptase inverse et de l'intégrase. Cette étape de maturation
virale est essentielle pour rendre les virions infectieux et prêts à infecter de nouvelles cellules.

Variantes génétiques et origines du VIH

Le VIH est un virus qui a une très importante variabilité génétique et présente ainsi une extrême diversité. Deux types ont été identifiés :

VIH-1, le plus présent dans le monde

VIH-2, moins contagieux que VIH-1. Il sévit principalement en Afrique de l'Ouest. Il comprend le VIH-2A et le VIH-2B.

Au sein de chaque type existent plusieurs groupes qui, à leur tour, comportent des sous-types.
59 60
Depuis 1998, le VIH-1 est classé en trois groupes auquel s'ajoute un quatrième découvert en 2009 :

groupe M (pour major group)

groupe O (pour outlier group)
groupe N (pour non-M, non-O group)
groupe P

Les trois premiers groupes (les M, O et N) sont proches du VIScpz infectant le chimpanzé et correspondraient chacun à une transmission indépendante du chimpanzé
61 60
à l'humain . Le dernier groupe (le P) cependant est proche du VIS infectant le gorille (VISgor) .
Le groupe M prédomine largement avec plus de 40 millions de personnes contaminées, contre un peu
61
plus de 500 pour le groupe O et seulement 7 pour le groupe N . Non seulement le groupe M est de loin
le groupe le plus important en nombre de personnes contaminées, mais il est également celui qui est le
plus répandu de par le monde, en étant présent sur tous les continents, alors que les autres groupes sont
62
uniquement présents en Afrique centrale .

Le groupe M comprend neuf sous-types ou clades (de A à D, de F à H, J et enfin K). S'ajoutent

plusieurs formes recombinantes (en anglais circulating recombinant form ou CRF), qui ont pour origine
la multiple infection d'une cellule par des sous-types différents, ce qui entraîne des mélanges dans le
génome viral.

Les sous-types et formes recombinantes du groupe M ne sont pas réparties uniformément sur toute la
planète. Ainsi, en Europe, dans les Amériques et en Australie, c'est le sous-type B qui est le plus présent,
alors qu'en Afrique c'est, selon les régions, le A et le C et, en Asie, toujours selon les régions, les
63
groupes C et E .

Bien que la variabilité génétique au sein d'un même groupe ne semble pas modifier, de manière
significative, la pathogénicité ni la progression de l'infection, elle pose tout de même de sérieux Arbre phylogénétique du VIH et du VIS.
problèmes pour la mise au point d'un vaccin efficace sur tous les groupes et souches du VIH, pour les
64
mesures de la charge virale et dans certains cas particuliers de test VIH . Dans ce dernier cas, c'est ainsi
que les tests de dépistage basés sur des antigènes du VIH-1 de sous-type B et du VIH-2 de sous-type A, peuvent présenter une sensibilité moindre pour la
65
reconnaissance des autres sous-types, particulièrement lors de la primo-infection ou d'une infection par des variants comme les VIH-1 du groupe O .

Origine de la variabilité

L'apparition de nouvelles variantes génétiques est due à un processus d'évolution, dont les mécanismes sont semblables à ceux qui expliquent l'évolution de toute
espèce vivante. La seule différence est que l'évolution du VIH est extrêmement rapide, ce qui a conduit au grand nombre de variantes actuelles. On explique cette
grande variabilité génétique du VIH par plusieurs causes :

Des mutations aléatoires fréquentes

Chez les VIH, le taux de mutations est très important : plus de mille fois plus important que dans le génome d'un humain. En voici les raisons :

la transcriptase inverse, qui permet au VIH de se répliquer, est une enzyme ne possédant pas de mécanisme de détection des erreurs de
transcription. Les erreurs sont donc fréquentes et ont été estimées à une tous les 1 700 à 10 000 nucléotides produits. Comme le génome du
66, 67, 68, 69, 70
VIH est composé d'un peu moins de 10 000 nucléotides, il y a approximativement entre une et 10 mutations à chaque cycle viral .
66
le nombre important de virions produits, qui est de l'ordre de 10 000 par jour pour chaque virion infectant une cellule . Au sein de l'organisme
67
entier, tous les deux jours, de 109 à 1010 virions sont renouvelés . En théorie, on peut donc prévoir que chacun de ces nouveaux virions porte
des mutations différentes.

Ainsi, dans un seul organisme infecté, il y a déjà plusieurs variantes génétiques, représentant ainsi une quasi-espèce virale.

La variabilité du génome viral n'est pas la même pour tous les gènes, certains sont plus enclins à varier que d'autres. C'est ainsi que le gène env est le plus variable
71
(c'est justement lui qui code les protéines de surface gp41 et gp120), alors que le gène pol est le plus conservé .

Les recombinaisons génétiques

Lorsqu'une cellule est infectée par deux virions génétiquement différents, les séquences peuvent se recombiner, ce qui donne naissance à des formes recombinantes.
Ce processus, aléatoire, est favorisé par les comportements à risque, parce qu'ils augmentent la probabilité de contaminations multiples chez une même personne.

