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Rseaux Baysiens pour la Classification

Mthodologie et Illustration dans le cadre du


Diagnostic Mdical
Philippe Leray Olivier Franois
INSA Rouen / PSI, FRE CNRS 2645
BP 08 - Av. de lUniversit
76801 St-Etienne du Rouvray Cedex
Philippe.Leray@insa-rouen.fr,
Olivier.Francois@insa-rouen.fr
RSUM. Les rseaux baysiens sont des outils privilgis pour les problmes de diagnostic.
Nous dressons dans cet article un panorama des algorithmes utiliss classiquement pour la
mise en uvre des rseaux baysiens dans le cadre du diagnostic, et plus particulirement du
diagnostic mdical. Pour cela, nous passons en revue un certain nombre de questions mthodologiques concernant le choix de la reprsentation des densits de probabilit (faut-il discrtiser
les variables continues ? utiliser un modle gaussien ?) et surtout la dtermination de la structure du rseau baysien (faut-il utiliser un rseau naf ou essayer dapprendre une meilleure
structure laide dun expert ou de donnes ?). Une tude de cas concernant le diagnostic de
cancer de la thyrode nous permettra dillustrer une partie de ces interrogations et des solutions
proposes.
ABSTRACT. Bayesian networks are well suited tools for diagnosis tasks. In this paper, we focus
on classical algorithms used to build diagnosis systems based on bayesian networks, and more
particularly, medical diagnosis systems. We review some methodological questions concerning
the representation of probability densities (discretization ? use of gaussian models ?) and
the choice of the adequate structure (naive Bayes structure ? learning the structure with the
help of an expert or from data ?). A case study, thyroid cancer diagnosis, will illustrate those
considerations and some implemented algorithms
MOTS-CLS :

diagnostic mdical, apprentissage de paramtres, apprentissage de structure

KEYWORDS:

medical diagnosis, parameter learning, structure learning

RIA 15/2002. Rseaux Baysiens, pages 1 25

RIA 15/2002. Rseaux Baysiens

1. Introduction
Un diagnostic mdical est le rsultat du raisonnement dun mdecin, dcision trs
souvent prise partir dinformations incertaines et/ou incompltes. De nombreuses
techniques dintelligence artificielle ont t appliques pour essayer de modliser ce
raisonnement [LAV 97, LAV 99]. Ainsi, [SZO 82] prsente lutilisation dtaille de
plusieurs systmes experts en mdecine. Citons, par exemple, des systmes base
de rgles comme MYCIN [SHO 74, BUC 84] et Internist-1/QMR (Quick Medical
Reference) [MIL 82].
En amont de ce raisonnement, il faut aussi tre capable de modliser ces informations incertaines et/ou incompltes. Certaines approches ont utilis des formalismes
comme la logique floue ([STE 97]) ou les fonctions de croyance de Dempster-Shafer.
Une autre consiste se placer dans le cadre de la thorie des probabilits, ce qui nous
amne tout naturellement aux rseaux baysiens (RB) proposs par Pearl [PEA 88]
dans les annes 80, retrouvs parfois sous le nom de systmes experts probabilistes.
Lutilisation des rseaux baysiens pose un certain nombre de questions mthodologiques :
comment choisir la structure du RB ?
comment reprsenter les densits de probabilits des variables continues ?
comment estimer les densits de probabilits ?
comment prendre en compte les donnes incompltes ou les variables latentes ?
comment faire de linfrence, i.e. calculer la probabilit de telle ou telle maladie
sachant certains symptmes ? , ...
Le but de cet article nest pas dexposer une mthode "rvolutionnaire" daide au
diagnostic mdical, ni de rpondre de manire exhaustive toutes ces questions. Nous
nous proposons de passer en revue la plupart des solutions quil est possible de mettre
en uvre, en illustrant certaines de ces techniques sur une tude de cas, un problme
de diagnostic de cancer de la thyrode.
2. Rseaux Baysiens et Diagnostic Mdical
2.1. Quelques questions mthodologiques
Les rseaux baysiens possdent de nombreux avantages (modlisation probabiliste de lincertitude, possibilit de raisonnement aussi bien dans le sens symptmesdiagnostic que dans le sens diagnostic-symptmes, ...) qui font deux des outils privilgis dans le cadre du diagnostic, notamment pour des problmes de diagnostic
mdical o ils ont t utiliss ds les annes 80 (cf. [KAP 00, SIE 00] pour une prsentation de quelques applications de RB dans le domaine mdical).
La mise en uvre dun RB pour modliser un tel problme est assez immdiate
lorsque celui-ci est simple (peu de variables, suffisamment de donnes et/ou dispo-

