Biotechnologie

L’industriedebiotechnologie

Lemotbiotechnologiedésignedestechnologiesdepointeexploitantdesprocessus
celulairesoumoléculaires,nosconnaissancescroissantesdesmécanismesde
fonctionnementdesêtresvivants

Leurdéveloppementreposesurlepassagedanslemondeindustrieldetechniqueissuedela
recherche

Lesprogrèsdelarechercheengénétiqueprofitentdirectementauxindustriesdes
biotechnologies

Lesbiotechnologiesmodernesexploitentnosconnaissancescroissantesdesmécanismes
defonctionnementdesêtresvivants

L’unitéélémentairedesêtresvivantsestlacelule:

Legénomeestlocalisédanslenoyau

Ilestcomposédegènes

Lesgènescontientnotammentl’informationnécessairespourquelacelulefabriqueles
enzymes,leshormones…

Lesenzymesaccélèrentlesréactionschimiquesnécessairesàlavie

Lescelulescontiennentaussidesproduitsderéserve(matièregrasse,sucre,amidon,etc.)

Dansqueldomainelesbiotechnologiestrouvent-elesdesapplications?

1/danslesdomainesdelasanté,del’agriculture,del’agroalimentaire,delachimie,de
l’énergieetdelaprotectiondel’environnement

Lesbiotechnologiesrendentpossibleslacréationdeproduitinédits,inconcevablesansleur
intervention

L’érythropoïétine(EPO)pourletraitementdecertainesanémies,lesventesd’EPO
représententleplusgroschiffred’affairedesmédicamentsproduitespargéniegénétique

Onpeutégalementciterl’interféronutilisécontrelecancer,etcertaineshormones

2/lesbiotechnologiessontaussiutiliséspourrésoudredenombreuxproblèmesde
détectionetdetraçabilité

Lestechniquesdebaseenbiotechnologie

Quelessontlesbasesscientifiquesdesbiotechnologies?

Utilisationdesmicroorganismesenbiotechnologie
1/introduction

Labiotechnologiec’estl’ensembledestechniques,desméthodesoubiendesprocédésqui
utiliselesmicroorganismespourréalisésdesbiotransformations(lait=»fromage)oubien
desbioconversions(conversiondesdéchetsencomposte)

L’industriequiutiliselabiotechnologiemicrobienneapoursouciderentabiliserlaproduction
(lemaximumdeproductionàunprixbeaucoupmoinschère)

Ceteindustriechercheenconséquencedesconditionsoptimales(lameileuresouche
bactérienne(latempératureoptimale,lephoptimale))deculturedemicroorganismesdans
lebutd’obtenirlaquantitémaximaldeproduit(lesvitamines,lesacidesaminés,les
antibiotiques,leshormones…)leplusrapidementpossible(untempsrecord)etenmeileur
cou(leprixlemoinschère)

Ceciestréaliségrâcedesprocédésdecultureindustrielequifontpartiedelabiotechnologie

Organismevivante=»nourri=»aliments=»transformation(métabolisme(enzymes))=»
produitassimilable

E+S=»ES=»E+P combinaison dissociation

Lesétapesmenuparleschercheursàpartirdes(bactéries,levures,champignons)enpermis
desavoircommentlesêtresvivantréaliselasynthèsedeleurconstituantpourassuréleur croissance

2/lesprincipalesfonctionsdemicroorganismesutilesenbiotechnologie

Pourvivrelesmicroorganismestransformelesalimentsenmoyendediverseréaction
biochimiquecatalyséeparlesenzymes

Danscecaslabiotechnologiepeutbénéficierdedeuxfonctions:

Premièrefonction:lescapacitésdesmicroorganismesentiers(dépolution,valorisation)en
tenantcompteaussidesréactionsnormalescommelabioconversion,laproductiondu
métabolique(lesacidesetlesalcools),laproductiondesantibiotique(moisissure=»
extractionantibiotique=»antibiotique)

Deuxièmefonction:bénéficierdecertainenzymequ’elefautextraireàpartirdescelules
bactériennes

3/lesapplicationsdebiotechnologiemicrobienne

A/méthodetraditionnel

FabricationduSumen

Beuretraditionnel=»10%sel(éliminationdesbactériespathogènes)=»bactéries
halophiles(aimelesel(bactérielactique+bactérieprotéolytique))=»1an=»1/dégradation
desprotéines–2/dégradationdeslipides=»goutamère(Sumentraditionnel)
Beure=»isolementdesbactérieslactiques=»bactérieslactiques=»purification=»cultures
desbactérieslactiques

Lesbactérieslactiquessontprélevélebeurre,isolé,purifierpuisculture(engrandquantité
dansungrandfermenteur)pourlesenzymeslipolytiques

Cesenzymessontidentifier,purifieretlyophiliséepuisvendudanslecommerce

Remarque:l’achatde10gd’enzyme(2000dirhame)peutproduire10tonnesdeSumenen
troisjoursseulement

Deuxièmeapplicationdelabiotechnologiepourproduirelebeuredeboulangerie

Milieud’origine:raisinoudatesoul’orge+blétendreoublédure=»48h(levure)

B/laméthodeindustriele

Milieud’origine:meulasse(sucreries)=»stérilisation=»meulassestérile+levurepurifiéeet
isolée=»fermentation(-o2)=»grandbiomasse(poidsaugmente)=»embalage=»
commercialisation

Troisièmeapplicationpourlabiotechnologie:c’estlaproductiond’insuline

Pancréas(insuline)=»isolementdesenzymesderestriction=»isolementdugène
responsabledelaproductiond’insuline=»clonagedesgènesavecEscherichiacoli(grand
fermenteur)=»croissancemaximum=»forteproductiond’insuline

Quatrièmeapplication:productiond’antibiotique

Champignons(moisissures)=»isolementdesgènesresponsabledeproduction
d’antibiotique=»clonageEscherichiacoli=»fermenteur(croissancemaximum)=»
antibiotiques(quinetuepaslacroissanced’Escherichiacoli)

Qu’appel-t-onmutation,géniegénétiqueetOGM?

1/lamutationestunemodificationdugénome

Lesmutationsseproduisentspontanément

Elespeuventaussiêtreprovoquéeartificielementpardesradiations,desproduits
chimiquesoupargéniegénétique.Lesmutationsconstituentundesmoteursdel’évolution

2/géniegénétiquedésignel’ensembledestechniquespermetantd’introduiredansun
organismevivantunouplusieursgènes,mêmes’ilsproviennentd’uneautreespèce

3/transférerungèned’unorganismeàunautre:clonerungène,etlesorganismesaussi
obtenussontappelés«organismestransgéniques»oubien«organismesgénétiquement
modifiés»(OGM)

LepremieranimalOGM(unesouris/àétéobtenuen1981)

LapremièreplanteOGM(untabac)en1983
L’inventiondugéniegénétique,rendpossiblelamultiplicationdesgènesunàun,leur
modificationetleurintroductionavolantedansn’importequelorganisme(OGM)

Legéniegénétiquerendpossiblelafabricationdemoléculescomplexesimpossiblesà
extraireindustrielement

L’érythropoïétine(EPO),unehormonepermetentdetraitercertainesformesd’anémies

Laproductiond’hormonecommel’insuline,etc.

Legéniegénétiqueestutiliséchezl’hommedanslebutdecdesmaladies.Onparlealorsde
thérapiegénique.Lepremiersuccèsaétéobtenuen2000aveclaguérisonenFrancede
«bébésbulbes»

Legéniegénétiqueestnotammentutilisédanslecadrede:

Larépressiondesfraudes(pours’assurerdel’absenced’OGMdansunaliment,parexemple)

Larecherchedepaternité(comparaisondegénomes)

Lapolicescientifique(déterminersil’ADNretrouvésurlelieud’uncrime=tracedesangpar
exemple,etceluid’unsuspectsontidentique)

Lalutecontreleterrorisme.Elenécessiteeneffetd’étendrelesprogrammesdedétection
etdelutecontrelesmicrobeslesplusdangereuxpourl’hommeàceuxcréesenvuedeleur
possibleutilisationcommearmebactériologique

Qu’est-cequeleclonage?

Letermedeclonages’appliqueàdifférentestechniquesvisantàobtenirunclone

Uncloneestunensembled’individus,issusd’unmêmeancêtre,génétiquementidentique.Il
peuts’agirdecelulesoud’êtresvivantscomplexes

DepuislanaissancedelabrebisDoly.Lestechniquesdetransfertd’unnoyaudel’individu
clonédansunovuleprivédenoyau

Leclonageestlemodedemultiplicationnatureldesmicroorganismes

Ilestcourantchezlesplantes,aveclebouturageetlemarcotagequipermetentla
propagationd’individusgénétiquementidentiquesàlaplantemère

Qu’estcequelegénieenzymatique?

