Université Saad Dahlab- Blida-1.

Master I : Microbiologie

Matière: Aspects cellulaires des interactions hôtes-pathogènes

Dr. Lounaci L.

Chapitre I : Interactions hôte-bactéries

Introduction générale
Au cours d’une infection, les bactéries pathogènes interagissent avec différents composés
cellulaires pour mettre en place et maintenir le processus infectieux. Un certain nombre
d’entre elles sont capables d’envahir des cellules normalement non phagocytaires pour s’y
répliquer et se disséminer dans les cellules adjacentes, en mettant en jeu une motilité
intracytoplasmique dépendante de l’actine. Certaines bactéries résistent à l’action des cellules
phagocytaires en empêchant leur internalisation. D’autres bactéries persistent après
internalisation dans les macrophages car elles ont élaboré des mécanismes de survie et de
réplication à l’intérieur de vacuoles, en reprogrammant la voie endocytaire des cellules.

Ci- après une brève synthèse des principaux mécanismes du pouvoir pathogène des bactéries :

A) Facteurs permettant à la bactérie de s’implanter

L’adhésion : La plupart des bactéries pathogènes pénètrent dans l’organisme au niveau des
muqueuses.
Pour qu’elles puissent coloniser et ensuite envahir les muqueuses, les bactéries doivent
d’abord y adhérer grâce a des protéines de surface, appelées adhésines, celles ci interagissent
spécifiquement avec des récepteurs présent sur les cellules de l’hôte (ce qui explique le
tropisme de certaines bactéries pour un site ou a une espèce animale donnée).

Invasion des cellules non phagocytaires: (Exp: cellule épithéliale)

- Interaction bactérie-cellule : remaniement du cytosquelette ce qui implique une ingestion de
la bactérie dans une vacuole, la bactérie va
*Soit traverser la cellule dans cette vacuole.
* Soit persister dans cette vacuole.
* Soit lyser la vacuole et se multiplier dans le cytoplasme.

Enzymes bactériennes :
Elles sont nombreuses et lysent certaines substances fondamentales Exp :
- Streptokinase: Agissent sur le caillot et facilitent sa dissémination.
- Coagulase: Favorise la formation de caillot.
- Leucocydine: Altération des polynucléaires.

Captation du fer :
Les bactéries pathogènes doivent posséder des systèmes de captation du fer (sidérophores)
capables d’entrer en compétition avec les protéines qui transportent le fer chez l’hôte
(lactoférrine, transférrine).

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 B) Facteurs permettant d’échapper aux défenses de l’hôte:

Résistance à la phagocytose :
Certains constituants de la bactérie la protègent contre la phagocytose comme la capsule, ces
bactéries sont appelées extracellulaires.

Résistance dans la phagocyte :

D’autres bactéries n’échappent pas a la phagocytose mais ont la propriété de persister et de se
multiplier à l’intérieur des phagocytes, ce sont des bactéries intracellulaires facultatifs
(Listeria) ou obligatoires (Mycobactéries).

Echappement à la réponse anticorps: Par

✓ Variations antigéniques: Exp: Neisseria et Salmonella.
✓ Composés de surfaces qui miment des Ag de l’hôte d’où la tolérance de l’agent pathogène
par l’hôte.
✓ D’autres s’enrobent d’AC Exp: Protéine G des streptocoques et Protéine A des
staphylocoques fixent les IgG par leurs fragments Fc.

C) Facteurs d’agression :

Les toxines: il existe deux variétés. Exotoxines et Endotoxine.

1- Détournement de la machinerie cellulaire par les bactéries : Détournement de la

voie endocytaire et survie dans les macrophages

Certaines bactéries invasives, telles Mycobacterium, Chlamydia, Salmonella et Legionella se

répliquent au sein de vacuoles à l’intérieur de phagocytes professionnels (Sinai et al., 1997 ;
Garcia-del Portillo, 1999). Les moyens mis en œuvre pour élaborer les niches intracellulaires,
que représentent les vacuoles de réplication, illustrent la diversité des processus développés
par ces bactéries pour contrôler le trafic membranaire. Les phagocytes professionnels
présentent un double défi pour le germe pathogène, qui doit pouvoir survivre, d’une part, à la
réponse oxydative liée à la phagocytose et, d’autre part, à la dégradation au niveau des
lysosomes, vers lesquels évoluent classiquement les vacuoles contenant des particules
étrangères ingérées par la cellule (figure 1).

