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Département de biotechnologie
Spécialité : Biotechnologie
Option : Cytochimie, Structure. Modélisation et Simulation des macromolécules à intérêt
agronomique et médical
MEMOIRE
Présenté par
Mme MOSTEFA DELLA Nassima
Pour l’obtention du diplôme de Magister en Biotechnologie
Thème
Nassima
III
Remerciements
Ce travail a été réalisé dans le cadre de préparation de mémoire de magistère pour
l’obtention du diplôme de magistère en « Biotechnologie ». Il n’aurait pas pu voir le jour sans
le soutien de nombreuses personnes que je tiens à remercier.
Je tiens à exprimer tous particulièrement ma gratitude à Monsieur Saadi AEK. Professeur à
l’université Hassiba Benbouali, Chlef, pour l’orientation, la confiance, la patience qui ont
constitué un apport considérable sans lequel ce travail n’aurait pas pu être mené au bon port.
J'aimerais également lui dire à quel point j’ai apprécié sa grande disponibilité et son respect.
Enfin, j’ai été extrêmement sensible à ses qualités humaines d'écoute et de compréhension tout
au long de ce travail. Qu’il trouve dans ce travail un hommage vivant à sa haute personnalité.
Je tiens à remercier Monsieur Tchouar N. Professeur à l’université d’USTMB « Oran »
d’avoir fait l’honneur de présider le jury de ce memoire. Merci pour ses conseils, ses
expériences, pour sa sollicitude et ses encouragements. .
Je remercie également Madame Kaid Harche M. et Monsieur Djabeur A. Professeurs à
l’Université d’USTMB « Oran » d’avoir accepté d’examiner ce travail.
J’aimerais adresser un remerciement particulier à Madame Hamdani F.Z., maître assistante
à l’université Hassiba Ben Bouali, pour sa sympathie, sa disponibilité, ses idées et conseils,
ainsi que pour son aide précieuse de tous les jours.
Je tiens à remercier également Madame Mdejahed F., Monsieur Kouidri M., Maîtres
assistants à l’université Hassiba Ben Bouali pour leur aide, leur gentillesse et leur soutien
tout au long de ces années.
J’aimerais également remercier Monsieur Sbaihia M. maître de conférences à l’université
Hassiba Benbouali « Chlef » pour avoir suivi mes travaux pendant la durée de ma thèse. Leur
conseils et remarques, toujours pertinents, m’ont permis de confronter et ajuster mes travaux
à des problématiques pratiques et réelles.
J’ai pu travailler dans un cadre particulièrement agréable, grâce à l’équipe des magistérants
de l’université de Chlef, Option « Préservation et valorisation des ressources
phytogénétique ». Je pense particulièrement à Mme Ziani S., Mr Mdjahed H., Mr Nedjari H.,
Mr Noui A et Mr Merouane A. Merci de m’avoir aidé et encouragé, et pour m’avoir changé les
idées quand j’en avais besoin. Merci à tous pour votre bonne humeur, pour toutes ces séances
de rires et de sourires.
J’exprime ma gratitude envers M elle Gaddouche L., Doctorante et responsable de laboratoire
des biotechnologies végétales pour la liberté qu'elle m'a accordée pour réaliser mes
IV
expériences dans son laboratoire, pour l'intérêt dont elle a fait preuve envers ma recherche,
ainsi que pour son accueil enthousiaste à chaque fois que je l'ai rencontré.
J’adresse mes remerciements à l’équipe des doctorants du laboratoire de biologie moléculaire
et microbienne pour tous les échanges techniques, scientifiques et pour leur sympathie, leur
accueil chaleureux pendant cette période de travail.
Merci à tous les membres du département de biologie de l’université de Chlef et aux
ingénieurs de laboratoires qui m’ont facilité la tâche au quotidien et qui ont contribué à me
rendre le travail plus agréable. Merci pour leurs accueille et leurs confiance.
Merci à ceux qui ont généreusement partagé leur temps et leur bienveillance pour contribuer
à la réalisation du fonds et de la forme de cette thèse.
V
Acronymes
2,4,5-T 2-4 dichlorophénoxyacétique
2,4-D 2-4 dichlorophénoxyacétique
ADN Acide Désoxyribonucléique,
GA3 Acide gibberellique,
AIA Acide indole 3-acétique,
AIB Acide indole 3-butyrique,
ANA Acide α-naphtalène,
Ads Adénine sulfate,
cDNA ADN complémentaire
AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism
APG Angiosperm Phylogeny Group,
AAD Arbitrary Amplified DNA
AP-PCR Arbitrary Primed PCR
BA Benzyl adénine
B Bourgeons apicaux
CTAB Bromure d’hexadécyltriméthyl ammonium,
BET Bromure d'Ethidium,
CC Culture cellulaire
DO Densité optique,
dNTP Désoxyribonucléide triphosphate,
Diamètre,
DAF DNA Amplification Fngerprinting
EN Entrenœud
EDTA Ethyle diamine tetra-acétate,
N Explants nodaux
F Fragments de feuilles
H Hypocotyles
ITS Internal Transcribed Spacer,
TB Intervalle de taille des bandes (pb)
KN Kinétine,
L. Lavandula
M Marqueur de taille (DNA Ladder 100pb)
Tm Melting temperature,
MB Milieu avec BA
XII
MK Milieu avec Kénitine,
MZ Milieu avec zéatine,
GD Milieu de Gresshoff et Doy,
MS/2 Milieu de Murashige et Skoog 1962 à moitié,
MS Milieu de Murashige et Skoog 1962,
NBM Nombre de bandes monomorphes
NBP Nombre de bandes polymorphes
NBT Nombre total des bandes
ISO Organisation Internationale de Normalisation,
OMS Organisation Mondiale de la Santé,
O Organogenèse
pb Paires de base,
PAM Plantes Aromatiques et Médicinales,
PGR Plants Growth Regulators,
PCR Polymerase Chain Reaction,
M (%) Pourcentage de monomorphisme
P (%) Pourcentage de polymorphisme
PM Proliferation du méristème
RAPD Random Amplified Polymorphic DNA,
RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism
STMS Sequence-Tagged Microsatellite Sites,
STR Short Tandem Repeats,
SSLP Simple Sequence Length Polymorphisms
SSR Simple Sequence Repeats,
SDS Sodium Dodicyl Sulfate
Taq Thermophilus aquaticus,
TDS Thidiazuron,
TE-AFLP Three Endonuclease
Tr/mn Tours par minute,
TAE Tris Acétate EDTA,
TE Tris EDTA,
Tris-HCl Trizma hydrochloride
ZT Zéatine,
XIII
Liste des Figures
Figure 02. Les différentes formes de feuilles selon les espèces de lavande
(Lis-Balchin, 2002)………………………………………………….. 12
VIII
d’enracinement…………………………………………………
Figure 13. Evaluation de la qualité des ADN sur gel d’agarose extraits
de feuilles de pousses régénérées par caulogenèse de L.
dentata (A) : Migration des ADN extraits suivant le protocole
décrit par Doyle et Doyle (1987) modifié, (B) Migration des
ADN extraits suivant le protocole du Kit « Extract-N-AmpTM
Plant PCR Kit »………………………………......................... 83
IX
Liste des tableaux
Tableau 01. Taxonomie du genre Lavandula (Upson et Andrews, 2004)……………. 11
Tableau 03. Les principaux composés des huiles essentielles des espèces les plus 17
importantes de Lavandula ssp. (Gonçalves et Romano, 2012)……………
Tableau 06. Les échantillons ayant servi pour les extractions d’ADN et les analyse 48
PCR-RAPD………………………………………………………………
Tableau 10. Effet des concentrations des cytokinines (BA et KN) et des combinaisons
(BA * ANA) et (KN* ANA) sur le débourrement des bourgeons
axillaires, l’élongation et le nombre de pousses par explant de Lavandula
dentata après 4 semaines de culture……………………………………… 59
Tableau 12. Evolution des taux de caulogenèse selon la composition hormonale des
milieux d’induction (avant transfert ) et de développement (après
transfert) et la nature des explants chez L. dentata. H : hypocotyles ; EN :
entrenoeuds et F : feuilles…………………………………………………. 69
Tableau 13. Aptitude à la rhizogenèse de Lavandula dentata sur les milieux
d’induction en fonction de la nature des explants et la composition du
milieu de culture après 6 semaines de culture……………………………. 72
Tableau 15. Présentation des taux de survie des plantules après 6 semaines
d’acclimatation……………………………………………………………. 78
Tableau 16. Evaluation de la qualité et la quantité des ADN extraits des feuilles de
pousses régénérées par caulogenèse de L. dentata suivant le protocole
classique décrit par Doyle et Doyle (1987) modifié……………………… 82
Tableau 17. Evaluation de la qualité et la quantité des ADN extraits des feuilles de
pousses régénérées par caulogenèse de L. dentata suivant le protocole du
Kit « Extract-N-AmpTM Plant PCR Kit »………………………………… 83
Tableau 18. Analyse des profils RAPD en termes de nombre de bandes amplifiées,
pourcentage de polymorphisme pour les différentes amorces utilisées
avec l’ensemble des plants régénérés in-vitro. P01, P02, P03, P04 : Les
différentes plants régénérés ; PM : Plante-mère.; NBT : Nombre total des
bandes ; NBP : Nombre de bandes polymorphes ; NBM : Nombre de
bandes monomorphes ; TB : Intervalle de taille des bandes (pb) ; P (%) :
pourcentage de polymorphisme (%) ; M (%) : Pourcentage de
monomorphisme (%)……………………………………………………… 85
Tableau 19. Résumé des profils RAPD des 5 échantillons (les plants régénérés et la
plante-mère) générés par l’ensemble des amorces employées. P01, P02,
P03 et P04 : les différents plants régénérés ; PM : Plante-mère………….. 86
Depuis la plus haute antiquité, l’homme s’est toujours servi des plantes que ce soit
pour se nourrir ou pour se soigner. Les plantes aromatiques et médicinales (PAM) font partie
de cette grande panoplie de plantes qui ont toujours séduit l’homme. En effet, toutes les
grandes civilisations anciennes (Chinoise, indienne, Egyptienne, Grec, Romaine, etc.) ont eu
recours à ces ressources pour se soigner, se parfumer ou pour l’utiliser dans des pratiques
rituelles (Viguier, 2006).
La phytothérapie, qui propose des remèdes naturels et qui est souvent associée aux
traitements classiques, connait de nos jours un renouveau exceptionnel dans le monde et
particulièrement en occident. En effet, la mode du « naturel » et des « médecines douces » a
donné un souffle nouveau à trois secteurs distincts : la médecine allopathique, l'industrie
pharmaceutique et la cosmétique (Viguier, 2006). Ce retour au label du naturel s’accentue
sachant déjà que, selon les statistiques de l’Organisation Mondiale de la Santé, 80 % de la
population mondiale a recours aux médecines traditionnelles pour satisfaire des besoins en
soins de santé primaire (OMS, 2003).
On estime à environ 20 000 le nombre d’espèces utilisées dans le monde à des fins
thérapeutiques. Selon l’OMS, près de 6 377 espèces de plantes sont utilisées en Afrique, dont
plus de 400 sont des plantes médicinales qui constituent 90 % de la médecine traditionnelle
(Diallo, 2005).