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nibilit dun expert pour lapprentissage des probabilits). Ainsi, le classifieur naf
de Bayes, utilis depuis longtemps en reconnaissance des formes statistiques, peut
tre vu comme un rseau baysien trs simple dont toutes les variables sont discrtes,
avec lhypothse que tous les symptmes sont indpendants conditionnellement au
diagnostic. Mais se pose alors une question classique dans la communaut Machine
Learning : comment discrtiser les variables continues ?
Ce RB naf peut bnficier des apports de la communaut "rseaux baysiens" pour
contourner cette difficult, en faisant lhypothse que la densit de probabilit conditionnelle (CPD) est une gaussienne (RB naf mixte), ou un mlange de gaussiennes.
Un des inconvnients des RB nafs est le nombre lev de paramtres estimer
alors que, dans la plupart des cas, le nombre de donnes disponibles est faible. Pour
y faire face,il est possible de modliser les CPD par une fonction de type OU bruit.
Cest ainsi que QMR/DT, une des premires applications de ce type de modlisation
un problme de diagnostic mdical, a donn son nom par extension ce type de RB
(souvent appel directement QMR)
Les RB nafs ou de type QMR ont tous deux une structure simple deux niveaux
avec dun ct les symptmes, et de lautre les diagnostics. Dans la plupart des cas,
le problme rsoudre est plus complexe modliser et la connaissance de certaines
relations de causalit permet de construire un RB moins "naf". Cette structure peut
tre obtenue grce un expert du domaine, ou partir de donnes grce des mthodes
dapprentissage de structure.
Pour finir, il est aussi possible de modliser des tches de diagnostic encore plus
complexes, en utilisant des architectures mixtes (rseaux de neurones, arbres de dcision, rseaux baysiens, ...), les RB tant utiliss au mme niveau que les autres mthodes de classification, ou pour combiner efficacement les rsultats des classifieurs.
Nous ne dcrirons pas ces mthodes ici, mais nous conseillons la lecture de [SIE 01]
pour lutilisation dun RB pour la fusion de classifieurs pour le diagnostic mdical, et
de [LER 98] pour une illustration dun systme de diagnostic complexe (non mdical), utilisant des rseaux de neurones (pour la reconnaissance de symptmes partir
de donnes brutes et pour la prise en compte de lvolution temporelle) puis un rseau
baysien (pour le diagnostic final).
Aprs la phase de dfinition de la structure et du type des variables (discrtes,
continues CPD gaussiennes), il reste encore deux problmes rsoudre. Tout dabord,
comment estimer les probabilits conditionnelles correspondant la structure du RB
(si ce nest pas effectu en mme temps que lapprentissage de structure) ? Ensuite,
la dernire question linfrence, i.e. le calcul de la probabilit dun (ou plusieurs)
nud(s) du RB (gnralement, la variable diagnostic) conditionnellement un ensemble dobservations. Un certain nombre dalgorithmes dinfrence "exacte" fonctionnent efficacement pour la plupart des RB. Par contre, dans certains cas, le rseau
est trop complexe pour ces algorithmes, et il faudra utiliser des algorithmes dinfrence
"approche".

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2.2. Choix de la structure du RB


2.2.1. RB Naf
Le classifieur de Bayes naf est directement issu de lapplication de la rgle de
dcision de Bayes en rajoutant lhypothse dindpendance conditionnelle des symptmes (X) conditionnellement au diagnostic (Diag) :
do (X) = argmaxDiag p(Diag|X) = argmaxDiag p(X|Diag)p(Diag)
Y
= argmaxDiag
p(Xi |Diag)p(Diag)
[1]
i

Cela nous permet de rcrire la loi jointe de la faon suivante, ce qui correspond
graphiquement la structure de la figure 2 p.13, applique un problme de dtection
de cancer de la thyrode.
Y
p(Xi |Diag)
[2]
p(X, Diag) = p(Diag)
i

Les implmentations classiques du classifieur de Bayes naf considrent que toutes


les variables sont discrtes. Si certaines variables sont continues, il faut alors passer
par une premire tape de discrtisation. Cette tape, classique dans bon nombre dalgorithmes de Machine Learning, a t aborde de nombreuses fois, en utilisant des
critres bass sur des tests statistiques ou sur la thorie de linformation [DOU 95].
Parmi ces mthodes, citons celles bases sur le critre dAkake utilises par [El- 00]
pour la dtection de mlanomes par un rseau baysien naf discret.
Une autre solution consiste utiliser la modlisation CG (Conditional Gaussian)
[LAU 92]. Sous certaines conditions, il est possible de reprsenter les densits de probabilits conditionnelles (CPD) continues par des gaussiennes. Il est alors possible de
remplacer ltape de discrtisation du RB naf discret par une hypothse de normalit
des probabilits des symptmes conditionnellement au diagnostic pour obtenir ce que
nous appellerons un RB naf mixte. Cette hypothse assez forte permet cependant de
rduire le nombre de paramtres estimer ensuite (une moyenne et une variance la
place dun histogramme).
De mme,on peut relcher lhypothse de normalit en remplaant la CPD gaussienne par un mlange de gaussiennes. Cela se fait trs facilement en rajoutant une
variable latente (i.e. jamais mesure) discrte entre le diagnostic et chaque symptme.
2.2.2. Modlisation OU bruit
Dans les problmes de diagnostic, la CPD importante estimer est :
P = p(Diag|X) = p(Diag|X1 , X2 , ..., Xn )

[3]

Supposons que la variable Diag et les symptmes Xi soient binaires, de valeurs res et {xi et x
pectives {d et d}
i }. Pour estimer P , il faudra alors estimer 2n valeurs, ce

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qui nest pas raliste en grande dimension et/ou avec peu de donnes. Lide est alors
de simplifier cette probabilit en faisant les hypothses suivantes :
il est possible de calculer facilement la probabilit suivante (probabilit que X i
cause Diag lorsque les autres variables Xj sont absentes) :
pi = p(d|
x1 , x
2 , ..., xi , ..., x
n )

[4]

le fait que Xi cause Diag est indpendant des autres variables Xj (pas deffet
mutuel des variables).
Le modle OU bruit (noisy-OR) permet destimer P par la formule suivante :
Y
P = p(Diag|X1 , X2 , ..., Xn ) = 1
(1 pi )
i|Xi Xp

[5]

o Xp est lensemble des Xi vrais.


