Quelques dfinitions...

Pour parler d'un tre vivant ou inanim sans tre oblig de le dcrire par l'ensemble de ses caractres, on
attribue un nom chaque tre qu'on sait reconnatre.
La classification est la mthode qui permet de classer des objets ou des organismes en groupes apparents sur
la base de critres divers.
Lorsque les objets sont des organismes, leur classification s'appelle taxonomie ou taxinomie (du grec "taxis"
= arrangement). L'unit de classification ou taxon est l'espce biologique.
Le but de la taxonomie est de permettre la description de groupes d'organismes distincts et reconnaissables.
La systmatique est la description des caractres des groupes d'organismes, de leurs rapports entre eux et
avec les organismes qui les ont prcds au cours de l'volution.
La nomenclature est l'ensemble des rgles qui prsident l'attribution d'un nom chaque taxon distinct.
L'identification d'une souche bactrienne, c'est--dire l'attribution cette souche du nom d'un taxon,
s'effectue par un processus de comparaison des caractres de cette souche avec ceux des modles dcrits dans
la systmatique.
1. BUTS ET PRINCIPES DE LA CLASSIFICATION BACTRIENNE
1.1. L'espce biologique
Elle peut tre dfinie comme un ensemble d'organismes reconnaissables par leurs caractres, partageant
une mme niche cologique, et capables de se reproduire sexuellement entre eux en donnant naissance
une progniture fertile.
La classification repose sur l'tude phylogntique: tude du mode de formation et de dveloppement des
espces, grce l'anatomie compare, la physiologie, la palontologie.
1.2. L'espce bactrienne
Elle ne peut pas tre dfinie de la mme faon que l'espce biologique puisque, chez les bactries, la
reproduction est asexue (sauf exception).
Il est difficile de donner une dfinition globale satisfaisante de l'espce bactrienne mais on peut distinguer:

La nomenspecies: taxon dfini dans un but pratique (mdical, industriel) par quelques caractres
"intressants".

La taxospecies (phenospecies): ensemble d'individus ayant en commun la majorit de leurs

caractres, et donc phntiquement plus ou moins semblables.

La genospecies: ensemble d'individus compltement ou partiellement identiques d'un point de vue

gntique, issus d'un mme anctre.

Seuls les 2 derniers types peuvent tre considrs comme scientifiques, et seront tudis.

2. DIFFRENTES APPROCHES DE LA TAXONOMIE

2.1. Taxonomie phntique
Elle est base sur une estimation objective des ressemblances (tude du phnotype: manifestation apparente
du patrimoine hrditaire) grce une apprciation numrique des modalits de chaque caractre.
2.1.1. Donnes phnotypiques

Choix des souches bactriennes

On tudiera des souches de provenance diffrente, en particulier des souches de rfrence, des souches
caractristiques des taxons dfinis au cours des classifications antrieures.

Choix des caractres

Ils sont analyss en grand nombre (au moins 60) et cods (le codage dpend de la nature du caractre,
qualitatif ou quantitatif, et de sa valeur d'information gntique): ce sont des caractres anatomiques ou
physiologiques mis en vidence par des tests simples:

Morphologie: forme de la bactrie, dimension, prsence ou absence de spore, capsule, flagelle

Aspects tinctoriaux: coloration de Gram, Ziehl-Neelsen
Type trophique
Mtabolisme: glucidique, protique, lipidique
Sensibilit aux agents antimicrobiens, en particulier les antibiotiques.
etc.

Certains de ces caractres s'appuient sur une information gntique de grande taille.
Ex: macromolcules de paroi.
En dehors de ces rares caractres importants, la correspondance entre le phnotype et la taille du gnome n'est
pas connue. On est donc amen donner le mme poids tous les caractres.
2.1.2. Mesure de l'affinit entre individus
Les donnes taxonomiques se prsentent sous forme d'une matrice de donnes: tableau de N lignes (N =
nombre d'individus) et n colonnes (n = nombre de caractres).
Exemple simplifi de taxonomie numrique: matrice de donnes (6 souches, 20 caractres)
Souches
S1
S2
S3
S4
S5
S6

Rponses aux tests T1 T20

0: caractre ngatif; 1: caractre positif
001 001 011 111 101 000 00
111 011 000 011 101 010 00
001 001 011 101 011 000 10
001 100 011 111 101 000 00
010 001 011 101 011 000 10
011 011 000 011 101 010 00