Legénieenzymatiqueconsisteàsubstituerauxméthodesclassiquesdelachimie
industrieledestechniquesfondéessurl’utilisationd’enzymeadaptéauxcontraintes
industrieles(lavageà10°couà70°c,eautrèsbasiqueoutrèsacide,etc.)

Lesgènesd’unorganismecontiennentl’informationnécessaireàlafabricationdesenzymes
parsescelules)

L’évolutiondirigéepermetdemodifiéuneenzymeparmutationjusqu’àcequiapparaisse
unevariantepossédantlesqualitéssouhaitées

Ensuite,ilfautadapterlaméthodemiseaupointaulaboratoirepourpermetresonutilisation
danslecadred’uneapplicationàl’écheleindustriele

Ilfautpourcelainventerunappareilageadhoc.Cecidemanded’importantsmoyens
financierspourlaconceptionetlaconstructiondeséquipements

Legénieenzymatiqueestlargementutilisédansl’industrieagroalimentaireetceledes
détergents(90%deslessivescontiennentdesenzymes,«lesenzymesgloutons»)

Uneindustrieplusrespectueusedel’environnementestentraind’émerger

L’importancedesenzymespourlesbiotechnologies?

Lesenzymessontdesprotéines.Elessontaucœurdufonctionnementdesêtresvivantes
carelesaccélèrenttouteslesréactionschimiquesquiseproduisentdanlescelules

Lesenzymesintroduitesdansleslessivespermetentdelaverlelingeàbassetempérature.
Sansajouterdephosphates,diminuentainsilaconsommationd’énergieetlimitantla
polution

Lesenzymespermetentunechimiedoucecarelestravailentdansdesconditions
compatiblesaveclaviealorsquelescatalyseurschimiquesnécessitentsouventdes
environnementstrèsagressifs(T,P,Acidité)pourêtreactif

Lesenzymespermetentdefairedelabièreavecdel’orgeetdelalevure.Cete
transformationmetenjeutouteunebateried’enzymes

Ilynotammentcelesdelagraine,quitransformentl’amidonensucre(lemaltage),puis
celesdelalevuredebière,quitransformentlesucreenalcooletengazcarbonique(la
fermentation)

Lasynthèsechimiquedel’alcoolnécessiteunetempératuresupérieureà250°cetune
pressionde50atmosphèresalorsquelesmicroorganismeslaréalisentàtempérature
ambiante

Qu’est-cequiapermisauxbiotechnologiesd’ateindreunstadeindustriel?

Laproductionenmassedeproduitsd’unequalitéconstante,estpossiblegrâceàtroisoutils debase:

Lamaitrisedestechniquesdeculturesdecelules(humaines,animales,végétales,
microorganismes),quipermetdemaintenirlongtempsdesculturescelulairesde
caractéristiquesconstantes

Eleanotammentpermislaproductionmassivederéactifspourlediagnosticmédical
(anticorpsmonoclonaux)etdemoléculescomplexespourlesindustrieschimiqueset
agroalimentaires(enzymes,aromes,etc.)

Legéniegénétique,quipermetdemodifierdefaçoncontrôléelegénomed’unorganisme
 L’informatique,sanslaqueleilestimpossibledetraiteretd’exploiterl’informationgénétique

L’importancedel’informatiquepourlesbiotechnologies?

L’informatiqueestindispensableaudéveloppementdesbiotechnologies,labiologie
moderneproduitdescentainesdemiliardsdedonnésetleurvolumedoubletouslesans

Pourobteniràpartirdecesinformationsdesconnaissancessurlefonctionnementdesêtres
vivantsetl’organisationdesgènes.Ilestnécessairedelescomparerentreele,ceciconduit
àeffectuerdesmiliardsdecomparaisons

C’estpourcelaqu’aujourd’hui.Lapuissanceinformatiquedesleadersmondiauxdela
génomiquedépasseceledetouslesautressecteursd’activité,hormislesapplications
militairesdesnucléaires

Qu’est-cequelagénomique?

Permetra-t-eled’inventerdesmédicamentsoriginaux?

Lagénomiqueestl’étudedel’ensembledesgènesd’unorganismeetdeleurfonctionnement.
Lesmaladiessontliéesàunmouvaisfonctionnementdecesréactions

Lagénomiquepermetrad’identifierl’intégralitédesréactionschimiquesquiseproduisent
auseind’unorganismevivant:leurnombreestestiméàquelquesmilierspourunebactérie
etquelquescentainesdemilierspourunêtrehumain

Lesmédicamentsmisaupointàcejourn’agissentquesur450desréactionschimiques,ce
quinepermetpasdefairefaceàtouteslesmaladieshumaines

Actuelement,lesrecherchesconcernentdifférentsdomainesparmilequellecancer,
l’obésité,lesmaladiesgénétiquesrares(touchantmoinsde1personnesurmile).Pources
dernièreslagénomiquereprésente,laseulevoiedesuccès

L’identificationdel’ensembledecesréactionsainsiquel’étudedesmécanismesdedéfense
contrelesinfectionsdesinsectesetdesplantes,ouvrentunevoienouvelepourlamiseen
évidencedenouvelecible

Uneapprochedegénomiquepouridentifierdesstratégiesdevirulenceutiliséepardes
xanthomonas(bactériephytopathogéne)pourcontournerl’immunitévégétaleetenvahirle
xylèmedesplantes.Causantd’importantedégâtschezdesplantesd’intérêtagronomique
telesquelecoton,leriz,latomate,lechou,lesagrumesouencorelacanneàsucre

Lapharmaco-génomique

Impactdelavariationgénétiquesurl’efficacitéetlatoxicitédesmédicaments

Commentleprofilegénétiqued’unpatientdéterminesaréponseàunmédicament?

Eledevraitpermetredechoisirletraitementleplusadaptéauxcaractéristiquesdechacun
etd’utiliserentoutesécuritéunmédicamentefficace,grâceàuntestgénétique
Prédirelaréponsed’ungroupedepatientsauxmédicaments

Limiterl’expositiond’unpatientàunmédicamentquinefonctionnepaspourluiouquiluiest toxique

Lanutrigénomique

Alimentationetgènes-lelien-eleétudielesrelationsentrelescomposantsdesaliments,les
processusmétaboliquesetlesmaladiesliéesàl’alimentation

Cen’estpasseulementcequenousmangeonsquiaffectenotresanté,cen’estpasnonplus
lesgènesseuls,maislamanièredont-ilsinteragissant

La«nutrigénomique»,testedesouderl’activitébiologiquedescomposantsnutritifsen
étudiantleurinfluencesurlaconversiondel’ADN(etdoncdenosgènes)enARNm,puisen
protéineetenproduitsmétaboliques(métabolites)

Lanutrigénomiquepermetdechercherunealimentationadaptéàdesgroupesdepopulation
oumêmeàchaqueindividu,dansunobjectifdepromotiondelasanté

L’effetbénéfiquedel’huiled’olivesurlaréductiondesmaladiescardiovasculaire

Lebutdel’étudeétaitdevérifierleseffetsassociésautraditionnele«régimecrétois»etla
consommationd’huiled’olive,viergesurlesmodificationsdel’expressiondegèneliéesà
l’athéroxlérose

Ceteétudeclinique,aétéréaliséesur90volontairesâgésde20à50ans,dansdes
conditionsstatistiquesrigoureusesetsurunepériodede3mois,sesrésultatssont
probants:

Leschercheuresontpudémontrerunediminutiondel’expressiondegènesdirectementliés
àl’inflammationetaustressoxydatif,ayantdeseffetsnéfastessurlesystème
cardiovasculaire

Cetravailemetenlumièrequedespolyphénolscontenusdansl’huiled’olivevierge
possèdentuneactivité«nutrigénomique»

Biotechnologieetdéveloppementdurable

Santé,industrie,ressourcesnatureles,environnement,agricultureetalimentation

Biotechnologierouge

Domainedelasanté(ex:vaccin,protéinesthérapeutique,diagnostique,thérapiegénique…)

Durabilitédesapplicationsbiotechnologiques

Danslessoinsdesanté

Labiotechnologiecontribueà:

Lamiseaupointdevaccins,d’essaisdiagnostiques,demédicamentsetdetraitements
médicaux

Augmenterl’efficacitédestraitements

Améliorerlesméthodesdepréventiondesmaladiesetledépistageprécocedesproblèmes
desanté

Permetenoutrederéduirelecoutdessoinsdesanté,d’intervenirrapidementencasde
maladiesetderaccourcirladuréedestraitements

Labiotechnologieestutiledansl’élaboration

L’augmentationdel’efficacitédesmédicamentspouraitsetraduireparunebaissedes
coutesdessoinsdesanté

L’améliorationdestraitementsmédicauxetdel’accèsauxsoinsdesantépeut
éventuelemententrainerunebaissedutauxdemortalitéetdel’incidencedesmaladies,
améliorantdumêmecouplasantégénéraleetlaproductivitédelapopulationactive

