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GUIDE NATIONAL DE
SURVEILLANCE AU LABORATOIRE
DE LA RESISTANCE AUX
ANTIMICROBIENS
Edition 2018
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5.4.4 Ministères concernés .............................................................................................. 20
5.4.5 Partenaires au développement ............................................................................... 20
6. MISE EN ŒUVRE DE LA SURVEILLANCE .................................................................. 21
6.1 Détection de la résistance au laboratoire ................................................................. 21
6.2 Conservation et transport des souches ................................................................... 21
6.3 Gestion des données de surveillance ...................................................................... 21
6.3.1 Collecte des données .......................................................................................... 21
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Avant-propos
La resistance aux antimicrobiens est desormais consideree par la communaute
internationale comme une veritable menace de sante publique et pour le
developpement durable. A ce titre et en vertu des recommandations de
!'Organisation Mondiale de la Sante (OMS), le Burkina Faso s'est dote en 2017 d'un
plan national multisectoriel de lutte contre la resistance aux antimicrobiens mettant a
contribution tous les acteurs reuvrant dans les domaines humain, animal, agricole et
environnemental. Ce plan vise a long terme a garantir l'efficacite des antimicrobiens
pour une prise en charge therapeutique efficace des maladies infectieuses.
Des etudes parcellaires ont jusque-la ete menees mais ne permettent pas
d'apprehender l'etat reel du phenomene. La collecte passive des donnees sur les
tests de sensibilite aux antimicrobiens de fa9on continue est la meilleure maniere de
connartre la situation des resistances. C'est ainsi que ce guide se veut etre un outil
d'organisation de la surveillance au laboratoire de la resistance antimicrobienne. Les
pratiques seront alors standardisees et !'organisation harmonisee afin d'avoir des
resultats fiables au benefice des patients et des donnees comparables et
echangeables au niveau national; sous regional et international.
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Liste des Sigles / Abréviations
AQ : Assurance qualité
ATB : Antibiotiques
CM : Centre médical
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IST : Infections sexuellement transmissibles
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INTRODUCTION
Les antimicrobiens jouent un rôle crucial dans la réduction de la morbidité et de la
mortalité liées aux maladies transmissibles. Toutefois, l’émergence et la propagation
de la résistance à ces antimicrobiens compromettent leur efficacité. La résistance
aux antimicrobiens (RAM) est devenue un problème majeur de santé publique à
travers le monde.
Le Burkina Faso a fait de la lutte contre la RAM une priorité ; ce qui a conduit à
l’élaboration en 2017 d’un plan d’action multisectoriel de lutte contre la RAM. La
surveillance au laboratoire de la résistance aux antimicrobiens, composante de ce
plan, est utile à l’amélioration de la prestation des soins tout comme à la prévention
et au contrôle de la maladie. En outre, elle permet l’évaluation de l’impact des autres
interventions dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens.
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1. JUSTIFICATION DE LA SURVEILLANCE DE LA RESISTANCE AUX
ANTIBIOTIQUES
La résistance aux antibiotiques d’un large éventail d’agents infectieux est devenue
extrêmement préoccupante pour les pays. En effet, il est de plus en plus alarmant de
constater la propagation rapide, dans le monde entier, de bactéries multi résistantes
provoquant des infections courantes qui ne répondent plus au traitement par les
antibiotiques habituels. Cette situation représente une menace croissante pour la
santé publique.
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C’est dans le but d’organiser la mise en œuvre de la surveillance au laboratoire de la
résistance aux antibiotiques que le présent guide est élaboré.
2. BUT DU GUIDE
Ce guide a pour but de fournir des orientations et des directives claires pour la
surveillance au laboratoire de la résistance aux antibiotiques.
3. PUBLIC CIBLE
Ce guide s’adresse principalement aux personnels de laboratoire de biologie
médicale des sites pilotes sélectionnés pour la surveillance de la RAM (annexe II),
aux acteurs intervenant dans le domaine du laboratoire, aux décideurs et aux
partenaires au développement.
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4.2. Facteurs favorisants
4.2.1 Conditions socioéconomiques défavorables
Au Burkina Faso, la faible accessibilité à l’eau potable et les conditions d’hygiène
défavorables augmentent le risque de survenue des infections et de ce fait, le risque
de transmission des bactéries résistantes. Aussi, l’insuffisance d’informations, l’accès
limité aux outils diagnostiques et aux soins de santé appropriés ne favorisent pas
une bonne prise en charge de ces infections. Les populations ont donc souvent
recours à l’automédication, et au marché parallèle du médicament. En outre, pour
des raisons de limite financière et d’ignorance, de nombreux patients commencent
les traitements et les interrompent dès que les signes cliniques s’améliorent.
