Polycopié Cours Bactériologie Médicale

République Algérienne Démocratique et Populaire
Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

Université Mouloud Mammeri. Tizi Ouzou
Faculté des Sciences Biologiques et Agronomiques
Cours de Bactériologie Médicale
Elaboré par Dr MEGUENNI Nacima
A l’usage des étudiants de Master 2 Microbiologie
Année 2018/2019
Dr MEGUENNI N. Cours de Bactériologie Médicale. Université Mouloud Mammeri
Sommaire
Titre Page
Chapitre 1 : La pathogénicité chez les bactéries 1
1-Définitions 1
2-La maladie infectieuse 1
2.1-La conservation d’un réservoir de la bactérie pathogène 2
2.2-Le transport de la bactérie pathogène vers l’hôte 2
2.3-L’adhérence et la colonisation par la bactérie par la bactérie pathogène 2
2.4-L’invasion des tissus de l’hôte 2
2.5-La croissance et la multiplication de la bactérie pathogène 2
2.6-La sortie de l’hôte 3
3-La régulation des facteurs de virulence bactériens 3
3.1-Les ilots de pathogénicité 3
4-Le pouvoir toxinogène 4
4.1- Les exotoxines 4
4.1.1- Rôles des exotoxines dans la maladie 7
4.2- Les endotoxines 8
5-Les défenses de l’hôte contre l’invasion microbienne 8
5.1-Les mécanismes microbiens pour échapper aux défenses de l’hôte 8
5.1.1-Echappement au système du complément 8
5.1.2-Echappement à la phagocytose 9
5.1.3-La survie dans le phagocyte 9
5.1.4-Echappement à la réponse immunitaire spécifique 10
Chapitre 2 : Epidemiologie des maladies infectieuses 11

1- La terminologie épidémiologique 11
2- Les mesures de fréquences : les outils de l’épidémiologie 11
3- La reconnaissance d’une maladie infectieuse dans une population 13
4-Le cycle de la maladie infectieuse 13
4.1-Etiologie (agent causal de la maladie) 13
4.2-Réservoir de l’agent pathogène 14
4.3-Transmission de l’agent pathogène 14
4.4-L’hôte 15
4.5--La sortie de l’hôte 15
5-La virulence et le mode de transmission 15
Chapitre 3 : les antibiotiques et leur mode d’action 17
1. Définition des antibiotiques 17
2-Classification des antibiotiques 17
2.1-Classification selon la nature chimique 17
2.1.1- Les bêtalactamines 17
2.1.1.1-Les pénames 18
2.1.1.2-Les pénèmes 18
i
2.1.1.3-Les céphèmes 18
2.1.1.4- Les monobactames 18
2.1.1.5-Les inhibiteurs de β-lactamases 18
2.1.2- Les aminoglycosides (aminosides) 19
2.1.3- Les tétracyclines 19
2.1.4-Les phénicolés 19
2.1.5-Les macrolides 20
2.1.6-Les quinolones 20
2.1.7-Les polypeptides 21
2.1.8-Les sulfamides 21
2.1.9-Les rifamycines 21
2.2-Classification selon l’origine 22
2.2.1-Les antibiotiques naturels 22
2.2.2- Les antibiotiques synthétiques 22
2.2.3-Les antibiotiques semi-synthétiques 22
2.3- Classification selon l’effet antibactérien 22
2.3.1- Bactériostase 22
2.3.2- Bactéricidie 22
2.4- Classification selon le spectre d’activité 23
2.5- Classification selon le site d’action 23
2.5.1- Les antibiotiques agissant sur la paroi bactérienne 23
2.5.1.1- Les bêtalactamines 23
2.5.1.1.1- Les dérivés de l’acide 6-amino-pénicillanique 24
2.5.1.1.2- Les dérivés de l’acide 7-amino-céphalosporanique 24
2.5.1.1.3-Les monobactames 25
2.5.1.1.4-Mécanisme d’action des bêtalactamines 25
2.5.1.2- Les glycopeptides 26
2.5.2- Antibiotiques agissant sur la membrane cytoplasmique 26
2.5.3- Antibiotiques agissant sur la réplication d’ADN (appareil nucléaire) 26
2.5.4- Antibiotiques agissant sur les ribosomes 27
2.5.4.1- Les aminosides 27
2.5.4.2- Les tétracyclines 27
2.5.4.3-Les macrolides 27
2.5.4.4-Le chloramphénicol 27
Chapitre 4 : La résistance bactérienne aux antibiotiques 31

1. Définition de la résistance 31
2. Bases génétique de la résistance 31
2.1-Résistance naturelle 31
2.2 -La résistance acquise 32
2.2.1-Mutation chromosomique spontanée 32
2.2.2-Acquisition de gènes de résistance 32
3-Origine des gènes de résistance 34
4-Mécanismes de résistance 34
ii
4.1-Défaut d’affinité 34
4.2- Modification enzymatique 35
4.3- Résistance par efflux 35
4.4-Phénomène d’imperméabilité 35
5-Emergence et propagation de la résistance 36
Index bibliographique 37
Liste des figures
Figures 1: Deux sous types d’exotoxines désorganisatrices de membrane 7

Figure 2 : Structure du cycle β-lactame (COHEN et JACQUOT, 2008) 18
Figure 3 : Structure de base des pénicillines (COHEN et JACQUOT, 2008) 18
Figure 4 : Structure de base des carbapénèmes (TULKENS et SPINEWINE, 2002) 19
Figure 5 : Structure de base des céphalosporines (COHEN et JACQUOT, 2008
Figure 6 : Structure de l’aztréonam (COHEN et JACQUOT, 2008) 19
Figure 7 : Structure de l’acide clavulanique (PATRICK, 2003) 20
Figure 8 : Structure de la streptomycine (TODAR, 2008) 20
Figure 9 : Structure de la tétracycline (TODAR, 2008) 20
Figure 10 : Structure du chloramphénicol (TODAR, 2008) 21
Figure 12 : Structure de l’acide nalidixique (PATRICK, 2003) 22
Figure 13 : Structure des sulfamides (ANONYME, 2008) 22
Figure 14 : Structure de la rifamixine (ALLAIN, 2010) 22
Figure 15 : Les différents modes d’action des antibiotiques sur les bactéries 29
Figure 16 : Représentation schématique des différents mécanismes de transfert 32
horizontal de gènes (FAURE, 2009)
Figure17 : Mécanismes de résistance aux antibiotiques chez les bactéries 36
(d’après SCHMIEDER et EDWARDS, 2012)
Liste des Tableaux