En ce qui concerne la réponse oxydative, certaines bactéries telles que Salmonella ou

Mycobacterium expriment des enzymes homologues aux protéines NRAMP (Natural
Resistance Associated Macrophage Protein) du macrophage, qui pourraient leur conférer une
certaine résistance aux radicaux superoxydes (Shiloh et al., 2000). Le mode de phagocytose
pourrait également être un facteur important pour la survie de la bactérie. En effet, certaines
bactéries sont beaucoup moins viables lorsque l’on force leur phagocytose par le récepteur Fc
en les recouvrant d’immunoglobulines (Sinai et al., 1997). La caractérisation des phagosomes
bactériens, fondée sur des analyses de marqueurs spécifiques de compartiments endocytaires,
montre que les bactéries à parasitisme intracellulaire établissent des compartiments
spécifiques pour éviter la dégradation lysosomiale. Par exemple, Mycobacterium tuberculosis,
l’agent responsable de la tuberculose, se réplique dans un phagosome situé dans une étape

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précoce de la voie endocytaire, dans une vacuole comparable à un compartiment de recyclage
(Figure 1). Cette bactérie est capable d’empêcher la maturation de ce compartiment en
retenant de manière active la protéine cellulaire TACO au niveau du phagosome (Ferrari et
al., 1999). Les déterminants de M. tuberculosis responsables du détournement de la voie
endocytaire ne sont pas connus. En revanche, les bactéries Chlamydia pneumoniae,
responsable de maladies respiratoires, ou C. trachomatis, responsable du trachome et de
maladies sexuellement transmises, se multiplient dans des inclusions ne contenant aucun
marqueur connu de la voie endocytaire.

Les inclusions de Chlamydia sont riches en sphyngomyéline qui proviendrait de la voie

d’exocytose à partir de l’appareil de Golgi (Hackstadt et al., 1996). Les effecteurs bactériens
intervenant dans la formation et le maintien de ces inclusions ne sont pas connus, mais un
certain nombre de protéines bactériennes, appelées protéines Inc, sont associées à la
membrane de l’inclusion (Wyrick et al., 2000). Un appareil de sécrétion de type III pourrait
intervenir dans la formation de projections bactériennes, détectables en microscopie
électronique et transperçant la membrane de l’inclusion (Wyrick et al., 2000).
Pour Mycobacterium, comme pour Chlamydia, les difficultés de manipulation génétique
constituent un obstacle important pour l’identification des déterminants impliqués dans la
survie intracellulaire.

Figure 01 : Échanges entre phagosomes bactériens et compartiments de la voie endocytaire ou

exocytaire. La voie endocytaire et les compartiments caractérisés par des marqueurs spécifiques sont
représentés. EP : endosome précoce ; R: compartiment de recyclage ; ET: endosome tardif ; L :
lysosome ; RE: réticulum endoplasmique ; TfnR : récepteur de la transferrine ; M6PR: récepteur du
mannose-6-phosphate ; Lamp: glycoprotéines de membrane 1 et 2 associées au lysosome ; CatD :
cathepsine D. Les flèches fines à une ou deux têtes représentent des événements de fusion entre
compartiments de la voie endocytaire. Les flèches grasses à deux têtes indiquent des échanges entre le
phagosome bactérien et un compartiment de la voie endocytaire ou exocytaire. Les corps élémentaires
de Chlamydia sont contenus à l’intérieur d’inclusions, qui ne présentent pas de marqueurs connus de la

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voie endocytaire, mais qui incorporent des glycosphingolipides (gsl) en provenance du Golgi. Le
phagosome de Mycobacterium présente les caractéristiques d’un compartiment de recyclage.
Salmonella inhibe la fusion avec le lysosome, mais acquiert néanmoins certains marqueurs
lysosomiaux, tels Lamp, d’une manière dépendante de la GTPase Rab7. Legionella inhibe la fusion
phagolysosomiale, et s’entoure de membranes provenant du réticulum endoplasmique rugueux.

2- Manipulation des membranes des cellules hôtes par les bactéries au cours de
l’infection

Dans le cas des bactéries du genre Salmonella, couramment responsables de gastro-entérites,

la propriété d’invasion permet le franchissement de la barrière intestinale et la dissémination à
d’autres organes, dans certains cas d’affections systémiques sévères.