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contamination environnementale par des bactéries multi-résistantes (BMR) issues du
péril fécal humain. L’élevage intensif en plein essor dans notre pays, utilise les
antibiotiques dans l’alimentation des animaux pour booster leur croissance. Pourtant,
cette utilisation déraisonnée des antibiotiques dans la filière animale constitue aussi
une pression de sélection importante qui favorise la transmission de mutants
résistants à l’homme soit par contact direct ou indirect (alimentation).
Une étude qui a collecté 1602 échantillons biologiques reçus dans les laboratoires
de bactériologie de 3 Centres hospitaliers universitaires du pays rapporte une
prévalence de 58% d’entérobactéries productrices de bêtalactamase à spectre
étendu [1].
En 2014, une étude sur les péritonites au CHU YO, rapportait que la totalité des
souches de Escherichia coli isolées était résistantes. Trente et cinq pour cent (35%)
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de ces souches avaient une résistance à la ceftriaxone et à la ciprofloxacine,
antibiotiques couramment utilisés dans cette indication [2].
Des études plus récentes concernant le portage digestif des entérobactéries ont
rapporté une prévalence de 32% d’entérobactéries ayant le phénotype BLSE chez
214 personnes inclues (101 volontaires sains et 113 patients hospitalisés) [13].
Les résultats de sensibilité évalués au cours d’une étude sur les infections ostéo-
articulaires non tuberculeuses au CHUSS notaient que les souches de
Staphylococcus aureus, isolées étaient résistantes dans 82% des cas à l’amoxicilline
et 70% à l’amoxicilline +acide clavulanique [14].
Une étude s’intéressant au portage nasal réalisé chez 219 personnes (116
volontaires sains et 103 patients hospitalisés) a permis d’estimer un faible taux de
Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) de 2% [4].
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associées aux soins par l’application et le strict respect des précautions d’hygiène «
standards » éviteront la diffusion des BMR.
En outre, l’utilisation des ATB dans le monde animal doit être guidée par des
analyses bactériologiques des produits pathologiques d’origine animale. Aussi,
l’usage des ATB à des fins de production animale (contexte non pathologique) doit
être proscrit.
Au niveau local, l’information disponible sur la résistance doit être utilisée dans les
hôpitaux pour mettre à jour les traitements et pour guider le contrôle de la résistance.
Au niveau national, l’information sur l’évolution de la résistance recueillie dans
chacun des laboratoires sentinelles et du laboratoire national de référence (LNR)
peut servir à mettre à jour les listes de médicaments essentiels et les directives
nationales de traitement et à évaluer les effets des différentes stratégies de
traitement mises en place.
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5. ORGANISATION DE LA SURVEILLANCE DE LA RESISTANCE
AUX ANTIBIOTIQUES AU LABORATOIRE
La surveillance est la stratégie primordiale pour dépister au laboratoire l’émergence
de la pharmaco-résistance au sein de la population et qui permet de prendre
rapidement les mesures adéquates.
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Tableau I: Liste des agents pathogènes sélectionnés selon la nature des produits
pathologiques et des syndromes.
Principaux produits
Pathogènes sélectionnés Principaux syndromes
pathologiques
Infections cutanéo
Pseudomonas aeruginosa Sang, urine, pus
muqueuses, Sepsis, ITU
Sepsis, Méningite
Streptococcus pneumoniae LCS, sang
bactérienne, IRA
Ecouvillonnage urétraux et
Neisseria gonorrhoeae IST
cervicaux
Absence de symptômes
spécifiques mais mais on note
Mycobacterium tuberculosis* sécrétions naso-pharyngées, , lait faiblesse, anorexie,
émaciation, fièvre oscillante,
toux sèche, intermiiente
*concerne le laboratoire national d’élevage, pour les mycobactéries isolées au niveau des échantillons
animaux.