Sélection

Il y a ensuite un processus de sélection naturelle. Les erreurs de transcription et les recombinaisons produisent de nombreux virions différents les uns des autres. La
plupart de ces mutations entraînent la production de virions incapables de se répliquer correctement, ce qui les destine à disparaître. Cette importante disparition de
virions est compensée par le grand nombre de virions produits. Parmi les virions survivants, certains ont pour particularité d'être plus résistants aux attaques des
défenses immunitaires. Cela a pour conséquence de les rendre mieux adaptés à leur milieu et, finalement, seuls les virions résistants sont présents dans l'organisme.
Cela mène, à plus ou moins court terme, à une inefficacité des défenses immunitaires, provoquant l'état immunodéprimé de l'organisme si le taux de lymphocytes
CD4+ est trop bas.

La prise d'un traitement médicamenteux par les patients infectés par le VIH entraîne également une sélection au sein de la population virale. Ceci favorise la
transmission des virions mutants les plus résistants aux médicaments. Pour contrer cette adaptation des VIH, les multithérapies visent à « attaquer » le VIH sur
plusieurs facettes à la fois, et ainsi à limiter les possibilités du virus de s'adapter à son milieu.

Origines multiples

La multiplicité temporelle des passages du VIScpz à l'humain est la raison de l'existence des différents groupes du VIH-1. Il en est de même pour le VIH-2, dont
l'ancêtre est le VISsmm.

Diagnostic et suivi infectieux

Le diagnostic précoce de l'infection par le VIH est important pour une bonne prise en charge du VIH/sida. En France, par exemple, un cas sur deux est détecté au
72
moment du stade sida, ce qui, pour les cas non détectés, multiplie par seize le risque de décès du patient dans les six premiers mois de son traitement .

Dans les pays développés, des tests sont pratiqués systématiquement pour les dons de sang, d'organes et de sperme. Le manque de tests a entraîné plusieurs
73
contaminations de masse .

Le diagnostic sérologique est un acte médical réalisé, en France, par un médecin.

Diagnostic
Le diagnostic visant à déterminer le statut sérologique au VIH est réalisé en deux étapes :

le dépistage qui, dans la méthode de référence, passe par une détection des anticorps anti-VIH
la confirmation que les anticorps détectés sont bien liés à une infection par le VIH

La première étape se base sur la détection d'anticorps produits en réponse à une infection par le VIH, les anticorps anti-VIH. Cette production d'anticorps peut être
74
détectée, avec les moyens actuels, en moyenne 22 jours après la contamination . Durant cette période, appelée fenêtre sérologique, le patient est parfaitement
infectieux, ce qui pose des problèmes évidents de santé publique. Une fois la fenêtre sérologique passée, son statut sérologique peut être établi.

La première étape de détection emploie la méthode ELISA, qui utilise la réaction anticorps-antigène pour détecter la présence des anticorps anti-VIH. Pour éviter les
faux négatifs - qui feraient passer à côté d'un cas de séropositivité - le test doit avoir une sensibilité optimale. Un mélange d'antigènes viraux est alors utilisé,
permettant la détection des anticorps anti-VIH-1 et anti-VIH-2 (on parle alors d'ELISA mixte). L'utilisation de deux tests commerciaux d'origine différentes est
généralement effectuée pour éliminer le maximum de faux positifs dès la première étape.
75
Si la détection se révèle positive, douteuse, ou discordante , une confirmation est réalisée. Cette dernière vise à savoir si les anticorps détectés sont bien liés à une
infection par le VIH-1. Pour cela, on utilise une méthode spécifique, dont le but est d'éliminer les résultats faussement positifs. C'est la méthode western blot (WB) qui
est généralement utilisée. Là encore, si le test est douteux ou dénote un début de séroconversion, un second test de confirmation est réalisé trois semaines plus tard, le
temps que la séroconversion soit complète.

Ce n'est qu'à la suite de l'ensemble de ces tests qu'un médecin pourra déclarer un patient séropositif.

Autres méthodes
76
Il existe d'autres techniques de détection d'une infection par le VIH , comme :

le test rapide : par exemple, le test INSTI VIH, qui permet de détecter les anticorps anti VIH-1/VIH-2 en une minute à partir de sang prélevé au
77
bout du doigt .
l'antigéne p24 : utile lorsque la séroconversion n'a pas encore eu lieu complètement : il se positivise entre j10 et j20 après le contage. Le test
devient donc négatif une fois la séroconversion effectuée, cela explique donc l'utilisation de la procédure précédemment décrite comme un
standard.
la méthode combinée : qui utilise l'antigénie p24 et la détection d'anticorps. Cette méthode est intéressante au tout début de la contamination,
car elle réduit la fenêtre sérologique jusqu’à deux à cinq jours, tout en assurant la prise en compte des personnes totalement séroconverties.
l'isolement en culture : utilisé pour les nouveau-nés de mère séropositive, car ces derniers sont obligatoirement séropositifs (au sens
immunologique du terme, les anticorps de la mère ayant été transmis). L'infection est confirmée si une activité de transcriptase inverse est
détectée, ou bien des antigènes p24.
la détection de l'ARN viral : on cherche les gènes gag ou pol du VIH. Cette méthode tend à remplacer la méthode d'isolement par culture pour
les nouveau-nés.