Dans de nombreux pays dans le monde (en Asie du Sud, en Afrique et en Amérique
latins), les PAM jouent, en plus de leur rôle dans les systèmes de soins de santé traditionnels,
un rôle économique essentiel. En effet, la promotion de la filière des PAM par certains pays a
permis de générer des entrées en devises très importantes. L'Inde est la plaque tournante de
l'exportation des plantes médicinales en Asie du Sud et l'on estime que la cueillette et la
transformation des plantes médicinales produisent au moins 35 millions de jours de travail
d'emploi par année dans ce pays seulement. (OMS, 2002 ; 2003).
2
L’Algérie compte parmi les pays riches en ressources phytogénétiques à intérêt
médicinales et aromatiques dans le bassin méditerranéen. On dénombre à plus de 300 espèces
à usage aromatique et médicinal, existant parmi les 3150 espèces végétales que compte notre
pays (Tetenyl ,1985).
La lavande, appelée Khouzama en arabe, fait partie de la grande panoplie des PAM
existante en Algérie. Le pays compte six espèces (L. multifida, L. saharica, L. antinéa, L.
stoechas, L. dentata, L. coronopifilia). Les lavandes peuvent être utilisées, selon l’espèce
considérée, comme plantes ornementales, mellifères ou productrices d'huile essentielle. Ce
sont surtout les huiles essentielles de ces plantes qui jouent un rôle économique important et
sont utilisées dans de nombreuses industries (pharmaceutiques, alimentaires et du parfum)
( Upson et Andrews, 2004).
C’est dans cet esprit que nous avons entrepris la présente étude qui entre dans le
cadre d’un projet de recherche (CNEPRU) visant la micropropagation de plusieurs espèces de
lavandes sauvages Algériennes. Nous essayons, par le biais de cette contribution, de
multiplier in vitro (micropropager) via le microbouturage, l’organogenèse et/ou
l’embryogenèse somatique, une lavande, poussant à l’état spontané dans notre pays, appelée :
lavande dentée (Lavandula dentata). L’étude en question, consiste à tester, dans une première
partie, plusieurs paramètres capables d’influencer la micropropagation à savoir : la
composition hormonale des milieux, de la nature et l’origine des explants. La seconde partie
de l’étude est consacrée à l’analyse de la conformité génétique des plants régénérés via
l’organogenèse par rapport aux plantes-mères en employant des marqueurs moléculaires
RAPD (ADN polymorphe amplifié au hasard).
3
Synthèse bibliographique
Chapitre 01
Généralités sur les
lavandes
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
6
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
7
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
1.1.2. Caractéristiques botaniques des Lamiacées
Selon Quezel et Santa (1963), les Lamiacées constituent une famille très importante
dans la flore algérienne et comprennent 28 genres et 146 espèces.
Les plantes appartenant à cette famille sont des herbes à tiges quadrangulaires souvent
renflées aux nœuds et se multipliant, en une même saison, à l’aide de rejets aériens : (stolons) ou
souterrains : (rhizomes). Leurs feuilles sont toujours simples et opposées sans stipules, ou
verticillées. Les feuilles, velues, ont un limbe à surface réduite, épais et souvent enroulé par
dessous. Elles possèdent des stomates enfoncés (protection contre l’évaporation) et un
hypoderme collenchymateux très développé (Zaabat, 2010).
Les fleurs sont hermaphrodites, elles sont regroupées à l’aisselle des feuilles
supérieures, en glomérules, eux-mêmes souvent regroupés en épis plus ou moins denses. Leur
calice persistant est formé de 5 sépales diversement soudés et a souvent 2 lèvres. La corolle
possède un tube plus ou moins long et généralement à 2 lèvres, ce qui a donné son nom à la
famille : 2 pétales forment une lèvre supérieure et 3 autres pétales, une lèvre inférieure. Les
étamines sont au nombre de 5, mais l'une d'elles est presque toujours avortée : 2 des 4 étamines
fertiles sont plus longues et 2 plus courtes (l’androcée est dit didyname). L'ovaire est supère ; les
2 carpelles sont profondément lobés, le style sort de la base des lobes (style gynobasique). Le
fruit est le plus souvent un schizocarpe (tétrakène lisse) mais a parfois un aspect charnu ou
drupacé (Zaabat, 2010).
Les Lamiacées ont un épiderme très riche en poils tecteurs et en poils sécréteurs. Ces
deux catégories de poils se retrouvent au niveau de tous les organes aériens. Ce sont des plantes
à essences dont l’odeur se dégage au simple toucher : en effet la localisation des huiles
essentielles est très externe, elles se forment dans des poils à essence et se localisent sous la
cuticule qui se soulève (Zaabat, 2010).
8
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
1.1.3. Utilisations des Lamiacées
Comme nous l’avons déjà rappelé, les Lamiacées sont connues pour la grande diversité
des métabolites secondaires qu’elles produisent et notamment les huiles essentielles. Cette
famille est donc une source importante de terpénoïdes (particulièrement les diterpènes comme
les clérodane, kaurane, labdane, pimarane, abiétane et autres) (Menezes et al., 1993). Sont
produits aussi les composés phénoliques qui constituent un groupe d’une extrême diversité et
dont les flavonoïdes font partie. Un grand nombre de composés polyphénoliques a été répertorié
chez les Lamiacées. Plus de 4 000 flavonoïdes ont été identifiés, et parmi eux 70 % des
aglycones appartiennent au groupe des flavones : l’apigénine et la lutéoline sont les plus
fréquemment rencontrées (Thomas-Barberan et al., 1990). Les flavanones sont représentées
particulièrement par la naringénine et correspondent à 10 % des aglycones. Enfin, les flavonols
représentent également 10 % des composés caractérisés (Regnault-roget, 2004).
Les huiles essentielles possèdent aussi un effet répulsif contre certains insectes
indésirables. C’est le cas, par exemple, de l’emploi de Melissa officinalis contre les moustiques
(Guignard, 2004).
9
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
1.2. Présentation des lavandes
Les espèces du genre Lavandula appartiennent à la famille des Lamiaceae. Cette famille
est subdivisée en 7 sous-familles. Le genre Lavandula appartient à la sous-famille des
Nepetoideae du fait du caractère hexaperturé des grains de pollen. La sous-famille des
Nepetoideae est divisée en 3 tribus dont celle des Ocimeae dans laquelle sont placées les
lavandes. Le genre Lavandula a été rattaché à cette tribu sur la base d‘une étude phylogénétique
conduite à partir de l‘étude du polymorphisme de séquences d‘ADN chloroplastique (Paton,
Springate et al., 2004).
10
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Tableau 01. Taxonomie du genre Lavandula (Upson et Andrews, 2004).
11
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
La morphologie des feuilles chez les lavandes est très variable (figure 02). Alors que les
feuilles du sous-genre Lavandula et Sabaudia sont simples et allongées, celles du sous-genre
Fabricia sont très diversement lobées et dentées.
Figure 02. Les différentes formes de feuilles selon les espèces de lavande (Lis-Balchin, 2002).
12
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
A l’opposé des feuilles, la structure de l’inflorescence constitue un caractère commun à
l’ensemble des lavandes. Les fleurs de lavandes sont organisées en une inflorescence composée
mixte ressemblant à un épi de cymes (mais dont les fleurs ont un pédicelle), appelé encore thyrse
spiciforme. L’inflorescence principale ressemble donc à un épi plus ou moins lâche.
L‘inflorescence secondaire est une cyme. Celle-ci est bipare et scorpioïde dans le sous-genre
Lavandula ou uniflore dans les sous-genres Sabaudia et Fabricia (Lis-Balchin, 2002; Upson,
1997).
Dans la majorité des espèces du genre, les bractées et les cymes sont opposées
décussées, ce qui donne à l’épi composé une forme quadrangulaire (Upson et Andrews, 2004).
Les bractées constituent aussi un caractère de détermination facile à observer et dont la forme et
la taille est très variable chez les lavandes. Les bractées sont situées à la base de chaque cyme, et
aussi parfois au sommet de l‘inflorescence, comme dans les sections Dentatae et Stoechas. Ces
dernières sont alors colorées et ont probablement un rôle attractif pour les pollinisateurs
(Herrera, 1997). Les bractées à la base de chaque cyme peuvent être ovales, triangulaires ou
trapézoïdales, la pointe étant plus ou moins effilée.
Le calice des lavandes est tubulaire en raison de la fusion des sépales et s‘ouvre à
l‘extrémité en deux lèvres constituées respectivement de 3 lobes dorsaux et deux lobes ventraux.
La corolle des lavandes est constituée de 5 pétales soudés formant à la base un tube et à
l‘extrémité une structure bilabiée (figure 03). Le sous-genre Sabaudia fait exception à cette
règle. Les fleurs sont alors constituées de 5 pétales soudés en étoile. Dans les autres sous-genres,
la lèvre supérieure est formée de 2 pétales soudés et la lèvre inférieure de 3 pétales formant des
lobes égaux. La plupart des lavandes ont une corolle de couleur qui va du bleu au violet avec
parfois des fleurs roses. Certaines lavandes aux fleurs blanches pourraient être la conséquence de
mutations. Enfin les fleurs des espèces du sous-genre Sabaudia sont jaunes-marrons.
13
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Figure 03. Variation morphologique des corolles chez le genre Lavandula (Lis-Balchin, 2002).
Les espèces du genre Lavandula sont pour l‘essentiel présentes dans les régions
méditerranéennes avec, au nord de la Méditerranée, des espèces du Portugal jusqu‘au Proche
Orient et, au sud, des représentants du genre à travers les pays d‘Afrique du nord jusqu‘aux pays
du Moyen Orient (des abords de la mer rouge à l‘ouest de l‘Iran. On trouve également des
espèces de lavandes à l‘ouest des côtes africaines sur les iles de la Macaronésie, ainsi qu‘au
nord-est de l‘Afrique tropicale (Somalie, Ethiopie, Erythrée et Soudan). Enfin, il existe deux
espèces de lavandes en Inde qui créent une disjonction du genre à l‘est (Figure 04).
14
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Cette aire de répartition ainsi que la position basale du genre Lavandula dans la tribu
des Ocimeae laisse penser que les lavandes dérivent d‘un ancêtre asiatique (Paton, Springate et
al., 2004).
Figure 04. Aire de répartition des espèces de lavandes dans le monde (Guitton, 2012).
Les pays sont de la couleur de la section majoritairement présente. Pour certaines sections dont la
répartition est plus restreinte, une zone de couleur indique les principales zones de présence. Jaune :
Section Pterostoechas, Violet : Sections Lavandula Stoechas, Vert foncé : Section Chaetostachys, Bleu
: Section Subnudae. Vert : Section Dentatae, Rouge : Section Sabaudia et Orange : Section Hasikenses.
15
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Dent L. Var. caractérisée par ses feuilles très découpées (dentées) et ses fleurs Originaire des Upson et
atae dentata L. candicans bleuâtres regroupées en inflorescence de type épis surmontées de bractées de îles de l’ouest de la Andrews, 2004
même couleur. méditerranée et de
l’atlantique.
Stoec L.stoe Subsp Feuilles persistantes très aromatiques, étroites, gris vert. Végétation Le Tell Upson et
has chas L. . stoechas dense formant une boule compacte. fleurs très parfumées, violet pourpre en gros méditerranéen, l’Afrique Jury,2002 ; Bouazza et al.,
épis trapus surmontés d'un toupet de bractées violettes, de mars à mai. du nord, sud-ouest de 2001
l’Asie, l’Afrique
tropicale.