Ceteffetprofiteraauxindividus,auxentreprisesetàl’économiedupays

Biotechnologieblancheouindustriele

Produits(ousous-produits)del’agriculture,del’industrieetdomestique

Biocatalysepardesenzymes=»sucres,peptides,protéines…=»biocarburants,biomatériaux,
substancesbiochimiques

Fermentationpardesmicroorganismes=»acides,alcools,aromes,tensio-actifs=»
biocarburants,biomatériaux,substancesbiochimiques

Beterave,canneàsucre,blé,mais,pommedeterre(amidon)=»sucres=»fermentation=»
éthanol=»mélangeàl’essence

1/Biocatalyse:Desenzymes«hydrolysent»lesubstratensucressimples

2/Fermentation:deslevuresfermententlessucressimplesenéthanol

Elesontpourobjetlafabricationdeproduitschimiquesetdebioénergieàl’échele
industrieleparl’utilisationdelabiomassecommematièrepremièrerenouvelable,ces
transformationssontréaliséesàl’aidedesystèmebiologiquecommealternativeaux
procédéschimiqueclassique

Biocatalyse

Catalyse=phénomènequimodifielavitessed’uneréactionchimiqueparl’actiond’un
catalyseur(originechimiqueoubiologique)

Enzyme=protéineproduiteparunorganismevivant

Accélèrelesréactionsbiochimiques
Grandrapiditéetspécificité

Conditions«douces»:ph,T°etpressionmodérés,enmilieuaqueux=»respectde
l’environnement

Notiondeculturesdemicroorganismesenbioréacteurs

Lefermenteurestessentielementunecuvestérilisable,danslaqueleonpeutrégulerla
température,leph,ledébitd’air,lesystèmed’agitation,laformationdemousse,lapression,
etouonpeutmesurerlatempérature,lateneurenoxygène,leph,labiomasse

Deplus,diversalimentationspeuventyêtreajoutescetensembleestcontrôléparordinateur

Systèmedecultureenlaboratoire:1Ulà1l

Bioréacteur-échelepilote:1là20l
3
Bioréacteur-écheleindustriele:dimensioncaractéristiquedel’instalation(D)100là100m

Screeningenphasesolide

Fermenteurdelaboratoire

Fermenteurde20l

Fermenteurde500à2000l

Etapessuivants:biotechnologie

Centrifugation:phasesolide(culot)–phaseliquide(surnageant)

Ultrafiltration:c’estlafiltrationd’unfluide(surnageant)afindedébarasserlesparticulesen
suspensionqu’ilpouraitcontenir(c’estuneméthodedeséparationmembranaire)

Atomisation:c’estunappareilquipermetdeprojeterunliquide(quiasubitl’ultrafiltration)
sousformedeparticuletrèspetite,cequ’onappelepulvériseurouvaporiseur

Lyophilisation:cequiappelecryodessiccation(cryo=froid,dessiccation=séchage)(c’estune
combinaisondufroidetduvidepourpermetdeséparationdessubstances).La
lyophilisationestunedéshydratationàbassetempératurecequidonneéliminationde
moléculed’eau

Produitfinisousformedepoudre

Résultat:substancebiochimiqueproduiteparbioconversionspécifiqued’unsubstrat

Intérêt:

A/remplacementdesprocédéscomplexesdechimiedesynthèse

B/microorganismeadaptéetenvironnementcontrôlé(ph,T°,o2,substrat)

Enzymes(métabolite1):usagedirect(poudreàlessiver)ouindirect(biocatalyse:
transformeamidonenglucose)

Aromes(métabolite2):pèche(gamma–hexalactone)danslesyogourtsouice-tea

Tensio–actifs(métabolite3):détergentes,savons,agentsdesurface

Durabilitédesapplicationsbiotechnologiquesdanslesecteurindustriel

Labiotechnologiecomptedeuxprincipalesapplicationsdansl’industrie

Remplacerlescombustiblesfossilesetcertainesautresressourcesnonrenouvelablespar
desressourcesrenouvelablesissusdelabiomasse

Remplacerlesproduitschimiquespuissantspardesorganismesbiologiques,commedes
bactéries,afind’accélérerlesréactionschimiquesquientrentdanslafabricationdeproduit
industriele

Remplacerlesproduitschimiquesagressifspardesorganismesnaturelsplusrespectueux
del’environnement,cequientraineunediminutiondelapolutionetdelaconsommation
d’énergieaucoursdesprocédésdefabrication

Lafabricationdeproduitsécologiques,commelesplastiquesbiodégradablesfaitsde
matièrebrutesvégétales

Lesapplicationsdelabiotechnologiesontdurablesparcequ’elesaméliorentl’efficacitédes
méthodesdeproductionindustriele

Enoutre,labiotechnologieaugmentelerendementindustrielenréduisantlescouteseten
apportantdesavantages,tantpourlesproducteursquepourlesconsommateurs

Quatreméthodescontribuentàcesrésultats:

Laréductiondunombred’étapesquerenfermentlesprocédéschimiques

L’accélérationdesréactionschimiques

Laréductiondelaproductiondesous-produitsindésirables

Lavalorisationdessous-produitsqueleurélimination

Lemodemicrobienneenindustrie

1/médicamentsetlasanté

Composéspharmaceutiquesetmédicaux:

Antibiotiques:

Ciblantlasynthèsedelaparoi

Lapéniciline:peniciliumchrysogenum

Labacitracine:baciluslicheniformis
Ciblantlasynthèseprotéique:

Chloramphénicol:streptomycesvenezuelae

Streptomycine:streptomycesgriseus

Inhibitiondelasynthésedesacidesnucléiques:

Rifampine:streptomycessp

Destructiondelamembranecelulaire:

Polymixineb:baciluspolymexa

Cyclohexemide:streptomycesgriseus

Lesvitamines:

Lavitamineb12(cobalamine)estentièrementd’originemicrobienneproduitepar
pseudomonasdenitrificans,etpropionibacterium

Lesprecurseursdelavitaminecetb2obtenueparfermentation

Leshormonesprotéiques:

Lacortisoneetl’hydrocortisone:rhizopusnigricans

L’insuline,lasomatostatine:Escherichiacoli

2/agriculture

Biocontrôle:lesbiopesticides:bacilusthuringiensis

Pendantlaphasedesporulationcetebactérie:unetoxineintracelulairedenatureprotéique
agissantcommeuninsecticidemicrobienne

Employécontreleschenilesdéfoliatricesd’arbresfruitièresetforestières,éliminationde
parasitesdumaïs(lapyrale)

Utiliséaussidanslecontrôledupaludisme(plasmodium)

Fixationd’N2,productiondeprotéine

Bactériesfixatricesd’N2atmosphérique

Azotobacteroubactériessymbiotiquesdeslégumineuses

Lescyanobactéries:spirulina

3/alimentationhumaine

Obtenirdesalimentsàl’aidedestechniquesdefermentationdatedeplusieursmiliers
d’années
Produitsdeconsommationcourantsetd’additifsalimentaires

Lesbactérieslactiques,destinésàl’industrielaitièreetfromagée

Lesbactériesacétiques:acétobacteraceti

Levinaigre,leproduitd’unefermentationduvinpardeslevurespuispardesbactéries
acétiques(acétobacteraceti,oxydationdel’éthanolenacideacétique)

L’acidecitrique:aspergilusNiger

Ajoutéauxboissonssansalcool,auxconfiseriesetauxpréparationsmédicales.99%dela
productionmondiale(plusde300000tonnes)provientd’unefermentationparlamoisissure
aspergilusNiger.

Lesacidesaminésessentielsetlesexhausteursdegout:corynebacteriumglutamicumet
brevibacteriumflavum

Ex:l’acideglutamique,lysine,thréonine,tryptophaneaméliorentlesqualitésnutritivesdes
alimentsvégétaux

Lesacidesaminésapportentdugout,maissontaussidesnutriments

Corynebacteriumglutamicumetbrevibacteriumflavumproduisentàlafoisdel’acide
glutamiqueetdelalysine

Epaississants,émulsifiantsetgélifiants:

Lexanthaneetledextrane,respectivementproduitespardesbactériesdesespèces
xanthomonasetleuconostoc,largementutiliséesdansl’industriealimentaireentant
qu’épaississants,émulsifiantsetgélifiants

Lesprobiotiques

Lesprobiotiquessontdesmicroorganismes,bactériesoulevuresnonpathogènesetnon
toxiques,quicontribuentàl’équilibredelafloreintestinale

Lactobacilusacidophilus,caseietrhamnosusbifidobacterium,etc.

