Etapes de prise en charge des demandes

en science des données

Visualiser

Ordonner
Importer Transformer Communiquer
(tidy)
Modéliser

Explorer
Programmer

Source : R for Data Science,

Hadley Wickham, r4ds.had.
co.nz
 Application en R

Visualiser
Plot
Ordonner Ggplot
Importer Transformer Communiquer
(tidy) tables Rmarkdown
Readr, Readxl Tidyr Dplyr
Haven Modéliser Knirt
Dplyr
DBI DT
Lubridate base
Httr, xml Explorer Shiny
Janitor Caret Openxlsx
Programmer H2O OfficeR
BupaR
Target
Stan
...
Flux de prise en charge des demandes d'analyse de données hospitalières
/ demandes SciDonHUS
Document de travail
Qui ?
Initiation de la demande
Demandeur
(tout personnel des HUS
ou extérieur)
Cadrage de la demande
Comité des études
Expert référent
1 référent par ticket.
Il demande des avis.
Comité des études
Expert + responsable plateforme
Comité des études - Expert
A la charge du demandeur
avec l'aide des experts
des données, méthodo...
pour écrire
Validation règlementaire, scientifique et éthique
Comité de gouvernance
(ou comité des études par
délégation)
Expert règlementaire
Expert règlementaire (DPD,
DRCI...)
Possibilité d'un circuit plus court si dans le
ticket est coché certaines conditions (ex :
suit parfaitement une MR ou recherche
interne)
Mise en place des accès, extraction des données
Le besoin création de flux a déjà été évalué aux
premières étapes de faisabilité
Création du flux peut être initiée plus tôt dès que
DSI
Comité des études
Datamanager/dataenginer
Comité des études
Datascientist
Demandeur
Analyse, production des résultats
Comité des études
Datamanager
Méthodologiste
La prise en charge d’une demande en science des
Légende
Dernière date de mise à jour : 07/04/2021
Debut / fin du processus
Base documentaire / Support
Action
donnée ne se limite pas au traitement des données
Acteur (1 couleur = 1 acteur)
Commentaires, éléments à
discuter
Besoins d'analyser des données du système d'information hospitalier Action détaillée à
part (fonction)
Ouvrir un ticket sur la plateforme recherche
Sélectionner les ressources demandées
Plateforme recherche
Cadrage
Définir ce qui entre dans les finalités de
SciDonHUS
= travaux scientifiques Autre circuit (DIM,
Demande entrant dans les finalités de Non DSI, DRCI, autre
SciDonHUS ?
service)
Oui Nouveau ticket avec même référent
Comprendre problématique métier
A voir si à intégrer dans
Echange pour valider en première lecture les principaux Courriel / Téléphone / Ouvrir un nouveau plateforme recherche
●
prérequis (scientifique, méthodologique, technique, Echange direct ticket avec le même
règlementaire, éthique, sécurité, faisabilité) référent en effectuant
Faisabilité = vérifier en particulier si les modifications
données disponibles ou pouvant être
Mise à jour du ticket intégrées
Evaluer le faisabilité
oui
Après échanges et modifications, vérifier si la demande
est valide sur les principaux éléments sans changement
majeurs et dans un délai compatible ●
Est-il possible à terme de modifier
Rédiger un protocole
Demande valide non Clore ticket la demande pour qu'elle soit
valide ?
oui
Aide à l'écriture du protocole pour la partie minimiser les non
Demande non prise
●
en charge
extraction et analyse des données données exposées
Important ++
Finaliser le protocole
Signature de la charte d'utilisation de la
plateforme
Ouvrir un ticket règlementaire
décide par quelle(s) structure(s) la
Comité de gouvernance
(ou comité des études par
Ouvrir un ticket avis scientifique et éthique
décide vers quelle(s) structure(s)
Validation
Scientifique
envoyer la demande
partie règlementaire doit être évaluée délégation)
●
Expert ethique et scientifique
Avis déjà acquis et
Accompagner la réaliser des démarches reconnu ou non oui
(inscription au registre local, conformité MR,
Règlementaire
nécessaire
registre public des traitements, demande
●
CNIL...)
Experts scientifiques et
éthique
examen CPP et/ou CESRESS et/ou
Contexte multicentrique Conventionnement / Comité gouvernance (selon le cas)
Ethique
(partenariat extérieur) Valorisation / Contrat /
Partenariat
●
non
Documenter Documenter
Clore ticket règlementaire Clore ticket avis scientifique ou éthique
Comité des études constate que tous les pré-requis sont
valides et que l'étude est autorisée
Etude autorisée non
Accès aux données
Publier l'étude sur le portail recherche publique ?
Demandes de création de flux ou
Consommateur
Besoin de création de flux ? oui d'accès complémentaires (ex : flux
Identifier sources / nettoyer / valider
de données non existant)
l'étude est viable
non ●
Création de nouveaux flux /
Créer datamart / Gérer les droits de temps
modification
Extraction des données dans l'EDS
●
Création du datamart de l'étude
Lier le datamart au ticket
Créer un dossier partagé
sécurisé sur réseau pour les
artefacts ?
Exploitation du datamart via eHOP
Besoins d'une plateforme Signature charte de la plateforme
d'analyse avancée ?
oui
d'analyse Charte
Visualiser
Ne procède aux analyses que
Création d'un datamart matérialisé ceux qui ont les compétences
avec mes outils fournis
Ouverture d'un accès à la plateforme
d'analyse avancée (ex : Rstudio Server)
non
Lier datamart à la plateforme d'analyse
Réalisation autonome des analyses
Plannification des ressources humaines selon le
Importer Ordonner Transformer Communiquer
(tidy)
Besoin d'une prestation oui
besoin (simple analyse, biostat avancée,
d'analyse ? apprentissage auto...)
Réalisation des analyses, mise en forme,
Modéliser
vérification
Remise des résultats
Explorer
Validation des résultats (recette)
Valorisation en citant SciDonHUS
Programmer
Cloture du ticket
 Outils « traditionnels »
Cadrage
●
Comprendre problématique métier Problèmes :
●
Evaluer le faisabilité Traitement de texte ● Multiplicité des outils
●
Rédiger un protocole Tableurs ●
Non reproductible
Validation Emails ●
Non traçable
●
Scientifique Papier / Crayon ●
Puissance calcul
●
Règlementaire ●
Données sur disque
●
Ethique ●
Difficile de mettre à l’échelle
●
Manque de visibilité
Accès aux données Saisie dans tableur
●
Identifier sources / nettoyer / valider SQL
●
Créer datamart / Gérer droits Export csv / xlsx depuis logiciel BI

