Anaerobie Botu Rapport 2020 Version Web

Rapport annuel d’activité 2021 – Année d’exercice 2020
CENTRE NATIONAL DE RÉFÉRENCE

DES BACTÉRIES ANAÉROBIES
ET DU BOTULISME
Laboratoire associé au CNR

Clostridioides difficile
Unité d'Hygiène et de Lutte contre les Infections Nosocomiales

Hôpital St Antoine, Paris
***
RAPPORT ANNUEL D'ACTIVITÉ 2021

Année d’exercice 2020
CNR Bactéries anaérobies et Botulisme

Nadine DELARUE, Laure DIANCOURT, Julie GERMOND, Christelle MAZUET, Jean SAUTEREAU
Laboratoire associé Clostridioides difficile

Frédéric BARBUT, Jeanne COUTURIER, Cécile GATEAU, Killian LE NEINDRE
Juin 2021
CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

2
SOMMAIRE
Résumé analytique (version française) ......................................................................................... 6
Résumé analytique (version anglaise) ........................................................................................... 7
LIVRE I RAPPORT ANNUEL DU CNR BACTERIES ANAEROBIES ET BOTULISME……………………………8
1- MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR BACTERIES ANAEROBIES ET BOTULISME ............... 9

2- ACTIVITES D’EXPERTISE ....................................................................................................... 9
2-1 Evolution des techniques au cours de l’année 2020 .............................................. 10
2-2 Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses..................................... 10
2-3 Techniques transférées vers d’autres laboratoires................................................ 10
2-4 Collections de matériel biologique ....................................................................... 10
2-5 Activités d’expertise ............................................................................................ 10
Activités d’expertise en bactériologie anaérobie (hormis Clostridioides difficile).. 10
Activités d’expertise pour le botulisme .................................................................. 11
2-6 Activités de séquençage génomique (WGS, NGS…) ............................................... 12
Accès aux plateformes de séquençage de l’Institut Pasteur .................................. 12
Accès à une expertise bio-informatique ................................................................. 12
Appel aux techniques de séquençage à des fins de santé publique....................... 13
Stockage et dépôt des données brutes .................................................................. 13
3- ACTIVITES DE SURVEILLANCE ............................................................................................ 13
3-1 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections.......................... 13
Surveillance du botulisme ....................................................................................... 13
Réseau de partenaires .................................................................................... 13
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques du botulisme.................... 14
Botulisme agro-alimentaire et environnemental ............................................. 16
Botulisme animal ............................................................................................. 17
Surveillance des infections à bactéries anaérobies (hormis Clostridioides difficile)17
Souches d’origine humaine............................................................................. 17
Souches d’origine vétérinaire.......................................................................... 19
Souches d’origine alimentaire ......................................................................... 19
3-2 Surveillance de la résistance des bactéries anaérobies aux anti-infectieux (hormis
Clostridioides difficile) ............................................................................................................... 20
3-3 Interfaces avec les réseaux de surveillance nationaux ou internationaux .............. 23
3-4 Enquêtes ou études ponctuelles concourant à la surveillance réalisée .................. 23
4- ALERTE ............................................................................................................................... 23
5- ACTIVITES DE RETRO-INFORMATION, DE FORMATION ET DE CONSEIL ........................... 24
5-1
Conseil et expertise aux professionnels de santé .................................................. 24
Modalités et cibles de la diffusion des données de surveillance et des
productions du CNR et du laboratoire associé.................................................................................... 24
Activités de conseils aux professionnels de santé .................................................. 24
5-2 Conseil et expertise aux autorités sanitaires ........................................................ 24
5-3 Conseil et expertise pour d’autres cibles (médias, grand public) ........................... 24
6- TRAVAUX DE RECHERCHE ET PUBLICATIONS EN LIEN DIRECT AVEC L’ACTIVITE DU CNR. 24
6-1 Activités de recherche ......................................................................................... 24
Activités de recherche sur la toxine botulique et C. botulinum.............................. 24
Activités de recherche sur les bactéries anaérobies............................................... 26

3
6-2 Publications et communications 2020 .................................................................. 28
Publications nationales ................................................................................... 28
Publications dans des revues internationales à comité de lecture ................. 28
Congrès, workshops, séminaires .................................................................... 28
7- COOPERATION AVEC LES LABORATOIRES DE SANTE ANIMALE, D’HYGIENE ALIMENTAIRE,
ENVIRONNEMENTAUX................................................................................................................. 28
8- PROGRAMME D’ACTIVITE POUR LES ANNEES 2021-2022 ................................................ 30
8-1 Bactériologie anaérobie....................................................................................... 30
Expertise en bactériologie anaérobie ..................................................................... 30
Identification et typage des souches de bactéries anaérobies ....................... 30
Typage toxinique des souches de bactéries anaérobies ................................ 30
Détermination de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries anaérobies
notamment Bacteroides du groupe fragilis .................................................................................. 31
Description d’une nouvelle espèce apparentée à Clostridium chauvoei ........ 31
Projet FED-AMR: The role of free extracellular DNA in dissemination of
antimicrobial resistance over ecosystem boundaries along the food/feed chain ........................ 31
Projet ClostAbat : Characterization of the Clostridium perfringens and
Clostridium difficile hazards in the beef, pig and poultry sectors in slaughterhouses » .............. 32
8-2 Botulisme............................................................................................................ 32
Diagnostic du botulisme ......................................................................................... 32
Reconstitution des stocks de sérums neutralisant les toxines botuliques ............. 33
Développement de nouvelles méthodes de mise en évidence et de
caractérisation des toxines botuliques ............................................................................................... 33
9- TABLEAUX .......................................................................................................................... 34
10- ANNEXE 1 : MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR........................................................... 44
10-1 Missions et objectifs majeurs............................................................................... 44
10-2 Equipe ................................................................................................................ 44
10-3 Locaux et équipements........................................................................................ 44
Locaux ..................................................................................................................... 44
Equipements ........................................................................................................... 46
10-5 Démarche qualité ................................................................................................ 47
11- ANNEXE 2 : CAPACITES TECHNIQUES DU CNR .................................................................. 49
11-1 Liste des techniques de référence ........................................................................ 49
11-2 Collection de souches et sérums de référence ...................................................... 49
12- ANNEXE 3 : AUTRES INFORMATIONS ................................................................................ 51
12-1 Permanence du CNR Bactéries Anaérobies et Botulisme ....................................... 51
12-2 Autorisation MOT................................................................................................ 51
12-3 Autorisations d’exercer la biologie médicale ........................................................ 51
12-4 Résultats de recherche non encore publiés ou sous embargo ............................... 51
12-5 Difficultés rencontrées par le CNR au cours de l’année N ...................................... 51
12-6 Autres remarques à destination du comité des CNR ............................................. 52
LIVRE II RAPPORT ANNUEL DU LABORATOIRE ASSOCIE Clostridium difficile………………………..…53
1- Missions et organisation du CNR ...................................................................................... 54

2- Activités d’expertise .......................................................................................................... 54
2-1 Évolutions des techniques ................................................................................... 55
2-2 Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses..................................... 55

4
2-3 Techniques transférées vers d'autres laboratoires................................................ 55
2-5 Activités d’expertise ............................................................................................ 55
2-6 Activités de séquençage ...................................................................................... 56
3-Activités de surveillance .................................................................................................... 56
3-1
Description du réseau de partenaires................................................................... 57
3-2
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections.......................... 57
3-3
Surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux ............... 64
3-4
Interfaces avec les réseaux de surveillance nationaux ou internationaux .............. 65
Contribution à la surveillance nationale en interface avec Santé Publique France 65
Contribution aux réseaux de surveillance internationaux en particulier
européens…………. .......................................................................................................................... ……66
Enquêtes ou études ponctuelles concourant à la surveillance............................... 66
4- Alerte ................................................................................................................................. 67
5- Activités de rétro-information, de formation et de conseil .............................................. 67
5-1 Conseil et expertise aux professionnels de santé .................................................. 67
Enseignements sur Clostridioides difficile .............................................................. 67
Activités de formations continues .......................................................................... 68
Stagiaires accueillis ................................................................................................. 68
Liste des guides élaborés ........................................................................................ 68
Modalités et cibles de diffusion .............................................................................. 69
5-2 Conseil et expertise aux autorités sanitaires ........................................................ 70
5-3 Conseil et expertise pour d’autres cibles (médias, grand public …) ........................ 70
6- Travaux de recherche et publications en lien direct avec l’activité du CNR ..................... 70
6-1 Activités de recherche en cours lors de l’année N, concernant uniquement celles
ayant un lien direct avec les missions et activités du CNR ........................................................... 70
Clostridium difficile chez les enfants prématurés : relations avec le microbiote
intestinal…………… ................................................................................................................................ 70
Etude COMBACT-CDI : Etude COMBACT-CDI (Combating Bacterial Resistance in
Europe- Clostridium difficile infections) relative à l’épidémiologie des infections à C. difficile et
leur impact clinique en Europe. .......................................................................................................... 71
Evaluation du test Solana et Sophia (Quidel) pour la détection des souches
toxinogènes de C. difficile ................................................................................................................... 72
Evaluation multicentrique du Revogene (GenePOC) .............................................. 73
Evaluation de la dissémination environnementale de C. difficile à partir des
toilettes…………….. ............................................................................................................................... 73
Effet du rayonnement UV-C généré par des lampes au xénon sur les spores de C.
difficile et les BHRe .............................................................................................................................. 74
Etude DAFNE : Observatoire de l’utilisation de la fidaxomicine en France ............ 75
Impact de la cellulose microcristalline sur le diagnostic des infections à C. difficile75
6-2 Liste des publications et communications de l’année N, concernant uniquement
celles ayant un lien direct avec les missions et activités du CNR .................................................. 76
Publications nationales ........................................................................................... 76
Publications internationales ................................................................................... 76
Communications nationales ................................................................................... 77
Communications internationales ............................................................................ 77
Conférences sur invitations .................................................................................... 78
7- Coopération avec les laboratoires de santé animale, d’hygiène alimentaire,
environnementaux ...................................................................................................................... 78

5
Collaboration, Dr Le Maréchal, ANSES Laboratoire de Ploufragan : Projet

DiaBloClo : Caractérisation de souches de C. botulinum et C. difficile au cours de la digestion
anaérobie mésophile d’effluents d’élevages bovins. .......................................................................... 78
Collaboration avec l’Unité SBCL, département des contaminants
microbiologiques, Laboratoire de sécurité des aliments (ANSES, Olivier Firmesse) et l’Unité
HQPAP, laboratoire de Ploufragan-Plouzané (Dr LeMaréchal) Projet DIFALIBO ................................ 79
Soumission d’une ANR par le Dr O. FIRMESSE (département des contaminants
microbiologiques, Laboratoire de sécurité des aliments) : projet CLOSTABAT (« Characterization of
the Clostridium perfringens and Clostridium difficile hazards in the beef, pig and poultry sectors in
slaughterhouses »). ............................................................................................................................. 80
Projet de thèse de sciences avec le Dr Poquet Isabelle (Institut Micalis, INRAe,
Domaine de Vilvert, Bât 442, 78352 Jouy-en-Josas Cedex) sur : « Clostridioides difficile chez les
Equidés : rôle des biofilms dans la colonisation, le portage asymptomatique ou la virulence, et la
persistance des infections » (CLODIFFEQUI). ...................................................................................... 80
8- Programme d’activité pour les années 2021-2022 ........................................................... 81
8-1 Apport du whole genome sequencing (WGS) dans la compréhension de
l’épidémiologie des infections à Clostridium difficile. ................................................................. 81
8-2 Etude CLOCIDIA ................................................................................................... 82
8-3 Mise au point et apport du typage CRISPR à l’étude épidémiologique de C. difficile
(collaboration avec O. Soutourina, I2BC UMR 9198, Université Paris -Saclay) .............................. 83
8-4 Portage asymptomatique de C. difficile : prévalence, facteurs de risque et
relations avec le microbiote intestinal (Collaboration avec B. Dupuy, Institut Pasteur). ............... 83
9- Annexe 1 : Missions & organisation du CNR ..................................................................... 85
9-1 Missions du CNR et de ses éventuels laboratoires associés ................................... 85
9-2 Organisation du CNR et de ses éventuels laboratoires associés ............................. 85
9-3 Locaux et équipements........................................................................................ 85
9-5 Démarche qualité du laboratoire ......................................................................... 87
10- Annexe 2 : Capacités techniques du CNR.......................................................................... 88
10-1 Liste des techniques de référence ........................................................................ 88
10-2 Liste des techniques recommandées par le CNR ................................................... 88
11- Annexe 3 : Autres informations ........................................................................................ 89
11-1 Permanence du CNR ........................................................................................... 89
11-2 Autorisations MOT ............................................................................................. 89
11-3 Autorisations d’exercer la biologie médicale ........................................................ 89
11-4 Résultats de recherches non encore publiés ou sous embargo .............................. 89
11-5 Difficultés rencontrées par le CNR au cours de l’année N, y compris en termes de
mise à disposition des budgets MIGAC ou Santé publique France (texte libre)............................. 89
11-6 Autres remarques à destination du comité des CNR (texte libre) .......................... 89
DECLARATION PUBLIQUE D’INTERET Christelle MAZUET……………………………….…………………………
DECLARATION PUBLIQUE D’INTERET Frédéric BARBUT……………………………………………………………

6
RESUME ANALYTIQUE (VERSION FRANÇAISE)
Le CNR bactéries anaérobies et botulisme et le laboratoire associé Clostridioides difficile

assurent la surveillance du botulisme, des infections à C. difficile, ainsi que l'identification de souches
de bactéries anaérobies.
En 2020, le CNR a procédé au diagnostic biologique du botulisme humain à partir de 119

échantillons de sérum, 111 selles et 14 échantillons alimentaires. Le nombre de foyers et de cas de
botulisme observés en France cette année reste classique malgré le contexte sanitaire lié à la crise
Covid : 7 foyers confirmés (et 2 foyers très suspects) de botulisme impliquant 11 patients (et 8 cas
suspects) ont été identifiés. 17 patients ont été hospitalisés dont 8 en service de réanimation.
Le botulisme alimentaire reste la forme la plus fréquente (5 foyers confirmés sur 7, et forte
suspicion d’une origine alimentaire pour 2 foyers suspects bien que non confirmés).
Deux foyers (2 cas) de botulisme infantile (1 type A et un type Bf) ont également été
identifiés.
Une suspicion clinique (1 cas) de botulisme iatrogène de type A consécutive à l’injection IM
de toxine botulique pour le traitement d’une malformation chez une enfant de 13 ans n’a pas été
confirmée biologiquement.
Comme régulièrement en France, les foyers d’origine alimentaire étaient majoritairement de
type B (4 foyers sur 5 dont un type Bf). L’aliment contaminé a pu être confirmé pour deux foyers
uniquement.
En 2020, 153 souches ou prélèvements primaires pour recherche de bactéries anaérobies ont
été enregistrées par le CNR. Les 114 souches d’origine humaine identifiées se répartissent en 21
genres différents, 40 espèces nommées et 1 souche représentant une nouvelle espèce potentielle.
Bien que les bactéries anaérobies restent en général sensibles aux traitements antibiotiques, le suivi
de l’évolution de la résistance effectué par le CNR confirme que certaines espèces (particulièrement
les Bacteroides du groupe fragilis) sont de plus en plus résistantes notamment aux béta-lactamines
incluant les carbapénèmes.
Clostridioides difficile représente le principal entéropathogène responsable de diarrhées

associées aux soins. Le laboratoire associé « Clostridioides difficile » a pour principales missions les
expertises et le développement des techniques d'identification, de typage et d'évaluation de la
sensibilité aux anti-infectieux des souches de Clostridioides difficile, ainsi que la contribution à la
surveillance et à l'alerte des infections nosocomiales et des cas groupés d’infections à C. difficile
(ICD).
Au cours de l’année 2020, 345 prélèvements ont été reçus par le laboratoire associé. Parmi
ces prélèvements, 262 ont permis d’isoler une souche de C. difficile toxinogènes ; 5,1% ont été
identifiées comme appartenant au PCR ribotype 027. Les 2 autres principaux PCR-ribotypes
identifiés étaient le 14/020/077 (11,7%) et le 078/126 (7,6%).
L’année 2020 a été marquée par une stabilisation du nombre de souches 027 épidémiques
reçues par le CNR. Les 6 souches épidémiques provenaient de 5 départements.

7
RESUME ANALYTIQUE (VERSION ANGLAISE)
The NRC anaerobic bacteria and botulism and the Clostridioides difficile associated laboratory
provide surveillance for botulism, C. difficile infections, and the identification of anaerobic bacterial
strains.
In 2020, the CNR proceeded to the biological diagnosis of human botulism from 119 serum,
111 stools and 14 food samples. The number of outbreaks and cases of botulism observed in France
this year remains classic despite the Covid crisis: 7 confirmed outbreaks (and 2 suspicious ones) of
botulism involving 11 patients (and 7 suspected cases) have been identified. 17 patients were
hospitalized including 8 in intensive care unit. Food-born botulism remains the most common form (5
out of 7 confirmed outbreaks, and strong suspicion of a food origin for 2 suspected although
unconfirmed). Two outbreaks (2 cases) of infant botulism (1 type A and 1 type Bf) have also been
identified. A clinical suspicion (1 case) of iatrogenic type A botulism following IM injection of
botulinum toxin for the treatment of a malformation in a 13-year-old child has not been biologically
confirmed.
As usual in France, most of the food-born outbreaks were of type B (4 out of 5 outbreaks).
The contaminated food could be confirmed for only two outbreaks.
In 2020, 153 strains or primary samples for testing for anaerobic bacteria were recorded by
the NRC. The 114 strains of human origin identified fall into 21 different genera, 40 named species
and 1 strain representing a potential new specie.
Although anaerobic bacteria remain generally sensitive to antibiotic treatments, the
monitoring of the evolution of resistance carried out confirms that certain species (particularly
Bacteroides of the fragilis group) are increasingly resistant, in particular to beta-lactams including
carbapenems.
Clostridioides difficile is the major cause of healthcare-associated diarrhea. The main

objectives of National Reference Laboratory (NRL) for "Clostridioides difficile" are expertise,
development of new techniques for identifying and typing, evaluation of the susceptibility of
Clostridioides difficile strains to antimicrobials and contribution to the surveillance and control of
nosocomial infections and outbreaks of C. difficile infection (CDI).
In 2020, 345 samples were received by the National Reference Laboratory. Among these
samples, 262 were positive with a toxigenic C. difficile strain; 5.1% were identified as PCR-ribotype
027. The 2 other predominant PCR-ribotypes were 014/020/077 (11.7%) and 078/126 (7.6%).
This year was marked by a stabilization in the number of epidemic 027 strains received by the
NRL. Only 6 epidemic strains from 5 departments have been characterized.