Tableau I : Exemples d’antibiotiques bactériostatiques et antibiotiques bactéricides 24
(YALA, 2001 ; SINGLTON, 2005 ; COHEN et JACQUOT 2008).
Tableau II : Récapitulation des caractéristiques des bêtalactamines, 29
des quinolones et d’autres d’antibiotiques (BRYSKIER, 1999 ; YALA et al.,
2001 ; TORTORA et al., 2003 ; SKÖLD, 2003 ; CHEN et al., 2012 ; KEMPF
et al., 2013).
iii
Abréviations
Ala : Alanine
AMG : Aminoglycoside
CMB : Concentration minimale bactéricide
CMI : concentration minimale inhibitrice
DHF : Dihydrofolate
LPS : Lipopolysaccharide
MAC : complexe d’attaque membranaire
PABA : Acide Para-Amino-Benzoïque
PLP : Protéines Liant la Pénicilline
SEB : entérotoxine staphylococcique B
THF : Tétrahydrofolate
TTSS : Système sécréteur de type III
iv
Chapitre 1 : LA PATHOGENICITE CHEZ LES BACTERIES
1-Définition
Tout organisme produisant une maladie est dit pathogène (du grec pathos, maladie et genos
naissance. Sa capacité à provoquer une maladie est son pouvoir pathogène ou pathogénicité.
C’est un terme général qui fait référence au potentiel infectieux.
Le potentiel pathogène fait référence à l’intensité de la production des symptômes morbides.
Le terme virulence fait référence à l’intensité de la pathogénicité.
Les caractéristiques qui interviennent dans la virulence (les capsules, les pili, les toxines) sont
appelés facteur de virulence.
La virulence est déterminée par trois caractéristiques du pathogène :
- les pouvoirs invasif et infectieux ;
- le potentiel pathogène.
On mesure souvent expérimentalement la virulence en déterminant la dose létale 50 (DL50 )

ou la dose infectieuse 50 (DI50 ). Ces valeurs représentent la dose ou le nombre d’agents
pathogènes qui vont respectivement tuer ou infecter 50% des hôtes d’un groupe expérimental
en un temps déterminé.
1- La maladie infectieuse
Pour induire une maladie, une bactérie pathogène doit :
 Conserver un réservoir. Un réservoir est un endroit où vivre avant et après avoir
provoqué l’infection ;
 Etre à l’origine, transportée vers l’hôte et y entrer ;
 Adhérer, coloniser et/ou envahir les cellules et les tissus de l’hôte ;
 Echapper aux mécanismes de défense de l’hôte ;
 Se multiplier ou compléter son cycle reproductif sur ou dans l’hôte ou dans
les cellules de l’hôte ;
 Nuire à l’hôte ;
 Quitter l’hôte et retourner au réservoir ou atteindre un nouvel hôte.
2.1-La conservation d’un réservoir de la bactérie pathogène

Toute bactérie pathogène doit avoir au moins un réservoir ; les réservoirs les plus
communs des agents pathogènes humains sont d’autres humains, des animaux
et l’environnement. La source et/ou le réservoir de l’agent sont caractéristiques de la maladie
infectieuse.
2.2-Le transport de la bactérie pathogène vers l’hôte

Le moyen le plus évident est le contact direct, d’un hôte à un autre (par la toux,
les éternuements et le contact corporel).
Les bactéries sont également transmises indirectement de manière différente. Les hôtes
infectés dispersent les agents pathogènes dans leur entourage et une fois dans
l’environnement, ils sont remis en suspension dans l’air ou transmis indirectement de
manières différentes. Le sol, l’eau et la nourriture sont des véhicules indirects, hébergeant et
transmettant les agents pathogènes aux hôtes.
1
2.3-L’adhérence et la colonisation par la bactérie par la bactérie pathogène

La colonisation signifie l’établissement d’un site de multiplication de la bactérie à
la surface ou à l’intérieur de l’hôte. Elle dépend de la capacité qu’a la bactérie pathogène
de survivre dans ce nouvel environnement et concurrencer avec succès la microflore normale
de l’hôte pour les nutriments essentiels. Des structures spécialisées permettant de rivaliser
pour des sites d’adhérence superficiels sont également nécessaires à la colonisation.
Des facteurs d’adhérence comme les pili et les fimbriae et des molécules d’adhérence
spécialisées (capsules et adhésines) présentes sur la surface de la cellule bactérienne
permettent la fixation sur des sites récepteurs complémentaires de la surface des cellules
hôtes.
2.4-L’invasion des tissus de l’hôte

Les bactéries pathogènes peuvent souvent s’introduire activement dans les muqueuses
et l’épithélium de l’hôte après fixation sur la surface épithéliale.
Elles y parviennent en produisant des substances lytiques qui altèrent le tissu
de l’hôte par :
- l’attaque de la substance fondamentale et des membranes basales des téguments
et des tissus intestinaux ;
- la dépolymérisation des complexes glycoprotéiques entre les cellules ou sur la surface
cellulaire (le glycocalyx) ;
- la désorganisation de la surface cellulaire.
Elles peuvent aussi pénétrer par des mécanismes passifs en utilisant :

- de petites fissures, des lésions ou des ulcères dans une muqueuse ;
- des blessures, des éraflures ou des brûlures de la peau ;
- des arthropodes vecteurs causant de petites blessures lorsqu’ils se nourrissent ;
- des dégâts tissulaires causés par d’autres organismes ;
- des voies d’internalisation eucaryotes (endocytose et pahgocytose).
Les bactéries peuvent également pénétrer dans les petits capillaires lymphatiques
terminaux entourant les cellules épithéliales. Ces capillaires s’associent pour former
des vaisseaux lymphatiques plus larges qui t aboutissent dans le système sanguin.
La bactérie accède finalement à tous les organes et tous les systèmes de l’hôte.
2.5-La croissance et la multiplication de la bactérie pathogène

Pour qu’une bactérie pathogène soit efficace dans son développement et sa multiplication
(colonisation) elle doit trouver un environnement approprié chez l’hôte. Les régions
du corps de l’hôte offrant les conditions les plus favorables vont héberger les bactéries
pathogènes et lui permettront de se multiplier pour produire une infection.
Certaines bactéries peuvent se multiplier activement dans le plasma sanguin ; la présence
de bactéries viables dans le flux sanguin est appelé bactériémie.
La présence de bactéries ou de leurs toxines dans le sang est désignée septicémie.
Les bactéries intracellulaires peuvent être subdivisées en deux groupes :

- Les bactéries pathogènes intracellulaires facultatives pouvant vivre dans les cellules
ou dans l’environnement.
- Les bactéries pathogènes intracellulaires obligatoires, telles que les rickettsies
incapables de se développer et de se multiplier à l’extérieur d’une cellule hôte.
2
2.6-La sortie de l’hôte

Le dernier facteur de succès d’une bactérie est la faculté de pouvoir quitter
l’hôte et rentrer dans un nouvel hôte ou un réservoir. Si cette étape ne réussit pas,
le cycle de la maladie sera interrompu et la bactérie ne se perpétuera pas.
Les mécanismes de sortie sont le plus souvent passifs : l’urine, les matières fécales,
la salive ou les cellules qui desquament.
3- La régulation des facteurs de virulence bactériens

Les agents pathogènes ont développé des voies complexes de signalisation
pour réguler l’activité des gènes nécessaires à la virulence.
La présence d’un facteur de virulence peut être due au fait que la bactérie est
infectée par un phage (les gènes de virulence se trouvant sur un phage).
Des facteurs environnementaux peuvent contrôler l’expression des gènes
de virulence tels que la température, l’osmolarité, le fer disponible, des ions
spécifiques et d’autres facteurs spécifiques. C’est le cas :
- Du gène de la toxine diphtérique de Corynebacterium diphtheriae porté par
le bactériophage tempéré β et son expression est régulé par le fer. La toxine n’est
produite que par les souches lysogènes.
- De l’expression du gène de virulence de Bordettella pertussis responsable
de la coqueluche augmente à 37ºC et inhibée à une température plus basse.
- De l’agent du choléra, Vibrio cholerae dont les facteurs de virulence s’expriment
à des niveaux différents sous l’influence de nombreux facteurs de l’environnement.
La production de la toxine cholérique est, par exemple, plus élevée à pH6 qu’à 8
et à 30ºC plutôt qu’à 37ºC.
3.1-Les ilots de pathogénicité