4/environnement

Epurationbiologiquedeseauxusées

Renfermentuneflorecomplexequiseformenaturelementdanslemilieuetquienprésence
d’airdégradelesrésidusorganiquesenlibérantleco2

Bioremédiationoubioréhabilitation

Graceauxmicroorganismesdépoluants=»ladégradationd’hydrocarbures,depesticide,de
composéchloré,sulfuré,oxyded’N2oul’extractiondumilieudesionsmétaliquestoxiques
(mercureetchrome)
5/industrie

Enzymes

Polymérases:thermusaquaticus

Estérases:détergent

Biopolyméres

Lesexopolysaccharidebactériensutilisésdansl’industriealimentaireetpharmaceutique

Biocarburants

Hydrogène:microorganismesphotosynthétiques

Méthane:methanobacterium

Ethanol:zymomonas,thermoanaerobacter

Lesbiocarburantsdepremièregénération:d’amidonoud’huilevégétaleprovenantde
graissedeblé,decolzaoudetournesol

L’amidondubléestfermentépourdonnerdubioéthanol

Lesgrainesdetournesoloudecolzasontpresséespourproduiredel’huilevégétalequipeut
êtreutiliséepourlafabricationdebiodiesel

Lesmatièrespremièresutiliséespourproduirecetypedebiocarburantpeuventêtre
utiliséesdansunechainealimentaireanimaleouhumaine

Lebilanénergétiqueetlesémissionsdeco2liésàlaproductiondecetegénérationde
biocarburantnesontpastoujourstrèsfavorablesàcausenotammentdel’énergie
nécessaireàleurextraction(chauffagepourladistilationdubioéthanol)

Lesbiocarburantsdelasecondegénération

Apartird’unevariétéimportantedeculturesnonalimentaires

Ils’agitnotammentdelabiomassedesdéchets,lestigesdeblé,demaïs,dubois,deculture
debiomassefibreuse

Cesbiocarburantspeuventêtreproduitsselondeuxvoies:

Enzymatiqueouthermochimique

Lesproduitsfinauxpeuventêtredubioéthanol,dubiodiesel,dubiohydrogéneoudubiogaz

Lesprocédésdetypegazéificationdonnentunegénérationdebiocarburantsnepermetant
pasdecouvrirl’ensembledesbesoinsencarburant

Lagazéificationestunetransformationthermochimiqueconsistantdécomposéparla
chaleurunsolidecombustiblecarboné(charbonoubiomasse)enprésenced’unréactif
gazeux(co2,vapeurd’eau,l’air)danslebutestd’obtenirunmélangegazeuxcombustible
appelésyngazquiestcomposéd’unmonoxydedecarbone(Co)etl’hydrogène(h)

Remarque:latempératurederéactionestsupérieureà1000°c

Lesbiocarburantsdetroisièmegénération

Sontprincipalementproduitspardesmicro-algues

Lesmicro-alguespeuventsubirdifférentestransformationspourêtrevalorisésen
biocarburant

Elespeuventaccumulerdesacidesgrasjusqu’à80%deleurpoidssec,permetant
d’envisagerdesrendementsàl’hectaresupérieureauxespècesoléagineuseterestre(30x)

Intérêtpourlapharmacie(florediversifiéenonexploitée)

Intérêtpourl’alimentationhumaine(protéine,lipidesinstaures…)

Cesacidesgrasdoiventêtreextraitspuistrans-estérifiéspourproduiredebiodiesel

D’autresespècesdemicro-alguepeuventcontenirdessucresetainsiêtrefermentéesen
bioéthanol

Enfin,lesmicro-alguespeuventêtreméthaniséespourproduiredubiogaz

Méthodedecultureetdeproductiondesmicro-algues

Systèmesphototrophiques

Systèmesouverts

Profiterdelalumièrenaturele

Systèmeouvert:problèmedecontaminationpard’autresalguesetpardes
microorganismes

Nécessitédegérerdesquantitésimportantesd’eaupourrécolterlesalgues

Variationdelumièrejournalièreetsaisonnière

Systèmeferméutilisantlalumièrenaturele=»photobioreacteurs

Pasdecontamination

Eau+nutriment+lumière

Problèmepouréliminerl’oxygèneproduiteetcontrôleslatempérature

Systèmefermésutilisantdelalumièreartificiele

Possibilitéd’optimiserlesparamètresdeculture
Productionàfaibleécheledecomposéàhautevaleurajoutée

Lesbiocarburantsissusdelabiomasse:productivité,efficacitéetsoucisenvironnementaux

Bioéthanol

Biodiesel

1/Bioéthanol

Danslabiomassedebaseestcomposédesproduitsagricoles,cequiimpliqueungrand
risquedanslesecteuralimentaire(ceciaggravélasituationalimentaire)

Produitsagricoles:

Plantessucrières(lacanneàsucre,beterave)

Plantesamylacées(lesplantesamylacées,céréales)

Planteslignocelulosiques(bois,herbe):quicontientunesourceabondantetquinerentre
pasencompétitionaveclanourriture

Biocarburant

Définition

Lesbiocarburantssontdescarburantsissusdematériauxorganiquesrenouvelables
(biomasse)etnécessairementnonfossiles

Unproduitdesubstitutionauxcarburantsd’originefossiles

Uneénergierenouvelable

Danslebutd’adopteruneviepolitiqued’unedépendanceénergétique,lespaysriches
développentlaproductiondebioéthanolcommealternativeaucombustiblefossile

Qu’est-cequelabiomasse:

Leterme‘’biomasse’désigneausenslargel’ensembledelamatièrevivante.Ceconcept
s’appliqueauxproduitsorganiquesvégétauxetanimauxutilisésàdesfinsénergétiquesou
agronomiques

Productiondubioéthanol

Touslessucresenc6fermentescibles,principalementleglucoseetlesaccharosepeuvent
êtreconvertisenéthanoletenco2aprèsfermentation

Cele-ciestanaérobiqueetcatalyséeparuneenzymeproduiteparunelevure:
saccharomycescervisiales

Leséquationsdesréactionsdefermentationsontlessuivantes:

1Glucose=»1éthanol+2co2
1Saccharose+1h2o=»1éthanol+4co2

Processusdeproductiondubioéthanolàpartirdedifférentes

Plantesucrière=»extraction=»sucre
fermentescible=»distilation=»déshydratation=»bioéthanol

Planteamylacée=»amidon=»hydrolyse=»sucre
fermentescible=»distilation=»déshydratation=»bioéthanol

Matièreslignocelulosiques=»celulose+hémicelulose+lignine=»prétraitement=»»sucre
fermentescible=»distilation=»déshydratation=»bioéthanol

Lagrandepartiedubioéthanolestutilisédanslesmoteursencombustioninternes

Leresteàconsommersousformedeboissonetégalementestutilisédansledomaine médicale

Productiondubiodiesel:huiledesfritures,huilesd’algues

Définitiondubiodiésel

Lebiodiéselestdéfinicommeunmonoesterd’acidegrasàchainelonguedérivéeàpartir
d’huilevégétaletanimal

Huilesmajeurs:(maïs,olive,soja,tournesol…)

Huilesdesois:(lesamendes,lecajou,moisi,pistage…)

Hilesdescomestibles(orange,avocates…)

Huilesnoncomestibles:(lesalgues,lesatrophias,jojoba…)

Unefoislesacidesgraslibressontéliminés,ilsubitunetransestérification

1R-COOH+1R-OH=»catalyseur(hydroxydedesodium)=»1biodiesel+1h2o

Culturedesalgues

Selondemirbasplusde40pourcentdelamassealgaleestcomposéd’acidegras,ceshuiles
constitueunesourcepotentieltrèsprometeuseenmatièrepremièrepourlaproductiondes biodiesel

Devantledossierdelaflambéedel’ornoirelesingénieursfrançaiseetespagnolontélaboré
unforetdetubede8mètredehaut(lediamètre1,5mètre)oubaignentlesalgues
microscopiques

Uneportionvertedesdestinéeàdevenirdel’ornoire,cesalgueschangéedesoleil(en
photosynthèse)auxquelesduco2,aboutde24hsousbdeculturesouventuncocktail
énergétiquec’est-à-direunconcentréed’alguequiestlabiomassequivaêtresoumiseàune
fortepressionpourobtenirleproduitbioénergétiquelehuiled’algue(biodiesel)
Laquestionques’oppose,cebiodieselprésente-t-ilunebonnealternativequilieàlafoisun
intérêtaussibienéconomiquequ’écologique?

