Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Bactriologie
DCEM1
2002 - 2003
Service de Bactriologie
2/122
2002 - 2003
Chapitre 1 :
1.1
1.2
1.2.1
1.2.2
1.2.3
1.2.4
1.2.5
1.2.6
9
9
10
11
12
12
13
16
19
29
Chapitre 2 :
2.1
2.1.1
2.1.2
2.2
2.2.1
2.2.2
2.2.3
2.2.4
2.2.5
19
19
22
22
23
24
25
26
27
2002 - 2003
3.1
3.2
3.3
3.4
3.4.1
3.4.2
3.5
3.5.1
3.5.2
3.5.3
3.5.4
3.6
3.7
Gntique bactrienne
Chapitre 3 :
29
29
29
29
29
30
31
31
31
31
32
34
35
Staphylocoques
Dfinition
Historique
Habitat
Pouvoir pathogne
Caractres gnraux
Infections staphylococciques
Etude bactriologique
Microscope
Culture
Caractres biochimiques
Facteurs de virulence de physiopathologie
Diagnostic bactriologique
Les bases du traitement
3/122
4/122
3.7.1
3.7.2
Traitement prventif
Traitement curatif
Chapitre 4 :
4.1
4.1.1
4.1.2
4.1.3
4.1.4
4.1.5
4.1.6
4.2
4.3
4.3.1
4.3.2
4.3.3
4.3.4
4.3.5
4.3.6
4.4
Les streptocoques
Historique
Habitat
Pouvoir pathogne
Etude bactriologique
Diagnostic bactriologique
Traitement
Les entrocoques
Le pneumocoque
Dfinition
Habitat
Pouvoir pathogne naturel
Etude bactriologique
Diagnoctic bactriologique
Traitement
Bibliographie
Chapitre 5 :
5.1
5.1.1
5.1.2
5.1.3
5.1.4
5.1.5
5.2
5.2.1
5.2.2
5.2.3
5.2.4
5.2.5
5.3
Les neisseria
Nessria mningitidis
Habitat
Epidmiologie et pouvoir pathogne
Etude bactriologique
Diagnostic bactriologique
Traitement
Neisseria gonorrhoeae
Habitat
Pouvoir pathogne
Etude bactriologique
Diagnostic bactriologique
Traitement
Rferences
Chapitre 6 :
6.1
6.1.1
6.1.2
6.1.3
6.1.4
Corynebactrium diphteriae
Historique
Habitat
Pouvoir pathogne
Bactriologie
2002 - 2003
6.1.5
6.1.6
6.2
6.2.1
6.2.2
6.2.3
6.2.4
6.2.5
6.2.6
57
57
58
58
59
59
60
60
60
61
Chapitre 7 :
7.1
7.1.1
7.1.2
7.1.3
7.1.4
7.1.5
7.1.6
7.1.7
7.2
7.2.1
7.2.2
61
61
63
66
67
69
71
72
72
72
73
77
8.1
8.1.1
8.2
8.2.1
8.2.2
8.2.3
8.2.4
8.2.5
2002 - 2003
9.1
9.1.1
9.1.2
9.1.3
9.2
9.2.1
9.3
Chapitre 9 :
87
87
87
89
90
90
92
Les entrobactries
Caractres gnraux et classification des entrobactries
Salmonella
Shigella
Yersinia
Escherichia coli
Autres entrobactries commensales
Entrobactries saprophytes
Les autres bacilles gram ngatif aerobies non exigeants
Les bacilles gram ngatif des genres pseudomonas et acinetobacter
Vibrio cholerae
Chapitre 8 :
77
77
79
79
80
82
84
85
87
Diagnostic bactriologique
Traitement
Listria monocytognes
Habitat
Facteurs de virulence et physiopathologie
Pouvoir pathogne
Caractres bactriologiques et antigniques
Diagnostic bactriologique
Traitement
Genre gemophilus
Caractres gnraux
Hamophilus influenzae
Autres haemophilus
Genre bordetella
Bordetella pertussis
Genre brucella
5/122
9.3.1
9.3.2
9.3.3
9.3.4
9.3.5
Dfinition
Habitat
Pouvoir pathogne naturel
Diagnostic
Traitement
95
97
97
97
99
100
101
102
102
103
103
103
103
104
104
106
106
107
108
108
108
109
111
111
111
112
112
113
114
114
114
117
6/122
11.1
11.1.1
11.1.2
11.1.3
11.1.4
11.2
11.3
Genre treponema
La maladie syphilitique
Bactriologie
Diagnostic biologique
Traitement
Borrelia
Les leptospira
Chapitre 12 : Mycobactries
12.1
12.1.1
12.1.2
12.1.3
12.1.4
12.1.5
12.1.6
12.1.7
12.2
12.3
12.4
12.5
Mycobacterium tuberculosis
Historique
Habitat
Pouvoir pathogne
Etude bactriologique
Pouvoir pathogne exprimental. Le phnomne de Koch
Diagnostic bactriologique
Traitement
Mycobacterium bovis
Mycobacterium africanum
Mycobactries atypiques
Mycobactrium leprae
Dfinition
Historique
Bactriologie
Les rickettsia : classification
Les caractres gnraux des rickettsies
Pouvoir pathogne chez lhomme
Bases du pouvoir pathogne
Les diffrentes rickettsioses humaines
Diagnostic des rickettsioses
2002 - 2003
13.6
117
119
119
119
120
120
120
120
121
121
121
121
121
121
122
122
122
122
122
2002 - 2003
14.1
14.2
14.2.1
14.2.2
14.2.3
14.2.4
14.2.5
14.3
14.3.1
14.3.2
14.3.3
14.3.4
14.4
14.4.1
14.4.2
14.4.3
14.4.4
7/122
8/122
2002 - 2003
Chapitre 1
Anatomie fonctionnelle des
bactries
1.1 La dcouverte du monde bactrien
Anton VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), drapier hollandais et grand amateur de loupes et instruments d'optique, dcouvre et dcrit entre 1674 et 1687 le monde microbien ( les
animalcules ). Mais celui-ci n'est vritablement reconnu qu' partir du milieu du XIXe sicle la
suite des travaux de Louis PASTEUR et de ses lves.
En 1866, HAECKEL cre le terme de protistes pour dsigner, entre le monde animal et le monde
vgtal, les tres unicellulaires et les tres pluricellulaires sans tissus diffrencis. Les protistes
sont classs en deux catgories :
Les protistes suprieurs ou eucaryotes qui possdent un noyau entour dune membrane, des
chromosomes, un appareil de mitose et une structure cellulaire complexe (mitochondries notamment).
Les protistes infrieurs ou procaryotes qui ont un chromosome unique sans membrane nuclaire et sans appareil de mitose, et une structure cellulaire lmentaire (pas de mitochondries). Les bactries font partie des protistes procaryotes.
En 1878, SEDILLOT cre le terme de microbes parmi lesquels on distinguera ensuite les bactries
proprement dites et les virus. Le terme virus, qui au dbut dsignait tout agent infectieux, est maintenant rserv la catgorie bien particulire de microbes qui ne possdent qu'un seul type d'acide
nuclique et qui sont incapables d'assurer eux-seuls la synthse de leurs propres constituants.
Seule l'expression rservoir de virus a gard un sens gnral : elle signifie rservoir de germes
(de microbes) sans prjuger de la nature exacte du germe (du microbe) en question.
2002 - 2003
9/122
Leur taille varie de 1 10 microns (m). Elles ne sont donc visibles qu'au microscope optique
(103) ou au microscope lectronique (106). Elles peuvent tre dsintgres par divers procds
physiques et chimiques, ce qui permet d'tudier les constituants bactriens ainsi librs.
Quelques chiffres concernant une bactrie-type, Escherichia coli :
Poids d'une cellule : 10-12g
Eau : 70 %
Poids sec d'une cellule : 3 10-13g
Proportion du poids sec : protines 55 %, lipides 10 %, lipopolysaccharides (LPS) 3 %, peptidoglycane 3 %, ribosomes 40 %, ARN 20 %, ADN 3 %.
10/122
2002 - 2003
Betalactamines
Ex. : pnicillines
cphalosporines
Aminosides
Ex. : streptomycine
gentamicine
Polymyxines
Ex. : colimycine
Rifamycines
Ex. : rifampicine
Quinolones
Ex. : A.nalidixique
ciprofloxacine
Cible bactrienne
daction
Classe
paroi
(peptidiglycane)
1.
ribosome
2.
membrane
cytoplasmique
ARN polymrase
3.
ADN gyrase
4.
5.
Phnicols
Ex. : chloramphnicol
thiophnicol
Cyclines
Ex. : ttracycline
doxycycline
Macrolides
et apparents
Ex. : rythromycine
pristinamycine
Sulfamides
et apparents
Ex. : cotrimoxazole
Nitroimidazols
Ex. mtronidazole
Cible bactrienne
daction
ribosome
ribosome
ribosome
2002 - 2003
11/122
d'enzymes qui inactivent les antibiotiques. Par exemple des plasmides de rsistance trs frquents
chez les staphylocoques portent un gne qui code pour la production d'une pnicillinase qui inactive la pnicilline G et les pnicillines du groupe A (ampicilline) ce qui rend la bactrie rsistante
ces pnicillines (idem chez E.coli, gonocoque,...). Les gnes peuvent tre organiss dans le plasmide au sein de transposons (cf. chapitre Gntique bactrienne page 19).
12/122
2002 - 2003
permabilit slective et transport des substances solubles l'intrieur de la bactrie : la membrane est la fois une barrire osmotique et un lieu de transport actif grce des permases ;
fonction respiratoire par transport d'lectrons et phosphorylation oxydative dans les espces
bactriennes arobies (rle quivalent celui des mitochondries des eucaryotes) ;
excrtion d'enzymes hydrolytiques, qui dgradent les polymres en sous-units suffisamment
petites pour pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et tre imports dans la bactrie ;
support d'enzymes et de transporteurs de molcules impliqus dans la biosynthse de l'ADN,
des polymres de la paroi et des lipides membranaires.
une pine dorsale faite d'une alternance de molcules de N-actylglucosamine et d'acide Nactylmuramique ;
un ensemble de chanes latrales peptidiques identiques, composes de 4 acides amins et attaches l'acide N-actylmuramique ;
un ensemble de ponts interpeptidiques identiques.
L'pine dorsale est la mme pour toutes les espces bactriennes tandis que les chanes latrales de
ttrapeptides et les ponts interpeptidiques varient d'une espce l'autre.
La plupart des chanes latrales comportent la L-alanine en position 1 (attache l'acide N-actylmuramique), le D-glutamate en position 2, l'acide diamino-pimlique, la lysine ou un autre acide
amin en position 3, et la D-alanine en position 4.
2002 - 2003
13/122
14/122
2002 - 2003
de structure (PS)
enzymes membranaires dont celles qui sont impliques dans la synthse du peptidoglycane (PG) et cibles des betalactamines, appeles
protines liant la pnicilline (PLP)
LPS : lipopolysaccharide (ou antigne 0) qui remplace en tout ou
partie les phospholipides de la couche externe de la membrane
externe.
2002 - 2003
15/122
16/122
2002 - 2003
1.2.6.5 Le glycocalyx
Le glycocalyx est un feutrage de fibres polysaccharidiques (exopolymre) prsent la surface des
bactries dans leur milieu naturel. Chez certaines espces bactriennes des quantits importantes
de glycocalyx sont synthtises (cas de Pseudomonas aeruginosa ou de Streptococcus mutans) et
engluent les cellules bactriennes. Le glycocalyx est alors appel slime .
La production de glycocalyx favorise l'adhsion de la bactrie, par exemple aux matriaux trangers (prothse...). Celui qui est produit par Streptococcus mutans est responsable de la formation
de la plaque dentaire, indirectement responsable des caries.
2002 - 2003
17/122
18/122
2002 - 2003
Gntique bactrienne
Chapitre 2
Gntique bactrienne
L'ADN bactrien peut tre l'objet de variations qui se traduisent par l'apparition de diffrences hrditaires dans les structures et/ou les fonctions permanentes des bactries. Les variations gntiques ou gnotypiques (le gnotype est l'ensemble des dterminants gntiques ports par une
cellule) rsultent d'une mutation, d'une transformation, d'une conjugaison, de l'acquisition d'un
plasmide, d'une transduction,... en somme d'un changement de nature d'un ou plusieurs gnes. Les
variations gntiques doivent tre distingues des variations phntiques ou phnotypiques (le phnotype est l'ensemble des proprits observables d'une cellule). Les premires affectent le gnome
bactrien dans sa squence nuclotidique alors que les secondes affectent le comportement de la
bactrie.
Les variations phnotypiques qui rsultent de l'adaptation de l'ensemble d'une population bactrienne ayant le mme gnotype diverses conditions extrieures sont rversibles, non transmissibles la descendance mais spcifiques (non alatoires). Leur mcanisme est en relation avec
l'activit des gnes qui peut tre rgule par des systmes plus ou moins complexes : induction
comme dans l'opron lactose ; rpression comme dans l'opron tryptophane (Jacob et Monod
1961...).
2002 - 2003
19/122
Gntique bactrienne
a.
b.
Le test de fluctuation de Luria et Delbruck (figure 1) concerne la rsistance d'E.coli un bactriophage (virus qui infecte les bactries et entrane leur lyse). Une culture jeune en milieu
liquide est divise en deux parties gales de 10 ml. Chaque partie contient 1.000 cellules bactriennes. La premire partie est garde telle quelle dans un flacon, tandis que la seconde est
subdivise parties gales (0,2 ml) en 50 petits tubes. Tous les tubes sont mis cultiver
37C. Aprs culture, le contenu des tubes est tal sur des gloses recouvertes de
bactriophages : 50 chantillons gaux sont prlevs du flacon et tals sparment ; le contenu de chacun des 50 petits tubes est aussi tal sparement.
On observe les faits suivants : le nombre de colonies bactriennes rsistant aux bactriophages est peu prs le mme, entre 3 et 7 colonies rsistantes, sur chacune des cinquante gloses
ensemences partir du flacon. En evanche, parmi les gloses ensemences partir des 50
petits tubes, certaines ne montrent pas de colonies rsistantes, d'autres en montrent une centaine.
L'explication du phnomne est la suivante : si les bactriophages induisaient la mutation vers
la rsistance aprs que les bactries aient t exposes aux bactriophages, toutes les gloses
devraient donner le mme nombre de colonies rsistant aux bactriophages. Si au contraire,
les mutations se produisaient comme des vnements survenant au hasard dans les cultures
bactriennes avant qu'elles ne soient exposes aux bactriophages, quelques-uns des petits tubes pourraient ne pas contenir de mutants, tandis que ceux dans lesquels les mutations seraient
survenues tt au cours de la priode de culture devraient en contenir beaucoup. Donc, s'il y
avait mutation, le nombre de colonies rsistantes aux phages obtenues partir des cinquante
petits tubes devrait prsenter un fort degr de fluctuation compar au nombre de colonies rsistantes provenant du flacon. C'est exactement ce que l'on observe ! Il s'agit donc d'une mutation spontane et non d'une mutation dirige par les bactriophages .
La culture par rplique de Lederberg et Lederberg (1952). Un morceau de velours strile est
tendu sur un cylindre de mtal ou de bois dont le diamtre est lgrement plus petit qu'une
bote de Ptri. En appuyant lgrement le velours sur une glose en bote de Ptri contenant
des colonies bactriennes, une fraction de chaque colonie est transfre sur le velours. En appliquant ensuite la surface du velours sur une autre glose vierge, on obtient d'un seul coup
un repiquage colonie par colonie de la premire glose, et, en rptant les rpliques , on
peut repiquer l'ensemble des colonies d'une bote de Petri sur de multiples botes.
On peut dmontrer par cette technique que les mutations surviennent indpendamment du facteur de slection (figure 2). Pour cela on tale un grand nombre d'E.coli sur une glose sans
antibiotique. Lorsque la culture a pouss en donnant des colonies confluentes, on fait, partir
de cette glose, des rpliques sur d'autres botes contenant un antibiotique. Des colonies de
mutants rsistants l'antibiotique apparaissent sur ces botes repiques dont quelques unes occupent une position identique sur chaque bote.
On peut prsumer que ceux-ci sont originaires de clones1 de cellules rsistantes qui se trouvaient sur la bote d'origine.
Un morceau de la surface de la culture est alors prlev l'emplacement correspondant sur la
bote d'origine et ensemenc dans un tube de bouillon. Lorsque la culture en bouillon s'est produite, un chantillon est tal sur une seconde bote de glose sans antibiotique et, ensuite,
lorsque cette culture a pouss, on repique par la technique du tampon de velours de nouvelles
botes contenant l'antibiotique. On constate qu'il y a maintenant une plus grande proportion
1. Un clone est une population bactrienne descendant dune seule bactrie
20/122
2002 - 2003
Gntique bactrienne
de colonies rsistantes que la premire fois. On constate aussi que des colonies de mutants rsistants occupent une position identique sur chaque boite rplique. Il suffit de prlever nouveau un fragment de la surface de culture l'emplacement correspondant sur la bote d'origine
et de porter ce fragment en bouillon.
Si on rpte ce processus plusieurs fois, on obtient des cultures de plus en plus riches en colonies rsistantes l'antibiotique. Finalement, en n'ensemenant que 100 cellules bactriennes, on obtient plusieurs colonies rsistantes. On peut, sur la culture d'origine, les prlever
sparment et vrifier qu'elles sont toutes composes de cellules bactriennes rsistantes
l'antibiotiques.