De nombreuses bactéries (Yersinia, Pseudomonas aeruginosa, Shigella flexneri,
Salmonella et E.coli entéropathogènes) sont pathogènes du fait qu’elles possèdent de longues
séquences d’ADN appelées « ilôts de pathogénicité » qui portent les gènes responsable
de la virulence.
Il peut y avoir plus d’un ilôt dans une même bactérie. Ils ont été acquis par transfert
horizontal de gènes au cours de l’évolution. Ils ont plusieurs caractéristiques communes :
- Leurs extrémités 3’et 5’contiennent des éléments du type des séquences d’insertion
ce qui les rapprocheraient des éléments génétiques mobiles ;
- Leur contenu en nucléotides G+C diffère fortement de celui du reste du chromosome
bactérien ;
- Leur ADN présente également plusieurs cadres de lecture ouverts correspondants
vraisemblablement à d’autres gènes ;
- Ils sont généralement associés avec des gènes codant pour des ARNt.
Un exemple de gènes de virulence portés par un ilôt de pathogénicité est celui

des gènes impliqués dans la sécrétion des protéines. Un mécanisme de pathogenèse
appelé système sécréteur de type III (TTSS) codé par un ensemble de 25 gènes
permettant à certaines bactéries à Gram négatif de secréter et d’injecter les protéines
de virulence dans le cytoplasme des cellules hôtes eucaryotes.
De nombreuses bactéries à Gram négatif vivant en relation étroite avec des hôtes
sont capables de moduler les activités de l’hôte en sécrétant des protéines directement
à l’intérieur de la cellule hôte grâce au TTSS.
3
Le TTSS le mieux connu est celui de Yersina enterocolitica et Y. pestis. Ces bactéries
emploient le même TTSS d’origine plasmidique comprenant l’appareil de sécrétion
ou injectisome Yop (yersinia outer protein). L’injectisome est composé d’un corps
basal et d’une aiguille.
Le corps basal est constitué d’un certain nombre de protéines homologues par leurs
séquences en acides aminés aux protéines du corps basal flagellaire, suggérant que
l’injectisome est maintenu dans l’enveloppe de la même manière que le flagelle.
Contrairement à d’autres systèmes sécréteurs, le système de type III se déclenche
spécifiquement au contact des cellules hôtes. Ceci permet d’éviter une activation
inappropriée des défenses de l’hôte. L’injection des protéines de virulence dans
la cellule hôte permet à la bactérie pathogène d’interférer avec les voies
de signalisation eucaryotes. La réorientation du signal cellulaire peut désamorcer
les réactions immunitaires de l’hôte ou résorganiser le cytosquette.
Les ilôts de pathogénicité augmentent généralement la virulence des bactéries ;
ils sont absents chez les membres non pathogènes de la même espèce comme dans
le cas d’E.coli entéropathogène et d’E.coli commensale
4- Le pouvoir toxinogène
On distingue deux catégories de maladie sur la base du rôle de la bactérie pathogène
provoquant la maladie :
- Les infections où la maladie infectieuse résulte partiellement
de la multiplication bactérienne qui provoque souvent des altérations tissulaires ;
- Les intoxications résultent de l’entrée d’une toxine spécifique produite
par les bactéries.
Une toxine (du latin toxicum, poison) est une substance spécifique, souvent
un métabolite de l’organisme qui altère le métabolisme normal des cellules hôtes avec
des effets nuisibles pour l’hôte.
Le terme toxémie se rapporte à l’état induit par les toxines présentent dans
le sang de l’hôte. En effet, certaines toxines sont tellement puissantes que même si
les bactéries productrices ont été éliminées la maladie persiste.
Les toxines produites par les bactéries sont de deux sortes : les exotoxines et
les endotoxines.
4.1. Les exotoxines

Ce sont des protéines solubles, thermolabiles (quelques unes sont des enzymes)
habituellement libérées dans l’environnement pendant la multiplication
de la bactérie pathogène. Elles sont généralement synthétisées par des bactéries
à Gram positif habituellement synthétisées par des bactéries spécifiques
contenant souvent un plasmide ou un prophage porteur de gènes de la toxine.
Les exotoxines sont habituellement les plus létales des substances connues. Elles
sont toxiques à des doses de l’ordre du µg par Kg comme la toxine botulique
mais sont essentiellement des protéines thermolabiles inactivées entre 60º
et 80ºC et exercent leur activité biologiques par des mécanismes spécifiques.
Elles sont immunogènes et susceptibles de stimuler la production d’anticorps
neutralisants appelés antitoxine.
Ces toxines sont facilement inactivées par le formaldéhyde, l’iode pour former
des anatoxine immunogènes (vaccination)
4
Les exotoxines sont divisées en quatre groupes, selon leur structure et leur
activité physiologique :
- Le premier type est la toxine AB dont la sous unité B de la toxine se fixant

à un récepteur de la cellule hôte, tels que les gangliosides, est séparé de la sous unité
A portant l’activité enzymatique responsable de la toxicité sur la synthèse protéique
et sur le cycle cellulaire.
- Le second type qui peut être aussi une toxine AB comprend les toxines qui affectent
des endroits spécifiques de l’hôte (exotoxines site spécifique) :
 Le système nerveux : ce sont les neurotoxines telles que la toxine botulique
et tétanique ;
 L’intestin : les entérotoxines telles que la toxine cholérique et les toxines

thermolabiles d’E.coli.
L’entérotoxine classique, la toxine cholérique a été beaucoup étudiée ; c’est une

toxine AB. La sous unité B comporte 5 protéines organisées en un anneau biconcave
qui se fixe à la membrane plasmique des cellules épithéliales et insère la petite sous
unité A dans la cellule où elle active l’adénylate cyclase pour accroître
les concentrations en AMPc intestinal, ce qui provoque le déplacement de quantité
importantes d’eau et d’électrolytes (d’ions chlorures) à travers les cellules intestinales
vers la lumière de l’intestin. Les cellules libèrent cette eau pour maintenir
une homéostase osmotique ce qui provoque des diarrhées graves (les victimes du
choléra peuvent perdre 20% de leur contenu en eau par jour).
 autres tissus les cytotoxines telle que la toxine diphtérique et la toxine

de Shiga.
Elles sont nommées d’après les types de cellules, de tissus ou d’organes pour
lesquelles elles sont spécifiques, comme la néphrotoxine (rein), l’hépatotoxine (foie) et
la cardiotoxine (cœur).
- le troisième type, sans partie A et B séparables, agit en désorganisant les membranes

cellulaires. Les exotoxines désorganisatrices de membranes sont de deux sous types :
 Une protéine qui se fixe au cholestérol de la membrane plasmique de l’hôte,
s’insère dans la membrane et forme un pore ce qui provoque une fuite
de cytoplasme. Comme l’osmolalité du cytoplasme est plus élevée que celle
du milieu extérieur, il ya une entrée soudaine d’eau qui gonfle la cellule et finit
par la lyser.
 On citera :
 les leucocidines elles sont produites en majorité par les pneumocoques,
les streptocoques et les staphylocoques. Les pores formés par
ces exotoxines détruisent des leucocytes ce qui diminue la résistance de
l’hôte.
 les hémolysines du grec haima, sang lysis, solubilisation il ya formation
de pores dans la membrane des érythrocytes à travers lesquels
l’hémoglobine et/ ou les ions sont libérés, les érythrocytes s’hémolysent.
C’est le cas de la Streptolysine O produite par S.pyogens et inactivée
5
par l’oxygène (SLO). La SLO provoque une hémolyse β des hématies