Pourrépondreàcetequestion,uneanalysedesgazdeschapmonsaétéréaliséparle
professeurbaaliils’agitdebiodieselàproduitapartirdeshuilesdefriturerécupérer

Lediagrammesynthétiquedelaproductiondubiodieselàpartirdeshuiles

Colectedeshuiles=»filtrationetdécantation=»titrage=»:

Huileavecunefaibleteneurenacidegraslibreinférieureà2,5%=»transéstérification+
(naoh+méthanol)=»biodiesel+(glycérol)=»lavage=»biodieselfini

Huileavecuneforteteneurenacidegraslibresupérieureà2,5%=»estérification+(acide
sulfurique+méthanol)=»biodiesel=»lavage=»biodieselfini

Analysedelacombustion

Lacombustionestuneréactionchimiquesentreuncorpscombustiblesetuncarburons
(oxygènedel’air)dontl’intérêtprincipalec’estd’êtreexotamerque(exigeantdechaleur)

Remarque:

Lesbiocarburantssansd’avantageschargésd’oxygènecequiassureunebonne
combustion*

Analysedetableau

Unepremieranalysedelacombustiondubiodieselpermetd’obtenirunerendementplus
élevée75%parrapportaunrendementdediesel(69%)
3
Unequantitéplusélevéedemonoxydedecarbone1622mg/m ,unequantitéplusélevéeen
matièreazotique,NOX234,2

Conclusion:

Lacombustiondesbiodieselestpluscomplètequeceledudieselordinaire

Unepremièreanalysedesémissionsmontrequelesémissionsfoliotent

Analysedesémissions:

LesémissionsmontrentquelebiodieselnecontientpasdesoufreSO2(pourdediesel100 mg/kg)

Pouvoirfumigènedescombustiblesutilisés

Définitions:

Lepouvoirfumigènecorrespondauvolumedufumésecdégagerparlacombustionexprimé
3
enm /kgdecombustible
 3 3
Lepouvoirfumigènedebiodieselestplusfaible(64,35m /kg)parrapportaudiésel(72,62 m /kg)

Conclusion

Lebiodieselissudelabiomasseprésentunbonintérêtenvironnementaletécologique

Unepremièreanalysedelacombustionamontréquelebiodiesel,permetd’obtenirun
rendementdelacombustionplusélevéeparrapportaurendementdelacombustiondu diesel

Apartird’unedeuxièmeanalysedesémissionsonpeutdirequelebiodieselissudela
biomasseprésenteunintérêtécologique(unetrèsfaibleteneurensoufreetmoinsdegazà
effetdeserreetunpouvoirfumigèneplusfaibleleparrapportaucombustiblediesel)

Uncoutdeproductionunitairedebiodieselplusfaible(4foismoinsfaiblequeleprix
carburantdieselordinaire)

Decefaitlebiodieselconstitueunebonnealternativeécologiqueetprésenteunbonintérêt
environnementaletéconomiquedonconpeutparlerd’uneénergievertedanslesensdu terme

Lespropriétésdubiodiéselencomparaisonaveclecombustibledieseld’originepétrolier
montrentbeaucoupderessemblancesetparconséquent,lebiodieselestestiméétantun
combustibleréalistepourunealternativeaugasoil

Recommandations

Faireunchoixjudicieuxdesculturesdesplantescandidatesàproduiredubiodiesel,moins
exigeanteseneaud’irrigation

Etablirunestratégieambitieusedanslebutd’encouragerdesunitésdecolectedeshuilesde friture

Etabliruncadreréglementaireinterdisantlerejetdeshuilesauxégoutsetfavorisant
l’opérationdecolecte

Etablirunelégislationquicadrelacommercialisationdubiodiesel

Biotechnologiejaune:l’environnement

Lesbiotechnologiesauserviced’uneindustriemoinspoluante

Lalessive:undétergent

Bainlessiviel=»agitationmécanique=»décolement=»agentantiredéposition

Lessiveetenvironnement

Lecalcaireempêchelebonfonctionnementdesdétergeant

Polutionparlesphosphatesjusqu’audébutdesannées1990
Lesdétergentsdesynthèsesedégradentdifficilementdanslanature:unocéandemousse

L’eaudejaveletlesproduitsassimilésdétruisentletissuenmêmetempsquelestaches

Eliminerlestachessansdétruireletissu

Danslanature,toutfinittôtoutardparêtretransforméenco2etencomposésminéraux

Producteursetconsommateurs=»mortalité=»matièreorganiquemorte=»décomposition
=»décomposeursetconsommateurs=»minéralisation=»matièreinorganique(c,h,o,n,k, p,s,etc.
…)

Producteursetconsommateurs=»minéralisation=»matièreinorganique(c,h,o,n,k,p,s, etc.…)

Matièreinorganique(c,h,o,n,k,p,s,etc.…)=»production=»producteurset
consommateurs

Matièreinorganique(c,h,o,n,k,p,s,etc.…)=»immobilisation=»décomposeurset
consommateurs

Desenzymesdanslalessive

Substrat=»gène1=»enzyme1=»métaboliteA=»gène2=»enzyme2=»métaboliteB=»gène3
=»enzyme3=»métaboliteC=»gène4=»enzyme4=»produitfinal

Desenzymesdanslalessive

1913:premièrebrevetpourunelessiveauxenzymes

1950:premièreprotéaseindustrielepourlalessive(novonordisk)

1968:les«enzymesgloutons»

1988:lipasepremièreenzymeOGMpourlalessive

Aujourd’hui90%deslessivescontiennentdesenzymes

Laphytoremédiation

Phytoremédiationreposesurl’utilisationdesplantes,deschampignons,desalguespour
décontaminercertainsmilieux

Lepouvoirdépoluantdesplantesd’intérieur:processusdedépolutionnaturele

Graceàlaphytoremédiation,dessolsimpropresauxcultures(troppoluées)sontde
nouveaurécupérablespourêtreexploités

Laphytoremédiationpermetraderéutiliserdessolstropdégradésafindenourirla
populationhumaine

Laphytoremédiationestunedécisionlogique:c’estunesolutionécologiqueetéconomique
Crassulaportulacea(exemple)

Lapolutionaubenzènedanslesmaisons

Lebenzèneetsesdérivésfontpartiedescomposésvolatilesémisparlescoles,les
peintures,lesvernis,lessolvants,etc.ilssonttoxiquespourlesangetcancérigènes.Leur
concentrationdansl’airestdeuxàcinqfoisplusélevéeàl’intérieurdeslocauxqu’à l’extérieur

Certainesplanteséliminentlesvapeursdebenzèneprésentesdansl’air,parmilesplantes
d’intérieurornementales,lesplusefficacessontcrassulaportulacea,hydrangeamacrophyla
(hortensia),cymbidium(orchidée)etficusmicrocarpa(ficusbonzaï)

Lapolutiondesfrichesindustrielesparlesmétauxlourds

Leteneurusuel«métauxlourds»désignedesélémentsprésentes,àl’étatnaturel,àdes
concentrationsinférieuresàunpourmiledanslesol

Ilpeuts’agirdemétaux(cadmium,nickel,etc.)oud’élémentsnon-métaliques(arsenic,etc.).
Touslesmétauxlourdssonttoxiquesàforteconcentration

Lesoldesfrichesindustrielescontientgénéralementdesconcentrationsélevéesdemétaux
lourds.Lessitessontinutilisablestantquelesmétauxlourdsnesontpaséliminés

Lesmétauxlourdsnepeuventpasêtredétruits(cesontdesatomes),enrevanche,ils
peuventêtreréutilisésàconditiond’êtresuffisammentconcentréspourqueleurextraction
soitrentable

Chezlesplantes«hyper-accumulation»,laconcentrationdemétauxlourdsateint1%.On
peutobtenirdescendressuffisammentrichesenmétauxlourdspourêtreexploitablesen
fauchantlesplantesetenlesincinérant

Deuxplanteshyperaccumulatrices:alyssumsaxatile,thlaspicaerulascens

Lesdifférentesformesdelaphyto-dépolution:

1/phytoextraction(phytofiltration)

Lesplantesextraitlespoluantdusol,etlesaccumulentdansleurpartieaériennessansles
dégradés,exemple:desmétauxlourds

Unedépolutioncomplètepasseparlafaucheetl’incinérationdesrécoltes

2/laphytodégradation(phytotransformation)

Lesplantesdégradelespoluantsaprèslesavoirsabsorbés,exemple:lessolvants,les
pesticides

Lesproduitsdedégradationsontstockésdanslaplanteourejetéedansl’atmosphère(les
composésvolatiles)
3/laphytostabilisation

Lesplantesfrênesladispersiondespoluantsdansl’environnementenlesrendent
insolubles(lesrésiduslibresinsolubles),exemple:lesmétauxlourdspiégerparl’humus,ou
bienilsréduisentlamigrationdespoluantsverslesnappesphréatiqueenpompantdegrand
volumed’eau,exemple:unpeuplieradultepompe120litreparjour

4/Larhizodégradation(phyto-stimulation)

Lesplantesontuneactionindirectsurlespoluantes

Elesagissentenfacilitantladépolutionpardesmicroorganismesprésentsdansleszones
entourantlesracines(larhizosphère).Exempledepoluant:leshydrocarbures

Laphyto-dépolutioncoutemoinscher

Ladépolutiond’unsolcontaminépardesmétauxcoute100euroslemètrecubeavecla phyto-
dépolutionet300eurosaveclestraitementsphysico-chimiquesclassiques

Ladépolutiond’unsitepoluépardupétrolecoute70000eurosaveclaphyto-dépolutionet
850000eurosaveclestraitementsphysico-chimiquesclassiques