8
CENTRE NATIONAL DE RÉFÉRENCE

DES BACTÉRIES ANAÉROBIES
ET DU BOTULISME

9
1- MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR BACTERIES ANAEROBIES

ET BOTULISME
La description détaillée est présentée en annexe 1
Organigramme 2020 du CNR
2- ACTIVITES D’EXPERTISE
Eléments clefs de l’année 2020 en termes de production d’expertise
> Nombre classique de foyers/cas de botulisme humain malgré le contexte sanitaire.

Les données du CNR sont en adéquation avec les DO de SpF.
Pas de défaut de remontée de signalement lié à la crise Covid.
> 2 TIAC à Clostridium perfringens et/ou Bacillus cereus en collectivité militaire en janvier 2020 et en
EHPAD en février 2020 (vs 12 en 2019) :
Effet crise Covid-19 ? (Signaux non remontés et/ou absence de TIAC ?)
> 114 souches d’origine humaine reçues en 2020 (vs 217 en 2019 soit une diminution de 47%) :
Effet crise Covid-19 ?
NB : en 2019, 95 souches et prélèvements analysées en lien avec la TIAC de l’EHPAD de Lherm)
Les descriptions des techniques et marqueurs disponibles sont présentées en annexe 2.

10
2-1 Evolution des techniques au cours de l’année 2020
N/A
2-2 Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses
Sans objet
2-3 Techniques transférées vers d’autres laboratoires
Sans objet
2-4 Collections de matériel biologique
Collections présentées en annexe 1
2-5 Activités d’expertise

Activités d’expertise en bactériologie anaérobie (hormis
Clostridioides difficile)
L’origine et le nombre d’échantillons reçus et analysées en 2020 sont donnés dans le tableau
suivant :
Nombre de souches analysées

ORIGINE
(nombre de prélèvements reçus)
Humaine 114 (124)
Vétérinaire 13 (14)
Alimentaire 12
Environnementale 1
Autres (collection, industrielle, recherche…) 2
TOTAL 142 (153)
Soit un nombre équivalent de souches isolées envoyées par les laboratoires de biologie
médicale par rapport aux années précédentes (141 en 2019 et 128 en 2018) malgré le contexte
sanitaire lié au covid-19.
Contrairement aux années précédentes et fort probablement du fait de l’épidémie de Covid,

le CNR a par contre été très peu sollicité en 2020 en première intention pour orienter, identifier et
isoler des germes anaérobies à partir de prélèvements primaires humains dans le cadre de TIAC : 10
prélèvements de ce type reçus en janvier et février 2020 (contre 76 en 2019, 73 en 2018 et 16 en
2017).
Le CNR s’est fixé pour objectif de rendre les résultats d’identification, de toxinotypage et/ou
d’antibiogramme des souches humaines dans un délai maximum de 15 jours. Pour 2020, le détail du
délai de rendu de résultats écrits figure dans le tableau ci-dessous.

11
Activités d’expertise pour le botulisme
Le volume global d'activité concernant la surveillance du botulisme en 2020 est le suivant:
Botulisme humain
sérums (recherche de toxine botulique) 119
selles (recherche de toxine botulique et de Clostridium botulinum) 111
sérums (recherche d'anticorps neutralisants les toxines botuliques) 4
Echantillons agro-alimentaires
en relation avec une suspicion de botulisme humain 12
autres 64
Echantillons environnementaux
en relation avec une suspicion de botulisme humain 0
autres 20
Botulisme animal
échantillons biologiques 82
Echantillons d'aliment pour animaux
échantillons 104
Essais Inter Laboratoires 5
TOTAL 521
Le CNR s’est fixé pour objectif de rendre les résultats écrits de diagnostic de botulisme
humain dans un délai maximum de 4 jours pour la recherche de toxine botulique (sérum, selles,
aliments) et de 7 jours pour la recherche de Clostridium botulinum (selles, aliments). Dans les faits,
les résultats sont communiqués en temps réel (le plus souvent en moins de 24h) par Fax/Téléphone
et/ou mail aux cliniciens : de façon systématique lorsque le diagnostic biologique de botulisme est
confirmé ainsi que pour tous les patients hospitalisés en réanimation.

12
2-6 Activités de séquençage génomique (WGS, NGS…)

Accès aux plateformes de séquençage de l’Institut Pasteur
L’Institut Pasteur est doté d’une plateforme dite Plateforme de Microbiologie Mutualisée
(P2M), qui est ouverte à l'ensemble des CNR ainsi qu’aux laboratoires de référence dans le Réseau
International des Instituts Pasteur et instituts associés. Dans un esprit de mutualisation
technologique, P2M regroupe les demandes et permet ainsi l'utilisation en routine du séquençage à
haut débit multi-pathogènes.
La technologie utilisée par cette plateforme de séquençage est la technologie Illumina
(fabrication des librairies + séquenceurs). Les banques sont préparées avec le kit Nextera XT et
engagées sur le séquenceur NextSeq 500. Une série de matériels est également utilisée pour réaliser
les contrôles de qualité tout au long du processus de fabrication de séquence. Des robots pipeteurs
et extracteurs permettent d'homogénéiser et de normaliser les ADN et amplicons avant d'entrer
dans le pipeline de production.
En 2020, le CNR a ainsi séquencé le génome complet de la totalité des souches de bactéries
anaérobies non MOT reçues ou isolées, en deuxième intention et en parallèle des méthodes
classiques d’identification et de typage validées (ie séquençage de type Sanger du gène codant l’ARN
ribosomal 16S, mais aussi de gènes de ménage comme dnaK, rpoB, cpn-60… en plus des tests
standards de bactériologie anaérobie). L’objectif de séquencer l’intégralité des souches de bactéries
anaérobies reçues au CNR a donc été atteint cette année. Les délais d’obtention et d’analyse des
séquences ne sont cependant pas toujours compatibles avec les besoins des cliniciens si bien que
nous continuons de recourir régulièrement aux techniques de PCR classiques pour l’identification et
le toxinotypage.
Cas particulier du séquençage des Microorganismes et Toxines (MOT) : Clostridium

botulinum, étant classé dans la liste I des MOT soumis à réglementation, le séquençage de son
génome ne peut être réalisé que sur une plate-forme dont les locaux, l’activité sur le MOT et les
personnels ont été autorisés par l’ANSM. C’était le cas jusqu’en 2018 de la Plate-Forme 1 –
Génomique du pôle Biomics de l’Institut Pasteur et pour Clostridium botulinum. La technologie
utilisée était également de type Illumina avec accès à différentes machines : MiSeq, NextSeq 500,
HiSeq. Les librairies été réalisées avec le kit TruSeq PCRfree (Illumina). Cette collaboration
comprenait également l’analyse bio-informatique : extractions du gène de la neurotoxine, des gènes
des protéines associées aux complexes botuliques ainsi que des gènes de maison permettant
d'établir le profil MLST de la souche et d'analyser sa variabilité génétique.
Depuis 2018, cette plateforme ayant emménagé dans de nouveaux locaux avec de nouveaux
personnels, l’autorisation de l’ANSM n’était plus valable et cette nouvelle structure « OMICS » n’a
pas fait le choix de déposer un dossier auprès de l’ANSM pour obtenir l’autorisation de séquencer
des MOT. Une solution a été trouvée en 2019 auprès du pôle de génotypage de la CIBU. Des
premiers génomes de Clostridium botulinum ont été séquencés avec succès, des ajustements du
pipeline d’analyses bio-informatiques sont encore nécessaires.
Accès à une expertise bio-informatique
Les CNR ont à l'heure actuelle la possibilité de faire appel à une expertise bio-informatique,
en sollicitant les services supports en interne à l'Institut Pasteur. Ils ont actuellement accès aux bio-
informaticiens du Centre de Bio-informatique, Bio-statistique et Biologie Intégrative (C3BI), qui
qualifient et réalisent une analyse de premier niveau (contaminations, qualité, assemblage) sur les
données sortantes. Ces bio-informaticiens peuvent également apporter leur aide aux CNRs, pour le
développement de méthodes de génotypage et d'autres pipelines d'analyses des séquences, y
compris en cas d'épidémie. Malheureusement, la demande est très supérieure à l'offre (1,2 ETP
dédié) et les CNR ne peuvent donc pas être aidés simultanément. Les CNRs et les unités qui les

13
hébergent doivent donc faire appel à des ingénieurs ou bio-informaticiens membres de leur équipe
de recherche ou employés sur contrat dédié.
Le CNR utilise la suite CLC Genomics Workbench et le logiciel BioNumerics v7.6 pour l’analyse
des séquences et la recherche des gènes d’intérêt. Des outils maison sont également utilisés pour
réaliser certaines recherches (récupération des gènes codant pour les ARN 16S, 5S et 23S ;
réorganisation des contigs le long d’un génome de référence).
Appel aux techniques de séquençage à des fins de santé

publique
Depuis 2014, tous les génomes des souches de Clostridium botulinum isolées des
prélèvements biologiques, alimentaires ou environnementaux sont systématiquement entièrement
séquencés pour chaque foyer de botulisme humain à des fins d’investigations de l’épidémie. D’autres
souches de Clostridium botulinum issues de foyers plus anciens ou d’autres sources sont également
séquencées à des fins épidémiologiques et de surveillance/connaissance des souches circulant en
France.
En 2020, 37 souches de Clostridium botulinum (12 isolées en 2018, 18 en 2019 et 7 en 2020)
ont ainsi pu être séquencée par le PGP de la CIBU (cf. 2-6-1).
Nous avons également régulièrement recours au séquençage génomique de souches de
Clostridium perfringens, Bacillus cereus et Bacillus cytotoxicus dans le cadre d’investigations de TIAC.
Stockage et dépôt des données brutes
Les données brutes ainsi que les assemblages sont stockés dans un répertoire sécurisé géré
par la DSI de l’Institut Pasteur. Elles sont déposées, avec les métadonnées associées, sur le site du
NCBI lorsque celles-ci font l’objet ou partie d’une publication.
3- ACTIVITES DE SURVEILLANCE
3-1 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des

infections
Surveillance du botulisme
Eléments clefs de l’année 2020 en termes de surveillance du botulisme
Nombre classique de foyers/cas de botulisme humain malgré le contexte sanitaire.

Les données du CNR sont en adéquation avec les DO de SpF.
Pas de défaut de remontée de signalement lié à la crise Covid.
Réseau de partenaires
Les échantillons, en majorité sérums humains et plus occasionnellement selles, nous sont
adressés par l’intermédiaire des laboratoires hospitaliers ou laboratoires d’analyses privés sur
demande du clinicien ou praticien traitant dans le cadre d’une suspicion de botulisme clinique ou
pour étayer un diagnostic différentiel d’un syndrome neurologique de paralysie flasque descendante.

14
La répartition des partenaires s’étend sur toute la France. Certaines demandes d’analyse de
botulisme proviennent de l’étranger.
Lors d'alerte de botulisme, le bureau "alerte" de la DGS et la DGAL coordonnent des
conférences téléphoniques entre les principaux partenaires (hospitaliers, Santé publique France,
ARS, Services vétérinaires, ANSES, ANSM, ...) y compris le CNR qui participe activement à la gestion
de la situation. Il faut souligner la bonne coordination entre Santé publique France et le CNR sur la
gestion des foyers de botulisme et les enquêtes pour en déterminer l'origine.
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques du botulisme
♦ Analyse des cas de botulisme humain en 2020
En 2020, le CNR a procédé au diagnostic biologique du botulisme humain à partir de 119

échantillons de sérum, 111 selles et 14 échantillons alimentaires. Le nombre de foyers et de cas de
botulisme observés en France cette année est assez classique : 7 foyers confirmés (et 2 foyers très
suspects) de botulisme impliquant 11 patients (et 8 cas suspects) ont été identifiés. 17 patients ont
été hospitalisés dont 8 en service de réanimation.
Le botulisme alimentaire reste la forme la plus fréquente (5 foyers confirmés sur 7, et forte
suspicion d’une origine alimentaire pour 2 foyers suspects bien que non confirmés).
Deux foyers (2 cas) de botulisme infantile ont également été identifiés.
Une suspicion clinique (1 cas) de botulisme iatrogène de type A consécutive à l’injection IM
de toxine botulique pour le traitement d’une malformation chez une enfant de 13 ans n’a pas été
confirmée biologiquement.
Un bilan du nombre de foyers et cas des 10 dernières années est synthétisé dans le tableau
ci-dessous :
Année Foyers (cas) déclarés
2020 7 (11)
2019 9 (11)
2018 7 (11)
2017 3 (4)
2016 11 (20)
2015 14 (22)
2014 4 (11)
2013 11 (19)
2012 8 (10)
2011 9 (17)
2010 8 (26)
Comme régulièrement en France, les foyers d’origine alimentaire étaient majoritairement de

type B (4 foyers sur 5). L’aliment contaminé a pu être confirmé pour deux foyers uniquement : il
s’agissait d’une conserve artisanale de foie gras et d’un pesto de fabrication familiale. Les aliments
suspectés dans les 3 autres foyers confirmés étaient également des préparations familiales ou
artisanales.
Description détaillée des foyers (Tableau 4-Chapitre 9)
- un foyer (2 cas) pour lequel la présence de toxine botulique botulinum de type B a été mise
en évidence dans les sérums des deux patients (1 père hospitalisé en réanimation et son fils de 9 ans
avec des symptômes plus légers). Les recherches de toxine botulique et de Clostridium botulinum
dans les selles réceptionnées uniquement pour l’adulte étaient négatives (12 jours après le début des

15
symptômes). L’analyse d’un pot de miel artisanal d’origine serbe s’est également révélée négative. La
consommation de salaisons serbes de préparation familiale serait plus probablement à l’origine de
ces cas sans qu’aucune analyse n’est pu être réalisée sur ces charcuteries, en absence de restes
disponibles.
- un foyer familial (3 cas dont 1 grave) de type B lié à la consommation d’une conserve
artisanale de foie gras d’oie contenant une quantité très élevée de toxine botulique (20 000 DL/g). Le
diagnostic biologique de botulisme a été confirmé à partir du sérum et/ou selles des 3 patientes. Des
souches de Clostridium botulinum de type B4 ont été isolées à partir des selles de 2/3 cas ainsi que
du foie gras contaminé. Cette observation est assez inhabituelle, les foyers de type B4 étant en
France généralement associés à la consommation de charcuteries à base de porc (jambons crus,
saucissons…).
- un foyer (1 cas) de type B pour lequel la présence de Clostridium botulinum de type B2 a été
mise en évidence dans les selles du patient. Il n’a pas été détecté de toxine botulique ni dans le
sérum ni dans les selles. L’aliment suspecté d’être à l’origine de ce cas est une conserve artisanale de
"Boles de Picolat » (haricots blancs, viande hachée de bœuf, de veau et de porc, œufs, ail, persil,
oignons, tomates, carottes, olives vertes, cèpes séchés) achetée chez un traiteur ; il n’y avait
cependant pas de reliquat du plat disponible pour confirmation et aucune non-conformité n’a été
identifiée par la DDPP lors de l’inspection du producteur de ces conserves.
- un foyer (2 cas) confirmé par la présence de toxine botulique de type A dans le sérum des
deux patientes. Les analyses réalisées à partir des selles n’ont pas été contributives et il ne restait pas
de pâté en bocal d’origine artisanale à analyser, seul aliment à risque identifié au cours de l’enquête
alimentaire. Les deux cas ont développé des symptômes légers (ataxie, ptosis, diplopie) rapidement
résolutifs qui seraient vraisemblablement passés inaperçus ou mésinterprétés chez une personne
isolée.
- 1 foyer (1 cas) pour lequel la présence de toxines botuliques de type B (200 DL/g) et F (20
DL/g) et de Clostridium botulinum bivalent Bf a été révélée dans une sauce pesto de préparation
familiale consommée par une jeune enfant de 9 ans. Une souche de Clostridium botulinum de type Bf
a également été isolée des selles du cas ; il n’a pas été détecté de toxine botulique circulante ou
préformée dans les selles. Les derniers foyers de botulisme alimentaire de type Bf remontent à 2011
et étaient liés à la consommation de tapenades d’olives vertes. Deux cas de botulisme infantile de
type Bf ont également été diagnostiqués en 2013.
- Le botulisme alimentaire a été fortement suspecté cliniquement dans 2 foyers (3 cas), mais
n’a pas été confirmé biologiquement par la présence de toxine botulique et/ou Clostridium
botulinum dans les sérums et/ou les prélèvements de selles et alimentaires. De nombreuses
conserves dont des sardines périmées dans un premier foyer (1 cas grave) et également une
conserve industrielle de sardines pour le second foyer (2 cas) ont été considérés comme potentielle
source contaminante. Pour ce dernier foyer, un Bacillus cereus possédant les gènes des toxines
diarrhéiques (Nhe) et émétique (ces) a été isolé d’un plat de lentilles retrouvé dans le réfrigérateur
des patientes sans qu’elles se souviennent de la date de consommation.
Il faut souligner cette fois encore et pour la troisième année consécutive, une suspicion
clinique de botulisme iatrogène consécutive à l’injection IM de toxine botulique pour le traitement
d’une malformation chez une enfant de 13 ans. La toxine botulique n’a pas été retrouvée dans le
sérum de la patiente.
Les deux cas de botulisme infantile diagnostiqués en 2020 ont concernés deux petites filles
de 2 mois l’une colonisée par un Clostridium botulinum de type A1(B) et l’autre de type Bf. La
première enfant était strictement allaitée par sa mère, sans information sur la consommation de miel
ou de tisanes, ni d’éventuels travaux dans l’environnement proche. Les échantillons de miel, lait en
poudre et eau consommés par le deuxième cas étaient tous négatifs. L’analyse du pot de miel a
révélé la présence de nombreuses spores de bactéries anaérobies ; un Clostridium sporogenes
(espèce non neurotoxinogène apparentée à Clostridium botulinum) et un Clostridium perfringens ont
notamment été isolés, confirmant le potentiel danger de la consommation de cet aliment par les
jeunes enfants. La notion de gros travaux en cours (immeuble en construction) proche du domicile