(zone complètement transparente autour d’une colonie sur la gélose au sang
incubée en anaérobiose et une lyse partielle (halo verdâtre) comme
une hémolyse α).
S.pyogens produit également la streptolysine S (SLS) insoluble et fixée
à la cellule. La SLS est stable en présence d’oxygène d’où le S ; elle induit une
hémolyse β sur la gélose au sang incubée en aérobiose. La SLS et la SLO
agissent comme des leucocidines et tuent les leucocytes et agissent également
sur d’autres membranes cellulaires.
 Le second type d’exotoxines désorganisatrices sont des phospholipases qui

enlèvent le groupe terminal chargé de la partie lipidique des phospholipides
membranaires ce qui déstabilise la membrane et la cellule se lyse et meurt. C’est
le cas de la toxine α de Clostridium perfringens (responsable de la gangrène
gazeuse et dont la pathogénicité est due à des phospholipases) qui détruit presque
totalement la population locale de globules blancs (attirés par l’inflammation
pour combattre l’infection) (figur1).
- Le dernier type est le super-antigène qui agit en stimulant la sécrétion

de cytokines par les cellules T (poussent près de 30% des cellules T d’un individu
à libérer des quantités massives de cytokines). Le superantigène le mieux étudié
est l’entérotoxine staphylococcique B (SEB) qui a une activité biologique
de superantigène à des concentrations du nanogramme.
6
4.1.1. Rôles des exotoxines dans la maladie

L’Homme est affecté par les exotoxines bactériennes de trois manières
principales :
- L’ingestion d’une toxine déjà synthétisée, ce sont des bactéries se développant dans
la nourriture qui produisent l’exotoxine.
L’exotoxine est ingérée avec les aliments. C’est le cas de l’empoisonnement
alimentaire à Staphylocoque. La bactérie S. aureus est incapable de coloniser le tube
digestif, traverse le corps sans produire plus de toxine.
- La colonisation d’une surface muqueuse suivie de la production locale
d’exotoxine. Les bactéries la surface de la muqueuse mais n’envahissent pas
le tissu sous-jacent et n’entrent pas dans le flux sanguin. La toxine induit une maladie
7
locale ou atteint le sang pour être distribuée de façon systémique et provoquer

une maladie dans des sites distants. C’est le cas du choléra où les bactéries entrées
dans le corps adhérent à la muqueuse intestinale sans l’envahir mais secrètent la
toxine.
- les bactéries se développent dans une blessure ou un abcès. L’exotoxine est
responsable d’un dommage tissulaire local ou tue les phagocytes qui pénètrent dans la
zone infectée. C’est le cas dans la gangrène gazeuse de la toxine α de Clostridium
perfringens qui lyse les globules rouges, induit un œdème et détruit les tissus autour
de la blessure.
4.2. Les endotoxines

Dans certaines circonstances le Lipopolysaccharide (LPS) des bactéries à Gram négatif
est toxique pour des hôtes spécifiques. C’est une endotoxine parce qu’il est fixé à la bactérie
et libéré lorsqu’elles se lyse. L’élément toxique du LPS est le lipide A. Il n’a pas une seule
structure macromoléculaire du fait qu’il semble former un ensemble complexe de résidus
lipidiques.
Les endotoxines sont thermostables, toxiques à des quantités de l’ordre du nanogramme,
faiblement immunigènes, généralement semblables quelle qu’en soit l’origine
et habituellement capables d’induire des effets systémiques généraux : fièvre (pyrogène), état
de choc, coagulation sanguine, état de faiblesse, diarrhée, inflammation, hémorragie
intestinale et fibrinolyse (une dégradation enzymatique de la fibrine, le constituant protéique
principal des caillots sanguins).
L’effet biologique principal du lipide A est indirect, se faisant plutôt via des systèmes
(de coagulation, du complément, de fibrinolyse et kininogène) ou des molécules de l’hôte que
par le lipide lui-même.
5.1- Les défenses de l’hôte contre l’invasion microbienne
Diverses barrières physiques, chimiques et biologiques établissent une défense

importante contre l’invasion microbienne. Toutefois, les micro-organsimes percent ces
barrières sophistiquées et prennent occasionnellement le dessus.
5.1-Les mécanismes microbiens pour échapper aux défenses de l’hôte

Les bactéries n’ont aucun intérêt à faire mourir leur hôte ni à disparaitre ; leur stratégie
de survie sera de se protéger contre les défenses de l’hôte plutôt que de le détruire.
5.1.1-Echappement au système du complément

Pour se soustraire à l’action du complément certaines bactéries ont une
capsule qui empêche l’action du complément.
Certaines bactéries à Gram négatif allongent les chaînes O du LPS, ce qui prévient
l’activation du complément. D’autres (Neisseria gonorrhoeae) peuvent développer
une résistance au sérum. Elles possèdent des lipo-oligosaccharides modifiés
en surface qui interfèrent avec la formation correcte du complexe d’attaque
membranaire (MAC) au cours de la cascade du complément. Elles sont ainsi capables
de se répandre dans tout le corps et de causer une maladie systémique.
8
1.1-Echappement à la phagocytose
Des bactéries comme S.pneumoniae, Neisseria meningitidis et Haemophilus

influenzae sécrètent une capsule muccoïde qui empêche le contact effectif
du phagocyte avec la bactérie. La protéine superficielle M de S.pyogens empêche
également l’attachement du phagocyte.
D’autres moyens sont utilisés. Staphylococcus synthétise les leucocidines
qui détruisent les leucocytes.
Streptococcus pyogens libère une protéase qui clive le facteur C5a du complément
et empêche ainsi le complément d’attirer les phagocytes vers la zone infectée.
1.2-La survie dans le phagocyte
Certaines bactéries ont la capacité de survivre à l’intérieur des neutrophiles,

des monocytes et des macrophages. C’est le cas de Listeria monocytogenes, Shigella
et Rickettsia qui échappent au phagosome avant qu’il ne fusionne avec le lysosome.
Grâce à l’actine, ces bactéries se déplacent dans les cellules hôtes des mammifères et
se propagent entre elles. En lysan le phagosome elles accèdent au cytoplasme. Chaque
bactérie recrute ensuite l’actine de la cellule hôte ainsi que d’autres protéines
cytosquelletiqueset activent l’assemblage d’une queue d’actine. Celle-ci propulse
la bactérie à travers le cytoplasme de la cellule jusqu’à sa surface où elle est poussée
contre la membrane plasmique et forme des protubérances ingérées par la cellule
adjacente. La bactérie entre à nouveau dans le phagosome et s’échappe
dans le cytoplasme. L’infection se propage de cette façon aux cellules voisines. Les
lysosomes n’ont jamais la chance de fusionner avec le phagosome.
Mycobactérium tuberculosis est un exemple de résistance aux dérivés toxiques libérés

dans le phagolysosomes après la fusion. Grâce à sa couche externe cireuse il résiste
aux enzymes lysosomiques.
Chlamydia empêche la fusion du phagosome avec le lysosome.
1.3-Echappement à la réponse immunitaire spécifique
Des bactéries comme Streptococcus pyogens forment des capsules qui ne sont pas
antigéniques car elles ressemblent à des molécules de l’hôte.
Neisseria gonorrhoeae possède deux mécanismes pour échapper au système

immunitaire :
- Les pili varient génétiquement de sorte que les anticorps spécifiques

