FICHE TECHNIQUE BACTERIOLOGIE

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en Biologie clinique

FICHE TECHNIQUE : Enterococcus faecalis

E.faecalis est l’espèce du genre Enterococcus, la plus fréquemment isolée chez l'homme.

HABITAT
E. faecalis fait partie de la flore digestive de l'homme et des animaux. Il peut, par contamination de
voisinage, coloniser la peau, notamment la région périnéale et le vagin. Comme les entérocoques, cette
espèce peut se rencontrer dans l’environnement : (eaux usées, eau douce, sol), et contaminer les
aliments.

POUVOIR PATHOGENE CHEZ L'HOMME

E. faecalis est principalement responsable d'infections urinaires le plus souvent secondaires après
explorations urologiques, d'endocardites évoluant sur un mode subaiguë, sur valves natives ou sur
prothèses, et survenant après explorations digestives ou urologiques, d'infections intra abdominales
(biliaires,...) de suppurations diverses. Le caractère polymicrobien des surinfections à Entérocoques est
fréquent (entérobactéries et anaérobies).
Comme tous les Enterococcus, cette espèce peut être sélectionnée par certains traitements
antibiotiques (céphalosporines de 3° génération, qu inolones). Les infections peuvent avoir un caractère
nosocomial.

ECHANTILLONS
Les urines, les hémocultures, les pus sont les prélèvements principaux où E.faecalis peut être
retrouvé.

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

-Caractères morphologiques
Coques d'aspect ovoïde en courtes chaînes, immobiles en bouillon et acapsulés.
Gram +.

-Caractères culturaux
Anaérobies facultatifs aérobies tolérants
Culture facile sur géloses au sang de mouton : les colonies sont généralement non
hémolytiques ; une sous-espèce E.faecalis variété zymogenes est -hémolytique. Elles
sont larges (0,5-1mm), opaques, blanchâtres, sans aucun pigment jaune.
Croissance possible dans des conditions hostiles
Pousse à 45°C comme tous les entérocoques.
Des milieux sélectifs contenant des antibiotiques (acide nalidixique et colistine) permettent de
sélectionner les entérocoques d'un échantillon polymicrobien.

-Caractères enzymatiques et biochimiques

Oxydase -, Catalase -.
Caractères des principales espèces du genre Enterococcus
production de pyrrolidonyl-arylamidase (PYRA )
production de leucine aminopeptidase (LAP )
esculine hydrolysée
pousse sur milieu hypersalé à 6,5% de NaCl
pousse sur gélose biliée à 40%.

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 Caractères de E. faecalis
hydrolyse de l'arginine
résistant au tellurite de potassium
fermentation des sucres : mannitol +, arabinose -, raffinose -, sorbitol +.

-Caractères antigéniques
E. faecalis présente l'antigène du groupe D de Lancefield.

DIAGNOSTIC DIFFERENTIEL

* avec des bactéries de genres voisins catalase - ayant une morphologie de cocci en
chaîne : quelques caractères permettent de s'orienter :

Vancomycine Gaz PYRA LAP Mobilité

Streptococcus S - -/+ +/- -
Enterococcus S/r - +/- +/- V
Lactococcus S - +/- +/- -
Vagococcus S - + + +
Leuconostoc R + - - -
Globicatella S - + - -

Vagococcus ne pousse pas à 45°C, n'hydrolyse pas l'arginine

* avec les autres Streptocoques du groupe D : complexe S.bovis/S.equinus

S. gallolyticus, S. infantarius, S. equinus et S. bovis sont PYRA - (caractère qui peut être
recherché par une technique rapide), ne poussent pas sur milieux hypersalés et sont
sensibles à l'oxacilline. Seul S. gallolyticus ssp gallolyticus est mannitol +, c’est l’ancien S.
bovis I.

* avec les autres espèces du genre Enterococcus :

Furanes MOB Pigment ADH Mannitol Sorbitol Arabinose Xylose Raffinose Groupe
jaune D
E. faecalis S - - + + + - - - +
E. faecium R - - + + - + - - V
E. gallinarum S + - + + - + + + +
E. casseliflavus nd + + V + V + + V +
E. durans nd - - + - - - - - V
E. hirae nd - - + - - - - V V
E. avium nd - - - + + + - - V
E. raffinosus nd - - - + + + nd + V
MOB : mobilité, ADH hydrolyse de l’arginine
E. faecalis se différencie de la plupart des espèces d’entérocoques par la réduction du tellurite
de potassium

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

ß-lactamines : les entérocoques sont naturellement résistants à l'oxacilline et aux
céphalosporines. L'amoxicilline, la piperacilline sont les pénicillines les plus actives, mais les CMI sont
voisines de 1mg/l, de plus elles ne sont pas bactéricides. L'imipénème n'a pas de supériorité.
La résistance aux pénicillines G et A pour E. faecalis est exceptionnelle (décrite aux USA) et
correspond à une production de pénicillinase C’est un disque ampicilline qui doit être utilisé pour
détecter la résistance aux β-lactamines et non un disque d’amoxicilline.
Dans les infections sévères, il est recommandé de vérifier la CMI de l'amoxicilline.