Ptero L. L. Caractérisé par leur feuilles persistantes, vertes, finement découpés, Afrique du Upson et
stoechas multifida L. multifida L. très aromatique atteignent environ 1,5 pouces (3,8 cm) de long. Jeunes pousses très Nord du Maroc à Andrews, 2004 ; Bouazza
densément velue. fleurs bleu violet en Inflorescences ramifiées à l’extrémité de l'Egypte. En Tunisie dans et al., 2001
tige. Les compactes plantes atteignent 2 pieds (60 cm) de hauteur. la zone pré-désertique.
L. L. Plante en touffe rameuse. Fleurs d'un bleu foncé en épis serrés. Plante Algérie : Upson et
saharica Upson saharica dégageant une agréable odeur de lavande. Les feuilles sont petites et découpées, en Tefedest et Tassili des Jury,2002
&Jury général les lobes ne sont pas redécoupés. Ajjers ; Lybie.
Espèce
endémique.
L. Subsp Plante en touffe rameuse. Fleurs d'un bleu foncé en épis serrés. Plante Algérie : Ozenda,1991 ;
antineae Maire . antinea dégageant une agréable odeur de lavande. Les feuilles sont grandes et découpées, Hoggar et Tassili des Boucheneb et Benhouhou,
les premiers lobes étant redécoupés.. Ajjers. Niger :aîr 2012 ;Upson et Jury, 2002
16
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
L. Var. Plante en touffe rameuse. dégageant une faible odeur de lavande. Hoggar, Upson et
coronipifolia humbertii Plante de forme très variable en fonction des conditions climatiques, soit en touffe Tassili des Ajjers, Niger Jury,2002 ; Ozenda
Poir. bien verte et dense, soit elle présente des tiges grêles à peine garnies de feuilles à (Aïr). Espèce saharo- 1991 ;Boucheneb et
leur base. Les feuilles sont larges et découpées. Les fleurs sont d'un bleu profond méditerranéenne Benhouhou, 2012
Var. ponctué de taches plus foncées.
subtropica
L.
stricta Delile
17
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Les huiles essentielles de lavande sont produites dans les trichomes glandulaires
spécialisées présentes à la surface des feuilles et des fleurs. Les monoterpènes représentent les
principaux constituants des huiles et ils sont en nombre de 50 à 60 composés à être identifiés.
Le Linalol et l’acétate de Linalol sont les monoterpènes les plus abondants dans les variétés
de lavande populaires (Lane et al., 2010).
Tableau 03. Les principaux composés des huiles essentielles des espèces les plus importantes
de Lavandula ssp. (Gonçalves et Romano, 2012).
18
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Lanvandula pinnata
α et β- phellandrene Figueiredo et al., 1995
L. fil.
Fenchon, camphor,
Lavandula stoechas
myrtenyl acétate et 1.8- Giray et al., 2008
L.
cinéole
19
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
essentielles des lavandes ont été évaluées pour le traitement de la démence (Smallwood et al.,
2001) et plusieurs Lavandula spp. sont utilisées pour produire des huiles ayant des activités
antimicrobiennes, anticholinestérasiques et anti-oxydantes (Costa et al., 2012;..
Hanamanthagouda et al., 2010). En plus des substances volatiles, les lavandes produisent des
métabolites plus actifs tels que les phytostérols, les acides phénoliques et les flavonoïdes, qui
agissent comme antioxydants (Costa et al., 2011;. Georgiev et al., 2009;. Nitzsche et al.,
2004;. Spiridon et al., 2011). Les extraits de lavande ont également été rapportés avec des
propriétés appropriées pour la gestion des troubles du système nerveux central (Alnamer et
al., 2012;.. Costa et al., 2011).
Les extraits de lavande sont également utilisés dans l'industrie alimentaire en raison
de leur promotion de la santé et les effets de la nutraceutique. Hsu et al. (2007) ont constaté
que des extraits aqueux de L.angustifolia, L.vera et L. stoechas contiennent un inhibiteur de la
tyrosinase puissant et étaient utilisées comme agents de blanchiment des produits
alimentaires, alors que Kovatcheva-Apostolova et al. (2008) ont constaté que l'ajout de
l’extrait de Lavandula vera au poulet haché réduit l'oxydation des lipides et la perte d'α-
tocophérol pendant le stockage de la viande cuite, confirmant l'activité anti-oxydante de
l'extrait dans un système alimentaire réel. Les extraits et les huiles essentielles des lavandes
ont également des propriétés phytotoxiques et insecticides qui peuvent être utiles dans
l'industrie agrochimique (Haig et al., 2009 ; Pavela, 2005).
1.2.6. Maladies et Ravageurs
20
Chapitre 01. Généralités sur les lavandes
Larve :
Arima Coléopt défoliatrice très vorace. 3-4
marginata ou larve ère, adules ou
noire Chrysomelidae Adulte : larves/plante
sectionne les tiges florales
Cochenille Homopt
Les du lavandin ère Enroulement des
principaux 2
feuilles liées à l’injection
ravageurs foyers/Ha
Trionymus Pseudoc d’une toxine
printaniers
multivorus occidae
Hémiptè
re Dessèchement 3-4
Crachat du
des plantes, larves/ plante
coucou, ou cicadelle
affaiblissement, pas de Ou 4-6 larves
écumeuse cercopid montée à fleurs /m2
ae
21
Chapitre 02
Régénération de
lavande
Chapitre 02 . Régénération de lavande
Les plantes, comme tous les autres êtres vivants, naissent, se développent, se
multiplient et meurent. Dans la nature, les plantes ne se propagent pas de la même manière.
Certaines, possèdent le pouvoir de se multiplier de plusieurs façons. La voie la plus courante
est la génération sexuée, qui fait intervenir un organe de reproduction male (pollen) et une
autre femelle (ovule) qui, après fusion, donneront naissance à un nouvel individu. Il existe
aussi d’autres façons de se multiplier sans faire appel à la fusion de deux gamètes, on parle
alors de multiplication asexuée (Boutherin et Bron, 2002).
2. 1. La Multiplication naturelle
La lavande est une plante tempéré et photophiles. Elle peut être cultivée avec succès
en terres arables à très haute altitude. Comme plante, elle est très sensible à l'humidité élevée.
Toutefois, elle résiste à la sécheresse et au gel très bien. La lavande pousse très bien sur les
terres bâclée, elle a un système racinaire très profond aussi. (Baby et al., 2007).
La multiplication par semis est une opération qui consiste à mettre des grains dans un
milieu favorable en vue d’obtenir la germination puis la croissance d’une plantule (Boutherin
et Bron, 2002).
La lavande est une plante qui se multiplie par semis. Les parcelles implantées à partir
de plants de semis sont appelées « lavande de population ou lavande fine» et donnent une
qualité d’huile essentielle dite « fine ». Ce mode de multiplication, qui se réalise durant la
période de printemps, est réservé beaucoup plus aux sélectionneurs et améliorateurs qui
cherchent à obtenir des hybrides pouvant présenter des caractères génétiques intéressants
21
Chapitre 02 . Régénération de lavande
(rendement, qualité des huiles, résistances aux maladies, etc.). En effet, les plantes issues de
semis présentent beaucoup d’hétérogénéité entre elles que ce soit sur le plan morphologique,
vigueur, sensibilité aux maladies et aux insectes et même sur le plan qualité et quantité des
huiles essentielles produites (Guy, 1997).
22
Chapitre 02 . Régénération de lavande
de longueur sont plantées sur les lits à une distance de 4 à 5 cm entre eux. Les boutures sont
transplantées dans le domaine principal à un espacement de 1,20 à 1,40 m entre les lignes et
de 35 à 40 cm entre les plants d’une même ligne (Panda, 2009).
La première récolte s’effectue trois ans après la plantation. Les fleurs sont récoltées
lorsque la culture est en pleine floraison. Les inflorescences qui atteignent des longueurs ne
dépassant pas 12 cm sont recueillies pendant le jour (de préférence en temps chaud et
ensoleillé). Généralement la productivité des plantations commence par régresser après 3 à 4
ans de culture et à ce moment il faut penser à la replantation (Baby et al., 2007).
La première, utilisant des tissus méristématiques, permet d’obtenir des plantes dites
conformes, identiques à la plantes mère puisqu’elles partent de méristème préexistant dans
laquelle les cellules sont génétiquement très stable (Saadi, 1991 ; Amato, 1977 in Boxus,
1995). La plante est généralement obtenue en deux étapes successives : la production des tiges
23
Chapitre 02 . Régénération de lavande
24
Chapitre 02 . Régénération de lavande
a. La culture de méristème
C’est une autre voie de multiplication conforme des plantes. Elle permet, en se
partant d’explants de méristème d’obtenir des plantes saines indemnes de maladies (virus,
bactéries, etc.). Les méristèmes employés sont de minuscules massifs cellulaires
indifférenciés que l’on rencontre à la pointe d’une racine ou d’une tige ou rameau, formé de
petites cellules qui se divisent activement pendant la mitose. L’apex (partie centrale des
bourgeons) est placé dans un premier milieu de culture, où se développe une cal. Puis on
modifie la composition du milieu périodiquement pour que prolifère un jeune plant, à partir de
cette cal, donnant naissance aux différentes parties de la plantes. L’avantage est que les
cellules de méristème sont indemnes de virus même chez un plant malade, ce qui permet
d’obtenir une population de plantes saines (Tap et Novello, 2005).
L’usage de la culture de méristèmes chez les lavandes date depuis plusieurs années.
Elle est considérée comme «sûre» pour la préservation des caractéristiques clonales (Arie et
Beth, 1998) ce qui est extrêmement important pour la propagation des génotypes sélectionnés
et les espèces chémotypes productrices d'huiles essentielles (Andrade et al., 1999 ; Machado
et al.,2013).
Elle est aussi utilisée pour la préservation et la sauvegarde des espèces menacées par
certaines maladies. A tire d’exemple, la diminution de la longévité et de la production des
cultures de lavandin imputable à l’extension du phénomène de dépérissement a poussé
certains chercheurs à s’occuper de la régénération conforme des espèces cultivées. La
sauvegarde des espèces cultivées (lavandin) surtout en France, était plus qu’urgente surtout
que le dépérissement était attribué à une attaque potentielle de maladies pathogènes de type
mycoplasme (Ciare, 1970). Pour remédier à cela, Maia et al., en 1973, ont développé une
25
Chapitre 02 . Régénération de lavande
Depuis cette date, un certain nombre de travaux ont été consacrés, d’une part, à la
multiplication végétative conforme in vitro de lavandins Grosso (Panizza et al., 1997 ;
Chambou et al., 1992), Abrial et super (Chambou et al., 1992) et d’autre lavandes comme
Lavandula dentata et Lavandula stoechas (Touzen et Daoud, 2007) ; Lavandula latifolia
Med. (Nobre, 1996) ; etc. (tableau 2).
b. Le microbouturage
Le mirobouturage in vitro figure parmi les techniques de base les plus développée.
Il permet à partir d’un matériel de départ souvent très restreint pondéralement, d’obtenir en un
temps relativement court et dans un espace réduit, un rythme de multiplication extrêmement
élevé et donc la formation rapide d’un clone. C’est une technique qui peut être programmée et
appliquée indépendamment des saisons (Haicour, 2004).