On peut remarquer que la nouvelle criture de P ne fait pas dhypothses dindpendance conditionnelle sur les Xi , ce qui correspond graphiquement une structure
de RB naf o le sens de toutes les flches aurait t invers.
Ce modle, propos initialement par Pearl [PEA 86], a t tendu au cas o Diag
peut tre vrai sans quun seul des symptmes soit prsent ([HEN 89] leaky noisy-OR
gate) et aux variables multivalues ([HEN 89, SRI 93] generalized noisy-OR gate,
[DIE 93] noisy-MAX).
Cette approche a donn de bons rsultats dans de nombreux domaines. Dans le
cadre du diagnostic mdical, Shwe, Middleton et al. [SHW 91, MID 91] ont reformul le systme expert Internist/QMR sous la forme dun rseau baysien (QMR/DT)
en utilisant le modle OU bruit. [LEP 92] utilise le mme type de modlisation pour
un problme de dtection de complications au cours de transfusions sanguines. Leur
rseau baysien possde 16 nuds : 10 signes cliniques ou biologiques et 6 complications susceptibles de se dclencher.
Dans le cadre du diagnostic de problmes hpatiques, [ONI 00] utilise un RB de
73 nuds (66 caractristiques et 7 diagnostics), o 27 des 73 CPD sont reprsentes
par des OU bruits.
CPCS-PM (Computer-based Patient Case Simulation system), autre extension de
Internist-1, a donn lieu lui aussi lutilisation de RB [PRA 94] avec une modlisation
de type noisy-MAX plusieurs niveaux (utilisation de variables intermdiaires entre
les symptmes et les diagnostics) pour obtenir un RB de 448 nuds et 908 arcs.
2.2.3. Apprentissage de la structure
Gnralits
Comment trouver la structure qui reprsentera le mieux notre problme ? Dans le cas
o les donnes sont compltes et dcrivent totalement le problme (pas de variables
latentes), la premire tape est de mesurer ladquation dun rseau baysien un

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problme donn, dassocier un score chaque rseau baysien. La plupart des scores
proposs dans la littrature sont dcomposables en deux termes : le premier, la vraisemblance p(D|, B), mesure ladquation du rseau baysien de structure B et de
paramtres aux donnes D. Le second terme va essayer de tenir compte de la complexit du modle laide, entre autres, du nombre de paramtres ncessaires pour
reprsenter les distributions de probabilits du rseau (o ri reprsente la taille de la
variable Xi ) :
X
Y
Dim(B) =
(ri 1)
rj
[6]
Xi

Xj pa(Xi )

Parmi les diffrents scores proposs, citons les critres AIC [AKA 70] et BIC
[SCH 78] dont les principes peuvent sappliquer aux rseaux baysiens :
ScoreAIC(B, D) = log p(D| M V , B) Dim(B)

[7]

1
ScoreBIC(B, D) = log p(D| M V , B) Dim(B) log N
2

[8]

o N est le nombre dexemples dans D et M V sont les paramtres obtenus par maximum de vraisemblance (cf. paragraphe 2.3).
On retrouve dans les quations 7 et 8 le principe du rasoir dOccam : quilibrer
la capacit bien modliser les donnes et garder un modle simple, repris dans les
travaux sur la rgularisation des rseaux de neurones [GIR 95].
Les autres scores existants sont soit des applications de mesures gnrales comme
la longueur de description minimale MDL [BOU 93, SUZ 99], soit des mesures spcifiques aux rseaux baysiens (Bayesian Mesure [COO 92], BDe [HEC 94], etc...).
La tche suivante consiste trouver le rseau qui donnera le meilleur score dans
lespace des RB. Une approche exhaustive est irralisable en pratique, cause de
la taille de lespace de recherche. Le nombre de structures possibles partir de n
variables, N S(n), est donn par la formule de rcurrence suivante [ROB 77], qui est
super-exponentielle (par exemple, N S(5) = 29281 et N S(10) = 4.2 10 18 ).

,
n = 0 ou 1
1
Pn
N S(n) =
[9]
i+1 n i(n1)
(1)
2
N
S(n

i),
n
>1
i=1
i
Pour rsoudre ce problme, un certain nombre dheuristiques ont t proposes
pour parcourir lespace des RB.
Arbre de recouvrement minimal
Il est tout dabord possible de se limiter lespace (beaucoup plus pauvre) des arbres.
Une mthode drive de la recherche de larbre de recouvrement de poids minimal
(minimum weight spanning tree ou MWST) a t propose par [CHO 68]. Elle peut
sappliquer directement la recherche de structure dun rseau baysien en fixant un
poids chaque arte potentielle Xi Xj de larbre, par exemple linformation mutuelle
entre les variables Xi et Xj tel que la prsent [CHO 68], ou encore la variation