Dans le cas de Shigella, l’agent responsable de la dysenterie bacillaire, l’invasion combinée à

la dissémination au sein de l’épithélium permettent la colonisation et la destruction de la
muqueuse colique. Après internalisation par la cellule, Salmonella se réplique à l’intérieur
d’une vacuole, alors que Shigella lyse la vacuole de phagocytose, se réplique au sein du
cytosol cellulaire, et dissémine de cellule à cellule.

L’invasion des cellules épithéliales par Salmonella ou Shigella s’accompagne de

remaniements comparables de la surface cellulaire. Au contact de la cellule, ces bactéries
induisent la formation d’extensions cellulaires au voisinage du site d’interaction bactérie-
cellule. Ces extensions fines, appelées filopodes, s’allongent de plusieurs micromètres en
l’espace de quelques minutes, puis se transforment rapidement en feuillets membranaires, qui
s’élèvent au-dessus du corps bactérien et fusionnent pour conduire à l’internalisation de la
bactérie dans une large vacuole de phagocytose.

Ces remaniements de la surface cellulaire sont induits par la capacité qu’ont ces bactéries de
réorganiser de manière transitoire le cytosquelette cortical, en contrôlant localement la
polymérisation et la dépolymérisation des filaments d’actine, ainsi que leur organisation.

Bien que les remaniements de la surface cellulaire induits par Salmonella et Shigella soient
similaires, les mécanismes moléculaires mis en jeu dans la réorganisation du cytosquelette
sont différents (Tran Van Nhieu, 2001).

3- Remaniement du cytosquelette par les bactéries pour pénétrer dans la cellule

hôte

Pour détourner à leur profit le contrôle du cytosquelette cellulaire, Salmonella et Shigella

utilisent un appareil de sécrétion spécialisé, dit de type III, qui permet l’acheminement de
protéines de la bactérie encore extracellulaire vers le cytosol cellulaire (Hueck, 1998).
Plusieurs bactéries pathogènes utilisent des appareils de sécrétion de type III, soit pour induire
leur internalisation par les cellules épithéliales, soit pour neutraliser l’action des phagocytes
professionnels. Certaines bactéries synthétisent plusieurs appareils de sécrétion de type III
assurant différentes fonctions lors de l’infection des cellules. Par exemple, chez Salmonella,
un deuxième appareil de sécrétion est impliqué dans la réplication intracellulaire au sein de la
vacuole (Uchiya et al., 1999). Des homologies dans la séquence primaire et des expériences
de trans-complémentation indiquent un niveau de conservation des appareils chez différentes

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espèces (Hueck, 1998). Les appareils de sécrétion de type III Inv-Spa de Salmonella et Mxi-
Spa de Shigella ont été visualisés par microscopie électronique et leur structure caractérisée
(Kubori et al., 1998 ; Tamano et al., 2000). Ils se présentent sous la forme d’un appareil
composé de deux paires de plateaux reliés par une région tubulaire vraisemblablement
périplasmique, ainsi que d’une aiguille exposée sur la surface de la bactérie, pouvant atteindre
plusieurs dizaines de nanomètres de longueur (Figure 2).

Certaines protéines composant les différentes parties de cette structure macromoléculaire ont
été identifiées et correspondent à des gènes homologues chez Shigella et Salmonella (Figure
2). Le mécanisme contrôlant l’activité de ces appareils de sécrétion est mal compris. Ils
doivent être dotés de « senseurs » leur permettant de reconnaître des composés à la surface de
la cellule, responsables du déclenchement de la sécrétion. L’acheminement de protéines
bactériennes vers le cytosol cellulaire pourrait se faire par l’intermédiaire d’un pore
membranaire, constitué vraisemblablement des premières protéines bactériennes exportées et
assemblées dans la membrane de la cellule hôte. Dans le cas de Shigella, ce pore a une taille
estimée à environ 3 nm de diamètre et contient notamment les protéines IpaB et IpaC
(Tamano et al., 1999).

Les protéines qui pourraient jouer un rôle homologue chez Salmonella, chez les EPEC et chez
Yersinia sont représentées dans la figure 2.