26
Chapitre 02 . Régénération de lavande
Tableau 05. Les différentes voies de micropropagation et la nature des explants, employées
chez les lavandes (Gonçalves et Romano, 2012).
Voie de Nature
Espèce a Références
micropropagation d’explant
Lavandula latifolia Med. PM H Calvo et Segura (1989)
Sànchez-Gras et Calvo
Lavandula latifolia Med. PM N
(1996)
Lavandula stoechas L. PM B, N Nobre (1996)
(H): Hypocotyls; (B): Bourgeons apicaux; (N): explants nodaux; (F): Fragments de feuilles;
(PM): Proliferation du méristème; (O): Organogenèse; (CC): Culture cellulaire.
(a) (b)
: Les noms, des espèces de lavande, utilisés par les auteurs. : Lavandula X intermedia
Emeric ex Loiseleur.
27
Chapitre 02 . Régénération de lavande
a. L’organogénèse
28
Chapitre 02 . Régénération de lavande
b. L’embryogenèse somatique
29
Chapitre 03
Variation somaclonale
& Techniques de détection
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
3. 1. Définition
Souvent, des variations apparaissent dans la culture de tissus végétaux mais elles ne
sont pas toutes de type somaclonal. Elles doivent, pour l’être, posséder quatre caractéristiques
qui sont : la transmissibilité à la descendance par méiose ; l’irréversibilité ; l’aléatoirité et la
capacité de se produire chez les plantes régénérées (FAO, 1994).
31
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
Bien que la variation somaclonale a été largement étudiée, les mécanismes par
lesquels elle se produit restent largement inconnus (Skirvin et al., 1993 ; Skirvin et al., 1994 ).
Le type de tissu, la nature des explants, la composition hormonales des milieux de culture, la
durée de la culture, comptent parmi les principaux facteurs qui sont impliqués dans
l’induction de la variation somaclonale (Leva et al., 2012 ; Kumer, 2002 ; Bairu et al., 2011 ;
Jain et al., 1998).
Les variations induites par des facteurs physiologiques, par exemple l’exposition
prolongée à des substances de croissance (2,4-D, le 2,4,5-T), se traduisent par l’apparition de
variants entre les plantes régénérées. Souvent, ces variations sont épigénétiques et donc ne
suivent pas l’hérédité mendélienne (Rai, 2007 ; Leva et al., 2012 ; Chawla, 2002 ; Suprasanna
et al., 2009 ; Razdan, 2003 ; Kumer, 2002).
32
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
Les variants somaclonaux peuvent être détectées à l'aide de diverses techniques qui
sont largement catégorisées telles que : les techniques (de détection) morphologiques,
physiologiques, biochimiques et moléculaires. Chacune de ces techniques a ses forces et ses
limites (Bairu et al., 2011 ; Leva et al., 2012).
3. 3. 1. Détection morphologique
Les marqueurs phénotypiques sont généralement utilisés pour identifier les espèces,
les genres et les familles (Punesh, 2009). Les variants somaclonaux peuvent être détectées
facilement par des caractéristiques morphologiques, comme la vigueur de la plante, la
morphologie des feuilles, une pigmentation anormale, la densité stomatique, l'activité de la
photosynthèse, la formation de bourgeons floraux, la forme et la couleur du fruit, etc. (Israeli
et al., 1991 ; Leva et al., 2012).
33
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
normaux et les variants (Peyvandi et al., 2009). A titre d’exemple, les troubles enregistrées
dans le métabolisme des acides gibbérelliques (acides régulant la croissance et influant sur
divers processus de développement tels que l'allongement des tiges et l'induction
enzymatique) peuvent servir comme indicateur possible de variation somaclonale chez les
plantes supérieures (Phinney, 1985 ; Sandoval et al., 1995).
Les tests biochimiques représentent aussi un moyen très efficace pour détecter des
variants parmi les somaclones régénérées (Kole et Chawla 1993. Thomas et al., 2006). La
synthèse de pigments tels que : les chlorophylles, les caroténoïdes, les anthocyanes, peut être
utilisée comme indicateur pour détecter de variants somaclonaux (Shah et al. 2003).
Toutefois, l'application de la plupart des tests biochimiques semble être complexe et nécessite
une grande expertise. On note par ailleurs, que la plupart des tests biochimiques sont effectués
à petite échelle au laboratoire en utilisant des techniques in vitro. Leur application à grande
échelle (usage industriel) ne semble pas connaitre de grand succès (Daub, 1986).
Les techniques moléculaires sont des outils précieux utilisés dans l'analyse de la
conformité génétique des vitro-plants. Au niveau moléculaire, les variations dans les plantes
issues de la culture des tissus proviennent des changements dans le nombre de chromosomes,
de la structure ou des changements plus subtils dans l'ADN (Kumer, 2002 ; Gostimsky et al.,
2005).
L’étude réalisée par Botstein et al. (1980) sur la construction de cartes génétiques
utilisant le polymorphisme de restriction (RFLP) a été la première à avoir utilisé la technique
des marqueurs moléculaires rapportés dans la détection du polymorphisme de l'ADN.
Actuellement, un certain nombre de techniques moléculaires est disponible pour détecter une
variation de séquence entre les génomes étroitement liées, notamment les différences entre les
34
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
Les protéines sont des molécules organiques très abondantes dans les cellules avec
des fonctions diverses. Les isoenzymes (ou isozymes) sont des enzymes présentant une
séquence d'acides aminés différente mais catalysant la même réaction chimique. Il est bien
connu que la variation morphologique est le résultat de la variation biochimique qui s’est
exprimée comme la variation des protéines. En conséquence, la propriété discriminatoire des
protéines et des isoenzymes est une fonction du nombre de loci polymorphes qui peuvent être
identifiés et caractérisés génétiquement dans un organisme (Jarret et Gawel, 1995).
Les protéines et les isoenzymes comptent donc parmi les marqueurs moléculaires les
plus largement utilisés pour étudier la variation génétique dans la plupart des organismes
(Weising et al., 2005). Historiquement, les protéines et les isoenzymes telles que la
35
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
peroxydase, malate déshydrogénase et la superoxyde dismutase ont été largement utilisés pour
étudier la variation de la canne à sucre (Srivastava et al. 2005), les haricots (Gonzalez et al.,
2010) et Musa spp. (Bonner et al., 1974 ; Rivera, 1983).
Les marqueurs RFLP sont de bons marqueurs moléculaires. Ils peuvent être mono-
locus ou multi-locus, codominants, bi ou multi-alléliques. Ils permettent une analyse
génétique complète (Helentjaris et al., 1985).
36
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
grande quantité de tissu végétal est nécessaire pour les analyses (Piola et al., 1999). En outre,
il implique l'utilisation de réactifs radioactifs / toxique et est techniquement difficile. Ces
limitations ont conduit au développement d'une nouvelle série de méthodes techniquement
moins complexes qui sont la réaction en chaîne de la polymérase (PCR) (Kumer, 2002 ; Bairu
et al., 2011 ).
La PCR (Polymerase chain reaction) est une méthode de biologie moléculaire basée
sur l’amplification enzymatique in vitro de l'ADN (Weising et al., 2005). Dans la PCR, une
séquence d'ADN d'intérêt est amplifiée de façon exponentielle à l'aide d'amorces et une ADN
polymérase thermostable. La réaction implique des cycles répétés, chacun consistant en une
dénaturation, hybridation des amorces et des cycles d'allongement. Des techniques d'analyse
basées sur la PCR en utilisant différents marqueurs moléculaires constituent un outil essentiel
nécessaire pour révéler le polymorphisme au niveau de la séquence d'ADN et résoudre les
problèmes d'introgression ainsi que la lignée (Gostimsky et al., 2005 ; Simmons et al., 2007).
a. Le RAPD
37
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
elle a été simplifiée et les fragments peuvent maintenant être fractionnés avec l'utilisation de
l'électrophorèse sur gel d'agarose (Agarwal et al., 2008).
Techniquement, le RAPD a été décrit comme la version la plus simple de PCR avec
des amorces arbitraires utilisées pour la détection de variation de l'ADN et pour plus de
commodité (Weising et al., 2005). En plus de fournir une technique efficace pour le
polymorphisme qui permet une identification rapide et isolement des fragments d'ADN
spécifiques de chromosomes, les marqueurs RAPD sont également utiles pour la cartographie
génétique, les empreintes génétiques et l'amélioration des plantes et des animaux
(Venkatachalam et al., 2008). L'utilisation de marqueurs RAPD est particulièrement
bénéfique pour discriminer entre les matériaux qui sont génétiquement semblables, afin
d'évaluer la variabilité génétique au sein d'une collection et de choisir les composants de la
collection de base (Piola et al., 1999).
Les techniques RAPD ont été utilisés avec succès pour évaluer la relation génétique
entre de nombreuses plantes, par exemple, la canne à sucre (Devarumath et al., 2007), Le
sorgho (Singh et al., 2006) et la pomme (Bernardo Royo et Itoiz, 2004). En outre, de
nombreux auteurs ont constaté que les techniques RAPD sont utiles en examinant la variation
induite par la culture de tissus. En effet grace à cette technique de nombreux variant ont été
identifiés chez la pêche (Hashmi et al., 1997), la canne à sucre (Taylor et al., 1995), les
orchidées (Chen et al., 1998) et les bananes (Bairu et al., 2006). On note cependant que
parfois cette technique montre des limites et n’arrive pas à déceler des variants chez certaines
espèces végétales.
b. Le AFLP
38
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
Les techniques AFLP génèrent des empreintes digitales de tout ADN à partir de
n'importe quelle source, même sans aucune connaissance préalable de la séquence d'ADN et
une étude récente a montré qu'il peut être utilisé pour distinguer les sujets étroitement liés au
niveau sous-espèces (Althoff et al., 2007). Cela montre que AFLP est une technique de
marqueur très sensible et fiable qui pourrait être utile pour détecter les altérations génomiques
spécifiques liés à la variation de la culture de tissus et d'identifier les différents génotypes.
La technique d’AFLP a été utilisée pour étudier la variation somaclonale induite par
la culture de tissus chez des nombreuses espèces telles que le café (Sanchez-Teyer et al.,
2003), Echinacea purpurea (Chuang et al., 2009), le Chêne-liège (Hornero et al., 2001) et les
bananes (James et al., 2004). Cependant, la technique nécessite souvent plus de travail avec
39
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
l'optimisation et est relativement plus cher que RAPD (Weising et al. 2005). En outre, la
technique nécessite des échantillons d'ADN de haute qualité qui sont souvent difficiles à
obtenir avec certaines plantes comme les conifères (Piola et al., 1999).
c. Marqueurs microsatellites
Contrairement à toutes les techniques basées sur la PCR expliquées ci-dessus qui
sont arbitrairement amorcées ou non spécifiques, les techniques de marqueurs microsatellites
sont basées sur la séquence cible. Ils sont également connus comme simple sequence repeats
(SSR), short tandem repeats (STR), sequence-tagged microsatellite sites (STMS) et simple
sequence length polymorphisms (SSLP) (Albani et Wilkinson, 1998 ; Hautea et al., 2004). Les
microsatellites sont constitués de courtes séquences d’ADN réitérées (un à cinq) qui sont
abondantes et se produisent comme éléments répétitifs entrecoupés dans tous les eucaryotes
ainsi que dans de nombreux génomes de procaryotes. Les techniques de marqueurs
microsatellites utilisent la variation intra et inter individuelle dans les microsatellites ou dans
les régions à séquences simples répétées pour les analyses d'empreintes génétiques (Agarwal
et al., 2008).
