Comptage des noyaux Hadil JILANI

Table de matière
Liste des figures.....................................................................................................................................ii
Introduction générale............................................................................................................................1
Chapitre 1 : Représentation et étude de l’art........................................................................2
I. Introduction.......................................................................................................................................3
II. Le comptage des noyaux cervicaux................................................................................................3
III. Problématique................................................................................................................................4
IV. Description du sujet........................................................................................................................4
V. Analyses des besoins.........................................................................................................................5
V.1. Besoins Fonctionnels.............................................................................................................5
V.2. Besoins non fonctionnels.......................................................................................................5
VI. Conclusion......................................................................................................................................5
Chapitre 2 : Conception et réalisation...................................................................................6
I. Conception.........................................................................................................................................7
I.1. Interface graphique.................................................................................................................7
I.2. Vision par ordinateur..............................................................................................................7
I.3. Définition des données............................................................................................................7
I.4. Traitement d’image.................................................................................................................8

PFA GII i ENET’Com 2022-2023

 Comptage des noyaux Hadil JILANI

Liste des figures

Figure 1. Image microscopique des cellules cervicales..........................................................................7

Figure 2. Logo Python...........................................................................................................................9
Figure 3. Logo OpenCV........................................................................................................................9

PFA GII ii ENET’Com 2022-2023

 Introduction générale Hadil JILANI

Introduction générale

La vision par ordinateur est une discipline de l'intelligence artificielle qui permet aux
machines d'interpréter et d'analyser les images ou les vidéos de manière similaire à un être
humain. En combinant cette technologie avec le traitement d'images, qui englobe des
techniques telles que la segmentation, la détection d'objets et l'extraction de caractéristiques,
nous pouvons extraire des informations significatives à partir d'images médicales, telles que
des scanners ou des IRM. La récurrence aux nouvelles technologies facilite les tâches qu’un
agent de santé est censé de faire. Plus qu’on peut développer des technologies plus
sophistiqués et intelligente, le mieux le résultat sera.
C’est dans ce contexte que s’inscrit ce projet de fin d’année qui consiste à développer un outil
d’aide au comptage des noyaux des cellules cervicales. Ce tapuscript détail le travail que
nous avons réalisé.
Ce rapport est formé de 2 chapitres et se terminera par une conclusion générale, à travers
lesquels nous décrivons le travail effectué pour créer une interface de traitement d’images
pour le comptage des noyaux cervicaux. Dans le premier chapitre, nous présentons tout
d’abord le sujet, le problématique, la description du sujet et enfin l’analyse des besoins
souhaités du projet.
La réalisation du sujet fera l’objet du deuxième chapitre. Nous nous focalisons dans cette
partie dans la conception du projet en premier lieu. En second lieu, nous nous intéressons à la
réalisation du projet. Enfin, nous clôturons ce mémoire par nos conclusions et nos
perspectives.

PFA GII 1 ENET’Com 2022-2023

Comptage des noyaux Hadil JILANI

Chapitre 1 : Représentation et étude de

l’art

PFA GII 2 ENET’Com 2022-2023

 État de l’art Hadil JILANI

I. Introduction

Dans ce premier chapitre, nous avons introduit le cadre du projet qui est le comptage des
noyaux cellulaires. Puis nous décrit la problématique que nous proposons comme solution une
interface graphique du traitement d’image et finalement l’analyse des besoins fonctionnels et
non fonctionnels. La réalisation de l’interface sera décrite dans le chapitre suivant.

II. Le comptage des noyaux cervicaux

II.1. Tissus cellulaires du cerveau

II.2. Image de microscopie (Acquisition)

Les images d’entrée sont en fait des images microscopiques des cellules cervicales issues d’un
laboratoire.

Figure 1. Image microscopique des cellules cervicales

II.3. Comptage des noyaux

Le comptage des noyaux des cellules cervicales dans le domaine de la santé fait référence à la
mesure et à la quantification du nombre de noyaux présents dans les cellules cervicales d'un
échantillon. Cette procédure est utilisée dans le cadre du dépistage et du diagnostic du cancer
du col de l'utérus.
Le cancer du col de l'utérus est généralement causé par une infection persistante par des types
à haut risque du virus du papillome humain (VPH). Les changements cellulaires associés à
cette infection peuvent être détectés à travers l'observation des cellules cervicales prélevées

PFA GII 3 ENET’Com 2022-2023

 État de l’art Hadil JILANI

lors de frottis cervicaux. Le comptage des noyaux cellulaires dans ces échantillons peut
fournir des informations cruciales pour l'évaluation de la présence de cellules anormales ou
cancéreuses.
La procédure de comptage des noyaux des cellules cervicales implique les étapes suivantes :

 Préparation de l'échantillon : Un échantillon de frottis cervical est prélevé sur la patiente.