Suivi infectieux

Une fois la séropositivité établie, un suivi régulier de l'infection doit être effectué, pour assurer une bonne prise en charge de la maladie et ainsi évaluer au mieux l'état
du malade. Deux facteurs permettent d'évaluer l'évolution de la maladie :

le taux de lymphocytes T4 présents dans le sang, pour définir le niveau de l'infection et l'atteinte du système immunitaire. Le taux normal chez
l'humain est supérieur à 500 /mm3.
la charge virale, indiquant le nombre de virions dans l'organisme et, par voie de conséquence, la vitesse de réplication du VIH dans
l'organisme.

On considère depuis 2013 en France que tous les malades atteints par le VIH doivent être traités par antirétroviraux, quel que soit leur niveau de lymphocytes
78
CD4+ .

En dessous de 200/mm3 le patient est fortement immunodéprimé et est particulièrement vulnérable aux maladies opportunistes liées au sida. Une antibioprophylaxie
par co-trimoxazole est alors indispensable pour prévenir certaines de ces infections : la pneumocystose et la toxoplasmose cérébrale.

Physiopathologie
L'infection par le VIH évolue en plusieurs phases pouvant se succéder dans le temps :

la primo-infection avec (50 à 75 % des cas) ou sans symptômes, phase de séroconversion qui suit la contamination ;
une phase de latence, parfois accompagnée d'un état de lymphadénopathie généralisée ;
une phase à symptômes mineurs de l'infection à virus de l'immunodéficience humaine ;
la phase d'immunodépression profonde, ou stade de sida généralement symptomatique.

Dès la primo-infection, le virus se réplique activement dans l'organisme, avec une production quotidienne de dix milliards de virions, entraînant la destruction
79
d'environ cinq milliards de lymphocytes T CD4+ . Cette réplication se stabilise, après quelques semaines, à un niveau plus ou moins important selon les sujets. Le
système immunitaire, hyperactivé, compense partiellement la destruction massive des lymphocytes T CD4+ en augmentant leur production, mais l'infection à VIH
persiste malgré tout, avec pour conséquence l'émergence et la sélection de virus mutants qui échappent à la réponse immunitaire de l'hôte.

Des chercheurs du CNRS, de l'Institut Curie et de l'Institut Pasteur ont découvert que le virus modifiait le pH des compartiments cellulaires où il s'accumule dans les
80
macrophages, empêchant ainsi l'activation des enzymes chargées de le dégrader .

Pendant plusieurs années, les lymphocytes T CD4+ semblent se renouveler rapidement malgré leur destruction par le virus, jusqu’à ce que l'épuisement des organes
lymphoïdes centraux (thymus) ne permette plus leur régénération. La destruction des lymphocytes T CD4+ est bien souvent due à l'hyperactivation de ces cellules,
79
par interaction avec certaines structures du virus, et non à une destruction directe par le VIH . Après dix à quinze ans d'évolution spontanée sans traitement, le sujet
est immunodéprimé (stade sida), des pathologies infectieuses ou tumorales rares (dites opportunistes) surviennent et conduisent au décès. Actuellement les traitements
79
antirétroviraux évitent ou retardent l'évolution vers le stade sida, en maintenant les niveaux de réplication du virus au plus bas possible .
La destruction du système immunitaire et la progression clinique avec apparition de
maladies opportunistes sont directement liées au taux sanguin des lymphocytes T
81
CD4+ du patient . L'efficacité des traitements antirétroviraux est évaluée par le
niveau de réplication virale mesurée par la charge virale VIH (taux d'ARN
plasmatique), la mesure de taux de lymphocytes T CD4+ (immunodepression) et
par l'état clinique du patient.

Non-progresseurs à long terme

Plusieurs cas de personnes séropositives ont réussi à garder pendant une longue
durée (au minimum 8 ans), naturellement (c'est-à-dire sans traitement), un taux de
CD4 normal (supérieur à 500/mm³) et une charge virale basse, voire indétectable
82, 83
pour certains . Elles sont dites non-progresseurs à long terme ou encore
asymptomatiques à long terme (ALT). Quelques patients français sans traitement
sont restés asymptomatiques, et même à charge virale indétectable ou presque,
84
pendant au moins vingt ans .
L'évolution de l'infection par le VIH est dite persistante productive et est
Il n'existe pas de modèle unique, certains patients restent dans un état représentée par ce diagramme qui montre la relation entre la charge virale et le
asymptomatique sans évolution significative de leur état, d'autres (la majorité) nombre de lymphocytes T4.
connaissent une lente détérioration de leur système immunitaire. Nombre de lymphocytes T4 par mm3 de plasma
Nombre de copies de l'ARN viral par mL de plasma
Il faut noter le rôle important de la mitochondrie dans l’évolution plus ou moins
rapide d'aggravation de la réplication virale et dans la baisse de la réponse
immunitaire. La protection des mitochondries freine la baisse des lymphocytes T et CD4 et la réplication du virus, favorisant l'état « ALT ». La prise régulière de
coenzymes Q1O (> 100 mg/j), associée à divers anti-oxydants vitaminés A, B, C, D, E, K, ainsi que la prise de différents minéraux anti-oxydants, ont un effet
protecteur sur ces mitochondries au cours des maladies à déficiences mitochondriales, ce qui favorise une bonne réponse immunitaire. Ce rôle protecteur est d’ailleurs
85
important en cas de prise d’un traitement antirétroviral, en bloquant une partie de la toxicité inhérente à la prise du remède et en activant l’anti-oxydation .