16
ayant été évoquée par la famille, une potentielle origine environnementale de ce cas peut être
suspectée. L’origine de ces cas, comme la majorité des cas de botulisme infantile, reste cependant
inexpliquée. Des investigations environnementales autour des cas de botulisme infantile seraient
utiles et précieuses pour mieux comprendre le mode de contamination de ces enfants.
Un troisième cas de botulisme infantile a été suspecté chez un petit garçon d’un mois nourrit
artificiellement et hospitalisé en réanimation sous ventilation assistée pour des malaises récidivants
d’allure obstructive haute sur probables troubles de la déglutition. Il n’a pas été retrouvé de toxine
botulique et/ou Clostridium botulinum dans les selles de l’enfant mais du Bacillus cereus possédant
les gènes des toxines diarrhéiques (Nhe) et émétique (ces).
Diagnostic différentiel des affections avec un tableau de paralysie flasque et/ou de

troubles dysautonomiques
Le botulisme est régulièrement pris en compte dans le diagnostic différentiel des paralysies
flasques incluant les neuropathies auto-immunes comme le syndrome de Guillain Barré ou de Miller-
Fisher, la myasthénie, ou des accidents vasculaires cérébraux (AVC). L'élimination d'un éventuel
botulisme lors d'un tableau clinique de paralysie flasque ou de troubles dysautonomiques, tels que
défaut d'accommodation ou sécheresse de la bouche, est la première motivation de demande
d'analyse de botulisme.
En 2020, 16 demandes d'analyse de botulisme ont été réorientées vers un diagnostic de
neuropathies auto-immunes (Guillain-Barré, Lambert-Eaton, Miller Fisher), de polyradiculonévrites
ou de myasthénies. A la suite de nos résultats négatifs en identification de botulisme et évoquant
une autre origine des paralysies et diminution des sécrétions (origine auto-immune ou autre), les
analyses complémentaires menées par les laboratoires demandeurs permettent de confirmer un
diagnostic autre. Cette année, une seule demande d’analyse de botulisme nous a été adressée dans
le cadre d’une recherche de causes de mort inexpliquée du nourrisson (vs 5 en 2019, 10 en 2018 et 9
en 2017). Cette analyse s’est à nouveau révélée négative (Tableau 5 – chapitre 9).
Recherche et titrage d’anticorps anti-toxine botulique A
La toxine botulique, essentiellement le type A, est largement utilisée dans le traitement de

certaines affections neurologiques comme les dystonies. Certains sujets deviennent non-répondeurs
à la toxine botulique par développement d'anticorps neutralisants (Tableau 10 – chapitre 9).
4 échantillons de sérum ont été analysés en 2020 ; aucun n’était neutralisant de la toxine
botulique de type A.
Botulisme agro-alimentaire et environnemental
Des échantillons d'aliments nous sont adressés dans le cadre de foyers avérés ou suspects de
botulisme humain. Ces échantillons nous sont envoyés par les agents chargés des enquêtes d'hygiène
alimentaire pour le compte des Agences Régionales de Santé et Directions Départementales de la
Protection des Populations ou parfois sur réquisition de la Préfecture de Police ou du Tribunal lors
d'enquête judiciaire. Occasionnellement, nous recevons des échantillons alimentaires ou
environnementaux de la part d'industriels pour des contrôles de fabrication ou d'enquêtes sur le
botulisme animal. Les résultats sont présentés aux Tableaux 6 à 9 – Chapitre 9. Seul un prélèvement
environnemental réalisé dans le cadre d’une investigation de foyers récurrents de botulisme aviaire
au Portugal s’est révélé positif pour Clostridium botulinum de type C/D.

17
Botulisme animal
Le diagnostic du botulisme animal est généralement réalisé par les laboratoires vétérinaires
départementaux ou régionaux ainsi que par le Laboratoire National de Référence (LNR) du botulisme
aviaire de Ploufragan (ANSES) avec lequel nous collaborons étroitement. Les demandes d'analyse de
botulisme animal que nous recevons proviennent de laboratoires vétérinaires départementaux ou
privés et concernent essentiellement des confirmations d'examens réalisés en première intention, de
typage de botulisme ou d’analyses de foyers et de cas litigieux en soutien au LNR. Notre rôle consiste
principalement en une activité d’expertise basée sur des confirmations ou infirmations de premières
analyses et de typage de botulisme. Les analyses concernant le botulisme animal sont résumées au
Tableau 11 – Chapitre 9
Botulisme bovin. Le botulisme bovin est endémique dans l'Ouest de la France depuis les
années 1980. En 2020, un total de 44 échantillons (foie, rumen, contenu intestinal) représentant 10
foyers ont été analysés. Le botulisme de type mosaïque D/C a été confirmé dans 1 unique foyer.
Botulisme des oiseaux sauvages. Chaque année en France et dans toute l'Europe
occidentale, les oiseaux sauvages, en particulier les canards et autres oiseaux aquatiques, paient un
lourd tribut au botulisme, essentiellement en saison chaude et sèche. En 2020, 16 échantillons
représentant 6 foyers ont été analysés. Le botulisme a été confirmé dans 4 foyers (dont un au
Portugal). Les souches de Clostridium botulinum des oiseaux sauvages correspondent toutes au type
mosaïque C/D (incluant le foyer portugais), c'est à dire possédant un gène de neurotoxine hybride
entre les types C et D (Tableau 11). Les souches de Clostridium botulinum mosaïque C/D sont
distinctes de celles de type D/C retrouvées chez les bovins. Une contamination croisée entre les deux
espèces ou une source environnementale commune aux deux espèces semble donc peu probable.
Botulisme des oiseaux d'élevage. Le botulisme est également fréquent dans les élevages
industriels de volailles (poulets, dindes, canards…). Outre les pertes économiques, parfois très
importantes en élevage, le botulisme aviaire représente un risque de santé humaine. Le CNR
n’intervient maintenant que très rarement pour le diagnostic des oiseaux d’élevage, celui-ci étant
assuré par le LNR. En 2020, 4 échantillons provenant de 3 élevages ont été analysés. Le botulisme n’a
été confirmé pour aucun.
Surveillance des infections à bactéries anaérobies (hormis

Clostridioides difficile)
Eléments clefs de l’année 2020 en termes de surveillance des infections à bactéries anaérobies
(Hormis Clostridioides difficile)
> 2 investigations de TIAC à Clostridium perfringens et/ou Bacillus cereus en collectivité militaire
(janvier 2020) et en EHPAD en février 2020 (vs 12 en 2019) :
Effet crise Covid-19 ? (Signaux non remontés et/ou absence de TIAC)
> 114 souches d’origine humaine reçues en 2020 (vs 217 en 2019 soit une diminution de 47%) :
Effet crise Covid-19 ?
NB : en 2019, 95 souches et prélèvements analysées en lien avec la TIAC de l’EHPAD de Lherm)
Souches d’origine humaine
L’origine géographique des demandes d’identification de souches d'origine humaine

parvenues au CNR en 2020 est présentée ci-dessous.

18
de 1 à 4 souches
de 5 à 9 souches
de 10 à 19 souches
Trente-trois départements métropolitains ont envoyé 124 souches isolées ou prélèvements primaires
d’origine humaine au CNR. Les départements ultra-marins envoient également des souches
régulièrement pour identification, toxinotypage ou antibiogramme (12 souches envoyées par les
DROM et COM).
Les caractéristiques des patients pour lesquels le CNR a reçu une souche ou un prélèvement
biologique sont décrits dans le tableau suivant :
Hommes Femmes Total

N 59 65 124
Sexe ratio H/F 0,91
Age (ans)
Moyenne 56 61 59
Médiane 64 70 66,5
Intervalle 0-99 0-90 0-99
NOTE : Ces chiffres sont donnés uniquement à titre indicatif (aucune analyse statistique n’a été faite).
La distribution selon les sites d'infections des souches de bactéries anaérobies est présentée dans le
tableau ci-dessous :
LOCALISATION FREQUENCE
Hémoculture 37
Coproculture 32
Infection ostéo-articulaire 17
Infections cutanées et musculaires (abcès, suppurations, gangrènes) 10
Infection intra-abdominale 5
Gynécologie 3
Appareil digestif 2
Infection ORL (amygdale, sinus, etc...) 2
Urologie/néphrologie 2
Appareil respiratoire 1
Stomatologie 1
Système nerveux central 1
Non précisé 1
Total 114

19
La majorité des souches pour lesquelles nous avons des renseignements cliniques provenait
principalement d’hémoculture (37), de coprocultures (32) et d’infections ostéo-articulaires (17). Le
reste des souches provenaient de différentes localisations : abcès, pus, plaies et autre infections
cutannées et musculaires, infections intra-abdominales, gynécologie …
Le genre Clostridium est de loin le plus représenté avec 54/114 souches soit 47,4% suivi du
genre Bacteroides (31/114=27,2%) – cf Tableau 1 (chapitre 9)
Au total les 114 souches identifiées se sont réparties en 21 genres différents de bactéries
anaérobies.
L'identification selon les espèces bactériennes anaérobies est rapportée dans le Tableau 1
chapitre 9. Parmi les Clostridium, la plupart étaient des souches envoyées pour toxinotypage et/ou
caractérisation de la pathogénicité.
Séquençage du gène codant l’ARN ribosomal 16S (ARNr 16S) et des génomes complets
Le CNR reçoit de plus en plus souvent des souches étiquetées « échec MALDI-TOF » pour une
identification précise notamment par séquençage de l’ARNr 16S. Le CNR a également fait le choix de
réaliser le séquençage des génomes complets de toutes les souches reçues et/ou isolées.
Souches d’origine vétérinaire
Les 10 souches anaérobies strictes d'origine vétérinaire qui nous ont été adressées ou que
nous avons isolées et analysées font partie des espèces suivantes :
ESPECE NOMBRE
Clostridium botulinum 2
Clostridium perfringens 4
Clostridium chauvoei 3
Clostridium novyi 1
TOTAL 10
Souches d’origine alimentaire
En 2020, les 12 souches anaérobies strictes d'origine alimentaire qui nous ont été adressées
ou que nous avons isolées et analysées font partie des espèces suivantes :
ESPECE NOMBRE
Clostridium botulinum 2
Clostridium sporogenes 3
Clostridium perfringens 5
Clostridium taeniosporum 1
Bacillus cereus 1
TOTAL 12
Les souches de Clostridium perfringens isolées et/ou toxinotypées par le CNR proviennent
d’aliments suspectés dans des TIAC excepté une souche isolée d’un pot de miel suspecté être à
l’origine d’un cas de botulisme infantile de type Bf. Dans ce pot de miel, le CNR a également isolé une
souche de Clostridium sporogenes.

20
La souche de Clostridium taeniosporum a été adressé au CNR en tant que Clostridium
sporogenes. Ces deux espèces sont apparentées à Clostridium botulinum et les techniques de Maldi-
Toff et/ou séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S ne permettent pas de conclure sans
équivoque : la recherche des gènes de neurotoxine par PCR et de la toxicité sur souris du surnageant
de culture suivi du séquençage du génome complet a permis de confirmer le caractère non
neurotoxinogène et de requalifier cette souche.
3-2 Surveillance de la résistance des bactéries anaérobies aux anti-

infectieux (hormis Clostridioides difficile)
Depuis septembre 2019, le CNR réalise un antibiogramme de manière systématique à la

réception ou à l’isolement d’une souche, suite à l’augmentation des demandes par les laboratoires,
particulièrement pour le genre Bacteroides. En effet, certaines espèces, principalement appartenant
aux genres Bacteroides et Fusobacterium produisent des bétalactamases ou des céphalosporinases,
et sont de fait naturellement résistantes à ce groupe d’antibiotiques. D’autres peuvent acquérir des
gènes de résistance aux 5-nitroimidazolés (gènes nim).
En 2020, le CNR a donc réalisé 105 antibiogrammes avec pour chaque souche les données de
séquençage des génomes associés.
Sur les 105 souches testées, 92 souches sont d’origine humaine (dont 6 souches de C.
botulinum), 4 souches d’origine vétérinaire et 9 d’origine alimentaire (dont 2 souches de C.
botulinum). Les antibiogrammes ont été réalisés selon les recommandations du Comité de
l’antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM).
Les résultats concernant les 92 souches sont repris dans les tableaux 2 et 3 - chapitre 9.
Les données d’antibiorésistance sont décrites ci-dessous :
Métronidazole
Le métronidazole demeure l’antibiotique donné en première intention pour lutter contre les
infections à bactéries anaérobies. Il est donc important de suivre l’évolution des résistances.
Sur les 105 souches testées, 21 sont résistantes au métronidazole dont 4 souches du genre
Bacteroides (3/4 porteuses d’un gène nim) et 3 souches de Clostridium.
Amoxicilline et Amoxicilline + Acide Clavulanique
Les résistances à l'amoxicilline sont observées essentiellement chez les bactéries anaérobies
à Gram -, notamment du genre Bacteroides/Parabacteroides. Le CA-SFM a d’ailleurs supprimé cet
antibiotique pour les bactéries de ce genre.
Effectivement sur 34 souches résistantes à l’amoxicilline, le genre Bacteroides représente 82% des
souches et 87.5% des souches de ce genre sont résistantes.
Pour la première fois, une souche de Bacteroides thetaiotaomicron est porteuse du gène de bêta-
lactamase blaOXA-34 de Pseudomonas aeruginosa.
Neuf souches sont résistantes à l’association amoxicilline + acide clavulanique dont 7 souches
appartenant au genre Bacteroides. Une souche de Clostridium butyricum est également résistante.
Pipéracilline + Tazobactam
La résistance à la Pipéracilline associée au tazobactam a été observée sur 9 souches dont 5

du genre Bacteroides (55,5%).

21
Imipenème
Quatre souches étaient résistantes à l'imipenème, toutes du genre Bacteroides. Deux

souches ont le gène cfiA qui code pour une carbapénémase active sur cet antibiotique. La recherche
d’autres gènes de résistance par Blast des génomes des deux autres souches contre la banque de
données ResFinder n’a renvoyé aucun résultat.
Clindamycine
La résistance à la clindamycine a été observée pour 30 souches sur les 105 testées. 19
souches appartiennent au genre Bacteroides soit 63% des souches contre 48% en 2019, 62,5% en
2018 et 26,7% en 2017.
Neuf souches du genre Clostridium sont résistantes à la clindamycine contre 10 en 2019 et
une seule en 2018.
Rifampicine
Contrairement à 2019 où aucune résistance à la rifampicine n’avait été observée, en 2020, 4

souches sont résistantes. Une souche est de l’espèce Bacteroides thetaiotaomicron. En comparant la
séquence du gène rpoB (mécanisme de résistance connu par mutation ponctuelle de la cible) des
souches de Bacteroides thetaiotaomicron reçu en 2020, la résistance peut être expliquée par une
modification : H487Y.
Moxifloxacine (Fluoroquinolone 3ème génération)
Parmi les 12 souches résistantes à la moxifloxacine, 7 souches sont des Gram – dont 5 du
genre Bacteroides et 2 du genre Prevotella. Parmi les anaérobies à Gram +, cette résistance est
observée pour 5 souches, principalement dans le genre Clostridium (4).
Les mutations du gène gyrA sont en grande partie responsable de cette résistance.
Pour le genre Bacteroides, deux mutations sont décrites : S82F et F86L. Les 5 souches
résistantes possèdent l’une de ces deux mutations (4 = S82F et 1 = F86L).
Pour le genre Prevotella, la comparaison du gène gyrA de toutes les souches, pour lesquelles
nous avons le génome complet de la collection du CNR, montrent une mutation D211G qui pourrait
expliquer cette résistance.
Vancomycine
Selon les recommandations du Comité de l’antibiogramme de la Société Française de

Microbiologie, la résistance à la vancomycine est recherchée uniquement pour les Gram +. Cette
dernière a été observée pour 2 souches (1 Bifidobacterium breve et 1 Lactobacillus rhamnosus).

22
Chloramphénicol
Contrairement à l’année 2019 où 7 souches étaient résistantes, aucune résistance n’a été
détectée en 2020.
Linézolide
La résistance au linézolide a été observée sur 3 souches dont 2 Clostridium perfringens (5/10
en 2019) et une souche de Lactobacillus rhamnosus.
Tigécycline
La résistance à la tigécycline a été observée sur 7 souches : 2 souches du genre Clostridium et

5 souches du genre Bacteroides.
En conclusion, le CNR confirme en 2020, comme les autres années, que le genre Bacteroides
représentent la plus grande partie des souches résistantes aux antibiotiques.
Les données des génomes complets permettent d’établir un profil de « résistome » pour ce
genre (Tableaux ci-dessous). Le génotype ne reflète pas systématiquement le phénotype de
résistance à certains antibiotiques et laisse ouvert le champ des possibilités d'exploration des
génomes du genre à la recherche de nouveaux gènes et/ou mécanismes de résistance (à l’imipénème
par exemple). Cette analyse confirme par contre que la présence du gène erm confère
systématiquement la résistance à la Clindamycine, celle du gène nim la résistance au Métronidazole
et les mutations gyrA et rpoB la résistance à la Moxifloxacine et Rifampicine, respectivement.
Ces données doivent et seront consolidées chaque année.
β-lactamase β-lactamase
Famille d'antibiotiques Céphalosporinase Carbapénémase Macrolide/Lincosamide
de classe A de classe D
Gène de résistance (présence/mutation) cfxA blaOXA-347 cepA cfiA erm lsa(C) mef(A)
Céphlosporines
Penicillines
Antibiotique ciblé Céfoxitine Aminopénicillines Imipénème Clindamycine
Cephalosporines
Ticarcilline/Pipéracilline
Nombre de souches possédant le gène de 16 1 8 3 18 1 2

qui posséde aussi dont 1 qui possède
résistance ou la mutation (%#) (50%) (3%) (25%) (9%) (56%) le gène erm aussi le gène erm
Nombre de souches résistantes cf Tableau 3 18 1 1

4§ qui posséde aussi qui posséde aussi
(% souches possédant le gène de résistance) Profil de résistance des Bacteroides (100%) le gène erm le gène erm
# Nombre total de souches analysées N=32

§ 1 souche possède le gène cfiA sans être résistante à l'imipénème et 2 souches sont résistantes à l'imipénème malgré
l'absence du gène cfiA
*Antibiotiques ne faisant pas partie des listes standard et complémentaire du CA-SFM
Nitro-5-
Famille d'antibiotiques Cycline Sulfonamide Quinolone Rifamycine
imidazolé
Gène de résistance (présence/mutation) nim tet sul2 mutation gyrA mutation rpoB
Sulfaméthoxazole
Antibiotique ciblé Métronidazole Tétracycline Moxifloxacine Rifampicine
(+ Triméthoprime)
Nombre de souches possédant le gène de 4 29 1 5 1

résistance ou la mutation (%#) (13%) (91%) (3%) (16%) (3%)
Nombre de souches résistantes 4 Données non Données non 5 1