Maiseleaseslimites

Laphyto-dépolutionn’estpaspossiblesilesiteestpoluéaupointdetuertoutevégétation.
Danscecas,ilfautaupréalablediminuerleniveaudepolutionpartraitementchimiquesou
endiluantavecdelaterenon-poluée

L’actiondesplantesnedépassepaslaprofondeurdeleursracines

Lesplantesquidépoluentsontgénéralementdesplantessauvagesproduisantpeude
biomassealorsquelaquantitédepoluantéliminéaugmenteaveclabiomasse.C’est
pourquoiilfautplusieursannéespourdépoluerunsite

Utiliserlesarbrespourdépoluer

Unarbrecommelepeuplierestaprioritrèsavantageuxpourlaphyto-dépolution,eneffet,il
produitrapidementunebiomasseabondante,ilestprofondémentenracinéetilpompe
beaucoupd’eau

Enrevanche,sacapacitéàdépoluern’estpasexceptionnele:ilpeutdégraderle
trichloréthylèneetletétrachloruredecarbone:(ilabeaucoupétéutilisépourledégraissage
depiècesmétaliques,lenetoyageàsecdevêtementsetl’extractiondeproduites organiques

Peupliers(OGM)

1/lesgènesbactériennes(rhodococcus)XPIA/Bsupprimelatoxicitédesexplosifs(TNT,et RDX)

2/legènedemammifèreYP2E1:permetdedégradéeefficacementlestrichlorureséthylène
etlesautrescomposésorganiquesvolatile(tétrachlorurecarboneLT)

Leschloroformesetchloruredevinyle(VC)

3/legènedemammifèreCYP2E2permetd’éliminélesvapeursdebenzèneetde
trichloréthylène

4/legènedemammifèreCYP2B6faciliteladégradationdesherbecytes

5/legèneLAC1dechampignons:permetdesupprimerlatoxicitédecertainpoluantavant
quipénètredanslaracine

Laphyto-dépolutionavecdesarbresOGMonpeuttransformerlepeuplierenunarbre
efficacepourladépolutionenluiapportantlesgènesquiluimanquent

Ecologiemicrobienne

Lamicrobiologieestlasciencequiétudiéelesorganismesdontlataileestdel’ordredu
micromètre(microbesoumicroorganisme)etquiparconséquentnepeuventêtrevusàl’œil
numaisseulementavecunmicroscope

L’écologiemicrobienneestlasciencequiétudielesinteractionsexistantentreles
microorganismesetleurmilieu,entrelesmicroorganismeseux-mêmesainsiqu’entreles
microorganismesetlesorganismessupérieursetvégétaux

Quelssontlesobjectifsdel’écologiemicrobienne?

1/comprendrequelstypesdemicroorganismes?Sontdansquelsenvironnements?Ousont -ils?
Commentsurvivent-ils

2/queleestleurabondancerelative?

4/qu’estcequicontrôleleuractivitéetleurabondance(s)?

a-Commentlesmicroorganismeschangentoutransformentchimiquementet
physiquementl’environnement?

Quelrôlejouent-ilsdanslescyclesbiogéochimiques

Définitionàconnaitre

Lesdifférentstypesnutritionnels

Selonlasourcedecarbone:autotrophe,hétérotrophe

Selonlasourced’énergie:phototrophe,chimiotrophe

Selonlasourced’électrons:lithotrophe,organotrophe

Ilexiste4typesdemétabolisme=»4groupesénergétiques

Pourpouvoirtransformeslesalimentsetfabriquesynthétiséleurmatièrevivante,le
microorganismedoiventceprocurerdel’énergiechimiquequieststockéedanslacelule
sousformed’ATP

L’énergiepeutprovenirdedeuxmodesdetransformation:

Energielumineuse=Ȏnergiechimique

Énergiechimique=»énergiechimique

Leprocessusmiseenjeuxdetransformation=»desréactionsd’oxydoréduction

2types:
ére
1 typeàpartird’unesourcedepotentielréducteur:minéraleouorganique
éme
2 typeàpartird’unesourced’énergie:chimiqueoubienlumineuse

=»4typesdemétabolismeénergétique

Sourced’énergieetsourcedepouvoirréductrice
-
Energiechimique+minérale:chimiolitrophe.Exemple:s,h2s,no ,nh3.Microorganisme:
2

bactériesulfuredeschics,bactérienitrifiantes,bactérieméthanogène

Energielumineuse+minérale:photolithotrophe.Exemple:h2o,h2s,s,h2.Microorganisme:
algue,bactériephotosynthétique

Energiechimique+organique:chimioorganotrophe.Exemple:sucre,protéine,lipide.
Microorganisme:lesprotestes(dégradelesucre),bactériehétérotrophe

Energielumineuse+organique:photoorganotrophe.Exemple:sucreintermédiaire.
Microorganisme:bactériephotosynthétique

Différentestypesnutritionnels.4groupes=lerecyclagedeséléments:cycles
biogéochimiques

Lerôledemicroorganismedansl’environnement:

1/l’écosystèmemicrobienne:

L’organisationécologique:individus,population,communauté,biomasse

Lapopulation:ensembled’individus

Appartenantàunemêmeespèce

Occupentunemêmefractiondebiotope

Echangelibrementleursgènesdanslesprocessusreproductifs

Ungrouped’individugénétiquementetfonctionnelementliées

Biomasse:lamassetotaledematièrevivanteprésenteàunniveautrophiquedonnédansun
écosystème

Labiocénose:désignel’ensembledes3groupesécologiquesfondamentauxd’organisme
quipeupletoutécosystème:lesproducteurs,lesconsommateurs,etlesdécomposeurs

Lacommunauté:unensembledepopulationsvivantedansunhabitatspécifiqueetétant
soumisàdenombreusesinteractions(exemple:desherbivores,organismesplanctoniques
autotrophe)

L’habitat:liendanslequelvielacommunauté

Laniche:ressemblelatotalitéderelationqu’uneespèceentretientavecsonthabitatetles
autresespècesdelacommunauté

L’écosystème:estconstituéparl’associationde2composantsenconstantinteractionl’une
avecl’autre

Unenvironnementphysico-chimique,abiotique(sol,minéraux,climat…)dénommébiotope

Unecommunautévivante,caractéristiquedecedernière,d’oùlarelation:écosystème=
biotope#biocénose

Labiosphère:peutsedéfiniecommeétantlarégiondelaplanètedanslaquelelavieest
possibleenpermanenceetquirenferme

2/interactionsmicrobiennes

A/relationhôte-florenormale

Laflorenormaleetl’hôteviventenassociationpourleursurvie

1/symbiose:estlavieenassociationétroitede2ouplusieursorganismesdissemblables

Etymologiquement(sym=avecetbio=vie)

A/commensalisme(com.=avecetmensa=table)

Symbiosedanslaquelel’undesorganismestireprofitdel’associationsansnuireàl’autre.
Lecommensalepeutvivresuroudansl’hôte

Exemple:bactériesurlasurfacedel’œil

B/lemutualisme(mutus=réciproque)

Symbiosedanslaquelelesdeuxpartiestirentdesavantages

Exemple:lestermites–protozoairesflagelés

Lesprotozoairesflagelés,destermites,synthétisentdescelules(=»dégradationdela celule)

Transforméeenacétateetd’autrescomposés
Lestermitesdépendentdescelulosessynthétisésparlesflageles,etoxydentl’acétatelibre
parleurflagelé

C/leparasitisme:

Unparasiteestunorganismequivitdefaçonobligatoireauxdépendsd’unautreêtrevivant

Leparasitismeestunéquilibredynamiquequipeutêtrerompuenfaveurduparasite
(pathogénie)oudel’hôte(arrêtedudéveloppementduparasitepouvantalerjusqu’àson
élémentaire)

Parasitismeextracelulaire:parasitequiviventàl’intérieuredelacelule,danslemilieu
interstitiel(lesbactéries,lesprotozoaires,leschampignons)

Parasitismeintracelulaire:parasitequiviventàl’intérieurdelaceluleinfectée(lesvirus,les
bactéries:ricketsiesetchlamydiae)

Ectoparasitose(poux),endoparasitose(vers,téniasis)

2/opportunisme:

Agentsquineprovoquentpasdemaladiestantqu’ilsrésidentdansleurhabitatnormalet
queleurhôteestsain

Deviennentpathogènechezunhôteaffaiblieoulorsquelesconditionssontmodifiésde
façonimportanteetavantageusepoureux

Exemple:unebactérieEscherichiacoliestinoffensivedanslegrosintestin-sonhabitat
normale-maisdevientpathogènedesvoisurinaires

3/saprophytisme:

Microorganismesquin’établissentpasdeliensnutritifsavecd’autresêtresvivants

Tirentleurnourituredelamatièreorganiqueprovenantd’organismemort

Ilsnesontpastoujours(informé)inoffensifs

Exemple:clostridiumquiestunsaprophytedusoldevientextrêmementpathogènechez
l’humain

