Résumé

Chapitre I : Microbiologie de l’eau

L’eau présente des propriétés particulières comme habitat microbien naturel, sa faible
teneur en nutriments fait que ses microorganismes indigènes sont oligotrophes contrairement
aux allochtones (ou étrangers).

I. Classification des eaux

Ils se répartissent en trois catégories :

I.1. Eaux naturelles : elles comprennent les eaux douces et les eaux marines :

Eaux marines Eaux douces

• Salinité élevée: 37-40 g/L • Présence des algues

• Présence des minéraux et des • Présence de la matière organique

gaz dissous et des minéraux

• Les microorganismes se • L’autoépuration est assurée par

trouvent sois en suspension soit les bactéries
adhérés à des surfaces sous
marine ou bien adhérés à des • Sensibles aux variations
sédiments. saisonnières

• Diversité de microorganismes
extrêmes: barophiles, halophiles,
psychrophiles

1
 I.2. Eaux usées
Les eaux usées (ou eaux polluées) sont des eaux qui ont été altérées par l'activité humaine,
elles contiennent des matières organiques, des produits chimiques, des micro-organismes et
d'autres polluants qui peuvent être nuisibles à l'environnement et à la santé humaine

Eaux domestiques Eaux industrielles Eau pluviales

• Diffèrent selon le • Eaux de pluie accumulant plusieurs

• Résulte des activités type d’industrie polluants tels que la poussière
humaines
• Comporte des • elles peuvent être collectées par des
• Comporte des matières systèmes de drainage pour être dirigées
détergents, des graisses, organiques, vers des cours d'eau, des lacs ou des
des débris organiques, azotées, océans.
des eaux de toilettes, phosphorées et des
des matières azotées et métaux lourds • Elles peuvent être utilisées pour
des germes fécaux l'irrigation mais elles sont non-potables

I.3. Eaux brutes

C’est l’eau destinée à la consommation après traitement, elle est recueillie dans des stations de
traitement afin de la « potabiliser » et alimenter les réseaux de distribution des eaux potables.

II. Pollution de l’eau

II.1. Phénomènes de pollution
On appelle pollution de l'eau toute modification chimique, physique ou biologique de la
qualité de l'eau qui a un effet nocif les êtres vivants.

a. Formation des biofilms

Les biofilms se forment par des communautés complexes de microorganismes se développant
sur des surfaces solides ou liquides, tels que les parois des tuyaux, les rochers, les plantes
aquatiques et les équipements de traitement de l'eau.

La formation des biofilms :

 Adhérence réversible des microorganismes sur une surface

 Formation des micro-colonies
 Attachement irréversible
 Développement des colonies : maturation
 Croissance du biofilm : colonisation de nouvelles surfaces.

2
Au fil du temps, les biofilms peuvent devenir très complexes, avec des couches de
microorganismes de différentes espèces, formant des micro-habitats. Ceux-ci peuvent causer
des obstructions dans les canaux et les équipements de traitement de l'eau, ou servir de
réservoirs de pathogènes pour les humains et les animaux.

b. Phénomène d’eutrophisation

L'eutrophisation est un phénomène naturel ou anthropique qui correspond à une

augmentation excessive de la quantité de matière organique dans les écosystèmes aquatiques,
notamment les lacs, les étangs, les rivières et les estuaires.

C’est un processus lent qui se produit comme suit :

 Rejet de la matière organique

 Apport excessif en nitrates, les phosphates et ammoniums
 Croissance excessive des algues et des végétaux aquatiques
 Diminution de la transparence
 Accumulation de la matière organique
 Décomposition de la matière organique par les bactéries aérobies tout en consommant
l’oxygène
 Diminution du niveau d’oxygène dissous en profondeur
 Dominance des bactéries anaérobies nuisibles productrice du méthane et de sulfure
d’hydrogène
 L’écosystème devient anoxique ce qui mène à la mort des poissons, invertébrés et
végétaux aquatiques : disparition de la biocénose (changement irréversible)

L'eutrophisation peut être causée par des sources naturelles, telles que l'apport de nutriments
par les rivières et les cours d'eau, ou par des sources anthropiques, telles que les rejets d'eaux
usées, les engrais agricoles et les activités industrielles.

3
II.2. Paramètres mesurant la pollution des eaux

a. MES :

Matière en suspension : c’est la quantité des matières dissoutes contenues dans l’eau et
exprimés en mg/L.

b. DBO5 :

Demande Biologique en Oxygène en 5 jours: c’est la quantité d’oxygène nécessaire pour

oxyder les M.O organiques biodégradables (protéines, acides gras, éthanol…) présentes dans
l’eau par les bactéries, elle est mesurée pendant 5 jours à 20°C.

c. DCO :

Demande Chimique en Oxygène: quantité de dioxygène consommée par les oxydants

chimiques forts pour oxyder les substances organiques (biodégradables et non
biodégradables) et minérales de l’eau.

III. Epuration des eaux usées

Elle consiste en quatre opérations :

a. Prétraitement physique : c’est l’élimination des grands déchets par :

 Dégrillage: élimination des déchets en faisant passer l’eau à travers des tamis.
 Dessablage: extraction des sables qui se déposent au fond des bassins de traitement.
 Dégraissage-Déshuilage: Elimination des huiles et des graisses, des bulles d’air sont
injectées pour faire remonter les huiles et les graisses à la surface de l’eau, puis, celles-
ci sont raclées.
b. Traitement primaire : Décantation

L’eau à traiter est décantée dans de grands bassins afin d’éliminer les matières minérales
et organiques en suspension qui se déposent au fond du bassin . Il se forme alors des
boues dites « boues primaires » qui seront éliminés par la suite.