Il est important de souligner qu'une ou plusieurs ré-infections à d'autres types ou sous-types de souches virales VIH ne favorise pas le maintien dans l'état « ALT »,
car, du fait de la mutation très rapide du VIH, le risque de recombinaison génétique (en termes de probabilité mathématique) avec des souches plus virulentes diminue
forcement la résistance immunitaire d'un patient lambda et sa réponse immune face à un traitement antirétroviral futur.

Contrôleurs du VIH

Certains patients, très rares (moins de 1 %), qui ne développent pas de maladie malgré parfois plus de vingt années de séropositivité et en l’absence de traitement, sont
appelés « contrôleurs du VIH » (HIC). Il s'agit des patients infectés par le VIH, ne développant pas le sida, dont l'organisme parvient spontanément et durablement à
86, 87
contrôler la réplication virale, maintenant le virus indétectable ou presque dans le plasma (jusqu’à moins de 50 copies d’ARN viral /ml) .
88
Ils font l'objet de recherches qui pourraient conduire à des médicaments ou à un vaccin contre le VIH .

Épidémiologie
Dans le monde, chaque année, il y a environ 1,7 million de cas de
nouvelles infections. En 2018, il y avait 37,9 millions de personnes vivant
avec le virus de l'immunodéficience humaine, la majorité étant en Afrique
sub-saharienne. La même année, 770 000 décès dus au sida ont été
2
recensés .

En France, pour l'année 2018, l’Institut de Veille Sanitaire estime à environ

89
6 200 les nouveaux cas de séropositivité (chiffre stable depuis 2003) . Les Prévalence des porteurs du VIH dans le
rapports hétérosexuels représentent la moitié de ces nouveaux cas et monde (2008).
concernent pour moitié des personnes d’Afrique subsaharienne. Entre 2013
Statistiques des infections et des morts et 2018, le nombre de découvertes de séropositivité a diminué chez les
entre 1990 et 2017. hommes hétérosexuels, mais augmenté chez les homosexuels nés à l'étranger et les femmes hétérosexuelles nées à
l'étranger.. La proportion d’infections à VIH-2 était de 1 % en France, en 2016. Parmi les infections à VIH-1, la
90
proportion de sous-types non-B est de 39% en 2016 . En 2018, 5,8 millions de sérologies VIH ont été réalisées en
France, soit une augmentation de 11 % par rapport à 2013, tandis que le nombre de sérologies confirmées positives a baissé. Cette baisse signifie surtout que
89
l'augmentation du dépistage a bénéficié moins aux personnes les plus exposées au VIH qu'à celles les moins exposées .

Traitements
Les antirétroviraux constituent l'arsenal thérapeutique contre le VIH, qui s'étoffe progressivement. Une vingtaine de médicaments antirétroviraux sont disponibles en
2006 et ont pour but d'interférer différents mécanismes : d'une part, les enzymes du VIH nécessaires à sa réplication et, d'autre part, ses mécanismes d'entrée dans la
cellule.
91, 92, 93, 94
Grâce à la trithérapie utilisée depuis 1996, la mortalité due au sida a chuté, de façon significative, partout où ces nouveaux traitements étaient disponibles .
95, 96
C'est ainsi qu'aux États-Unis, l'utilisation à grande échelle de trithérapies a fait passer le nombre de décès chaque année de 49 000 en 1995 à 15 807 en 2016 .

Ces médicaments sont susceptibles d'avoir des effets secondaires passagers ou permanents, ce qui peut conduire à l'arrêt ou surtout à la modification du traitement,
sachant que, correctement suivis, ils ont une efficacité relativement importante.
97, 98, 99
L'intestin joue un rôle essentiel dans l'immunopathogenèse du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) . La diminution des niveaux de zonuline est
100
corrélée à une mortalité accrue chez les patients VIH . Les traitements par maraviroc (antagoniste de récepteur de CCR5) et raltegravir (inhibiteur de l'intégrase)
101
augmentent la zonuline . Ces données combinées suggèrent que la voie de la zonuline dans sa fonction d'immunité innée peut protéger contre l'infection par le
VIH.
Antirétroviraux

La recherche sur le VIH/sida étant très importante, de nombreuses recherches, études et publications voient régulièrement le jour. Mais la durée entre la conception
102
d'une molécule et son autorisation de mise sur le marché oscillant entre sept et douze ans en France , il faut relativiser les effets d'annonces qui, pour certaines, ne
déboucheront pas sur une application directement pratique dans la lutte contre le VIH/sida.

Ainsi les seuls médicaments reconnus comme réellement efficaces sont les antirétroviraux ayant reçu leur autorisation de mise sur le marché.

Les antirétroviraux sont classés suivant leur domaine d'action :

Inhibiteurs de la transcriptase inverse

Les inhibiteurs de la transcriptase inverse empêchent la synthèse d'ADN proviral (c'est-à-dire qui va permettre la duplication du virus) à partir de l'ARN viral. On
trouve dans cette classe :

Inhibiteurs nucléosidiques (INTI)

Les INTI ont constitué la première classe d'antirétroviraux mise sur le marché en 1985. Ils comprennent la zidovudine (AZT) (synthétisée en 1964), la didanosine
(ddI), la zalcitabine (ddC), la stavudine (d4T), la lamivudine (3TC) (1989 et utilisée à partir de 1995), l'abacavir (ABC) et l'emtricitabine (FTC).