Figure 2. Appareils de sécrétion de type III : structure, effecteurs et cibles. A. Appareils de

sécrétion de type III visualisés par coloration négative en microscopie électronique à transmission, à la
surface de Shigella. B. Cliché de microscopie électronique correspondant à un appareil de sécrétion de
type III purifié, et coloré négativement. C. Action des effecteurs bactériens transloqués par l’appareil
de sécrétion de type III induisant: (1) l’invasion de Salmonella. SipB (B) et SipC (C) s’associent et
participent à la translocation d’autres protéines effectrices. SipC nuclée directement la polymérisation
de l’actine. SopE (E) agit comme facteur d’échange (GEF) sur les GTPases Cdc42 et Rac, ce qui
induit la polymérisation de l’actine. SopB (b) est une inositol-polyphosphatase, qui hydrolyse
l’inositol(1, 3, 4, 5, 6) phosphate (IP5) en inositol(1, 4, 5, 6) phosphate (IP4), et agit avec SopE pour

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induire la polymérisation de l’actine. SipA (A) se fixe sur l’actine filamenteuse et la stabilise. SptP (P)
agit comme facteur GAP sur Cdc42 et Rac et favorise le retour de la GTPase vers la forme inactive
liant le GDP; (2) l’invasion de Shigella. IpaB (B) et IpaC (C) s’associent et participent à la formation
d’un pore impliqué dans la translocation des effecteurs bactériens. IpaC induit la polymérisation de
l’actine en activant Cdc42 et Rac. IpaA (A) se fixe à la vinculine (V) et dépolymérise les filaments
d’actine. La tyrosine kinase Src est activée, d’une part, et agit en combinaison avec Cdc42 et Rac pour
polymériser l’actine, et d’autre part, règle négativement Rho; (3) la formation du piédestal des EPEC.
EspB et EspD participent à la formation du pore. La protéine Tir (T) est insérée dans la membrane de
la cellule hôte et se lie à la protéine de surface bactérienne, intimine (I). L’interaction entre l’intimine
et Tir, et éventuellement d’autres récepteurs cellulaires, tels que les intégrines β1, est requise pour la
polymérisation de l’actine dépendante de la GTPase CHIP et du complexe N-WASp-Arp2/3, qui
conduit à la formation du piédestal ; (4) l’antiphagocytose chez Yersinia : YopB (B) et YopD (D)
participeraient à la formation du pore. YopH est une tyrosine phosphatase qui déphosphoryle
p130CAS, p125FAK (FAK), et la paxilline (Pax). YopE est un facteur GAP qui inhibe Rac. YopT
modifie et inhibe Rho. Barres: (A) 200 nm ; (B) 10 nm.

4. Utilisation des protéines de la fusion vésiculaire par les bactéries

Une des premières réponses cellulaires de défense contre les bactéries pathogènes mise en
place quelques minutes ou quelques heures après leur entrée dans la cellule hôte est la
xérophagie, qui va emprisonner et délivrer la bactérie intracellulaire a la voie de dégradation
lysosomale.
L’autophagie a longtemps été considérée comme une voie de dégradation non sélective, mais
de nombreux types d’autophagie sélective ont été récemment décrits. Par exemple,
l’autophagosome peut séquestrer de manière sélective les pathogènes intracellulaires (Jo et
al., 2013).

4. 1 Reconnaissance sélective des bactéries

L’autophagie joue un rôle spécifique dans la reconnaissance sélective des bactéries
intracellulaires au travers de l’accumulation de l’ubiquitine, de la galectine ou/et des
adaptateurs de l’autophagie.

✓ Ubiquitine
L’ubiquitine est une petite protéine de76 acides amines se conjuguant a un substrat dans un
mécanisme appelé ubiquitination, créant ainsi un signal ≪ eat-me ≫ (Boyle and Randow,
2013).
Chez les eucaryotes supérieurs, l’ubiquitination est une condition sine qua non pour la
reconnaissance du substrat et son adressage vers une autophagie sélective.
L’influence de l’ubiquitine dans la xenophagie, et ce dans un contexte d’invasion bactérienne,
a clairement été décrite dans plusieurs études (Perrin et al., 2004; Shahnazari and Brumell,
2011; Dupont et al., 2010). Similairement aux agregasomes de protéines qui sont ubiquitines
avant d’être engloutis par l’autophagosome, les bactéries qui ont détruit leur vacuole et se
retrouvent libres dans le cytosol peuvent être ciblées et conjuguées avec une dense chaine de
polyubiquitine (Perrin et al., 2004).

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La polyubiquitination des protéines observées autour des Salmonella cytoplasmiques
constitue un signal de reconnaissance et d’adressage vers la voie autophagique (Figure 3)
(Veiga and Cossart, 2005; Birmingham et al., 2006).

La formation du manteau d’ubiquitine des bactéries nécessite une E3 ligase pouvant

également jouer le rôle de PRR (pattern recognition receptor) (Rand and Munz, 2012).