Le fait capital de cette exprience est que, sans aucun contact direct avec l'antibiotique, on
a pu augmenter la proportion de mutants, chaque cycle d'talement, ce qui prouve que la mutation originelle confrent la rsistance l'antibiotique est apparue en l'absence de l'antibiotique qui ne joue dans l'exprience que le rle d'agent slecteur.
Discontinuit (caractre brusque)
La mutation ne s'effectue pas la suite d'une longue priode d'adaptation progressive, avec
des formes intermdiaires, mais habituellement en une seule tape (loi du tout ou rien).
Dans certains cas, cependant, un comportement extrme (par exemple rsistance de haut
niveau aux quinolones chez E.coli) apparat la suite de mutations successives de plusieurs gnes. On oppose cette rsistance par tapes successives ( multiple step resistance) celle qui se produit en une seule tape ( one step rsistance).
Stabilit
Mme en l'absence de l'agent slecteur, le caractre acquis par la mutation est transmis la
descendance et se maintient dans les subcultures. La stabilit n'exclut cependant pas la rversibilit de la mutation ( reverse mutation ). Ex. : E.coli mutabile pour le caractre lactose.
Raret
La mutation est un phnomne rare qui n'affecte qu'une faible fraction de l'ensemble des
cellules bactriennes au sein d'une large population. La proportion des mutants que l'on
peut observer dans la population bactrienne d'origine dpend de trois paramtres
indpendants :
1.
2.
3.
la probabilit qu'une cellule bactrienne mute dans une unit de temps donn, correspondant un certain nombre de gnrations. Cette probabilit s'appelle le taux de
mutation ;
la distribution dans le temps des vnements mutationnels durant la priode de culture
(cf. le test de fluctuation de Luria et Delbruck), des mutations trs prcoces produisant
de trs larges clones de descendants du mutant) ;
le taux de croissance du mutant compar celui du type parental sauvage ( fitness ).
Bien que rares, les mutants peuvent tre slectionns au sein d'une population bactrienne,
soit spontanment (slection relative) parce qu'ils possdent un avantage physiologique
(ex : vitesse de croissance, taux de ltalit, pathognnicit...), soit artificiellement (slection absolue) parce qu'ils sont par exemple rsistants un antibiotique qui rvle la mutation (agent slecteur).
Indpendance et spcificit
La mutation n'affecte habituellement qu'un seul caractre en respectant les autres (ex. :
2002 - 2003
21/122
Gntique bactrienne
M.tuberculosis sensible tous les antibiotiques M.tuberculosis rsistant la streptomycine et sensible tous les autres antibiotiques). Dans certains cas, lorsque les mutations rsultent de la modification d'une squence de gnes fonctionnant ensemble (un opron),
elles peuvent affecter plusieurs caractres (mutation pliotrope).
La mutation d'un caractre donn ne modifie pas la probabilit de mutation d'un autre caractre. Il y a indpendance des mutations. Il en rsulte que la probabilit de mutation simultane l'gard de deux caractres est gale au produit des probabilits individuelles. Si
la probabilit de la rsistance de M.tuberculosis la streptomycine par mutation est de 105
et celle de la rsistance l'isoniazide de 10-6, la probabilit de rsistance double simultane la streptomycine et l'isoniazide est de 10-11 (base de la polychimiothrapie de la tuberculose, du SIDA...).
b.
Changement de squence conscutif la substitution d'une paire de base : il peut s'agir d'une
transition (ex. : AT est remplac par GC), ou d'une inversion ou transversion (ATTA. La
plupart des mutations par substitution d'une paire de bases sont rversibles (mutations rverses). Certaines sont silencieuses (inapparentes), en particulier quand la substitution concerne
le 3e nuclotide du codon car elles ne modifient pas la squence en acides amins de la protine correspondante (dgnrescence du code gntique. D'autres sont au contraire ltales,
par exemple lorsque la mutation introduit un codon non-sens (protine tronque).
Changement de squence conscutive une cassure des liaisons sucre-phosphate : la mutation affecte en gnral une squence de bases plutt qu'une simple paire. Il y a dltion (perte)
d'une squence (codon) d'ADN, inversion d'une squence, ou encore insertion d'une squence. Dans ces cas, la mutation est souvent ltale ou non rversible.
22/122
2002 - 2003
Gntique bactrienne
2.2.1 La transformation
La transformation est le transfert passif d'ADN d'une bactrie donatrice une bactrie rceptrice,
dite en tat de comptence. Le transfert, qui est partiel et limit quelques espces bactriennes,
entrane l'acquisition par la bactrie rceptrice de nouveaux caractres gntiques stables et transmissibles.
Dcouverte de la transformation. En 1928, Frederick Griffith dmontre que l'inoculation souscutane la souris d'un mlange de pneumocoques capsuls (virulents) tus par la chaleur et de
pneumocoques acapsuls (non virulents) vivants, entrane une septicmie mortelle pneumocoques capsuls vivants (figure 3a). Il y a donc eu transformation ou rversion des pneumocoques
acapsuls (R) en pneumocoques capsuls (S). La transformation est plus facile lorsque les pneumocoques acapsuls vivants et les pneumocoques capsuls tus sont du mme srotype.
En 1944, Avery Mac Leod et McCarty dmontrent que le principe transformant est l'ADN bactrien. Ils russissent reproduire in vitro la transformation en prsence d'ADN fortement polymris. L'activit transformante est perdue en prsence de dsoxyribonuclase.
Caractres de la transformation. La transformation naturelle ou physiologique exige l'tat de
comptence qui n'apparat qu' certains stades de la division cellulaire et seulement chez une fraction de la population bactrienne. La transformation artificielle est prcde du traitement chimique ou enzymatique de la paroi bactrienne avant sa mise en contact avec l'ADN.
La transformation naturelle peut s'observer chez un nombre limit d'espces bactriennes Gram
positif (Streptococcus et Bacillus) ou Gram ngatif (Neisseria, Branhamella, Acinetobacter,
Haemophilus). Elle se produit selon les phases suivantes (figure 3b) :
apparition de l'tat de comptence, fixation puis pntration et intgration de l'ADN donneur dans
le gnome de la bactrie rceptrice. Chez les bactries Gram positif, les diffrentes phases mettent en jeu un activateur spcifique d'espce, excrt par la bactrie et qui se fixe la surface de la
bactrie. Il y a ensuite synthse d'une protine fixatrice de l'ADN, d'une autolysine et une endonuclase. L'ADN fix est ensuite partiellement hydrolys puis converti en un fragment monocatnaire.
Les bactries transformables sont capables de fixer des ADN de multiples sources mais ne sont capables de former des recombinaisons gntiques que si la bactrie donatrice et la bactrie rceptrice
sont gntiquement trs proches. Cette relative spcificit est lie au fait que l'appariement qui se
produit avant la recombinaison exige une troite homologie des squences nuclotidiques endognes et exognes.
Chez les bactries Gram ngatif, l'tat de comptence est aussi en relation avec la synthse d'un
activateur de paroi qui est excrt par la bactrie la phase exponentielle de croissance (H.
influenzae) ou la phase stationnaire (Acinetobacter).
L'ADN donneur se fixe sur la paroi au niveau de sites rcepteurs, dans des conditions strictes de
mtabolisme cellulaire, de pH, de temprature et d'osmolarit.
Bien que la transformation ne permette que le transfert d'une petite fraction du gnome bactrien
(<1 %), soit d'efficacit relative (la frquence de transfert est de l'ordre de 10-4 10-6) et soit limite
quelques espces bactriennes, elle est d'un grand intrt thorique et pratique. Elle a permis de
comprendre le mcanisme de la synthse de la capsule, le contrle gntique de la rsistance aux
antibiotiques, l'tablissement de cartes gntiques, etc... Elle joue un rle important dans l'volution vers la rsistance du pneumocoque (-lactamines). Grce la transfection, qui est la possibilit d'infecter des bactries par des ADN ou des ARN viraux, on a pu dmontrer l'universalit du
code gntique en 1961.
2002 - 2003
23/122
Gntique bactrienne
2.2.2 La conjugaison
La conjugaison est un transfert d'ADN entre une bactrie donatrice et une bactrie rceptrice, qui
ncessite le contact et l'appariement entre les bactries, et repose sur la prsence dans la bactrie
donatrice ou mle d'une facteur de sexualit ou de fertilit (facteur F). Celui-ci permet la synthse
de pili sexuels et donne la polarit au chromosome. Le transfert d'ADN chromosomique qui est
sens unique, orient, progressif et quelquefois total, a beaucoup de similitudes avec le transfert
d'ADN extrachromosomique (plasmidique) (figure 4).
24/122
2002 - 2003
Gntique bactrienne
Transfert de l'ADN
Le pont cytoplasmique form, le transfert gntique peut commencer. Il ne porte d'abord
que sur un brin d'ADN, ce qui permet de restaurer l'intgrit du gnme de la bactrie donatrice par un processus de rplication asymtrique. Ce processus de rplication asymtrique a lieu tout prs du pont cytoplasmique et met en jeu un site rplicateur spcifique. Le
transfert du brin d'ADN est sens unique, orient, progressif, quelquefois total. Il dure alors
une centaine de minutes 37C. Son interruption artificielle par agitation mcanique permet de dterminer la squence des gnes transfrs et d'tablir la carte chromosomique.
Caractres chromosomiques transfrs
Tous les caractres cods par le chromosome (c'est--dire tous les gnes) peuvent tre
transfrs. En effet,le facteur F peut tre intgr dans le chromosome bactrien certains
sites. Dans cette position il permet le transfert de gnes chromosomiques proches de ces
sites d'une bactrie une autre mais ne transfre que rarement le facteur lui-mme.
Le facteur F peut rester autonome dans le cytoplasme. Dans cette position il ne transmet
la bactrie rceptrice que le facteur F mais pas de gne chromosomique. Lors du passage
de l'tat intgr l'tat autonome, le facteur F peut emporter avec lui des gnes bactriens.
Le rsultat en est un plasmide F' qui contient ces gnes et capable de les transfrer une
bactrie rceptrice de nouveaux gnes : c'est la F-duction ou sex-duction. Si les gnes transfrs par le facteur F' s'intgrent dans le chromosome de la bactrie rceptrice, on dit qu'il
y a eu recombinaison lgitime (chromosomique). S'ils ne s'intgrent pas, ils deviennent de
vritables gnes mobiles d'une bactrie une autre.
Plasmides conjugatifs
Certains plasmides sont capables d'assurer tous seuls leur transfert par conjugaison. On les
appelle plasmides conjugatifs (cf. section 2.2.3 page 25).
2.2.2.3 Conclusions
Le transfert de gnes par conjugaison est un facteur majeur d'volution du patrimoine gntique
bactrien, qui joue un rle essentiel en bactriologie mdicale (rsistance aux antibiotiques...).
2002 - 2003
25/122
Gntique bactrienne
2.2.3.3 Conclusion
Les plasmides confrent aux bactries qui les hbergent de nombreux caractres gntiques par un
mcanisme d'addition et non par un mcanisme de substitution. Ils reprsentent un lment essentiel d'adaptation bactrienne. Ils sont responsables d'pidmies de gnes (notamment de rsistance
aux antibiotiques), qui ont fait dcouvrir les transposons, appels encore gnes sauteurs ou mobiles.
26/122
2002 - 2003
Gntique bactrienne
prits nouvelles.
2.2.4.4 Conclusion
Le transposition est un mcanisme d'adaptation gntique particulirement efficace des bactries
leur environnement.
2.2.5 La transduction
La transduction est le tranfert d'ADN bactrien par l'intermdiaire de bactriophages (ou phages).
Ceux-ci sont des virus de bactries, qui existent sous la forme virulente ou tempre. Les phages
virulents se multiplient dans la bactrie (ou mieux sont rpliqus par la bactrie) et la lysent. Les
phages temprs s'intgrent dans le chromosome bactrien sans induire la rplication et sont rpliqus en mme temps que lui. Le bactriophage est alors appel prophage et la bactrie qui en est
porteuse, une bactrie lysogne. Dans une population de bactries lysognes, un prophage se libre
de temps autre du chromosome bactrien, devient virulent, se multiplie, provoque la lyse de la
bactrie et peut infecter de nouvelles bactries. Si, au cours de sa libration, le prophage emporte
avec lui plusieurs gnes bactriens, il peut y avoir transfert par le bactriophage de gnes bactriens
d'une bactrie (lysogne) une autre (lysogne). C'est la transduction.
2002 - 2003
27/122
Gntique bactrienne
2.
3.
2.2.5.2 Conclusions
Le transfert dADN bactrien par transduction a t trs utilis par les gnticiens en raison de sa
faible frquence (10-6), de son caractre partiel (1-2 % du gnome bactrien) et de sa relative nonspcificit. On peut concevoir quelle a jou, plus que la trasformation mais moins que la conjugaison, un rle important dans lvolution bactrienne.
28/122
2002 - 2003
Staphylocoques
Chapitre 3
Staphylocoques
3.1 Dfinition
Les bactries du genre Staphylococcus sont des coques (cocci) Gram positif, groups en amas
ayant la forme de grappes de raisin, immobiles, non sporuls, catalase positive et oxydase ngative.
Parmi les 27 espces du genre actuellement rpertories, les principales sont Staphyloccus aureus,
S.epidermidis et S.saprophyticus. L'espce S.aureus sera prise comme type de description.
3.2 Historique
Observs par Pasteur en 1879 dans un pus de furoncle, les staphylocoques doivent leur nom OGSTON (1881) qui les a mis en vidence dans des abcs aigus et chroniques.
3.3 Habitat
S.aureus est un commensal de la peau et des muqueuses de lhomme et des animaux (rhino-pharynx, intestin). On le trouve sur la muqueuse nasale dun tiers environ des sujets normaux. Elimin
dans le milieu extrieur, cette bactrie peut survivre longtemps dans lenvironnement.
2002 - 2003
29/122
Staphylocoques
Certaines souches agissent aussi par libration d'une ou de plusieurs toxines (intoxication alimentaire, syndrome de choc toxique, impetigo).
La frquence et la gravit des infections staphylocoques sont lies trois principaux
facteurs :
1.
2.
3.
Formes cutanes : atteinte plus ou moins svre des follicules pilo-sbacs (folliculite, furoncle, anthrax), atteinte pri-onguale (onyxis, perionyxis, atteinte du tissu sous-cutan (panaris,
phlegmons). Certaines formes superficielles (impetigo) peuvent se compliquer de lsions bulleuses graves lorsque la souche de staphylocoque est productrice d'exfoliatine.
Formes muqueuses : otites, sinusites, mastodites, conjonctivites.
Formes gnralises :
1.
2.
3.
30/122
Septicmie succdant un foyer initial cutano-muqueux : diffusion par atteinte des veines (squence : phlbite, caillot, embol septique en rapport respectivement avec action
de la coagulase, de la fibrinolysine et de l'hyaluronidase). On l'observe principalement
chez les sujets ayant des dfenses immunitaires affaiblies, traumatiss, sujets soumis
une intervention chirurgicale grave, sujets en unit de soins intensifs, diabtiques, etc...,
sujets gs, nourrissons. Les septicmies staphylocoques, qui sont de pronostic redoutable (20 30 % de mortalit), se compliquent souvent de localisations viscrales, mme
lorsqu'elles sont peu symptomatiques : pleuro-pulmonaires (abcs bulleux), osto-articulaires (ostomylites), uro-gnitales (phlegmon prinphrtique), crbrales (abcs du
cerveau), cardiaques (endocardite aigu).
Formes intestinales : soit intoxication alimentaire par absorption de toxine prforme
dans des aliments contamins par un staphylocoque producteur d'entrotoxines, soit entrocolite aigu pseudo-membraneuse staphylocoque, conscutive une antibiothrapie polyvalente massive et prolonge ayant slectionn une souche entrotoxique.
Syndrome de choc toxique dcrit pour la premire fois en 1978 (TODD). Il associe une
hypotension artrielle importante avec tat de choc, de la fivre (> 39 C), une rythrodermie diffuse, une desquamation des paumes et des plantes une deux semaines aprs
le dbut de la maladie et une atteinte pluriviscrale (digestive, musculaire, muqueuse, rnale, hpatique, neurologique, hmatologique). Fait important, les hmocultures sont ngatives tandis que les prlvements locaux permettent de cultiver S.aureus. La majorit
des cas publis sont associs l'usage de tampons vaginaux priodiques particuliers, retirs mamintenant du march. Les signes cliniques sont lis la production d'une exotoxine protique (Toxic Shock Syndrome Toxin 1 ou TSST-1). D'autres toxines
(entrotoxine B ou C) seraient impliques dans le syndrome de choc toxique. Des syndromes similaires peuvent s'observer au cours d'infections par d'autres bactries (ex.
2002 - 2003
Staphylocoques
Streptococcus A).
3.5.2 Culture
Comme tous les germes trs rpandus dans la nature, S.aureus cultive facilement sur les milieux
usuels, des conditions de pH et de temprature variables. Il est mme capable de pousser dans des
conditions hostiles, par exemple en prsence de 7 % de ClNa. Ce caractre est mis profit dans le
milieu de culture slectif hypersal de CHAPMAN pour isoler le staphylocoque d'un prlvement
polymicrobien.
En bouillon
S.aureus donne un trouble uniforme en quelques heures
Sur glose ordinaire
les colonies sont lisses, rondes, bombes, brillantes, opaques, de 1 mm de diamtre. Elles
se pigmentent habituellement en jaune dor (aureus), parfois en jaune citron, et parfois sont
non pigmentes
En glose profonde
S.aureus pousse dans la zone d'arobiose et dans la zone d'anarobiose. C'est donc une bactrie arobie-anarobie facultative, capable de se multiplier la surface de la peau, en arobiose et dans les tissus mal oxygns, plaie profonde par exemple.