ne reconnaissent plus les nouveaux pili ainsi la bactérie est capable d’adhérer aux
tissus de l’hôte ;
- elle produit des protéases d’IgA qui détruisent les IgA sécrétoires
et permettent l’adhérence. Certaines bactéries synthétisent des protéines, comme la
protéine staphylococcique A et de la protéine G de Streptococcus pyognes qui
interfèrent dans le processus d’opsonisation en se fixant à la partie Fc des
immunoglobulines.
9
Chapitre 2 : EPIDEMIOLOGIE DES MALADIES INFECTIEUSES
L’épidémiologie (du grec epi, sur ; demos, peuple ou population ; logos, étude)
est la science qui évalue l’apparition, les déterminants, la distribution et le contrôle de la santé
et de la maladie dans une population humaine définie.
Une maladie est une altération de l’état normal d’un organisme ou
de l’un de ses composants, qui empêche l’accomplissement de fonctions vitales. Cet état
survient en réponse à des facteurs de l’environnement (malnutrition, pollutions industrielles,
climat) à des agents infectieux spécifiques (virus, bactéries, champignons…), des
malformations inhérentes à l’organisme (différentes anomalies génétiques ou
immunologiques) ou à des combinaisons de ces différents facteurs.
Un épidémiologiste s’intéresse à la découverte des facteurs impliqués dans l’apparition
de la maladie et par le développement des méthodes de prévention de la maladie.
1- La terminologie épidémiologique
- Une maladie sporadique est une maladie qui se déclare occasionnellement
à des intervalles irréguliers dans une population humaine.
Lorsque la fréquence en est maintenue à un taux bas et régulier à intervalles moyennement
réguliers, il s’agit d’une maladie endémique (exp le rhume).
Les maladies hyperendémiques ont une fréquence d’apparition graduellement croissante,
au delà du niveau endémique mais pas au niveau d’une épidémie (exp le rhume en période
hivernale).
Une flambée est l’apparition inattendue soudaine d’une maladie habituellement locale
ou dans une portion limitée d’une population (tel que la maladie du Légionnaire).
Une épidémie est une flambée affectant de nombreuses personnes en même temps, un
accroissement soudain de l’apparition de la maladie au-delà d’un taux prévisible.
Une pandémie (grec pan, tous et demos peuple) est une épidémie affectant une large
population sur une région très étendue (habituellement le monde). Exp : la grippe H1N1en
1918.
2- Les mesures de fréquences : les outils de l’épidémiologie

Afin de déterminer si une flambée, une épidémie ou une pandémie se déroule
les épidémiologistes doivent mesurer la fréquence de la maladie à différents moments et dans
la durée.
Les mesures de fréquences sont habituellement exprimées en fraction. Le numérateur est
le nombre d’individus atteints infections ou autres affections et le dénominateur est le
nombre d’individus chez lesquels l’affection pouvait avoir lieu, c’est à dire la population
à risque. La fraction est une proportion ou un rapport, mais on parle communément d’un taux
parce qu’une durée est toujours spécifiée. Un taux peut être exprimé en pourcentage.
Les taux sont souvent exprimés par 1000 individus mais d’autres puissances de 10 peuvent
être utilisées comme pour les maladies rares.
 Le taux de morbidité mesure le nombre d’individus atteint d’une maladie spécifique
au sein d’une population au cours d’une période déterminée.
10
Nombre de nouveaux cas d’une maladie au cours d’une période donnée

Le taux de morbidité =
Nombre d’individus dans la population
 Le taux de prévalence fait référence au total d’individus infectés dans une population
à un moment donné sans tenir compte du début de la maladie ; il dépend du taux
d’incidence et de la durée de la maladie.
 Le taux de mortalité est le rapport entre le nombre de décès dus à une maladie
donnée et le nombre total de cas de cette maladie. Il reflète les proportions d’issues
fatales attribuées à un agent causal unique.
Nombre de décès dus à une maladie donnée au cours d’une période donnée
Le taux =
de mortalité Nombre de cas de la même maladie dans la population totale
L’évaluation des taux de morbidité, de prévalence et de mortalité aide à formuler

les directives permettant de contrôler la propagation de la maladie infectieuse.
4- La reconnaissance d’une maladie infectieuse dans une population

La maladie infectieuse qui peut être transmise d’une personne est une maladie
contagieuse (toutes les maladies infectieuses ne sont pas communicables.
Les épidémiologistes peuvent reconnaitre une maladie infectieuse dans une population par
différentes méthodes de surveillance. La surveillance épidémiologique est une activité
dynamique qui comprend la récolte d’information sur le développement et la présence
d’une maladie, l’organisation et l’analyse de ces données, le résumé des résultats et
l’utilisation de ces informations pour choisir les méthodes de contrôle.
Les maladies infectieuses ont souvent leurs signes et leurs symptômes propres
- Les signes sont des modifications corporelles objectives comme la fièvre ou
une éruption cutanée, on peut les observer directement.
- Les symptômes sont des modifications subjectives comme la douleur ou la perte
d’appétit qui sont ressentis par le patient lui-même. On utilise cependant souvent le terme
symptôme dans un sens plus large qui inclut les signes cliniques.
- Le syndrome est l’ensemble des signes et des symptômes caractérisant une maladie.
Des tests additionnels en laboratoire sont souvent nécessaires pour établir un diagnostic précis
car les symptômes et les signes observables ne suffisent pas.
La maladie infectieuse se déroule généralement de façon caractéristique comme

une suite de plusieurs étapes. Il est essentiel de connaître cette évolution pour diagnostiquer
convenablement la maladie.
- La période d’incubation est le temps séparant l’entrée de l’agent pathogène
de l’apparition de signes et des symptômes. L’agent se répand mais n’a pas encore atteint
une charge suffisante pour donner des manifestations cliniques. La durée de cette période
varie avec la maladie.
11
- Le stade prodromique est la période pendant laquelle les signes et les symptômes
commencent à apparaitre mais ne sont pas encore suffisamment flagrants pour permettre
le diagnostic. Le patient est souvent contagieux
- La période de maladie est la phase sévère de l’affection, celle qui présente les signes
et les symptômes caractéristiques. La réponse immunitaire est enclenchée les cellules B et T
sont devenues actives.
- Au cours de la période de déclin, les signes et les symptômes s’estampent ; l’étape de
récupération est appelée convalescence.
3.1- La reconnaissance d’une épidémie

On reconnait deux types majeurs d’épidémies qui peuvent être attribuées à une source
commune et /ou à la propagation de l’agent causal.
- Une épidémie liée à une source commune se caractérise par l’atteinte d’un niveau
maximal en une période courte (1 à 2 semaines) suivi d’un déclin modérément rapide
du nombre d’individus infectés. Elle provient habituellement d’une source contaminée
commune telle que l’alimentation (intoxication alimentaire) ou l’eau.
- Une épidémie de propagation se manifeste par une augmentation relativement lente et
prolongée suivie d’un déclin progressif du nombre d’individus infectés. Ce type
résulte de l’introduction d’un seul individu infecté dans une population non infectée.
L’infection initiale est alors propagée aux autres d’une manière progressive jusqu’à
l’infection de nombreux individus dans la population.
Exp : L’augmentation des maux de gorge qui coïncide chaque automne avec l’arrivée
d’une population d’enfants sensibles dans les établissements scolaire. La présence
d’un seul enfant infecté suffit à initier l’épidémie.
L’immunité de groupe est la résistance d’une population à l’infection et à

la propagation d’un agent pathogène suite à l’immunité d’un grand pourcentage de
la population. La probabilité d’une transmission entre individus infectieux et sensibles
sera d’autant plus faible que la proportion des individus immunisés est plus grande.
En effet, de nombreuses transmissions se feront avec des individus immunisés et
la population manifestera une résistance de groupe.
La proportion d’individus immunisés par rapport aux individus sensibles doit être
constamment évaluée parce que de nouveaux individus sensibles entrent continuellement dans
la population par le biais de migration ou de naissances. De plus les agents pathogènes
peuvent se modifier par des changements antigéniques (recombinaison tel que les virus
influenza) de sorte que des individus immunisés redeviennent sensibles. Les organismes
pathogènes causent des maladies endémiques parce que des humains infectés les transmettent
continuellement à d’autres ou qu’ils pénètrent continuellement dans la population humaine
à partir de réservoir animaux.
Dès qu’apparait un changement ou une dérive antigénique (petits changements antigéniques)
la population sensible augmente parce que le système immunitaire n’a jamais été exposé
à la nouvelle souche mutante.
Si le pourcentage d’individus sensible est au dessus de la densité seuil, le taux
de protection due à l’immunité de groupe diminuera et le taux de morbidité augmentera.
Par exemple, le taux de morbidité de la grippe parmi les enfants en âge scolaire peut atteindre
des niveaux épidémiques si le nombre de personnes sensibles dépasse 30% de la population
totale.
12
En conséquence l’objectif des agents sanitaire est de s’assurer que la population

est immunisée à 70% ai moins contre ces maladies afin de procurer l’immunité de groupe
nécessaire pour la protection de ceux qui ne sont pas immunisés.
4-Le cycle de la maladie infectieuse

