ACIDES AMINES,

PEPTIDES ET PROTEINES

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 ACIDES AMINES,
PEPTIDES ET PROTEINES
I° GENERALITES
II° LES ACIDES α-AMINES
II°.1 STRUCTURE
II°. 2 SYNTHESE
III°.3 PROPRIETES CHIMIQUES

III° LES PEPTIDES ET LES PROTEINES

III°.1 STRUCTURE
III°.2 SYNTHESE

2
 I° GENERALITES

 Aminoacide = acide aminé = molécule avec une

fonction amine et une fonction acide carboxylique
 L’amine peut être 1aire, 2aire ou 3aire
 La position relative des 2 fonctions peut varier =>
α-aminoacides, β-aminoacides…

3
 Les α-aminoacides les plus importants jouent un rôle
fondamental dans la constitution des tissus et dans les
processus chimiques du vivant
 Les α-aminoacides, reliés les uns aux autres par des
réactions entre le -NH2 d’un acide aminé et le -CO2H
d’un autre, conduisent à des polymères
 Selon leur masse, ces polymères sont appelés :
peptides (≤ 50 unités) ou protéines (> 50 unités)
4
 II° LES ACIDES α-AMINES
II°.1 STRUCTURE R CHCO2H
 Structure la plus fréquente : NH2
ALANINE (Ala)
 Acides aminés « neutres »
H3C CH CO2H
Autant de fonctions amine que
NH2
Acide -aminé "neutre" de fonctions acide
LYSINE (Lys)
 Acides aminés « basiques » 
Plus de fonctions amine que H2N (CH2)4 CH CO2H

de fonctions acide NH2

Acide aminé "basique

ACIDE ASPARTIQUE (Asp)

HO2C CH2 CH CO2H

 Acides aminés « acides »
NH2
Plus de fonctions acide
Acide aminé "acide"
que de fonctions amine 5
 CO2H
H2 N C H
R  Tous les acides aminés
R NOM ABREVIATIONS
sauf la glycine ont un
H  
Glycine Gly
Groupe alkyle :     C* en α de CO2H
  CH3

CH3
Alanine Ala  => activité optique
CH
CH3 

CH2 CH
CH3
Valine Val
 Aminoacides naturels
CH3
  Leucine* Leu
CH CH2 CH3
jouant un rôle
CH3 (S)

CH2 C6H5
Isoleucine*
Phénylalanine
Ile
biologique
* Phé
appartiennent tous à
 
CO2H
HN H
Proline Pro
CH2 2aire
Avec fonction hydroxyle     
la « série L » et sont de
Sérine Ser configuration S sauf
CH2OH
CHOH
Thréonine* Thr cystéine (R)
CH3 6
  Tyrosine Tyr
CH2 OH
• Acides -aminés « neutres »

Gly Ala
Pro Val

Phe Tyr
Try

Met
Leu Ile

Ser

7 Thr
Cys
 • Acides -aminés « acides »

• Acides -aminés « basiques »

Asp Glu
Acide aspartique acide glutamique

• Acides α-aminés carbonylés

« amidoacides »
His
Lys Arg

Gln
Asn

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 Les acides aminés sont désignés par leur nom courant
Exemple : lysine
 Les acides aminés peuvent exister sous forme d’ion
dipolaire appelé "zwitterion" par réaction acido-basique
intramoléculaire
H H

H2N C CO2H H3N C CO2

R R

 Zwitterions = sels internes, avec des propriétés

physiques proches de celles des structures ioniques :
solubles dans l’eau, insolubles dans l’éther et points de
fusion élevés… 9
 Milieu très acide => aminoacide protoné

=> forme cationique (acide conjugué) H3N CHR CO2H

 Milieu très basique => aminoacide déprotoné

=> forme anionique (base conjuguée) H2N CHR CO2

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  Les acides aminés sont des amphotères
 CO2H est plus acide que NH3+
 NH2 est plus basique que CO2-
Milieu acide H Milieu basique

H2N C CO2H
H R H H
H
H2N C CO2
H3N C CO2H OH R
R OH

H
H3N C CO2
R Base conjuguée
Acide conjugué Ion dipolaire neutre
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Point isoélectrique (pI) : valeur de pH pour laquelle
concentration en anion = concentration en cation