2002 - 2003
31/122
Staphylocoques
La protine A, labore uniquement par les souches d'origine humaine, se lie au fragment des
immunoglobulines. Elle intervient dans l'opsonisation et la phagocytose ;
La protine de liaison au collagne permet l'adhsion de S.aureus au cartilage ;
La protine de liaison la fibronectine permet l'adnsion de S.aureus aux caillots plasmatiques mais aussi aux biomatriaiux (cathters, prothses) ;
La protine de liaison au fibrinogne (clumping factor) qui provoque l'agrgation de bactries
en prsence de plasma permettant de transformer directement le fibrinogne en fibrine.
La protine de liaison l'lastine.
Il existe des rcepteurs pour d'autres protines plasmatiques (plasminognes) ou tissulaires (vitronectine, laminine, sialoprotines de l'os).
32/122
2002 - 2003
Staphylocoques
Les hmolysines ont une action cytotoxique sur de nombreuses cellules eucaryotes,
notamment les globules rouges et les plaquettes. L'hmolysine , secrte par la quasi
totalit des souches de S.aureus, est mise en vidence avec des hmaties de mouton ;
de buf ou de lapin. La permabilisation membranaire entrane une fuite osmotique
du contenu cellulaire aboutissant la mort des cellules. La cytolyse de plaquettes et
de monocytes libre des cytokines et d'autres mdiateurs de la raction inflammatoire
expliquant le choc septique des infections svres S.aureus. La destruction des cellules endothliales favorise la dissmination des bactries et les mtastases infectieuses.
La leucocidine est forme de 2 composs, cods par des gnes distincts, agissant en
synergie ; elle agit sur les polynuclaires et les macrophages chez lesquels elle provoque la perte de mobilit, la dgranulation, la destruction nuclaire et la lyse cellulaire.
Cette protine a rle important dans la formation du pus.
L'exfoliatine est une protine thermostable responsable des lsions d'rythrodermie
bulleuse que l'on observe parfois au cours des septicmies staphylocoques et au
cours de l'impetigo. En se fixant certaines protines intracellulaires cutanes (profilagrine et filagrine) elle provoque une pidermolyse : dcollement intra-pidermique
entre le stratum granulosum et le stratum spinosum. Il y a rupture entre les cellules adjacentes suivie de celle des ponts intercytoplasmiques (desmosomes) ce qui entrane
des lsions bulleuses. 80 % des sujets adultes ont des anticorps protecteurs.
Les entrotoxines, dont il existe 7 srotypes diffrents (A, B, C1, C2, C3, D, E) sont
des protines thermostables responsables d'intoxications alimentaires (diarrhe, vomissements, douleurs abdominales, rarement un collapsus cardiaque, qui apparaissent
1 6 heures aprs l'ingestion). De 30 60 % des souches de S.aureus produisent une
entrotoxine. Il s'agit d'une protine thermostable, insensible aux enzymes protolytiques du suc digestif.
L'entrotoxine A est de loin la plus frquente.
La toxine responsable du choc toxique staphylococcique (TSST-1) : cette protine antignique entrane la formation d'anticorps protecteurs prsents chez 85 % des sujets
adultes. Cette toxine, comme les entrotoxines, a un effet pyrogne et est un superantigne qui entrane l'activation simultane de plusieurs sous-populations lymphocytaires, ce qui entrane la libratioin de plusieurs mdiateurs (interleukine, interfron
gamma, TNF alpha et bta) responsables de la symptomatologie du choc staphylococcique.
2002 - 2003
33/122
Staphylocoques
Le prlvement : aseptique (pour tre certain que le staphylocoque que l'on va isoler n'est pas
un simple commensal de la peau ou des muqueuses) et avant le dbut du traitement antibiotique.
L'examen microscopique d'orientation la recherche de cocci rguliers, Gram positif, groups en amas.
La culture sur glose ordinaire dans la majorit des cas ou sur milieu de culture slectif, type
milieu de CHAPMAN (qui contient 7 % de ClNa, du mannitol et un indicateur de pH) si le
prlvement est fortement contamin par d'autres bactries.
34/122
2002 - 2003
Staphylocoques
2002 - 2003
35/122
Staphylocoques
36/122
2002 - 2003
Chapitre 4
Les streptocoques,
entrocoques et
pneumocoques
Les bactries des genres Streptococcus et Enterococcus sont des cocci Gram positif, catalase ngative, mtabolisme anarobie. Le genre streptococcus rassemble les streptocoques sensu stricto
et le pneumocoque. Le genre enterococcus regroupe les streptocoques du groupe D, sauf Streptococcus bovis.
4.1.2 Habitat
Les streptocoques regroupent de nombreuses espces. Certaines sont des parasites de l'espce humaine (streptocoques des groupes A, C et G de LANCEFIELD), d'autres des commensaux de la
muqueuse buccale (streptocoques du groupe B et streptocoques non groupables et non hmolyti-
2002 - 2003
37/122
L'angine rouge ou rythmato-pultace (de pultis = bouillie, en latin), ou est l'affection streptococcique la plus frquente : elle s'accompagne classiquement de fivre 39-40C, de dysphagie par inflammation amygdalienne et priamygdalienne, d'une adnopathie satellite, de
cphales et d'asthnie.
D'autres infections aigus : cutanes, muqueuses ou septicmiques. Les unes sont locales,
comme l'imptigo (enfant : lsions au niveau du visage et des mains de type vsiculo-pustulaire, puis crouteuses, de contagiosit ++), l'rysiple (placard rouge surlev, limit par un
bourrelet + signes gnraux), ou encore sur les infections des plaies et brlures.
Les bactrimies sont souvent secondaires une infection locale. C'est le cas de la fivre puerprale qui fait suite une infection gnitale du post-partum. Il faut citer aussi les endocardites
aigus, les mningites.
La scarlatine associe une angine et la diffusion partir du foyer angineux d'une toxine
rythrogne secrte par le streptocoque. La raction de DICK consiste tester la sensibilit
du sujet l'inoculation intradermique d'une faible dose de toxine rythrogne.
Les sujets chez lesquels l'injection de toxine ne provoque pas une raction rythmateuse sont
immuniss contre la scarlatine. Pour l'histoire, la raction de SCHULTZE et CHARLTON,
ou raction d'extinction, tait une preuve diagnostique qui consistait injecter par voie intradermique au niveau d'une plaque d'rythme scarlatiniforme un peu de srum de convalescent
de scarlatine. Si l'rythme s'teignait au point d'injection, c'est qu'il s'agissait d'une scarlatine.
Des syndromes de choc toxique avec dfaillance viscrale multiple, identique celui observ
parfois avec S.aureus (cf. chapitre 3 page 29), d'o son nom de TSLS (Toxic shock like
syndrom).
Des affections auto-immunes, consquences d'infections streptocoque A. C'est le cas du rhumatisme articulaire aigu (R.A.A.), de la nphrite post-streptococcique, de la chore de SYDENHAM (contractions musculaires, involontaires, persistant pendant le repos, gestes
38/122
2002 - 2003
amples et rapides et incoordination des mouvements volontaires). La parent antignique entre la paroi du streptocoque et certains tissus humains explique le dveloppement d'auto-anticorps. Elle explique galement le traitement des affections auto-immunes : pnicillinothrapie pour liminer le streptocoque et cortisone pour diminuer la raction immunitaire.
b.
gnitales, qui peuvent se compliquer de fivre puerprale, provoques par les streptocoques du groupe B,
nonatales svres : septicmies, mningite de au streptocoque du groupe B.
de localisations diverses (abcs du cerveau, cholcystites, etc).
Il peut s'agir d'infections subaigus dont la plus classique et la plus grave est l'endocardite
lente d'OSLER. Celle-ci est due la greffe, sur un endocarde pralablement ls (anomalie
congnitale, squelle de cardite rhumatismale, etc...) d'un streptocoque non groupable comme
S.sanguis ou S.mitis frquemment isol de la plaque dentaire et du sillon gingival, d'un streptocoque du groupe D (S.bovis), d'origine intestinale (notamment en cas de cancer colique), ou
d'un entrocoque.
4.1.4.2 Culture
Les streptocoques sont des germes exigeants qui ne poussent donc pas sur les milieux de culture
ordinaires. Ceux-ci doivent tre additionns de srum ou de sang frais.
En bouillon
les streptocoques poussent en donnant des flocons et un dpt au fond du tube d aux longues chainettes et voquant de la mie de pain.
Sur glose au sang
ils donnent de petites colonies gristres, translucides, en grain de semoule, entoures d'une
zone d'hmolyse totale (hmolyse bta) pour les streptocoques des groupes A, C, G, tandis
que les autres streptocoques donnent une hmolyse partielle (hmolyse alpha) ou pas d'hmolyse du tout.
2002 - 2003
39/122
2.
La toxine rythrogne, responsable de la scarlatine, est une exo-enzyme. Elle n'est scrte
que par les streptocoques des groupes A, C ou G lysognes, c'est--dire qui hbergent un bactriophage tempr (prophage). La raction de DICK et celle de SCHULTZE et CHARLTON
sont en relation avec cette toxine et les anticorps spcifiques dont elle induit la formation. Les
souches de streptocoques responsables de chocs toxiques et de dfaillances viscrales multiples produisent une toxine trs proche de la toxine rythrogne et appele Spe (Streptococcal
pyogenic exotoxin). Le mode d'action de ces deux toxines est proche de celle de TSST, de
S.aureus (superantigne, cf. S.aureus).
De nombreuses enzymes non toxiques sont scrtes par les streptocoques :
40/122
2002 - 2003
Si le prlvement provient d'une cavit close (pus d'abcs, liquides d'panchement, L.C.R.,
urines) ou s'il s'agit d'une hmoculture, tous les streptocoques isols peuvent tre pathognes
mme s'ils ne sont pas bta-hmolytiques
S'il s'agit au contraire d'un prlvement de gorge (angine), seuls les streptocoques bta-hmolytiques doivent tre pris en considration. En plus il faut vrifier qu'ils appartiennent bien au
groupes A, C ou G car certains streptocoques commensaux (B ou D) peuvent tre bta-hmolytiques.
En cas de mningite nonatale, la contre-immunolectrophorse ou l'agglutination de particules de latex portant des anticorps antistreptocoques B permet parfois d'identifier la prsence
d'antigne dans le LCR.
L'antibiogramme, notamment l'tude de la sensibilit la pnicilline et l'rythromycine,
viendra toujours complter le diagnostic direct.
4.1.6 Traitement
4.1.6.1 Traitement curatif
Les streptocoques des groupes A, C et G sont extrmement sensibles la pnicilline et l'rythromycine qui sont donc les antibiotiques choisir pour le traitement des infections qu'ils provoquent.
Les autres streptocoques, notamment les streptocoques non groupables et Streptococcus bovis,
sont de sensibilit intermdiaire ou rsistance la pnicilline. Ils posent par consquent des problmes thrapeutiques et obligent souvent associer de fortes doses de pnicilline ou d'amoxicilline un aminoside (par exemple la gentamicine).
2002 - 2003
41/122
4.3 Le pneumocoque
4.3.1 Dfinition
Le pneumocoque, Streptococcus pneumoniae, est un diplocoque Gram positif, encapsul, ayant
les proprits mtaboliques des bactries du genre Streptococcus.
4.3.2 Habitat
Le pneumocoque est un hte normal (commensal) de l'arbre respiratoire suprieur (rhino-pharynx) de l'homme. On le trouve d'autant plus souvent que le sujet est jeune (40 % de portage chez
les enfants frquentant les crches).
Des affections loco-rgionales : bronchites, trachobronchites, sinusites, otites, conjonctivites, pneumonies franches lobaires aigus (accompagnes dans 15 25 % des cas de bactrimie), pleursies. Les pneumonies pneumocoque reprsentent 60 80 % de toutes les
pneumonies bactriennes.
Des affections distance : pricardites, mningites, pritonites, arthrites. Un caractre important des infections pneumocoque est retenir : la frquence des ractions fibrineuses gnratrices de cloisonnements (par exemple pleuraux ou mnings) qui, eux-mmes, aggravent
le pronostic.
42/122
2002 - 2003
4.3.4.2 Culture
La culture du pneumocoque est aussi difficile que celle des streptocoques. Sur glose au sang en
anarobiose ou sous CO2, le pneumocoque donne des colonies lisses, transparentes, en goutte de
rose, entoures d'une zone d'hmolyse partielle (alpha). Par repiquages successifs, les colonies deviennent rugueuses et correspondent des pneumocoques ayant perdu leur capsule.
2002 - 2003
43/122
part du temps une septicmie mortelle en 24-28 heures. Cette proprit est parfois employe pour
isoler le pneumocoque. Actuellement elle est uniquement utilise pour la pathologie exprimentale
dans les essais thrapeutiques anti-infectieux.
l'examen microscopique, de diplocoques Gram positif encapsuls et de nombreux polynuclaires altrs, s'il s'agit d'un liquide de sreuse infecte, d'un abcs, etc...
la culture sur glose au sang, de colonies en goutte de rose, alpha-hmolytiques, sensibles
l'optochine. L'identification peut, si ncessaire, tre complte par la lyse par la bile ou les
sels biliaires d'une culture en bouillon et le srotypage.
On compltera l'isolement et l'identification du pneumocoque par un antibiogramme, en raison de l'apparition de souches de pneumocoques rsistantes aux antibiotiques. D'aprs les rsultats publis en 1997 dans le Bulletin Epidmiologique Annuel par l'Institut National de
Veille Sanitaire (2), en moyenne 46 % des souches de pneumocoque sont rsistantes
l'rythromycine, 40 % au cotrimmoxazole. L'tude de la sensibilit la pnicilline G monte
que 40 % des souches sont de sensibilit diminue ou rsistantes la pnicilline G. Il faut noter toutefois que le pourcentage de souches rsistantes varie en fonction de l'ge du patient.
Ainsi, chez les jeunes enfants, 60 % des souches sont rsistantes l'rythromycine mais seulement chez 40 % des sujets adultes. L'apparition des souches de pneumocoques rsistantes
aux antibiotiques est le rsultat de l'augmentation de la consommation des antibiotiques, en
particulier chez les jeunes enfants, et la transmission croise des souches rsistantes, surtout
dans les collectivits d'enfants (crches). Des transferts de matriel gntique par transformation ou par transposition peut se faire dans le rhino-pharynx entre les streptocoques commensaux rsistant aux antibiotiques et les pneumocoques
En cas de mningite, la contre immunolectrophorse ou l'agglutination de particules de latex
portant des anticoprs anticapsulaires permet parfois de mettre en vidence des d'antignes
pneumococciques dans le LCR.
44/122
2002 - 2003
4.3.6 Traitement
Avant l're des antibiotiques, la srothrapie par des srums spcifiques antipolysaccharide
capsulaire tait le seul moyen de traiter les sujets infects.
L'antibiotique de choix reste la pnicilline, malgr l'apparition de souches fortement rsistantes cet antibiotique.
Il existe un vaccin qui contient les polysaccharides des 23 types les plus souvent rencontrs
aux U.S.A. L'efficacit de ces vaccins, recommands chez les sujets immunit dficiente,
n'est pas pleinement dmontre. Il est indiqu chez les sujets splnectomiss et les personnes
ges. Un vaccin contenant les antignes polysaccharidiques de 7 srotypes (vaccin heptavalent) frquents chez l'enfant et souvent associs la rsistance aux antibiotiques a fait l'objet
aux USA d'un essai portant sur plus de 37.000 enfants, la moiti des enfants recevant le vaccin
anti-pneumococcique heptavalent, l'autre moiti un vaccin anti-mningococcique (4). Parmi
les enfants vaccins par le vaccin anti-pneumococcique heptavalent 3 cas d'infections svres
sont identifis pendant la priode de surveillance post-vaccinale alors qu'il y en a eu 49 parmi
les autres enfants (efficacit protectrice de 93 %). L'efficacit protectrice sur les otites moyennes aigus est de 57 %. Ce dernier vaccin, maintenant disponible en France, est administr
avant un an et ncessite trois injections.
4.4 Bibliographie
1.
2.
3.
4.
Leclercq R, Derlot E, Duval S et al. Plasmid-mediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium. New England J. Med. 1988 ; 319 : 157-161.
Bulletin Epidmiologique Annuel. Rsistance du pneumocoque aux antibiotiques en France
en 1997. 1997 ; 2 : 183-186
Schrag SJ, Beall B, Dowel SF. Limiting the spread of resistant pneumococci : biological and
epidemiologic evidence for the effectiveness of alternative interventions. Clin. Microbiol.
Rev. 2000 ; 13 : 588-601.
Abramson JS et coll. 2000 : Technical Reports : prevention of pneumococcal infections, including the use of pneumococcae conjugate and polysaccharide vaccines and antibiotic prophylaxis. Pediatrics 2000 ; 106 (2) : 367-376.
2002 - 2003
45/122
46/122
2002 - 2003
Les neisseria
Chapitre 5
Les neisseria
Les Neisseria sont des cocci Gram ngatif, en diplocoques, arobies stricts, oxydase positive.
Certains sont des commensaux des cavits naturelles, tandis que deux espces Neisseria
meningitidis et Neisseria gonorrhoeae sont des pathognes.
5.1.1 Habitat
Le mningocoque est un parasite strict de lespce humaine. L e rhino-pharynx est la porte dentre du germe dans lorganisme. De nombreux sujets sont porteurs sains et jouent un rle capital
dans lpidmiologie de la maladie.