4.1- Etiologie (agent causal de la maladie)
Un aspect important de l’épidémiologie de l’infection est la notion de reproduction et
de propagation de l’agent.
Lorsqu’une maladie infectieuse a été reconnue dans une population, les épidémiologistes
doivent établir une corrélation entre la flambée de la maladie et un agent spécifique.
L’étiologie ou la cause de la maladie est déterminée en appliquant les postulats de Koch et
ses modifications. Le laboratoire de microbiologie clinique participe à l’enquête en isolant
et identifiant l’organisme responsable de la maladie et en déterminant la sensibilité
aux agents antimicrobiens et aux méthodes de son éradication.
Les agents pathogènes ont la capacité d’entraîner une maladie. Ce pouvoir pathogène est
fonction de facteurs : le nombre d’agents, leur virulence, la nature et l’ampleur des défenses
de l’hôte.
4.2-Réservoir de l’agent pathogène
Un aspect important de l’épidémiologie concerne l’identification de l’origine et
/ou du réservoir. Si ce dernier peut être éliminé ou contrôlé le cycle infectieux sera
interrompu et la transmission empêchée.
- l’origine ou le foyer est le lieu à partir duquel l’organisme pathogène
est immédiatement transmis à l’hôte, directement par l’environnement
ou indirectement par un agent intermédiaire. Le foyer peut être animé (homme
ou animaux) ou inanimé (eau, sol, aliments).
- La période infectieuse est le temps durant lequel le foyer est infectieux
ou dissémine l’agent pathogène.
- Le réservoir est le lieu ou l’environnement naturel dans lequel
l’organisme pathogène est normalement retrouvé. C’est aussi le site à partir duquel
un foyer acquiert l’agent pathogène et /ou le site de l’infection peut se produire.
Un réservoir se comporte parfois comme un foyer. Il peut être animé ou inanimé.
L’Homme est le plus souvent la source la plus importante dans ce cas c’est
le porteur.
- Le porteur est un individu infecté pouvant être à l’origine
de l’infection d’autres personne. Il joue un rôle important dans l’épidémiologie
de la maladie.
On reconnait quatre types de porteurs :
- Un porteur actif est un individu présentant les symptômes cliniques
manifestes de la maladie.
- Un porteur convalescent est une personne qui a récupéré de
la maladie mais qui continue d’héberger les agents pathogènes en grand nombre.
- Un porteur sain : est un individu hébergeant des agents pathogènes
tout en n’étant pas malade.
- Un porteur en incubation est un individu qui n’est pas encore malade
tout en portant des organismes pathogènes en grand nombre.
Des porteurs convalescents, sains ou en incubation peuvent héberger

des agents pathogènes pour une période brève (heures, jours ou semaines ils sont dits
porteurs occasionnels, aigus ou transitoires. S’ils hébergent les agents pathogènes
13
pour de longues périodes (mois, années, pour la vie) on les appelle porteurs
chroniques.
Les zoonoses sont des maladies infectieuses des animaux, souvent domestiques, qui sont
occasionnellement transmises aux humains. Ceux-ci peuvent acquérir l’agent par différents
modes : contact direct avec de la chair d’un animal malade ; consommation de lait contaminé,
inhalation de particules de poussières contaminées par des excréments ou des produits
animaux, ingestion de viande insuffisamment cuite. Elle peut être transmise par le biais
d’un vecteur (un organisme qui propage la maladie d’un hôte à un autre tels que
les moustiques, les tiques, les puces, les mouches, les acariens).
4.3-Transmission de l’agent pathogène

Afin de conserver une maladie infectieuse active dans une population humaine, l’agent
pathogène doit être transmis d’un hôte ou d’un foyer à un autre. La transmission se fait par
quatre modes différents :
- Transmission par aérosol
Dans la transmission aérienne ou par aérosol l’agent est mis en suspension dans l’air et
se déplace d’un mètre ou plus de la source vers l’hôte. L’agent pathogène peut être contenu
dans gouttelettes (microgouttelettes) ou des poussières. La varicelle et la rougeole sont des
exemples de maladies transmises par aérosols.
Un agent pathogène transmis par aérosol par les humains ou les animaux est habituellement
propulsé du système respiratoire dans l’air par la toux, les éternuements ou la conversation
d’un individu. En effet, un nombre énorme de gouttelettes humides sont transformées en
aérosol lors d’un éternuement ; chaque gouttelette voyage initialement à une vitesse
de 100µm/s ou plus de 300km/h.
Les poussières sont également des véhicules importants de transmission aérienne. Un agent
pathogène peut adhérer à ces particules de poussière et s’ajoute au nombre des agents
véhiculés par l’air quand la poussière est remuée. Un organisme pathogène qui peut survivre
pour des périodes assez longues dans la poussière créé un problème épidémiologique
notamment dans les hôpitaux.
- Transmission par contact

Ce type de transmission implique la rencontre ou l’attouchement de la source ou
du réservoir de l’agent pathogène avec l’hôte.
Le contact direct implique une interaction physique avec la source infectieuse,
c’est le contact interhumain (attouchements, baisers, contact sexuels) par contact avec
des sécrétions orales ou des lésions cutanées (lésions herpétique ou furoncles), par le lait
maternel (infections staphyococcique) et par le placenta (SIDA).
Le contact indirect par lequel l’agent pathogène est transmis du foyer vers l’hôte
par un intermédiaire d’un objet contaminé (thermomètre, couverts, tasses, les stéthoscopes)
par la source infectieuse. Exp Pseudomonas.
- Transmission par un vecteur passif

Des matériaux ou objets inanimés impliqués dans la transmission d’agents pathogènes
sont appelés des vecteurs passifs.
Dans la transmission par vecteur passif commun, un vecteur inanimé unique permet
la propagation de l’agent pathogène à de nombreux hôtes mais ne permet pas
sa reproduction. Exemple, les instruments chirurgicaux, la literie, les couverts. Une
seule source contenant des organismes pathogènes (sang, liquides intraveineux,
médicaments) peut contaminer un vecteur passif commun responsable d’infections
14
multiples. L’eau et les aliments sont des vecteurs communs importants pour de
nombreuses maladies humaines.
- Transmission par un vecteur animal