(% souches possédant le gène de résistance) (100%) disponibles * disponibles * (100%) (100%)
# Nombre total de souches analysées N=32
*Antibiotiques ne faisant pas partie des listes standard et complémentaire du CA-SFM

23
3-3 Interfaces avec les réseaux de surveillance nationaux ou

internationaux
La situation épidémiologique du botulisme fait l'objet d'une mise au point régulière avec
Santé publique France, avec pour principal interlocuteur Mme Nathalie Jourdan da Silva. Des
échanges avec SpF, les cliniciens concernés, l'ARS et éventuellement avec les Services Vétérinaires et
la Direction Générale de la Santé sont établis pour chaque foyer identifié ou suspicion. Les données
du CNR sont confrontées tous les ans aux déclarations obligatoires de cas de botulisme humains
reçues par SpF. Des études communes présentant la situation du botulisme en France sont
régulièrement publiées dans le Bulletin Epidémiologique Hebdomadaire (BEH).
Contribution aux réseaux de surveillance européens et international
Notre laboratoire est régulièrement sollicité pour le diagnostic et la surveillance du botulisme

dans les DROM comme La Réunion et Mayotte, et de plus en plus fréquemment dans d’autres pays
européens (Suisse, Portugal, Espagne), d’Amérique du Sud, d’Afrique du Nord et l’Arabie Saoudite.
Depuis août 2018, à la demande des autorités de santé suisse, le CNR réalise de façon formelle le
diagnostic biologique de botulisme humain pour la Suisse, et s’est engagé à signaler les cas sur leur
plateforme dédiée.
Christelle Mazuet est membre du comité de nomenclature des types et sous-types de toxines
botuliques coordonné par le CDC d’Atlanta.
3-4 Enquêtes ou études ponctuelles concourant à la surveillance

réalisée
Sans objet
4- ALERTE
Les bactéries anaérobies ne sont généralement pas à l’origine de phénomènes épidémiques.
Hormis le botulisme (maladie à déclaration obligatoire) et les infections sévères ou épidémiques à C.
difficile, il n’y a donc pas de procédure d’alerte pour les affections à bactéries anaérobies.
Botulisme : Chaque cas de botulisme confirmé biologiquement par le CNR a fait l’objet d’une
déclaration par email ou téléphone à Santé publique France (SpF). En outre, le CNR a eu
régulièrement des contacts téléphoniques ou par courrier électronique avec SpF, les ARS, la DGAL et
les cliniciens pour faire le point sur les foyers de botulisme en cours et sur des suspicions de
botulisme. L'alerte est déclenchée lorsqu'il y a un risque de santé publique, notamment avec un
produit alimentaire du commerce.
TIAC à Clostridium perfringens: Le CNR a participé aux côtés de SpF, DGS, ARS, DDPP,
DGCCRF, DGAL, ANSES, OCLAESP ou les services de santé aux armées, à l’investigation de 2 TIAC à
Clostridium perfringens survenues l’une en collectivité militaire (42 cas) en janvier, l’autre dans un
EHPAD (2 décès).

24
5- ACTIVITES DE RETRO-INFORMATION, DE FORMATION ET DE

CONSEIL
5-1 Conseil et expertise aux professionnels de santé

Modalités et cibles de la diffusion des données de
surveillance et des productions du CNR et du laboratoire
associé
Site web du CNR : http://www.pasteur.fr/fr/sante/centres-nationaux-reference/les-

cnr/bacteries-anaerobies-et-botulisme.
Le site web du CNR des bactéries anaérobies et du botulisme et de son laboratoire associé
hébergé à l’Institut Pasteur a été actualisé en 2017 en début de mandat.
Activités de conseils aux professionnels de santé
Le CNR des Bactéries anaérobies et botulisme a mis à disposition des numéros de téléphone
(01 45 68 84 56 / 01 45 68 83 10), des adresses email (christelle.mazuet@pasteur.fr,
laure.diancourt@pasteur.fr et cnranaerobies@pasteur.fr) afin de répondre aux demandes de
conseils (thérapeutiques, diagnostic différentiel de neuropathies de type paralysie flasque, pré
analytiques, interprétation des résultats). Des cahiers d’enregistrement/traçabilité/transmission des
prestations de conseils délivrées aux professionnels de santé, vétérinaires, industriels, particuliers
ont été mis en place à chaque poste téléphonique. Ainsi en 2020 (253 jours ouvrés), le CNR a
répondu à plus de 220 emails et à 212 appels téléphoniques enregistrés (équivalent à l’an dernier).
5-2 Conseil et expertise aux autorités sanitaires
Christelle Mazuet et Laure Diancourt ont été régulièrement en contact avec Nathalie Jourdan
Da Silva et Alexandra Mailles pour l’investigation des suspicions de botulisme.
Christelle Mazuet est Expert du Groupe de Travail « Socle Botulisme » rattaché au Comité
d’Experts Spécialisé « Santé et bien-être des animaux » de l’ANSES saisie par la Direction générale de
l'alimentation pour effectuer une mise à jour des connaissances et une évaluation des risques en
appui des mesures de gestion dans les filières avicole, bovine et en faune sauvage, lors de suspicions
et de confirmations de cas de botulisme.
5-3 Conseil et expertise pour d’autres cibles (médias, grand public)
N/A
6- TRAVAUX DE RECHERCHE ET PUBLICATIONS EN LIEN DIRECT

AVEC L’ACTIVITE DU CNR
6-1 Activités de recherche

Activités de recherche sur la toxine botulique et C. botulinum
Development of An Innovative and Quick Method for the Isolation of Clostridium

botulinum Strains Involved in Avian Botulism Outbreaks.
Le Gratiet T, Poezevara T, Rouxel S, Houard E, Mazuet C, Chemaly M, Maréchal CL
Toxins (Basel). 2020;12(1):42. Published 2020 Jan 10. doi:10.3390/toxins12010042

25
Abstract
Avian botulism is a serious neuroparalytic disease mainly caused by a type C/D botulinum neurotoxin
produced by Clostridium botulinum group III, one of the entwined bacterial species from the
Clostridium novyi sensu lato genospecies. Its isolation is very challenging due to the absence of
selective media and the instability of the phage carrying the gene encoding for the neurotoxin. The
present study describes the development of an original method for isolating C. botulinum group III
strains. Briefly, this method consists of streaking the InstaGene matrix extraction pellet on Egg Yolk
Agar plates and then collecting the colonies with lipase and lecithinase activities. Using this
approach, it was possible to isolate 21 C. novyi sensu lato strains from 22 enrichment broths of avian
livers, including 14 toxic strains. This method was successfully used to re-isolate type C, D, C/D, and
D/C strains from liver samples spiked with five spores per gram. This method is cheap, user-friendly,
and reliable. It can be used to quickly isolate toxic strains involved in avian botulism with a 64%
success rate and C. novyi sensu lato with a 95% rate. This opens up new perspectives for C.
botulinum genomic research, which will shed light on the epidemiology of avian botulism.
Comparison of the antibody response of cattle vaccinated against type C and D botulinum
neurotoxins with a traditional toxoid based vaccine and a recombinant vaccine
Luca Bano, Elena Tonon, Luca Zandonà, Ilenia Drigo, Andrea Bravo, Romina Brunetta,
Christelle Mazuet, Joachim Frey
Article soumis pour publication
Abstract
Bovine botulism is a fatal disease that causes great economic losses, with nearly 100% lethality
during outbreaks. The disease is sustained by botulinum neurotoxins (BoNTs) produced by
Clostridium botulinum commonly belonging to serotype C and D and vaccination is the most effective
method to prevent botulism in cattle.
In the present study, we compared the immune response of bovines immunized with the
recombinant heavy chain (Hc) domain of BoNT type C and D, with the immune response produced by
a commercial toxoid based vaccine.
Ten bovines were vaccinated twice with a commercial bivalent (C/D) toxoid based vaccine (Botulism
vaccine, Ondestepoort, SA), 10 bovines were vaccinated twice with a recombinant 50 kDa protein
representing the Hc domain of BoNT types C and D, 5 bovines were injected with the adjuvant and 5
bovines were included in the study as negative control.
The immune response was investigated by means of two ELISA tests developed in-house using the
immunogens (Hc of BoNT C and D) as capture antigens. A mouse protection assay was employed to
measure the neutralizing antibodies elicited by the two different vaccines.
The group of bovines vaccinated with the recombinant vaccine showed an antibody response mean
of 1.031 ELISA units (EU) for type C and 1.14 EU for type D. The means of the antibody response of
control animals and animals inoculated with the only adjuvant were 0.171 EU and 0.097 EU
respectively, when tested with Hc of type C as capture antigen, and 0.013 and 0.007 when tested
with the Hc of type D. The mean of the antibody response of bovines vaccinated with the bivalent
toxoid based vaccine was 0.737 EU for type C and 0.665 for type D.
Preliminary results of the mouse protection assay performed on a restricted number of sera
evidenced that 5.5 LD50 of BoNT C are neutralized with the sera of bovines vaccinated with the
traditional toxoid based vaccine until the serum-dilution of 1:2. The same quantity of toxin was
neutralized in vivo with the sera of bovines vaccinated with the recombinant sub-units until the
dilution encompassed between 1:8 and 1:16. In the next future, the serum titre will be compared
with type C and D reference antitoxins and expressed in international units.
Our results suggest a higher protective efficacy of the studied recombinant vaccine in comparison
with the traditional toxoid based vaccine for the prevention of botulism in cattle.

26
Four new C. botulinum Group III closed genomes sequenced using Pacbio technology
Cedric Woudstra, Tommi Mäklin, Yagmur Derman, Luca Bano, Hanna Skarin, Christelle
Mazuet, Antti Honkela, Miia Lindström
Abstract
Clostridium botulinum Group III is the anaerobic Gram positive bacteria producing the deadly
neurotoxin responsible for animal Botulism. Here, we used long reads sequencing to produce four
complete genomes from Clostridium botulinum Group III neurotoxin types C, D, C/D and D/C. The
protocol to obtain high molecular weight DNA from C. botulinum Group III is described.
Activités de recherche sur les bactéries anaérobies
Peptoniphilus nemausus sp. nov. a novel Gram-positive anaerobic coccus isolated from
human clinical samples and emended description of the genus Peptoniphilus
Fabien Aujoulata, Christelle Mazuet, Alexis Criscuolo, Michel R. Popoff, Cécilia Enault, Laure
Diancourt, Estelle Jumas-Bilak, Jean-Philippe Lavigne, Hélène Marchandin
Abstract
An unknown Gram-positive, anaerobic coccus was isolated from human surgical site infection. 16S
rRNA gene sequencing revealed that Peptoniphilus coxii was the most closely related species to the
clinical isolate. However, the 97.9% identity in the 16S rRNA gene sequence between the clinical
isolate and the type strain of Peptoniphilus coxii suggested the clinical isolate to belong to a novel
species in the genus Peptoniphilus. Whole genome sequence analysis showed average nucleotide
index value of 84.75% and digital DNA-DNA hybridization value of 28.9% with the P. coxii type strain.
Phylogenetic analyses showed an individualized branching within the genus Peptoniphilus. The strain
displayed unique features among members of the genus Peptoniphilus as it was able to hydrolyze
aesculin, and produced acetate as the major metabolic end-product without associated production
of butyrate. Growth in microaerophilic conditions was observed. From all these data, the isolate is
considered to belong to a novel species in the genus Peptoniphilus, for which the name Peptoniphilus
nemausus sp. nov. is proposed. The type strain is 1804121828T (= LMG 31466T = CECT 9935T). The
GenBank database was screened using a highly polymorphic partial sequence of the 16S rRNA gene
of P. nemausus with the aim to learn about the habitat and lifestyle of the species; this revealed P.
nemausus to be a particularly rare species associated to human skin. An emended description of the
Peptoniphilus genus described by Ezaki et al. in 2001 is also proposed based on a review of
characteristics reported for the 12 novel species successively validated since the genus description
and for P. nemausus. Finally, the relationships among members of the genus Peptoniphilus were
explored herein based on whole genome sequence analysis in order to clarify the taxonomic status of
not yet validly published species with available genomic data.
Clostridial prosthetic joint infections: a serie of 16 cases

Louise Manceau, Pascale Bémer, Justine Decroo, Paul Le Turnier, Vincent Crenn, Anne Jolivet-
Gougeon, Chloé Plouzeau-Jayle, Marie-Frédérique Lartigue, Leslie Bouard, Rachel Chenouard,
Christelle Mazuet, Stéphane Corvec, Anne-Gaëlle Leroy
Travail soumis à l’ECCMID 2021 et à l’EBJIS 2021
Background: Little has been published regarding prosthetic joint infections (PJI) due to Clostridium
species. Indeed, only nine cases have been reported in literature. We conducted a retrospective
multicentric study to characterize every PJI caused by Clostridium sp., between 2003 and 2020, in six
Western France hospitals.

27
Case(s) description: 16 patients were included during the study period. Four (25%) patients were
male, median (IQR) ages at the time of prosthesis placement and at the time of infection were 77
years (71;84) and 84.5 years (79.5;86), respectively. Site of prosthesis was the hip (n=12), and the
knee (n=4). Half of the patients (n=8) underwent at least one previous implant revision. Ten (62.5%)
PJI were early- or delayed-onset infections as they occurred less than 3 months after the last surgery.
When performed (n=14 patients), concomitant blood cultures were negative. Clostridium perfringens
was the most involved specie (15/16, 93.7%), as part of polymicrobial infections in 7/15. Toxins
production analysis (performed on 10 strains) identified toxinotypes A (n=5) and C (n=5). DAIR
(debridement, antibiotics with implant retention) procedure was the most frequently performed
surgical intervention (n=7). Despite variability among antimicrobials used, amoxicillin was the most
commonly prescribed drug (n=8), alone or in association (n=5), with a median treatment duration of
11.5 weeks (6.75;12). When available (n=10), outcomes within the 24 following months were
favorable (n=5) or dampened by relapse (n=1) or death due to PJI (n=4).
Discussion: Given the low incidence of this infection, our work represents the largest series of
clostridial PJI reported to date and helps to highlight some specificities of these uncommon
infections: (i) C. perfringens appeared as the most frequently Clostridium species involved, (ii)
patients presented an advanced age at the time of prosthesis placement and infection, (iii) most of
the infections were early- or delayed-onset infections, and (iv) these PJI are associated with a poor
prognosis dampened by death or relapse. A prolonged antibiotic treatment up to 6 months and/or a
complete arthroplasty exchange should be considered to improve the management of these
clostridial PJI. Further prospective studies are needed to confirm these results.
Projet ToxDetect : Development and harmonization of innovative methods for

comprehensive analysis of food-borne toxigenic bacteria, ie. Staphylococci, Bacillus cereus
and Clostridium perfringens
Les toxines bactériennes produites par Staphylococcus spp., Bacillus spp. et Clostridium spp.
sont responsables d'un grand nombre de foyers d'intoxication alimentaire dans l'Union européenne
(près de 10 000 cas/an). Ce chiffre est probablement sous-estimé du fait :
- de la complexité de l’investigation liée à une symptomatologie commune des intoxications
alimentaires impliquant une toxine (diarrhées, vomissements…)
- d’un manque cruel d’outils de détection pour l’ensemble des toxines bactériennes et
facteurs de virulence potentiellement incriminées.
Ce projet européen de 4 ans (2017-2020) qui réunit l’ANSES, l’Institut Pasteur (CNR Bactéries
Anaérobies et Botulisme, Centre de Ressources Biologiques, Plateforme de Spectrométrie de Masse),
l’INRA, BfR (Allemagne), WIV-ISP (Belgique) et NIV (Norvège) a été accepté pour financement dans le
cadre de l’appel d’offre H2020/European Joint Programme (EJP) : « One Health-Emerging Diseases ».
Les objectifs:
- Le développement et l’harmonisation au niveau européen d’approches « non-NGS » pour
une meilleure détection et quantification des toxines bactériennes ou des facteurs impliqués dans la
virulence des bactéries toxinogènes, y compris celles qui restent actuellement indétectables
(menaces émergentes).
- Le développement de méthodes rapides (type « bandelettes ») permettant de discriminer
les bactéries pathogènes et non-pathogènes en tant qu'outils complémentaires.
- L’organisation d’essais inter-laboratoires entre les partenaires et autres laboratoires
européens pour évaluer et optimiser les méthodes développées.
En comblant certaines lacunes méthodologiques pour détecter les toxines bactériennes, et
en caractérisant les bactéries toxinogènes d'origine alimentaire, les résultats de ce projet
contribueront à une protection accrue de la santé du consommateur.
En raison de la situation sanitaire liée à l’épidémie de Covid en 2020, le projet a pris du retard
et une prolongation de 6 mois (ie fin juin 2021) a été accordée par la coordination européenne OH-

28
EJP. Les derniers travaux techniques sont en cours, le rapport final également en cours de rédaction
et la journée de clôture du projet programmée fin juin.
6-2 Publications et communications 2020

Publications nationales
Sans objet
Publications dans des revues internationales à comité de lecture
Development of An Innovative and Quick Method for the Isolation of Clostridium

botulinum Strains Involved in Avian Botulism Outbreaks.
Le Gratiet T, Poezevara T, Rouxel S, Houard E, Mazuet C, Chemaly M, Maréchal CL
Toxins (Basel). 2020;12(1):42. Published 2020 Jan 10. doi:10.3390/toxins12010042
First Case of Bacteraemia Due to Carbapenem-Resistant Bacteroides faecis.