Les mutations du génome à cause de la transcriptase inverse confèrent au VIH une résistance aux INTI, qui peut être croisée entre plusieurs INTI. Ces composés sont
tous neutres ou réducteurs, à l'exception de l'AZT qui est un oxydant.

Inhibiteurs non nucléosidiques (INNTI)

Les INNTI sont des inhibiteurs puissants et très sélectifs de la transcriptase inverse du VIH. On trouve dans cette classe la nevirapine et l'efavirenz. Ils ne sont actifs
que sur les VIH-1. Ils sont métabolisés en phénols par oxydation.

Analogues nucléotidiques

Les analogues nucléotidiques comme le ténofovir qui a été mis sur le marché en 2002, sont des composés organophosphorés.

Inhibiteurs de la protéase

La classe des inhibiteurs de la protéase (IP) est une classe d'antirétroviraux mise sur le marché en 1996. Elle a constitué un tournant majeur dans les stratégies
thérapeutiques contre le virus de l'immunodéficience humaine. Ils agissent en inhibant l'action de la protéase virale qui permet le découpage et l'assemblage des
protéines virales, processus indispensable à l'obtention de virus infectieux. On obtient alors des virions incapables d'infecter de nouvelles cellules. Les IP sont actifs
sur le VIH-1 et le VIH-2, et ne créent pas de résistance croisée avec les INTI ou les INNTI.

Inhibiteurs d'intégrase

Ces inhibiteurs bloquent l'action de l'intégrase et empêchent ainsi le génome viral de se lier à celui de la cellule cible.

Les molécules disponibles actuellement sont : le raltégravir, commercialisé sous la marque Isentress, l'elvitégravir et le dolutégravir, commercialisé sous la marque
Tivicay.

Inhibiteurs de fusion

Les inhibiteurs de fusion-lyse interviennent au début du cycle de réplication du VIH, en bloquant les protéines de surface du VIH ou en perturbant les corécepteurs
des cellules ciblées par le VIH.

Plusieurs produits sont à l'étude et, en 2009, seuls l'enfuvirtide et le maraviroc ont reçu une autorisation de mise sur le marché.

Choix thérapeutique

Depuis le début des années 1990 différentes trithérapies ont vu le jour, pouvant être prescrites en fonction du stade clinique, du taux de lymphocytes T CD4+ et de la
charge virale. Ce traitement antirétroviral comprend actuellement trois médicaments, en général deux inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse, associés à
un inhibiteur des protéases ou à un inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse, ou parfois à un troisième inhibiteur nucléosidique de la transcriptase
inverse (trithérapies). Un inhibiteur de fusion y est éventuellement associé.

Lors d'un premier traitement, la quasi-totalité des patients voient leur charge virale plasmatique rendue indétectable dans les six premiers mois. Ce premier traitement
103
doit être le plus simple et le mieux toléré possible. C'est la non observance du traitement qui est la principale cause de l'échec thérapeutique .

Bien que les traitements antirétroviraux soient très efficaces lorsqu'ils sont bien suivis, le VIH est toujours présent dans l'organisme. Seule sa multiplication est ralentie.
104
Si on a un temps pensé que le sang et le sperme des personnes infectées restaient contagieux , l'étude Partner2, présentée à la 22e conférence internationale sur le
105, 106
sida a montré qu'un porteur d'une charge virale indétectable ne transmet pas le virus .

Prévention
Même si la recherche est très active et que certains candidats vaccins existent avec pour l'un des résultats encourageants concernant la faisabilité de la mise au point
107
d'un vaccin , il n'en existe pas de vraiment efficace contre ce virus. Le préservatif offre une protection simple et efficace lors des rapports sexuels ; depuis le début
des années 2010, l'utilisation prophylactique des agents antirétroviraux Emtricitabine/ténofovir (Truvada) a également prouvé son efficacité contre la transmission lors

108
 108
de rapports sexuels , en particulier chez les populations particulièrement exposées (hommes homosexuels, travailleuses et travailleurs du sexe). Les dons de sang
font l'objet d'une sélection des donneurs, de dépistages systématiques et de traitements spécifiques. Aussi, la prévention se fait par l'utilisation de seringues à usage
unique en toute occasion, en particulier en cas de toxicomanie par intraveineuse ou de traitement substitutif.

Malgré la large diffusion d'informations sur la maladie et la prévention, certaines personnes ont néanmoins des comportements à risque (voir article prise de risque
sida), ce qui nécessite des actions de prévention.

Traitement post-exposition
Le traitement post-exposition (TPE) est actuellement le seul moyen de stopper le VIH ou, plutôt, de ne pas être contaminé par le virus, à la suite d'une exposition. En
effet, à la suite d'une exposition à un risque de contamination (rapport sexuel non protégé par exemple), au plus tard dans les 48 heures suivant cette exposition, si le
traitement est pris, le risque d'être contaminé est réduit de 80 %, ce qui en fait un traitement relativement efficace. La communauté scientifique s'accorde à dire que ce
n'est pas suffisant pour être sûr de ne pas contracter le virus. De plus, des problèmes d'intolérance à ces médicaments font que ces traitements ne sont pas toujours pris
pendant la durée nécessaire (1 mois). Aussi, l'usage du préservatif est toujours conseillé, car c'est le seul moyen de protection efficace s'il est correctement utilisé.

