La tombe la plus connue de ce cimetière est sans conteste celle de
Jean Calvin. Après des études de droit, Calvin rompt avec l’Eglise catholique romaine vers 1533. Il doit alors se réfugier d’abord à Bâle où il publie l’Institution de la religion chrétienne en 1536. Il sera recruté par la suite par Guillaume Farel pour aider à la réforme de l’église à Genève où il avait trouvé refuge. En 1537, il est choisi pour devenir pasteur et assumer les baptêmes, les mariages et les services religieux. Cependant, refusant d’employer le pain azyme dans l’eucharistie, comme le propose Berne qui souhaite uniformiser les cérémonies religieuses, Calvin et Farel finissent par être expulsés. Calvin acceptera d’aller œuvrer à Strasbourg. Quelques années plus tard, le Conseil genevois le recontacte pour qu’il accepte de revenir à Genève. Durant son ministère à Genève, Calvin va rédiger plus de 2000 prédications, données initialement deux fois le dimanche et trois fois durant la semaine. L’orateur parle sans notes. Il se mariera, mais son seul enfant meurt en bas âge. Etablie par les historiens, la responsabilité de Calvin dans la dénonciation, par personne interposée, de Michel Servet à l’inquisition française, puis dans son exécution à Genève, entachée de cruauté, va entacher la réputation du réformateur. Plus louable, son souci de créer un collège à Genève, qui ouvrira ses portes le 5 juin 1559. Il décédera des suites d’une hémorragie pulmonaire et sera enterré dans une fosse anonyme au cimetière des Rois.