 Milieu fortement acide => H3N CHR CO2Hmigre vers la

cathode

 Milieu fortement basique => H2N CHR CO2 migre vers

l’anode
 Au point isoélectrique aucune migration
 Application : séparation analytique des aminoacides
par électrophorèse 12
 Papier à pH = 5,97
CATHODE ANODE
- O O
+
H3N CHC O O H3N CHC O
(CH2)4 H3N CHC O CH2
NH3 H C O
O

LYSINE GLYCINE ACIDE ASPARTIQUE

pI = 9,74 pI = 5,97 pI =2,77

pH au point isoélectrique
pH pH
GLYCINE 6,0 PROLINE 6,3

ALANINE 6,0 ACIDE 2,8

ASPARTIQUE
SÉRINE 5,7 ACIDE 3,2
GLUTAMIQUE
THRÉONINE 5,6 LYSINE 9,6

CYSTÉINE 5,1 ARGININE 11,2 13

 II°. 2 SYNTHESE DES AMINOACIDES
II°. 2.1 Synthèse de GABRIEL
O
- + O H2N CH CO2H
NK
H+ R
O N CH CO2R' + KBr
O
+ R H2O
O OH
R CH CO2R'
OH
Br
O

II°. 2.2 Amination réductrice

O NH3 / H2
CH3 C CO2H H2N CH CO2H
Ni CH3
Amination réductrice d'un -cétoacide
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LES ACIDES AMINES
 II°. 2.3 Synthèse de STRECKER
 Réaction entre un carbonyle, de l’ammoniac et de
l’acide cyanhydrique

NH
O
CH2 CH
CH2 CH
NH3

Une imine
Phénylacétaldéhyde 2-phenylethanimine

KCN, H2O

NH3

CH2 CH CN H+ / H2O CH2 CH CO2H

NH2 NH2

Une -amino nitrile Phénylalanine

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 III°.3 PROPRIETES CHIMIQUES
 Certaines propriétés chimiques sont dues à –NH2 et à
-CO2H pris séparément
LiAlH4
R'OH H2N CH CO2R' H2N CH CH2OH
puis hydrolyse
H+ CH3 CH3

O
O CH3 O CH3 O
R C Cl PCl5
H2N CH CO2H R C HN CH CO2H R C HN CH C Cl + POCl3 + HCl
CH3
HNO2 / H+
HO CH CO2H + N2 + 2H2O
CH3

Diazotation suivie de désamination nitreuse permet par la

mesure du N2 dégagé de doser les acides aminés dans un
mélange (dosage de Van Slyke)
16
 D’autres propriétés chimiques sont dues à la présence
de –NH2 et de -CO2H
 La cyclisation intramoléculaire des γ-acides aminés
conduit à des lactames
O
H2N CH2 CH2 CH2 C OH O
N
H
une lactame
 La cyclisation intramoléculaire des α- et β-acides
aminés donnerait des cycles à 3 ou 4 atomes instables
=> cyclisation intermoléculaire
O O
H
C OH H2N C N
R CH CHR R CH CHR
NH2 HO C N C
H
O O
une dicétopipérazine
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 III° PEPTIDES ET PROTEINES
GÉNÉRALITÉS
 Protéines = constituants essentiels de nombreux tissus
vivants : protéines fibreuses de la peau, les muscles, la
soie, la laine…
 Rôle primordial dans divers processus vitaux :
enzymes, hormones, hémoglobine…
 Les protéines résultent de la condensation de plusieurs
acides aminés avec élimination d’eau
R1 O R3
H
N OH
H2N N + 2H2O
H
O R2 O

UN TRIPEPTIDE
R1 O R3
OH H2N OH
H2N OH H2N
O R2 O
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 –CO-NH-, liaison covalente, est le groupement
caractéristique des peptides => liaison peptidique
liaison peptidique
 liaison peptidique = liaison amide R1 O R3
H
N OH
H2N N
 Dipeptide est formé de 2 acides aminés O R2
H
O

 Tripeptide est formé de 3 acides aminés …

 Peptides de plus petite taille < 10 000 uma
 nombres d’acides aminés < 15 => oligopeptides
 nombres d’acides aminés < 50 => polypeptides

 Protéines (nombres d’acides aminés > 50) peuvent

atteindre plusieurs dizaines de millions d’uma
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  Une unité acide aminé dans un N
H
peptide est appelé résidu O
Résidu Alanyl
 L’extrémité aminée (N-terminale) est à gauche
 L’extrémité carboxylique (C-terminale) est à droite
Extrémité Extrémité
N-terminale C-terminale
O O CH3
H H
H2N N N CO2H
N N
H H
O CH2 O
CH2OH