Nouvelles avancées
Des chercheurs français (CNRS - Montpellier, INSERM, Institut Pasteur, VRI) ont identifié en 2017 un marqueur spécifique de cellules
réservoirs du VIH inactives à savoir la protéine CD32a. L’impossibilité d'éliminer ces virus latents constituait un frein majeur pour obtenir une
guérison définitive. Ces copies virales n'étaient en effet pas détectables par le système immunitaire ni accessibles aux traitements
antirétroviraux. Cette découverte a été confirmée par le fait que les lymphocytes CD4 infectés et actifs donc producteurs de virus n'expriment
pas ce marqueur CD32. Comme le déclare Gaël Petitjean « un grand pas vient d'être fait et nous allons intervenir directement sur des cellules
109
réservoir et à terme les cibler lors d'une thérapie rétrovirale » .
Début juillet 2019, des chercheurs américains sont parvenus à éliminer définitivement le virus chez des souris infectées, une première
mondiale, même si la perspective d’une application chez l’humain n’est pas encore en vue. Une prouesse qui repose sur une double
approche novatrice : l’utilisation du système d’édition génétique CRISPR d’une part, et le recours à une technique appelée LASER ART, qui
110, 111, 112, 113
permet de libérer les médicaments plus lentement .

Contestation du lien avec le sida

114, 115
Certaines personnes ou groupes remettent en question le lien de causalité entre le VIH et le sida, voire nient l'existence du virus . Le virologue Peter Duesberg
soutient que le sida est causé par la consommation à long terme de drogues ou d'antirétroviraux. Ce point de vue a été repris pendant un temps par le gouvernement
d'Afrique du Sud et, plus particulièrement, son président de l'époque, Thabo Mbeki. En réaction à ces controverses, la Déclaration de Durban rappelle que les
116
preuves que le sida est causé par le VIH sont claires, sans ambiguïtés et conformes aux plus hauts standards de la science . Ces contestations constituent, selon le
point de vue général, une menace pour la santé publique, en dissuadant la population de se faire tester ou les malades d'être sous des traitements antirétroviraux qui ont
117, 118
fait leurs preuves .

Ces dissidents affirment que l'approche officielle du sida, qui considère comme acquise sa causalité rétrovirale, a eu pour conséquence des diagnostics erronés,
119, 120
l'apparition d'une terreur psychologique et d'une certaine forme de racisme, l'utilisation de traitements toxiques et le gaspillage de fonds publics . Ces opinions
121, 122
sont largement rejetées et sont considérées comme de la pseudo-science par la plupart des membres de la communauté scientifique.