Kaeuffer, C.; Ruge, T.; Diancourt, L.; Romain, B.; Ruch, Y.; Jaulhac, B.; Boyer, P.H.
Antibiotics 2021, 10, 319. https://doi.org/10.3390/antibiotics10030319
Congrès, workshops, séminaires
• H2020_KO Meeting FED-AMR, Vienne, Autriche

• Journée d’échanges sur le botulisme animal
Web Conférence sur invitation : « Le botulisme humain en France”
7- COOPERATION AVEC LES LABORATOIRES DE SANTE ANIMALE,

D’HYGIENE ALIMENTAIRE, ENVIRONNEMENTAUX
Nous coopérons activement et efficacement avec le Laboratoire National de Référence (LNR)
(ANSES Ploufragan) qui participe au diagnostic et à la surveillance du botulisme animal en France, et
en particulier aviaire :
1) Pour valider/comparer/confirmer/affiner les diagnostics biologiques des foyers de

botulisme animal, et en particulier pour les bovins pour lesquels la confirmation
biologique du diagnostic est très souvent problématique. Il faut souligner ici la difficulté
que nous rencontrons à échanger simplement, rapidement et à moindre cout des
prélèvements, souches et ADN du fait de la réglementation MOT/ANSM.
2) Les données épidémiologiques du botulisme animal en France à partir des résultats
d’analyses des 6 dernières années du LNR, de l’ONCFS, du GDS, de l’ANSES et du CNR ont
été échangées et on fait l’objet de plusieurs communications. Cette mise en commun des
données de surveillance des différents acteurs a été reprise et élargie dans le cadre d’une
demande de la DGAL d’actualisation des connaissances du botulisme animal et des
évaluations de risque pour la santé humaine et/ou animale.
3) Le CNR et le LNR coopèrent à l’investigation des foyers de botulisme bovin et aviaire,
notamment des oiseaux sauvages en collaboration étroite avec l’ONCFS et le réseau
SAGIR. En 2018 et 2019, l’ensemble des acteurs s’est fortement mobilisé autour du
diagnostic simultané de 3 foyers de botulisme de type C/D et E dans la faune aviaire
sauvage.

29
4) Christelle Mazuet fait partie du comité de thèse de l’étudiant de Caroline Le Maréchal
(responsable du LNR) dont le sujet porte sur l’isolement et la caractérisation génétique
des souches de Clostridium botulinum du groupe III.
Nous collaborons également régulièrement et plus facilement que par le passé avec l’unité
SBCL (Staphylococcus, Bacillus & Clostridium) du laboratoire de sécurité des Aliments de l’ANSES-
Maison Alfort :
1) Lors de l’investigation de TIAC à Clostridium perfringens et/ou Bacillus cereus pour

confronter, comparer et analyser les souches isolées des aliments contaminés et celles
isolées des prélèvements biologiques des victimes.
2) Dans le projet européen ToxDetect (cf supra)
3) Dans la soumission à l’ANR du projet ClostAbat (« Characterization of the Clostridium
perfringens and Clostridium difficile hazards in the beef, pig and poultry sectors in
slaughterhouses ») (cf infra).

34
9- TABLEAUX
TABLEAU 1
Répartition des souches d’origine humaine par genre et espèces
Période du 01/01/2020 au 31/12/2020
21 genres, 40 espèces, 1 espèce non nommée
Genre Nombre (espèce)

Actinomyces 3 (gerensceriae (1), naeslundii (2))
Bacillus 2 (cereus)
32 (dorei (1), faecis (3), fragilis (11), ovatus (1), salyersiae (1),
Bacteroides
thetaiotaomicron (12), vulgatus (2), xylanisolvens (1))
Bifidobacterium 1 (breve)
Butyricimonas 1 (sp.)
54 (baratii (1), botulinum (7), butyricum (1), clostridioforme (1),
Clostridium hastiforme (1), paraputrificum (1), perfringens (37), sordellii (1),
sporogenes (2), subtermanile (1), tetani (2))
Cutibacterium 4 (acnes)
Desulfovibrio 2 (fairfieldensis)
Dialister 2 (pneumosintes)
Eggerthella 1 (catenaformis)
Enterocloster 1 (boltae)
Erysipelatoclostridium 1 (ramosum) ex. Clostridium ramosum
Fusobacterium 1 (nucleatum)
Hungatella 1 (effluvii)
Lactobacillus 3 (delbrueckii (2), rhamnosus (1))
Mycoplasma 1 (hominis)
Paenibacillus 1 (dendritiformis)
Peptostreptococcus 1 (anaerobius)
Prevotella 3 (bivia)
Robinsoniella 1 (lpeoriensis)
Veillonella 1 (parvula)

35
Profils de résistance (Nombre de souches R+I) des bactéries anaérobies reçues ou isolées en 2020
Antibiogramme standard réalisé selon les recommandations du Comité de l'antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM)
TABLEAU 2
Bactéries à Gram +
N=64 souches
Antibiotiques (charge du disque en µg)

Amoxicilline-
Nombre Pipéracilline-
Métronidazole Amoxicilline acide Imipénème Clindamycine Rifampicine Linézolide Tigécycline Chloramphénicol Moxifloxacine Vancomycine
Espèce de souches tazobactam
(5) (20) clavulanique (10) (2) (30) (30) (15) (30) (5) (30)
testées (30/6)
(20/10)
Actinomyces gerencseiae 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Actinomyces naeslundii 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Bacillus cereus 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Bifidobacterium breve 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1
Clostridium baratii 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium botulinum 8 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium butyricum 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0
Clostridium chauvoei 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium clostridiforme 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium hastiforme 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0
Clostridium paraputrificum 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium perfringens 24 2 1 0 0 4 0 0 2 0 0 1 0
Clostridium sordellii 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium sporogenes 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0
Clostridium subterminale 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
Clostridium tetani 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cutibacterium acnes 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Eggerthia catenaformis 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
Enterocloster boltae 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Erysipelatoclostridium ramosum 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0
Hungatella effluvii 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Lactobacillus delbrueckii 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lactobacillus rhamnosus 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
Paenibacillus dendritiformis 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Peptostreptocossus anaerobius 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

36
TABLEAU 3
Bactéries à Gram -
N = 41 souches
Antibiotiques (charge du disque en µg)

Amoxicilline-
Nombre Pipéracilline-
Métronidazole Amoxicilline acide Imipénème Clindamycine Rifampicine Linézolide Tigécycline Chloramphénicol Moxifloxacine
Espèce de souches tazobactam
(5) (20) clavulanique (10) (2) (30) (30) (15) (30) (5)
testées (30/6)
(20/10)
Bacteroides dorei 1 0 1* 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Bacteroides faecis 3 0 3* 1 0 1 0 0 0 1 0 0
Bacteroides fragilis 11 2 11* 4 3 6 0 2 0 1 0 3
Bacteroides ovatus 1 0 1* 1 0 1 0 0 0 0 0 0
Bacteroides salyersiae 1 0 1* 1 0 1 0 1 0 1 0 1
Bacteroides thetaiotaomicron 12 1 9* 0 1 9 1 1 0 1 0 1
Bacteroides vulgatus 2 1 1* 0 0 1 0 0 0 0 0 0
Bacteroides xylanisolvens 1 0 1* 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Butyricimonas sp. 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0
Desulfovibrio fairfieldensis 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0
Dialister pneumosintes 2 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0
Fusobacterium nucleatum 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Prevotella bivia 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2
Veillonella parvula 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
* Non recommandé par le CA-SFM pour le genre Bacteroides

53
Laboratoire associé au CNR

Clostridium difficile

54
1- MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR

Description détaillée présentée en annexe 1
Organigramme du laboratoire associé :
L’année 2020 a été marquée par le départ de Mme Gateau (Ingénieure Hospitalier). Un nouveau
recrutement est en cours.
2- ACTIVITES D’EXPERTISE
Eléments clefs de l’année 2020 (en termes de production d’expertise)
Adaptation de la technique de PCR-ribotypage selon les recommandations européennes de

l’ECDC (Laboratory procedures for diagnosis and typing of human Clostridium difficile infection
(europa.eu) et utilisation du site Web-Ribo pour identifier les PCR-ribotypes
(https://webribo.ages.at/).
Coordination française du projet européen COMBACT CDI
Techniques et marqueurs disponibles, liste des techniques recommandées pour le

laboratoire expert présentés en annexe 2.
Une page web est disponible sur le site du CNR pour informer les centres de santé (hôpitaux,
laboratoires...) des modalités de fonctionnement du laboratoire associé et des procédures à suivre
lors d’une infection à C. difficile (http://www.pasteur.fr/fr/sante/centres-nationaux-reference/les-
cnr/bacteries-anaerobies-et-botulisme/activites)

55
2-1 Évolutions des techniques

Adaptation de la technique de PCR-ribotypage selon les recommandations européennes de
l’ECDC (Laboratory procedures for diagnosis and typing of human Clostridium difficile infection
(europa.eu) et utilisation du site Web-Ribo pour identifier les PCR-ribotypes
(https://webribo.ages.at/).
2-2 Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses
- Evaluation des trousses Sophia et Solana (Quidel)

- Evaluation multicentrique du test Revogene (GenPoc)
- Comparaison des test Cdiff Quick Chek et Cdiff Quick check Complete (Abbott)
- Mesure de l’interférence de microbille de cellulose sur le diagnostic immunoenzymatique et
moléculaire de C. difficile
- Evaluation de l’activité sporicide des UV-C (Xenex)
2-3 Techniques transférées vers d'autres laboratoires

Sans objet
2-4 Collections de matériel biologique

Collections présentées en annexe 1.
Pas d’évolution par rapport à 2019.
2-5 Activités d’expertise
En 2020, nous avons reçu 345 prélèvements au total contre 265 en 2019, ce qui représente
une augmentation de 30,2 %.
Le tableau I présente le nombre de souches reçues par le laboratoire associé en 2020 ainsi
que les différentes caractérisations réalisées sur ces souches.
Le laboratoire associé s’est donné pour objectif de rendre les résultats au laboratoire
demandeur sous 10 jours à partir de la date de réception de la souche isolée au laboratoire.
En 2020, la durée médiane de restitution était de 11 jours : ce délai s’explique par la
réception de plus en plus fréquente de selles et non de souches isolées.

56
Tableau I : Activité d’expertise sur C. difficile et analyses effectuées sur les souches toxinogènes
Année 2020
Nb de prélèvements reçus 345
Nb de souches de C. difficile 316
Nb de souches toxinogènes 262
Recherche du fragment A3 (%) 100
Recherche du fragment B1 (%) 100
Recherche de la toxine binaire (%) 100
Recherche délétion dans tcdC (%) 100
Antibiogramme (%) 100
PCR-ribotypage (%) 100
2-6 Activités de séquençage

Dans le cadre d’études épidémiologiques, le laboratoire associé a effectué 200 séquençages
en 2020.
Le CNR a un accès à une plate-forme de séquençage (PIBnet interne à Institut Pasteur, mais
aussi externe par eurofins genomics…). Les données de séquençage obtenues sont analysées par
cgSNP ou wgMLST (Bionumerics 8). K. Le Neindre et R. Syed Zaidi ont suivi une formation spécifique
sur la dernière version de BioNumerics. Les séquences sont stockées en interne en attente d’être
publiées dans des revues à comité de lecture.
Les indications du séquençage sont :
- l’investigation d’épidémie
- la surveillance épidémiologique de certains clones
- la caractérisation fine de certaines souches atypiques de C. difficile (notamment au niveau
de son PaLoc)
3- ACTIVITES DE SURVEILLANCE
Eléments clefs de l’année 2020 (en termes de surveillance)
Factors affecting reported Clostridioides difficile infection rates; the more you look the
more you find, but should you believe what you see?
DAVIES K, DAVIS G, BARBUT F, ECKERT C, PETROSILLO N, PISAPIA R, GÄRTNER B, BERGER FK,
REIGADAS E, BOUZA E, DEMONT C, WILCOX MH
Anaerobe. 2020 Apr;62:102178. doi: 10.1016/j.anaerobe.2020.102178. Epub 2020 Feb 22.
PMID: 32092415.
Characterization of Clostridioides difficile strains isolated from manure and digestate in five
agricultural biogas plants.
LE MARÉCHAL C, GATEAU C, POEZEVARA T, COUTURIER J, ROUXEL S, SYED ZAIDI R, HOUARD
E, POURCHER AM, DENIS M, BARBUT F.
PMID: 32092414.

57
3-1 Description du réseau de partenaires
Le laboratoire associé « Clostridioides difficile » (Hôpital Saint-Antoine) assure une veille

épidémiologique des infections à C. difficile.
Il assure le typage des souches de C. difficile isolées des cas d’infections qui ont fait l’objet
d’un signalement aux autorités sanitaires (e-sin). Les cas signalés correspondent soit à des formes
sévères d’infections (cf définitions de la sévérité dans le guide « Conduite à tenir : diagnostic,
investigation, surveillance et principes de prévention et de maîtrise des infections à Clostridium
difficile » InVS 2006) soit à des cas groupés (épidémies). Cependant, il est fréquent que les souches
reçues n’aient pas fait l’objet d’un signalement aux autorités sanitaires. Le motif d’envoi des souches
qui doit être précisé sur la feuille d’accompagnement (infection communautaire motivant
l’hospitalisation, transfert en réanimation pour infection à C. difficile, décès lié à l’infection à C.
difficile dans les 30 jours, hyperleucocytose >20 000/mm3, traitement chirurgical de l'infection à C.
difficile, épidémie ou cas groupés d’infections à C. difficile) n’est pas toujours noté. Le tableau II
montre pour tous les prélèvements reçus les motifs d’envoi (ces critères ne sont pas exclusifs).
Il est à noter que de plus en plus de laboratoires envoient des souches de C. difficile pour
confirmation du PCR-ribotype 027 lorsque le test GeneXpert a rendu une identification présomptive
027. Ces envois permettent également de surveiller la diffusion de la souche 027 épidémiques en
France. D’autres laboratoires envoient des souches donnant des résultats discordants entre la
recherche de toxines par PCR et les tests immuno-chromatographiques.
Tableau II : Motifs d’envoi des souches de C. difficile
2020
(345 prélèvements)
Motifs d’envoi (non exclusif) oui non NR*
Infection communautaire motivant l’hospitalisation 27 112 206
Transfert en réanimation pour infection à C. difficile 1 148 196
Décès lié à l’infection à C. difficile dans les 30 jours 1 141 203
Hyperleucocytose >20 000/mm3 24 111 210
Traitement chirurgical de l'infection à C. difficile 1 129 215
Epidémie ou cas groupés d’infections à C. difficile 74 90 181
*NR : non renseignés
La suspicion d’épidémies ou de cas groupés constitue le motif le plus fréquent d’envoi des
souches au laboratoire expert pour typage.
3-2 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des

infections
La répartition des prélèvements envoyés selon l’origine géographique est représentée sur la
figure 1.
Le plus grand nombre de demandes observé dans certains départements est en relation avec
le nombre et l'importance de Centres Hospitaliers dans ces régions et également avec l’intérêt
particulier porté par certains microbiologistes aux bactéries anaérobies.

58
En 2020, les souches de C. difficile toxinogènes provenaient principalement de selles (98,9%).
Cent quarante-deux souches (54,2%) de C. difficile toxinogènes ont été isolées chez des
femmes, 116 (44,3%) chez des hommes. Le sexe n’était pas renseigné dans 7 cas.
L’âge des patients chez qui ces souches toxinogènes ont été isolées est représenté sur la
figure 2. Au total, en 2020, 65,3% des patients ont plus de 65 ans (versus 69,2% en 2019).
Les souches 014, 015, 002 et 027 sont les plus fréquemment retrouvées et représentent
22,2% des souches toxinogènes (Tableau III). Parmi les PCR-ribotypes « autres » les plus
fréquemment retrouvés, on note le PCR ribotype 005 (n=12), le 023 (n=9) ainsi que le 081 (n=6).
Figure 1 : Répartition des prélèvements (n=345) envoyés par département, en 2020

A noter : les départements en gris n’ont pas envoyé de prélèvement

59
Figure 2. Répartition du nombre de patients chez qui une souche de C. difficile toxinogène a été
isolée en fonction de l’âge (2019 et 2020)
Tableau III : Répartition des souches en fonction des PCR-ribotypes caractérisés en France en 2020
Nombre de souches (%)

PCR-ribotype
2020 2019 2018 2017
027 16 (5,1) 11 (4,5) 14 (4,44) 37 (9,56)
014/020/077* 37 (11,7) 33 (13,5) 76 (23,82) 61 (15,76)
078/126** 24 (7,6) 26 (10,7) 33 (10,34) 29 (7,49)
002 15 (4,7) 15 (6,1) 18 (5,64) 31 (8,01)
001 6 (1,9) 1 (<1) 8 (2,51) 10 (2,58)
015 16 (5,1) 10 (4.1) 8 (2,51) 16 (4,13)
017 2 (<1) 6 (2.5) 3 (<1) 1 (<1%)
106 14 (4,4) 12 (4,9) 9 (2,82) 18 (4,65)
053 0 (<1) 0 (<1) 2 (<1) 4 (1,03)
autres 186 (58,9) 100 (41) 148 (46.40) 179 (46,25)
Non Déterminé 0 (<1) 0 (<1) 0 (<1) 1 (<1)
Total 316 244 319 387

*PCR ribotype 014, n=23 **PCR ribotype 078, n=11
PCR ribotype 020, n=13 PCR ribotype 126, n=13
PCR ribotype 070, n=1

60
001 005
002 4%
2% 5%
010*
2%
Autres
014
30%
7%
015
5%
020
4%
023
651 3%
2%404 236
1% 2%
027
5%
205* 181 126

3% 1% 4% 106 049 039*
081 078 2%
4% 7%
2% 3% 056
2%
Figure 3. Répartition des PCR-ribotypes en 2020.

Les PCR-ribotypes non indiqués dans le tableau III avec plus de 8 souches sont mis en
évidence par détachement du camembert. Les PCR-ribotypes non toxinogènes sont indiqués par un
astérisque *.
Parmi les 262 souches de C. difficile toxinogènes, 16 (5,1%) ont été identifiées comme
appartenant au PCR ribotype 027. Parmi ces souches 027, 10 souches sont de PCR-ribotype 027 dit
« historique » c’est-à-dire sensibles à la moxifloxacine (souches isolées dans 8 départements) (figure
4b). Les 6 souches épidémiques 027 ont été isolées dans le Pas-de-Calais (n=2), le Nord (n=1), la
Loire-Atlantique (n=1), le Hérault (n=1) et en Eure-et-Loire (n=1) (figure 4a).
La souche 027 est présente sur tout le territoire. En 2019, 8 souches épidémiques 027
avaient été reçues au CNR contre 6 en 2020.

61
Figure 4a : Répartition des souches PCR-ribotype 027 épidémiques (cercles rouges) en

fonction des départements, en 2020. Les départements n’ayant pas envoyé des souches toxinogènes
sont représentées en gris.
Le PCR-ribotype le plus fréquemment retrouvé parmi les souches toxinogènes reçues au

laboratoire est le 014/020/077, isolé sur tout le territoire (Figure 5). Les souches de PCR-ribotype 015
et 002 arrivent respectivement en 2ème et 3ème position (Excluant non-toxinogène et RT027).