Pour estimer l'affinit entre 2 souches i et j, on utilise le coefficient de Jaccard-Sneath:

S (i,j) = Na/(Na + Nb)
S (i,j) = coefficient de similitude entre i et j (varie de 0 1)
Na = nombre de caractres positifs chez i et chez j
Nb = nombre de caractres diffrents chez i et j.
Ex : S (S5, S6) = 4 / (4+10) = 4 / 14 = 0,3
On peut aussi utiliser un indice de distance, D:
D (i,j) = 1 - S(i,j)
D = 0 pour 2 souches semblables (S (i,j) = 1)
D = 1 pour 2 souches n'ayant aucun caractre commun (S (i,j) = 0)
2.1.3. Mthode de classification et reprsentation graphique
On cherche regrouper objectivement les souches en classes, construites en tenant compte de l'ensemble de
leurs caractres: toutes les paires d'individus d'une mme classe possdent un grand nombre de caractres en
commun, mais aucun ou trs peu de caractres sont possds par tous les individus de cette classe (on utilise
pour cela l'indice de similitude ou de distance).
On peut utiliser ensuite une mthode hirarchique ascendante (mthode la plus utilise en bactriologie):

On regroupe d'abord les individus les plus semblables (prsentant entre eux la distance minimale)

Puis les individus sont agrgs en grappes ayant un niveau de distance plus lev, jusqu' ce que tous
les individus soient progressivement agrgs en une grappe unique.

L'arbre de classification est constitu par la liste des lments (souches) qui se sont agrgs pour des niveaux
hirarchiques de plus en plus hauts, entre 0 (similitude complte entre 2 souches) et 100%.
Cet arbre est prsent graphiquement par un dendogramme:

2.2. Taxonomie gnotypique

L'tude globale du phnotype d'un individu, selon les mthodes dcrites prcdemment, ne renseigne que trs
imparfaitement sur la nature du gnome, car:

Des individus trs diffrents gntiquement mais vivant dans la mme niche cologique, peuvent
prsenter les mmes proprits physiologiques.

Le phnotype ne peut exprimer la totalit du gnotype (il y a environ 5000 gnes dans le chromosome
d'E.coli).

C'est pourquoi le gnotype doit tre tudi pour une classification plus rigoureuse. Il conduit la notion
de genospecies.
Trois critres sont recherchs:
- GC% ou coefficient de CHARGAFF
- le taux d'hybridation ADN/ADN
- la squence des ARN ribosomaux 16S et 5S
2.2.1. Coefficient de Chargaff

Dfinition

Chargaff a montr que le contenu en bases puriques (guanine = G et adnine = A) et pyrimidiques (cytosine =

C et thymine = T) de l'ADN variait d'un organisme l'autre, mais tait constant dans une espce donne.
Puisque les bases sont toujours apparies spcifiquement (G avec C, A avec T), le contenu en bases de l'ADN
a d'abord t exprim par le coefficient de Chargaff:
K = (A + T) / (G + C)
Actuellement, on prfre le coefficient GC%:
GC% = (G + C) x 100 / (A + T + G + C)
NB: chaque base est exprime par sa concentration molaire.
GC% = 100 / (K + 1)

Applications

- 2 bactries appartenant la mme espce auront des GC% identiques.

- 2 bactries dont les GC% diffrent de plus de 5% appartiennent des espces diffrentes.
- 2 bactries ayant des GC% identiques n'appartiennent pas forcment la mme espce (les squences de
bases peuvent tre trs diffrentes).
2.2.2. Taux d'hybridation ADN/ADN
Lorsque 2 valeurs de GC% sont identiques, la preuve que les 2 taxons descendent d'un anctre commun ne
peut tre apporte qu'en montrant que les squences de leurs nuclotides sont identiques ou trs
voisines:on estime le taux d'hybridation de leur ADN au cours de la renaturation de l'ADN.
Les techniques dhybridation ont permis :

De rapprocher des genres bactriens qui taient priori assez loigns

Ex : les genres Shigella et Escherichia de la famille des Enterobacteriaceae

o
o

Phnotypiquement loigns (caractres biochimiques diffrents)

Gnotypiquement : les deux genres sont proches (% dhybridation suprieur 70%)

De crer des espces ou genres nouveaux.