La proteine LRSAM1 est la première ubiquitine E3 ligase identifiée comme pouvant jouer le
rôle de PRR et reconnaitre des bactéries cytosoliques au travers de son domaine LRR
(Leucine rich repeat) (Celli, 2012). De plus, LRSAM1 a surtout été montree comme la
premiere E3 ligase pouvant déclencher la légation de chaine d’ubiquitine sur Salmonella
enterotica sérovar Typhimurium, contribuant a sa capture par l’autophagie et a la restriction
de sa prolifération (Huett et al., 2012; Celli,2012).

L’association de l’ubiquitine avec la bactérie intracellulaire se fait selon l’hypothèse que

l’autophagie antimicrobienne requiert un mécanisme dépendant de l’ubiquitine pour la
reconnaissance et la dégradation du cargo autophagique.

Une étude menée chez S. Typhimurium a mis en évidence que seulement 50% des bactéries
présentent un manteau d’ubiquitine, suggérant la possible existence d’une seconde voie
permettant l’autophagie (Shahnazari et al., 2011). Il a été observe que les Salmonella
positives pour LC3 co-localisent soit avec l’ubiquitine soit avec le diacylglycerol (DAG),
indiquant le rôle de ce dernier dans la régulation de a xenophagie de Salmonella (Shahnazari
et al., 2010).

Figur 3: Signal "eat-me": Apres échappement de leur vacuole, Les bactéries cytosoliques comme Salmonella
peuvent être ciblées par l’ubiquitine (Ub) qui joue le rôle de messager et permet leur dégradation par la
xenophagie. Les vestiges membranaires vont être reconnus par la galectine 3 (Gal3) et/ou la galectine 8 (Gal8)
pour être adresses vers la voie de l’autophagie.

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Un autre signal de ≪eat-me≫ indépendant de l’ubiquitine et conduisant a la capture du
pathogène ou des vestiges membranaires De sa vacuole A été mis en évidence (Fig. 3). En
effet, les galectines 3 et 8 sont respectivement impliquées dans la reconnaissance des vestiges
membranaires des vacuoles de Shigella flexneri et S. Typhimurium permettant leur capture par
l’autophagie (Fig. 3) (Dupont et al., 2009; Thurston et al., 2012).
L’ubiquitine et les galectines sont des signaux ≪eat-me ≫ qui peuvent être reconnus par les
protéines adaptatrices de l’autophagie.

✓ Protéine adaptatrice de l’autophagie

Les principales protéines adaptatrices de l’autophagie ou récepteurs connus pour être engages
dans l’autophagie sélective sont NDP52 (nuclear dot protein52), p62 (SQSTM1
sequestosome1), NBR1 (neighbor of BRCA1 gene 1), optineurine (OPTN) (Figure 4) (Jo et
al., 2013). Ces récepteurs permettent le lien entre l’ubiquitine ou la galectine et la protéine
LC3, facilitant la dégradation des substrats par la voie de l’autophagie (Shaid et al., 2012).

Figure 4 : Les différents adaptateurs protéiques impliqués dans l'autophagie sélective.

Xenophagie induite par une bactérie ubiquitinee. L’ubiquitine est reconnue et permet le recrutement
des protéines adaptatrices, telles que NDP52, p62 et OPTN. Ce recrutement résulte en leur
translocation vers l’autophagosome en formation. Les protéines adaptatrices interagissent avec
l’ubiquitine et LC3 (Jo et al., 2013).

La protéine p62 est l’adaptateur le plus étudie et est impliquée dans la selection d’une variete
de substrats ubiquitines tels que les mitochondries endommagées ou des bactéries (Johansen
and Lamark, 2011; Zheng et al., 2009).

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Les trois adaptateurs sont recrutes de manière indépendante et sont impliques dans la
restriction de la croissance de Salmonella, mais dans un mécanisme non redondant puisque la
déplétion de l’un d’entre eux a pour conséquence une hyper prolifération de la bactérie
(Thurston et al., 2009; Wild et al., 2011; Zheng et al., 2009).

NDP52 participe a l’immunité innée contre les pathogènes intracellulaires, en reliant la voie
de signalisation TBK1 (serine/thréonine kinase ayant une activité antibactérienne) et celle de
l’autophagie (Figure 4) (Thurston et al., 2009).

De plus, le recrutement de TBK1 entraine la liaison deLC3 avec OPTN en fonction de la

phosphorylation d’une serine du domaine LIR de la protéine OPTN (Figure 4) (Wild et al.,
2011).