Aminosides : E.faecalis a un bas niveau de résistance aux aminosides comme tous les
streptocoques et entérocoques. C'est une résistance naturelle de bas niveau (CMI < 250 mg/l) par
défaut de passage de la membrane cytoplasmique : la cible des aminosides étant au niveau du
ribosome.

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Une association avec un antibiotique inhibant la synthèse de la paroi bactérienne (ß-lactamine,
glycopeptide) est synergique. Pour cette action synergique il est indispensable de tester si les
souches ont en plus un mécanisme de résistance enzymatique (enzymes modificatrices APH :
phosphotransférase, ANT : nucléotydiltransférase, AAC : acétyltransférase) aux aminosides : ce test
est effectué avec des disques hautement chargés : gentamicine 500µg, kanamycine 1000µg. En cas
de résistance de haut niveau à la gentamicine et à la kanamycine, la streptomycine (disque de 500µg)
peut être testée.

Macrolides et apparentés : Les macrolides sont peu actifs sur les entérocoques. De plus en
plus des souches ayant acquis une résistance à l'éythromycine se rencontrent : phénotype MLSB,
modification de la cible (ribosome) par une méthylase, qui entraîne une résistance aux macrolides et
aux lincosamides. Ce mécanisme est le plus fréquent. Chez les entérocoques, l'efflux qui ne
toucherait que les macrolides peut exister ; ainsi les lincosamides ne peuvent être conseillés devant
une souche érythromycine R.
E.faecalis présente une résistance naturelle aux lincosamides et aux streptogramines A.

Cotrimoxazole : les entérocoques sont naturellement résistants à tous les sulfamides,

sensibles in vitro au triméthoprime. In vivo, les entérocoques ont la capacité d'incorporer les folates
exogènes (contenus dans des liquides biologiques : urines, contenu du tube digestif), leur permettant
d’échapper à l’action du triméthoprime qui inhibe la synthèse de ces composés. Le CASFM n’a pas
édicté des règles de recommandations pour le cotrimoxazole et les entérocoques et inclut cet
antibiotique dans la liste complémentaire des antibiotiques à tester sur un entérocoque.

Glycopeptides : Naturellement les Entérocoques sont sensibles aux glycopeptides (sauf

E.gallinarum et E.casseliflavus), avec des CMI meilleures pour la teicoplanine (CMI modale 0,5mg/l)
que pour la vancomycine (CMI modale 1mg/l)
En 1987, une résistance plasmidique, transférable est décrite chez les entérocoques, et
particulièrement chez E. faecium. Le mécanisme correspond à une modification de cible (substitution
du dipeptide D-alanine-D-alanine par le D-alanine-D-lactate pour les phénotypes VanA,VanB,VanD,
par le D-alanine-D-sérine pour les phénotypes VanC,VanE,VanG ). Les phénotypes VanA et VanB
sont les plus fréquents, avec des niveaux de résistance différents, épargnant plus ou moins la
teicoplanine, Van A étant le plus résistant (CMI vancomycine : 64-1000mg/l, teicoplanine : 16-
512mg/L). Cette résistance pose un problème majeur aux USA : la fréquence des souches est de
l'ordre de 20%, E. faecium est l'espèce la plus touchée et de plus cette résistance est souvent
associée à une résistance à l'amoxicilline et aux aminosides haut niveau. En Europe, cette fréquence
est beaucoup plus faible de l'ordre de 1,5% pour E. faecium. La fréquence est plus basse pour
E.faecalis (de l’ordre de 0,2%).
La mise en évidence de cette résistance peut être difficile : les CMI aux glycopeptides doivent être
réalisées si le diamètre aux glycopeptides est inférieur à 17mm.
2 possibilités avec E. faecalis : phénotype VanA : haut niveau de résistance (CMI Vanco >64 mg/l,
CMI Teico > 16 mg/l) ou phénotype VanB (CMI Vanco entre 4 et 10 mg/l, CMI Teico < 0,5 mg/l).

Fluoroquinolones : Les fluoroquinolones sont peu actives sur les Entérocoques.

Furanes : pour les souches isolées des urines, les furanes peuvent être testées. La sensibilité
aux furanes permet de différencier E. faecalis et E. faecium : E. faecium étant résistant naturellement
aux furanes.

Maryse ARCHAMBAUD, Danielle CLAVE

Laboratoire de Bactériologie Hygiène
CHU Toulouse Rangueil

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