Une « floculation » peut être appliquée en ajoutant des produites chimiques qui captent les
matières en suspension

c. Traitement secondaire : Biologique

Les M.O contenues dans l’eau sont dégradées par les microorganismes, le plus souvent
des bactéries (Bacillus, Pseudomonas…) dans des bassins d’activation biologiques

4
 équipés de diapositifs d’aération. Il est réalisé par :boues activées, lits bactériens, lagunage
et biofiltres.

d. Traitement tertiaire :

Appliqué dans certaines stations d’épuration afin d’obtenir une plus pure, il consiste à
éliminer le phosphore et l’azote (nitrification- dénitrification), il implique aussi un
traitement bactériologique (ozonation, chloration…)

IV. Potabilisation de l’eau

L’OMS définit des réglementations bien précises pour assurer la qualité chimique et
bactériologique de l’eau potable.

L’eau brute subit plusieurs traitements à fin de la qualifier de « Potable»:

1. Dégrillage : Vise à éliminer les gros déchets par filtration puis par passage à
travers des tamis
2. Coagulation et floculation :
2.1. Coagulation : déstabilisation des matières colloïdales en ajoutant des
coagulants pour que celles-ci s’agglomèrent.
2.2.Floculation: des produits chimiques sont ajoutés pour induire la formation de
floc à partir des matières colloïdales agglomérés
3. Décantation : élimination des flocs et des matières en suspension par gravité
4. Filtration : Passage de l'eau à travers un lit de sable fin afin d’éliminer les
matières en suspension restantes
5. Désinfection :
5.1.Ozonation : l'ozone est un gaz est doté d’une action bactéricide et antivirale
permettant une désinfection d é l’eau. Il contribue également à la couleur et la
saveur de l’eau.
5.2.Filtration sur charbon actif: utilisé pour la désinfection et contribue également
à l’élimination des macromolécules naturelles, des composés responsables de
la couleur, de goûts et odeurs, des pesticides, des colorants, des métaux
toxiques (cadmium, mercure…) présents à l’état de traces dans les eaux
5.3.Chloration: Ajout du chlore Ajout de produits chlorés (pastilles de chlore, eau
de javel,….) dans les points du réseau de distribution afin de garantir la qualité
microbiologique

5
 V. Autoépuration des eaux

L’eau naturelle se nettoie elle-même grâce à sa flore autochtone en dégradant les

matières organiques polluantes. Ce phénomène se produit généralement dans les rivières et les
lacs. Les microorganismes utilisent et minéralisent la matière organique polluante (protéines,
sucres, graisses, cellulose, lignine…) produisant ainsi de la matière minérale (H 2O, CO2,
NO3-, SO4 2-…).

Mécanisme :

Autoépuration de l’eau = dégradation de la matière organique (décomposition par les

microorganismes) + élimination des formes minérales de l’azote (nitrification et

dénitrification) + élimination des microorganismes (amensalisme, prédation, autolyse…).

V.1. Biodégradation de la matière organique

• Les microorganismes épurateurs les plus rencontrés sont Pseudomonas, Acinetobacter,

Cytophaga et Flavobacterium, Aeromonas et les Entérobactériaceae. Clostridium et
Desulfovibrio interviennent aussi dans l’épuration.

• Les algues, par photosynthèse, assure l’oxygénation du milieu.

• En aérobiose, la fermentation ou l'oxydation des matières organiques par les

microorganismes aboutissent à la formation de matières minérales.

• En absence d’oxygène, la fermentation dégage du méthane et souvent des sulfures

nuisibles pour l’écosystème.

Enfin, la minéralisation totale de l'azote et du soufre est réalisée grâce aux

chimiolithotrophes.

L’azote sous ses formes : nitrate (NO3-), nitrite (NO2-) l’ammonium (NH4+) est éliminé
par :

V.2.1. Nitrification : Lors de la nitrification, l’ammonium est transformé en nitrite

puis nitrate en conditions aérobies, sous l’effet des microorganismes : Nitrosomonas et
Nitrobacter.

V.2.2. Dénitrification : La dénitrification a lieu en condition anaérobie

La dégradation de l’ammonium directement en N2 peut être réalisée par les bactéries

Anammox.

6
 Nitrification- Dénitrification par les microorganismes

V.2. Elimination des microorganismes :

Elle se produit par :

• Amensalisme : exemple : production de substances antimicrobiennes par les

actinomycètes

• Parasitisme : présenté par le rôle des bactériophages et du Bdellovibrio dans

l’élimination de certains groupes bactériens.

• Prédation: par les protozoaires qui attaquent la biomasse bactérienne auto-épuratrice

développée

• Bactériolyse : exemple des mycétozoaires qui lyse Serratia marcescens

• Autolyse bactérienne

7
Résumé

Chapitre II : Microbiologie du sol

La microbiologie du sol se concentre sur l'étude des micro-organismes présents dans le
sol, leurs interactions avec ce dernier et leurs fonctions.