La plupart des vecteurs sont des arthropodes (insectes, tiques, acariens, poux) ou
des vertébrés (chiens, chats, chauves-souris). Cette transmission peut être soit externe
soit interne.
Dans la transmission externe (mécanique) l’agent pathogène est porté à la surface
du corps d’un vecteur ; le port est passif sans croissance de l’agent pendant
la transmission ; exp les mouches qui portent des germes sur leur pattes lorsqu’elles
passent d’une source fécale à une assiette de nourriture consommée par un individu.
Dans la transmission interne le pathogène est porté à l’intérieur du vecteur.
Cela peut être une transmission par hébergement ou biologique.
- Dans la transmission par hébergement l’agent ne subit aucune modification
morphologique ou physiologiques dans le vecteur (exp : l’agent de la peste, Yersinia
pestis, transmise par la puce du rat).
- Dans la transmission biologique l’agent pathogène subit des modifications
morphologiques ou physiologiques dans le vecteur (exp le parasite de la malaria dans
le moustique servant de vecteur).
4.4-L’hôte
La sensibilité de l’hôte dépend du pouvoir pathogène de l’agent ainsi que des mécanismes
de défenses non spécifiques et spécifiques de l’hôte. Ils dépendent également des questions
de nutrition, de prédisposition génétique et de stress.
4.5 -LA SORTIE DE L’HOTE

Pour l’agent pathogène, la sortie de l’hôte est aussi importante que l’entrée initiale. A défaut
d’une sortie réussie, le cycle de la maladie serait interrompu et l’espèce pathogène non
perpétuée. La sortie peut être active ou passive et souvent une combinaison de deux.
- La sortie active a lieu lorsqu’un agent pathogène se déplace activement vers une voie
de sortie et quitte l’hôte.
- La sortie est passive lorsque l’organisme pathogène ou ses descendants quittent l’hôte
dans les selles, l’urine, les gouttelettes de salive ou des cellules desquamées.
Les microorganismes utilisent généralement des voies de sortie passive.
5-La virulence et le mode de transmission

La virulence d’un agent pathogène est fortement influencée par le mode de transmission
et la faculté de vivre en dehors de l’hôte.
Quand l’agent se transmet par contact direct, il ne peut se permettre de rendre l’hôte
à ce point malade que sa transmission ne sera plus assurée . C’est le cas des rhinovirus et
des autres virus responsables des rhumes. Si le virus se multiplie trop rapidement et affecte
considérablement son hôte, celui-ci devra s’aliter et n’aura plus de contact avec de nouveaux
hôtes. L’efficacité de la transmission diminuera car les virus libérés par le malade enrhumé
n’entreront plus en contact avec d’autres personnes et seront inactivés dans le milieu
extérieur. En conséquence, la virulence est faible et le rhume n’empêche pas les malades de
travailler.
Par contre, lorsque la transmission de l’agent ne dépend pas de la santé ni de la mobilité
de l’hôte, l’état de l’hôte ne sera plus un facteur critique. L’agent peut être transmis
à de nombreux hôtes nouveaux même s’il tue son hôte relativement rapidement. La mort
15
de l’hôte marquera la fin de tout résident pathogène mais l’ensemble de l’espèce peut
se répandre et prospérer aussi longtemps que la vitesse accrue de transmission
contrebalancera les pertes dues à la mort de l’hôte. Cette situation peut se produire de
différentes manières :
- Lorsqu’il est transmis par un vecteur, un agent pathogène bénéficiera
d’une multiplication intense et de l’envahissement de l’hôte, il aura plus de chance
d’être emporté par un insecte piqueur et transmis à un nouvel hôte s’il est présent chez
le patient infecté à des niveaux très élevés. Les agents pathogènes transmis par
des arthropodes piqueurs comme les moustiques sont généralement très
virulents. Ces agents doivent éviter de porter atteinte à leurs vecteurs ; ceux-ci restent
généralement sains du moins jusqu’à la transmission.
- La virulence est aussi en relation directe avec la capacité du germe à résister dans
le milieu extérieur. Si l’agent pathogène n’a pas de vecteur et survit mal dans
l’environnement, il dépendra de la survie de son hôte et sera moins virulent.
Lorsqu’il résiste longtemps en dehors de son hôte, l’agent pathogène peut quitter
et simplement attendre un contact avec un hôte nouveau. Cette situation semble
favoriser une virulence accrue. La santé de l’hôte n’est pas critique, mais
une multiplication considérable de l’agent dans son hôte favorisera la transmission.
La tuberculose et la diphtérie sont de bons exemples car Mycobacterium tuberculosis
et Corynebacterium diphteriae survivent des semaines et des mois en dehors de leur
hôte humain.
Les habitudes et le comportement humains influencent la virulence . Les agents

transmis par l’eau tel que l’agent du choléra (Vibrio cholerae) sont souvent transmis
par le système de distribution d’eau potable. Ces agents sont virulents car même
libérés par des hôtes immobiles, ils arrivent à atteindre l’eau. Le meilleur moyen de
réduire la virulence est de réduire la fréquence de transmission.
Synthèse effectuée à partir des références :

DRIDER D. et SALVAT G (2015). Sécurité sanitaire des aliments Epidemiologie et lutte
contre les contaminants zoonotiques. Editions Economica p155-163.
GROSJEAN J. et PASQUIER C. (2009). Bactériologie et virologie pratique.11ème édit De Boeck
s.a, Bruxelles, p.128.
HART T. et SHEARS P. 1999. Atlas de Poche. Medecine Sciences Flammarion.
GALMICHE A., FLATAU G. et BOQUET P. (1997). Mécanismes moléculaires d'action des
toxines bactériennes Volume 3, numéro 7, Août- Septembre Médecine thérapeutique Page(s) : 569-76
GALMICHE A. et BOQUET P. (2001). Toxines bactériennes : facteurs de virulence et outils de
biologie cellulaire. Médecine/sciences; 17 : 691-700.
MADIGAN M. et MATINKO J. (2007). Biologie des microorganismes. De Boeck 11ème éd.,
Pearson éducation , Paris.
TORTORA G. J., FUNKE B. R. et CASE C. L. (2003). Introduction à la microbiologie. Ed. Du
Renouveau pédagogique Inc., pp. 186, 604, 770.
PRESCOTT L. M., HARLEY J. P. et KLEIN D. A. (2003). Microbiologie 2ème Edition De Boeck.
PRESCOTT L., HARLEY, KLEIN WILEY SHERWOOD et WOOLVERTON (2010)
Microbiologie 3me Edition De Boeck.
SCHAECHTER M.. MEDOFF G,. EISENSTEIN B. I. et FLANDROIS, J.-P (1999).
Microbiologie et maladies infectieuses. Editions De Boeck Universités
16
LES ANTIBIOTIQUES ET LEURS MODES D’ACTION
1-Définition des antibiotiques

Par opposition au phénomène de symbiose, le mot antibiotique dérive du
terme « antibiose » crée en 1889 par VUILLEMIN pour designer les phénomènes
d’antagonisme entre les micro-organismes vivants. En 1942, WAKSMAN défini les
antibiotiques comme « des substances chimiques naturelles produites par des micro-
organismes qui ont le pouvoir d’inhiber d’autres micro-organismes » (JOLY, 1989).
Le mot antibiotique est maintenant employé dans un sens plus large qui inclut, en
outre, toute substance synthétique ou semi synthétique dotée de ces propriétés (SINGLETON,
2005).
Les antibiotiques sont défini par leur :
 activité antibactérienne (certains antibiotiques agissent contre les champignons
unicellulaire, ils sont donc appelés antibiotiques antifongiques) (JOLY, 1989).
 bonne absorption et diffusion dans l’organisme.
 activité en milieu organique ; dans le sang ou les tissus.
 toxicité sélective grâce à un mécanisme d’action spécifique (YALA et al., 2001).
Les antiseptiques et les désinfectants qui sont trop toxiques pour être administrés par
voie générale sont exclus de cette définition (JOLY, 1989).
2-Classification des antibiotiques

On peut classer les antibiotiques d’après plusieurs critères : nature chimique, origine,
spectre d’action, mécanisme d’action (KEZZAL, 1993).
2.1-Classification selon la nature chimique