62
Figure 4b : Répartition des souches PCR-ribotype 027 Historique (cercles marron) en fonction
des départements, en 2020. Les départements n’ayant pas envoyé des souches toxinogènes sont
représentés en gris.
Un nombre important de souches non toxinogènes de PCR-ribotype 039 et 205 (Figure 3) a

été identifié en 2020 provenant de l’investigation d’une épidémie d’entérocolite ulcéro-nécrosante
dans un service de réanimation néonatologie.

63
Figure 5 : Répartition des souches PCR-ribotype 014/020/077 (cercles violets) en fonction des
départements, en 2020. Les départements n’ayant pas envoyé des souches toxinogènes sont
Figure 6 : Répartition des souches PCR-ribotype 015 (cercles Bleu) en fonction des
départements, en 2020. Les départements n’ayant pas envoyé des souches toxinogènes sont

64
Au cours de l’année 2020 une diminution de la proportion de souches non 027 possédant les
gènes cdtA et cdtB codant pour la toxine binaire a été observée (Tableau IV).
Tableau IV : Evolution de la proportion de souches toxinogènes productrices de toxine binaire.
2020 2019 2018
Nb de recherches cdtA et cdtB 316 244 319
19,9% 29,5 % 24,1 %

Nb de recherches positives cdtA et cdtB
(63/316) (72/244) (77/319)
Nb souches 027 cdtA et cdtB positifs 16 11 14
15,7 % 26,2 % 20,7 %

cdtA et cdtB positifs chez les souches non 027 (%)
(47/300) (61/233) (63/305)
3-3 Surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-

infectieux
La sensibilité des souches toxinogènes de C. difficile à l’érythromycine, à la clindamycine, à la

moxifloxacine et à la tétracycline (méthode des disques) a été testée pour 262 souches de C. difficile
toxinogènes en 2020. Une détermination de la CMI du métronidazole et de la vancomycine par la
méthode des E-tests a été réalisée pour 262 souches.
Les taux de résistance (R+I) étaient pour l’érythromycine (diamètre < 22 mm) 1 de 19,3 %,
pour la clindamycine (diamètre < 15 mm)1 de 91,1 %, pour la moxifloxacine (diamètre < 21 mm) 2 de
7,3 %, pour la tétracycline (diamètre < 19 mm)1 de 6,3 % (Tableau V). On note une diminution de la
résistance des souches de C. difficile aux 4 antibiotiques testés par rapport aux années précédentes.
Toutes les souches toxinogènes étaient sensibles à la vancomycine (CMI ≤ 2 mg/l)2 et au

métronidazole (CMI ≤ 4 mg/l)2. La répartition des CMI pour les 262 souches toxinogènes est
présentée figure 7. Pour la vancomycine, la CMI50 est de 0,5 mg/L et la CMI90 est de 0,75 mg/L. Pour
le métronidazole, la CMI50 est de 0,125 mg/L et la CMI90 est de 0,25 mg/L.
Tableau V : Pourcentage de résistance (R+I) des souches toxinogènes de C. difficile à l’érythromycine,

à la clindamycine, à la moxifloxacine et à la tétracycline.
Erythromycine Clindamycine Moxifloxacine Tétracycline

% de souches <22 mm <15 mm <21 mm <19 mm
2018 24,5 97,5 20,7 10,3
2019 25 91,8 17,2 12,7
2020 19,3 91,1 7,3 6,3
Figure 7 : Répartition des CMI Vancomycine et Métronidazole pour les 262 souches toxinogènes.
1
Selon CASFM 2013
2
Selon CASFM-EUCAST Octobre 2020

65
3-4 Interfaces avec les réseaux de surveillance nationaux ou

internationaux
- F. Barbut est membre de l’ESGCD (European Study Group on C. difficile).

- F. Barbut a participé en 2020 au projet européen « Microbiological support to European
surveillance of Clostridium difficile infections » piloté par l’ECDC (Séquençage des souches de C.
difficile de ST1).
- F. Barbut participe activement aux études réalisées sous l’égide de l’ECDC sur la surveillance
des infections à C. difficile. Il est notamment intervenu à un Workshop organisé par l‘ECDC sur le
diagnostic des infections à C. difficile en 2017 et 2019 et participe au projet
Contribution à la surveillance nationale en interface avec

Santé Publique France
Les résultats de typage bactérien sont enregistrés sur un site web sécurisé
(https://epidemio.pasteur.fr/anaerobies/enquetes/1399392638/scripts/authentify.php?test
_cookie=1&voo_665809112=cc4dfdb7b5995439bf9eb811fae4ddaf). Ce site permet au laboratoire
associé d’enregistrer les caractéristiques des souches et d’éditer un compte-rendu des résultats.
L’identification des PCR-ribotypes (001, 002, 005, 014/020/077,015, 017, 027, 053, 078/126 et 106)
se fait selon les recommandations européennes et repose sur la base de données Web-ribo.
L’émergence du clone épidémique 027 de C. difficile dans une nouvelle région est
immédiatement signalée à SPF.
Ce site est consultable dans sa totalité par Santé Publique France, le CNR des Anaérobies et
son laboratoire associé. Les CPias et les ARS ont un accès restreint aux données de leur région. Ce

66
site est régulièrement mis à jour. Ce site anciennement hébergé par l’Institut Pasteur a été relocalisé
en janvier 2016 au niveau de la société Epiconcept, sans que cela n’affecte le rendu ou la
consultation des résultats.
Contribution aux réseaux de surveillance internationaux en

particulier européens
- F. Barbut a participé aux projets LuCID2 (Longitudinal European C. difficile infection
diagnostic surveillance study) (Davies et al.- 2020).
- F. Barbut est le coordonnateur français de l’étude européenne COMBACTE-CDI. Il s’agit

d’une étude non interventionnelle dont les objectifs sont de connaître le poids des infections à C.
difficile en Europe, leurs facteurs de risques, les modalités de traitements, l’évolution clinique des
patients infectés, et les méthodes et stratégies diagnostiques utilisées au laboratoire (VIPREY VF et
al. Key differences in diagnosis and patient populations between community and in-patients C.
difficile infection : results from Combatting bacterial resistance in Europe CDI (COMBACT CDI). Lancet
Infect Dis. 2021, soumis
Enquêtes ou études ponctuelles concourant à la surveillance

Surveillance par le réseau DIFTEC
DIFTEC® est un logiciel accessible gratuitement à partir du site diftec.fr ou diftec.net et est
destiné aux professionnels de santé hospitaliers. Cet outil a pour finalité l’évaluation des pratiques
diagnostiques et thérapeutiques des infections à C. difficile au niveau des établissements de santé.
Ce logiciel donne la possibilité aux utilisateurs d’analyser leurs données localement mais
également de regrouper leurs données anonymisées avec d’autres centres qui le souhaitent pour
effectuer des analyses spécifiques, régionales voir nationales. Chaque utilisateur reste responsable
de vérifier l’exactitude de l’analyse des résultats produits par le logiciel.
Le projet DIFTEC® s’inscrit dans une démarche qualité d’échanges et d’amélioration des
pratiques de soins.
DIFTEC® est piloté par un comité scientifique national d’experts et a reçu le soutien de la
Société Française de Microbiologie (SFM), de la Société de Pathologie Infectieuse de Langue
Française (SPILF) et de la Société Française d'Hygiène Hospitalière (SF2H). F. Barbut appartient au
comité scientifique. Cette initiative est soutenue financièrement par le laboratoire Astellas Pharma,
qui est propriétaire du logiciel mais n’a pas accès aux données saisies dans l’outil et ne génère
aucune analyse à partir de celles-ci. Le projet DIFTEC® a reçu l’autorisation de la CNIL (Décision DE-
2015-081 - Traitements de données à caractères personnel de santé à des fins d’évaluations ou
d’analyse des pratiques et des activités de soins et de prévention relevant de la procédure des
articles 62 à 66 de la loi du 6 janvier 1978 modifiée). Les données des patients sont traitées de telle
sorte que les personnes ne peuvent être identifiées.
Les centres peuvent s’inscrire à un Observatoire National des pratiques : dans ce cas, chaque
centre s’engage à renseigner de manière exhaustive tous les épisodes d’ICD dans la base DIFTEC au
minimum 1 mois par semestre et à envoyer pour une caractérisation les souches isolées pendant
cette période au Laboratoire C. difficile associé au CNR. Les centres participants acceptent que le
comité scientifique visualise et analyse leurs données. Le CNR s’engage à retourner les résultats de
ces caractérisations aux centres participants. Les résultats de cet observatoire au niveau local et
national seront transmis par le comité scientifique à tous les centres participants. Une réunion
annuelle de restitution est organisée pour les membres de l’Observatoire et des résultats sont
régulièrement présentés à des congrès (RICAI ou JNI) ou soumis à publication.
HEMMENDINGER A, KHANAFER N. et al...

Repeatable prevalence studies on Clostridium difficile infection cases: comparison of

67
patient’s characteristics with other national and European surveillance systems. Anaerobes 2021,
sous presse.
4- ALERTE
La surveillance des infections à C. difficile en France repose sur le signalement aux autorités
sanitaires (ARS et CPias) des épidémies et des cas sévères d’infections (cf guide Raisin,
http://www.invs.sante.fr/publications/2006/guide_raisin/). Il s’agit d’une surveillance ciblée. Les
établissements réalisant un signalement doivent envoyer au laboratoire associé les souches isolées
de l’épisode signalé afin d’assurer la surveillance de l’éventuelle dissémination du clone épidémique
027 sur le territoire français ainsi que celle d’autres clones émergents. Les données de typage sont
accessibles en temps réel au responsable de l'Unité Infections Nosocomiales de Santé Publique
France. De plus chaque responsable des CPias a accès aux informations concernant sa région.
L’émergence du clone 027 ou de tout autre clone dans une région sera rapidement remarquée.
5- ACTIVITES DE RETRO-INFORMATION, DE FORMATION ET DE

CONSEIL
5-1 Conseil et expertise aux professionnels de santé

Enseignements sur Clostridioides difficile
Type
Disciplines
Cadre de l’enseignement Année d’études ou diplôme d’ensei-
concernées
gnement
Université Paris VII Paris Diderot DURPI (DU de réanimation de
Réanimation Cours
Hôpital Bichat pathologies infectieuses)
DIU Infections Nosocomiales
Universités Paris V, VI et VII Infectiologie Cours
Hygiène Hospitalière
DU en soins infirmiers de
Université Paris VI, UPMC Réanimation Cours
réanimation et urgences vitales
Université Paris V, VII - Denis DIU Stratégies thérapeutiques et

Diderot- Versailles - Saint-Quentin Infectiologie préventives en pathologie Cours
en Yvelines - Bordeaux II P. Broca infectieuse
DU hygiène hospitalière et
Université Jules Verne de Picardie
Hygiène Prévention et Lutte contre les Cours
CHU d’Amiens
Infections Associées aux Soins
DU Microbiote et santé
Sorbonne Université Microbiologie Cours
(Pr K. Clément)
DU Thérapeutiques et
Université de Grenoble Microbiologie Cours
Microbiotes (Pr Murielle Cornet)
F. Barbut participe à des enseignements de formation continue en Microbiologie :

- BioFormation : « bactéries anaérobies » (3 jours) (enseignements labellisés par
l’OGDPC destinés aux techniciens d’analyses médicales et biologistes).
- Université Mérieux, Lyon : « Formation sur les bactéries anaérobies (3 jours)

68
Activités de formations continues
Nombre
Cadre de Discipline Type d’heures
Public concerné
l’enseignement concernée d’enseignement effectuées-
Année
Hôpital HEGP Staff
de service 1h
Médecine interne médecin Staff de service
Médecine interne 27/11/2020
(Pr Pouchot)
Atelier éducation 4 heures
thérapeutique Toutes Médecins, IDE, Atelier
Février 2020
vis-à-vis des ICD
Stagiaires accueillis
Organisme
Diplôme / Sujet Année
Nom de l’Etudiant
Projet tutoré L3
Comparaison de 3 méthodes
Université de Paris
immunoenzymatiques et 2019-2020
Rabab Zyed Saidi
immunochromatographiques détectant la
GDH et les toxines A et B de C. difficile
Projet tutoré L3
Evaluation in vitro d’un système de
désinfection par rayonnement UV-C généré
Université de Paris par une lampe au Xenon : mesure de l’activité
2019-2020
Rabab Zyed Saidi vis-à-vis de 3 pathopgènes nosocomiaux : C.
difficile, Citrobacter freundii producteur de
carbapénémase, et E. faecium résistant aux
glycopeptides
Master 2
Microbiologie
Université Paris Descartes
Apport du whole genome sequencing (WGS) 2020
Virginie Courbin
dans la compréhension de l’épidémiologie des
infections à Clostridioides difficile
Doctorat de sciences Défendue
Clostridium difficile chez les enfants en 2020
Université de Paris prématurés : dynamique de colonisation,
Jeanne Couturier caractérisation des souches et relations avec
le microbiote intestinal ») (encadrement 50%
avec Julio Aires)
Liste des guides élaborés
BARBUT F., MEYNARD J.-L., MAURY E., SURGERS L., GATEAU C., COUTURIER J., ET ECKERT C.
Infections digestives à Clostridium difficile
In «Les essentiels en réanimation et médecine intensive »
Offenstadt, Bollaert, CEMIR (Collège des Enseignants en Médecine Intensive et Réanimation)
2020, chapitre 227, Editions Elsevier-Masson.

69
BARBUT F., LE MONNIER A, ECKERT C

Clostridium difficile
REMIC, 2018
KUIJPER E., BARBUT F.

« Clostridium »
In « Manual of Clinical Microbiology », 12th edition, ASM press 2019, pp 968-995
BARBUT F., DONSKEY CJ.

Molecular Diagnostics for Clostridium difficile
In “Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice”,
Edited by David H. Persing et al., 3rd Edition, Press, Washington, DC.
10.1128/9781555819071.ch16 (p185-196).
TSCHUDIN-SUTTER S, KUIJPER E, DUROVIC A, VEHRESCHILD M, BARBUT F, ECKERT C,

FITZPATRICK F, HELL M, NORÉN T, O’DRISCOLL J, COIA J, GASTMEIER P, VON MÜLLER L,
WILCOX M,. WIDMER A, on behalf of the Committee*
Guidance document for prevention of Clostridium difficile infection in acute healthcare
settings
Clin Microbiol Infect. 2018 Oct;24(10):1051-1054.
Fiche EFFICATT . « Clostridium difficile » INRS 2018
Modalités et cibles de diffusion
Le laboratoire « C. difficile » associé au CNR des Bactéries anaérobies a mis à disposition des
numéros de téléphone (01 49 28 09 89/01 71 97 09 86/01 71 97 09 85) et des adresses email
(frederic.barbut@aphp.fr, killian.leneindre@aphp.fr) afin de répondre aux demandes de conseils
(thérapeutiques, diagnostiques, hygiène). Bien que le nombre d’appels ne soit pas formellement
enregistré, on peut estimer leur fréquence à un minimum de 1 appel par jour ouvrable.
Les demandes de renseignements ou de conseils se font directement par téléphone ou e-
mail auprès des responsables du CNR.
• Site web du CNR : http://www.pasteur.fr/fr/sante/centres-nationaux-reference/les-

cnr/bacteries-anaerobies-et-botulisme/activites
Le site web du CNR des bactéries anaérobies et du botulisme et de son
laboratoire associé hébergé à l’Institut Pasteur a été actualisé en 2017.
• Site web spécifique à la surveillance de C. difficile : site réservé aux laboratoires du

réseau, à santé publique France et aux Cpias. Ce site permet au laboratoire associé
d’enregistrer les caractéristiques des souches qui lui sont adressées et d’éditer un
compte rendu des résultats qui est envoyé aux biologistes qui ont envoyé des
souches.
• Site web RAISIN et de Santé Publique France :

http://invs.santepubliquefrance.fr/Dossiers-thematiques/Maladies-
infectieuses/Infections-associees-aux-soins/Surveillance-des-infections-associees-
aux-soins-IAS/Clostridium-difficile-CD

70
• Participation à la rédaction du guide raisin « Conduite à tenir : diagnostic,

investigation, surveillance, et principes de prévention et de maîtrise des infections à
C. difficile »
(http://invs.santepubliquefrance.fr//publications/2006/guide_raisin/conduite_clostri
dium_difficile.pdf)
5-2 Conseil et expertise aux autorités sanitaires
F. Barbut, C. Gateau ou J. Couturier ont été régulièrement en contact avec A. Carbonne et M.