2002 - 2003
47/122
Les neisseria
5.1.3.2 Culture
Le mningocoque est un germe moins fragile que le gonocoque. Les chantillons de produit
pathologique susceptibles de contenir des mningocoques doivent cependant tre ensemencs
le plus rapidement possible sur un milieu de culture appropri. Il faut viter les grands carts
de temprature lors du transport au laboratoire.
Le mningocoque ne pousse pas ou mal sur les milieux de culture usuels et 22 C (diffrence
avec les Neisseria commensales). Il pousse bien sur glose au sang cuit (glose chocolat), incube 36 C, en atmosphre enrichie de 5 % de CO2 (le procd de la bougie permet d'obtenir une concentration en CO2 de 3 10 %). L'humidit favorise la croissance (figure 2).
Les cultures sont positives en 18 heures et donnent des colonies gristres, opaques, surface
lisse et humide. Les formes capsules forment des colonies mucodes.
La paroi du mningocoque, et des Neisseria en gnral, a une structure voisine de celle des
bacilles Gram ngatif. Elle contient un lipo-polysaccharide (LPS) ou endotoxine qui a un
pouvoir lthal par injection intraveineuse ou intrapritonale dose leve et un pouvoir dermo-ncrotique par injection intradermique.
Des polysaccharides capsulaires permettent de classer par agglutination les mningocoques
en groupes srologiques : A, B, C, D, XYZ, 29E et W135. Les mningocoques du groupe A
sont le plus frquemment rencontrs au cours des pidmies en Afrique, ceux du groupe B en
Europe et C en Amrique. Chaque fois qu'il y a une pidmie, il s'agit de mningocoques des
groupes A et C, les groupes B se rencontrant plus frquemment dans les cas sporadiques ou
chez les porteurs sains.
Au cours des mningococcmies graves, des antignes polysaccharidiques sont librs en
grande quantit dans le sang, le liquide cphalo-rachidien et les autres liquides biologiques.
On peut les mettre en vidence par contre- immuno-lectrophorse, agglutination de particu48/122
2002 - 2003
Les neisseria
5.1.5 Traitement
5.1.5.1 Traitement curatif
Le traitement curatif des mningococcies repose sur l'administration, le plus prcocment possible,
d'antibiotiques : par exemple 30 millions d'units de pnicilline par 24 heures chez l'adulte, en perfusion intraveineuse continue, pendant 10 jours ; ampicilline, phnicol (chloramphnicol ou mieux
thiophnicol) peuvent constituer des alternatives tout aussi efficaces que la pnicilline.
2002 - 2003
49/122
Les neisseria
5.2.1 Habitat
Le gonocoque est un parasite strict de l'espce humaine.
50/122
2002 - 2003
Les neisseria
Chez l'homme
le risque de contamination aprs un rapport sexuel avec une partenaire infecte est de 35 %
en moyenne. La maladie apparat brutalement 2 5 jours plus tard et se traduit le plus souvent par une affection aigu : urthrite avec coulement purulent et brlures vives la miction (chaude-pisse). Dans moins de 5 % des cas, l'infection urthrale est pauci ou
asymptomatique.
En se prolongeant, l'infection urthrale entrane localement une raction sclreuse qui peut
conduire au rtrcissement urthral. L'infection peut s'tendre aux glandes urthrales, la
prostate, aux vsicules sminales et l'pididyme. Des bactrimies peuvent se produire,
entraner la dissmination du gonocoque dans l'organisme et tre responsables de lsions
cutanes (papules hmorragiques, pustules), d'arthrites, de tnosynovites (genou, cheville,
poignet), etc Les gonocoques responsables d'infections asymptomatiques sont responsables de la plupart des gonococcies dissmines.
Chez la femme
le risque de contamination aprs un rapport sexuel avec un partenaire infect est de 75
90 %. L'infection est le plus souvent peu ou pas symptomatique. Elle se traduit par une
urthrite, une cervicite, une bartholinite, et peut donner lieu un coulement purulent. L'infection peut s'tendre et provoquer une salpingite (avec risque d'oblitration secondaire et
de strilit), une pelvi-pritonite. Il n'est pas rare que ces complications locorgionales
soient les premires manifestations de l'infection gonococcique chez la femme.
Les localisations extragnitales (pharynges, anales et oculaires), les bactrimies, et les localisations distance sont similaires celles qui s'observent chez l'homme.
Chez le nouveau-n
l'ophtalmie purulente est acquise au moment de la traverse de la filire gnitale lorsque la
mre est infecte et non traite. Elle conduit la ccit. Pour la prvenir, il y a obligation
lgale d'instiller dans les yeux des nouveaux-ns un collyre antiseptique (nitrate d'argent
0,5-1 % : mthode de Cred) ou antibiotique (ttracycline ou rythromycine).
5.2.3.2 Culture
Les gonocoques sont des germes fragiles (trs sensibles la dessication) et exigeants. Au sortir de
l'organisme, on les cultive 36C sur glose chocolat, enrichie de supplment vitaminique et additionne d'un mlange d'antibiotiques (vancomycine, colistine et nystatine ou V.C.N.) pour inhiber
la croissance des bactries commensales. Une certaine proportion des souches est cependant sensible la vancomycine, d'o l'utilit d'ensemencer aussi sur milieu non inhibiteur en parallle.
2002 - 2003
51/122
Les neisseria
Une atmosphre humide, enrichie de CO2 (5-10 %) est indispensable pour la croissance. Les colonies, plus petites que celles des mningocoques, apparaissent en 18h habituellement mais parfois
en 48 h. Elles sont petites, bombes, opaques ou translucides, brillantes, de moins de 1mm de diamtre, bords rguliers, nets (T1) ou d'un diamtre lgrement suprieur (T2). Aprs repiquages
multiples, elles changent d'aspect, cessent d'tre virulentes (perte des pili) et sont plates, granuleuses, contours crnels, de 2 3 mm de diamtre (T3 et T4).
Les prlvements doivent tre faits au laboratoire, le matin avant mission d'urine ou toilette
gnito-urinaire. On prlvera le pus et les scrtions partir de l'urthre, col, prostate, muqueuse rectale, pharynx et, ventuellement, le liquide synovial et le sang.
L'examen microscopique, aprs coloration de Gram, est fondamental car la mise en vidence
de nombreux diplocoques Gram ngatif l'intrieur des polynuclaires altrs permet le diagnostic la phase aigu de la maladie (urtrite purulente). Dans les autres localisations (pha-
52/122
2002 - 2003
Les neisseria
c.
d.
5.2.5 Traitement
5.2.5.1 Traitement curatif
Le traitement de la gonococcie, qui repose sur une antibiothrapie prcoce et strilisante, doit rpondre plusieurs impratifs :
Traiter coup sr l'infection pour rendre le malade non contagieux, en une prise unique (traitement minute), seule garantie d'une bonne observance.
Traiter une autre ventuelle infection sexuellement transmise (syphilis, chlamydiae, etc)
qui a pu tre contracte en mme temps que la gonococcie.
S'adresser non seulement aux malades mais aussi leurs partenaires pour viter la rinfection
(ping-pong) et la contamination d'autres personnes.
En pratique, deux types de traitement sont disponibles, le traitement minute ( dose unique) indiqu en cas d'infections aigus, localises, non compliques, et le traitement standard rserv aux
seules formes compliques.
Traitement minute : classiquement, dose unique de 4,8 millions d'units (M.U.) de pnicilline-procane (pnicilline moyen retard) en injection intramusculaire ou de 3,5 g d'ampicilline, associe 1 g de probncide (Bnmide) par voie orale (pour ralentir l'excrtion
urinaire des pnicillines). Ces traitements sont capables de traiter une syphilis en incubation.
Traitement standard : pendant 15 jours, injections quotidiennes de 1 M.U. de pnicilline ou
administration orale de 4 g d'ampicilline, ou de 1 g d'amoxycilline (20,5 g), ou de 2 g de t-
2002 - 2003
53/122
Les neisseria
tracycline, etc Dans tous les cas, les partenaires doivent tre traits en mme temps et
de la mme manire que le malade.
Devant l'augmentation constante du pourcentage de souches rsistantes la pnicilline, il est
prfrable d'utiliser une cphalosporine de 3me gnration (ceftriaxone 500 mg en injection
IM) ou une fluoroquinolone (norfloxacine, 800 mg per os, ou rosoxacine, 300 mg per os) ou
la spectinomycine (2 g en injection IM).
5.2.5.2 Prvention
L'ophtalmie purulente du nouveau-n est prvenue par l'instillation conjonctivale systmatique
d'un collyre l'rythromycine 0,5 % ou la ttracycline 1 %.
Pour les autres infections gonocoque, en l'absence de vaccin efficace, la seule prvention est la
matrise sexuelle : hygine sexuelle et responsabilit l'gard des partenaires, prvention mcanique (prservatifs), emploi de contraceptifs chimiques, ducation sexuelle permettant le traitement
prcoce des malades et de leurs partenaires, etc
5.3 Rferences
LAGA M, PLUMMER FA, PIOT P, DATTA P, NAMAARA W, NDINGA-ACHOLA JO,
NZANGE H, MAITHA G, RONALD AR, PAMBA HO and BRUNHAM RC. Prophylaxis of gonococcal and chlamydial ophtalmia neonatorum : a comparison of silver nitrate and tetracycline.
N Engl J Med 1988 ; 318 : 653-57.
54/122
2002 - 2003
Chapitre 6
Les bacilles gram positif non
sporules
6.1 Corynebactrium diphteriae
Les corynbactries sont des bacilles Gram positif, immobiles et asporuls, souvent granuleux et
extrmits largies. Leur groupement en palissades ou en lettres de l'alphabet est souvent caractristique. De nombreuses espces font partie de la flore normale de l'arbre respiratoire, des autres
muqueuses et de la peau. Corynebacterium diphteriae scrte une toxine qui est responsable de la
diphtrie.
6.1.1 Historique
En 1883, une poque o la diphtrie tuait encore 60 000 personnes par an en France, KLEBS dcouvre le bacille dans les fausses membranes de l'angine diphtrique.
En 1884, LOEFFLER le cultive et reproduit la maladie locale et gnrale chez l'animal. Il constate
que le bacille reste au point d'inoulation.
En 1888, ROUX et YERSIN reproduisent exprimentalement la diphtrie par inoculation d'un filtrat de bouillon de culture. La toxine diphtrique tait dcouverte.
En 189O, BEHRING et KITASATO immunisent l'animal avec des doses faibles de toxine et obtiennent un srum antitoxique utilis pour le traitement des malades.
En 1913, SCHICK met au point un test d'immunit par injection intradermique de toxine.
En 1923, RAMON transforme la toxine en anatoxine et produit le premier vaccin antidiphtrique.
6.1.2 Habitat
Corynebacterium diphteriae est un parasite strict de l'espce humaine. Il se transmet directement
d'individu individu par voie respiratoire. Les agents de contamination sont les malades ou les porteurs sains.
2002 - 2003
55/122
6.1.3.2 Clinique
La maladie commence par une angine fbrile fausses membranes situe habituellement sur les
piliers du voile avec une importante raction ganglionnaire (dit cou proconsulaire ). Les signes
de toxicit apparaissent rapidement et conduisent la prostration. Ils peuvent tre accompagns de
dyspne lie l'obstruction des voies ariennes suprieures (larynx et trache) par la fausse membrane (croup). En dehors du croup, les complications cardiaques (myocardite) et nerveuses (dysphagie et paralysie) dominent le pronostic. Chez le sujet vaccin, la diphtrie se manifeste par une
angine banale ou fausses membranes mais sans signes gnraux.
6.1.4 Bactriologie
6.1.4.1 Microscope
Bacille Gram positif, immobile, sans spore ni capsule. Il est lgrement incurv, avec des extrmits arrondies, en massue, en haltres, et donne des groupements caractristiques en paquets
d'pingles, en palissades, en lettres chinoises. La coloration met en vidence des granulations mtachromatiques, de sige polaire (figure 1).
6.1.4.2 Culture
Corynebacterium diphteriae pousse sur la majorit des milieux de culture usuels. Mais la culture
est favorise par la prsence de sang ou de srum. Sur le milieu de LOEFFLER, au srum coagul,
il pousse plus rapidement que les autres bactries en donnant de petites colonies gristres granu-
56/122
2002 - 2003
6.1.6 Traitement
6.1.6.1 Traitement curatif
Il repose principalement sur l'injection aussi prcoce que possible de srum antitoxique purifi (de
cheval habituellement). Pour limiter les lsions cellulaires, on injecte habituellement par voie intramusculaire 20 000 100 000 units antitoxiques, une ampoule de 10 ml de srum antidiphtrique titre 100 000 units, aprs avoir vrifi (par une injection intradermique) que le sujet n'est pas
hypersensible au srum animal. Mais les risques de la srothrapie d'origine animale sont tels (choc
2002 - 2003
57/122
anaphylactique, maladie srique) que l'on a de plus en plus souvent recours au srum de sujets humains immuniss ou mieux la fraction gammaglobulinique de ces srums. Un traitement antibiotique complmentaire base de pnicilline ou d'rythromycine est entrepris pour arrter la
production de toxine et liminer C.diphteriae.
Le repos prolong au lit est ncessaire en raison des risques cardiaques.
La vaccination est aussi ralise pour permettre un relais de la srothrapie.
6.2.1 Habitat
Les Listeria sont des germes ubiquitaires que l'on trouve dans le sol, sur les plantes et dans les eaux
(saprophytes). Elles sont trs rsistantes au milieu extrieur (plusieurs annes + 4 C). Elles sont
aussi des htes des tres vivants (portage intestinal asymptomatique de Listeria chez les animaux
et l'homme). Ce sont enfin des bactries des aliments : Listeria est frquente dans les produits laitiers, lait cru ou fromage (croute). La pasteurisation correctement ralise dtruit les Listeria. On
la trouve aussi dans les produits carns, dans les produits de la mer, dans les lgumes. C'est une
bactrie psychrophile se dveloppant des tempratures > 4 C, ce qui pose des problmes pour la
conservation prolonge des aliments.
La listriose peut survenir par pidmies lies des lots d'aliments contamins (pidmie d'environ
300 cas dont 50 mortels en 1992 en France).
58/122
2002 - 2003
Listeriose de l'adulte et de l'enfant : mningites, mningo-encphalites, encphalites, septicmie. La grande majorit de ces infections se produisent chez des malades porteurs de tares viscrales (cirrhose, cancers, etc). La listriose de l'adulte atteint essentiellement les personnes
ges et immunodprimes.
Listriose de la femme enceinte : infection bnigne pour la femme, se traduisant souvent par
une simple fivre mais grave pour le ftus, pouvant provoquer un avortement, la mort in utero
ou l'accouchement prmatur.
Listriose nonatale : septicmie, mningite secondaires la contamination dans les jours qui
prcdent l'accouchement ou au moment de l'accouchement.
2002 - 2003
59/122
6.2.6 Traitement
Sensibilit de L.monocytogenes pnicilline G, amoxicilline et aminosides, mais rsistance aux
cphalosporines et aux fluoroquinolones. Le traitement de base des infections L.monocytogenes
repose sur l'association amoxicilline-gentamicine.
60/122
2002 - 2003
Chapitre 7
Entrobactries et autres
bacilles gram ngatif non
exigeants
7.1 Les entrobactries
7.1.1 Caractres gnraux et classification des
entrobactries
7.1.1.1 Dfinition des entrobactries
La famille des entrobactries se dfinit par les caractres suivants :
bacilles Gram ngatif (2 4 microns de long sur 0,4 0,6 microns de large),
mobiles avec ciliature pritriche ou immobiles,
poussant sur milieux de culture ordinaires,
arobies - anarobies facultatifs,
fermentant le glucose avec ou sans production de gaz,
rduisant les nitrates en nitrites,
oxydase ngatif.
Les entrobactries sont une famille trs htrogne pour ce qui est de leur pathognie et de leur
cologie. Les espces qui composent cette famille sont en effet soit parasites (Shigella, Yersinia
pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp).
2002 - 2003
61/122
b.
c.
Antigne O
L'antigne O est l'endotoxine des bactries Gram ngatif. Il est compos de
lipopolysaccharides (LPS) complexes, trs toxiques, capables de provoquer dans l'organisme
humain fivre, leucopnie, bradycardie, hypotension et choc, coagulation intra-vasculaire dissmine et mort (la dose ltale pour la souris est de 200 mcg).
L'antigne O est constitu d'une mosaque d'antignes dont certains sont des constituants communs toutes les entrobactries et germes apparents, et d'autres, des constituants spcifiques de chaque espce. On peut identifier ces antignes par plusieurs techniques dont la plus
courante est l'agglutination sur lame avec des srums spcifiques : la prsence d'une agglutination indique qu'il y a correspondance entre le srum utilis et un antigne de la souche tudie.
Au cours des infections systmiques entrobactries, il y a lyse bactrienne et libration
d'antigne O. En raison de sa toxicit, celui-ci entrane un certain nombre d'effets
physiopathologiques (cf. anatomie fonctionnelle). Etant antignique, il entrane aussi la formation d'anticorps spcifiques anti-O qui peuvent tre doss dans certains cas fournir un
moyen indirect de faire le diagnostic de la maladie, comme par exemple le sro-diagnostic
de WIDAL et FELIX dans le cas des fivres typhode et paratyphodes.