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du score lorsquon choisit Xj comme parent de Xi ([HEC 94]). Larbre non dirig
retourn par les algorithmes classiques tels que Kruskal ou Prim doit ensuite tre dirig
en choisissant arbitrairement un nud racine puis en parcourant et orientant larbre par
une recherche en profondeur.
Rseau baysien naf augment
Il est possible dallier la simplicit du rseau baysien naf avec la puissance descriptive dun RB plus gnral en rajoutant des dpendances directes entre les variables
(indpendantes conditionnellement la classe dans le modle naf). Parmi les mthodes simples pour augmenter le rseau naf, citons le Tree Augmented Naive Bayes
[KEO 99, FRI 97] qui sobtient en cherchant le meilleur arbre reliant les observations
(par lalgorithme MWST), puis en reliant toutes les observations la classe comme
pour un RB naf classique [GEI 92]. [SAC 02] utilise diffrents classifieurs de type
naf augment pour linterprtation dimages cardiaques SPECT.
Ordonnancement des nuds
Dautres mthodes limitent lespace de recherche en fixant un ordre de parcours des
nuds, puis en cherchant la meilleure configuration possible de parents pour chaque
nud parmi les nuds suivants de la liste. Parmi ces mthodes, citons celle de rfrence, K2 (avec lutilisation du score Bayesian Mesure) [COO 92] et des variantes
comme K3 [BOU 93] (avec un score MDL), SGO [JOU 00] (avec une heuristique
supplmentaire parcourant les numrations possibles).
[WU 01] propose dutiliser un RB pour la prdiction de survie en cas daccident
grave. Leur problme est assez reprsentatif des problmes de diagnostic mdical :
peu de donnes (326 exemples) avec un nombre important de variables (29) et des
donnes incompltes. Dans cette approche, les auteurs commencent tout dabord par
un RB construit par un expert du domaine, puis par un RB construit par un algorithme
proche de K2 prenant en compte les donnes manquantes. Ils utilisent ensuite les
connaissances de lexpert pour dterminer une srie de contraintes simples sur lordonnancement des nuds (ordonnancement ncessaire K2) et obtiennent alors un
troisime rseau plus intressant que les deux premiers.
Recherche gloutonne et algorithmes gntiques
Dautres mthodes dapprentissage de structure prsentent une srie doprateurs (ajout
darc, suppression, inversion) et effectuent une recherche gloutonne (greedy search
[CHI 95a]) avec laide ventuelle de certaines heuristiques pour faciliter la recherche
(algorithmes SG et SG+ [JOU 00]), ou utilisent des algorithmes gntiques [LAR 96].
[SIE 98] dveloppe un systme de prdiction de survie ( 1, 3 et 5 ans) aprs
dtection dun mlanome malin (cancer de la peau) en utilisant un apprentissage de
structure bas sur les algorithmes gntiques. Ce RB possde 6 nuds (5 variables
et un diagnostic) et les donnes mesures sur 8 ans contiennent 311 exemples. Ce
systme obtient de meilleurs rsultats quun classifieur de Bayes naf. Il faut noter que
les auteurs concluent sur limportance dincorporer ces mthodes de construction
automatique des connaissances dexperts sur la structure obtenir.

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Recherche dans lespace des quivalents de Markov


En partant du fait que plusieurs structures encodent la mme loi de probabilit (quivalence de Markov) et possdent alors le mme score, dautres mthodes dapprentissage
de structure plus rcentes suggrent de parcourir lespace des quivalents de Markov, espace lgrement plus petit (mais toujours super-exponentiel) mais possdant
de meilleures proprits : [CAU 00, MUN 01, AUV 02], GES (greedy equivalence
search) [CHI 95b, CHI 96, CHI 02].
Recherche de causalit
Toutes ces mthodes font lhypothse de suffisance causale : toutes les variables dintrt sont connues. Pourtant, dans de nombreux cas, deux variables juges dpendantes
ne le sont que par des dpendances caches (causes ou consquences dune troisime
variable jamais mesure). Ce problme a t tudi par certaines mthodes dapprentissage de structure qui se concentrent sur la notion de causalit entre les variables
plutt que sur des scores de rseaux baysiens. Deux sries dalgorithmes ont t proposes par deux quipes diffrentes : Pearl et Verma dun ct avec les algorithmes
IC et IC* (Inductive Causation) [PEA 91, PEA 00], Spirtes, Glymour et Scheines de
lautre avec les algorithmes SGS,PC, CI, FCI [SPI 93, SPI 00]. Ces algorithmes commencent tous par construire un graphe non dirig contenant les relations entre les
variables ( partir de tests dindpendance conditionnelle) puis essaient de dtecter
les V-structures existantes (en utilisant aussi des tests dindpendance conditionnelle).
Il faut ensuite "propager" les orientations de certains arcs, et prendre ventuellement
en compte les causes (et consquences) artificielles dues des variables latentes (algorithmes IC*, CI, FCI). Le principal inconvnient de ces mthodes de recherche de
causalit est lutilisation du test statistique dindpendance conditionnelle qui donne
des rsultats peu fiables en grande dimension.
Traitement des donnes manquantes
Afin de complter ce panorama des mthodes dapprentissage de structure, citons enfin les mthodes EM structurelles [FRI 98] qui appliquent lalgorithme EM (dcrit en
2.3 dans le cas de lapprentissage de paramtres) une recherche de structure de type
gloutonne.
Indpendamment de la mthode utilise, il semble assez illusoire de chercher la
meilleure structure sans utiliser de connaissances a priori sur le problme rsoudre.
Il est souvent possible de dterminer des sous-problmes qui seront modliss sparment, de dfinir par avance des groupes de variables qui sont lies, etc ... Ces
connaissances fournies par des experts du domaine permettent de limiter fortement
lespace de recherche.

2.3. Apprentissage des paramtres


Aprs avoir trouv la structure du rseau baysien (ou pendant lapprentissage de
structure, selon les mthodes), il est ncessaire destimer les distributions de probabilits conditionnelles du rseau (ou les paramtres des lois correspondantes). Comme

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pour tout problme dapprentissage, diffrentes techniques sont possibles selon la disponibilit de donnes pour le problme traiter, ou dexperts du domaine. On peut
classer ces techniques en deux grandes familles : apprentissage partir de donnes
(compltes ou non), par des approches statistiques classiques ou baysiennes, et acquisition de connaissances (avec un expert du domaine). Nous nous restreindrons ici
aux RB variables discrtes, les principes voqus pouvant se gnraliser aux RB
conditionnels gaussiens ([LAU 92]).
2.3.1. Apprentissage partir de donnes
Lestimation de distributions de probabilits (paramtriques on non) partir de
donnes est un sujet trs vaste et complexe. Nous dcrirons ici les mthodes les plus
utilises dans le cadre des rseaux baysiens, selon que les donnes notre disposition
sont compltes ou non, en conseillant la lecture de [HEC 98, KRA 98, JOR 98a] pour
plus dinformations.
Dans le cas o toutes les variables sont observes, la mthode la plus simple et
la plus utilise est lestimation statistique. Il sagit destimer la probabilit dun vnement par la frquence dapparition de lvnement dans la base de donnes. Cette
approche (appele maximum de vraisemblance (MV)) nous donne alors :
Ni,j,k
MV
p(Xi = xk |pa(Xi ) = xj ) = i,j,k
=P
k Ni,j,k