Colomb-Cotinat (Santé Publique France) pour l’interprétation de situations épidémiologiques.
Ils ont rédigé un article sur l’épidémiologie des infections à C. difficile qui résume toutes les
sources d’informations permettant d’estimer l’incidence des ICD.
F. Barbut participe aux groupes de travail sur la transplantation fécale pilotés par l’ANSM
d’une part et l’Académie de Pharmacie d’autre part. Il est membre du GFTF (Groupe Français de
Transplantation Fécale), groupe dirigé par Harry Sokol et créé en 2016. Il est membre du premier
Centre de Transplantation de Microbiote Fécal qui s’est créé à l’hôpital saint Antoine sous la
responsabilité du Pr Harry Sokol.
5-3 Conseil et expertise pour d’autres cibles (médias, grand public

…)
- Video « Hemato’K » Diarrhée chez le patient d’hématologie, plateau promotionnel-

Astellas 2020
- Video « prévention santé », émission réalisée par Edimark (Février 2021) : Covid-19,
prévention de la dissémination des bactéries multirésistantes aux antibiotiques et
actualités sur les infections à C. difficile
6- TRAVAUX DE RECHERCHE ET PUBLICATIONS EN LIEN DIRECT

AVEC L’ACTIVITE DU CNR
6-1 Activités de recherche en cours lors de l’année N, concernant

uniquement celles ayant un lien direct avec les missions et
activités du CNR
Clostridium difficile chez les enfants prématurés : relations

avec le microbiote intestinal.
Chez l’adulte, Clostridium difficile est un pathogène majeur responsable de diarrhées post-
antibiotiques et de colites pseudomembraneuses. Les infections s’accompagnent de modifications du
microbiote intestinal (MI). Chez les enfants de moins de 2 ans, le portage asymptomatique de C.
difficile est très fréquent, mais les infections exceptionnelles. Aucune étude récente n’est disponible
sur la colonisation par C. difficile et ses relations avec le MI chez le nouveau-né prématuré (NNP),

71
population particulièrement exposée du fait de traitements antibiotiques et d’un MI en voie de
maturation.
Nous avons effectué une étude prospective longitudinale monocentrique incluant 121 NNP.
Nous avons observé un taux élevé de colonisation par C. difficile, augmentant de 20 % à 61 % entre 1
semaine et 1 mois de vie. Pendant l’hospitalisation, un nombre limité de souches non toxinogènes
(NTCD) génétiquement reliées ont été isolées. Après la sortie de l’hôpital, les NNP étaient colonisés
par une plus grande diversité de souches, à un taux plus faible, incluant des souches toxinogènes.
Deux clones de souches NTCD appartenant aux PCR-ribotypes (CE)032 et (CE)847 représentaient 78
% des souches. Nous avons émis l’hypothèse que ces clones pouvaient empêcher la colonisation par
les souches toxinogènes.
Nous avons ensuite recherché la présence de ces deux souches NTCD chez les NNP de deux
cohortes multicentriques (N total=247). Nous avons confirmé que les souches (CE)032 et (CE)847
colonisaient des NNP de cadre spatio-temporel varié. Leur rôle protecteur vis-à-vis de l’infection à C.
difficile (ICD) a été évalué dans un modèle de caecite du hamster due à la souche hypervirulente 027.
Le taux d’ICD fatales a chuté de 100 % dans le groupe contrôle à 11 % et 44 % si une souche (CE)032
ou (CE)847 était préalablement administrée aux animaux. La souche (CE)032 prévenait efficacement
la colonisation par la souche toxinogène, avec seulement 2/9 animaux co-colonisés.
Enfin, nous avons étudié par séquençage à haut débit du gène codant l’ARNr 16S bactérien le
MI de NNP appartenant aux deux cohortes multicentriques (N total=599). L’α-diversité était
significativement supérieure chez les NNP colonisés par C. difficile. La β-diversité différait
significativement entre les deux groupes d’enfants, avec une différence plus marquée à 1 mois qu’à 1
semaine de vie. Des taxons appartenant aux familles des Lachnospiraceae, Enterobacteriaceae et
Oscillospiraceae, ainsi que le genre Veillonella étaient significativement associés à la présence de C.
difficile. Les Bacteroidales et Bifidobacterium breve étaient significativement associés à l’absence de
C. difficile. Le risque de colonisation était plus élevé chez les NNP n’ayant pas reçu d’antibiotiques et
ayant un âge gestationnel plus élevé.
FERRARIS L, COUTURIER J, ECKERT C, DELANNOY J, BARBUT F, BUTEL MJ, AIRES J.

Carriage and colonization of C. difficile in preterm neonates: A longitudinal prospective study.
PLoS One. 2019 Feb 20;14(2):e0212568. doi: 10.1371/journal.pone.0212568. eCollection 2019.
PMID: 30785934 Free PMC article.
COUTURIER J, FRANCONERI L, JANOIR C, FERRARIS L, SYED-ZAIDI R, YOUSSOUF A, GATEAU C, HOYS S,

AIRES J, BARBUT F.
Characterization of Non-Toxigenic Clostridioides difficile Strains Isolated from Preterm Neonates and In
Vivo Study of Their Protective Effect.
J Clin Med. 2020 Nov 13;9(11):3650. doi: 10.3390/jcm9113650.
Etude COMBACT-CDI : Etude COMBACT-CDI (Combating

Bacterial Resistance in Europe- Clostridium difficile
infections) relative à l’épidémiologie des infections à C.
difficile et leur impact clinique en Europe.
L’étude COMBACT-CDI est une étude non interventionnelle dont les objectifs sont de
connaître le poids des infections à C. difficile en Europe, leurs facteurs de risques, les modalités de
traitements, l’évolution clinique des patients, et les méthodes et stratégies diagnostiques utilisées au
laboratoire. Cette étude est financée par le programme Innovative Medicines Initiative (European
Union Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013)
Le laboratoire Clostridium difficile associé au CNR des anaérobies a été chargé de mettre en
place et de coordonner cette étude en France. Cette étude a été réalisée auprès de 22 laboratoires
d’établissements hospitaliers. Le principe de cette étude était simple. Il s’agissait d’envoyer un

72
aliquot de toutes les selles envoyées pour coprocultures au laboratoire (indépendamment de la
prescription de C. difficile) le 5 juin 2018 et le 9 octobre 2018 au centre hospitalier de Leeds (UK)
pour recherche systématique de C. difficile et analyse des souches (PCR ribotypage, WGS). Il a ensuite
demandé aux laboratoires de compléter, après avoir recueilli le consentement le patient, des
données rétrospectives cliniques concernant l’évolution de certains patients infectés par C. difficile et
de témoins négatifs.
VIPREY VF and al.

Key differences in diagnosis and patient populations between community and in-patients C.
difficile infection: results from Combatting bacterial resistance in Europe CDI (COMBACT CDI).
Lancet infect Dis. 2021, soumis
Evaluation du test Solana et Sophia (Quidel) pour la détection

des souches toxinogènes de C. difficile
Sofia 2 (Quidel) est un petit analyseur de paillasse qui utilise une détection de fluorescence
avancée avec une source d'énergie LED ultraviolette. Le test Sofia 2 C. difficile est conçu pour
détecter simultanément (mais séparément) la GDH et les toxines de C. difficile. Les résultats sont
rapportés automatiquement à l'écran et peuvent être stockés dans Sofia 2, éventuellement imprimés
sur une imprimante externe.
Quidel fournit également un test d'amplification dépendant de l'hélicase (TAAN) pour C.

difficile (Solana C. difficile) qui détecte le gène tcdA.
L'objectif principal de cette étude est d'évaluer les performances (sensibilité, spécificité,
valeurs prédictives positives et négatives,) du test Sofia 2 C. difficile et de Solana C. difficile par
rapport à la culture (pour GDH et NAAT) et la culture toxinogène (pour les toxines) (procédures de
référence). Cette étude prospective a été réalisée à partir de 400 échantillons de selles diarrhéiques
de patients suspects d’infections à C. difficile.
Perfomances of Sophia for GDH detection
Parameter Estimation (%) CI 95%

Sensitivity 91.23 [83.88-98.57]
Specificity 96.88 [94.97-98.67]
Positive
Predictive Value 82.54 [72.17-91.91]
Negative
Perfomances of Sophia for toxin detection

Sensitivity 63.41 [48.67-78.16]
Specificity 99.17 [98.24100-]
Positive
Predictive Value 89.68 [78.57-100]
Negative

73
Perfomances of solana for cdtA detection

Sensitivity 75.61 [62.46-88.75]
Specificity 99.72 [99.17-100]
Positive
Predictive Value 96.88 [90.85-100]
Negative
Evaluation multicentrique du Revogene (GenePOC)

Les infections à Clostridioides difficile constituent une menace importante pour notre
système de santé et des diagnostics rapides et précis sont essentiels pour mettre en œuvre les
mesures de prévention et de contrôle des infections. Les tests d'amplification d'acide nucléique sont
des outils de diagnostic fiables pour la détection de souches de C. difficile toxinogènes directement à
partir d'échantillons de selles. Dans cette évaluation multicentrique, nous avons déterminé les
performances du test Revogene@ C. difficile sur des échantillons de selles prélevés dans six sites
différents en Europe. Les performances du test Revogene@ C. difficile ont été comparées aux
différentes méthodes de diagnostic de routine et, pour un sous-ensemble des échantillons, à la
culture toxigénique. Au total, 2 621 échantillons de selles valides ont été testés et le test Revogene@
C. difficile a montré une sensibilité / spécificité de 97,1% [93,3-99,0] et 98,9% [98,5-99,3] pour
l'identification de l'infection à C. difficile. Par rapport à la culture toxigénique, le test Revogene@ de C.
difficile a montré une sensibilité / spécificité de 93,0% [86,1-97,1] et 99,5% [98,7-99,9],
respectivement. Ces résultats indiquent que le test Revogene@ C. difficile est une aide robuste et
fiable dans le diagnostic des infections à Clostridioides difficile.
SAMBRI V, GATEAU C, ZANNOLI S, DIRANI G, COUTURIER J, OP DEN BUIJS I,

ROYMANS R, HALLET E,, ARNOLD M, ZUMOBERHAUS A, STEINER S, VAN DE BOVENKAMP J,
ALTWEGG M, BERLINGER L, BARBUT F; revogene C. Difficile study group. Diagnosing
Clostridioides difficile infections with molecular diagnostics: multicenter evaluation of revogene C.
difficile assay. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020 Feb 15. doi: 10.1007/s10096-020-03829-4.
Evaluation de la dissémination environnementale de C.

difficile à partir des toilettes
Environ 5% des infections associées aux soins sont dues à des microorganismes de
l’environnement. Nous avons investigué 2 séries de cas groupés (la première liée à une souche de
Citrobacter freundii productrice de carbapénèmase OXA 48 entre 2016 et 2018 et la seconde liée à
une souche de Legionella pneumophila en 2016) dont la source probable était les toilettes. Par
ailleurs, une autre étude a montré que 11,32% des prélèvements de l’environnement (dont l’air) des
chambres de patients ayant une diarrhée à Clostridium difficile étaient contaminés par des spores de
C. difficile. L’objectif de cette étude expérimentale était d’évaluer le rôle potentiel des toilettes dans
la dissémination environnementale de ces bactéries lors du tirage de la chasse d’eau. 100 ml d’une
suspension de densité comprise entre 2 et 4 McFarland de chacune des bactéries étudiées (C.
freundii, C. difficile, L. pneumophila) ont été versés dans le siphon d’une toilette. L’eau du siphon a
été aussitôt prélevée et les bactéries ont été numérées par dilution sériée. Après avoir tiré la chasse
d’eau, la contamination environnementale a été évaluée en disposant 15 boites de Pétri (milieux
sélectifs et spécifiques de chacune des bactéries étudiées) autour des sanitaires à distance variable
par rapport à la lunette des toilettes. L’air (1 m3) a été également prélevé par impaction à l’aide d’un

74
biocollecteur. Les boîtes de Pétri ont ensuite été incubées à 37°C pendant une durée et sous des
atmosphères adaptées à chacune des bactéries.
Au total, 13 (C. freundii) à 15 (L. pneumophila et C. difficile) séries d’expériences ont été
réalisées pour chacune des bactéries. Les prélèvements d’air (n=102) étaient positifs dans 76,7%,
57,2%, et 4% des cas respectivement pour C. difficile, L. pneumophila et C. freundii tandis que les
prélèvements de surface (n=615) étaient positifs dans 18,7%, 27,5% et 15,4% des cas. La fréquence
de contamination augmentait avec le niveau de contamination des siphons. Si la lunette des toilettes
a été fréquemment retrouvée positive, des prélèvements éloignés de plusieurs mètres des toilettes
l’étaient également.
Ces résultats expérimentaux montrent que les toilettes génèrent des micro-aérosols de
gouttelettes contaminées et sont responsables d’une contamination environnementale dont
l’intensité varie selon la nature de la bactérie. Cette observation souligne l’importance d’équiper les
toilettes d’abattants et d’informer les patients afin de prévenir cette contamination.
J. COUTURIER, M. RABATE, D. NESA, M. ADAM, L. PRAT, S. JOLIVET, F. BARBUT

Evaluation de la dissémination des bactéries à partir des toilettes : résultats d’une étude
expérimentale. Congrès de la Société Française d’Hygiène hospitalière, 2020, présentation orale
Effet du rayonnement UV-C généré par des lampes au xénon

sur les spores de C. difficile et les BHRe
Dans la gestion des infections associées aux soins, la maitrise du risque infectieux
environnementale est indispensable et nécessite un bio-nettoyage rigoureux. Cette maîtrise est
d’autant plus importante vis à vis des Bactéries Hautement Résistantes émergente (BHRe) pouvant
amener à une situation d’impasse thérapeutique et vis-à-vis de Clostridioides difficile, espèce
sporulée particulièrement résistante dans l’environnement. L’utilisation d’un système semi-
automatique de désinfection par UV-C en complément du bio-nettoyage classique est de plus en plus
courante aux Etats-Unis. Nous avons évalué par la méthode des porte-germes, l’activité bactéricide
du dispositif Xenex® (ABmedica®), générant un rayonnement UV-C pulsé généré par une lampe au
xénon (PX-UV-C), sur 2 souches de BHRe et sur les spores de C. difficile.
Les souches bactériennes utilisées sont des souches cliniques : une K. pneumoniae OXA 48,
un E. faecium Van A et une souche de C. difficile de PCR-ribotype 027 épidémique hypervirulent.
Deux types de porte-germe ont été évalués : en polychlorure de vinyle (PVC) et en Inox. Les porte-
germes ont été utilisés en tant que support des souches. L’activité bactéricide du dispositif a été
estimée en comparant les inocula sur les porte-germes exposés et non-exposés aux rayonnements
UV-C. Quatre porte-germes (exposés) ont été disposés dans une chambre (table, sol, tête de lit et
salle de bain). Le dispositif Xenex® a été disposé successivement sur deux positions. Sur chacune de
ces positions, un cycle de désinfection de 5 (Inox) à 10 (PVC) minutes a été effectué. Tous les porte-
germes ont été ensuite traités pour être dénombrés. La quantité de bactéries a été comparée à celle
d’un porte germe non exposé.
Comme attendu, l’activité bactéricide la plus importante est vis-à-vis de l’entérobactérie,
mais reste néanmoins limité (facteur de réduction de l’ordre d’un log10). Cette activité est
globalement constante quel que soit le temps d’exposition, le support ou la position du porte-germe
dans la chambre.
L’activité retrouvée vis-à-vis de la souche d’ERG est nulle mais cohérente entre nos différents
supports.
Le dispositif Xenex® possède une activité sporicide envers C. difficile, habituellement difficile
à éliminer de l’environnement. Cette activité reste néanmoins assez faible (facteur de réduction de
l’ordre de 0,58 log10). L’activité sporicide semble être dépendante de la position du porte-germe.

75
Etude DAFNE : Observatoire de l’utilisation de la fidaxomicine

en France
Soutien financier : laboratoire Astellas
La fidaxomicine est en antibiotique macrocyclique utilisé pour les infections à C. difficile

(ICD). Deux essais de phase 3 randomisés double-aveugle ont montré que la fidaxomicine était non
inférieure à la vancomycine pour le traitement des ICD et entrainait significativement moins de
récidives que la vancomycine. Peu de données sont disponibles sur son utilisation en routine en
France.
Une étude observationnelle prospective multicentrique longitudinale a été conduite auprès
de 27 sites entre septembre 2014 et août 2017. Ont été inclus les patients adultes avec un diagnostic
microbiologique d’ICD. Le choix du traitement était laissé à l’initiative du médecin traitant. L’objectif
principal était de décrire les caractéristiques des patients traités par fidaxomicine. L’objectif
secondaire était d’étudier les caractéristiques des patients non traités par fidaxomicine et qui ont été
inclus dans un registre pendant 3 périodes de 1 mois en 2015, 2016 et 2017. Pour les patients
recevant la fidaxomicine, un autre objectif secondaire était de préciser le nombre et le délai des
récidives au cours des 3 mois qui ont suivi la fin du traitement.
Au total 447 patients avec une ICD (294 traités par fidaxomicine et 150 recevant un autre
traitement) ont été inclus. Les patients traités par fidaxomicine ou une autre molécule étaient
immunodéprimés dans respectivement 39.1% et 26% des cas, avaient une récidive dans 36.3% et
9.3% des cas et une ICD sévère dans 59.2% et de 35.8% des cas. Parmi les 281 patients traités par
fidaxomicine et pour lesquels un suivi a été possible, 259 (92.2%) ont été guéris cliniquement et
16.3% ont présenté une récidive dans les 3 mois qui ont suivi. Les effets indésirables sont survenus
dans 40.9% des cas, les effets sévères dans 27.7% des cas mais les effets secondaires liés à la
fidaxomicine seulement dans 5.4% des cas.
Cette étude montre qu’en condition réelle d’utilisation, la fidaxomicine s’avère efficace et
bien tolérée pour les traitements des ICD, notamment chez les patients immunodéprimés, les
patients âgés de plus de 65 ans et les patients ayant une forme sévère d’ICD.
GUERY B, BERGER P, GAUZIT R, GOURDON M, BARBUT F

A prospective, observational study of fidaxomicin use for Clostridioides difficile infection in
France
Journal of International Medical Research, 2021, accepté
Impact de la cellulose microcristalline sur le diagnostic des

infections à C. difficile
Collaboration avec les laboratoires DA Volterra
Le but de l'étude était d'évaluer l'impact de l'ajout de « cellulose microcristalline » (MCC)

(sphères VIVAPUR®) (180 mg / g de concentration finale) sur les méthodes de diagnostic de l'ICD (test
immuno-enzymatique [EIA] pour la détection de la glutamate déshydrogénase [GDH] ] et des toxines
A / B et tests d'amplification des acides nucléiques [TAAN]). Ces billes de microcellulose seront
données comme placebo dans un essai de phase III mesurant l’efficacité du DAV 132 dans la
prévention des ICD.
Au total, 16 échantillons de selles provenant de patients porteurs de C. difficile et 10
contrôles (patients exempts de C. difficile) ont été enrichis de cellulose microcristalline pour
atteindre une concentration finale de 180 mg / g de selles. Chaque échantillon de selles (positif et
négatif) a été divisé en 3 aliquots de 1 g (selles molles) ou 1 ml (selles liquides). Un aliquot a été

76
mélangé directement avec 180 mg de MCC. Un deuxième aliquot a été mélangé avec 180 µl de
tampon phosphate pH6. Un troisième aliquot a été mélangé à 180 MCC pré-incubés dans du tampon
phosphate pH 6 pendant 3 heures. Après incubation, l'excès de tampon a été jeté avant de mélanger
le MCC dans les selles. Chaque selle a été testée avec le GenXpert C. diff (Cepheid) et le Quick Chek
complete EIA (Abbot). Les CT ont été enregistrés pour chaque test d'amplification d'acide nucléique.
Les résultats indiquent que les billes de cellulose microcristalline n’interfèrent pas avec les
méthodes diagnostiques immuno-enzymatiques ou moléculaires de C. difficile.
6-2 Liste des publications et communications de l’année N,

concernant uniquement celles ayant un lien direct avec les
missions et activités du CNR
Publications nationales
Publications internationales
SAMBRI V, GATEAU C, ZANNOLI S, DIRANI G, COUTURIER J, OP DEN BUIJS I, ROYMANS R, HALLET E,
ARNOLD M, ZUMOBERHAUS A, STEINER S, VAN DE BOVENKAMP J, ALTWEGG M, BERLINGER L,
BARBUT F; revogene C. difficile study group.
Diagnosing Clostridioides difficile infections with molecular diagnostics: multicenter evaluation of
revogene C. difficile assay.
Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020 Jun;39(6):1169-1175.
DAVIES K., DAVIS G., BARBUT F., ECKERT C., PETROSILLO N., PISAPIA R., GÄRTNER B., BERGER FK,
REIGADAS-RAMIREZ E., BOUZA E., DEMONT C., WILCOX MH
Factors affecting reported Clostridium difficile infection rates; the more you look the more you find,
but should you believe what you see?
Anaerobes 2020, Apr;62:102178. doi: 10.1016/j.anaerobe.2020.102178. Epub 2020 Feb 22.
LE MARÉCHAL C, GATEAU C, POEZEVARA T, COUTURIER J, ROUXEL S, ZYED-SAIDI R, HOUARD E,

POURCHER AM, DENIS M, BARBUT F.
GUERY B, BARBUT F, TSCHUDIN-SUTTER S.

