Introduction à la Bactériologie Médicale 30 novembre 2023

Introduction à la Bactériologie Médicale

La bactériologie a débuté avec l’observation des micro-organismes par
Anthony van Leeuwenhock, l’inventeur du microscope au XVIIe siècle, il observe
les bactéries mais ne fait pas le lien entre bactérie et infection clinique. Ce sont les
travaux plus récents de Louis Pasteur et Robert Koch qui permettent de faire le lien
entre bactérie et infection.
La microbiologie médicale est l’étude des micro-organismes responsables
d’infections chez l’Homme. Dans les spécialités de la microbiologie, on retrouve :
La bactériologie qui étudie les bactéries ;
La virologie qui étudie les virus ;
La mycologie qui étudie les levures et les champignons ;
 La parasitologie qui étudie les parasites => ex : Tænia ou le pou (ectoparasite)
Pour se développer, la bactérie a besoin d’un réservoir qui peut être humain
(méningocoque : méningite), animal, environnemental (eau, sol, aliments). Puis à
partir du réservoir, il y a transmission : directe ou indirecte.
- Pour la directe : par contact d’Homme à Homme, transmission aérienne
(méningocoque), digestive, manuportée (donc cutané), sanguine, sexuelle,
verticale (de la mère à l’enfant in-utéro).
- Pour l’indirecte : par un animal (zoonose), par un vecteur (comme un insecte ou
objet inerte), par l’environnement (eau, air, sol).
La transmission définit l’épidémiologie d’une maladie infectieuse.
-Maladie sporadique : transmission rare et épisodique, cas isolés sans rapport
entre eux ;
-Maladie endémique : transmission facile, expression permanente mais avec
quelques cas ;
-Maladie épidémique : très contagieuse, plusieurs cas dans un temps donné sur
un territoire limité.
-Maladie pandémique : dissémination rapide à l’échelle d’un continent ou
mondiale

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Les bactéries :
Virus et bactéries sont des micro-organismes unicellulaires appartenant à un règne
autonome, ils sont procaryotes, n’ont pas de compartimentation nucléo-
cytoplasmique ni de mitochondrie. Enfin, les levures et les parasites sont des
eucaryotes. Ce qui les distingue :
Une grande différence de taille, les bactéries sont plus grosses que les virus ;
Les bactéries ont de l’ADN et de l’ARN, tandis que les virus ont soit l’un soit
l’autre ;
 Les bactéries ont une multiplication autonome et asexué alors que les virus ont
besoin d’un parasite cellulaire obligatoire pour se multiplier, il a besoin d’une cellule
hôte ;
Les levures et les parasites ont de l’ADN et de l’ARN, une multiplication autonome
sexuée chez les champignons et les parasites ;
Les bactéries peuvent être intra ou extracellulaire ;
Les parasites peuvent être de toute taille, les bactéries sont visibles en MO, les
virus sont visibles en ME.
Un parasite est un micro-organisme eucaryote qui se caractérise par un cycle de
vie, soit avec un seul hôte c’est un parasite monoxène, (mono ène (- ène, du gr.
«étranger»). [En parlant d'un parasite animal] Dont le cycle évolutif
s'accomplit chez un seul hôte) soit il en a plusieurs, c’est un parasite hétéro ène,
il est également caractérisé par un vecteur de transmission. Il peut être à la surface
de l’organisme, c’est un ectoparasite, ou à l’intérieur, c’est un endoparasite. Il y a
des parasites unicellulaires avec les protozoaires (plasmodium [paludisme],
toxoplasma, amibes) et les champignons (levures, filamenteux : dermatophytes),
mais aussi des parasites pluricellulaires avec les helminthes (vers, tenia) et les
arthropodes (acariens [gale] et insectes [pou]).
Un virus est un virion procaryote intracellulaire obligatoire, on les classe selon leur
type d’acides nucléiques (ADN/ARN), monocaténaire ou bicaténaire, la présence
ou non d’une capsule (capside protéique) qui en font un virus enveloppé ou nu,
puis on les sépare en différentes familles : herpes virus, pharyngites, H 1V1 (SIDA),