✓ Manipulation de l’autophagie par les bactéries

L’autophagie limite la réplication de certaines bactéries pouvant être situées dans des
compartiments différents.

L’autophagie cible S. Typhimurium localisée dans sa vacuole ≪ endommagée ≫, comme le

montre la co-localisation des marqueurs vacuolaires avec la protéine de l’autophagie LC3
(Birmingham et al., 2006). Directement après l’échappement de leur vacuole grâce à la lyse
des membranes par la streptolysine O, les Streptococcus du groupe A (GAS) sont libres dans
le cytoplasme ou les bactéries seront ciblées par l’autophagie. Les GAS sont séquestres a
l’intérieur d’un autophagosome fusionnant par la suite avec le lysosome pour dégrader les
bactéries (Fig. 5) (Nakagawa et al., 2004).

Des fibroblastes ATG 5 sont permissibles a la réplication de GAS, démontrant ainsi le rôle de
l’autophagie dans la dégradation de la bactérie (Nakagawa et al., 2004).
Les mécanismes par lesquels l’autophagie est apte à sentir les pathogènes dans différents
compartiments cellulaires ne sont pas encore tout a fait compris et connus.
Au contact de cette voie de dégradation, plusieurs bactéries pathogènes intracellulaires ont
évolue et mis en place différentes stratégies pour échapper a cette voie.

Apres la rupture de leur vacuole, les pathogènes circulant dans le cytoplasme se retrouvent la
cible de l’autophagie.

Afin d’éviter cette voie, Shigella inhibe directement certaines protéines autophagiques et
Listeria masque sa reconnaissance en recrutant des protéines hôtes. En effet, directement
après l’échappement de sa vacuole, S. flexneri crée une comète d’actine en polymerisant
l’actine a l’aide de sa protéine VirG (IscA).

VirG est reconnue par la protéine autophagique de l’hôte, ATG5, qui se lie au complexe
Tecpr1Wipi2, permettant la liaison avec l’autophagosome (Figure 5) (Ogawa, 2005; Ogawa et
al., 2011).

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La bactérie contrecarre l’attaque de l’autophagie au moyen d’une protéine secrétée par son
appareil de type III (T3SS), IcsB, se liant a VirG et bloquant ainsi sa reconnaissance par
ATG5 (Ogawa, 2005).

Dans le cas de L. monocytogenes la protéine ActA analogue de VirG recrute le système de

polymerisation de l’actine de l’hôte, constitue du complexe protéique Arp2/3, actine et VASP,
tandis que l’internalise InlK recrute les protéines major vault protein (constituants des
ribonucleoproteines) (Figure 5) (Yoshikawa et al., 2009; Dortet et al.,2011).

Une autre stratégie mise en place par les bactéries est de “pirater” l’un des compartiments de
l’autophagie pour y établir une niche de réplication.

Quelques bactéries ont développé une résistance a l’acidite leur permettant de résider et de se
répliquer a l’intérieur de l’autophagolysosome. Par exemple, Coxiella burnetii se réplique au
sein d’une large vacuole acide et riche en hydrolases, ou les marqueurs de l’autophagie tels
que la Beclin1 et LC3 sont présents (Figure 5).

La modulation de l’autophagie par des drogues inhibitrices ou activatrices a un effet direct sur
la réplication de la bactérie. En effet, l’induction de l’autophagie permet d’augmenter le
nombre et la taille des vacuoles contenant la bactérie, ce qui confirme l’importance du

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détournement de cette voie par C. burnetii (Romano et al., 2007; Vazquez And Colombo,
2010).

Tandis que cette espèce bactérienne a développé une résistance à l’acidite, d’autres
pathogènes intracellulaires bloquent la fusion entre le lysosome et l’autophagosome (Figure
5). Anaplasma phagocytophilum réside dans une vacuole a double membrane associée avec
LC3 mais qui est non acidifiée.

Dans les cellules HL-60, la bactérie crée une niche de réplication au sein d’un
autophagosome, ne permettant pas sa maturation en autolysosome (Niu et al., 2008).

5. Utilisation des modifications post-traductionnelles des protéines cellulaires par les

bactéries au cours de l’infection

Chez les eucaryotes, deux principaux mécanismes co-existent afin d’augmenter la diversité de
protéines à partir d’un nombre restreint de gènes. D’une part, l’épissage alternatif permet de
donner naissance à plusieurs ARN messagers (ARNm) matures à partir d’un seul ARN pré-
messager.