2.2.3. Squenage des ARN ribosomaux

La structure des ARN est le reflet de linformation gntique. Le squenage de ces molcules peut donc
tre utilis des fins taxonomiques.
Parmi les trois types dARN (23S, 16S et 5S), lARN 16S est le plus souvent analys. On fait agir une
ribonuclase T1 qui libre de courts fragments oligonuclotidiques qui se terminent toujours par G et qui
seront squencs.
Lorsque les ARN 16S de 2 organismes contiennent un ou plusieurs oligonuclotides semblables, ils sont

apparents.
2.2.4. Profils de restriction
Lidentification prcise dune bactrie peut tre faite grce lanalyse des profils de
restriction(lectrophorse) obtenus par action denzymes de restriction (endonuclases qui coupent lADN
en des points prcis et connus). Les profils obtenus sont compars ceux de souches connues (voir cours de
biochimie).
2.3. Taxonomie immunologique
Les bactries sont des mosaques dantignes. Lidentification de ces structures de surface peut tre utilise
des fins taxonomiques.
Ex : subdivision de lespce Salmonella enterica en de nombreux srotypes.
2.4. Chimiotaxonomie
Il sagit de lanalyse physico-chimique des cellules bactriennes ou de leurs composants dans un but
taxonomique.
Ex : chez les bactries Gram positif, la composition en acides amins du peptidoglycane peut tre un critre
de genre.
En fonction des avances apportes par ces diffrentes approches, la classification est remise jour. La
classification est donc en perptuel remaniement.
3. LA NOMENCLATURE
3.1. Dfinition (rappel)
La nomenclature est lensemble des rgles qui prsident lattribution dun nom chaque taxon.
3.2. Principe
Lespce est la base de la classification. Les principaux groupes taxonomiques sont les suivants :

Exemples
Procaryotae
Gracilicutes

Scotobacteria
Bacilles Gram ngatif AAF
Enterobacteriaceae

Escherichia
Escherichia coli
De plus, on reconnat lintrieur de lespce :

Des biovars : souches appartenant la mme espce mais prsentant des marqueurs biologiques
chimiques diffrents.
Des srovars : souches appartenant la mme espce mais prsentant des antignes diffrents.
Des lysovars : souches appartenant la mme espce mais prsentant des sensibilits diffrentes aux
phages.
Des pathovars : souches appartenant la mme espce mais exprimant des pouvoirs pathognes
diffrents.

3.3. Rgles
Elles relvent du Code International de Nomenclature (CIN).

Le Code de Nomenclature reconnat les groupes taxonomiques suivants : classe (classis), sousclasse(subclassis), ordre (ordo ; abrviation ord.), sous-ordre (subordo ; abrviation
subord.), famille(familia ; abrviation fam.), sous-famille (subfamilia ; abrviation
subfam.), tribu (tribus), sous-tribu(subtribus), genre (genus ; abrviation gen.), sousgenre (subgenus ; abrviation subgen.), espce(species ;abrviation sp.), sousespce (subspecies ;abrviation subsp.).
Toutes les nomenclatures sont des mots latins ou latiniss et de tels mots sont traditionnellement
crits en italiques ou ils sont souligns dans un manuscrit. La typographie relve du domaine
ditorial et non de la nomenclature si bien que le Code de Nomenclature ne donne aucune directive
concernant l'utilisation des italiques ou du soulignement. Cette absence de directive est volontaire et
ne correspond nullement un oubli.
Aucun signe diacritique (, , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ...) n'est tolr et les
mots ne doivent pas contenir de trait d'union.

Ex: on doit crire Bacteroides et non Bacterodes ou Nocardia otitidiscaviarum et non Nocardia otitidis-

caviarum.

Particularits
o

Classes et sous-classes

Les noms des classes et des sous-classes prennent une majuscule. Stackebrandt a propos de caractriser les
classes par le suffixe -ia et les sous-classes par le suffixe -idae. Ces propositions ne sont pas officielles et leur
respect n'est donc pas obligatoire.
En janvier 2002, Cavalier-Smith a introduit le concept de super-classe (superclassis) mais un tel rang
hirarchique n'est pas reconnu par le Code de Nomenclature.