4/pathogène:

Infection:invasiond’unorganismepardesmicroorganismespathogènecausantune
maladie

Pathogénité:capacitéd’unebactérieàcauseunemaladiepardesmicroorganismes
pathogènes

Ladiversitémicrobiologique

Leschampignonsunicelulairesou‘’levures’
Leschampignonsfilamenteusesou‘’moisissures’

Onappellevure,deschampignonsmicroscopiquesdetypeunicelulaire

Unemoisissure:consisteenfilamentslongs,finsetramifiésàstructurecelulaire,appelé
hyphesquiformentunmycélium,c.-à-d.ouunensembletissulaire

Aveclesbactériesetlesprotozoaires,leschampignonsjouentunrôletrèsimportantdansla
décomposition

Dégradentlamatièreorganiquecomplexeensubstancesorganiquessimpleseten
moléculesinorganiques

LeC,N,Petd’autresconstituantsessentielsdesorganismesvivantessetrouventlibéréset
disponiblepourd’autresorganismes

Beaucoupsontpathogènes,infectantlesplantesetlesanimaux

1/importancedeschampignons

A/importancedeslevures:

Sontessentielsàbeaucoupdeprocédésindustrielsimpliquantunefermentation

Rôle:

Fabricationdupain,vinetbière…

Productiondesprotéines

Certainssontpathogènes,d’autresontd’unegrandeimportancedansl’élaborationdes
produitsindustriels,revalorisationdesdéchetsagricoles

Bois,paile,topinambour,beterave,canneàsucre,etc.

B/importancedesmoisissures

Exemple1:penicilium

Productiondesantibiotiques:péniciline,griséofulvine,oulacyclosporine=substance
immunodépressive

Exemple2:aspergilus

Productiondesacidesorganiques

L’acidecitrique:estajoutéauxboissonssansalcool,auxconfiseriesetauxpréparations
médicales

99%delaproductionmondiale(supérieureà300000tonnes)provientd’unefermentationpar
lamoisissureaspergilusNiger

Exemple3:rhizopus
Productiondessubstancesanesthétiques(cortisoneethydrocortisone):rhizopusmigricans

Agentscontractifs

Productiond’alcoolsindustriels

Rhizopus:utiliséaussienIndonésiepourproduireunaliment=let’empêcheàpartirdes
grainesdesojadécortiquéesetbouilis

Enmoyenorientpourproduiredufromage=sufi

D’atendrisseursdeviandeetcolorantsjaunesajoutésauxlevuresetmargarines

Productiond’enzymesindustriels

Espècesd’importancemédicale,pathogènes,infectantlesanimaux

Aspergilusflavusetaspergilusparasiticus:lestoxines,produisentdesmétabolites
secondaires,lesaflatoxines,hautementtoxiquesetcancérigènespourl’hommeetles
animaux

Histoplasmacapsulatum:histoplasmose,lamaladiedupieddel’athlète

Candidaalbicans(candidose):lesmaladiescauséesparceux-cichezlesanimauxsontles
mycoses

Espècephytopathogéne:fusarium

2/distributiondeschampignons

Ilssontprincipalementterestresbienquecertainssoientmarins,tubesdigestifsdes animaux

3/nutritionetmétabolismedeschampignonssanspigmentschlorophyliens

A/hétérotrophes:

Incapablesd’utiliserl’énergiesolaire

Ilsutilisentdenombreusesmoléculescarbonéesfabriquéesparlesautresêtresvivants

Ilssécrètentdesenzymeshydrolytiquesquidégréentlessubstancesexternes

Ilsabsorbentalorslesproduitssolubilisés

Laplupartsontsaprophytes:senourrissantdematièreorganiquemorte

B/cesontdeschimioorganohétérotrophes:

Utilisantlamatièreorganiquecommesourcedecarbone,d’électronsetd’énergie

Entretientaussidesrelationsbénéfiquesavecd’autresorganismes:symbiose
Lesmycorhizes:lesracinesd’environ¾desplantesvasculairesentretiennentdes
associationsavecdesmycètesappelésdesmycorhizes,cesontdesassociationsentre
champignonsleplussouventdesbasidiomycètesetdesracinesdecormophyte

Lemycorhizeectotrophe:lechampignonnepénètrepasprofondémentàl’intérieurdela racine

Lemycorhizeendotrphe:lechampignonpénètredanslescelulesdelaracine

4/leslichens:sontdesassociationsentrealguesetchampignons

Lechampignonestunascomycète,maisaussidesbasidiomycètes

L’algueestunealgueunicelulaire:chlorophycéeoucyanophycée=cyanobactérie

L’alguefourniedesglucides,dessubstancesazotées,desvitamines

Lechampignonfournitoutelanutritionminérale

Cetesymbiosepermetd’acquérirdespropriétésexceptionnelesderésistanceaux
conditionsclimatiques,lelichenestlepremiervégétalquivapoussersurlarochenue

Importanceindustrieledeslichens:productiondesantianémiques

5/classificationdeschampignons

A/lesmyxomycètes:

Champignonsanimaux,lethaleesttoujoursàplasmode

Lanutrition:detypevégétale(absorptiondeselsminéraux)etdetypeanimale(phagocytose)

Parasitesdevégétauxoudessaprophytes

B/leseumycètes:

Vraischampignon,ondistingue4typesselonlastructuredumycéliumetdelafructification

1/deutéromycètes(aspergilus,penicilium)

Champignonsimparfaits

Leurmycéliumestsepté,paroiforméedechitine

Reproductionasexuée

Terrestrespourlaplupart

Saprophytesouparasitesdeplantes

Espècesd’importanceindustriele:pénicilium,aspergilus

2/zygomycètes(mucor,rhizopus,phycomyces)
Leurshyphessontcoenocytiques,contenantdenombreuxnoyauxhaploïdes

Laplupartviventdelamatièrevégétaleetanimaleendécompositiondanslessols
(saprophytes)

Exemple:

Lamoisissuredupain:rhizopusstolonfier

Lesmucoralescomprennentlesgenres:mucor,rhizopus,phycomyces,etc.

Certainesespècesdemucoralessontdesphytopathogéneetsurtoutdescontaminants
alimentaires

3/ascomycète(levures,neurospora)

Athaleseptéetformantengénéral8ascosporesàl’intérieuredechaqueasque

Paroicelulaireforméedechitineouchitinocalosique,jamaisdecelulose

Exemple:lamoisissurerosedupain:neurosporacrassa

4/basidiomycète(cryptococcus)

Champignonsàchapeau

Cesontdeschampignonsdeforets,avecleurpiedetleurchapeau(leurcarpophore)

Athalesepté

Beaucoupsontsaprophytes,notammentdesvégétauxligneux

Ilyaquelquesformesdemoisissures,parasitesetbeaucoupdechampignonsmycorhiziens

Cryptococcus:37espèces,uneseule:(cryptococcusneoformans)pathogène

Letraitementdeseauxrésiduaires

Introduction

Aveclacroissancedel’industrialisation,del’agricultureetdel’urbanisme,leproblèmede
polutionachangéd’écheletantquantitativementquequalitativement

Lacapacitéd’assimilationetdetransformationdemilieusetrouvedépasséavecl’apparition
desubstancehautementtoxique,résistanceàlabiodégradation,c’estlecasdespoluants
organiqueetdesmétauxlourds

Unepolutionquiporteateinteauressourcenatureleendéclencheunprocessusde
dégradationparfoisirréversiblec’estainsiquelapolutionapparaitaujourd’huidenaturede
compositionetd’actionmultipleetcerévèleunproblèmemajeurdenotrepays

Raisonpourlaqueleuntraitementdeseauxrésiduairesestvraimenttrèsimportant
 Microbiologieettraitementdeseauxrésiduaires

Introduction

Qu’cequ’unepolution?

C’estl’introductionparl’homme,directementouindirectement,desubstancesoud’énergies
dansl’environnementquientrainedesconséquencespréjudiciablesdenatureàmetreen
dangerlasantéhumaine,ànuireauxressourcesbiologiquesetauxsystèmeécologiques,ou
àgênerlesautresutilisationslégitimesdel’environnement

Qu’est-cequ’uneeauuséeetd’oùvient-ele?

Origineconsommationd’eau:

Usagesdomestiques:toiletes,cuisine,douche,lavage…

Usagesindustriels:lavage,agroalimentaire,traitementdesurface,chimie…

Composition:

Fractionnementphysique:déchetgrossiers,particulessupérieureà200nm,coloïdesde
diamètreentre2et200nm,solublesinférieurà2nm

Fractionnementchimique:carbone(sucre,protéine,lipide),azote(protéine,urée,
ammoniaque),phosphore(organique,phosphate),micropoluant(organique,métaux…)

Fractionnementbiologique:bactérie,pathogèneounon,composébiodégradable,composé
nonbiodégradable

Commentmesure-t-onlapolution?

