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L’eutrophisation des eaux met en jeu une succession de processus de déséquilibre du milieu biologique :
• l’introduction dans le milieu aquatique d’un excès de nutriments à base d’azote et de phosphore
• la prolifération, induite par le surplus de nutriments, d’algues et de phytoplanctons, en particulier dans la couche supérieure du milieu
• l’augmentation de la turbidité de l’eau qui limite le passage de la lumière. La photosynthèse ne peut alors s’effectuer que près de la surface du
milieu
• la consommation d’oxygène par ces bactéries, qui provoque une diminution des concentrations d’oxygène dissous dans le milieu
• la mort d’organismes aquatiques aérobies (insectes, crustacés, poissons, mais aussi végétaux) dont la décomposition, consommatrice d’oxygène,
amplifie le déséquilibre
• l’apparition dans le milieu anoxique de composés réducteurs et de gaz délétères (comme le méthane ou les thiols)