Notes et références
1. ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy
history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté
le 25 janvier 2021
2. Fiche d'information 2019 — Dernières statistiques sur l'état de
l'épidémie de sida (https://www.unaids.org/fr/resources/fact-sheet) -
document de l'ONUSIDA
3. Hervé J. A Fleury (trad. fr), Virologie humaine, Paris, Masson, 2002,
288 p. (ISBN 2-294-00815-4, lire en ligne (https://books.google.com/b
ooks?id=j0jZ4EUI8LwC&printsec=frontcover)), « VIH-1 et VIH-2 -
Historique », p. 164
4. En septembre 1982, l'apparition de la maladie chez des hémophiles
perfusés avec des concentrés plasmatiques filtrés - exempts de
bactéries,champignons et protozoaires - était un argument très fort au
crédit de l'hypothèse virale Une histoire des microbes - Google Livres
(https://books.google.fr/books?id=yMIuk-q4hbcC&pg=PA131&dq=hist 9. (en) Isolation of lymphocytopathic retroviruses from San Francisco
oire+du+sida&hl=fr&ei=h2W1TIrIOsOQjAfsqtm2Aw&sa=X&oi=book_r
esult&ct=result&resnum=6&ved=0CEgQ6AEwBQ#v=onepage&q=his
toire%20du%20sida&f=false)
5. comme le cytomegalovirus cf Une histoire des microbes - Google
Livres (https://books.google.fr/books?id=yMIuk-q4hbcC&pg=PA131& 11. [1] (http://works.bepress.com/matthew_rimmer/74/) et surtout : [2] (htt
dq=histoire+du+sida&hl=fr&ei=h2W1TIrIOsOQjAfsqtm2Aw&sa=X&oi
=book_result&ct=result&resnum=6&ved=0CEgQ6AEwBQ#v=onepag
e&q=histoire%20du%20sida&f=false)
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(PMID 6189183 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6189183),
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patients with AIDS (http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/2
25/4664/840?ijkey=50402d6415df96e004d05f3ead2e3384de838a63
&keytype2=tf_ipsecsha), dans Science
10. Et la réalisation d’un vaccin dans les deux ans.
p://www.liebertonline.com/doi/abs/10.1089/blr.1985.4.226a?prevSear
ch=allfield%253A%2528BLR%2B391%2529&searchHistoryKey=)
12. [3] (http://www.healtoronto.com/starep9.html) ; en plus de l’action
auprès de la Court of Claims, la plus connue, Pasteur engagera la
« tort claim » — action en dommages et intérêts portant sur une
somme de 223 millions de dollars, intentée par Pasteur le 24 avril
1986 sera déclarée irrecevable le 23 octobre 1986 — ; le 12
décembre 1985 une requête au titre de la Freedom of Information Act
(FOIA)est adressée par l’avocat James Swire au HHS et le 23
décembre au Department of Commerce ; une action auprès du
bureau américain des brevets, notamment pour « interference » cf [4]
(http://www.liebertonline.com/doi/abs/10.1089/blr.1986.5.131a?prevS
earch=allfield%253A%2528BLR%2B517%2529&searchHistoryKey=)
. Ces actions seront éteintes par la signature du compromis.
13. Les actions judiciaires permettront aux Français — non sans mal —
d’accéder à des documents consolidant leur position
14. En 1987 cependant Steve Connor publia deux articles dans la revue
britannique The New Scientist daté du 12 février : AIDS: Science
stands on trial (pp. 49-58), et : AIDS: Mystery of the missing data (p.
19)
15. (en) Blinded By Science (http://www.thecrimson.com/article.aspx?ref=
161833)
16. (en) Federal Inquiry Finds Misconduct By a Discoverer of the AIDS
Virus (http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9F0CEFDA103
DF932A05751C1A964958260&sec=health&spon=&pagewanted=1)
17. (Institut Pasteur v. United States of America ; United States Court of
Claims)
18. [5] (https://litigation-essentials.lexisnexis.com/webcd/app?action=Doc
umentDisplay&crawlid=1&srctype=smi&srcid=3B15&doctype=cite&d
ocid=15+Am.+J.+L.+and+Med.+439&key=fb4d80fe44ea086064cb9d
00e3514d73)
19. [6] (http://heinonline.org/HOL/LandingPage?collection=journals&han
dle=hein.journals/amlmed15&div=34&id=&page=) ou encore [7] (htt
p://www.liebertonline.com/doi/abs/10.1089/blr.1987.6.102?prevSearc
h=allfield%253A%2528BLR%2B619%2529&searchHistoryKey=).
20. Cet accord ne fut pas le seul à être signé ce jour là ; un important
traité concernant le contrôle des armements justifiait également cette
rencontre au sommet ; sur l’accord lui même cf. [8] (http://www.lieberto
nline.com/doi/abs/10.1089/blr.1987.6.197) et [9] (http://www.liebertonli
ne.com/doi/abs/10.1089/blr.1999.18.418).
21. Jean-Claude Chermann s’opposait à la signature de cet accord ; il
n’accepta finalement de le signer qu’après en avoir reçu l’ordre par
écrit du directeur de l’Institut Pasteur, Raymond Dedonder Prix Nobel
de médecine pour Jean-Claude Chermann (http://www.nobelcherman
n.com/)
22. Paul Benkimoun et Franck Nouchi, « La France, pionnière contre le
sida » (https://www.lemonde.fr/planete/article/2008/10/07/prix-nobel-l
a-france-pionniere-contre-le-sida_1104045_3244.html), Le Monde,
7 octobre 2008 (consulté le 7 octobre 2008)
23. Voir Mirko Grmek.
24. Comme Inquiry hid facts on AIDS research, paru dans le Chicago
Tribune le 18 mars 1990, où Crewdson révèle la dissimulation à
l’administration américaine de documents concernant les travaux du
professeur Gallo
25. Dans la revue, américaine Science : Culliton, Inside the Gallo Probe,
Science, 22 juin 1990, 248(4962):1494-8 ; Hamilton, What next in the
Gallo case, Science, 15 novembre 1991, 254(5034):944-5.
26. L’enquête que Dingell conduisit à la tête du Subcommittee on
Oversight and Investigations Committee on Energy and Commerce
ne put aller à son terme : fin 1994, la majorité de la Chambre des
représentants passant aux Républicains, Dingell perdit son poste ; un
terme fut mis aux travaux de sa commission ; toutefois un rapport non-
officiel, très critique, fut publié. Abondamment commenté,
favorablement salué dans le Lancet, il fournit notamment matière à un
long article du 1er janvier 1995 de John M. Crewdson, In Gallo Case,
Truth deemed a Casualty. On peut rappeler ici que dans les années
1990 la contamination par transfusion sanguine faisait du sida une
question éminemment politique, les Républicains par exemple étant
accusés d’avoir favorisé la contamination en assouplissant la
réglementation (cf. [10] (http://www.nap.edu/openbook.php?record_id
=6382&page=238).
27. . Dans la foulée, le docteur Robin Weiss fait une déclaration
semblable en Angleterre
28. Grmek donne le 18 mars 1992 comme date du rapport final, tel
qu’accepté par Bernardine Healy.
29. Demande formulée par le ministre français de la Recherche, Hubert
Curien le 19 avril ; l’Institut Pasteur réitèrera cette demande le 16
septembre 1992 Le Soir.be (http://cf%20http://archives.lesoir.be/des-e
xperts-americains-mettent-tres-gravement-en-doute-_t-19930102-Z06
7N7.html).
30. Pour la date exacte on trouve le 31 décembre, ou le 29 — cette
dernière étant plus sûre.
31. L’ORI reprocha aussi : « that Gallo had failed to give proper credit to
American scientists who developed the cell culture in which his
researchers grew the AIDS virus. The report also charged that Gallo
withheld the AIDS culture from other laboratories, slowing the pace of
research ».
32. Dans le communiqué de presse annonçant cette décision de ne plus
poursuivre, l’ORI affirma que les charges retenues contre Gallo ne
pouvaient plus être soutenues avec succès du fait d’une procédure
nouvellement adoptée qui se montrait plus favorable aux accusés —
une affirmation qui a été ultérieurement contestée, voir [11] (https://ww
w.nytimes.com/1993/11/08/us/science-and-law-clash-over-fraud-case
-appeals.html) et [12] (http://articles.latimes.com/1993-11-13/news/mn
-56490_1_aids-virus).
33. Communiqué de presse du HHS concernant la décision de l’ORI du
12 novembre 1993 : [13] (http://www.sciencefictions.net/pdfdocs/HHS
_news_release_11.12.93.pdf).
34. [14] (http://www.france-amerique.com/articles/2010/10/08/sida_pasteu
r_perd_un_proces_contre_le_laboratoire_americain_abbott.html)
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53. selon étude portant sur 2 500 couples africains hétérosexuels, dont
l’un seulement était séropositif, après examen de 78 cas de
transmission en 2 ans. Information issue de la revue Pour la science,
rubrique Actualité, no 403, mars 2011
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57. Ce cycle de réplication est celui communément admis par la
communauté scientifique, mais un groupe de chercheurs britanniques
et américains contestent cette théorie et pensent que le VIH se
reproduit en détruisant certains des globules blancs qui jouent le rôle
de chef d'orchestre du système immunitaire. Voir l'article du quotidien
Le Monde : Le fonctionnement du sida remis en cause par des
chercheurs (https://www.lemonde.fr/web/article/0,1-0@2-3244,36-927
972@51-927973,0.html), du 26 juin 2007 et l'article original
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Référence biologique
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Voir aussi
Sur les autres projets Wikimedia :
Articles connexes
 Origine du virus de l'immunodéficience humaine le VIH (https://commons.wikimedia.org/wi
Gp120 ; ki/Category:HIV?uselang=fr), sur
Discrimination des porteurs du VIH ; Wikimedia Commons
La résistance du VIH face aux inhibiteurs de la protéase ;
Virus de l'immunodéficience féline, ou VIF, qui provoque le sida du chat ; virus de l’immunodéficience humaine,
Le programme FightAIDS@Home ; sur le Wiktionnaire
L'étude clinique STEP, étude ayant testé un vaccin contre le VIH chez des sujets à risques. VIH, sur le Wiktionnaire
Visna-maëdi; le virus Visna est utilisé in vivo ou in vitro en modélisation d'infections par le
VIH.