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enterovirus (polio, méningite), rougeole, influenzae (grippe), papillomavirus,

poxvirus, adenovirus.
La structure des virus est visible en microscopie électronique. Le rôle de
l’enveloppe est important dans le cycle réplicatif du virus : fusion de sa membrane
avec celle de la cellule. Sans enveloppe, c’est un processus d’endocytose.
Cycle réplicatif du virus : attachement à la cellule hôte, pénétration, décapsidation,
réplication, assemblage, libération. C’est la cellule hôte qui va fabriquer 100 à 1000
virus.
II- Bactéries
Les bactéries sont des micro-organismes unicellulaires, procaryotes, qui
appartiennent au règne des protistes, à multiplication autonome et asexuée, extra-
ou intracellulaire, classées selon leur forme :
ronde = Cocci
ou allongée = Bacille, ou
encore selon leur paroi : coloration de Gram (Gram - : rose et Gram + : violette) ce
qui permet d’adapter les antibiotiques.
1. Flore Bactérienne (microbiote)
Les bactéries commensales sont les bactéries qui vivent sur un hôte, sur les flores
cutanées, ORL, flore conjonctivale, génital et digestive. Les bactéries de la flore
commensale ont un rôle de barrière (empêche d’autres bactéries de coloniser le
lieu), de maintien de pH (empêche le développement de levures => mycoses
vaginales) et de fermentation.
Les bactéries des flores peuvent devenir pathogènes, on parle d’infections
opportunistes à l’origine d’infections endogènes surtout quand l’hôte est fragilisé,
par effraction cutanée, patient immunodéprimé, etc…
Il y a une abondance dans la flore oro-pharyngée, dans l’estomac malgré le pH, et
plus on descend en distal dans le tube digestif, plus la quantité bactérienne
augmente.
Les bactéries de la flore commensale peuvent provoquer des infections
nosocomiales.
2. Pathogénicité des Bactéries

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Les saprophytes commensales sont des pathogènes opportunistes, contrairement

aux pathogènes spécifiques qui sont facultatifs (partage sain possible) ou
obligatoires qui seront toujours à l’origine d’infections.
La pathogénicité dépend également des facteurs de virulence et de la défense de
l’hôte : avec la barrière physique (peau, muqueuse), la barrière chimique
(enzymes), la barrière biologique = flores commensales, les réactions
inflammatoires non spécifiques, l’immunité spécifique cellulaire (lymphocytes T) ou
humorale (anticorps). Chez le patient hospitalisé, des bactéries peu virulentes
(comme les staphylocoques de la peau) deviennent opportunistes.
Les facteurs de virulences sont nombreux :
On retrouve la mobilité bactérienne, des bactéries sont ciliées en ciliature polaire
avec un déplacement en flèche ou en ciliature péritriche avec un déplacement
désordonné. E emple clinique de la mobilité des bactéries, l’infection urinaire
ascendante avec E. Coli.
A partir d’un prélèvement, confrontation à : des bactéries lentes, des bactéries non
cultivables, des bactéries décapitées par un traitement (ex : méningite). A partir
d’une culture, confrontation à : des bactéries non identifiables.
 La multiplication bactérienne se fait en général à 37°, température optimale.
Autre facteur de virulence, les endotoxines, toxines excrétées par la paroi des
bactéries, les bactéries Gram– ont toujours une membrane externe dont certains
fragments sont libérés au cours d’une infection provoquant un choc septique. Elles
sont sécrétées par certaines bactéries, ça concerne le choléra, le botulisme et le
tétanos. Ces sécrétions d’e oto ines sont responsables d’éruptions
(streptocoques), de gangrènes (staphylocoques) et de paralysies neuromusculaires
(Clostridium tetani puisque la toxine se fixe directement au niveau de la synapse,
de la jonction neuromusculaire). On peut trouver des exotoxines : certaines
bactéries sécrétrices (choléra, tétanos, botulisme).
-Dans les infections nosocomiales : manque de défense de l'hôte car bactéries peu
virulentes deviennent pathogènes, opportunistes.
3. Anatomie de la Bactérie