I. Spécificité du système tellurique :

Le sol est formé suite à l'intervention de plusieurs actions chimiques et physiques qui
mènent à l'altération de la roche mère, celle-ci se transforme en une couche minérale
superficielle riche en nutriments et en minéraux, ce qui la rend plus propice à la croissance
des plantes. Avec le temps, les matières organiques provenant des débris végétaux et animaux
se décomposent pour former de l'humus, qui est une substance riche en nutriments et en
matière organique. Au fur et à mesure que la couche minérale superficielle s'épaissit, elle
devient également plus meuble : « sol ».

Le sol est composé de :

 Particules solides : minérales (45%)et organiques (7%)

 Air
 Solutions
 Organismes vivants : édaphone (5%)
La composition minérale du sol peut varier considérablement en fonction de la région
géographique, du type de roche parentale, de la topographie, de la température, de l'humidité
et d'autres facteurs environnementaux.

• La matière organique : elle comporte des matières grossières non dégradées et des
substances résultantes de la dégradation biologique de la matière organique : l'humus.

1
 • La matière minérale : elle se compose de constituants primaires issues de la roche mère
(silice, aluminium…) et d’autres secondaires résultants de la transformation chimique des
constituants primaires

• La solution du sol : Elle se compose d'eau, des substances organiques et minérales

dissoutes ainsi que des gaz. L'eau est retenue dans le sol grâce aux forces capillaires
contenues dans ses agrégats. La composition chimique de la solution du sol change sous
l’influence de plusieurs facteurs tels que la température et le volume d'eau diluant ou
concentrant la solution. Cette eau offre des conditions favorables à la vie de divers
organismes en transportant les nutriments et l'énergie le long des capillaires, les micro-
organismes ont un accès constant aux nutriments et aux minéraux (monosaccharides,
acides aminés, ammonium, phosphate et de potassium ...).

• L'atmosphère du sol : l’air remplit les espaces sans eau entre les particules solides et
sature les colloïdes du sol. Il est généralement saturé de vapeur d'eau et contient 10 fois
plus de CO2 que l'air de l'atmosphère.

Lorsque la concentration d'O2 diminue en dessous de 1%, le métabolisme aérobie ne peux

se produire, il y aura donc un passage vers le métabolisme anaérobie (réduction des
sulfates, dénitrification). Les gaz présents en permanence sont : N2, O2 et CO2. Les gaz
transitoires sont : NH3, H2, CO, NOx, SO2, H2S, CH4, C2H6 ainsi que d'autres substances
organiques volatiles (acide butyrique, alcool, esters).

II. Propriétés du sol

II.1. pH du sol

 La solution du sol est caractérisée par des propriétés tampons qui lui permettent de résister
aux changements de pH
 La valeur du pH du sol dépend de sa composition chimique, et de la décomposition de la
matière organique.
 Le changement du pH affecte la diversité microbienne, et le déroulement des processus
microbiologiques dans le sol tel que les activités enzymatiques.
 Le pH du sol influence la solubilité et la disponibilité des nutriments.
L'acidité du sol peut augmenter à la suite de pluies acides, de la fertilisation et aux
activités microbiennes.

II.2. La température

L'augmentation de la température favorise la minéralisation des matières organiques ou la

décomposition des résidus végétaux en augmentant la vitesse des réactions physiologiques et en
accélérant la diffusion des substrats solubles dans le sol. Son augmentation peut également
induire un changement dans la composition de la communauté microbienne.

II.3. La pression

2
Le développement des micro-organismes est influencé par la pression osmotique liée à l'humidité
du sol qui augmente progressivement au fur et à mesure que le sol se dessèche.
Dans les sols moyennement humides, la pression de la solution varie entre 0,5 et 5 atm. Dans les
sols salés, elle peut atteindre 100 atm.
La pression osmotique est plus élevée dans la solution du sol qu'à l'intérieur des cellules
microbienne (3à 6 atm), elle ralentit leur croissance.

III. Microflore tellurique

Les micro-organismes telluriques transforment la matière organique en créant une
biomasse de leurs propres cellules et en collectant des substrats essentiels pour reconstituer les
réserves d'humus. iIls décomposent et minéralisent les composés organiques, ce ci fait circuler les
éléments indispensables à la production végétale basée sur l'assimilation du CO2 de l'atmosphère.

Ces microorganismes sont représentés par des protozoaires, des algues microscopiques, des
champignons, des bactéries, des actinomycètes, des cyanobactéries et des virus.

• Les bactéries constituent la grande partie de la biomasse du sol. Il existe des bactéries
autochtones qui sont les typiques pour chaque type de sol, et celles zymogènes qui ne se
développent qu'après le rejet d'une grande quantité de matière organique dans le sol

• Les actinomycètes sont très abondants dans la matière organique dont certains participent à
la fixation de l'azote atmosphérique. Leur forme hyphale facilite la colonisation des
particules du sol et le déplacement vers les sources de nutriments. Leur capacité de
croissance à des températures de 40-50°C leur confère un large potentiel de décomposition
de diverses substances.

• Les algues vivent principalement dans les couches supérieures du sol (entre 0 et 10 cm)

• Les cyanobactéries sont productrices d’oxygène, elles utilisent l'azote minéral des nitrates,
nitrites et sels ammoniacaux. Les bactéries rouges se développent en anaérobiose et en
aérobiose, alors que Les bactéries vertes ne se développent qu'en anaérobiose (exemple :
bassins de décantation).