Ce prélèvement peut être effectué lors d'un examen de dépistage régulier ou lors de
l'évaluation de symptômes inhabituels. L'échantillon est ensuite préparé sur une lame de
microscope.

 Observation microscopique : L'échantillon préparé est observé à travers un microscope.

Un technicien de laboratoire ou un pathologiste examine les cellules cervicales sur la lame de
microscope. Les cellules sont généralement colorées ou marquées pour faciliter l'observation
et l'identification des noyaux.

 Comptage des noyaux : Le comptage des noyaux est réalisé en examinant attentivement les
cellules cervicales sur la lame de microscope. Le technicien ou le pathologiste compte les
noyaux dans un certain nombre de cellules représentatives pour obtenir une estimation du
nombre de noyaux par unité de surface. Cela permet de déterminer s'il y a une augmentation
anormale du nombre de noyaux, ce qui peut être indicatif de changements précancéreux ou
cancéreux.

Le comptage des noyaux des cellules cervicales est généralement effectué par des
professionnels de laboratoire qualifiés.
Cette procédure est un élément clé du dépistage précoce du cancer du col de l'utérus,
permettant de détecter les changements cellulaires anormaux avant qu'ils ne se transforment
en cancer invasif. Elle contribue à l'identification précoce des lésions précancéreuses, offrant
ainsi la possibilité d'un traitement efficace et d'une amélioration des résultats pour les patients.

III. Problématique

Bien que les professionnels de laboratoire qualifiés effectuent généralement un travail précis
et fiable lors du comptage des cellules cervicales, il existe certaines problématiques associées
à cette méthode manuelle. Voici quelques-unes des difficultés rencontrées :

PFA GII 4 ENET’Com 2022-2023

 État de l’art Hadil JILANI

 Variabilité inter-observateur : Le comptage manuel des noyaux des cellules cervicales

peut varier d'un observateur à l'autre en raison de différences subjectives dans
l'interprétation des critères de comptage et de classification. Cela peut entraîner des
divergences dans les résultats entre les observateurs, introduisant une incertitude dans
l'évaluation des échantillons.

 Temps et coûts : Le comptage manuel des noyaux des cellules cervicales peut être
chronophage, surtout lorsque de nombreux échantillons doivent être évalués. Cela peut
entraîner des délais dans le traitement des échantillons et augmenter les coûts liés aux
ressources humaines.

 Limitations de l'échelle : Le comptage manuel des noyaux des cellules cervicales est
limité par la capacité humaine à traiter un grand nombre d'échantillons. Cette limitation
peut entraver l'analyse d'échantillons en grand nombre, en particulier dans le cadre
d'études épidémiologiques ou de dépistage de masse.

Pour surmonter ces problématiques, des techniques de comptage automatisé basées sur la
vision par ordinateur sont de plus en plus utilisées. Ces approches permettent une évaluation
objective, reproductible et rapide du nombre de noyaux des cellules cervicales, réduisant ainsi
la variabilité inter-observateur et augmentant l'efficacité du processus de comptage.

IV. Analyses des besoins

IV.1. Besoins Fonctionnels

 Effectuer des opérations de traitements d’images sur l’image non traité

 Compter les noyaux cervicaux après les traitements
 Comparer les résultats avec un échantillon qu’est déjà compté manuellement par un
professionnel de santé, à l’aide des mesures des performances

IV.2. Besoins non fonctionnels

 Organisation de l’interface : l’utilisateur peut aisément identifier les différentes

fonctions et espaces fournies pour le comptage

PFA GII 5 ENET’Com 2022-2023

 État de l’art Hadil JILANI

 La clarté : l’interface doit avoir du police calme avec une palette de couleur douce à
l’œil.