Ordres, sous-ordres, familles, sous-familles, tribus et sous-tribus

Les noms des taxons d'un rang hirarchique suprieur au genre et incluant les ordres sont au fminin pluriel,
ils prennent une majuscule et ce sont des substantifs ou des adjectifs traits comme des substantifs. Ces noms
sont forms en rajoutant un suffixe la racine du nom du genre type : -ales pour l'ordre, -ineae pour le sousordre, -aceae pour la famille, -oideae pour la sous-famille, -eae pour la tribu et -inae pour la sous-tribu.
En latin ou en grec, la racine d'un nom se trouve gnralement dans le gnitif. Ainsi, la racine du nom de
genre Actinomyces (nom grec actis -inis signifiant un rayon et nom grec myces -etis signifiant un
champignon) est actinomycet- d'o les noms corrects donns la famille des Actinomycetaceae et l'ordre
des Actinomycetales. En revanche, la nomenclature du sous-ordre des Actinomycineae est incorrecte et elle
devrait tre remplace par "Actinomycetineae".

Genres et sous-genres

Les noms des genres et des sous-genres sont au singulier, ils prennent une majuscule, ce sont des substantifs
ou des adjectifs traits comme des substantifs et ce sont des noms latins ou latiniss.
Lorsqu'il est suivi d'un nom d'espce, le nom d'un sous-genre est plac entre parenthses et il est prcd de
l'abrviation "subgen."
Ex : Moraxella (subgen. Branhamella) catarrhalis.
Les noms de genre et de sous-genre sont identiques pour le taxon qui inclut l'espce type.
Ex : Moraxella pour le sous-genre qui inclut l'espce type du genre Moraxella.
Les noms de genre peuvent tre au masculin ou au fminin ou au neutre. Un nom de genre emprunt au
latin ou au grec conserve son genre d'origine.
Ex : Bacillus (nom latin masculin signifiant une baguette) est un nom masculin, Sarcina (nom latin fminin
signifiant un paquet) est un nom fminin, Stella (nom latin fminin signifiant une toile) est un nom
fminin

Espces

Les noms despce sont crits en italiques ou souligns, sans majuscule.

Ex : Pseudomonas aeruginosa (genre Pseudomonas, espce aeruginosa) ou P. aeruginosa.
4. PRINCIPES DIDENTIFICATION

4.1. Identification biochimique

Elle repose sur deux grands types de mthodes, ventuellement associes : mthodes dichotomiques et
mthodes probabilistes.
4.1.1. Mthodes dichotomiques
Le nom du micro-organisme est obtenu par choix successifs dans une base de donnes en fonction des
caractres tests, gnralement dans un ordre hirarchique.
Ex : cas des coques Gram positif, catalase +, aro-anarobies facultatifs, fermentant le glucose, coagulase +,
DNase +.
La dichotomie sera applique de la faon suivante :

NB : confirmation par le caractre DNase +.

4.1.2. Mthodes probabilistes
Le nom du micro-organisme est obtenu par un calcul de probabilit partir des valeurs donnes chaque
caractre test dans une base de donnes numriques. Chaque caractre est affect, pour un micro-organisme
donn, dune probabilit dtre positif (ou ngatif).

On utilise pour cela des logiciels didentification, plus ou moins labors.

Exemple: APIWeb de bioMrieux (logiciel utilis au cours des activits technologiques)

Document
4.1.3. Ralits de lidentification
Linterprtation des tests doit tre faite avec esprit critique, en prenant en considration lorigine du
prlvement, les aspects macro- et microscopique, et le profil de sensibilit aux antibiotiques.
Un Staphylococcus aureus ensemenc sur api 20E deviendra, avec la base de donnes associe, Klebsiella
ozaenae
4.2. Identification immunologique
Elle est ralise grce des ractions d'agglutination sur lame.

Identification du srotype au sein dune espce donne : exemples du srotypage

de Salmonella,Shigella, E. coli (entropathogne), P. aeruginosa
Identification dune espce prcise grce ses antignes (solubles) librs dans certains produits
pathologiques.

4.3. Identification gntique

Par des sondes nucliques : technique utilise dans le cas des bactries de culture difficile
(Mycoplasma, Legionella, Mycobacterium tuberculosis) ou pour dtecter des gnes codant pour
certains facteurs de pathognicit (entrotoxine, pili).
Par analyse de plasmides : technique utilise pour dtecter des gnes de rsistance aux antibiotiques.
Par analyse molculaire : technique rserve des laboratoires spcialiss, pour des identifications
plus prcises (tude des ARNr, des constituants paritaux).