• Les champignons se trouvent essentiellement dans les couches supérieures du sol, Ils se
développent fortement dans les sols acides. les plus courants sont les genres Penicillium,
Aspergillus, Trichoderma, Verticillium, Fusarium, Rhizopus, Mucor, Zygorhynchus..

3
• Les protozoaires peuvent se développer largement dans les sols suffisamment humides. Ils
se trouvent essentiellement dans l'horizon de surface aérobie et se nourrissent de la biomasse
bactérienne.

IV. Interactions avec la faune, les eaux et les végétaux

Elles incluent les interactions des microorganismes entre eux, avec la faune, la flore et leur
milieu, ces interactions peuvent être bénéfiques ou bien négatives :

IV.1. Interaction « Microorganismes-Milieu »

• Les microorganismes du sol aident à la décomposition de la matière organique et à la
formation de l'humus.
• Ils contribuent à la création de structures de sol comme les agrégats qui améliorent la
circulation de l'eau et de l'air.
• Ils libèrent des nutriments tels que l'azote, le phosphore et le potassium, ce qui les rend
disponibles pour les plantes.
• Ils peuvent aider à la dégradation des polluants tels que les hydrocarbures, les métaux lourds
et les xénobiotiques synthétiques, contribuant ainsi à la décontamination des sols pollués.

IV.2. Interaction « Milieu-Microorganismes»

La composition de la microflore tellurique est influencée par :

 La disponibilité d’eau
 La teneur en oxygène du sol
 La température du sol
 Le pH du milieu : certaines espèces de microorganismes préfèrent des sols acides, tandis que
d'autres se développent mieux dans des sols alcalins
 L’abondance des nutriments et la présence des xénobiotiques : exemple : la teneur en azote et
en phosphore qui affecte considérablement l’abondance des microorganismes du sol
 La texture du sol : elle influence la capacité du sol à retenir l'eau et les éléments nutritifs,
exemple : les sols argileux peuvent avoir une capacité de rétention d'eau plus élevée que les
sols sableux, ce qui peut favoriser la croissance de certaines espèces de microorganismes.

4
IV.3. Interaction « Microorganismes-Plantes »
a. Les interactions négatives
 Les microorganismes pathogènes facultatifs peuvent vivre de manière saprophyte
Exemple : Pythium qui est présent dans qui peut causer des dégâts aux plantes lorsque
les conditions sont lui défavorables.
 Les agents pathogène obligatoires. Ils sont très agressifs et ils ne peuvent se développer
qu’en présence de leur plante hôte. exemple : l’hernie du chou: dont l’agent pathogène
est Plasmodiophora brassicae qui cause des excroissances sur les racines.
 Les pathogènes mineurs : Ils peuvent réduire la production végétale sans causer de
symptômes typiques sur les plantes.
b. Les interactions bénéfiques
 Mycorhizes: (association symbiotique entre des champignons et racines des plantes)
- Le phosphore soluble est peu disponible dans le sol, les mycorhizes lui fournissent
du phosphate inorganique à partir de formes insolubles du sol.
- Le champignon va bénéficier de la photosynthèse de la plante pour avoir de
la matière organique riche en énergie.
 Rhizobium : Symbiose entre les bactéries Rhizobium et les plantes légumineuses au
niveau de nodules
- Les bactéries Rhizobium fixent à l’intérieur de ces nodules l’azote atmosphérique
pour le rendre utilisable par la plante
- La plante assure à ces bactéries les sucres, les acides aminés et les vitamines issus
de la photosynthèse.

IV.4. Interaction « Microorganismes-Faune » :

Exemples:

 Les aphides (pucerons) hébergent la bactérie endosymbiote Buchnera qui vit à l'intérieur
de leurs cellules et leur fournit des acides aminés essentiels.
 Les organes génitaux des moustiques peuvent héberger la bactérie Wolbachia qui peut
contrôler la capacité de reproduction de son hôte.
 Les herbivores abritent des microorganismes dans leur rumen (flore intestinale) qui
permettent la digestion de la cellulose.

5
V. Cycle de l’azote

L’azote se trouve sous plusieurs formes dans le sol : NO3, NO2, NH4+, N2…etc.
La transformation de l’azote d’une forme à une autre est assurée par les microorganismes

V.1. Fixation de l’azote :

L’azote atmosphérique N2 est la forme la plus répandue de l’azote sur terre

Quelques bactéries et archées peuvent l’’utiliser grâce à leur « Nitrogénase » (complexe de la

dinitrogénase et la dinitrogénase réductase) en formant l’ammoniac (gaz) :

N2 + 8H → 2NH3 + H2

L’azote atmosphérique peut être fixé par :

 Les bactéries libres dans le sol : Azotobacter, Cyanobactéries.

 Les bactéries en association symbiotiques : Rhizobium qui induisent les légumineuses à
former des nodules racinaires dans lesquels ils prolifèrent et secrètent l’azote.

V.2. Ammonification :
L’ammoniac (NH3) est libéré suite à la décomposition des matières organiques (Acides aminés,
nucléotides..) : c’est l’ammonification.