V. Solution proposée

Nous avons développé une interface graphique conçue pour assister les professionnels de
santé dans le comptage des noyaux des cellules cervicales. Elle offre un espace dédié aux
opérations de traitement des images et de comptage. Grâce à cette interface conviviale, les
professionnels de santé peuvent effectuer ces étapes essentielles de manière plus efficace et
obtenir des informations fiables sur le comptage des noyaux. Cette approche simplifie le
processus de comptage, réduit les erreurs et accélère l'analyse des échantillons cervicaux,
améliorant ainsi la qualité des diagnostics et du suivi des patients.

VI. Conclusion

Dans ce chapitre, nous avons présenté le domaine du comptage des noyaux cervicaux et son
rôle dans le dépistage précoce de certaines maladies. Puis, nous avons détaillé les limitations
du processus du comptage manuel et la problématique ainsi que notre sujet et son cadre
général. Aussi, nous avons spécifié les différents besoins fonctionnels et non fonctionnels.

PFA GII 6 ENET’Com 2022-2023

Développement d’un outil d’aide au diagnostic pour Comptage des noyaux Hadil JILANI

Chapitre 2 : Chaîne de traitement

d’images pour la détection des noyaux

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 Chaîne de traitement d’images pour la détection des noyaux Hadil JILANI

I. Introduction

II. Vision par ordinateur

La vision par ordinateur est un domaine de l'intelligence artificielle et du traitement d'images

qui vise à permettre aux machines de comprendre et d'interpréter le contenu visuel comme le
ferait un être humain. Elle implique l'utilisation d'algorithmes et de modèles informatiques
pour analyser des images ou des vidéos et extraire des informations pertinentes, telles que la
reconnaissance d'objets, la détection de mouvement, la segmentation d'image, etc. La vision
par ordinateur trouve des applications dans divers domaines tels que la surveillance, la
robotique, la réalité augmentée, la médecine, la conduite autonome, etc. Elle repose sur des
techniques telles que l'apprentissage profond et le traitement d'images numériques.

III. Chaîne de traitement d’image pour la détection des noyaux

Le traitement d'image est une discipline qui consiste à appliquer des techniques et des
algorithmes pour modifier ou analyser des images numériques. Les étapes typiques du
traitement d’image comprennent le prétraitement, la segmentation, le post-traitement et
l’analyse (dans notre projet c’est la phase de comptage).

III.1. Prétraitement

Le prétraitement vise à améliorer la qualité et la fiabilité des images avant leur analyse. Elle
comprend différentes opérations permettant de corriger les défauts et d'optimiser les
caractéristiques de l'image. Ces opérations incluent les filtres (moyenneur, gaussien, médian),
des techniques telles que l’égalisation de l’histogramme, et des opérateurs morphologiques
comme la dilatation et l’érosion. Le prétraitement vise à rendre les images plus adaptées aux
algorithmes de segmentation, en éliminant les distorsions indésirables et en mettant en
évidence les informations pertinentes pour les tâches spécifiques.

I.1.1. Filtrages des images

PFA GII 8 ENET’Com 2022-2023

 Chaîne de traitement d’images pour la détection des noyaux Hadil JILANI

Qzsneglnzsg :nzq
Dsngnsd :qgnsqdg

a. Image originale b. Image filtrée

(médian 3x3)
Figure 2. Exemple de pratitement

I.1.2. Egalisation d’histohramme

III.2. Segmentation

La segmentation est le processus de division d'une image en régions ou en objets distincts.

Elle vise à séparer les différentes parties de l'image selon leurs caractéristiques et à les
identifier de manière indépendante. La segmentation peut être basée sur des critères tels que la
couleur, la texture, le contraste ou la forme des éléments présents dans l'image. Cette étape est
fondamentale pour l'analyse ultérieure des régions identifiées appelées aussi régions d’intérêt
(ROI).

I.1.3. a. Segmentation K-Moyennes

a. Image originale b. image segmentée c. image segmentée d. image segmentée

en 2 classes en 3 classes en 4 classes
Figure 3. Segmentation Km

b. Segmentation E-M

PFA GII 9 ENET’Com 2022-2023

 Chaîne de traitement d’images pour la détection des noyaux Hadil JILANI

a. Image originale b. image segmentée c. image segmentée d. image segmentée

en 2 classes en 3 classes en 4 classes
Figure 4. Segmentation Km

I.1.4. Sélection de la ra région d’intérêt

a. Image segmentée b. Classe 1 c. Classe 2 d. Classe 3

en 3 classes
Figure 5. Sélection de la ROI

III.3. Postraitement

Le post-traitement fait référence aux opérations effectuées après la segmentation de l’image et

l’extraction de la région d’intérêt l'image. Il vise à améliorer davantage les résultats obtenus
ou pour préparer l’image pour l’étape de comptage. Les opérations de post-traitement incluent
le suppression des bordures et les petites/larges espaces.