Diagnostic and therapy of severe Clostridioides difficile infections in the ICU.
Curr Opin Crit Care. 2020 Oct;26(5):450-458. doi: 10.1097/MCC.0000000000000753.
DJUIKOUE IC, TAMBO E, TAZEMDA G, NJAJOU O, MAKOUDJOU D, SOKENG V, WANDJI M, TOMI C,

NANFACK A, DAYOMO A, LACMAGO S, TASSADJO F, SIPOWO RT, KAKAM C, DJOKO AB, ASSOB CN,
ANDREMONT A, BARBUT F.
Evaluation of inpatients Clostridium difficile prevalence and risk factors in Cameroon.
Infect Dis Poverty. 2020 Aug 31;9(1):122. doi: 10.1186/s40249-020-00738-8.
COUTURIER J, FRANCONERI L, JANOIR C, FERRARIS L, SYED ZAIDI R., YOUSSOUF A., GATEAU C., HOYS
S., AIRES J., BARBUT F
Characterization of non toxigenic strains of C. difficile isolated from preterm neonates and in vivo
study of their protective effect.
Journal of Clinical Medicine, 2020 Nov 13;9(11):3650. doi: 10.3390/jcm9113650

77
KHANAFER N, HEMMENDINGER A, GUERY B, VACHÉE A, ROGUES AM, GRAVET A, BOUTOILLE D,

VANJAK D, BARBUT F, VANHEMS P. Establishment of a French surveillance system of Clostridiodes
difficile infection: comparison of patient's characteristics with other national and European data.
Anaerobe. 2021 Feb 1;69:102329. doi: 10.1016/j.anaerobe.2021.102329. Online ahead of print
GUERY B, BERGER P, GAUZIT R, GOURDON M, BARBUT F

A prospective, observational study of fidaxomicin use for Clostridioides difficile infection in France.
Journal of International Medical Research, 2021, soumis
VIPREY VF and COMBACT-CDI study group

Key differences in diagnosis and patient populations between community and in-patients C. difficile
infection : results from Combatting bacterial resistance in Europe CDI (COMBACT CDI).
Lancet infect Dis. 2021, soumis
DERONGS L, DRUILHE C, LE MARÉCHAL CA, BARBUT F, HEURTEVENT L, BUFFET J, MARTIN L, ZIEBAL C,

POEZEVARA T, ROUXEL S, HOUARD E, POURCHER AM
Influence of operating conditions on the persistence of indicator bacteria and of two pathogenic
clostridia in semi-continuous mesophilic anaerobic reactors
Watste management, 2021 soumis
Communications nationales
LE MARECHAL C, MARAULT M, MARTIN L, GATEAU C, POEZEVARA T, COUTURIER J, ROUXEL S, SYED-

ZAIDI R, YOUSSOUF A, KOOH P, BARBUT F, FIRMESSE O
Détection et caractérisation de souches de Clostridioides difficile d’origines alimentaires et animales
en France (DIFALIBO)
Journée de l’ANSES
COUTURIER J., M. RABATE, D. NESA, M. ADAM, L. PRAT, S. JOLIVET, F. BARBUT

Evaluation de la dissémination des bactéries à partir des toilettes : résultats d’une étude
expérimentale.
31ème Congrès de la Société Française d’Hygiène Hospitalière
Nantes, 3-5 juin 2020 (congres reporté mais conférence acceptée)
COURBIN, J. COUTURIER, C. GATEAU, R. SYED ZAIDI, A. YOUSSOUF et F. BARBUT

Détermination du taux de transmission intra-hospitalier de Clostridioides difficile
40ème RICAI (live) 14-15 décembre 2020
Communications internationales
COUTURIER J, FRANCONERI L, JANOIR C, FERRARIS L, HOYS S, AIRES J, BARBUT F

Nontoxigenic Clostridioides difficile strains against C. difficile colonisation: an experimental study
30th ECCMID Paris (France) , 18-21 Avril 2020 (Communication orale acceptée mais congres reporté)
GUILLEMARD E, POIREL M, SCHÄFER F, QUINQUIS L, ROSSONI C, KEICHER2, FRANK WAGNER C,

HANIA SZAJEWSKA H, BARBUT F, DERRIEN M, MALFERTHEINER P,
Multi-strain fermented milk promotes gut microbiota recovery after helicobacter pylori therapy: a
randomised, double-blind, controlled trial *
International Scientific Conference on Probiotics, Prebiotics, Gut Microbiota and Health
(Communication orale)

78
N° IPC20-0061, 11/11/2020
LE MARECHAL C., L. MARTIN, C. GATEAU, T. POEZEVARA, J. COUTURIER, S. ROUXEL, M. MARAULT, R.
SYED-ZAIDI, P. KOOH, O. FIRMESSE, M. CHEMALY, F. BARBUT
Detection and characterization of Clostridioides difficile isolated from animals in France
7th International Clostridioides difficile symposium (vitual)
Septembre 2020, Poster
Conférences sur invitations
BARBUT F.
Clostridioides difficile infections: how to diagnose? How to treat?
Joint meeting of the SSI and SSHH
Geneva, 2-4 septembre 2020.
7- COOPERATION AVEC LES LABORATOIRES DE SANTE ANIMALE,

D’HYGIENE ALIMENTAIRE, ENVIRONNEMENTAUX
Collaboration, Dr Le Maréchal, ANSES Laboratoire de

Ploufragan : Projet DiaBloClo : Caractérisation de souches de
C. botulinum et C. difficile au cours de la digestion anaérobie
mésophile d’effluents d’élevages bovins.
La méthanisation à la ferme est en plein essor en Europe et notamment en France. Ce

procédé de digestion anaérobie permet de valoriser les effluents d’élevage via la production de
biogaz, valorisable sous forme d’énergie. Le digestat issu de la méthanisation est utilisé comme
fertilisant des terres agricoles.
L’impact de la digestion anaérobie sur les bactéries pathogènes et notamment les bactéries
anaérobies sporulantes a été peu étudié pour le moment. Cet aspect quelque peu polémique,
notamment vis-à-vis du devenir de C. botulinum au cours de la méthanisation est un enjeu pour la
filière bovine dont les effluents présentent un potentiel fort pour la méthanisation agricole
(Degueurce et al., 2016). Le projet Clodia (financement ADEME 2016-2019) a permis de démontrer la
présence de deux espèces de clostridies pathogènes dans les intrants et digestats de méthaniseurs à
la ferme avec une prévalence de 67 % pour C. botulinum et de 100 % pour C. difficile lors d’une pré-
enquête menée en 2017 dans 5 méthaniseurs à la ferme (Le Maréchal et al., 2017). La forte
prévalence de ces deux pathogènes observée au cours de la digestion anaérobie au cours de cette
pré-enquête amène à s’interroger sur le risque représenté par les souches pour la santé humaine, la
santé animale et la contamination de l’environnement. Il n’existe actuellement aucune donnée
relative aux caractéristiques des souches de C. botulinum et de C. difficile qui circulent dans la filière
bovine, en particulier celles retrouvées dans les effluents bovins.
Le projet DiaBoClo a pour objectifs de :
i) déterminer la prévalence de C. botulinum et C. difficile dans la filière bovine via
l’analyse de contenus intestinaux de bovins,
ii) de déterminer les caractéristiques des souches de C. botulinum et C. difficile isolées à
partir des contenus intestinaux bovins,
iii) de déterminer les caractéristiques des souches de C. botulinum et C. difficile isolées à
partir des intrants et digestats de méthaniseur à la ferme de la filière bovine,
iv) de comparer les souches isolées de la filière bovine, des méthaniseurs alimentés en
effluents bovins et des souches impliquées dans les cas cliniques humains
Le projet DiaBoClo permettra de connaître les caractéristiques (sensibilité aux antibiotiques,
typage des souches via l’utilisation de méthodes de référence et du séquençage des génomes d’une

79
sélection de souches) des souches de C. botulinum et de C. difficile qui circulent dans la filière bovine
et qui sont susceptibles d’être disséminées dans l’environnement lors de l’épandage des fumiers ou
des digestats de méthanisation.
LE MARÉCHAL C, GATEAU C, POEZEVARA T, COUTURIER J, ROUXEL S, ZYED-SAIDI R, HOUARD

E, POURCHER AM, DENIS M, BARBUT F.
PMID: 32092414,
Collaboration avec l’Unité SBCL, département des

contaminants microbiologiques, Laboratoire de sécurité des
aliments (ANSES, Olivier Firmesse) et l’Unité HQPAP,
laboratoire de Ploufragan-Plouzané (Dr LeMaréchal) Projet
DIFALIBO
Clostridioides difficile est un pathogène émergent depuis le début des années 2000 en santé
humaine au niveau mondial, représentant actuellement la première cause de diarrhées infectieuses
nosocomiales chez les adultes. Le nombre d’infections à C. difficile a également augmenté au niveau
communautaire chez des personnes qui ne présentent pas de facteurs de risque classiques. Les
sources potentielles de contamination à l’origine des infections à C. difficile communautaires
considérées à ce jour sont : l’environnement, les animaux, les aliments, les contacts humains. Peu de
données sont actuellement disponibles en France concernant les souches de C. difficile qui
pourraient être retrouvées dans les différents réservoirs de contamination à l’origine des infections
humaines communautaires, que ce soit en termes de prévalence ou de caractérisation.
L’objectif du projet DIFALIBO est d’évaluer la prévalence de C. difficile dans les aliments
impliqués dans des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) et dans différents réservoirs
animaux. Un total de 564 échantillons d’aliments impliqués dans des TIAC (241 plats cuisinés, 103
végétaux, 78 viandes et ovoproduits, 43 féculents, 43 produits laitiers, 30 produits de la mer, 23
légumes, 3 d’origine inconnue) et de 1033 échantillons de fèces d’animaux (130 bovins, 567 porcs, 83
animaux de compagnie, 190 volailles, 33 cliniques, 30 dans un élevage multi-filière) ont été testés par
méthode culturale. Les souches ont été caractérisées par PCR ribotypage (PR), par PCR multiplex
pour les différents facteurs de virulence (tcdA, tcdB, cdtA, cdtB, tcdC), et leur sensibilité aux
antibiotiques a été étudiée par diffusion en milieu gélosé. C. difficile a été détecté dans 1 aliment
(0,17%) (fromage au lait cru de vache) et dans 218 (21,1%) échantillons d’origine animale. Dix isolats
(à partir de l’aliment contaminé) et 99 isolats d’origine animale ont ensuite été caractérisés par le
CNR C. difficile. Pour le fromage au lait cru, les 10 isolats prélevés ont tous les mêmes
caractéristiques indiquant probablement la présence d’une seule souche dans cet aliment. Cette
souche possède les gènes codant pour les toxines A, B et binaire, appartient au PCR-ribotype 126
(PCR-ribotype retrouvé également en santé humaine), est sensible à la vancomycine, au
métronidazole et à la moxifloxacine, et présente une résistance à l’érythromycine, la clindamycine et
la tétracycline. Pour les isolats d’origine animale, toutes les souches présentent le gène codant pour
la toxine A, 96 % le gène codant pour la toxine B (souches appartenant au toxinotype 11) et 73% le
gène codant pour la toxine binaire. Les PCR-Ribotypes 126 et 78 sont les ribotypes majoritaires
retrouvés dans les échantillons d’origine porcine (81%), les PCR-ribotypes retrouvés chez les autres
espèces animales sont beaucoup plus variables. Toutes les souches sont sensibles à la vancomycine

80
et au métronidazole, 38% sont sensibles à l’érythromycine, 4 % à la clindamycine, 81% à la
moxifloxacine et 36 % à la tétracycline.
Cette étude est la première réalisée à partir de l’analyse d’aliments impliqués dans des TIAC
et la première en France portant sur l’évaluation des animaux comme réservoir de C. difficile.
LE MARECHAL C, MARAULT M, MARTIN L, GATEAU C, POEZEVARA T, COUTURIER J, ROUXEL S,

SYED-ZAIDI R, YOUSSOUF A, KOOH P, BARBUT F, FIRMESSE O. Prévalence et caractérisation des
souches de Clostridioides difficile d’origines alimentaires et animales en France (DIFALIBO). Journée
Interne ANSES, 2020 .
Soumission d’une ANR par le Dr O. FIRMESSE (département

des contaminants microbiologiques, Laboratoire de sécurité
des aliments) : projet CLOSTABAT (« Characterization of the
Clostridium perfringens and Clostridium difficile hazards in
the beef, pig and poultry sectors in slaughterhouses »).
Le laboratoire C. difficile associé au CNR des anaérobies est responsable d’un WP.
Projet de thèse de sciences avec le Dr Poquet Isabelle

(Institut Micalis, INRAe, Domaine de Vilvert, Bât 442, 78352
Jouy-en-Josas Cedex) sur : « Clostridioides difficile chez les
Equidés : rôle des biofilms dans la colonisation, le portage
asymptomatique ou la virulence, et la persistance des
infections » (CLODIFFEQUI).
Clostridium difficile est un entéro-pathogène anaérobie strict et sporulant de l’homme et des

animaux qui émerge après un traitement antibiotique et cause des diarrhées et colites via ses
toxines. La capacité des souches toxinogènes à coloniser et à persister sans symptôme, qui pourrait
impliquer des biofilms, pose des problèmes de rechutes et de dissémination. Dans un projet en cours
avec l’Anses, des souches sont isolées des contenus intestinaux de #150 équidés autopsiés, leur profil
toxinogène ou non déterminé. Un diagnostic d’infection permet d’établir leur virulence in vivo, et de
les classer en trois groupes (‘non toxinogènes’, ‘toxinogènes portées’ ou ‘toxinogènes causes
d’infection’). La thèse débutera par le séquençage des génomes des souches, l’analyse des gènes de
résistance aux antibiotiques et de formation de biofilms, et l’évaluation, par comparaison aux
souches d’origine humaine, de leur potentiel de transmission zoonotique. Les souches seront ensuite
étudiées i) pour leur capacité à former de biofilms in vitro, ainsi que ii) pour leur mode de
colonisation in vivo observé in situ, dans l’intestin de leur hôte équidé, mais aussi iii) du modèle
souris mono-associées à trois souches, représentatives des groupes. Le projet permettra d’évaluer le
rôle des biofilms dans le cycle de C. difficile, la colonisation, le portage et la persistance des
infections.

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Rapport annuel d’activité 2021 – Année d’exercice 2020

CENTRE NATIONAL DE RÉFÉRENCE

Laboratoire associé au CNR

Unité d'Hygiène et de Lutte contre les Infections Nosocomiales

RAPPORT ANNUEL D'ACTIVITÉ 2021

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme

Laboratoire associé Clostridioides difficile

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

LIVRE I RAPPORT ANNUEL DU CNR BACTERIES ANAEROBIES ET BOTULISME……………………………8

1- MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR BACTERIES ANAEROBIES ET BOTULISME ............... 9

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

LIVRE II RAPPORT ANNUEL DU LABORATOIRE ASSOCIE Clostridium difficile………………………..…53

1- Missions et organisation du CNR ...................................................................................... 54

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

Collaboration, Dr Le Maréchal, ANSES Laboratoire de Ploufragan : Projet

DECLARATION PUBLIQUE D’INTERET Christelle MAZUET……………………………….…………………………

DECLARATION PUBLIQUE D’INTERET Frédéric BARBUT……………………………………………………………

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

RESUME ANALYTIQUE (VERSION FRANÇAISE)

Le CNR bactéries anaérobies et botulisme et le laboratoire associé Clostridioides difficile

En 2020, le CNR a procédé au diagnostic biologique du botulisme humain à partir de 119

Clostridioides difficile représente le principal entéropathogène responsable de diarrhées

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

RESUME ANALYTIQUE (VERSION ANGLAISE)

Clostridioides difficile is the major cause of healthcare-associated diarrhea. The main

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

CENTRE NATIONAL DE RÉFÉRENCE

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

1- MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR BACTERIES ANAEROBIES

Organigramme 2020 du CNR

Eléments clefs de l’année 2020 en termes de production d’expertise

> Nombre classique de foyers/cas de botulisme humain malgré le contexte sanitaire.

Les descriptions des techniques et marqueurs disponibles sont présentées en annexe 2.

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

2-1 Evolution des techniques au cours de l’année 2020

2-2 Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses

2-3 Techniques transférées vers d’autres laboratoires

2-4 Collections de matériel biologique

Collections présentées en annexe 1

2-5 Activités d’expertise

Nombre de souches analysées

Contrairement aux années précédentes et fort probablement du fait de l’épidémie de Covid,

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

Activités d’expertise pour le botulisme

Le volume global d'activité concernant la surveillance du botulisme en 2020 est le suivant:

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

2-6 Activités de séquençage génomique (WGS, NGS…)

Cas particulier du séquençage des Microorganismes et Toxines (MOT) : Clostridium

Accès à une expertise bio-informatique

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

Appel aux techniques de séquençage à des fins de santé

Stockage et dépôt des données brutes

3-1 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des

Eléments clefs de l’année 2020 en termes de surveillance du botulisme

Nombre classique de foyers/cas de botulisme humain malgré le contexte sanitaire.

CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile

Surveillance de l’évolution et des caractéristiques du botulisme

♦ Analyse des cas de botulisme humain en 2020

En 2020, le CNR a procédé au diagnostic biologique du botulisme humain à partir de 119

Comme régulièrement en France, les foyers d’origine alimentaire étaient majoritairement de

Description détaillée des foyers (Tableau 4-Chapitre 9)

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CNR Bactéries anaérobies et Botulisme et Laboratoire associé Clostridioides difficile