 Dans un sol sec, le NH3 s’échappe

 Dans un sol humide, il y a formation de NH4+ :

NH3 + H2O → NH4OH → NH4+ + OH-

V.3. Nitrification :
C’est l’oxydation microbienne de l’ammoniac en NO2- et NO3-

En anaérobie, les microorganismes anammox (Brocadia, Kuenenia,

Scalindua, Anammoxoglobus et Jettenia..) oxydent le NH3 en N2. Ça se produit généralement
dans les eaux usées, les bassins de décantation et les sédiments.

6
V.4. Dénitrification :
C’est la réduction du nitrate en azote gazeux (NO, N2O, N2), ce qui assure la fermeture du cycle
et le retour de l’azote à l’atmosphère.

Ces enzymes sont inhibés par l’oxygène, ce processus se produit alors dans les sols engorgés
d’eau

Les microorganismes dénitrifiants du sol sont ; Pseudomonas, Alcaligenes, Bacillus,

Agrobacterium et Flavobacterium

7
Résumé

Chapitre III : Eléments de microbiologie du tube digestif

I. La microflore digestive de l’homme

1.1. Définition, développement et composition

La microflore digestive de l'homme, également appelée microbiote intestinal, fait

référence à l'ensemble des micro-organismes présents dans le système digestif humain.
champignons.

Durant la vie embryonnaire, le tube digestif est dépourvu de microorganismes, la

colonisation débute dès la naissance, elle se produit de manière graduelle, suivant un ordre
spécifique. Les premières bactéries intestinales qui se multiplient sont celles qui nécessitent
de l'oxygène (bactéries aérobies telles que les entérocoques et les staphylocoques). En
consommant l'oxygène présent dans l'intestin, elles favorisent ensuite la colonisation des
anaérobies telles que les bactéroides, Clostridium et Bifidobacterium/

Chaque individu a une composition unique de microflore digestive, qui est influencée par
divers facteurs tels que l'alimentation, le mode de vie, l’antibiothérapie, l'âge, l'environnement
et les interactions sociales (figure 01).

1
 Flore buccale : la bouche offre des conditions favorables au développement des
bactéries en raison de l'abondance d'eau, de la disponibilité de nutriments variés, de la
température et du pH appropriés. On y trouve les Gram positifs : (Streptococcus,
Lactobacillus, Bifidobactérium, Lactobacillus, Corynebactérium..) et les Gram
négatifs : Actinobacillus - Bacteriodes -Compylobacter –Capnocytohphaga
Fusobactérium..)

 Flore gastrique : dans l'estomac, la microflore est très diminuée en raison de l'acidité
gastrique (pH 1-2). Cependant, quelques types bactéries provenant de l'alimentation
peuvent s’y trouver : Streptococcus, Bifidobacterium, Lactobacillus,
entérobactéries..., et la bactérie pathogène Helicobacter pylori qui peut résister à
l’acidité de l’estomac
 Flore intestinale : L’intestin contient environ 100 000 milliards de bactéries
appartenant à plus de 400 espèces différentes. Le duodénum contient peu de bactéries,
tandis que l'iléon présente une plus grande variété ede bactéries.
 Le colon : il contient la population microbienne la plus importante du corps. On y
trouve principalement des bactéries anaérobies du genre Lactobacillus, ainsi que des
bactéries aérobies facultatives telles que E. coli, Klebsiella, Enterobacter et Proteus.

2
I.2. Anatomie du tube digestif

Le tube digestif humain est un système complexe qui permet la digestion, l'absorption
des nutriments et l'élimination des déchets. Il est composé de plusieurs organes:

1. Bouche : assure la mastication et le mélange des aliments. La salive contient des

enzymes qui commencent la décomposition des aliments.
2. Pharynx : Il sert de passage pour les aliments et les liquides
3. Œsophage : C’est un tube musculaire qui transporte les aliments de la bouche à
l'estomac par le biais de contractions musculaires.
4. Estomac : un organe situé dans la partie supérieure de l'abdomen. Il mélange les
aliments et les liquides avec des sucs gastriques contenant des enzymes digestives et les
décompose en une substance semi-liquide appelée chyme.
5. Intestin grêle : Il se divise en trois parties : le duodénum, le jéjunum et l'iléon. C'est
dans l'intestin grêle que la majeure partie de la digestion des nutriments et l'absorption
des nutriments se produisent. Les enzymes digestives provenant du pancréas et de
l'intestin lui-même aident à décomposer les glucides, les lipides et les protéines en
nutriments absorbables.
6. Gros intestin : Il se compose du côlon, du cæcum, de l'appendice, du côlon et il se
termine par le rectum. Sa principale fonction est d'absorber l'eau et les électrolytes des
matières fécales et de former les selles.
7. Rectum : c’est la dernière partie du gros intestin. Il stocke les selles jusqu'à ce qu'elles
soient éliminées du corps par l'anus.
8. Anus : C’est l'ouverture à la fin du tube digestif par laquelle les matières fécales sont
éliminées du corps.

I.3. Rôles de la microflore digestive

Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans la santé et le fonctionnement du

système digestif :

I.3.1. Effet barrière :

Le microbiote intestinal exerce un rôle de protection en formant une barrière contre les agents
pathogènes ingérés. Ce mécanisme comprend plusieurs actions, telles que :

3
  La compétition pour les ressources entre les micro-organismes, qui se manifeste par
leur consommation des mêmes substrats, leur occupation des mêmes sites d'adhésion
ou par la sécrétion de métabolites tels que des acides ou des bactériocines.
 La régulation de la sécrétion de mucus.
 Les récepteurs présents sur les cellules humaines reconnaissent les signaux microbiens
émis par les micro-organismes pathogènes et non pathogènes, ce qui permet de réguler
les réactions inflammatoires et immunitaires.