III.4. Comptage

Le comptage est la phase de calculer le nombre de surfaces présentes dans l’image traitée.
Chaque surface fait référence à un seul noyau cellulaire. En faisant ce calcul à l’aide de
détection des contours, on peut avoir un nombre estimé des noyaux cervicaux détectés dans
l’image.

a. Image originale b. Vérité terrain c. Prédiction d. Evaluation

visuelle
Figure 6. Evaluation visuelle de la procédure de comptage automatiques des noyaux

PFA GII 10 ENET’Com 2022-2023

 Chaîne de traitement d’images pour la détection des noyaux Hadil JILANI

III.5. Les métriques d’évaluation

VP
VN
FP FN

a. Précision

b. Rappel

c. F-mesure

sqkljgjkldsng

IV. Conclusion

PFA GII 11 ENET’Com 2022-2023

Développement d’un outil d’aide au diagnostic pour le Hadil JILANI
comptage des noyaux

Chapitre 3 : Réalisation

PFA GII 12 ENET’Com 2022-2023

 Réalisation Hadil JILANI

I. Introduction

II. Interface graphique

Une interface graphique est un moyen visuel permettant à un utilisateur d'interagir avec un
logiciel ou un système informatique. Elle se compose d'éléments graphiques tels que des
icônes, des fenêtres et des boutons, qui facilitent la navigation et l'exécution des actions.
L'interface graphique offre une expérience conviviale en permettant aux utilisateurs de
manipuler les informations et les fonctionnalités à l'aide de gestes et de clics plutôt que de
lignes de code. Elle joue un rôle essentiel dans l'accessibilité et l'ergonomie des logiciels en
offrant une représentation visuelle intuitive des données et des opérations.

III. Outils de développement

IV.1. Python

Figure 7. Logo Python

Python est un langage de programmation polyvalent et interprété, largement utilisé dans le

développement de logiciels, l'analyse de données, l'intelligence artificielle et l'automatisation
des tâches. Python dispose d'une vaste bibliothèque standard et de nombreuses bibliothèques
tierces qui offrent des fonctionnalités étendues, facilitant ainsi le développement de solutions
dans divers domaines.

I.2. OpenCV

PFA GII 13 ENET’Com 2022-2023

 Réalisation Hadil JILANI

Figure 8. Logo OpenCV

OpenCV (Open Source Computer Vision Library) est une bibliothèque logicielle open source
spécialisée dans le traitement d'images et la vision par ordinateur. Elle offre des
fonctionnalités avancées pour la manipulation, l'analyse et la compréhension des images et
des vidéos. OpenCV est largement utilisé dans divers domaines, tels que la reconnaissance
faciale, la détection d'objets, la réalité augmentée, la surveillance vidéo, et bien d'autres.

I.3. PIL

PIL (Python Imaging Library), rebaptisé depuis Pillow, est une bibliothèque Python populaire
pour le traitement d'images. Elle offre une large gamme de fonctionnalités pour ouvrir,
manipuler et sauvegarder des images dans différents formats. PIL permet d'effectuer des
opérations telles que le redimensionnement, le recadrage, l'ajustement des couleurs,
l'application de filtres et la génération de miniatures, facilitant ainsi le travail avec des images
dans les applications Python.

I.4. Tkinter

Tkinter est une bibliothèque standard de Python pour créer des interfaces graphiques (GUI).
Elle permet de développer des applications avec des fenêtres, des boutons, des boîtes de
dialogue et d'autres éléments interactifs. Tkinter est basé sur le toolkit Tk, qui offre une
grande flexibilité et une interface simple pour créer des interfaces utilisateur conviviales dans
des applications Python.

PFA GII 14 ENET’Com 2022-2023

 Réalisation Hadil JILANI

IV. Présentation de l’interface

V. Analyse des résultats

VI. Conclusion

PFA GII 15 ENET’Com 2022-2023

Conclusion générale et perspectives Hadil JILANI

Conclusion générale et perspectives

PFA GII 16 ENET’Com 2022-2023

Bibliographie Hadil JILANI

Bibliographies

PFA GII 17 ENET’Com 2022-2023