40
Chapitre 03. Variation somaclonale et techniques de détection
marquée par fluorescence. Par la suite, les produits amplifiés par PCR sont séparés sur gel de
polyacrylamide dénaturant et visualisés par autoradiographie, fluorimétrie ou la coloration
avec de l'argent ou du bromure d'Ethidium (Weising et al., 2005). Bien que relativement cher,
l'utilisation de amorces microsatellites étiquetés par fluorescence et la détection de laser dans
les procédures génotypage a considérablement amélioré le débit et l'automatisation de cette
technique (Wenz et al., 1998).
Les marqueurs microsatellites ont été trouvés extrêmement utiles pour établir la
stabilité génétique de plusieurs plantes micropropagées telles que le sorgho (Zhang et al.,
2010), le peuplier faux-tremble (Rahman et Rajora, 2001), la vigne (Welter et al., 2007), le
blé (Khlestkina et al., 2010) et la canne à sucre (Singh et al., 2008b).
41
Etude expérimentale
Chapitre 04
Matériel & Méthodes
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
L’espèce de lavande ayant fait l’objet de cette étude est Lavandula dentata. Les
plantules, ayant servi au prélèvement des explants, sont obtenues par vitrosemis à partir de
graines récoltées en juin 2011 de la région de Ténès (willaya de Chlef) (figure 05).
Le choix des explants a été effectué selon la voie de multiplication empruntée lors de
cette étude. Le matériel végétal destiné à l’établissement du microbouturage est constitué des
segments nodaux (1 à 2 cm de long) contenant un à deux bourgeons axillaires. Quant à la voie
de l’organogenèse et/ou de l’embryogenèse somatique, ce sont les entre-nœuds, les feuilles et
les hypocotyles qui ont servi comme explants.
Figure 05. Aspect d’une plante entière (A), de graines, de feuilles et de plantules
issues de la germination (in vitro) de Lavandula dentata.
44
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
Avant la stérilisation des milieux de culture, leur pH est ajusté à 5,7 à l’aide d’une
solution de NaOH (1N) et de HCL (1N), puis solidifié par 7 g/l d’agar. Une fois le milieu est
préparé, il est stérilisé dans l’autoclavage à une température de 120°C pendant 20 minutes et
sous une pression de 2 bars. Après stérilisation, les milieux sont répartis dans des boites de
Pétri (90 mm de Ø) à raison de 20 ml par boite.
45
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
A B
C D
Figure 06. Les différentes étapes de microboutures de Lavandula dentata (A): Les
vitroplants utilisés pour prélever les microboutures ; (B et C): Les zones de section et tailles
des microboutures; (D) Ensemencement des microboutures.
46
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
A B
C D
Figure 07. Mise en culture des différents explants obtenus des vitroplants de 2eme
génération (A) : plantules issues de repiquage des vitrosemis dans le milieu MS
dépourvu d’hormones âgées de 8 semaines, (B) (C): les types d’explants testés : des
entrenœuds de 0,5 à 1 cm de longueur, des feuilles, (D): ensemencement.
Les plantules (vitroplants) ayant fait l’objet de cette étude ont été régénérées par
organogenèse. Les analyses sont réalisées sur de jeunes feuilles prélevées de ces plantules
(vitroplants). Ce sont les plantules régénérées sur les milieux figurant dans le tableau 06 qui
ont été analysées.
47
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
Tableau 06. Les échantillons ayant servi pour les extractions d’ADN et les analyse PCR-
RAPD.
Milieu de
Echantillon Composition du milieu de croissance
croissance
P01 MB8 0,5 mg/L BA, 0,5 mg/L ANA.
P02 MZ6 01 mg/L ZT, 0,5 mg/L ANA.
P03 MK12 0,5 mg/L KN, 0,1 mg/L ANA.
P04 MZ12 0,5 mg/L ZT, 0,1 mg/L ANA.
PM MS0 MS sans hormones
Diverses techniques ont été développées par plusieurs auteurs qui sont devenus des
références en la matière (Doyle et Doyle, 1990 ; Edwards et al., 1991 ; Krizman et al., 2006).
Il existe aussi des kits d’extraction commercialisés qui permettent une meilleure utilisation du
temps et augmentent la quantité d'ADN extrait.
Lors de cette étude, nous avons testé deux méthodes d’extraction d'ADN. Une
première, technique classique décrite par Doyle et Doyle (1987) et améliorée par Belkadi
(2003), utilise le mélange Phénol/Chloroforme. La seconde, utilise un kit d'extraction
commercial " Extract-N-Amp TM plant PCR kits"(Tableau 07).Dans notre cas, compte tenu de
l’absence d’un protocole spécifique à l’extraction de l’ADN chez les lavandes, nous étions
amené, après avoir effectué plusieurs essais, à adopter un protocole ayant donné satisfaction
avec d’autres espèces végétales.
48
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
Lors de cette étude, nous avons testé deux protocoles d’extraction d’ADN.
Le second, est un protocole classique s’inspirant de celui décrit par Doyle et Doyle
(1987). Dans ce protocole nous avons remplacé le détergent CTAB (Bromure
d’Hexadécyltriméthyl Ammonium) par le SDS (Sodium Dodécylsulfate) qui permet de
dissoudre efficacement les sucres et de faire précipiter l’ADN (en présence des bonnes
concentrations de sels).
L’extraction de l’ADN se fait à partir de 0,2 g de feuilles broyées puis mises dans
des tubes à Eppendorf de 1,5 ml. A ce broyat s’ajoute un tampon d’extraction composé de
1,4M NaCl, 20 mM EDTA, 100 mM Tris-HCl, pH 8,0, suivi d’une agitation vigoureuse du
mélange à l'aide du vortex. Puis, après ajout de 33 µl de SDS et agitation, le mélange sera
incubé à une température de 55°C pendant 30 mn. Après refroidissement, la préparation est
soumise à une étape de déprotéinisation en procédant à un lavage avec le mélange
phénol/chloroforme/alcool isoamylique (24: 25: 1), suivi d’un autre lavage avec
chloroforme/alcool isoamylique (24: 1). Ceci permet la neutralisation ou l’élimination, par le
chloroforme, de toutes traces de phénol naturellement présent dans les feuilles. La séparation
entre la phase organique et la phase aqueuse contenant l'ADN se fait après agitation par
centrifugation à 10 000 tr/mn pendant 10 mn.
La phase aqueuse est additionnée d'un volume égal d'isopropanol froid afin de faire
précipiter l'ADN. Le mélange est alors incubé à - 23°C pendant 2 h puis centrifugé à 10 000
tr/mn pendant 10 mn. Le culot d'ADN est lavé avec de l'éthanol à 70 % puis séché à
température ambiante. Une fois séché, il est resuspendu dans 50-100 µl d'eau ou du tampon
TE (Annexe III).
49
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
La qualité de l’ADN extrait a été d’abord vérifiée sur gel d’agarose (0,8%) puis par
mesure de la densité optique (DO) (de l’extrait) à 260 nm. En effet, 09 µl d’ADN plus 2 µl de
tampon de charge (Proméga) déposé dans les puits du gel, ont été migrés dans le tampon TAE
(Tampon Tris acétate EDTA 0,5x à pH 8), pendant 01 h à 135V. Après sa coloration dans un
bain de Bromure d’Ethidium (BET) à 0,1%, le gel a été visualisé sous UV.
Par ailleurs, la quantité d’ADN extraite a été évaluée par la mesure de la DO à 260
nm. Elle est déterminée selon la formule suivante : Quantité d’ADN (ng/µl) = valeur
d’absorbance à 260 nm x 50 x facteur de dilution. Une autre mesure de la DO à 280 nm a
permis d’évaluer la quantité de protéines contenue dans la suspension d’ADN. Ainsi le
rapport entre ces deux mesures DO260/DO280 constitue un moyen évaluatif numérique
permettant d’apprécier la qualité ou la pureté de notre extrait d’ADN. En effet, plus ce rapport
tend vers 2 plus l’extrait d’ADN est de qualité meilleure ou pure et son utilisation dans
plusieurs techniques d’amplification est vouée au succès.
50
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
Le Mix est ensuite reparti de façon homogène dans les tubes à Eppendorfs. En
dernier lieu 2 µl de l'ADN est ajouté tube par tube en veillant bien à changer de cône après
chaque opération. Dans chaque tube, le mélange final (Mix + ADN) est recouvert par une
goutte de paraffine liquide afin de limiter l'évaporation.
Nombre de
Les différentes étapes Température Durée
répétitions
01 Dénaturation initiale 94° C 1mn 01
Dénaturation 94° C 1 mn
02 Hybridation 29° C 1 mn 45 cycles
Elongation 72° C 2 mn
03 Extension finale 72° C 10 mn 01
51
Chapitre 04. Matériel & Méthodes
Tableau 09. Les caractéristiques des 08 amorces décamères RAPD utilisées (séquences,
température d’hybridation et pourcentage de CG).
Température
Amorces Pourcentage
Séquences (5’-3’) d’hybridation
décamères de CG (%)
(Tm °C)
OPA-01 CAGGCCCTTC 29 70
OPA-03 AGTCAGCCAC 29 60
OPA-04 AATCGGGCTG 29 60
OPA-05 AGGGGTCTTG 29 60
OPA-08 GTGACGTAGG 29 60
OPA-10 GTGATCGCAG 29 60
OPA-14 TCTGTGCTGG 29 60
OPW-12 TGGGCAGAAG 29 60
Les produits amplifiés sont séparés par électrophorèse horizontale en gel d’agarose
(1,5 %) dans du tampon TAE (1X). La taille des produits amplifiés a été déterminée par
comparaison avec un marqueur de taille (100 pb DNA ladder). Après une migration à 135V,
les gels sont plongés dans un bain de bromure d’éthidium (0,1%) qui se fixe sur les acides
nucléiques, pendant 10 à 15 mn. Les gels sont ensuite visualisés sous UV. Les fragments ont
été marqués comme une variable binaire : présence (1) et absence (0) de la bande.
Pour chacun des échantillons et pour chaque amorce, la lecture visuelle des gels a
permis de noter les bandes polymorphes. Ainsi, nous avons attribué la valeur 1 pour les
bandes présentes et 0 pour les bandes absentes. Après saisi des données correspondantes à la
matrice binaire obtenue, le programme ANALYSIS CLUSTER du logiciel PAST, a permis
d’élaborer un dendrogramme et une matrice basée sur l’indice de JACCARD de similarité
génétique entre les différents variants somaclonaux de lavande étudiés.
52
Chapitre 05
Résultats & Discussion
Chapitre 05. Résultats & Discussion
Chapitre 5. Résultats et Discussion
54
Chapitre 05. Résultats & Discussion
Les paramètres qui influencent le microbouturage sont très nombreux (l’effet
génotypique, la nature des explants, la composition minérale et hormonales des milieux
de culture, etc.). Lors de cette étude, compte tenu des moyens disponibles au niveau de
notre laboratoire, nous nous sommes limités à tester seulement l’effet de la composition
hormonale des milieux de culture sur le taux de multiplication de Lavandula dentata par
microbouturage.
