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Richard Harth
Sott.net
ven., 02 août 2019 11:39 UTC
Comparer une cellule vivante à un virus, c'est un peu comme comparer la Chapelle Sixtine à
une niche pour chien. Dépourvus du mécanisme complexe et très sophistiqué des cellules
vivantes, les virus représentent une biologie dépouillée jusqu'à un niveau extrême. Ce sont les
véritables minimalistes du monde biologique.
Néanmoins, le domaine de la virologie regorge de questions sans réponse sur ces entités
architecturales simples, mais qui restent mystérieuses. Dans le cadre de nouvelles recherches,
Arvind Varsani, virologue moléculaire à l'université d'État de l'Arizona, s'associe à une
prestigieuse équipe internationale pour explorer une classe particulière de virus en détectant
les fragments génétiques qui révèlent toute la complexité de l'évolution virale.
La nouvelle étude examine la dynamique évolutive des virus à ADN « circulaire monocaténaire
codant une "protéine à réplication-associée" ».
Par ailleurs, un virus à ADN peut être soit à simple brin ou monocaténaire, soit à double brin
ou bicaténaire.
Les résultats montrent que cette vaste classe de virus à ADN monocaténaire — qui
contaminent les trois domaines cellulaires de la vie — ont acquis leurs composantes
génétiques grâce à des processus évolutifs complexes qui ne peuvent être corrélés à un
seul événement ancestral. Les virus sont plutôt des imitateurs obsessionnels qui
s'approprient du matériel génétique provenant de nombreuses sources, y compris des
cellules bactériennes, archées et eucaryotes ainsi que des réplicons parasites
circulaires, appelées plasmides, et d'autres éléments génétiques nomades tels que les
transposons.
Commentaire : Il semble que les scientifiques ont souvent du mal à tracer les « processus
évolutifs qui sont corrélés à un seul événement ancestral ». Il y a toujours quelque chose ou
plutôt tout un tas de choses qui ne font tout simplement pas sens, mais cela ne les empêche
pas d'espérer qu'un jour ça fonctionnera peut-être.
Lorsqu'un ensemble d'éléments nomades — comme les virus à ADN CRESS — provient
de plus d'un ancêtre ou d'un groupe ancestral évolutif commun, ils sont appelés
polyphylétiques. Ce phénomène est courant dans le monde viral, présentant à la fois des
défis et des opportunités pour les chercheurs, car les définitions, les taxonomies et les
trajectoires évolutives de ce vaste domaine sont reconsidérées, à l'aide de nouvelles
techniques puissantes.
Commentaire : Les scientifiques donnent l'impression ici de vouloir admettre que la théorie
de l'évolution ne fonctionne pas, mais c'est plus fort qu'eux et ils ne peuvent s'empêcher de
répéter le mot ad vitam aeternam.
De telles explorations pourraient également jeter un nouvel éclairage sur les origines de la
première vie sur Terre et résoudre la question de savoir comment la vie cellulaire a pu coexister
avec l'effroyable éventail de virus de la planète, surnommé le virome [ensemble des génomes
d'une population virale trouvés dans un même organisme ou dans un même environnement -
NdT]. Comme l'explique Arvind Varsani :
« Au cours de la dernière décennie, nous avons découvert des virus dans divers
écosystèmes à l'aide d'approches métagénomiques et, par conséquent, nous avons
en mesure d'alimenté les bases de données de ces virus à ADN CRESS, ouvrant la
voie à une analyse mondiale qui a permis de mieux comprendre leur origine ainsi
Arvind Varsani est chercheur au Centre de biodesign pour les mécanismes de l'évolution et au
Centre de microbiomiques fondamentales et appliquées, ainsi qu'à l'École des sciences de la
vie de l'ASU.
Il fait équipe avec Darius Kazlauskas de l'Institut de biotechnologie du Centre des sciences de
la vie à l'université de Vilnius en Lituanie ; Eugene V. Koonin de l'Institut national de la santé de
Bethesda dans le Maryland aux États-Unis ; et Mart Krupovic du Département de microbiologie
de l'Institut Pasteur à Paris en France.
La nouvelle recherche est publiée dans le dernier numéro de la revue Nature Communications.
Commentaire : La microbiomique est un domaine en pleine croissance dans lequel tous les
micro-organismes d'un microbiote donné sont étudiés ensemble. Il peut s'agir du microbiote
d'un échantillon environnemental comme le sol ou l'eau, d'un site corporel particulier, comme
l'intestin ou la bouche, ou d'un organisme particulier, comme les animaux de ferme ou ceux
qui vivent dans un zoo.