I.3.2. Rôles nutritionnels et métaboliques

La microflore intestinale joue un rôle essentiel dans divers processus de dégradation,
transformation et synthèse :

 Elle est responsable de la synthèse de certaines vitamines et acides aminés, notamment

les vitamines B et la vitamine K.
 Les fibres alimentaires qui ne peuvent pas être digérées par les enzymes de l'intestin
sont dégradées par les bactéries intestinales, ce qui entraîne la production de gaz et
d'acides gras à chaîne courte tels que l'acétate, le propionate et le butyrate. Ces
composés peuvent ensuite être absorbés par les cellules de l'intestin.
 De même, les hydrates de carbone non absorbés tels que l'amidon, la pectine et les
glycoprotéines sont dégradés par les bactéries intestinales.

I.3.3. Rôles nutritionnels et métaboliques

Les acides biliaires subissent une conjugaison dans le foie, ce qui les rend hydrophiles, c'est-
à-dire plus solubles dans la bile mais moins susceptibles d'être absorbés par l'intestin grêle. En
revanche, les bactéries présentes dans le microbiote intestinal déconjuguent les acides
biliaires, ce qui augmente leur liposolubilité et facilite leur absorption par la muqueuse
colique. Cela permet aux acides biliaires de circuler entre l'intestin et le foie.

I.4. Effets nuisibles :

 Métabolisme glucidique : les activités enzymatiques type ß-glucuronidase de la

microflore peuvent libérer des aglycones ayant un potentiel cancérigène à partir des ß-
glucuronides.
 Métabolisme azoté : la dégradation des nitrates et des amines secondaires par la
microflore peut aboutir à la production de nitrosamines cancérigènes.
 Métabolisme des xénobiotiques : certaines bactéries peuvent inactiver des
médicaments ou produire des métabolites toxiques.

4
 II. La microflore du tube digestif des ruminants

II.1. Généralités :

Le tube digestif des ruminants est adapté à leur régime herbivore grâce à la fermentation
microbienne dans le rumen, qui leur permet de décomposer efficacement les fibres végétales
complexes et d'extraire les nutriments nécessaires à leur survie.

L’estomac est divisé en quatre poches. C'est pourquoi les ruminants sont connus sous le nom
d'herbivores polygastriques. L'appareil digestif, composé du tube digestif et des glandes
annexes, s'étend de la bouche à l'anus.

Anatomie :
1. Bouche : Le processus de digestion commence avec l'ingestion de la nourriture par la
bouche. Les ruminants utilisent leur langue pour saisir l'herbe ou le fourrage, qu'ils
coupent ensuite à l'aide de leurs dents incisives et molaires.
2. Œsophage : Après la mastication, la nourriture passe dans l'œsophage, un tube
musculaire qui transporte les aliments de la bouche à l'estomac.
3. Rumen : Le rumen est la première et la plus grande des quatre parties de l'estomac des
ruminants. Il agit comme une chambre de fermentation où les microorganismes

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 (bactéries, protozoaires, champignons) décomposent les fibres végétales grâce à la
fermentation. Le rumen est capable de stocker et de fermenter de grandes quantités de
nourriture.
4. Réseau : Après avoir subi une première fermentation dans le rumen, une partie du
contenu passe dans le réseau, qui est une structure en forme de réseau de tissu
musculaire. Le réseau agit comme un filtre, permettant aux particules de petite taille et
au liquide de passer à travers et de rejoindre le prochain compartiment, tandis que les
grosses particules sont renvoyées au rumen pour être réduites en taille.
5. Omasum (feuillet) : L'omasum est le troisième compartiment de l'estomac des
ruminants. Il est impliqué dans l'absorption des nutriments, en particulier l'eau et les
électrolytes, ainsi que dans la réduction de la taille des particules alimentaires avant leur
passage dans le dernier compartiment.
6. Abomasum (caillette) : L'abomasum est souvent considéré comme l'estomac "vrai" des
ruminants, car il ressemble plus à l'estomac des autres animaux monogastriques. Il
sécrète des enzymes digestives et de l'acide gastrique pour décomposer les protéines et
les nutriments restants. C'est dans l'abomasum que la digestion chimique principale a
lieu.
7. Intestins:
 L'intestin grêle : Après avoir quitté l'estomac, les nutriments sont absorbés par l'intestin
grêle. Il se compose de trois parties : le duodénum, le jéjunum et l'iléon. Le duodénum
contient des glandes duodénales qui sécrètent des enzymes et reçoit également les
sécrétions du foie et du pancréas permettent de poursuivre et de compléter la digestion.
Les glucides, les protéines et les lipides sont décomposés en petites molécules absorbées
dans le jéjunum et l'iléum. La muqueuse de l'intestin grêle est dotée de villosités qui
augmentent la surface d'absorption et de sécrétion. Le développement de l'intestin grêle
dépend de l'alimentation et de l'espèce.
 Le gros intestin est un réservoir allongé dans lequel se termine la digestion. Il est
composé de trois parties : le cæcum, le colon et le rectum. Le cæcum est relativement
court tandis que le colon est plus long et constitue la majeure partie du gros intestin. Le
gros intestin n'a pas de sécrétion enzymatique significative et les mouvements y sont
faibles. Les résidus non digérés passent dans le rectum, où les matières fécales se
forment et sont évacuées par l'anus.