Visualiser
4 – 8 Go de RAM
Ordonner … dont 2 à 4 occupé par système
Importer Transformer Communiquer Sous Windows
(tidy)
CPU i3
Modéliser Interdiction données sur disque
Explorer Réseau max 10Mo/s
Certains datant de 2011
Programmer Pas de GPU possible
 Plateforme cible aux HUS
Cadrage
●
Comprendre problématique métier
●
Evaluer le faisabilité
●
Rédiger un protocole
Suivi par système de « ticketing »
Validation
●
Scientifique
●
Règlementaire
●
Ethique
Analyse reproductible
Accès aux données DB : Infocentre / eHOP / autre
●
Identifier sources / nettoyer / valider
●
Créer datamart / Gérer droits

Visualiser

Importer Ordonner Transformer Communiquer

(tidy)
Modéliser
Explorer
Programmer
 Piles logicielles Client HTTP

Frontend:

Backend :

Services : HTTP, PostGreSQL, SSH...

OS : GNU/Linux
(Debian / Ubuntu / RHEL / Centos / SUSE)
Plateforme cible BioConductor CRAN GitHUB INLA

BDD R SPM
Géré à part en root
par SysAdmin

(à voir par la suite)

Permet de faire de
datamart l'intégration continue Internet

Forge logicielle
interne (GitLab) ?
VM

EDS HTTPS
RStudio Connect

ODBC

Permet d'avoir

RStudio Package différents runtimes de
Rstudio WorkBench
manager R (et packages liés à
ODBC une version de R
donné)
Infocentre

Dossiers utilisateurs
HTTPS
(Scripts, résutlats,
données intermédiaires)

Serveur d'archive ?
/home/jmuller
/home/eas
Que du stockage
(> 1To)
SAMBA chiffré 
LDAP
Poste client