55
Chapitre 05. Résultats & Discussion
étape est suivie par l’émergence d’une ou de plusieurs pousses végétatives feuillées à
partir de chaque bourgeon au bout de la quatrième semaine (figure 08 : A, B et C).
56
Chapitre 05. Résultats & Discussion
(Thymus persicus ;Thymus moroderi ;Thymus lotocephalus (Bakhtiar et al., 2014 ;
Marco-Medina et Casas, 2014 ; Coelh, 2012), les Menthes (Mentha Species)
(Banthorpe, 1996) ou les sauges (Salvia brachyodon) (Misic et al., 2006).
Le débourrement des bourgeons axillaires sous l’action des cytokinines est très
fréquent sur de nombreuses autres plantes herbacées telle la pégane (Peganum harmala)
(Kawar et al., 2005) ou ligneuses comme l’olivier (Olea europea) (Bradha et al., 2003),
l’arganier (Argania spinosa L. Skeels) (Ziani, 2014), le chêne (El Kbiach, 2002), le
pistachier (Benmahioul, 2009), etc.
Notons par ailleurs que le débourrement des bourgeons ne s’est pas produit
exclusivement sur les milieux à cytokinines, il y a eu même des résultats positifs avec
les milieux témoins M0 (milieux MS dépourvus d’hormones). En effet, les résultats du
débourrement sont très intéressants puisqu’ils ont permis d’obtenir des taux avoisinant
les 90 % (tableau 10). Même observation pour l’élongation, le seul inconvénient
(comparativement aux résultats précédents) que nous avons pu noter concerne le
nombre de pousses régénérées par bouture qui demeure très faible (01pousse par
bouture) comparativement aux résultats obtenus avec les cytokinines.
D’après les résultats du tableau 10 , les milieux dans lesquels nous avons
mélangé différentes concentrations des cytokinines (BA et KN) avec l’acide naphtalène
acétique (ANA) n’ont pas permis des améliorations notables du taux de débourrement,
de l’élongation des pousses ou du nombre moyen de pousses par explant (microbouture)
par rapport aux résultats obtenus en milieux pourvus de cytokinines seules.
57
Chapitre 05. Résultats & Discussion
Ce sont les combinaisons établies entre (BA * ANA) qui donnent les meilleurs
scores. Les résultats, obtenus après 4 semaines de culture, montrent que la combinaison
(0,5 mg/L de BA * 0,1 mg/L d’ANA) donne un taux de débourrement de l’ordre de
91,66 %. Ce taux est similaire à celui obtenu en employant la BA seule à 0,5 mg/L.
C’est en présence de la combinaison (1mg/L BA * 0,01mg/L ANA) qu’il y a eu une
légère amélioration des résultats du nombre moyen de pousses régénérées par explant
(9,20 ± 1,79 pousses par explant) (figure 08 : D, E et F).
58
Chapitre 05. Résultats & Discussion
Tableau 10. L’effet des concentrations des cytokinines (BA et KN) et des combinaisons
(BA * ANA) et (KN* ANA) sur le débourrement des bourgeons axillaires, l’élongation
et le nombre de pousses par explant de Lavandula dentata après 4 semaines de culture.
Importance des cals: (-): absence ; (+): présence avec Ø ≤ 0,5 cm, (++): 0,5-1 cm,
(+++): 1-1,5 cm.
Taux de Caractéristiques
BA KN ANA
Milieux (mg/L) (mg/L) (mg/L)
débourrement Elongation Nombre de pousses Importance de
(%) (cm) par explant la callogenèse
M0 0 0 0 90,00 1,56 ± 0,75 1,00 ± 0,25 -
M1 0,1 0 0 91,66 2,92 ± 1,13 4,00 ± 1,41 -
M2 0,5 0 0 91,66 2,24 ± 0,21 3,20 ± 1,78 -
M3 1 0 0 83,33 5,12 ± 1,36 3,20 ± 0,83 -
M4 2 0 0 75,00 2,02 ± 0,48 8,20 ± 2,28 -
M5 0 0,1 0 66,66 3,02 ± 1,49 2,60 ± 1,34 -
M6 0 0,5 0 79,16 2,40 ± 0,54 2,40 ± 0,89 -
M7 0 1 0 70,83 0,99 ± 0,13 7,20 ± 2,68 -
M8 0 2 0 83,33 1,08 ± 0,19 8,00± 2,00 -
M9 0,1 0 0,01 75,00 1,80 ± 0,21 7,60 ± 2,19 +
M10 0,5 0 0,01 83,33 1,46 ± 0,32 8,80 ± 2,68 +
M11 1 0 0,01 75,00 1,3 ± 0,26 9,20 ± 1,79 +
M12 2 0 0,01 79,16 1,82 ± 0,19 7,60 ± 2,61 +
M13 0,1 0 0,1 20,83 4,40 ± 1,23 3,20 ± 1,10 ++
M14 0,5 0 0,1 91,66 1,96 ± 0,34 2,80 ± 1,10 ++
M15 1 0 0,1 70,83 1,12 ± 0,23 3,80 ± 1,10 -
M16 2 0 0,1 79,16 1,56 ± 0,30 3,20 ± 1,10 ++
M17 0 0,1 0,01 79,16 1,00 ± 0,19 1,80 ± 0,45 -
M18 0 0,5 0,01 70,83 0,95 ± 0,57 3,20 ± 1,79 -
M19 0 1 0,01 79,16 1,20 ± 0,13 4,40 ± 3,29 -
M20 0 2 0,01 83,33 1,00 ± 0,18 4,80 ± 2,95 -
M21 0 0,1 0,1 87,50 0,70 ± 0,16 3,60 ± 1,67 -
M22 0 0,5 0,1 87,50 1,00 ± 0,41 4,80 ± 1,35 -
M23 0 1 0,1 83,33 1,40 ± 0,13 3,60 ± 1,67 -
M24 0 2 0,1 83,33 1,30 ± 0,21 2,40 ± 0,89 -
59
A B C
D E F F
Figure 08. L’effet des cytokinines seules (A, B et C) et des combinaisons Auxines *
Cytokinines (D, E et F) sur le développement des microboutures obtenues à differents stades.
5.1.2. Aptitude à la régénération par organogenèse
Lors de cette étude nous avons relevé que la nature des explants et la
composition hormonale des milieux de culture, compte parmi les facteurs
déterminants du processus de la callogenèse (tableau 11).
En effet, concernant l’effet de la nature des explants, nous avons noté que
les hypocotyles suivis des entre-nœuds réagissent le mieux à la callogenèse et
donnent des cals plus développés (taille) que ceux produits par les feuilles. Quant au
pourcentage de la callogenèse, les explants ont exprimés quelle que soit leur nature
sur un milieu donné, des taux maximum (100 %).
Nous avons pu constater que malgré l’apparition tardive des cals issus des
d’hypocotyles, ils connaissent une croissance plus rapide et donc plus importante
que ceux produits par les entre-nœuds et les feuilles.
C D
E F
Notons par ailleurs, que la texture des cals varie en fonction de la nature des
cytokinines employées. Les cals produits en présence de ZT et de BA, se
caractérisent en général par une texture friable alors que ceux obtenus avec la KN,
sont de nature compacte.
Dans le tableau 12, nous avons rapporté uniquement les résultats des
milieux dont la composition hormonale avait permis une induction de bourgeons sur
au moins un type dʼexplant. Au vu des résultats présentés dans ce tableau, il apparaît
que l’obtention de bourgeons adventifs (caulogenèse) est possible chez l’espèce
Lavandula dentata et qu’elle est tributaire à la fois de la composition hormonale de
milieu et de la nature des explants employés.
Les résultats du tableau 12 montrent que seuls les milieux où sont combinés
les auxines et les cytokinines permettent des réponses favorables à la caulogenèse.
Par contre, aucune réponse n’a été décelée sur les milieux à auxines ou à cytokinines
seules. Les meilleurs taux de caulogenèse (25 %) ont été enregistrés sur le milieu
d’induction MZ12 avec les explants d’entre-nœuds.
Parmi les observations que nous avons pu faire est que parfois les milieux
d’induction servent à la fois à l’induction de cals et de bourgeons mais aussi au
développement de ces bourgeons en pousses végétatives. Les milieux ayant permis
cela contenaient souvent des rapports (auxines / cytokinines) en faveur des
cytokinines. C’est le cas des cals obtenus sur milieu MZ6 où les taux de caulogenèse
sont passés de 20 à 62,50 % (après transfert sur milieu de développement MZ2) et
de 20 à 41,66 % (après transfert sur milieu de développement MZ1). Seulement, il
faut signaler que ces transferts ne conduisent pas tous nécessairement à des
améliorations notables des taux de caulogenèse comme c’est le cas de ceux effectués
sur les milieux à KN.
Dans notre étude, c’est surtout la ZT qui semble posséder les meilleures
performances vis à vis de la caulogenèse comparativement aux autres cytokinines.
Ces résultats corroborent avec les travaux de Sihachakr et al. (1994) ayant porté sur
l’induction et le développement des bourgeons à partir de protoplastes de pomme de
terre douce et par Kpare (1992) sur Acacia raddiana.
Tableau 12. Evolution des taux de caulogenèse selon la composition hormonale des
milieux d’induction (avant transfert ) et de développement (après transfert) et la
nature des explants chez L. dentata. H : hypocotyles ; EN : entrenoeuds et F :
feuilles.
C D E
F G
Sur les milieux testés pour induire la caulogenèse, on a relevé que certains induisent
plutôt la rhizogenèse. C’est sur les milieux combinant les auxines et les cytokinines que les
racines sont induites à partir de cals. Le tableau 13 présente les milieux ayant induit la
rhizogenèse en fonction de la nature des explants, après 6 semaines de culture.
D’après les résultats du tableau 13, ce sont les milieux à ANA combinés aux
cytokinines ZT ou KN (avec un rapport avoisinant 1) qui semblent favoriser la rhizogenèse.
Les meilleures réponses (97,83 %) ont été obtenues avec l’emploi de 0,5 mg/L d’ANA et 0,5
mg/L de ZT (milieu MZ5). Lorsque le rapport ANA / cytokinines est en faveur de ces
derniers, les réponses à la rhizogenèse diminuent comme c’est le cas des milieux MZ7 (02,04
%) et MK18 (31,25 %).
Nous avons relevé aussi que certains milieux étaient favorables à la fois et pour la
caulogenèse et pour la rhizogenèse. En effet, un milieu comme le MZ6 a permis une
caulogenèse de 20 % et une rhizogenèse de 27,5 % (tableaux 12 et 13).
On note par ailleurs que l’emploi du 2,4-D comme source d’auxine n’a pas eu
d’effet sur la rhizogenèse.
Quant à l’effet de la nature des explants sur la rhizogenèse, nous avons constaté que
les hypocotyles réagissent le mieux à ce processus (97,83 %), suivis des entre-nœuds (39,39
%).
L’usage des mélanges (auxines * cytokinines) peut induire une rhizogenèse sur
l’ensemble des explants testés surtout lorsque la balance hormonale est en faveur des auxines.
Ce constat classique, décrit par de nombreux auteurs (Zrÿd, 1989 ; Margara, 1989 ; Augé,
1989), s’est aussi reproduit dans nos expériences sur lavandula dentata. Nous avons relevé
aussi que les transferts de cals, effectués sur des milieux à ANA seules, conduisent toujours à
la formation de racines. Selon Calvo et Segura (1988), l’addition de l’auxine seule aux
milieux d’induction parait plus favorable à l’induction de racines chez L. stoechas et L.
latifolia.