Impossibled’analyserl’eaucomposéeparcomposé

Analysedeparamètresglobauxenrelationaveclemilieurécepteur

A/particules

Matièresensuspension(MES)(g/l):c’estlepoidsdematièresèche,mesuréaprèsséchage
pendantunenuit(24h)à105°c

Matièrevolatileensuspension(MVS)(g/l):partiebiodégradabledesMES

Expriméeen%MES

Lamesureestmenéesurl’échantilonàpartirduquelsontdoséeslesmatièressèches

L’échantilonestmiseaufourà600°c/24h

B/carbone

Demandechimiqueenoxygène(DCOenmgo2/l):C’estlaquantitéd’o2apportéeparun
réactifchimique(permanganate)pouroxydertoutelamatièreorganiquebiodégradableet
 -
nonbiodégradablependant2hà150°c(+(hso,MNO ))
24 4

Demandebiochimiqueenoxygèneen5jours(DBO5enmg/l):mesurelaquantitéd’oxygène
dissoutenécessaireàladégradationparlesmicroorganismesdelamatièreorganiqueen5j à20°c

C/Phosphore:
3-
Phosphoretotal(p),orthophosphate(po )
t 4

D/azote

Lesformesréduites(protéines,polypeptides,acidesaminés,usée,hydrazine,etl’azote
ammoniacal
- -
Lesformesoxydées(nitrites(no ),nitrates(no ))
2 3

E/micropoluants:

Organique:HPA,PCB…

Inorganique:métauxlourds

Quelestl’impactsurlasantéetl’environnement?

Réductiondelavieaquatique

Mauvaisesanté

L’eutrophisationpeutsedécomposerenquelquesétapes:

1/desnutriments,notammentlesphosphatesetlesnitratesissusdel’agriculture,sont
déversésengrandquantitédanslemilieuaquatique

2/leseauxainsienrichiespermetentlaproliférationd’algues(efflorescencealgal,ou
bloom);empêchelepassagedelalumièredonclaphotosynthèsedanslescouchesd’eau
inférieures,etgèneégalementleséchangesavecl’atmosphère

3/lestockd’oxygèneétanttrèslimitésdansl’eau(environ30foismoinsquedanslemême
volumed’air),celui-ciestrapidementépuisélorsdespériodespendantlesquelesla
respirationdesorganismesetladécompositiondesmatièresproduitesexcèdelaproduction
parphotosynthèseetleséchangespossiblesavecl’oxygèneatmosphérique

4/lemilieudevienthypoxiquepuisanoxique,favorableàl’apparitiondécomposésréducteurs
etdegazdélétères(thiols,méthane)

5/ilpeutenrésulterlamortd’organismesaquatiquesaérobies:insectes,crustacés,
poissons,maisaussivégétaux,dontladécomposition,consommatriced’oxygène,amplifiele
déséquilibre

Ilestdoncnécessaired’épurerleseauxusées
Principedutraitementdeseauxusées:

UneSTEPcomprendplusieursunitésdetraitements,placéesensérie

1/prétraitementphysiquedel’effluent

Décantationprimaire

2/traitementbiologique

Décantationsecondaire

3/traitementdesbouesrécoltésdanslesbassinsdedécantation

Unlabod’analyseetdecontrôledelaquantitédeseffluentsentrantàlaSTEPetsortantdela STEP

Principedel’épuration

Traitementdeseaux:

Eaurésiduaire=»traitementprimaire=»décanteurprimaire(facultatif)=»bassins
biologiques=»clarificationsecondaire=»eautraité=»rivière

Décanteurprimaire(facultatif)=»traitementdesboues=»bouestraitées

Clarificationsecondaire=»recirculation=»bassinsbiologique

Recirculation=»extractiondesbouesenexcès=»traitementdesboues=»bouestraitées

Prétraitementdeseauxusées(décanteurprimaire)

1/prétraitementphysiquedel’effluent

1/ledégrilage

Retenirlesdéchetssolidesetvolumineuxchariésparl’eaubrute,insensiblesautraitement
biologiqueetnuisiblespourlesinstalationssituésenaval(pompesetconduits)

Destination:miseendécharge,incinération

2/ledessablage

Séparationparsédimentationdeseauxuséesdegraviers,sablesetautresparticules
minérales(diamètresupérieureà200Um)

3/ledégraissage-déshuilage

Huilesetgraissesflotentàlasurfacedel’eau,récupérationparécumagedéversementpour
leshuiles,raclagepourlesgraisses

2/décantationprimaire
PermetderetirerdesEUlesmatièresdécantablesqu’elecontientencore,undiamètre
supérieure100Um

Celesinférieureà100userontentrainéesverslesunitésultérieuresdetraitement

Lesmatièresdécantablesensuspensionconstituentlesbouesprimairesquisontrécupérés
etorientésversletraitementdesboues

Ainsienréaliseuntraitementmécanique

LesEUpeuventsubirletraitementbiologique

3/letraitementbiologique(inférieureà100u)

Aérobieouanaérobie,ilreposesurladégradationdescomposésorganiquesprésentsdans
l’effluentparlesmicroorganismes

Lesmicroorganismesserassemblentenfilmsouflocons,senourissentdesMOD

Enaérobie,l’oxygènenécessaireaumétabolismeestapportépardesdispositifsd’aération

Lestechniquesdetraitementbiologique

A/lesbouesactivés:

Danscecaslesmicroorganismesépurateursflotentlibrementdansl’effluent.L’apportd’o2
estassuréparlebrassagedel’eau,permetantladissolutiondel’o2ATM

Aprèsuncertaintempsdecontact,l’effluentépuréestséparédesmicroorganismespar:
décantation

B/lelitbactérienne

L’effluentprétraitéruisselesurdesmatériauxinertesdegrandesurfaceservantdesupport
auxmicroorganismesépurateurs

L’oxygénationdel’effluentestassuréeparcirculationforcéedel’airATMentrelesmatériaux

L’effluentsubitensuiteunedécantationditesecondairedestinéeàledébarasserdes
microorganismesentrainéeslorsduruisselement

C/lelitimmergé

L’effluentprétraitétraversedesmatériauxinertesplusoumoinsporeuxpermetantd’une
partdefixerlabiomasseépuratriceetd’autrepartdeséparerl’eaudesbouesdispensant
ainsid’unedécantationsecondaire

D/lelagunage

L’effluentprétraitéséjournependantuneduréealantdeplusieurssemainesàplusieursmois
dandesbassinspeuprofondsmaisdegrandesurface
Réaliséparunécosystèmecomplexequifaitinterveniraussibiendesbactéries(aérobie,
anaérobie)desanimauxetdesvégétaux(faune:ciliés,rotifères,copépodes.Cladocèreset
laflorephotosynthétique)

Lagunagenaturele:l’o2estapportéparlaphotosynthèse,l’énergieétantfournieparle
rayonnementsolaire

Lagunageaéréparinsufflationd’air

Ceprocédépermetégalementlastabilisationdesbouesproduites

Rendement85%

Parmilesparamètresquiinfluencentlaqualitédel’eau:l’ensoleilement,latempérature,etle
tempsdeséjour

E/ledigesteur

L’épurationalieudansunouvrageclos(méthaniseur)ensemencéenmicroorganismes
anaérobies,fixésounon

Lesgazproduitsparcetefermentationsontprincipalementleméthanech4(biogazissude
lafermentationdesMO)etleco2.Leméthaneconstitueunesourced’énergievalorisable

F/ladécantationsecondaire

Séparationdesbouesdansunclarificateur(décanteursecondaire).Lamassebiologique
récupéréeconstituelesbouessecondaires

Unepartieestévacuéeversletraitementdesboues

L’autrepartieestrecycléepourmaintenirunemassebiologiquesuffisantepourl’épuration

3/letraitementdesboues

Bouesprimairesousecondairesleurtraitementaplusieursobjectifs:

1/réduirelevolumedesboues:

Epaississement:évacuationdel’eauinterstitielpardécantationdesboues,flotation(par
insufflationd’air)

Déshydratation:permetd’améliorerleurmanutention

A/filtrationnaturele

B/filtrationmécanique:applicationd’unepressionde5-15barspermetlalibérationdela
grandpartiedeseauxinterstitielscontenuesdanslesboues,laissantainsiungâteaude boues

Séchagethermiqueouincinération
Evacuationdel’eauinterstitieleparévaporation.Leproduitobtenuseréduitauxmatières
sèchesorganiquesetminéralesréutilisablessousformed’engraisagricole

2/réduirelamasseorganiqueetstabilisation:pardigestionaérobioseanaérobiose,
incinération,pasteurisation,stabilisationchimique

Flotateur

L’incinération:permetenpluslacombustiondesmatièresorganiquesdesboues.Lerésidu
obtenunecontiendraitquelesmatièresminéralesdelaboue

Flotateur

Digesteur