Sources
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(pour la section Histoire)
(fr) Les rétrovirus (http://anne.decoster.free.fr/d1viro/vtelechar/vpoly/hiv05.pdf), cours de Anne Decoster (pour la section Histoire, Structure,
Transmission, Cycle de réplication, Variabilité génétique et Diagnostic et suivi infectieux)
(fr) Virologie (http://www.eao.chups.jussieu.fr/polys/viro/poly/viro.pdf), cours de Jean-Marie Huraux, Henri Agut, Anne-Marie Fillet, Vincent
Calvez, Vincent Thibault, Agnès Gautheret-Dejean, Anne-Geneviève Marcelin, Claire Deback (pour la section Structure, Transmission, Cycle
de réplication, Variabilité génétique et Diagnostic et suivi infectieux)
Chapitre 26 de Biologie (pour la section Cycle de réplication)
Dossier documentaire de la Société Française de Santé Publique (https://www.sfsp.fr/content-page/item/3117-vih-sida)

Liens externes
(en) Les publications de Gallo et Popovic dans "Science" en 1984 (http://www.sparks-of-light.org/The%20Key%20HIV=AIDS%20Science%20
Papers%20without%20comments.pdf)
(en) Le premier "jet" de la publication précédente (http://www.sparks-of-light.org/cited%20documents%20-scfic/draft_of_m_popovic_05.04.84_
science_article_undated.pdf)
(en) World AIDS Day 2005 - Décembre 1 (http://www.worldaidsday.org)
(en) National Institute of Health: The Evidence that HIV causes AIDS (http://www.niaid.nih.gov/newsroom/focuson/hiv00/default.htm)
(en) NIH Evidence Rebuttal (http://www.healtoronto.com/nih/)
(en) Interview with Kary Mullis about HIV and AIDS (1994) (http://www.virusmyth.net/aids/data/cfmullis.htm)
(fr)(en) Formation Médicale Continue sur le VIH (http://www.cmeonhiv.com)
(en) HIV InSite (http://hivinsite.ucsf.edu) L'Université de Californie à San Francisco
(fr) Mode de fonctionnement du virus (http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/SIDA/images/cycle.swf)
(fr) Sida et VIH, porteurs du virus dans le monde & défis à relever (http://www.greenfacts.org/fr/sida/index.htm) - résumé par GreenFacts d'un
rapport de ONUSIDA (2006)
Dossier documentaire de la Société Française de Santé Publique (https://www.sfsp.fr/content-page/item/3117-vih-sida)

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