D’autre part, les protéines synthétisées vont subir des modifications par ajout de petits
composés (phosphates, groupements méthyle, ADP-ribose, Acétyle…) ou par ajout de
protéines (Ubiquitine, protéines SUMO). Celles-ci sont nommées modifications post –
traductionnelles du fait qu’elles interviennent après la synthèse des protéines (Bairoch and
Apweiler, 2000; Norregaard Jensen, 2004). Ces modifications vont permettre à ces protéines
d’acquérir de nouvelles fonctions et d’influer sur leur activité, leur capacité d’interaction, leur
stabilité ou leur localisation au sein de la cellule. La cellule sera alors capable de répondre de
manière rapide face à un stress ou un signal extracellulaire (prolifération, différentiation,
apoptose) sans avoir à synthétiser un nouveau protéome.

Les modifications post-traductionnelles ne sont pas uniquement la résultante de stress ou de

signaux extracellulaires, mais apparaissent (subviennent) aussi au cours du cycle cellulaire
(Trinh et al., 2013; Vermeulen et al., 2003). Afin d’assurer un déroulement optimal du cycle
cellulaire, certaines protéines doivent être activées ou inactivées à des phases spécifiques.

De nombreuses protéines sont modifiées au cours du cycle cellulaire et les facteurs de

transcription ne font pas exception à la règle (Chuang et al., 2012).

Les modifications post-traductionnelles chez les eucaryotes sont variées et plus de 300 ont été
recensées (Kato et al., 1993; Norregaard Jensen, 2004). On distingue deux catégories
majeures de modifications post traductionnelles :

➢ le clivage de la chaine principale de la protéine cible de manière auto-catalytique ou

par des protéases ;
➢ l’adjonction de groupements ou de protéines sur les chaines latérales des acides
aminés cibles dont les mécanismes sont décris ci-après.

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5-1- La phosphorylation

La phosphorylation est le transfert d’un groupement phosphate sur un résidu sérine (S),
thréonine (T) ou tyrosine (Y) cible. Le phosphate transféré sur la protéine cible provient de
molécules d’adénosine triphosphate (ATP) et la réaction est catalysée par une enzyme appelée
kinase. Les kinases sont très nombreuses chez l’homme et l’ensemble de celles-ci dénommé
le kinome, regroupe plus de 500 membres (Bartek et al., 2004; Cimprich and Cortez, 2008;
Kastan and Bartek, 2004; Manning, 2005).

Au vu de la diversité des protéines kinases, il n’est pas possible d’établir un modèle de

fonctionnement global qui tienne compte de la spécificité de chacune des kinases, ni de la
globalité des substrats. Nous allons donc nous focaliser sur deux familles en rapport avec le
facteur de transcription ATF7 comme exemple.

Les MAP kinases (mitogen-activated protein kinase ou MAPK) sont des sérine/thréonine
kinases. Ces MAPK sont activées par une cascade de phosphorylations en réponse à un
stimulus intra ou extra cellulaire, qui conduit à une réponse biologique spécifique, telle la
prolifération, la différenciation, la migration ou l’apoptose. Chez l’homme, les MAPK sont
divisées en six groupes, dont les kinases p38. Ces derniers sont capables d’être activées suite à
une stimulation par des lipopolysaccharides (LPS) (Han et al., 1993) ou à un choc osmotique
(Han et al., 1994) et ont été isolées dans des cellules immunitaires où elles permettent la
régulation de l’expression de cytokines inflammatoires telles l’interleukine 1 (IL-1) et le
TNFα (tumor necrosis factor).

La famille p38 comprend quatre kinases codées par des gènes distincts, p38α, p38β (aussi
nommée p38β2), p38γ et p38δ (Enslen, 1998; Wang, 1997). Les différentes p38 diffèrent par
leur profil d’expression, leurs activateurs et leurs substrats. Elles ne possèdent que 60%
d’identité, suggérant qu’elles exercent des fonctions diverses (Raman et al., 2007). Les
kinases p38α et β2 sont exprimées de manière ubiquitaire bien que p38α soit plus fortement
exprimée que p38β2. Ces deux kinases sont sensibles aux inhibiteurs dérivés de pyridinyl
imidazole comme le SB203580 (Wagner and Nebreda, 2009). Parallèlement, p38γ et δ ne sont
exprimés que dans certains tissus (Thornton and Rincon, 2009; Zarubin and Han, 2005). Par
exemple, dans le sang, les macrophages expriment p38γ alors que les granulocytes expriment
p38δ (Korb et.al, 2006).

