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Annales de pathologie (2012) 32S, S20—S21

Disponible en ligne sur

www.sciencedirect.com

SYMPOSIUM

La révolution du séquençage de nouvelle


génération夽
The revolution of the new generation sequencing

Thierry Frebourg a,∗,b

a
Département de génétique, hôpital Charles-Nicolle, CHU de Rouen, 1, rue de Germont,
76031 Rouen cedex, France
b
Inserm U1079, institut de recherche et d’innovation biomédicale, université de Rouen,
Rouen, France

Accepté pour publication le 12 septembre 2012


Disponible sur Internet le 12 octobre 2012

Le développement depuis 2009 du séquençage de nouvelle génération (New Generation


Sequencing [NGS]), basé sur des technologies de séquençage massif, clonal, en parallèle et
à haut débit de l’ADN, représente un saut technologique sans précédent en génétique molé-
culaire puisque cette technologique rend accessible l’intégralité du patrimoine génétique
et en particulier l’ensemble des exons ou exome correspondant dans l’espèce humaine à
160 000 exons soit 30 millions de paires de base ou 30 Mb.
Dans le domaine de la génétique constitutionnelle, l’analyse des exomes a révélé tout
d’abord la variabilité insoupçonnée du génome humain puisque l’exome de chaque individu
présente environ 15 000 variations nucléotidiques (Single Nucleotide Variations [SNV]), dont
1500 ne sont pas répertoriées dans les bases de données. Le défi de la génétique moderne
n’est donc plus la détection des variations génétiques mais leur interprétation nécessitant
dans les laboratoires une expertise bio-informatique devenue incontournable. En l’espace
de trois ans, les stratégies d’exomes ont permis de façon très puissante d’identifier, à
partir d’un nombre limité de familles, les bases génétiques de maladies Mendéliennes qui
n’étaient pas caractérisées et ont révélé que des présentations sporadiques de phénotypes
extrêmes résultaient fréquemment de mutations délétères de novo. L’intégration du NGS
dans les laboratoires de génétique médicale est une nécessité impérative pour améliorer
le diagnostic et la prise en charge médicale des maladies géniques en réduisant d’une part
les délais de rendus de résultats et d’autre part assurer l’analyse de gènes qui à ce jour
ne sont pas analysés. L’application diagnostique du NGS en génétique constitutionnelle est
basée sur l’analyse par NGS de gènes ciblés en fonction de la maladie considérée. Dans
cette stratégie, le NGS s’effectue après la capture ou l’amplification sélective de gènes
sélectionnés en fonction du phénotype. Ce NGS ciblé remplacera rapidement le séquençage
de type Sanger, sur lequel le diagnostic moléculaire des maladies génétiques a été basé lors
des 20 dernières années. Ce NGS ciblé à visée diagnostique se développe progressivement

夽 Symposium présenté le lundi 19 novembre 2012 de 14 h 30 à 16 h 30, en salle 101.


∗ Département de génétique, hôpital Charles-Nicolle, CHU de Rouen, 1, rue de Germont, 76031 Rouen cedex, France.
Adresse e-mail : thierry.frebourg@chu-rouen.fr

0242-6498/$ — see front matter © 2012 Publié par Elsevier Masson SAS.
http://dx.doi.org/10.1016/j.annpat.2012.09.194
La révolution du séquençage de nouvelle génération S21

dans les laboratoires de génétique médicale, ce qui néces- de choix pour la détection de la maladie résiduelle dans
site une réorganisation des laboratoires vu le nombre de les hémopathies et la détection d’ADN tumoral circulant
prélèvements analysables et la masse de données générées, dans le sang, avec pour intérêt la détection de marqueurs
une formation au NGS des généticiens moléculaires et des de résistance ou de sensibilité aux thérapies ciblées chez
techniciens, l’intégration d’une expertise bio-informatique le patient métastatique, la détection précoce de muta-
et la mise sur le marché par les sociétés de réactifs dont la tions secondaires à l’origine d’une résistance aux thérapies
qualité est compatible avec une activité diagnostique. ciblées chez les patients traités et le suivi biologique de
Dans le domaine de la génétique somatique, le NGS déve- l’évolutivité de la maladie cancéreuse. Il est probable que
loppé au titre de la recherche permet l’analyse globale le NGS appliquée aux tumeurs bouleversera rapidement
du génome tumoral. Les analyses comparatives d’exomes l’utilisation des thérapeutiques ciblées actuellement décli-
tumoraux et d’exomes constitutionnels réalisées sur des nées et évaluées par localisation tumorale. En effet, chez
grandes séries de tumeurs, telles les mélanomes, les un patient présentant un cancer, l’analyse de l’exome de sa
tumeurs cérébrales, les adénocarcinomes pancréatiques ou tumeur permettra l’identification de mutations prédictives
les lymphomes ont permis l’identification de mutations d’une sensibilité aux thérapies ciblées et il est probable que
récurrentes, d’intérêt nosologique, pronostique ou dans le la détection de telles mutations conduira, dans le futur,
cadre des thérapeutiques ciblées et a révélé l’hétérogénéité à l’utilisation de la thérapie correspondante indépendam-
génétique des tumeurs. Le NGS se déploie progressivement ment de la localisation tumorale. Ainsi, l’intégration du NGS
dans les laboratoires de génétique somatique des tumeurs. dans les laboratoires de génétique somatique des tumeurs et
Compte tenu du nombre limité de gènes dont l’analyse médi- d’anatomopathologie devrait permettre le passage de la chi-
cale a actuellement un intérêt médical démontré dans les miothérapie globalisée à la chimiothérapie personnalisée.
tumeurs solides (KRAS, BRAF EGFR, PI3KCA, HER2, ALK, KIT,
PDGFRA, HER2. . .), l’apport du NGS dans de tels laboratoires
est de réaliser une analyse globale de tous ces gènes sur un Déclaration d’intérêts
grand nombre de patients et de réduire les délais.
La sensibilité considérable du NGS, permise par la pro- L’auteur n’a pas transmis de déclaration de conflits
fondeur de lecture, en fera probablement une méthode d’intérêts.