[10]

o Ni,j,k est le nombre dvnements dans la base de donnes pour lesquels la


variable Xi est dans ltat xk et ses parents sont dans la configuration xj .
Le principe, quelque peu diffrent, de lestimation baysienne consiste trouver
les paramtres les plus probables sachant que les donnes ont t observes. En utilisant une distribution de Dirichlet comme a priori sur les paramtres, on peut crire :
p() =

n YY
r
Y

(i,j,k )i,j,k

[11]

i=1 j k=1

o i,j,k sont les paramtres de la distribution de Dirichlet associe la loi a priori


p(Xi = xk |pa(Xi ) = xj ).
Lapproche de maximum a posteriori (MAP) nous donne :
Ni,j,k + i,j,k 1
M AP
p(Xi = xk |pa(Xi ) = xj ) = i,j,k
=P
k (Ni,j,k + i,j,k 1)

[12]

Dans la plupart des applications, les bases dexemples sont trs souvent incompltes. Certaines variables ne sont observes que partiellement ou mme jamais. La
mthode destimation de paramtres avec des donnes incompltes la plus couramment utilise est fonde sur lalgorithme itratif Expectation-Maximisation (EM) propos par Dempster [DEM 77] et appliqu aux RB dans [COW 99, NEA 98].

10

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Mme si nous ne prsentons ci-dessous que lutilisation de lalgorithme EM aux


rseaux baysiens discrets, notons que le principe sapplique sans problme aux rseaux baysiens de type conditionnel gaussien o certains nuds sont continus et
modliss par des densits de probabilits conditionnelles gaussiennes. Cette problmatique est dailleurs similaire celle de lapprentissage des mlanges de gaussiennes
ou des modles de Markov cachs [NEA 98, VLA 02].
Soient
Xv = {X(l)
v }l=1...N lensemble des donnes observes (visibles),
(t)

(t) = {i,j,k } les paramtres du rseau baysien litration t.


Lalgorithme EM sapplique la recherche des paramtres en rptant jusqu
convergence les deux tapes Esprance et Maximisation dcrites ci-dessous.
Esprance : estimation des Ni,j,k manquants en calculant leur moyenne conditionnellement aux donnes et aux paramtres courants du rseau :

Ni,j,k
= E[Ni,j,k ] =

N
X

(t)
p(Xi = xk |pa(Xi ) = xj , X(l)
v , )

[13]

l=1

Cette tape revient faire une srie dinfrences (exactes ou approches) en utilisant
les paramtres courants du rseau, et remplacer les valeurs manquantes par les
probabilits obtenues par infrence.
Maximisation : en remplaant les Ni,j,k manquants par leur valeur moyenne
calcule prcdemment, il est maintenant possible de calculer de nouveaux paramtres (t+1) par maximum de vraisemblance :

Ni,j,k
(t+1)
i,j,k = P

k Ni,j,k

[14]

Lalgorithme EM peut aussi sappliquer dans le cadre baysien. Pour lapprentissage des paramtres, il suffit de remplacer le maximum de vraisemblance de ltape
M par un maximum posteriori. Cela nous donne donc :
(t+1)
i,j,k = P

Ni,j,k
+ i,j,k 1

k (Ni,j,k + i,j,k 1)

[15]

2.3.2. Extraction de connaissances

Il existe de nombreux travaux sur lextraction de probabilits (cf. [REN 01]). Lorsquun expert doit dterminer tout un ensemble de probabilits, il faut tenir compte des
biais ventuels parfois subconscients (un expert va souvent surestimer la probabilit de
russite dun vnement le concernant plus directement, etc ...). Il est possible de fournir cet expert du domaine des outils reliant des notions qualitatives et quantitatives

Rseaux Baysiens pour la Classification


certain

100

probable

85

attendu

75

50-50

50

incertain

11

25

improbable

15

impossible

Figure 1. Echelle de probabilit


pour quil puisse associer une probabilit aux diffrents vnements. Loutil le plus
connu et le plus facile mettre en uvre est lchelle de probabilit prsente dans
la figure 1 (cf. les travaux de Druzdzel [DRU 00] et Renooij [REN 01]). Cette chelle
permet aux experts dutiliser des informations la fois textuelles et numriques pour
assigner un degr de ralisation telle ou telle affirmation.
Une des applications les plus connues des rseaux baysiens en mdecine est le
systme Pathfinder [HEC 92], spcialis dans le diagnostic des pathologies ganglionnaires. Cette application traite 130 symptmes et 60 diagnostics et ncessite la spcification denviron 75.000 probabilits. Autre exemple, [GAA 02] tudie de faon trs
dtaille les techniques dlicitation de probabilit pour la prdiction de ltat davancement dun cancer de lsophage. Les auteurs ont leur disposition 40 variables
mesures partiellement sur 156 exemples quils prfrent garder pour tester la validit
des modles obtenus. Deux spcialistes du domaine ont t interrogs pour dterminer la structure du RB et du millier de probabilits associes. Aprs une phase de
rglage du RB et de correction de certaines donnes par les experts, le RB dtermine
correctement ltat du patient dans 85% des cas.