Antigne H
L'antigne H n'est pas toxique. De nature protique, il est constitu comme l'antigne O d'une
mosaque d'antignes avec des constituants communs toutes les entrobactries mobiles et
des constituants spcifiques chaque espce. On peut les mettre en vidence par agglutination
sur lame avec des srums spcifiques. Au cours des infections systmiques entrobactries,
il y a formation d'anticorps anti H. Ces anticorps qui ne sont pas neutralisants (c'est--dire qui
n'ont pas d'effet protecteur) peuvent tre doss et permettre alors, avec les anticorps anti-O,
de faire le sro-diagnostic des infections entrobactries.
Antigne K
L'antigne K qui entoure la paroi de certaines entrobactries peut masquer l'antigne O (ex.
antigne Vi, pour virulence, de Salmonella typhi).
62/122
2002 - 2003
7.1.2 Salmonella
7.1.2.1 Dfinition et habitat
Les Salmonella sont des entrobactries dont les caractres essentiels sont de ne pas fermenter le
lactose et de ne pas produire d'urase. Les Salmonella sont des parasites de l'homme, des mammifres (rongeurs), des oiseaux (volailles) et des animaux sang froid (reptiles). Elles sont responsables, aprs pntration par voie orale, de nombreuses infections (salmonelloses), notamment des
fivres typhode et paratyphodes (maladies dclaration obligatoire n 1), des gastro-entrites et
des toxi-infections alimentaires collectives (maladies dclaration obligatoire n 12).
Le principal mode de contamination chez l'homme est l'ingestion partir de l'eau (S.typhi surtout),
des aliments (ex. produits laitiers, ufs, viande) ou d'animaux familiers porteurs (tortues).
7.1.2.2 Classification
Les travaux rcents de taxonomie, en particulier par hybridation de l'ADN, ont permis de conclure
que le genre Salmonella ne comportait qu'une seule espce, Salmonella enterica. Cette espce
comprend 7 sous-espces diffrencies par leurs biotypes. Les sous-espces sont subdivises en
prs de 2 000 srovars sur la base de leurs antignes O, H et de capsule. Les srovars taient auparavant considrs comme des espces distinctes.
b.
2002 - 2003
Etiologie
Les fivres typhode et paratyphodes sont provoques par quatre srovars de Salmonella, strictement humains, antigniquement distincts mais de pouvoir pathogne similaire :
S.Typhi, S.Paratyphi A, S. Paratyphi B et S. Paratyphi C. Ces salmonella sont dites majeures en raison de la gravit de la pathologie qu'elles provoquent.
Physio-pathologie
Les Salmonella sont ingres avec une boisson ou un aliment contamin (coquillages).
La dose infectante serait de l'ordre de 105 bactries. Elles traversent sans la lser la paroi
intestinale et gagnent les ganglions msentriques satellites o elles vont se multiplier.
Une partie des Salmonella se lysent et librent leur endotoxine. Celle-ci provoque des
signes cliniques (fivre, tuphos, bradycardie) et biologiques (leucopnie) et une irritation
des plaques de PEYER qui peut entraner des hmorragies intestinales et des perforations. A partir des ganglions msentriques, par le canal thoracique, des Salmonella gagnent le courant sanguin (hmoculture positive), et dissminent dans tous les organes
(reins, foie, vsicule biliaire) et sont excrtes en faible nombre et de manire intermittente dans les selles (coproculture positive). Finalement, l'organisme infect produit des
anticorps contre les antignes bactriens (srodiagnostic positif), qui contribuent la
gurison spontane de la maladie. Sans traitement, la mortalit est d'environ 20 %.
63/122
c.
Diagnostic biologique
Il repose sur la mise en vidence de la Salmonella responsable (diagnostic direct) par hmoculture et/ou par coproculture, et/ou sur la mise en vidence d'anticorps spcifiques
par le srodiagnostic (diagnostic indirect).
64/122
La bactrie isole sera identifie comme Salmonella par ses caractres biochimiques.
L'espce en cause sera ensuite prcise par ses caractres antigniques (voir tableau 1). Malgr la raret de la rsistance acquise aux antibiotiques chez ces
espces un antibiogramme viendra complter l'examen (sensibilit au chloramphnicol, l'ampicilline, au cotrimoxazole, etc).
La coproculture se fait sur milieu slectif, avant et aprs prculture sur milieux
d'enrichissement. Etant donn le faible nombre de Salmonella excrtes dans
les selles, cet examen doit tre rpt mais cependant reste souvent ngatif. La
coproculture n'est donc pas un le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fivre typhode. En revanche, la fin du traitement, elle est un bon
moyen de s'assurer que le malade n'est pas devenu porteur chronique de
Salmonella et donc qu'il ne constitue pas une source de contamination pour
son entourage.
Les anticorps anti-O apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur maximum
vers le 14e jour, restent ensuite en plateau jusqu' la 4e semaine puis disparaissent rapidement. Ils n'atteignent jamais un taux plus lev que 1/200e 1/400e.
Les anticorps anti-H apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement pour atteindre un maximum de 1/800e 1/1600e vers le 14e jour, restent en plateau
jusqu' la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais l'inverse des anticorps anti
O, ils ne disparaissent pas compltement. Ils persistent toute la vie un taux
2002 - 2003
de l'ordre de 1/200e.
L'interprtation des rsultats du srodiagnostic peut tre dlicate :
Traitement
Le traitement curatif repose sur l'antibiothrapie. Le chloramphnicol a t longtemps l'antibiotique de choix et a t remplac par les fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
Le traitement prventif repose surtout sur l'hygine gnrale (qualit de l'eau potable, entretien du rseau d'gout, stations d'puration, hygine alimentaire, etc) et
sur la vaccination TAB (S. typhi, paratyphi A et B) des populations spcialement
exposes (militaires, personnel hospitalier, etc). Un vaccin acellulaire spcifique
de la fivre typhode (TYPHIM) est disponible depuis 1988. Il est constitu de l'antigne capsulaire purifi de S.typhi.
B.
Gastro-entrites Salmonella
Les Salmonella dites mineures (Salmonella typhi murium, enteritidis, dublin etc), ubiquitaires, sont ingres avec une boisson ou un aliment contamin (cas sporadiques) ou aprs
contamination fcale-orale, souvent par les mains sales (pidmies de collectivits d'enfants).
Il peut s'ensuivre des infections purement digestives, les gastro-entrites. Celles-ci se traduisent par de la diarrhe, des vomissements et de la fivre. Leur volution est en gnral bnigne. Certains sujets restent porteurs sains de Salmonella dans leur tube digestif et peuvent
dans certaines circonstances (profession de l'alimentation) dissminer leur souche. Le diagnostic biologique des gastro-entrites repose sur l'isolement de la Salmonella par
coproculture. Les hmocultures et le srodiagnostic sont ngatifs, la Salmonella restant purement digestive.
Chez le nouveau-n, le jeune enfant, le sujet g, l'immuno-dprim (ex. SIDA), les Salmonella mineures sont susceptibles de franchir la barrire intestinale et de provoquer un syndrome septicmique de type typhodique avec hmocultures positives. Le traitement des gastroentrites Salmonella repose essentiellement sur la rhydratation. L'antibiothrapie per os
(fluoroquinolones, cotrimoxazole) est indique dans les formes svres. Le traitement antibiotique des porteurs sains de Salmonella est dcevant. Le traitement prventif repose sur
2002 - 2003
65/122
C.
7.1.3 Shigella
7.1.3.1 Dfinition
Les shigella sont des entrobactries immobiles extrment proches de Escherichia coli mais qui ne
fermentent pas le lactose. Elles nont pas durase et ne produisent pas de gaz. Elles sont parasites
de lhomme et entrainent une colite infectieuse endmo-pidmique, la dysenterie bacillaire (shigellose).
2.
Physio-pathologie
Aprs pntration par voie orale (la dose infectante serait de l'ordre de 102 bactries) les Shigella envahissent la muqueuse de la partie terminale de l'ilon et du gros intestin. Elles y forment des micro-abcs qui donnent naissance des ulcrations superficielles qui saignent et se
recouvrent d'une pseudo-membrane faite de mucus, de dbris cellulaires, de leucocytes et de
Shigella. La virulence est lie la prsence de grands plasmides (120 140 MDa) codant pour
des protines ncessaires la phagocytose par les cellules M des plaques de Peyer et la multiplication intracellulaire, et au passage de cellule cellule. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine activit entrotoxique et neurotoxique, responsable du syndrome
hmolytique urmique (SHU).
Clinique
Les sujets atteints de shigellose se plaignent de douleurs intestinales paroxystiques (coliques),
de diarrhe et de fivre. Les selles sont liquides et contiennent du mucus, du pus et du sang.
66/122
2002 - 2003
Groupe A : S.dysenteriae
Il en existe 10 srotypes diffrents, dont le type 1 s'appelle le bacille de Shiga. Celui-ci produit
aussi une exotoxine protique qui provoque des troubles paralytiques chez les sujets atteints.
Groupe B : S.flexneri
Il en existe 6 srotypes qui sont responsables de 20 % des shigelloses observes en France.
Groupe C : S. boydii
Il en existe 15 srotypes qui sont trs rpandus en Afrique mais ne se rencontrent pas en France sauf s'il s'agit de cas imports.
Groupe D : S.sonnei
Il existe un seul type, responsable de 80 % des shigelloses observes en France.
7.1.3.5 Traitement
1.
2.
Traitement curatif
Il repose sur l'administration d'antibiotiques (ampicilline, cotrimoxazole, fluoroquinolones)
et, si besoin, sur la rhydratation.
Traitement prventif
C'est le plus important. La dysenterie bacillaire est par excellence une maladie de transmission fcale-orale : mains ( maladie des mains sales ), aliments, eau. Ce sont les mesures
d'hygine publique qui sont les plus importantes : contrle de l'eau potable, des aliments ; entretien des rseaux d'gouts ; isolement des malades et dsinfection des excreta ; dtection des
porteurs sains, en particulier chez les professionnels de l'alimentation. Il n' y a pas encore de
vaccin disponible.
7.1.4 Yersinia
Dfinition : entrobactries immobiles, cultivant lentement, produisant une urase trs active (base
de l'identification) mais pas de tryptophane dsaminase, la diffrence des Proteus qui sont aussi
urase +.
2002 - 2003
67/122
B.
C.
D.
Habitat
Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme, agent de la peste animale et humaine. Le rservoir est constitu par les rongeurs sauvages (peste sauvage ou silvatique, endmique). Chez les rats domestiques, la maladie occasionne des pizooties massives qui sont
l'origine des pidmies humaines. L'agent vecteur est la puce du rat qui contamine animaux
et hommes par piqre. Il peut exister une transmission interhumaine par la puce de l'homme,
ou par voie arienne en cas de forme pulmonaire.
Pouvoir pathogne naturel
Physiopathologie
Le bacille se multiplie au point d'inoculation (vsico-pustule), se propage par voie lymphatique et se multiplie dans le ganglion lymphatique satellite (adnopathie suppure : le bubon).
L'volution peut se faire vers la septicmie. La forme septicmique peut tre l'origine d'une
localisation pulmonaire secondaire qui son tour, par transmission arienne, peut tre l'origine de cas de peste pulmonaire primitive. Le bacille se multiplie dans les macrophages.
Maladie
La peste bubonique se prsente comme l'association d'un syndrome infectieux svre, d'un
syndrome toxique (endotoxine) et du bubon douloureux, dur, de la taille d'une noisette. La
peste pulmonaire qui se prsente comme l'association d'un syndrome infectieux svre et de
signes respiratoires trs intenses (dyspne, cyanose) est rapidement mortelle.
Diagnostic
En cas d'pidmie, le diagnostic est essentiellement clinique. En priode d'endmie, le diagnostic repose sur la mise en vidence du bacille par culture du produit de ponction du bubon
et par hmoculture.
Traitement
Prventif
Lutte contre les rats, sulfamidoprophylaxie collective en cas de risque pidmique.
Curatif
Antibiothrapie par streptomycine, ttracycline, chloramphnicol.
B.
Habitat
Yersinia enterocolitica et Y.pseudotuberculosis, trouves chez l'animal (maladie des rongeurs) et dans l'environnement (sol, eaux), sont surtout les agents d'infections animales et rarement d'infections humaines.
Pouvoir pathogne naturel
Physiopathologie
Le bacille pntre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions msentriques. Chez
le sujet fragilis, l'volution peut se faire vers la septicmie.
Maladie
La forme la plus habituelle est l'adnite msentrique Y.pseudotuberculosis du sujet jeune
symptomatologie pseudo-appendiculaire. A l'intervention, l'appendice est normal mais on
trouve un ou plusieurs ganglions congestifs. L'entrocolite Y.enterocolitica est plus
68/122
2002 - 2003
C.
D.
particulire : elle est dbut brutal et associe diarrhe intense, vomissements, douleurs abdominales et fivre.
Diagnostic
Il repose sur la mise en vidence du bacille dans les ganglions msentriques ou les selles en
cas de diarrhe. Il existe un srodiagnostic par agglutination.
Traitement
La streptomycine semble l'antibiotique de choix, avec la ttracycline et le chloramphnicol.
7.1.5.2 Habitat
E.coli est un commensal du tube digestif de l'homme et de nombreux animaux. Il reprsente lui
seul la plus grande partie de la flore bactrienne arobie de l'intestin (espce arobie dominante)
raison de 108 par gramme de fcs (flore totale : 1011 1012 bactries par gramme).
Les colibacilles, htes normaux de l'intestin, ne provoquent normalement pas de maladie. Cependant ils possdent un potentiel pathogne qu'ils expriment dans certaines circonstances
(pathognes opportunistes) :
2.
par pntration par voie urtrale ascendante (contiguit) dans l'arbre urinaire, l'origine de cystite (infection limite la vessie, sans fivre) et de pylonphrite (infection
du rein avec fivre et bactrimie). La pntration des colibacilles dans l'arbre urinaire
est favorise chez la femme par la brivet de l'urtre. Leur persistance est favorise par
(1) la prsence de pili ou fimbriae (adhsine) la surface des bactries pour lesquels il
existe des rcepteurs la surface des cellules pithliales urinaires et (2) toute anomalie
fonctionnelle de l'arbre urinaire (stase, obstacle, reflux...).
E.coli est responsable des trois-quarts des infections urinaires spontanes en pratique de
ville.
par essaimage point de dpart digestif : cholcystite suppure, pritonite, septicmie.
2002 - 2003
Par scrtion d'entrotoxine (ETEC), ils peuvent provoquer des diarrhes aigus,
cholera-like . La scrtion d'entrotoxine est code par un plasmide. La toxine est le
69/122
b.
c.
d.
plus souvent une toxine thermolabile ou LT (trs voisine de celle du vibrion cholrique),
mais parfois thermostable ou ST. LT entrane la cascade d'vnements suivants, (a) l'activation de l'adnylcyclase, (b) l'augmentation de l'AMP-cyclique, (c) l'activation de kinases AMP-cyclique dpendantes, (d) la phosphorylation de protines membranaires, et
enfin (e) une hyperscrtion intestinale d'eau et de chlorures, un hyperpristaltisme intestinal et une diarrhe explosive, qui durent de 1 3 jours. Les plasmides en cause portent ausi des gnes responsables de la production de pili ou fimbriae (adhsines) qui
permettent l'attachement des E.coli la muqueuse intestinale. Les ETEC sont une des
causes les plus frquentes des diarrhes de l'enfant dans les pays en voie de dveloppement et des voyageurs arrivant dans les zones endmiques ( diarrhe de Mexico ). La
moiti des cas de diarrhe du voyageur sont causs par des ETEC.
Par fixation sur la surface des cellules de la muqueuse, abrasion de la bordure en brosse
des villosits intestinales et production de cytotoxines (EHEC), les EHEC provoquent
une diarrhe aigu, acqueuse, puis hmorragique ( all blood, no stool ), sans pus ni fivre. Le srotype 0157 : H7 est le plus frquent. Les EHEC produisent de puissantes cytotoxines, dites vrotoxines et appeles SLT car elles ressemblent la toxine de
S.dysenteriae. Elles sont produites sous le contrle de bactriophages en situation chromosomique (intgrs) convertisseurs. Les SLT dissminent par voie sanguine et inhibent
la syhthse protique par hydrolyse de l'ARN ribosomal. Les EHEC hbergent un plasmide codant pour une adhsine.
Les EHEC se propagent sous forme pidmique partir d'aliments contamins
( maladie du hamburger ) et provoquent jusqu' plusieurs centaines ou milliers de cas
la fois. Ils peuvent aussi provoquer une complication redoutable : le syndrome hmolytique et urmique (SHU), dans 5 10 % des cas.
Par invasion de la muqueuse colique, certains colibacilles (EIEC) provoquent des diarrhes aigus, dysenterie-like , avec prsence de mucus, sang et leucocytes dans les
selles. Ces E.coli ont t isols dans quelques cas sporadiques de diarrhe aigu. La virulence des EIEC est lie la prsence d'un plasmide trs proche de celui connu chez
Shigella (cf. Shigella, section 7.1.3 page 66).
Enfin, certaines souches d'E.coli sont associes des diarrhes et sont clairement entropathognes (EPEC) grce des proprits d'adhsion particulires. Elles ne sont ni secrtrices d'entrotoxine, ni entro-invasives. Elles forment des pili, cods par des
plasmides, qui forment des faisceaux ( bundle ) qui se fixent sur les villosits des
entrocytes. Les villosits sont progressivement dtruites ( attachement-effacement ).
Le cytosquelette des entrocytes est altr et il se produit trs rapidement une fuite hydrique dont le mcanisme biochimique n'est pas compltement lucid.