Tableau 13. Aptitude à la rhizogenèse de Lavandula dentata sur les milieux d’induction en
fonction de la nature des explants et la composition du milieu de culture après 6 semaines de
culture.
Composition du milieu
Milieu Nature d’explant Rhizogenèse (%)
(mg/L)
MZ5 0,5 mg/L ZT + 0,5 mg/L ANA H 97,83
MZ6 01 mg/L ZT + 0,5 mg/L ANA H 27,50
MZ7 02 mg/L ZT + 0,5 mg/L ANA H 02,04
MK5 0,5 mg/L KN + 0,5 mg/L ANA H 46,38
MK17 0,01 mg/L KN + 0,01 mg/L ANA EN 39,39
MK17 0,01 mg/L KN + 0,01 mg/L ANA H 36,11
MK18 0,1 mg/L KN + 0,01 mg/L ANA EN 31,25
5.1.3. Aptitudes à l’enracinement des pousses régénérées et leurs
acclimatations
Les observations que nous avons pu faire après une semaine de transfert sur
les milieux d’enracinement (quelle que soit leur composition hormonale), est que
des primordias racinaires commencent par apparaître à la base de chaque pousse
(Figure 11). Le taux d’enracinement, la densité et l’élongation des racines varient en
fonction de la composition hormonale des milieux et de la durée d’exposition des
pousses sur ces mêmes milieux (Tableau 14).
Cela n’a pas était le cas lors de cette étude puisque les milieux sans
hormones ont permis parfois des taux d’enracinement meilleurs sinon proches à
ceux obtenus en présence d’ANA. A ce sujet, il a été constaté que, si les auxines
avaient parfois des conséquences négatives sur l’enracinement, c’était à cause de
leur faible mobilité survenant juste après l’effet inductif qu’elles exercent sur les
pousses et sont plutôt favorable à la callogenèse. Ce constat est rapporté par de
nombreux auteurs comme Auge et al. (1989) et Margara (1989).
Tableau 14 : Aptitude à l’enracinement des pousses régénérées en fonction de la
nature des explants et la composition du milieu après 6 semaines de culture.
Composition
hormonale des Taux Caractéristiques
Origine des pousses milieux d’enracinement
végétatives BA ANA Elongation Nombre de racines
(%)
(mg/L) (mg/L) (cm) par plantule
C D
Quelle que soit la méthode d’enracinement choisie, les plantes obtenues doivent être
acclimatées (accoutumées) aux conditions extérieures. Cette étape est souvet délicate car il
s’agit pour la plante de passer des conditions d’humidité saturante du tube de culture à celles
de l’extérieures.
Lors de cette étude, nous avons transféré les vitroplants, quelles que soient leurs
voies de régénération, sur des plaques alvéolées en plastique contenant un substrat composé
exclusivement de tourbe stérilisée (pendant 2 heures à 120° C). Les plantules une fois sorties
des tubes à essais, elles sont directement transplantées sur ces alvéoles tout en les couvrant
d’un film plastique afin d’amortir le stress de sevrage (sortie des plantules du tube vers
l’extérieur). Après deux jours du transfert, le film plastique est enlevé et les plantules
séjourneront dans la chambre de culture pendant deux semaines dans des conditions de
température de 23 ± 2 °C et une photopériode de 16/8. Pendant ce temps, les plantules sont
arrosées régulièrement par une solution de MS diluée.
Après 2 semaines, les plantules sont transplantées dans des pots, contenant de la
tourbe stérile, et placées dans une serre en plastique. L’arrosage est toujours assuré avec la
solution MS/2.
Les résultats d’acclimatation ont montré que les plantules de Lavandula dentata,
issues des différents milieux s’adaptent difficilement (tableau 15). Ce sont les plantules
issues de microbouturage qui réussissent le mieux leur adaptation (figure 12). Environ 51 %
des plantules transférées flétrissent au bout de la première semaine de transfert et finissent par
mourir. Les 49 % restantes s’acclimatent et terminent leur croissance et développement.
Ce sont surtout les plantules issues de caulogenèse qui paraissent plus fragiles
comparativement aux plantules issues du microbouturage. En effet, le taux de réussite est de
27.77 % contre 58,78 pour les plantules microbourées.
Les vitroplants développés sur les milieux ont réussi à avoir un développement
important de la partie aérienne et la partie racinaire. Aucun signe de malformation n’a été
observé sur les vitroplants acclimatés (Figure 12).
D’après Auge (1989), les facteurs de réussite de l’acclimatation sont basés surtout
sur le contrôle des conditions extérieures. Le mélange 2/3 tourbe et 1/3 sable (ou perlite) est
fréquemment employé comme substrat d’acclimatation. En plus, l’humidité relative est l’un
des facteurs le plus important. Passant d’un microclimat strictement contrôlé au climat d’une
serre, le plant doit être placé le plus rapidement possible dans une atmosphère à humidité
relativement élevée et bien contrôlée.
Les taux de survie que nous avons obtenu corroborent avec ceux annoncés par Jordan
et al,. (1998) et qui sont de l’ordre de 55 %. Ils sont cependant inférieurs à ceux rapportés par
Echeverrigaray et al. (2005), qui signalent avoir atteint des taux de 87 % avec l’espèce
Lavandula dentata. La qualité du système racinaire est crucial pour une bonne acclimatation
de sorte que ces résultats pourraient être expliqués par des différences dans la stratégie
d'enracinement. Jordan et al., (1998) ont utilisé un milieu exempt d'auxine alors que
Echeverrigaray et al., (2005) ont utilisé l’ANA pour augmenter significativement le nombre
de racines.
Tableau 15: Présentation des taux de survie des plantules après 6 semaines
d’acclimatation.
B C
D E
Figure 12: Aspect des plantules régénérées in-vitro à différents stades de développement au
cours de la phase d’acclimatation.
Lors de cette étude deux protocoles d’extraction d’ADN ont été testés. Le
premier, décrit par Doyle et Doyle (1987) modifié, est classique et le second, emploi
un Kit commercial dénommé « Extract-N-AmpTM Plant PCR Kit » .
Les impuretés constatées dans nos extraits d’ADN peuvent être expliquées
par la présence de contaminants tels que les polyphénols et les polysaccharides et
une possibilité de contamination par les protéines (Sambrook et Russel, 2001). Les
composés phénoliques s'oxydent lors de l'extraction et interagissent de manière
irréversible avec les protéines et les acides nucléiques pour former une matrice
gélatineuse. Cette matrice pourrait empêcher l'extraction et une amplification
correcte de l’ADN (Sousa et al., 2012). Ils induisent aussi des oxydations et des
dégradations de l'ADN (Dabo et al., 1993).
Bien que plusieurs protocoles d'extraction d'ADN, qui sont utilisés avec
succès pour des espèces végétales contenant les polysaccharides et les polyphénols,
ont été développés, aucun d'entre eux sont universellement applicables à toutes les
plantes (Varma et al., 2007).
Dans la plupart des cas, les tissus frais sont utilisés pour l'extraction des
acides nucléiques, car la dégradation et d'autres processus biochimiques
commencent immédiatement une fois le tissu retiré de son environnement (Abu
Almakarem, 2012).
Quantité
DO230 DO260 DO280 DO260/DO280 DO260/DO230
(ng/µL)
P01 0,331 0,249 0,254 0,98 0,75 996,00
Figure 13 : Evaluation de la qualité des ADN sur gel d’agarose extraits de feuilles de pousses
régénérées par caulogenèse de L. dentata (A) : Migration des ADN extraits suivant le
protocole décrit par Doyle et Doyle (1987) modifié, (B) Migration des ADN extraits suivant
le protocole du Kit « Extract-N-AmpTM Plant PCR Kit ».
Toujours selon les résultats du tableau 18, nous constatons que les amorces
OPA-01, OPA-03, OPA-04 et OPA-10 ont toutes générées des bandes polymorphes.
Sur les 28 bandes générées au total, 16 sont polymorphes. Seule l’amorce APW-12 a
donné des bandes totalement monomorphes (aucun polymorphisme) dont les tailles
sont comprises entre 160 et 290 pb.
NBT NBP
Amorces
P01 P02 P03 P04 PM P01 P02 P03 P04 PM
OPA-01 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1
OPA-03 5 7 5 5 5 1 3 1 1 1
OPA-04 7 4 4 6 6 5 2 2 4 4
OPA-10 2 4 4 2 2 0 2 2 0 0
Opw-12 2 2 2 2 2 0 0 0 0 0
NBT 19 20 18 18 18 7 8 6 6 6
Séquences NBT TB NBP P (%) NBM M (%)
OPA-01 5’CAGGCCCTTC3’ 4 130-1000 2 50,00 2 50,00
OPA-03 5’AGTCAGCCAC3’ 8 240-660 4 50,00 4 50,00
OPA-04 5’AATCGGGCTG3’ 10 100-1600 8 80,00 2 20,00
OPA-10 5’GTGATCGCAG3’ 4 130-1000 2 50,00 2 50,00
Opw-12 5’TGGGCAGAAG3’ 2 160-290 0 0,00 2 100,00
C’est avec le variant P02 que nous avons enregistré le maximum de bandes
(20) (total des bandes générées par l’ensemble des amorces) dont 8 sont
polymorphes (tableau 19). Il est suivi du P01 avec un total de 19 bandes dont 7
polymorphes et des variants P03, P04 et la plante mère (PM) qui génèrent 18 bandes
dont 6 sont polymorphes pour chacun d’eux.
Nous avons noté aussi que les tailles des différentes bandes générées
varient entre 100 pb et 1600 pb pour l’ensemble des plants testés. Cependant, il y a
lieu de rappeler que certaines bandes étaient spécifiques à certains variants. C’est le
cas par exemple du variant P01 qui a généré deux bandes spécifiques de 1550 pb et
1600 pb (obtenu avec OPA-04), du P02 (300 pb, 390 pb et 510 pb, avec l’OPA-03)
et de la plante-mère (100 pb avec l’OPA-04).
Tableau 19 : Résumé des profils RAPD des 5 échantillons (les plants régénérés et la
plante-mère) générés par l’ensemble des amorces employées. P01, P02, P03 et P04 :
les différents plants régénérés ; PM : Plante-mère.
1500pb
1000pb
1000pb
900pb
800pb
700pb 500pb
600pb
500pb 400pb
400pb 300pb
300pb 200pb
200pb 100pb
100pb
M P01 P02 P03 P04 PM M P01 P02 P03 P04 PM
A B
Bien que le dendrogramme a donné une relation entre les différents clones,
la matrice de similarité et de distance génétique a fourni une meilleure résolution de
cette relation entre les plants régénérés in-vitro et la lignée parentale qu’est la plante-
mère (tableau 20).
La variabilité qui existe entre la plante mère et le P04 d’une part et la plante
mère et les autres plants (P01, P03 et P02) peut être liée à la composition hormonale
des milieux de culture dont ils sont issus (régénérés). En effet, si nous analysons la
composition hormonale du milieu ayant donné le P04 (plante la plus proche à la
PM), nous constatons qu’il comprend de l’ANA à 0,1 mg/L et 0,5 mg/L de ZT,
alors que le P02 qui présente une grande variabilité avec la plante mère est obtenu en
milieu contenant 0,5 mg/l d’ANA et 1 mg/l de ZT c’est à dire en milieu qui contient
5 fois plus d’ANA et deux fois plus de ZT. Il est fort probable donc à ce que les
fortes concentrations en ANA et de la ZT sont derrière cette forte variabilité
génotypique.