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Tableau II: Liste des agents pathogènes et des familles d’antibiotiques
-
Sulfamides et Cotrimoxazole
associés :
Autres : Fosfomycine
Nitrofurantoines
Colistine
Sulfamides et - Cotrimoxazole
associés
Autres - Colistine
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Sulfamides et -
associés : Cotrimoxazole
Gentamicine 500µg
Kanamycine ou tobramycine
Aminosides
Phénicolés - Chloramphénicol
Glycopeptides - Vancomycine
MLS Erythromycine Clindamycine ou lincomycine
Autres - Fosfomycine
Fluoroquinolones Ciprofloxacine -
MLS -
Azithromycine
Bètalactamines Ceftriaxone Céfixime
Neisseria
gonorrhoeae MLS Azithromycine -
Fluoroquinolones Ciprofloxacine -
Aminosides Spectinomycine Gentamicine
Autres - Colistine
Chloramphénicol Chloramphénicol,
Phénicolés
Haemophilus Bètalactamines Pénicilline G Céfixime
influenzae Ampicilline Céfotaxime
Amoxicilline - acide Méropénème
Clavulanique
Cyclines -
Tétracycline
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Sulfamides et Cotrimoxazole -
associés
Phénicolés - Chloramphénicol
Erythromycine -
MLS
Cefquinome -
Quinolones
Mycobacterium Antituberculeux Isoniazide Pyrazinamide
complexe Rifampicine Ethionamide
tuberculosis* Ethambutol Cyclosémide
Quinolones _ Ofloxacine
Sparfloxacine
Aminosides Streptomycine Kanamycine
Amikacine
*concerne le laboratoire national d’élevage, pour les mycobactéries isolées au niveau des échantillons
animaux.
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- renseigner la base WHONET pour l’ensemble des cultures réalisées
(négatives, positives, résultats des tests de sensibilité) ;
- conserver les souches multi-résistantes ;
- acheminer les souches multi résistantes au LNR ;
- encourager la prescription des antibiogrammes.
- orienter la prescription adéquate des ATB
- réaliser le contrôle interne de la qualité des disques d’ATB
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5.4.3 Direction des laboratoires de biologie médicale
La DLBM doit :
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6. MISE EN ŒUVRE DE LA SURVEILLANCE
Les souches de bactéries seront conservées dans les sites sentinelles en vue de leur
expédition au LNR soit pour le contrôle de qualité, soit pour la confirmation
conformément aux modalités préalablement définies.
Les souches seront conservées et transportées au niveau du LNR selon les
procédures harmonisées (instructions pour la conservation et le transport).
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6.3.1.1 Fiche individuelle de notification
Elle permet l’identification et la description clinique des infections aux bactéries multi
résistantes en collaboration avec le médecin traitant. Elle doit être systématiquement
remplie et transmise au laboratoire national de référence (Annexe IV).
6.3.2 Saisie
La saisie des données au niveau des sites sentinelles et au LNR se fera au moyen
du logiciel WHONET et / ou d’un format électronique standard.
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Les principales variables et statistiques sont :
6.3.4 Rétro-information
Après analyse des échantillons, le LNR doit faire un feedback des résultats aux
différents laboratoires concernés. Ce feedback se fera trimestriellement dans le
cadre du contrôle de qualité et de la confirmation.
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7. ASSURANCE QUALITE
L’assurance qualité de la surveillance au laboratoire de la résistance aux
antibiotiques au Burkina Faso s’applique à toutes les étapes depuis les données
brutes sur la résistance aux antibiotiques jusqu’à la diffusion des rapports d’analyse.
7.1 Qualité des données de surveillance
La qualité des données de surveillance nécessite une définition claire et harmonisée
de celle-ci ainsi que la mise en place d’outils standardisés pour leur collecte, saisie,
analyse et diffusion. Une procédure de gestion et de contrôle de qualité des données
sera mise en œuvre.
7.2 Qualité des résultats fournis par les laboratoires
La maitrise de la qualité des résultats fournis par les laboratoires sera assurée par :
La gestion des résultats des tests de sensibilité sera assurée par le logiciel
WHONET.
8. SUIVI ET EVALUATION
La direction des laboratoires de biologie médicale assure la diffusion du guide dans
les laboratoires du pays et aux partenaires au développement. Aussi, des
supervisions sur site seront effectuées afin de s’assurer de l’effectivité de son
utilisation par les différents acteurs. Des réunions semestrielles de revue et de
validation des données de la surveillance seront organisées.