Dans les infections urinaires, le diagnostic bactriologique repose sur la mise en vidence
l'examen microscopique d'une raction cellulaire de dfense contre l'infection (prsence de
polynuclaires) et en culture d'un nombre lev d'E.coli. Une concentration de 103-104/ml est
suffisante pour tablir le diagnostic d'infection urinaire basse symptomatique E.coli (il en
est de mme pour les autres entrobactries possiblement responsables comme Proteus
mirabilis, Klebsiella) en cas de symptomes vocateurs, alors qu'une concentration =105/ml
70/122
2002 - 2003
2.
3.
permet d'tablir le diagnostic d'infection asymptomatique. Lors d'une pylonphrite des concentrations trs leves (106/ml) sont trouves. Aucun srotype n'est plus particulirement en
cause.
Dans les infections locales autres qu'urinaires (pritonites...), le diagnostic est fait selon les
procds habituels : prlvements aseptiques, examen microscopique la recherche d'une
raction inflammatoire et de bacilles Gram ngatif, culture, identification et antibiogramme.
Dans les diarrhes aigus, la difficult est d'individualiser les E.coli entropathognes au
sein des E.coli commensaux qui provoquent jusqu' plusieurs centaines ou milliers de cas
la fois, et peuvent provoquer une complication redoutable : le syndrome hmolytique et urmique (SHU), dans 5 10 % des cas.
A l'heure actuelle l'entrotoxine ne peut tre mise en vidence par des mthodes de routine. L'avenir est sans doute aux sondes d'ADN permettant par hybridation de rechercher
soit chez les bactries isoles des selles, soit dans les selles elles-mmes, la prsence de
gnes codant pour les toxines ou de gnes d'invasivit.
L'adhrence se met en vidence par incubation sur culture cellulaire (impraticable en
routine).
Les srotypes d'E.coli des G.E.I. (EPEC) se mettent en vidence par agglutination sur
lame avec des anticorps de collection.
Le srotype 0157-H7 (EHEC) se met en vidence par son caractre sorbitol - (milieu spcifique).
4.
Les colibacilles tant excrts en quantit abondante dans les matires fcales, leur prsence
dans l'eau ou les aliments est le tmoin d'une contamination fcale (indicateur) et du risque
que ceux-ci puissent galement contenir des bactries (salmonella, shigella, vibrions cholriques) ou des virus (poliomylite, hpatite) pathognes d'origine fcale. C'est pourquoi la numration des colibacilles fait partie de toute analyse de bactriologie alimentaire.
7.1.5.5 Traitement
1.
2.
Traitement curatif
Celui des infections urinaires et biliaires repose sur l'antibiothrapie et la correction des facteurs favorisants (anatomiques, calculs...). Le traitement curatif des diarrhes aigus colibacilles repose surtout sur la rhydratation. Le traitement des infections pritonales repose sur
le drainage et l'antibiothrapie.
Traitement prventif
Le traitement prventif fait surtout appel aux mesures d'hygine gnrale notamment alimentaire et aux mesures d'hygine individuelle.
2002 - 2003
71/122
lement des autres entrobactries par leurs caratres biochimiques (urase +, tryptophane dsaminase +) et leur rsistance naturelle la colistine. C'est un commensal du tube digestif.
Proteus mirabilis vient au second rang, aprs E.coli, dans l'tiologie des infections urinaires de ville (10 % des cas). C'est une espce bactrienne habituellement sensible aux antibiotiques.
7.1.6.2 Klebsiella
Ce sont des entrobactries qui ont un mtabolisme fermentaire particulier, c'est--dire qui produisent de l'actone (elles sont dites V.P+, c'est--dire raction de Voges-Proskauer positive). Espce
commensales des voies ariennes suprieures et du tube digestif, Klebsiella provoque des infections urinaires (5 % des infections en ville) et des surinfections des bronches chez les bronchitiques
chroniques, voire des abcs du poumon. Klebsiella est naturellement rsistante l'ampicilline par
production de pnicillinase chromosomique.
72/122
2002 - 2003
7.2.1.1 Pseudomonas
Les Pseudomonas sont arobies stricts, oxydase positif, mobiles, produisant souvent des pigments
diffusibles et naturellement rsistants de trs nombreux antibiotiques.
Saprophytes, on les trouve essentiellement dans l'eau. Ils peuvent contaminer des soluts pour perfusion, des solutions antiseptiques, des prparations mdicamenteuses liquides.
L'espce principale, Pseudomonas aeruginosa (ou bacille pyocyanique), a les caractres suivants :
protolytique,
production de deux pigments : la pyocyanine (pigment bleu), qui est spcifique de Pseudomonas aeruginosa, et la pyoverdine ou fluorescine qui est prsente chez d'autres Pseudomonas.
production d'une exotoxine ncrosante par certaines souches.
Pseudomonas aeruginosa exprime son potentiel pathogne lorsqu'il est introduit dans des zones
aux dfenses immunitaires diminues. Opportuniste majeur, il est ainsi responsable :
7.2.1.2 Acinetobacter
Les Acinetobacter sont des bacilles immobiles, souvent groups en diplobacilles courts, arobies
stricts, oxydase ngatif, habituellement saprophytes. Ils jouent un rle d'opportuniste mineur en
milieu hospitalier.
7.2.2.2 Habitat
Vibrio cholrae se trouve dans les selles des malades et de certains sujets (porteurs sains). Il survit
dans les eaux pollues ainsi que sur les objets contamins.
2002 - 2003
73/122
7.2.2.4 Bactriologie
Microscopie
Btonnet en virgule (Vibrio comma de Robert KOCH), fin et trs mobile, Gram ngatif.
Culture
Se fait sur milieux usuels, elle peut mme s'effectuer sur milieux alcalins (pH 8,5 9,2) et hypersals 30 % de NaCl. Cette proprit est mise profit pour la prparation de milieux slectifs et d'enrichissement (repiquages successifs). Les colonies sont rondes, bleutes,
transparentes.
Biochimie
Vibrio cholerae est arobie-anarobie facultatif, oxydase positive, nitrate positif et indole positif.
Structure antignique
Vibrio cholerae possde un antigne de paroi de nature lipopolysaccharidique (endotoxine). Au sein de l'espce Vibrio cholerae, on distingue trois srotypes distincts dits INABA, OGAWA et HIKOJIMA, ce qui aide au typage pidmiologique des souches.
L'antigne flagellaire H est commun tous les vibrions (vibrions cholriques et vibrions
non cholriques).
Toxines et enzymes
74/122
L'entrotoxine majeure, appele cholragne (CT), n'existe que sous un seul type antignique. Elle donne naissance des anticorps dont le rle protecteur n'est pas clairement
tabli. CT est active des doses trs faibles, < 1 g sur l'anse ligature de lapin. CT est
une holoprotine de 84 kDa (units A1 et A2 + 5 units B). CT agit comme la toxine LT
de E.coli.
V.cholerae produit aussi une entrotoxine mineure.
La ou les mucinases produites par V.cholerae semblent digrer le revtement de mucus
intestinal et assurer le contact de la bactrie avec les cellules de la muqueuse.
2002 - 2003
7.2.2.6 Traitement
Traitement curatif
La rhydratation et le remplacemnt des lectrolytes constituent lessentiel du traitement.Celui-ci
est d'autant plus efficace qu'il est plus prcoce. L'administration orale de cyclines raccourcit la priode d'excrtion des vibrions et diminue la diarrhe.
Traitement prventif
La prophylaxie repose surtout sur l'hygine gnrale : adduction d'eau potable, rseau d'gouts,
etc
2002 - 2003
75/122
76/122
2002 - 2003
Chapitre 8
Les bacilles a gram positif
sporules
8.1 Bacilles aerobies sporules
Les bactries du genre Bacillus sont des grands bacilles Gram positif, groups en chanettes. La
plupart sont des saprophytes du sol, de l'eau, de l'air et des plantes, comme Bacillus cereus et Bacillus subtilis. Certains sont pathognes pour les insectes. Bacillus cereus peut se multiplier dans
les aliments et y produire une entrotoxine qui provoque des diarrhes par un mcanisme similaire
celui de l'entrotoxine d'E.coli. Mais ces bactries ne produisent que rarement une infection chez
l'homme. Bacillus anthracis (Bactridie charbonneuse de PASTEUR) est le seul pathogne du
genre Bacillus.
2002 - 2003
77/122
8.1.1.2 Bactriologie
1.
2.
3.
4.
5.
Morphologie
Bacillus anthracis est un gros bacille Gram positif de 1 3 4 , extrmits carres, group en longues chanettes. Il est immobile et entour d'une capsule. Sa spore est centrale et non
dformante (figure 1).
Culture
Facile sur les milieux usuels. Sur glose au sang, les colonies sont aplaties, bords irrguliers,
surface rugueuse, et habituellement non hmolytiques.
L'tude de la fermentation des sucres n'est pas utile. En revanche, l'tude de l'activit protolytique est importante : B.anthracis liqufie la glatine.
Structure antignique
La capsule de B.anthracis est un polypeptide compos d'acide D-glutamique. C'est un haptne. La paroi contient une protine et un polysaccharide, tous deux antigniques.
La toxine charbonneuse, de nature protique, induit la formation d'anticorps neutralisants qui
jouent un rle important dans l'immunit anticharbonneuse.
Pouvoir pathogne exprimental
L'injection sous-cutane d'une culture de B.anthracis entraine la formation d'un dme local
typique et tue la souris et le cobaye en deux trois jours.
8.1.1.3 Diagnostic
Il est fait dans un contexte de contact avec un animal malade ou mort, ou professionnel (cf. section
8.1.1.4 page 78).
1.
2.
3.
Prlvements
Srosit ou pus de la lsion locale, mais aussi sang et ventuellement crachats si signes d'infection pulmonaire. Les prlvements post mortem sont possibles car B.anthracis provoque
une hypocoagulabilit du sang.
Examen microscopique
Il montre des gros bacilles immobiles, Gram positif, extrmits carres, trs vocateurs.
Culture sur glose au sang et inoculation l'animal
Elles permettent d'affirmer le diagnostic.
8.1.1.4 Traitement
1.
2.
Curatif
De nombreux antibiotiques, notamment la pnicilline et les cyclines, sont actifs sur
B.anthracis mais le traitement doit tre commenc prcocement. Le pronostic des pneumonies par inhalation de spores reste trs mauvais.
Prventif
Les carcasses d'animaux morts du charbon contaminent le sol. Les spores peuvent rester via-
78/122
2002 - 2003
bles pendant des dcennies. Les animaux qui pturent dans les zones infestes de spores, dits
champs maudits , s'infectent et perptuent la chane d'infection. Le contact avec les animaux infects, leurs peaux, leurs poils et leurs soies est la source d'infection pour l'homme.
Le charbon est une maladie professionnelle chez les travailleurs de la fourrure, de la laine, des
peaux et des cuirs. C'est pourquoi il faut (1) brler les carcasses d'animaux ou les enterrer profondment dans la chaux vive, (2) dcontaminer par l'autoclave les produits contamins, (3)
manipuler les produits animaux potentiellement infects avec des gants et des blouses de protection, (4) vacciner ventuellement les animaux et les personnes exposes.
La vaccination contre le charbon a t mise au point par Louis PASTEUR en 1881 : des cultures de B.anthracis en bouillon places l'tuve entre 42 et 52C perdent progressivement
leur virulence. Lorsqu'on les injecte l'animal, elles peuvent immuniser l'animal. Malheureusement, l'efficacit de la vaccination est variable et souvent la protection n'est ni complte ni
de longue dure, malgr la fameuse dmonstration de Pasteur Pouilly-le-Fort en 1881 qui a
assur la rputation de Pasteur !
2002 - 2003
79/122
8.2.2.1 Habitat
Clostridium botulinum est une bactrie tellurique que l'on peut trouver occasionnellement dans
l'intestin des animaux. Ses spores peuvent contaminer les lgumes, les fruits et d'autres produits.
Actuellement, le principal danger rside dans les conserves familiales, notamment deharicots verts,
petits pois, les poissons fums, les poissons frais gards sous vide et le jambon cru. Entre 1971 et
1978 (J.O.), 567 cas de botulisme ont t dclars en France dont 15 mortels. On considre qu'il y
a en moyenne 20 50 cas dclars par an.
Bacille mobile, jamais isol chez l'homme (il s'agit d'une intoxication), parfois dans l'aliment.
Il est trs protolytique et trs glucidolytique.
La spore a une thermo-rsistance leve. Elle rsiste 3 5 heures au chauffage 100C et il
80/122
2002 - 2003
faut chauffer au moins 15 minutes 120C pour la dtruire (ce qui est fondamental dans l'industrie des conserves alimentaires).
8.2.2.5 Diagnostic
Le diagnostic clinique repose sur les troubles paralytiques (vision) et la notion de contamination
(parfois collective) aprs consommation d'un mme aliment.
Le diagnostic biologique repose sur la recherche de la toxine dans l'aliment incrimin (mthode des
souris protges avec des immuno-srums spcifiques) et dans le srum des malades. Cette recherche se fait dans des laboratoires spcialiss.
8.2.2.6 Traitement
Curatif
Puis que la varit de toxine botulinique responsable n'est habituellement pas connue, du
srum bivalent (A + B) ou trivalent (A + B + E) est administr par voie intraveineuse. Le
traitement est complte par l'administration sous-cutane d'anatoxine botulinique. Du
chlorhydrate de guanidine (anti-cholinestrasique) est souvent utilis comme adjuvant au
traitement. Une assistance respiratoire artificielle peut tre ncessaire dans les cas graves.
Prventif
Il repose surtout sur les mesures lgales concernant la prparation industrielle des conserves alimentaires et l'abattage des animaux ainsi que sur les prcautions prendre pour la
prparation familiale des conserves. Toutes les conserves suspectes doivent tre jetes sinon chauffes 100C pendant au moins 10 minutes avant d'tre consommes.
2002 - 2003
81/122
8.2.3.1 Habitat
Clostridium tetani, dcouvert en 1885 par NICOLAIER, se retrouve partout dans le sol o il survit
sous sa forme sporule. Commensal du tube digestif de plusieurs espces animales (cheval, bovins,
ovins), il est limin par les selles et sporule sur le sol. Il est particulirement abondant dans les
zones de pacage des animaux et l'emplacement des anciennes curies.
L'incubation dure de 4-5 jours plusieurs semaines. La toxine forme pntre dans l'axone et gagne
le systme nerveux central par voie rtrograde en suivant le tissu prineural ou bien par voie lymphatique ou sanguine. Elle se fixe sur les gangliosides de la moelle pinire et du cerveau, o elle
empche la libration d'un inhibiteur des synapses des neurones moteurs. Il en rsulte des ractions
exagres et des spasmes violents des muscles en rponse toute stimulation.
La maladie clinique commence souvent par des spasmes musculaires de la zone blesse et par des
contractures douloureuses des masseters (trismus) de sorte que le sujet ne peut plus ouvrir la bouche. Progressivement, les autres muscles de la musculature volontaire sont atteints. Des contractures douloureuses plus ou moins gnralises peuvent se produire. Le malade reste conscient, sa
temprature est leve. La mort survient souvent par asphyxie aigu au cours d'un spasme laryng.
82/122
2002 - 2003
ci est produite par le germe durant sa croissance mais est aussi libre par l'autolyse du corps bactrien.
La toxine est une protine, antignique, qui contient deux facteurs : (1) la ttanolysine responsable
de l'hmolyse, de la ncrose et qui est cardiotoxique, (2) la ttanospasmine (compose du fragment
alpha qui est toxique et du fragment beta qui est antignique) qui est le facteur essentiel de la toxicit neurologique. Comme la toxine diphtrique, la toxine ttanique peut tre transforme en anatoxine par l'action combine du formol et de la chaleur (Ramon).
8.2.3.5 Diagnostic
Le diagnostic clinique repose sur la constatation des contractures et la notion de blessure antrieure. On peut ventuellement rechercher Clostridium tetani dans les tissus contamins mais cette recherche n'a aucun intrt diagnostique ou thrapeutique.
8.2.3.6 Traitement
Prventif
Le traitement curatif du ttanos tant trs difficile, le plus important est la prvention du
ttanos. Celle-ci repose sur 4 moyens :
Immunisation active des sujets par la vaccination avec l'anatoxine ttanique (souvent
couple avec la vaccination diphtrique et anticoquelucheuse chez les enfants). La
vaccination comporte 3 injections sous-cutanes 1 mois d'intervalle avec rappel 1an
plus tard. Des injections de rappel doivent tre faites tous les 5 10 ans.
Nettoyage minutieux des plaies souilles de terre. Le dbridement chirurgical permet
seul d'enlever les tissus ncross.
Emploi prventif du srum antittanique ou antitoxine (gammaglobulines humaines
ou tetaglobulines qui doit s'accompagner d'une injection de rappel d'anatoxine ttanique. C'est la sro-anatoxine prvention.
Administration de pnicilline.
Curatif
Le traitement du ttanos repose sur des mesures spcifiques et non spcifiques. Les mesures
spcifiques comprennent l'administration de srum antittanique, d'anatoxine, et de pnicilline. Malheureusement, le srum antittanique ne neutralise que la toxine non encore
fixe. Son efficacit thrapeutique est par consquent mise en doute sauf dans le ttanos
nonatal. De toute faon, si du srum antittanique est inject, on s'efforcera d'utiliser du
srum humain et non du srum animal (risque de raction d'hypersensibilit). L'intrt d'injecter de l'anatoxine ttanique est de provoquer une immunisation active. Quant la pnicilline, elle inhibe la multiplication de C.tetani et arrte par consquent toute nouvelle
production de toxine.
Les mesures non spcifiques comprennent l'administration de myorelaxants et de sdatifs
ainsi que la respiration assiste.