2.4. Infrence
Linfrence consiste calculer la probabilit dun (ou plusieurs) nud(s) du rseau
baysien conditionnellement un ensemble dobservations. Un certain nombre dalgorithmes permet, en thorie, de faire ce calcul de manire exacte. Nous conseillons la
lecture de [PEA 88] et [JEN 96] pour une description des algorithmes dinfrence les
plus couramment utiliss. Ces mthodes sont malheureusement trop lourdes utiliser
pour des rseaux de trs grande taille, ou fortement connects. Pour essayer de rsoudre ces problmes, des algorithmes dinfrence approche ont t mis au point, par

12

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exemple en utilisant des techniques dchantillonage. Dautres mthodes approches


utilisent des approximations variationnelles dveloppes rcemment ([JOR 98b]).
[JAA 99] propose une approximation variationnelle des rseaux baysiens de type
QMR/DT. [WIE 99] utilise une mthode dinfrence variationnelle sur un projet de
diagnostic de lanmie (Promedas), avec un RB dune centaine de variables. [KAP 02]
dcrit une mthode dinfrence variationnelle (Cluster Variation Method) quil applique avec succs au mme problme.

3. Etude de cas : Cancer de la thyrode


3.1. Les donnes
La base dexemple utilise est une base classique propose par [QUI 86] dans le
cadre des arbres de dcision, et disponible sur de nombreux serveurs web. Elle est
spare en deux ensembles (apprentissage et test) contenant respectivement 2800 et
972 enregistrements. Parmi les 29 variables initiales, nous retenons ici lensemble des
22 variables dcrit dans le tableau 1.
diag
X1
X2
X3
X4
X5
X6
X7
X8
X9
X10
X11
X12
X13
X14
X15
X16
X17
X18
X19
X20
X21

tat (0=sain et 1=malade)


ge (continue)
sexe (0=fminin et 1=masculin)
sous thyroxine
demande de thyroxine
sous traitement antithyrode
malade
femme enceinte
opr de la thyrode
sous traitement I131
demande dhypothyrode
demande dhyperthyrode
sous lithium
prsence dun goitre
prsence dune tumeur
hypopituitaire
psych
mesure de TSH (continue)
mesure de T3 (continue)
mesure de TT4 (continue)
mesure de T4U (continue)
mesure de FTI (continue)

Tableau 1. Thyroid : les 22 variables utilises

Rseaux Baysiens pour la Classification

13

diag

y
1

y
2

ruru{
 ++44>F>FF
ruru{ru{{{


 ++ 44>4>>FFF
r
++ 4 >> FF
rruu { 

rruru{u{{{


++ 444 >>>FFF
r
r
u
rruuu{{{


++ 44 >> FFF
r
rruuu {{ 


++ 44 >>> FFF
r
r u {{ 


r
44 >> FF
r
u
+


r uu {{  

F#
r





r
{
}

u
z
r
y
4

...

13

14

15

16

17

18

#
19

$
20

21

Figure 2. Rseau baysien naf discret


885 27 0
15 45 0
= 0.5 (pas de rejet)

836 11 65
6
27 27
= 0.9

Tableau 2. Rseau baysien naf discret : matrices de confusion (en test) pour deux
seuils de rejet. Les lignes correspondent la classe relle (sain, malade), les colonnes
la dcision prise suivant les rsultats du classifieur (sain, malade et rejet).
3.2. Rseau baysien naf discret
Commenons par mettre en uvre un RB naf discret (fig. 2) en discrtisant les
variables continues par une des mthodes proposes par [El- 00]. Les CPD sont estimes partir des exemples dapprentissage. Le RB naf est ensuite utilis pour calculer
p(Diag|X) et associ une rgle de dcision avec rejet : si max(p(Diag|X)) < ,
alors dcision = rejet, sinon dcision = argmax(p(Diag|X)). La table 2 nous
donne les matrices de confusion correspondant deux seuils de rejet.
Il est galement possible dvaluer la qualit du classifieur obtenu en traant la
courbe ROC (pourcentage dexemples non rejets bien classs en fonction du pourcentage des exemples rejets). La figure 3 nous donne la courbe ROC du rseau naf
discret (courbe fonce en trait plein). Elle nous indique que, sans rejet, le rseau naf
discret donne 95.7% de bonne classification. De plus, pour tre sur dobtenir un pourcentage de bien classs de 99% il faudra rejeter 33.5% des exemples (et les traiter
manuellement ou avec un autre classifieur).
3.3. Rseau baysien naf mixte
Remplaons maintenant la discrtisation des variables pour une hypothse supplmentaire (modlisation des CPD continues par des gaussiennes) pour obtenir le RB
naf mixte de la figure 4. Ce rseau, qui possde un nombre rduit de paramtres par
rapport au RB naf discret, nous donne le mme pourcentage de bonne classification
(95.7%), avec une meilleure courbe ROC (cf. figure 3, courbe grise en trait plein). En

14

RIA 15/2002. Rseaux Baysiens


100

performance en test sur les points non rejets

99.5
10%

99

18%

20%

33%

taux de rejet permettant dobtenir


99% de bonne classification

98.5

98

97.5
Performances sans rejet
97

96.8% (MWST)

96.5

96.4% (TAN)
BN discret
MWST
TAN
BN mixte

96
95.7% (BN discret et mixte)
95.5

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

pourcentage de points rejets

Figure 3. Courbe ROC pour diffrents rseaux baysiens (RB naf discret, RB naf
mixte, RB obtenus par MWST et TAN).