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La bactérie a pour appendices externes, les flagelles/cils pour la mobilité de la

bactérie, les Pili ou Fimbriae pour l’adhésion et les Pili se uels pour l’échange de
matériel génétique par l’intermédiaire d’un plasmide.
Les enveloppes bactériennes sont formées d’une paroi de peptidoglycanes, des
macromolécules de chaînes de glycanes reliées de ponts peptidiques, essentiels et
obligatoires, qui déterminent la forme sphérique (=cocci) ou cylindrique (=bacille).
Ils ont un rôle de captage et de rejet par des pompes à efflux.
Cette paroi est à la base de la coloration de Gram,
pour une paroi épaisse c’est une bactérie Gram +
pour une paroi mince c’est une bactérie Gram -
Pour l’étude à la coloration de Gram :
•on dépose la bactérie sur une lame,
•on la colore au violet de gentiane,
•on décolore à l’alcool : si la préparation reste violette alors c’est une bactérie Gram
+, si la préparation perd sa teinte violette alors c’est une bactérie Gram -,
•on contre-colore à la fuchsine pour les observer au microscope et étudier leurs
formes (cocci ou bacille).
NB : L’éthanol traverse uniquement la paroi des bactéries à Gram négatif
(dissolution des lipides de la membrane externe) et décolore le cytoplasme.
* le chromosome est unique et circulaire, compacté, il n’y a pas de membrane
nucléaire, environ 5 000 pb et moins de 500 gènes, il se duplique au cours de la
division cellulaire.
* Les plasmides sont circulaires doués d’autoréplication, facultatifs, certains gènes
plasmidiques peuvent s’intégrer au chromosome alors dans ce cas ce sont des
transposons, ils sont porteurs de gènes, notamment de gènes de résistance aux
antibiotiques (ex : gènes de pénicillinases), et permet la propagation entre
bactéries par conjugaison.
* Les ribosomes permettent la synthèse des protéines à partir des ARNm.
4. Classification des Bactéries
Dans les Bactéries aérobies,
•Gram + :
◦Cocci : Staphylocoques en grappe de raisin,
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Streptocoques, Entérocoques et Pneumocoques en chaîne.

◦Bacille : Listeria, Corynébactéries, Bacillus
•Gram - :
◦Cocci : Neisseria (méningocoque ou gonocoque)
◦Bacille : Entérobactéries, Pseudomonas, Haemophilus.
Les Bacille à Gram – et les Cocci à Gram + sont les bactéries les plus
fréquemment rencontrées en clinique.
Les bactéries anaérobies sont les partenaires fréquents des bactéries aérobies (ex
: gangrène). Les bactéries anaérobies sont présentes dans les flores et certaines
dans l’environnement (spores).
Il existe des bactéries non colorables par le Gram :
* Les bactéries spiralées avec Treponema pallidum à l’origine de la Syphilis, elle
est non cultivable et difficile à étudier en diagnostic, on fait un diagnostic
sérologique en recherchant les anticorps.
* On retrouve aussi des mycobactéries avec Mycobacterium tuberculosis à l’origine
de la Tuberculose, qui a une coloration particulière et dont la culture est longue.

5. Mode de Vie : Biofilm bactérien

Les bactéries fabriquent un glycocalyx, des polysaccharides bactériens, et ils
permettent leur adhésion les uns avec les autres, formant un film, puis des
microcolonies, une synthèse de polysaccharides, puis une dispersion de bactéries
à partir de cette microcolonie pour aller adhérer plus loin et recommencer le même
processus et les mêmes étapes.

Le biofilm bactérien permet l’adhésion à l’environnement, à la plaque dentaire, les

sondes et les cathéters, etc…
Le traitement de ces biofilms bactériens est difficile car si leur métabolisme est déjà
ralenti ça marche moins bien et il faut que l’antibiotique pénètre le biofilm. Il est
accessible quand il s’agit d’un cathéter ou d’une sonde urinaire… Mais beaucoup
moins quand il s’agit sur une prothèse de hanche.
Concernant la sporulation bactérienne, en conditions défavorables la bactérie
prend une forme sporulée, tandis qu’en conditions favorables la bactérie prend une
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forme végétative. C’est une forme de survie, elle possède un génome condensé et
un cytoplasme déshydraté. E : Infections d’origine tellurique : Tétanos (Clostridium
tetani) et la Gangrène gazeuse (Clostridium perfringens).