Malgr la vaccination obligatoire, prs de 100 cas de ttanos sont recenss chaque anne
en France avec une mortalit encore leve. Ces cas ne devraient pas se produire si la vac-
2002 - 2003
83/122
la gangrne gazeuse qui se manifeste comme un phlegmon gazeux avec crpitation et ncrose
progressive, fivre, hmolyse, syndrome toxique, choc, puis la mort survient rapidement.
Avant l'apparition des antibiotiques, l'amputation tait le seul traitement possible ;
des appendicites, des entrites gangrneuses ;
des syndromes septicmiques d'origine puerprale avec ictre hmolytique et anurie.
Par ailleurs, certaines souches de C.perfringens provoquent des intoxications alimentaires
avec diarrhe profuse qui durent de 1 3 jours, par un mcanisme similaire celui de l'entrotoxine de E.coli.
84/122
2002 - 2003
8.2.4.4 Diagnostic
Prlvements de tissu, de pus et de srosits au niveau de la plaie. Hmocultures au cours des syndromes septicmiques.
Examen microscopique : la prsence de grands bacilles Gram positif, ventuellement sporuls,
est trs vocatrice.
Culture sur glose au sang place en atmosphre anarobie et sur bouillon anarobie. L'hmolyse,
la production importante de gaz et l'inhibition de l'effet de la lcithinase (observs lors de culture
sur glose au jaune d'uf) par le srum spcifique rendent le diagnostic bactriologique ais.
8.2.4.5 Traitement
Le dbridement des plaies souilles, l'excision des tissus dvitaliss et l'administration de pnicilline sont les moyens thrapeutiques spcifiques des infections C.perfringens et aux autres Clostridia des gangrnes gazeuses. Tous les moyens modernes de ranimation (oxygnothrapie
hyperbare) peuvent tre ncessaires pour complter le traitement spcifique.
2002 - 2003
85/122
86/122
2002 - 2003
Chapitre 9
Les bacilles gram ngatif
hmophiles ou exigeants
Les bactries hmophiles forment un groupe htrogne de petits bacilles qui ne cultivent que sur
des milieux enrichis en sang ou en extraits sanguins. Certaines appartiennent la flore normale des
muqueuses ; d'autres, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, sont des pathognes.
2002 - 2003
87/122
b.
2.
3.
4.
Microscope
Dans les produits pathologiques, H.influenzae se prsente sous la forme de tout petits bacilles
Gram ngatif, d'aspect coccobacillaire, groups en amas, en courtes chanettes. Les souches
virulentes sont capsules (comme pour le pneumocoque).
Culture
H.influenzae exige pour sa croissance les facteurs X et V qui sont prsents dans la glose au
sang cuit (glose chocolat) ou dans la glose ordinaire additionne d'extrait globulaire. Les
colonies apparaissent en 24-48 heures.
Caractres biochimiques
L'tude des caractres biochimiques n'a pas d'intrt pour le diagnostic mais un intrt pidmiologique pour diffrencier les biotypes. Celui-ci repose sur l'exigence en facteurs X et V,
et sur la mise en vidence des caractres antigniques.
Structure antignique
Lorsque H.influenzae est capsul, la capsule est de nature polysaccharidique. Il existe, en
fonction de la structure antignique de la capsule, 6 types : a, b, c, d, e et f. Comme pour
S.pneumoniae, le srotypage de H.influenzae l'aide d'immunserums spcifiques se fait par
le phnomne du gonflement de la capsule. Le type b est de loin le plus pathogne.
2.
L'examen microscopique est souvent trs vocateur. Les bacilles peuvent tre identifis directement sur le frottis par immunofluorescence. En cas de mningite, la contre-immuno-lectrophorse ou l'agglutination de particules de Latex portant des anticorps anticapsulaires de
type b permet d'identifier la prsence d'antigne dans le liquide cphalo-rachidien.
La culture se fait sur glose chocolat et l'identification ultrieure des colonies, par l'exigence
en facteurs X et V, et par la mise en vidence de l'antigne capsulaire. Elle sera toujours complte par une recherche de la sensibilit aux antibiotiques, notamment l'ampicilline (existence ou non d'une betalactamase) et au chloramphnicol.
88/122
2002 - 2003
9.1.2.5 Traitement
Le problme thrapeutique est surtout celui des mningites car 10 20 % des souches de
H.influenzae sont rsistantes l'ampicilline, par production de btalactamase d'origine plasmidique. Le traitement de premire intention, en attendant les rsultats du laboratoire, repose soit sur le
chloramphnicol soit sur une cphalosporine non inactive par la btalactamase de la bactrie, par
exemple une cphalosporine de 3e gnration comme le cfotaxime.
Maintenant, une vaccination anti-Haemophilus efficace est disponible. L'antigne vaccinal est
constitu de polysaccharide de H.influenzae de type b. Le but de la vaccination est de protger les
enfants de la forme la plus grave de l'infection H.influenzae, la mningite. Il est ncessaire de
vacciner les enfants avant 6 mois pour qu'ils aient une protection immunitaire efficace pendant la
priode de risque maximal situe entre 6 et 11 mois. Parce qu'avant 6 mois le systme immunitaire
n'est pas compltement mature, plusieurs injections sont ncessaires pour obtenir des rponses immunitaires satisfaisantes.
Depuis la gnralisation de la vaccination en France, l'incidence annuelle des manifestations invasives (mningites, epiglottites) dues Haemophilus influenzae de srotype b est passe de 21-25
pour 100.000 enfants gs de 0 4 ans moins de 4 pour 100.000. L'incidence annuelle des mningites H.influenzae de srotype b pour l'ensemble de la France est maintenant de 2 pour
100.000 enfants de la mme tranche d'ge (Peltola, Clin. Microbiol. Rev. 2000 ; 13 : 302-317).
H.ducreyi est l'agent du chancre mou, une maladie sexuellement transmise, qui aprs une incubation d'une semaine en moyenne se traduit par une ulcration gnitale, profonde, inflammatoire et douloureuse et des adnopathies satellites galement douloureuses le plus souvent
unilatrales (classique bubon). Pour sa culture in vitro, le bacille exige le facteur X seulement.
Le chancre mou qui avait presque disparu de France est rapparu en 1973. A Paris, depuis cette date, prs de 2000 cas ont t signals : traitement par l'association sulfamthoxazole-trimthoprime (Bactrim) pendant 3 semaines (MOREL P., CASIN I., GANDIOL C., VALLET
C., et CIVATTE J. Epidmie de Chancre mou : traitement de 587 malades. La Nouv. Presse
Mdicale 1982, 11,655-656).
H.aegyptus ou bacille de KOCH-WEEKS est l'agent de conjonctivite pidmique dans les rgions tropicales. Il exige les facteurs X et V.
H.parainfluenzae est un commensal du rhinopharynx. Il peut tre responsable d'endocardite
infectieuse. Il exige le facteur V seulement.
H.haemolyticus et parahaemolyticus sont des commensaux du rhinopharynx. Ils peuvent tre
associs des infections de l'arbre respiratoire suprieur. Comme leur nom l'indique, ils sont
hmolytiques sur glose au sang.
2002 - 2003
89/122
2.
Physiopathologie
Aprs pntration par voie arienne, B.pertussis adhre la surface de l'pithelium trachobronchique et s'y multiplie rapidement. Il n'y a pas de diffusion sanguine. La lyse bactrienne
libre une toxine qui irrite les cellules superficielles (catarrhe) et provoque la lymphocytose. Plus tardivement il y a ncrose de l'pithlium avec infiltration de polynuclaires, inflammation pribronchique et pneumonie interstitielle. La surinfection secondaire par
Staphylococcus aureus ou Haemophilus influenzae peut conduire la pneumonie. L'obstruction des petites bronches par des bouchons muqueux est responsable d'atlectasie.
Clinique
L'incubation silencieuse dure 2 semaines. Elle est suivie d'une priode dite catarrhale qui
dure 1 2 semaines. Elle est marque par une fivre modre 37,5-38 C., une toux sche.
Le malade est trs contagieux. Vient enfin la priode des quintes qui dure 3 6 semaines. Elle
est caractrise par des pisodes de toux spasmodique, suivie d'apne et d'inspiration bruyante
(chant du coq). Ces pisodes qui fatiguent considrablement le malade, peuvent tre associs
des vomissements, de la cyanose et des convulsions. C'est une infection grave chez le nourrisson et le sujet g. Il y a une hyperlymphocytose (16 000 30000 par mm3). La convalescence est longue.
Microscope
Petit bacilles Gram ngatif d'aspect coccobacillaire, B.pertussis ressemble H.influenzae.
Les souches virulentes sont capsules.
Culture
L'isolement de B.pertussi ncessite des milieux complexes, trs enrichis. Le milieu de culture
90/122
2002 - 2003
3.
4.
La toxine pertussique (Ptx) qui permet la fixation (rle d'adhsine) aux cellules cilies
de l'arbre respiratoire et provoque la transformation de l'ADP en AMP cyclique (rle de
la toxine), ce qui entrane une hyperscrtion de mucine et la mort cellulaire.
L'adnylate cyclase qui renforce l'action de la Ptx.
Deux substances jouent un rle dans l'adhrence aux cellules de l'arbre respiratoire : Ptx (cf.
plus haut) et l'hemagglutinine filamenteuse (FHA).
9.2.1.5 Traitement
1.
2.
Traitement curatif
B.pertussis est sensible de nombreux antibiotiques (rythromycine). Malheureusement,
l'antibiothrapie n'influence pas l'volution clinique de la maladie, vraisemblablement parce
qu'elle est commence trop tard. Elle pourrait avoir un effet prventif sur les complications
infectieuses et sur la transmission du germe l'entourage.
Traitement prventif
2002 - 2003
91/122
9.3.2 Habitat
Les Brucella sont des parasites des mammifres. Brucella melitensis infecte principalement ovins
et caprins, B.abortus, les bovins et B.suis, les porcs. La transmission interanimale se fait par voie
digestive, arienne, gnitale. La transmission par voie digestive, cutane, arienne l'homme est
accidentelle (maladie rurale et professionnelle).
9.3.4 Diagnostic
9.3.4.1 Le diagnostic direct
Il repose sur l'isolement du germe par hmoculture la phase septicmique de la malade, par ponction ganglionnaire etc La culture est souvent trs lente.
92/122
2002 - 2003
9.3.5 Traitement
9.3.5.1 Le traitement prventif
Il consiste en un dpistage srologique par les vtrinaires des animaux infects et l'abattage de ces
animaux.
2002 - 2003
93/122
94/122
2002 - 2003
Chapitre 10
La flore microbienne normale
de lorganisme
La flore bactrienne commensale
De nombreuses bactries sont normalement prsentes sur la peau et les muqueuses des sujets sains.
Elles constituent les flores commensale rsidentes. Celles-ci participent activement au maintien de
la sant. Par exemple, la flore intestinale synthtise de la vitamine K, aide l'absorption des aliments, prvient par son quilibre la prolifration de bactries commensales potentiellement dangereuses (Clostridium difficile) et gne la colonisation par des bactries pathognes.
Les bactries commensales peuvent tre rparties en 4 flores principales (cutane, respiratoire, gnitale et digestive).
1.
La flore cutane est variable en qualit et en quantit (102 106/cm2) selon la topographie.
La flore transitoire est plus polymorphe et peut comporter des germes potentiellement
pathognes, provenant du tube digestif ou du rhinopharynx :
2.
Entrobactries
Staphylocoque dor.
Les mains portent souvent une flore transitoire abondante (rle dans la transmission croise).
La flore de l'arbre respiratoire suprieur est trs variable et abondante au niveau du rhinopharynx (108/ml de scrtion pharynge). Elle contient de nombreux opportunistes majeurs :
2002 - 2003
95/122
3.
Au niveau de la trache, la flore est minime et activement combattue par le mucus, les cils,
les macrophages, etc L'arbre respiratoire infrieur est strile.
La flore gnitale joue un rle de protection, essentiel chez la femme. Les lactobacilles acidophiles ou bacilles de Dderlein, par leur scrtion d'acide lactique entretiennent un pH bas qui
limite la flore commensale. Cette flore commensale est rduite :
4.
96/122
2002 - 2003
Les spirochetes
Chapitre 11
Les spirochetes
Les spirochtes sont des micro-organismes spirals (hlicodaux), flexibles, parois trs minces.
Ils se dplacent par ondulations du filament axial qui est constitu par deux ou trois touffes de flagelles polaires (les fibrilles) situes entre la membrane cytoplasmique et la paroi cellulaire (figure
1).
Les spirochtes sont des bactries trs rpandues. Certains sont des commensaux des muqueuses
humaines, notamment des muqueuses buccales, digestives et gnitales. D'autres, qui sont pathognes, sont rangs dans les genres Treponema, Borrelia et Leptospira.
La syphilis est une maladie strictement humaine. L'infection humaine est habituellement transmise
par contact sexuel et, dans la plupart des cas, la lsion infectante sige sur la peau ou la muqueuse
des organes gnitaux. Toutefois, dans 10 % des cas, la lsion primaire est extragnitale (buccale,
rectale).
2002 - 2003
97/122
Les spirochetes
11.1.1.1 L'incubation
Elle est de 3 semaines en moyenne (2 10 semaines). Les trponmes se multiplient au point d'inoculation mais certains d'entre eux essaiment jusqu'aux ganglions lymphatiques, d'o ils gagnent ensuite la grande circulation.
11.1.1.4 Evolution
Dans environ 30 % des cas, la syphilis gurit spontanment. Dans 30 %, malgr l'absence de traitement, elle va rester latente et se traduire uniquement par une srologie positive. Dans les autres
cas, la maladie va voluer d'une manire asymptomatique vers un stade tertiaire caractris par le
dveloppement de lsions granulomateuses - les gommes - de la peau, des os et du foie, et des lsions dgnratives du systme nerveux central (paralysie gnrale, tabs) ou du systme cardiovasculaire (aortite avec parfois formation d'anvrysme, insuffisance aortique).
Une splnomgalie est possible. Dans toutes les lsions tertiaires, les trponmes sont rares. Les
lsions tissulaires sont attribues un tat d'hypersensibilit l'gard du trponme. Il s'agit de la
phase tardive de l'infection syphilitique.
98/122
2002 - 2003
Les spirochetes
srum.
11.1.2 Bactriologie
11.1.2.1 Morphologie
Treponema pallidum a de 5 15 microns de long sur 0,2 micron de large. Ses spires sont rgulirement espaces les une des autres de 1 micron. Sa mobilit est caractristique : rotation et flexion
sinusodales. Treponema pallidum ne se colore pas bien par les colorants habituels. On l'observe
habituellement l'tat frais au microscope fond noir, ou aprs coloration spciale (immunofluorescence, imprgnation argentique).
11.1.2.2 Culture
Treponema pallidum, comme tous les trponmes pathognes, n'a pas encore t cultiv sur milieu
artificiel. Seuls existent actuellement des milieux de survie.
Considrs longtemps comme anarobies stricts, il est prouv qu'ils peuvent fixer l'oxygne grce
une chaine de transport d'lectrons. Ce sont des microarophiles.
2002 - 2003
99/122
Les spirochetes
11.1.3.3 Le srodiagnostic
Pour le diagnostic srologique de la syphilis on emploie des antignes non trponmiques et des
antignes trponmiques.
a.
Les antignes non trponmiques sont des lipides extraits de tissus normaux de mammifres.
On utilise le cardiolipide qui est un extrait de cur de buf. Il ragit avec une substance prsente dans le srum des sujets atteints de syphilis et que l'on appelle pour cela la ragine .
La ragine est un mlange d'IgM et d'IgA dirigs contre des antignes prsents dans des tissus
normaux. Elle apparat dans le srum des syphilitiques 1 2 semaines aprs le dbut du chancre et dans le L.C.R., 4 8 semaines aprs le dbut du chancre. Deux types de ractions srologiques sont couramment employes pour mettre en vidence la ragine :
b.
Toutes les ractions utilisant des antignes non trponmiques peuvent donner des rsultats
faussement positifs. Les faux-positifs sont ds la prsence de ragine dans de nombreuses
infections (paludisme, lpre, rougeole, mononuclose infectieuse, etc), des vaccinations,
des maladies du collagne, etc
Les antignes trponmiques sont des suspensions ou des extraits de T. pallidum. Ils permet-
100/122
2002 - 2003
Les spirochetes
tent de mettre en vidence des anticorps spcifiques anti-trponmes. Trois ractions srologiques peuvent tre employes :
11.1.4 Traitement
La syphilis est une maladie dclaration obligatoire (n33) et traitement obligatoire.
Le traitement repose sur l'administration de 2,4 MU de benzathine-pnicilline en injection I.M.
unique au stade prcoce de la maladie (primo-secondaire), ou 1 injection hebdomadaire pendant 3
semaines conscutives de 2,4 MU de benzathine-pnicilline (soit une dose totale de 7,2 millions
d'units) pour les stades tardifs. Ce traitement doit s'adresser simultanment aux malades et leurs
partenaires sexuels (alternative en cas d'allergie : rythromycine).
La raction de Jarisch-Herxheimer peut s'observer lors du traitement de la syphilis par la pnicilline
G. Elle rsulte de la libration d'une exotoxine (LPS) par les trponmes lyss. Elle survient 6 8 h
aprs l'administration et se manifeste pendant 12 24 h sous forme de frissons, malaise, fivre, yalgies et exacerbation des lsions syphilitiques existantes.