L’activation des kinases p38 est une succession d’évènements complexes. Le point initial est
un stimulus intra- ou extra-cellulaire qui provient de cytokines pro inflammatoires (IL1,
TNFα), de facteurs de croissance, d’une irradiation aux ultraviolets ou encore d’un stress
oxydatif ou osmotique (Ono and Han, 2000; Pietersma et al., 1997; Rouse et al., 1994)
(Figure 6).

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Figure 6 : La voie d’activation des MAP kinases.
Les MAP kinases permettent aux cellules de répondre à de nombreux stimuli extracellulaires. Pour cela des
récepteurs membranaires répondent aux différents signaux, ce qui active les protéines G associées, qui, à leur
tour déclenchent les cascades de phosphorylation des MAP kinases. Les MAP3K sont ainsi phosphorylées, et
activent à leur tour les MAP2K et ainsi les MAPK pour conduire à la phosphorylation de nombreux substrats.
Les substrats activés peuvent être des facteurs de transcription, des protéines kinases ou encore d’autres
protéines. Il en résulte alors une réponse biologique adaptée à chaque stimulus. D’après (Abe et al., 2002;
Dhillon et al., 2007; Hazzalin et Mahadevan, 2002; (Lee et al., 1995).

5-2- La SUMOylation

Une grande partie des protéines de la cellule peuvent être modifiées par l’ajout covalent d’une
protéine. Le mécanisme de modification de protéines par l’ajout d’une protéine ubiquitine
(monoubiquitinylation) ou de plusieurs ubiquitines (polyubiquitinylation) qui forment alors
une chaine branchée sur le résidu modifié est bien connu. Cependant, d’autres protéines
peuvent être ajoutées comme la protéine Nedd (neddylation) et les protéines de la famille
SUMO (sumoylation).

La famille SUMO (pour Small Ubiquitin-like MOdifier) comprend quatre membres. Les
protéines SUMO1-4 sont constituées d’environ cent acides aminés (Kamitani, 1998; Lapenta
et al., 1997; Mannen et al., 1996) exprimées de manière ubiquitaire (Xu and Au, 2005), à
l’exception de SUMO4 qui n’est retrouvée que dans le rein et la rate (Bohren, 2004; Guo et
al., 2004). La structure tridimensionnelle de la protéine SUMO1 et de l’ubiquitine sont très
similaires (figure 7). Ces protéines possèdent une structure globulaire formée de cinq feuillets
β et deux hélices α ainsi qu’une extension C-terminale.

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Les protéines SUMO présentent également une extension N-terminale flexible d’une
vingtaine d’acides aminés. Cette extension est fortement chargée et jouerait un rôle dans les
interactions protéine-protéine mais aussi comme site de branchement pour l’élaboration de
chaines de poly-SUMO (Bayer et al., 1998).

Figure 7 : Les structures tridimensionnelles de l’ubiquitine et de la protéine SUMO1.

Les deux protéines possèdent une structure tridimensionnelle globulaire avec une extension C-
terminale. Cette extension se termine chez les protéines matures par le motif di-glycine leur permettant
d’être conjuguées aux substrats. La protéine SUMO1 possède une extension N-terminale
supplémentaire flexible de fonction inconnue. La structure de l’ubiquitine a été déterminée par
diffraction aux rayons X, tandis que celle de SUMO- 1 a été résolue par RMN en solution. Identifiants
de la Protein Data Bank (PDB) : 1UBQ et 1A5R respectivement. D’après (Bayer et al., 1998);
Dohmen, 2004; Vijay-Kumar et al., 1987).

5-3- La protéine ATF7

La protéine ATF7 (pour Activating Transcription Factor 7) appartient à la grande famille de
protéines à motif b-ZIP (pour Basic region and leucine ZIPper) qui sont des facteurs de
transcription impliqués dans de nombreux processus cellulaires, notamment la prolifération, la
différentiation, l’apoptose et la réponse cellulaire au stress et stimuli extérieurs.

Une étude de la réponse immunitaire contre Pseudomonas aeruginosa chez le nématode a été
réalisée. Celle-ci démontre que le facteur de transcription ATF7 est capable de réprimer
l’expression de gènes de réponse immunitaire innée en absence d’infection.

Nous pouvons conclure que la protéine ATF7 possède une activité largement influencée par
ses modifications post-traductionnelles. La figure 9 résume le rôle de ces modifications.

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