OH

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LES ACIDES AMINES
 Pour représenter les acides aminés on désigne chaque
fragment –NH-CH(R)-CO- par l’abréviation de l’acide
aminé correspondant
Extrémité Extrémité
N-terminale C-terminale
O O CH3
H H
H2N N N CO2H
N N
H H
O CH2 O
CH2OH

OH
H-Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu-OH

serylglycyltyrosylalanylleucine
 On ajoute H à l’extrémité gauche (N-terminale) et
OH à l’extrémité droite C-terminale 21
 SYNTHESE PEPTIDIQUE
 Beaucoup de peptides ont des applications
thérapeutiques
 Trois voies d’accès aux peptides :
 purification à partir de tissus
 génie génétique : biosynthèse peptidique par
fermentation. Modification des gènes d’une
bactérie pour l’obliger à fabriquer une protéine
 synthèse peptidique
 La structure complexe des protéines rend difficile la
synthèse peptidique par les méthodes classiques au-delà
de 4 à 5 acides aminés 22
LES ACIDES AMINES
 R1 O
SYNTHESE PEPTIDIQUE
R3
H
H2N
N
N
H
OH
 Réaliser un enchaînement
O R2 O
respectant la séquence des
R1 O R3 acides aminés
OH H2N OH protection R1
H2N OH H2N
O R2 O
activation
de OH protection
 Composés plurifonctionnels protection
amine 1 R1 O
acide 2

OH H2N
=> protection et déprotection H2N
O R2
OH
protection
R2
(amine, acide, alcool, thiol…) coupler = déshydrater
O
O R3

 OH est un mauvais
O Cl OH
O N
H
O
Chlorure de
R3
benzyloxycarbononyle
(CBzCl)
groupement partant =>
H2N
O
OH
R3
Activation en chlorure
OR'
d’acide
+
R'OH / H H2N
O

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LES ACIDES AMINES
 Synthèse linéaire de C vers N-terminal
Synthèse en solution R1
H
O R3
N OH
d’un tripeptide H2N
O R2
N
H
O
R3
O-Prot
Prot-HN Sens de l'élongation
O

Déprotection  Extension de la chaîne

amine 3
Prot-HN
O

Cl
peptidique de droite à
O R3

H2N
R3
O-Prot
R2 Prot-HN
N
gauche
O-Prot
Couplage R2
H
O
O
AA 3 et AA 2
Déprotection
R1
amine 2
Cl
Prot-HN R1 O R3
O R3 H
O N O-Prot
H2N O-Prot Prot-HN N
N Couplage AA 1 H
H O R2 O
R2 O

Déprotection finale
amine 1, acide 3 et
 Purification nécessaire à chaque étape : chaînes latérales

=> laborieux R 1 H
O R3
N OH
 Risque de racémisation HN 2
O R2
N
H
O 24
LES ACIDES AMINES
 Synthèse sur phase solide : MERRIFIELD
Chlorométhylpolystyrène
*
*
n

Fixation de
l'acide aminé

Cl Cl Cl
Polymère insoluble dans solvants organiques

 Inconvénients:
Clivage avec acides forts
 => Risque de dégradation du peptide final 25
LES ACIDES AMINES
 RESINE DE WANG
Résine polyacrylamide WANG
*
* n
HN O HN O N O HN O N O N O HN O O
R3
O Résine
O NH O NH O NH Prot-HN

O O O
O Espaceur
acide aminé

OH OH OH
Fixation
acide aminé

R3 R1 O R3
H
O N O
Prot-HN
O
Prot-HN
O R2
N
H
O
Clivage avec acide
Trifluoroacétique à 95%
O Clivage
Déprotection
Automatisation
=
possible
R1 O R3
H
H2N
N
N
OH +
H
O R2 O

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LES ACIDES AMINES
 QUATRE NIVEAUX POUR LA
STRUCTURE DES PROTÉINES
 Structure primaire = séquence d’acides
aminés enchaînés par des liaisons peptidiques
– L’hydrolyse chimique ou enzymatique des
protéines permet d’identifier ses différents
acides aminés

Structure secondaire = les polypeptides

peuvent s’enrouler en structure 2aire : hélice α
et feuillet β. Structure tridimensionnelle des
chaînes d’acides aminés.

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 Structure tertiaire
formée de structures 2aires.
 Structure quaternaire
ensemble de structures 3aires .

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