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Microflore digestive du rumen:

Le rumen contient environ 200 espèces de bactéries, des protozoaires et des champignons,
ainsi que des particules de virus bactériophages.

 Les bactéries du rumen sont classées en fibrolytiques, (Fibrobacter, Ruminococcus

…), adhèrent aux particules fibreuses et produisent des enzymes pour dégrader les
glucides pariétaux. Les bactéries amylolytiques, (Streptococcus, Ruminobacter…) qui
digèrent l'amidon.
 Les protozoaires ruminaux : jouent un rôle de prédateurs en se nourrissant de
bactéries. Ils sécrètent des enzymes qui aident à la digestion des particules ingérées et
récupèrent les nutriments bactériens pour leur propre utilisation.
 Les champignons du rumen, tels que Neocallimastix, Piromyces et Caecomyces, qui
sécrètent des enzymes impliquées dans la digestion des glucides pariétaux
 Les archées méthanogènes : utilisent le dihydrogène produit par les bactéries pour
réduire le dioxyde de carbone en méthane.

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Résumé
Chapitre IV : Contaminations et hygiène des locaux
I. Sources de contamination

Les sources de contamination microbiennes courantes comprennent l'air, l'eau, le

personnel et les matières premières. Permettez-moi de vous donner quelques informations
supplémentaires sur chacune de ces sources.

I.1. Air : L'air est un environnement défavorable aux micro-organismes, mais il s'agit simplement
d'un lieu qu'ils occupent temporairement, il pourrait donc être une source de contaminants
microbiens tels que les bactéries, les virus, les moisissures et les levures. Les micro-
organismes présents dans l'air peuvent provenir de diverses sources, notamment la poussière,
les particules en suspension, les gouttelettes respiratoires et les processus d'aération des eaux
usées. Les zones très fréquentées, les environnements de soins de santé, les installations de
transformation des aliments et les laboratoires sont particulièrement susceptibles d'avoir une
contamination microbienne de l'air.

I.2. Eau : L'eau est une autre source courante de contamination microbienne. Les micro-
organismes pathogènes peuvent être présents dans l'eau potable, les sources d'eau naturelles,
les eaux usées et les eaux de surface contaminées. Des bactéries telles que Escherichia coli,
Salmonella et Legionella, ainsi que des parasites comme Giardia et Cryptosporidium, peuvent
se propager par l'eau contaminée et causer des maladies.

I.3. Personnel : Les personnes peuvent être des porteurs de micro-organismes pathogènes et
contribuer à la propagation des infections. Les travailleurs de la santé, le personnel de
restauration, les manipulateurs d'aliments et d'autres personnes en contact direct avec des
produits sensibles peuvent transférer des bactéries et des virus par leurs mains, leur peau, leur
salive ou leurs sécrétions respiratoires.

I.4. Matières premières : Les matières premières utilisées dans les industries alimentaires,
pharmaceutiques et cosmétiques peuvent également être une source de contamination
microbienne. Les matières premières d'origine animale ou végétale peuvent contenir des
micro-organismes indésirables, tels que des bactéries, des champignons ou des virus.
 I. Principales contaminations :

II.1. Milieu hospitalier :

Les hôpitaux et les établissements de santé sont des environnements propices à la
propagation des infections en raison de la concentration de patients atteints de diverses
maladies et de la présence de nombreux professionnels de la santé et de visiteurs.

Les principales sources de contamination dans les milieux hospitaliers incluent :

 Les patients infectés : Les patients atteints d'infections contagieuses peuvent

transmettre des agents pathogènes à d'autres patients, au personnel médical et aux
visiteurs par contact direct ou indirect. C'est pourquoi les mesures de prévention et de
contrôle des infections, telles que l'isolement des patients infectés, sont essentielles
pour réduire la propagation des infections.
 Le personnel médical : Les professionnels de la santé peuvent être porteurs d'agents
pathogènes et contribuer à leur dissémination s'ils ne respectent pas les bonnes
pratiques d'hygiène, comme le lavage des mains fréquent, le port d'équipements de
protection individuelle (EPI) et le respect des protocoles de stérilisation.
 Les dispositifs médicaux : Les cathéters, les tubes respiratoires, les sondes et autres
dispositifs médicaux invasifs peuvent être des sources de contamination si leur
manipulation et leur entretien ne sont pas effectués de manière appropriée. Des
protocoles stricts de stérilisation et de désinfection doivent être suivis pour prévenir
les infections associées aux soins de santé.
 L'environnement hospitalier : Les surfaces, les équipements et l'air ambiant dans les
hôpitaux peuvent être contaminés par des agents pathogènes. Des procédures de
nettoyage et de désinfection régulières et efficaces sont nécessaires pour maintenir un
environnement sûr.