La prophylaxie de la syphilis repose sur (1) le dpistage systmatique obligatoire (mariage, grossesse), (2) le traitement adquat et prcoce des malades connus et de leur(s) partenaire(s), (3) l'hygine sexuelle individuelle (le vagabondage sexuel est bien videmment une source de risque)
et (4) la prophylaxie mcanique (prservatif) au moment de l'exposition. Aucun vaccin n'est actuellement disponible.
Il faut enfin souligner que plusieurs maladies vnriennes peuvent tre acquises simultanment.
Par exemple un sujet atteint de gonococcie peut avoir contract en mme temps la syphilis ou avoir
2002 - 2003
101/122
Les spirochetes
t infect par le VIH et ne pas encore en avoir les signes. Le traitement de la premire maladie
risque de dcapiter la syphilis (absence de lsions primaires ou secondaires) sans la gurir compltement. Il faut donc traiter la premire maladie soit par des antibiotiques actifs sur T. pallidum et
capables de gurir une syphilis en incubation, soit alors par des antibiotiques inactifs sur T.
pallidum.
Une personne atteinte de syphilis a une immunit de surinfection contre T.pallidum. Toutefois, si
la syphilis est traite prcocement et gurie, cette personne peut nouveau contracter la syphilis.
11.2 Borrelia
1.
2.
Les Borrelia sont des bactries irrgulirement spirales responsables des Fivres rcurrentes
(ou borrlioses). Les rongeurs sauvages sont les rservoirs de virus et les pous ou les tiques,
les agents de transmission. La maladie se traduit par une septicmie rechutes avec tuphos,
arthralgies, signes mninges et parfois hpato-splniques et rnaux. La courbe thermique traduit un tat fbrile brutal et intense, faisant se succder des phases fbriles et des phases d'apyrxie.
Le diagnostic de la maladie se fait par la mise en vidence du germe l'examen microscopique
du sang (centrifugation, goutte paisse). Pas de srodiagnostic.
Le traitement est bas sur l'administration d'ampicilline, de ttracycline ou de chloramphnicol. La prophylaxie repose sur la lutte contre les vecteurs (hygine corporelle, vestimentaire
et de l'habitat, insecticides).
Une forme rcemment reconnue (1983) de borreliose, due B.burgdorferi, transmise par une
tique et dont le rservoir du germe est constitu de mammifres sauvages ou domestiques, est
la maladie de LYME. Cette maladie est caractrise par des manifestations cutanes (erythema chronicum migrans), articulaires (oligoarthrites touchant les grosses articulations), neurologiques (mningite lymphocytaire) et cardiaques (troubles de la conduction) voluant par
pousses successives. Le diagnostic biologique repose sur le srodiagnostic et le traitement
sur l'administration de ttracyclineou de -lactamine (ceftriaxone pour les formes mninges).
102/122
2002 - 2003
Mycobactries
Chapitre 12
Mycobactries
Les bactries du genre Mycobacterium sont des bacilles qui ne se colorent pas facilement mais qui,
une fois colors, rsistent la dcoloration par l'acide et l'alcool et sont de ce fait dits acido-alcoolo-rsistants . Le genre comprend de nombreuses espces saprophytes ou commensales et des
espces pathognes dont les deux principales sont : Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose, et Mycobacterium leprae, agent de la lpre.
12.1.2 Habitat
M.tuberculosis est un parasite strict de l'espce humaine. La transmission interhumaine est habituellement directe et se fait par voie arienne. Les animaux familiers de l'homme peuvent occasionnellement tre contamins.
2002 - 2003
103/122
Mycobactries
12.1.3.2 Clinique
La pntration du bacille dans l'organisme ne conduit la maladie que dans 10 % des cas en
moyenne. Dans 90 % des cas, la multiplication des bacilles s'arrte rapidement. C'est la primo- infection simple qui se traduit par le dveloppement de l'hypersensibilit tuberculinique et de l'immunit de surinfection. Le sujet n'est pas malade, il est simplement infect.
La maladie tuberculeuse est habituellement provoque par la multiplication des bacilles de la primo-infection soit immdiatement soit aprs un temps de latence, les bacilles ayant survcu dans les
lsions primaires (rinfection endogne). Plus rarement, elle l'est par de nouveaux bacilles inhals
d'une nouvelle source de contamination (rinfection exogne).
Deux types de localisation peuvent s'observer. Les localisations pulmonaires sont les plus frquentes (90 % des cas environ) et les plus dangereuses pidmiologiquement car ce sont elles (notamment les cavernes) qui permettent la transmission du bacille. Les localisations extra-pulmonaires
sont gnralement pauvres en bacilles mais invalidantes (osto-arthrite) ou gravissimes (mningite).
Le substratum anatomique des lsions est le mme ; c'est le granulome et surtout la casification.
Chez les sujets infects par le virus du SIDA (VIH), l'infection par le BK mne trs frquemment
la tuberculose qui est souvent gnralise et se traduit dans prs de 50 % des cas par des localisations multiples, pulmonaires et extrapulmonaires.
12.1.4.2 Culture
M.tuberculosis ne pousse pas sur les milieux usuels. Il ncessite des milieux trs enrichis. Le plus
104/122
2002 - 2003
Mycobactries
employ est un milieu l'uf, le milieu de LOEWENSTEIN-JENSEN. Sur ce milieu il donne des
colonies de teinte crme-beige, sches, surface rugueuse, en chou-fleur, tout fait caractristiques. Fait important, les colonies n'apparaissent qu'en 21 jours en moyenne (temps de division de
M.tuberculosis = 20 heures).
12.1.4.5 Gntique
Jusqu' prsent aucun plasmide n'a t mis en vidence chez M.tuberculosis et la rsistance aux
antibiotiques antituberculeux est le rsultat de la slection de mutants rsistants. Le support gntique de la rsistance a t rcemment identifi pour la plupart des antituberculeux et ouvre des
perspectives prometteuses pour un diagnostic rapide de la rsistance.
Des squences d'ADN spcifiques et rptes en plusieurs endroits du chromosome (IS6110...) ont
t isoles. Leur hybridation avec des sondes d'ADN permet de caractriser les souches isoles et
fournit ainsi un outil prcieux l'tude pidmiologique de la tuberculose (empreinte digitale gnomique).
2002 - 2003
105/122
Mycobactries
Dtruit par l'alcool en 5 minutes, M.tuberculosis rsiste plus que les autres bactries aux acides dilus, aux antiseptiques et aux dtergents.
2.
M.tuberculosis est pathogne pour de nombreux animaux de laboratoire mais il n'est pas pathogne pour les bovids. L'animal le plus sensible est le cobaye. Quelle que soit la voie d'inoculation et le nombre de bacilles inoculs, il fait une tuberculose progressivement mortelle :
15 jours 3 semaines aprs l'inoculation d'un million de bacilles, un nodule se forme au point
d'inoculation. Ce nodule s'ulcre et laisse sourdre un pus blanchtre, homogne, que l'on appelle caseum, caractristique des ncroses caseuses. L'ulcration va persister jusqu' la mort
de l'animal. Celle-ci survient par essaimage lymphatique des bacilles et atteinte des principaux viscres (rate, foie, poumons).
En 1890, Robert KOCH constate que la rinoculation de bacilles un cobaye dj inocul
n'est pas suivie des mmes lsions que la primo-inoculation. C'est le phnomne de KOCH
qui se traduit de la manire suivante : d'abord une ulcration ncrotique se forme en 2 3
jours au point d'inoculation alors qu'elle se forme en 3 4 semaines aprs la primoinoculation ; ensuite, l'ulcration ncrotique gurit spontanment alors que l'ulcration de la
primo-inoculation persiste jusqu' la mort de l'animal.
Du phnomne de KOCH on peut tirer les dductions suivantes :
106/122
2002 - 2003
Mycobactries
L'examen microscopique des frottis colors par la mthode de ZIEHL-NEELSEN permet de mettre
en vidence des bacilles acido-alcoolo-rsistants (b.a.a.r.). Lorsqu'il est positif il permet un diagnostic de forte prsomption de tuberculose.
La culture permet l'identification biochimique et l'antibiogramme des bacilles isols. Elle seule permet le diagnostic de certitude de la tuberculose. Etant donn la lenteur de multiplication
du bacille de la tuberculose et la pousse rapide des autres germes sur le milieu de LOEWENSTEIN-JENSEN, les produits pathologiques contenant une flore associe doivent tre dcontamins avant d'tre ensemencs. La dcontamination se fait par des antiseptiques (soude ou
acide) auxquels le bacille de la tuberculose est moins sensible que les autres germes.
Une sonde ADN correspondant une squence ribonuclotidique spcifique (ARN ribosomal) du complexe tuberculosis est aujourd'hui disponible. Elle permet d'identifier en quelques
heures les bacilles de la tuberculose isols en culture.
L'amplification gnique ( PCR ) qui devait thoriquement permettre de dtecter dans un
produit pathologique quelques bacilles en quelques heures seulement est pour l'instant plutt
dcevante.
L'intradermoraction 10 units de tuberculine injectes par voie intradermique sous le volume de 0,1 ml, lue la 72e heure, permet uniquement de savoir si le sujet a ou non dj t
infect soit d'une manire spontane (primo-infection par M.tuberculosis), soit d'une manire
artificielle (vaccination par le B.C.G.).
Il n'y a pas actuellement de srodiagnostic fiable de la tuberculose.
12.1.7 Traitement
12.1.7.1 Traitement curatif
Le traitement curatif de la tuberculose repose presque uniquement sur l'administration quotidienne
pendant 6 mois d'une association antibiotique (2 mois d'isoniazide + rifampicine + pyrazinamide
et thambutol suivi de 4 mois d'isoniazide + rifampicine). L'association d'antibiotiques est indispensable pour viter la slection de mutants rsistants (cf chapitre Gntique bactrienne page
19) et la prolongation du traitement pendant 6 mois pour viter les rechutes.
2002 - 2003
107/122
Mycobactries
108/122
2002 - 2003
Mycobactries
2002 - 2003
109/122
Mycobactries
110/122
2002 - 2003
Chapitre 13
Les rickettsia et bactries
voisines
13.1 Dfinition
Les rickettsia sont un ensemble de bactries de petite taille, non cultivables sur milieux inertes, responsables des rickettsioses qui se traduisent par un syndrome infectieux voquant la typhode
(tuphos = typhus ; typhode) s'accompagnant d'un exanthme, sont transmises par un insecte vecteur, et ont comme rservoirs des rongeurs sauvages.
13.2 Historique
2002 - 2003
111/122
13.3 Bactriologie
13.3.1 Les rickettsia : classification
Tableau 3 Les principales rickettsies
Maladies
Espces
Vecteur
Hte naturel
Lieu
R. prowazeki
pou
homme
Typhus murin
R. typhi
puce
rat
Afrique
Asie
Amrique
Afrique du Nord
R.conori
tique
chien
Cte mditerranenne
R. rickettsi
tique
rongeurs
U.S.A
R.akari
acarien
souris
Villes USA-URSS
R.rochalimae
Extrme Orient
R.orientalis
aotats
rongeurs
Bartonella
ex. Rochalimaea
quintana
pou
pou
Guerre de 1914-1918
V. Fivre Q
(Query-Fever)
Cox. burneti
Coxiella
arosol
btail
Monde Entier
E.sennetsu
E.canis
tique
rongeurs
Japon Malaisie
Etats-Unis
A ct des Rickettsia, il y a un autre groupe de bactries multiplication intraleucocytaire qui infectent l'homme et les animaux domestiques et sauvages. Ces bactries appartiennent au genre
EHRLICHIA au sein de la famille des Rickettsiaceae. E.Sennetsu (Japon 1954) et E.canis (Etats-
112/122
2002 - 2003
13.3.2.2 Morphologie
On peut observer la morphologie des rickettsies dans les cellules des animaux infects (rongeurs), dans les cellules du sac vitellin des ufs infects, dans les cellules intestinales des
arthropodes vecteurs (poux).
Coloration : bactries Gram ngatif, mais coloration non utilise. Les colorations usuelles
sont la coloration de Giemsa et surtout celle de Macchiavello et Stamp (coloration par la fuchsine 5 mn, dcoloration par l'acide citrique 0,5 % quelques secondes, recoloration par le bleu
de mthylne 30 secondes).
Forme : bacilles de 0,5 de long, parfois des formes enrubannes, sphriques. (grand polymorphisme).
Microscopie lectronique : pas de flagelle, ni de capsule ni de spore.
2002 - 2003
sro neutralisants
agglutinant
fixant le complment +++
113/122
immunofluorescents+++
13.3.2.6 Culture
Sur animal : endothelium pulmonaire des petits rongeurs et du lapin par inondation de l'arbre respiratoire sous anesthsie. En 4-5 jours, pneumonie rickettsienne.
in ovo : embryon de poulet de 6 8 jours, 36C : multiplication dans la paroi du sac vitellin avec
rcolte au 3e jour.
Sur cultures cellulaires.
Dans tous les cas, contrairement aux virus, la cellule ne participe pas directement la biosynthse
des rickettsies mais fournit les lments indispensables, de nature pour l'instant inconnue.
114/122
2002 - 2003
Au 5e jour = ruption : exanthme maculeux ros du tronc et des membres mais respectant le visage, la paume des mains et la plante des pieds ; nanthme pharyng.
Biologie : dshydratation, hyperurmie, protinurie, discrte leucopnie. Parfois discrte raction
mninge de type lymphocytaire.
Mortalit 30 %.
Complications cardio-vasculaires (myocardites), nerveuses (encphalites), rnales, pulmonaires,
etc.
Typhus murin.
Agent vecteur : puce du rat (piqre). Rservoir : rongeurs sauvages (rats, mulots, etc). Etat endmique en Afrique du Nord et dans de nombreux autres Pays du Monde.
Tableau plus bnin : incubation plus courte 8-12 jours.
ruption peut atteindre plante et paumes.
volution habituellement favorable.
2002 - 2003
115/122
116/122
2002 - 2003
Dcrite pour la premire fois aux Etats-Unis en 1987 (KOICHI MAEDA et al. Human Infection
with Ehrlichia canis, a leucocytic rickettsia. N. Engl. J. Med. 1987 ; 316 : 853-856), chez un homme avec un syndrome infectieux grave simultant la fivre pourpre des Montagnes Rocheuses mais
sans ruption, E.canis avait t jusque l isole uniquement des canids. Chez le malade atteint,
prsence d'une 4 inclusions intracytoplasmiques dans 1 2 % des lymphocytes, polynuclaires
neutrophiles et monocytes. Les inclusions correspondent l'examen au microscope lectronique
environ 40 micro-organisms. La srologie anti-rickettsienne est ngative.
Donnes cliniques et surtout pidmiologiques (saison, sjour en zone d'endmie, chien, profession).
Isolement et identification du germe sont difficiles, ne se font pas en routine.
Pourraient se faire avant l'ruption par l'inoculation du sang sur :
3.
cultures cellulaires,
sac vitellin de l'uf embryonn,
cobaye,
souris,
milieu de culture riche (Bartonella quintana).
Possibilit de mise en vidence des rickettsies par immunofluorescence directe d'une biopsie
cutane ou chez un insecte vecteur.
Anticorps +++
apparaissent vers le 10e jour,
antignes spcifiques de chaque forme de typhus qui permettent par consquent le srodiagnostic des rickettsioses.
Mthodes :
fixation du complment
immunofluorescence-IgM plus prcoce
A faire sur 2 srums prlevs 10 jours d'intervalle. Se mfier des srologies positives sur un seul
srum en zone d'endmie, qui peuvent traduire une cicatrice srologique.
2002 - 2003
117/122
118/122
2002 - 2003
Les chlamydia
Chapitre 14
Les chlamydia
Les bactries du genre chlamydia sont des bactries de petite taille incapables de faire la synthse
de leurs propres constituants et, de ce fait, parasites intracellulaires obligatoires. Elles sont reprsentes par trois espces principales : C.trachomatis qui est responsable du trachome pidmique,
d'infections gnitales et oculo-gnitales, et de la maladie de Nicolas et Favre ou lymphogranulomatose vnrienne ; C.psittaci, agent de l'ornithose-psittacose, dont les rservoirs de germes sont
les oiseaux (pigeon, perroquet, perruche) et certains mammifres (ovins, bovins, chat), qui est responsable d'infections respiratoires chez l'homme, et C.pneumoniae, dont le rservoir de germe est
l'homme, qui est responsable d'infections respiratoires chez l'homme.
2002 - 2003
119/122
Les chlamydia
sure par contact direct (sexuel, main, linge souill) ou indirect (mouche trachome).
14.2.1 Le trachome
Maladie endmique largement rpandue dans les zones intertropicales, le trachome touche 500
millions de personnes. Dues aux sous-types A, B et C de C.trachomatis il se traduit par une kratoconjonctivite franche avec altration conjonctivale (papilles rouges et follicules translucides, pathognomoniques) et cornenne (pannus = novascularisation) qui volue vers la ccit par surinfection bactrienne, complications mcaniques et ulcration cornenne.
120/122
2002 - 2003
Les chlamydia
b.
c.
Culture sensible et spcifique sur culture cellulaire (cellules McCoy ou Hela) dont la positivit est rvle par immunofluorescence.
Srologie : micro-immunofluorescente (titre significatif > 64) intressante pour le diagnostic
de la maladie de Nicolas et Favre.
14.2.5 Traitement
Prventif : hygine +++ pour le trachome
Ciuratif : antibiotiques : cyclines, macrolides, fluoroquinolones.
14.3.4 Traitement
Rglements d'hygine publique (pigeons) et d'importation des oiseaux d'agrment.
Antibiotiques : cyclines et macrolides.
2002 - 2003
121/122
Les chlamydia
14.4.4 Traitement
Cyclines, macrolides.
122/122
2002 - 2003