diag
ruz  ++55?G?GG
r
u
ru z
5?
rruruzz  +++ 55??G?GGG
ruruuzzz 
r
++ 55 ???GGG
r
ruruuuzzz 
r
++ 555 ?? GGG
rruuu zzz  
r
++ 55 ??? GGG

r
rr uuu zzz  
r
++ 55 ??? GGG
r
rr uuuu zzz   
GG
5
?
r


$
r
$
}z 
#
x
x
xr zu
...
1 2 3 4
13 14
15
16
17 18 19 20 21

89:;
?>=<

@ABC
GFED @ABC
GFED @ABC
GFED @ABC
GFED @ABC
GFED

Figure 4. Rseau baysien naf mixte. Les variables continues sont reprsentes par
des ronds.
effet, pour tre sr davoir un pourcentage de bien classs de 99% il faut maintenant
rejeter seulement 18.2% des exemples (contre 33.5% pour le RB naf discret).
3.4. Arbre de recouvrement maximal et rseau naf augment
Larbre de recouvrement maximal (MWST) [CHO 68] utilis ici sur les donnes
discrtes prcdentes avec le score BIC de lquation 8 nous donne larbre orient
de la figure 5. Malgr la restriction assez forte sur lespace de recherche (passage de
lespace des graphes reliant les variables lespace des arbres), le rseau baysien
obtenu donne des rsultats meilleurs que le rseau baysien naf discret : 96.8% de

Rseaux Baysiens pour la Classification

15

diag

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13

11

12

10

19

20

16

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14

17

21

Figure 5. Rseau baysien obtenu par lalgorithme MWST (La racine choisie pour
lorientation de larbre est le nud diagnostic).

bonne classification sans rejet (contre 95.7% pour le naf discret), et un pourcentage
de bonne classification de 99% pour un taux de rejet de 10% (bien meilleur que pour
les deux rseaux baysiens nafs, cf. la courbe fonce en pointill de la figure 3).
Dans lapproche MWST, la connaissance a priori de la variable qui sert la classification nentre pas en jeu, la diffrence de la structure propose par le rseau baysien
naf. Lapproche TAN (Tree Augmented Naive bayes) permet de mlanger les deux,
en cherchant le meilleur arbre reliant les observations et en conservant la structure
reliant la classe aux observations. Le rseau ainsi obtenu donne des performances en
test quivalentes (96.4%) mais avec des performances de rejet moins bonnes (20.5%
de points rejets pour arriver 99% de bonne classification, cf. la courbe grise en
pointill de la figure 3).

3.5. Ordonnancement des nuds, algorithme K2


Cherchons maintenant si un RB de structure plus complexe pourrait mieux modliser notre problme. Nayant pas dexpert notre disposition, nous allons appliquer
lalgorithme K2 propos par [COO 92]. Cet algorithme ne fonctionnant quavec des
donnes discrtes, nous utiliserons donc les donnes dj discrtises en 3.2. En utilisant un ordonnancement des nuds inspir du RB naf (dabord le nud Diagnostic,
puis les autres nuds), on obtient le RB de la figure 6 qui montre un pourcentage de
bonne classification en test de 96.3%. Ce RB nous permet dobtenir la courbe fonce
en trait pointill de la figure 8. Elle nous indique que pour tre sr davoir un pourcen-

16

RIA 15/2002. Rseaux Baysiens

diag

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11

12

13

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17

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16

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19

21

Figure 6. Rseau baysien obtenu par lalgorithme K2 avec lordre dnumration


Diag, X1 , X2 , ..., X21 .

diag

12
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20

14

16

7
1
11
5
3

6
4
13

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19
21

Figure 7. Rseau baysien obtenu par lalgorithme K2+T avec lordre dnumration
fourni par MWST.

Rseaux Baysiens pour la Classification

17

100

performance en test sur les points non rejets

99.5
7.1%

99

10%

taux de rejet permettant dobtenir


99% de bonne clasification

98.5

98

97.5
Performances sans rejet
97

96.8% (MWST)

96.5

96.3% (K2)
MWST
K2
K2+T
GS
GS+T

96.2% (GS+T)
96.1% (GS)
95.9% (K2+T)

96

95.5

10

20

30

40
50
60
pourcentage de points rejets

70

80

90

100

Figure 8. Courbe ROC pour diffrents rseaux baysiens (RB obtenus par MWST, K2,
K2+T, GS et GS+T).

tage de bien classs de 99% il faut maintenant rejeter 7.1% des exemples (contre 33%
et 10% pour le RB naf et pour larbre obtenu avec MWST).
Notons que le rsultat de lalgorithme K2 dpend fortement de lordonnancement
initial des nuds. Un ordre diffrent aurait pu donner des rsultats trs mauvais ou
ventuellement meilleurs ! Pour rsoudre ce problme dinitialisation, nous avons propos dans [FRA 03] dutiliser lordonnancement des nuds fourni par lalgorithme
MWST pour initialiser lalgorithme K2. Cette variante de K2 appelle K2+T nous
donne le rseau baysien de la figure 7 et un pourcentage de bonne classification en
test de 95.9%. La courbe ROC obtenue par K2+T est sensiblement la mme que celle
obtenue par K2 ; par consquent nous avons russi obtenir un RB donnant des performances quivalentes, mais en nous affranchissant du problme dinitialisation.
3.6. Recherche gloutonne, algorithme GS
Lalgorithme GS (recherche gloutonne, Greedy Search) permet de lever la restriction sur lordre des nuds pour le parcours de lespace des structures possibles. Une
srie doprateurs (ajout, suppression et inversion darc) dfinit le voisinage dune
structure fixe. Il suffit alors de rechercher une structure plus intressante parmi le
voisinage, et ditrer la recherche jusqu convergence du critre de score [CHI 95a].
En partant dune initialisation vide (structure sans arc), cette mthode nous donne
le rseau baysien de la figure 9. Les performances en classification sont quivalentes

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1

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diag

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3

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Figure 9. Rseau baysien obtenu par lalgorithme Greedy Search.

diag

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18

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7
1

2
16

11

13
3

10
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19
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Figure 10. Rseau baysien obtenu par lalgorithme Greedy Search, avec une initialisation fournie par MWST.