Les microorganismes existant dans le milieu hospitalier sont divers, comprenant des bactéries,
des levures, des champignons filamenteux, des virus et des parasites. Certains
microorganismes sont opportunistes, tandis que d'autres sont habituellement pathogènes pour
l'homme :

a. Les bactéries : elles peuvent etre d’origine humaine ( eau et des muqueuses ..) comme
Staphylococcus et Enterococcus, ou bien d'origine environnementale, exemple :
Pseudomonas et Legionella,

b. Les champignons : exemple d’Aspergillus spp. Qui fait partie des micro-organismes
impliqués dans les infections nosocomiales et Candida auris, appelée fréquement
"champignon tueur des hôpitaux"

c. Les virus : exemple du virus respiratoire syncytial et les rotavirus, qui peuvent persister
pendant un certain temps dans l'environnement

d. Les parasites : tels que Cryptosporidium parvum, les kystes d'amibes, Giardia intestinalis,
Cyclospora et les microsporidies.

Les locaux hospitaliers sont en effet classés en différents types de zones en fonction du
risque infectieux :

1. Zones à risques minimes : Elles comprennent les espaces administratifs tels que les
bureaux, les couloirs, les salles de réunion et autres zones similaires.
2. Zones à risque moyen : Ces zones concernent les services où des patients sont admis
pour des séjours prolongés ou spécifiques. Il peut s'agir de services tels que les unités de
soins de longue durée, les services de maternité et les services de psychiatrie.
3. Zones à risque sévère : Il s'agit des chambres des patients présentant une
immunodépression significative, tels que les patients atteints de cancer ou de cirrhose.
Ces patients ont un système immunitaire affaibli, ce qui les rend plus vulnérables aux
infections.
4. Zones à très hauts risque : Ce sont les zones où se trouvent les patients présentant un
risque extrêmement élevé d'infection en raison de leur état de santé. Cela inclut les
services des grands brûlés, les services de greffe et le bloc opératoire.

II.2. Milieu industriel

La pollution industrielle mène à des répercussions néfastes sur l'environnement et la

santé humaine.. Différents types de pollution peuvent être identifiés :
  Pollution de l'air : Elle résulte de la présence de particules toxiques. Elle est causée
par les émissions industrielles telles que les fumées provenant des raffineries et des
gaz d'échappement des véhicules (comme le CO2), ainsi que par l'utilisation d'engrais
et de pesticides. Ces formes de pollution augmentent les risques de maladies chez
l'homme, notamment les maladies respiratoires (asthme, bronchiolite, angine,
allergies...), des maladies cardiovasculaires.
 Pollution des sols : elle résulte de l'utilisation d'engrais chimiques et de pesticides sur
les terres agricoles pour accroître les rendements. Ceux-ci ont un pouvoir cancérigène
reporté par plusieurs études , en plus, la contamination du sol peut engendrer des
intoxications alimentaires graves.
 Pollution de l'eau : elle est liée à celle des sols, car elle contamine les nappes
phréatiques. Es maladies hydriques qui en résultent peuvent avoir des effets néfastes
sur la santé humaine et sur l’environnement. Elle peut également avoir des effets
allergènes et même des maladies respiratoires.

II. Règles d'hygiène et normes de sécurité

Conditions d'hygiène

 Nettoyage régulier : des normes élevées de nettoyage et de désinfection pour prévenir

la propagation des infections. Les zones sensibles, doivent être nettoyées fréquemment
et en profondeur.
 Gestion des déchets médicaux : Les déchets médicaux, industriels et chimiques,
doivent être éliminés de manière appropriée et sécurisée pour éviter toute
contamination ou exposition accidentelle.
 Approvisionnement en eau et assainissement : un approvisionnement en eau propre et
de systèmes d'assainissement adéquats doit être disponible pour maintenir des
conditions hygiéniques. Cela inclut l'accès à l'eau potable, des installations sanitaires
propres et des méthodes de gestion des eaux usées.

Personnel :

 Formation en hygiène : Le personnel doit recevoir une formation régulière sur les
bonnes pratiques d'hygiène, y compris le lavage des mains, la désinfection des
surfaces et l'utilisation appropriée des équipements de protection individuelle.
  Lavage des mains : Le lavage des mains fréquent et minutieux est essentiel pour
prévenir la propagation des infections.
 Utilisation d'équipements de protection individuelle (EPI) : Le personnel doit porter
les équipements de protection individuelle appropriés, tels que les gants, les
masques…, en fonction des procédures et des précautions spécifiques à chaque
situation.
 Vaccinations : Le personnel doit être à jour dans leurs vaccinations pour réduire les
risques de transmission d'infections évitables par la vaccination, telles que la grippe ou
l'hépatite B.

III. Désinfection des locaux

Les surfaces, et les équipements et tout ce qui fait partie des environnements hospitaliers
et industriels doivent être maintenus à un niveau élevé de propreté. Trois types d'actions
contribuent à assurer une bonne hygiène :

 Le nettoyage vise à éliminer les saletés visibles, généralement des substances

organiques provenant des matières premières ou du produit en cours de fabrication.
 La désinfection peut être effectuée simultanément avec le nettoyage, mais elle est
plus efficace lorsqu'elle est réalisée après un nettoyage minutieux suivi d'un rinçage
des surfaces. Cela concerne la propreté microbiologique.
 Le rinçage est destiné à éliminer tout résidu des produits utilisés précédemment, sans
ajouter de nouvelles saletés ou de nouveaux micro-organismes. Cela concerne la
propreté chimique.

NB : procédure spécifique de nettoyage et de désinfection est en relation direct avec le

classement de la zone à désinfecter (niveau de risque).