Les virus se composent d'acide nucléique — soit de l'ARN soit de l'ADN — entouré d'une
coquille protéique protectrice, connue sous le nom de capside. Décrire le fonctionnement de
chaque virus est simple : entrer dans une cellule vivante, pirater son mécanisme métabolique et
fabriquer sa propre progéniture.
Les virus diffèrent sensiblement des cellules appartenant aux domaines bactérien, eucaryote et
archée, notamment en ce qui concerne leurs modes de réplication. Bien que toute la vie
cellulaire repose sur l'héritage de l'ADN à double brin ou bicaténaire, les virus peuvent être
monocaténaires ou bicaténaires et utiliser l'ADN ou l'ARN comme matériel génétique. De plus,
leurs génomes peuvent être circulaires ou linéaires, constitués d'une ou de plusieurs
molécules. Les virus n'ont pas un seul ancêtre commun et aucun gène n'est conservé sur
l'ensemble du virome, ce qui fait des virus une sorte d'assemblage génétique.
Commentaire : La métagénomique est une analyse sans étape de culture de l'ensemble des
acides nucléiques des micro-organismes présents dans un milieu donné. Le catalogue de
ces séquences représente le génome collectif ou le génome global d'un échantillon donné,
appelé métagénome. Le « séquençage au fusil de chasse » (Shotgun sequencing en anglais)
consiste lui à diviser au hasard des séquences d'ADN en de nombreux petits morceaux, puis
à réassembler la séquence en recherchant les régions de chevauchement.
© Inconnu
CRISPR2 ou l'ingénierie génétique au service de la
manipulation des génomes, pour le meilleur ou pour le pire ?
Commentaire : « égoïsme » est ici entre guillemets, car il fait référence à la théorie du gène
égoïste ou de l'ADN égoïste de Richard Dawkins, théorie elle-même directement dérivée de
la théorie de l'évolution par sélection naturelle de Charles Darwin. Voir la série de trois
articles mettant en lumière les deux théories ci-dessus mentionnées, théories qui consistent
« en une foule d'événements étranges qui ont pratiquement zéro pour cent de chance de se
produire. » :
Parmi les virus mis en lumière par la métagénomique virale figurent les virus à ADN CRESS.
Autrefois considérés comme rares, ces virus ont depuis été découverts dans les sols, les
cheminées sous-marines, les lacs et étangs de l'Antarctique, les échantillons d'eaux usées, les
océans et les sources chaudes. Les virus à ADN CRESS font partie d'un super-groupe viral
vaste et diversifié qui revêt une importance cruciale, tant sur le plan médical qu'économique.
Les virus à ADN CRESS peuvent être identifiés grâce à une protéine spécifique, appelée Rep,
qui joue un rôle crucial dans le mécanisme de réplication du génome commun à ces virus ainsi
qu'aux divers plasmides circulaires présents dans les bactéries et les archées. Des chercheurs
ont récemment noté que le gène Rep est conservé dans tous les virus à ADN CRESS. L'une de
leurs tâches biologiques consiste à couper et à joindre à nouveau des segments d'ADN
monocaténaire — activité essentielle au mécanisme de réplication connu sous le nom de
réplication circulaire de l'ADN.
Le processus de réplication circulaire commence lorsque la protéine Rep entaille l'un des brins
de la forme ADNdb du génome viral, initiant ainsi la séquence de réplication. Le brin
monocaténaire ainsi obtenu par cette entaille est allongé à l'aide d'une ADN polymérase hôte,
en utilisant le brin non entaillé comme modèle.
Commentaire : Un plasmide est une molécule d'ADN circulaire à double brin ou bicaténaire
— dissociée du chromosome — capable de réplication autonome et non essentielle à la
survie de la cellule. Les plasmides sont utilisés en génie génétique à des fins de clonage
moléculaire, de production de molécules et de séquençage.
« Il est remarquable de voir tous ces liens évolutifs entre les virus et les réplicons «
égoïstes » non viraux, qui étaient autrefois considérées comme n'ayant aucun lien
de parenté. En conséquence, les mécanismes généraux de l'évolution du virus
ainsi que l'organisation globale du vaste monde viral commencent à s'effriter.
»
Référence de publication :
Darius Kazlauskas, Arvind Varsani, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic. « Multiple
origins of prokaryotic and eukaryotic single-stranded DNA viruses from bacterial and
archaeal plasmids ». Nature Communications, 2019; 10 (1) DOI:
10.1038/s41467-019-11433-0
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