Les cellules végétales cultivées in vitro sont connues pour être sensibles à
des variations génomiques ou somaclonales. Des facteurs tels que le génotype, la
durée de la culture, des conditions de culture, le type et la concentration de
l'hormone utilisée dans le milieu, peuvent affecter cette variation somaclonale (Bairu
et al., 2006 ; Kaeppler et al., 2000 ; Evans et al., 1984). Autres facteurs, y compris
les modifications génétiques et épigénétiques pourraient aussi être impliqués dans
ces variations (Kaeppler et al., 2000).
Conclusion
93
Conclusiuon
94
Conclusiuon
Les résultats récoltés, après six semaines du transfert des pousses régénérées via le
microbouturage ou la caulogenèse sur des milieux « dits d’enracinement » (milieux sans
hormones ou contenant diverses doses d’ANA), montrent que les meilleurs taux
d’enracinement sont obtenus sur les milieux pourvus d’ANA à 1mg /L (94,73 % avec les
pousses provenant du microbouturge et 92,33 % avec celles issues de la caulogenèse) et les
milieux sans hormone (94 % avec les pousses provenant du microbouturge et de la
caulogenèse). Ces derniers, ont certes donné des taux élevés d’enracinement mais la densité
des racines induites (nombre de racines par pousse) reste limitée comparativement à celles
développées en présence d’ANA. La densité racinaire était presque 7 à 15 fois plus importante
sur les milieux à ANA que les milieux sans hormone.
L’essai d’acclimatation a montré que les plantules de Lavandula dentata, issues des différents
milieux s’acclimatent difficilement, 51% flétrissent à partir de la première semaine. Les
plantules de lavande, issues de microbouturage, n’ont pas de problèmes d’adaptation ex vitro.
En effet, le taux de réussite des plantes transplantées est de 58.78 %. Au contraire, les plantes
néoformées par organogénèse semblent être plus fragile que celles issues de microbouturage.
95
Conclusiuon
OPA-03, OPA-04 et OPA-10 ont toutes générées des bandes polymorphes. Sur les
28 bandes générées au total, 16 sont polymorphes. Seule l’amorce APW-12 a donné
des bandes totalement monomorphes (aucun polymorphisme) dont les tailles sont
comprises entre 160 et 290 pb.
Le taux de polymorphisme le plus élevé a été enregistré avec le P02 (40 %),
suivi du P01 (36.84 %,). La plante-mère, le P03 et le P04 ont enregistré un taux de
polymorphisme de l’ordre de 33.33 %.
C’est avec le variant P02 que nous avons enregistré le maximum de bandes
(20) (total des bandes générées par l’ensemble des amorces) dont 8 sont
polymorphes. Il est suivi du P01 avec un total de 19 bandes dont 7 polymorphes et
des variants P03, P04 et la plante mère (PM) qui génèrent 18 bandes dont 6 sont
polymorphes pour chacun d’eux.
La variabilité qui existe entre la plante mère et le P04 d’une part et la plante
mère et les autres plants (P01, P03 et P02) peut être liée certainement à la
composition hormonale des milieux de culture dont ils sont issus (régénérés).
96
Conclusiuon
La présente étude a été une occasion pour nous de tester pour la première
fois dans notre laboratoire, une technique utilisant les marqueurs moléculaires afin
de vérifier la conformité génétiques de nos vitroplants. A ce sujet, il serait aussi
intéressant d’essayer d’une part d’optimiser les techniques d’extraction de l’ADN
chez l’espèce lavande afin d’avoir des produits de qualité et en quantité suffisante et
d’autre part de tester des marqueurs moléculaires autre que le RAPD tels que les
SSR, les ISSR, etc.
97
Références
bibliographiques
Références bibliographiques
Références bibliographiques
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Agar 7000
Régulateurs Solvants
ANA 1N NaOH
2,4-D EtOH ou 1N NaOH
BA 1N NaOH
ZN 1N NaOH
KN 1N NaOH
GA3 EtOH
Annexes
Tris-base. 242g
Acide acétique glacial 57,1ml
Prélevé 1ml de Tampon TAE 50X complité à 100ml avec l’eau distillée
Agarose 0,8g
Tampon TAE 0,5X (pH 8) 100ml
5. Tampon de charge
glycérol (100%) 5 ml
xylene cyanole (2%) 0.75 ml
H2 O 1.5 ml
Annexes
Annexe IV : Les profils électrophorétiques
1. L’amorce OPA-01
1000pb
900pb
800pb
700pb
600pb
500pb
400pb
300pb
200pb
100pb
Populations
Bandes Taille Pourcentage
P01 P02 P03 P04 PM
1 130 1 1 1 1 1
2 230 1 1 1 1 1
T= 4 3 3 3 3 3
1500pb
1000pb
900pb
800pb
700pb
600pb
500pb
400pb
300pb
200pb
100pb
M P01 P02 P03 P04 PM
Populations
Bandes Taille Pourcentage
P01 P02 P03 P04 PM
1 240 1 1 1 1 1
2 300 0 1 0 0 0
3 330 1 1 1 1 1
4 390 0 1 0 0 0
OPA-03 5 490 1 1 1 1 1 50%
6 510 0 1 0 0 0
7 600 1 1 1 1 1
8 660 1 0 1 1 1
T=8 5 7 5 5 5
bandes polymorphes 4 1 3 1 1 1 50%
bandes monomorphes 4 4 4 4 4 4 50%
Annexes
3. L’amorce OPA-04
1500pb
1000pb
900pb
800pb
700pb
600pb
500pb
400pb
300pb
200pb
100pb
Populations
Bandes Taille Pourcentage
P01 P02 P03 P04 PM
1 100 0 0 0 0 1
2 130 1 1 1 1 1
3 215 1 1 1 1 1
4 370 0 0 1 1 1
5 465 1 0 0 1 1
OPA-04 6 610 1 0 0 1 0 80%
7 710 0 1 1 1 1
8 1000 1 1 0 0 0
9 1550 1 0 0 0 0
10 1600 1 0 0 0 0
T=10 7 4 4 6 5
bandes polymorphes 8 5 2 2 4 3 80%
bandes monomorphes 2 2 2 2 2 2 20%
Annexes
4. L’amorce OPA-10
1000pb
900pb
800pb
700pb
600pb
500pb
400pb
300pb
200pb
100pb
Populations
Bandes Taille Pourcentage
P01 P02 P03 P04 PM
1 130 1 1 1 1 1
2 210 1 1 1 1 1
OPA-10 3 825 0 1 1 0 0 50%
4 1000 0 1 1 0 0
T=4 2 4 4 2 2
bandes polymorphes 2 0 2 2 0 0 50%
bandes monomorphes 2 2 2 2 2 2 50%
Annexes
5. L’amorce OPW-12
1000pb
500pb
400pb
300pb
200pb
100pb
Populations
Bandes Taille Pourcentage
P01 P02 P03 P04 PM
1 160 1 1 1 1 1
OPW-12 2 290 1 1 1 1 1 0.00
T=2 2 2 2 2 2
bandes polymorphes 0 0 0 0 0 0 0.00
bandes monomorphes 2 2 2 2 2 2 100.00
Abstract
The objective of this paper was to regenerate in vitro a wild plant that is part of
the vast array of PAM in Algeria. The plant in question is Lavandula dentata,
spontaneous species with high added value. Therefore, this study aspired to regenerate
whole plants in vitro toothed lavender multiplication in two modes: micropropagation
and organogenesis and / or somatic embryogenesis. The study also aimed to monitor the
compliance of genetic plants regenerated via organogenesis using RAPD molecular
markers.
On multiplication via microboutrage, the contribution of the only BA, at doses
of 0.1 to 0.5 mg / L (between 83.33 and 91.66%) or in combination with 0.1 mg / L
NAA (91.66%) proved necessary to maximize the proliferation of axillary shoots. BA
provides good morphology in terms of number and length of shoots.
The results of buds on a medium lacking hormones are very interesting
(approaching 90%.) But are limited by the number of developing shoots which remains
low compared to areas equipped with BA.
It is by way of caulogenesis that we have managed to obtain adventitious buds.
The best rates are obtained on the MZ12 induction medium (0.5 mg / L ZT 0.1mg / l
NAA) (25%) with explants of internodes. The induced callus on some media containing
a combination (ZT * ANA) caulogenesis see their rates rise after transfer to the "so-
called development" media containing 1 mg / l zeatin (62.50%) and 0.5 mg / l zeatin
(41.66%).
The transfer of regenerated shoots on rooting media show that the best rates are
obtained on the environments provided with ANA at 1 mg / L (94.73% with shoots from
microbouturge and 92.33% with those from the caulogenesis) and hormone-free media
(94%). Root density was almost 7-15 times higher on ANA environments that media
without hormones.
The acclimatization test showed that seedling Lavandula dentata from
micropropagation, have no ex vitro adaptation problems. Indeed, the plant is
transplanted success rate of 58.78%. In contrast, plants neoformed by organogenesis
appear to be more fragile.
It has been possible to demonstrate the existence of a somaclonal variation in
vitro plants studied. The analysis of the similarity matrix confirmed that the closest
similarity is that observed between the mother plant and P04 (MZ12: 0.5 mg / L ZT +
0.1 mg / L NAA) (89.47%). Is the P02 (MZ6: 01 mg / L Zn + 0.5 mg / L NAA) that
appears to be furthest relative to the parent plant since it has an order of the similarity
rate of 52% (thus a rate variability of 48%).
Sur la multiplication via le microboutrage, l’apport de la BA seule, aux doses de 0.1 à 0.5
mg/L (entre 83.33 et 91.66 %) ou combinée à 0.1 mg/L d’ANA (91.66 %) s’est révélée nécessaire
pour maximiser la prolifération des pousses axillaires. La BA assure un bon aspect morphologique
en termes de nombre et longueur des pousses.
Les résultats de débourrement sur un milieu dépourvu d’hormones sont très intéressants
(avoisinant les 90 %.) mais sont limités par le développement en nombre de pousses qui reste
faible comparativement aux milieux pourvus de BA.
C’est par la voie de la caulogenèse que nous avons réussi à obtenir des bourgeons
adventifs. Les meilleurs taux sont obtenus sur le milieu d’induction MZ12 (0.5 mg/l ZT, 0.1mg/l
ANA) (25%) avec les explants d’entre-noeuds. Les cals induits sur certains milieux contenant
une combinaison (ZT * ANA) voient leur taux de caulogenèse augmenter après leur transfert sur
des milieux « dits de développement » contenant 1 mg/l de zéatine (62,50 %) et 0.5 mg/l de
zéatine (41,66 %).
Le transfert des pousses régénérées sur des milieux d’enracinement montrent que les
meilleurs taux sont obtenus sur les milieux pourvus d’ANA à 1mg /L (94,73 % avec les pousses
issues de microbouturge et 92,33 % avec celles issues de la caulogenèse) et les milieux sans
hormone (94 %). La densité racinaire était presque 7 à 15 fois plus importante sur les milieux à
ANA que les milieux sans hormones.