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9. ACTIVITES DE SOUTIEN
La réussite de la mise en œuvre de la surveillance de la RAM nécessite le
développement d’activités de soutien dont les principales sont:
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ANNEXES
Annexes I : Glossaire
Définitions opérationnelles
Résistance naturelle : la résistance est dite naturelle lorsque toutes les souches
d’une même espèce bactérienne sont résistantes à un antibiotique donné.
Bactéries multi résistantes (BMR) : les bactéries sont dites multi résistantes,
lorsque du fait de l’accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont
plus sensibles qu’à un petit nombre d’antibiotiques habituellement actifs en
thérapeutique.
Contrôle interne de qualité (CIQ): le CIQ est une procédure dont se servent
habituellement les laboratoires pour veiller à la qualité des tests. Il est réalisé au sein
du laboratoire en association avec des échantillons de patients pour voir si le
système analytique opère correctement. C’est la clef pour la validation analytique des
résultats.
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Evaluation externe de la qualité (EEQ): elle est de façon générale le contrôle par
un organisme externe ou indépendant de la qualité des résultats fournis par un
laboratoire.
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Annexe II : Liste des sites pilotes de surveillance de la résistance des
bactéries aux antibiotiques
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Annexe III: Liste des indicateurs de surveillance
Pourcentage de bulletin
de demande d’examen
contenant l’hypothèse Nombre de bulletins conformes /
> 95% Mensuelle
diagnostique nombre total de bulletins reçus
(syndrome) par site
sentinelle
Pourcentage
Nombre de souches
d’identification correcte
correctement identifiées /
des souches > 95% Trimestrielle
nombre total de souches
transmises au LNR par
transmises
les sites sentinelles
Pourcentage
d’identification correcte
Nombre de profils correctement
des profils de sensibilité
> 95% identifiés / nombre total de Trimestrielle
des souches
profils identifiés
transmises au LNR par
les sites sentinelles
Pourcentage de
Nombre de résultats de
résultats de
> 95% confirmation transmis / nombre Trimestrielle
confirmation transmis
total de résultats reçus
aux sites sentinelles
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Annexe IV : fiche de notification d’une bactérie multi-résistante
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Annexe V : Fiche de transport des souches
1 – EXPEDITEUR
Site sentinelle : ------------------------------Nom & prénom : ----------------------------------
E-mail : ------------------------------------------------- Tel : -------------------------------------
Date de l’envoi : ------------------------------------------------------------
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Annexe VI: comité de validation du guide national
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DOCUMENTS CONSULTES
1- Ouédraogo AS, Sanou M, Kissou A, Sanou S, Somlaré H, Kaboré Fet al: High
prevalence of extended-spectrum ß-lactamase producing enterobacteriaceae
among clinical isolates in Burkina Faso; BMC Infect Dis. 2016 Jul 11;16:326.
2- Sanou M, Ky A, Ouangre E, Bisseye C, Sanou A, Nagalo BM, et al.
Caractérisation de la flore bactérienne des péritonites communautaires opérées
au Burkina Faso. Pan Afr Med J [Internet]. 2014
3- Ouédraogo AS, Somé DA, Dakouré PW, Sanon BG, Birba E, Poda GEet al.
Bacterial profile of surgical site infections at Souro Sanou National Hospital
Center in Bobo Dioulasso, Burkina Faso French. Med Trop (Mars). 2011
Feb;71(1):49-52.
4- Ouédraogo AS, Dunyach-Remy C, Kissou A, Sanou S, Poda A, Kyelem CG et al.
High Nasal Carriage Rate of Staphylococcus aureus Containing Panton-Valentine
leukocidin- and EDIN-Encoding Genes in Community and Hospital Settings in
Burkina Faso. Front Microbiol. 2016 Sep 13;7: 140.
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13- Ouédraogo AS, Sanou S, Kissou A, Poda A, Aberkane S, Bouzinbi N et
al.Fecal Carriage of Enterobacteriaceae Producing Extended-Spectrum Beta-
Lactamases in Hospitalized Patients and Healthy Community Volunteers in
Burkina Faso., Microb Drug Resist. 2017;23(1):63-70]
14- Ouédraogo A-S, Dakouré PWH, Coulibaly S, Sanon BG, Cessouma R, PODA
GA, Nacro B. Aspects bactériologiques des infections ostéoarticulaires non
tuberculeuses de l’enfant au Centre Hospitalier Universitaire Sourô Sanou de
Bobo-Dioulasso. Médecine d’Afrique Noire. 2011; 58 (1): 36-40
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