Rseaux Baysiens pour la Classification

19

celles des rseaux obtenus par K2 et K2+T (96.1% de bonne classification et un taux
de rejet de 7.5% pour obtenir des performances en test de 99%).
La vitesse de convergence de ce genre de mthode dpend fortement de la structure utilise au dpart. Comme pour K2 et K2+T, nous avons propos dans [FRA 03]
dutiliser cette fois-ci le graphe fourni par lalgorithme MWST pour initialiser lalgorithme GS. Cette variante appele GS+T nous fournit, avec environ deux fois moins
de calculs, le rseau baysien de la figure 10 qui possde des performances du mme
ordre que les autres mthodes (96.2% de bonne classification et 7.2% de rejet pour
obtenir des performances en test de 99%).
3.7. Algorithme EM structurel
Dans toutes les mthodes prcdentes, le problme des donnes manquantes (variables partiellement observes) tait contourn en rajoutant une modalit supplmentaire (variable non mesure) aux variables concernes.
Une manire plus formelle de rsoudre le problme est dutiliser le principe de lalgorithme EM de [DEM 77] lapprentissage de structure. Lalgorithme itratif SEM
(Structural EM) propos par [FRI 98] combine un algorithme de type Greedy Search
pour dfinir le voisinage de la structure courante, et lalgorithme EM pour valuer
les paramtres et le score de tous les rseaux de ce voisinage, et choisir le meilleur
pour litration suivante. Cet algorithme souffre encore de problmes dinitialisation
qui font quil est souvent utile de lexcuter plusieurs fois pour viter de tomber dans
des minima locaux de trs mauvaise qualit. Malgr cela, il est possible darriver
des solutions intressantes obtenant un taux de bonne classification proche des autres
mthodes.
4. Conclusion
Dans cet article, nous avons dress un panorama dalgorithmes classiquement utiliss pour la mise en uvre de rseaux baysiens dans le cadre du diagnostic, et plus
particulirement du diagnostic mdical. Pour aborder plus concrtement cette tche,
nous avons appliqu un certain nombre dalgorithmes sur un problme de dtection
du cancer de la thyrode. Le tableau 3 rsume les performances obtenues avec plusieurs mthodes dapprentissage de structure, avec ou sans discrtisation des variables
continues. Cette tude nous a permis daborder certaines questions mthodologiques
simples mais qui se posent lors de toutes les applications :
comment reprsenter les densits de probabilits des variables continues ? faut-il
discrtiser ? reprsenter les CPD continues par des gaussiennes ?
Lutilisation dune CPD gaussienne simple peut poser des problmes si la distribution est bimodale, et lutilisation de mlanges de gaussiennes pose dautres difficults comme la dtermination du nombre de gaussiennes utiliser. De plus, certaines
mthodes dapprentissage de structure ne peuvent sutiliser quavec des variables dis-

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RIA 15/2002. Rseaux Baysiens


Mthode
BN discret
BN mixte
MWST
TAN
K2
K2+T
GS
GS+T

Perf. (sans rejet)


95.7%
95.7%
96.8%
96.4%
96.3%
95.9%
96.1%
96.2%

Intervalle de confiance
[94.2% 96.9%]
[94.2% 96.9%]
[95.4% 97.8%]
[95.0% 97.5%]
[94.9% 97.4%]
[94.4% 97.0%]
[94.6% 97.2%]
[94.7% 97.3%]

Rejet (/ Perf=99%)
33.5%
18.2%
10%
20.5%
7.1%
7.1%
7.5%
7.3%

Tableau 3. Thyroid : performances en test sans rejet (colonne 2) avec intervalle de


confiance 95% (colonne 3) et taux de rejet correspondant 99% de bonne classification (colonne 4) pour des rseaux baysiens obtenus par diffrents algorithmes
dapprentissage de structure.

crtes. Dun autre ct, le nombre de paramtres estimer est souvent plus petit dans
le cas conditionnel gaussien, ce qui permet dobtenir de meilleurs rsultats.
comment choisir la structure du RB ? faut-il utiliser un RB naf, ou essayer de
trouver une meilleure structure ?
Lutilitation dun rseau baysien naf permet souvent dobtenir de bons rsultats
un moindre cot, mais est rapidement surclasse par MWST, mthode presque aussi
simple. Par contre, si le nombre de donnes disponibles est important ou avec laide
dun expert, il est possible dobtenir une structure codant plus finement le problme.
Les perspectives sont nombreuses, surtout au niveau de lapprentissage de structure et plus spcifiquement lapprentissage dans lespace des quivalents de Markov
et lapplication de lalgorithme SEM dans le mme espace. Il reste aussi proposer
des mthodes permettant dincorporer automatiquement des connaissances a priori
(mta-structures, connaissances dexperts, ...) pour faciliter la recherche de la structure et amliorer la convergence de mthodes comme la recherche gloutonne ou SEM.
Une autre voie de recherche concerne les rseaux baysiens temporels qui offrent un
cadre idal pour la prise en compte du temps dans le diagnostic. Pour finir, il pourrait
tre intressant dessayer de modliser lincertain avec un autre formalisme que les
probabilits, en utilisant par exemple la thorie de Dempster-Schafer.
Remerciements
Les exprimentations effectues dans cet article ont t ralises avec BNT, toolbox gratuite pour Matlab [MUR 01] et le package Structural Learning que nous distribuons sur le site internet franais de la toolbox (http ://bnt.insa-rouen.fr).

Rseaux Baysiens pour la Classification

21

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