Cette classification permet de distinguer les antibiotiques en familles, groupes,
générations (LOUM, 2005).
2.1.1- Les bêtalactamines

Le noyau de base est le cycle β-lactame, sur cette structure est fixé un cycle penta-
atomique saturé (les pénames), insaturé (pénèmes) ou hexa-atomique (les céphèmes) (LOUM,
2005).
Figure 2 : Structure du cycle β-lactame (COHEN et JACQUOT, 2008).
2.1.1.1-Les pénames : sont composés par les pénicillines (LOUM, 2005).
Figure 3 : Structure de base des pénicillines (COHEN et JACQUOT, 2008).
17
2.1.1.2-Les pénèmes : composés par les carbapénèmes, les sulfopénèmes et les

oxapénèmes (LOUM, 2005).
Figure 4 : Structure de base des carbapénèmes (TULKENS et SPINEWINE, 2002).
2.1.1.3-Les céphèmes : comprennent les céphalosporines avec quatre générations, les

oxacéphèmes, les céphamycines et les carbacéphèmes (LOUM, 2005).
Figure 5 : Structure de base des céphalosporines (COHEN et JACQUOT, 2008).
2.1.1.4- Les monobactames : ce sont des antibiotiques présentant dans leur formule le
cycle β-lactame substitué. Ils sont dit monocycliques, exemple de l’aztréoname
(COHEN et JACQUOT, 2008).
Figure 6 : Structure de l’aztréonam (COHEN et JACQUOT, 2008).
2.1.1.5-Les inhibiteurs de β-lactamases

Les β-lactamases sont inhibées par certaines substances comme l’acide clavulanique.
Cette substance est peu active est donc inintéressante. Par contre, il s’agit la d’un inhibiteur
puissant et irréversible de la plupart des β-lactamases, ce qui, comme tel, a fait qu’on
l’emploi en association avec des pénicillines classiques tel que l’amoxicilline. Sa structure est
constituée d’un cycle β-lactame accolé à un cycle oxazolidine. Cette molécule ne possède pas
de chaînes latérales acylamino (PATRICK, 2003).
18
Figure 7 : Structure de l’acide clavulanique (PATRICK, 2003).
2.1.2- Les aminoglycosides (aminosides)

Ils sont constitués d’un enchainement de sucres aminés reliés entre eux par des ponts
osidiques. On distingue les aminosides de groupe de la streptidine : streptomycine et
dihydrostreptomycine et les aminosides du groupe de la deoxystreptamine : gentamicine,
kanamycine, dibekacine, tobramycine, etc...(COHEN et JACQUOT, 2008).
Figure 8 : Structure de la streptomycine (TODAR, 2008).

2.1.3- Les tétracyclines
Ces antibiotiques possèdent un squelette commun : quatre cycles hexagonaux accolés
pour former un tétra cycle. Les principales tétracyclines sont : La tétracycline,
oxytétracycline, chlorotétracycline, doxycycline, minocycline (KEZZAL, 1993).
Figure 9 : Structure de la tétracycline (TODAR, 2008).

2.1.4-Les phénicolés
Sa molécule comporte un noyau nitrobenzène et deux atomes de chlore. On distingue :
le chloramphénicol et le thiamphénicol (KEZZAL, 1993).
19
Figure 10 : Structure du chloramphénicol (TODAR, 2008).
2.1.5-Les macrolides
La molécule est faite d’un grand anneau lactone (plus de douze atomes) substitué par
un ou plusieurs sucres ou sucres amines.
L’érythromycine, un macrolide important, a un anneau de quatorze atomes liés à de
cladinose et la desosamine (SINGLETON, 2005).
Figure 11 : Structure de l’érythromycine (PATRICK, 2003).

2.1.6-Les quinolones
Les quinolones ont une structure générale dérivant de l’acide dihydro 1,4 oxo 4
quinoléine carboxylique. On peut classer les quinolones sur la base de l’étendu du spectre
antibactérien et la nature fluorée ou non du squelette en deux groupes :
 Les quinolones de première génération: exemple, l’acide nalidixique, l’acide
oxalinique.
 Les quinolones de deuxième génération : on trouve dans ce groupe les
fluoroquinolones : ofloxacine et levofloxacine (YALA et al., 2001).

Figure 12 : Structure de l’acide nalidixique (PATRICK, 2003).
20
2.1.7-Les polypeptides
On distingue sept groupes :
 Peptideslinéaires.
 Peptides cycliques représentés par la capréomycine, la viomycine, la D-cycloserine.
 Glycopeptides représentés par la vancomycine et la ristocetine.
 Glycolipopeptides représentés par la telcoplanine et la ramoplanine.
 Les lipopeptides représentés par la daptomycine et la polymyxine.
 Polypeptides thiazolidiques : bacitracine.
 Divers.
Ces divers groupes se subdivisent en sous groupes en fonction de leur structure
chimique, le l’activité antibactérienne, du mécanisme d’action, de la nature de la cible
cellulaire (YALA et MERAD, 2001).
2.1.8-Les sulfamides
Ils se constituent par un noyau paramonobenzène sulfamide avec deux radicaux R1 et
R2 déterminant leur pharmacocinétique et leur classification (YALA et MERAD, 2001).
Figure 13 : Structure des sulfamides (ANONYME, 2008).
2.1.9-Les rifamycines
Ils sont constitués d’un noyau macrocycle et d’un cycle aromatique (YALA et
MERAD, 2001).Exemple : Rifamixine
Figure 14 : Structure de la rifamixine (ALLAIN, 2010)
2.2-Classification selon l’origine

2.2.1-Les antibiotiques naturels : produits par les micro-organismes :
 Champignons : Pénicilline produite par Penicillium, Céphalosporine produite par
Céphalosporium.
 Bactéries : Streptomycine produite par Streptomyces, Chloramphénicol, polypeptides
2.2.2- Les antibiotiques synthétiques

Produits obtenus entièrement par voie chimique, exemple des Sulfamides, Acide
nalidixique et les fluoroquinolones.
21
2.2.3-Les antibiotiques semi-synthétiques
Ces antibiotiques sont obtenus à partir d’une fraction moléculaire naturelle sur laquelle
a été greffée un radical chimique, comme la méticilline qui est synthétisée à partir de la
pénicilline (FOURNIER, 2006).
2.3- Classification selon l’effet antibactérien

Comme les désinfectants les antibiotiques peuvent être, soit bactéricides, soit
bactériostatiques (SINGLETON, 2005).
2.3.1- Bactériostase
C’est le ralentissement ou inhibition de la multiplication des germes dans un milieu
donné. Au bout d’un temps donné, en présence d’antibiotiques, le nombre de germes
bactériens vivants est inferieur au nombre de germes qui seraient vivants dans un milieu de
culture identique mais en absence d’antibiotique. On définit alors une concentration minimale
inhibitrice (CMI) (COHEN et JACQUOT, 2008).
 Concentration minimale inhibitrice

C’est la plus faible concentration d’antibiotique pour laquelle il n’y a pas de croissance
visible après 18 heurs de culture à 37˚C. La CMI peut être influencée par la taille de
l’inoculum bactérien, l’état du milieu (solide ou liquide) et son pH (MOUTON et al., 2000).
2.3.2- Bactéricidie
La bactéricidie consiste en la destruction d’une partie de la population d’une souche
bactérienne (SOILLEUX, 2007). Certains antibiotiques manifestent une action bactéricide. Ils
tuent les germes dans le milieu de culture. Au bout d’un certain temps, le nombre de germes
visibles a diminué par rapport à leur nombre avant incubation. On définit alors une
concentration minimale bactéricide (CMB) (COHEN et JACQUOT, 2008).
 Concentration minimale bactéricide
Elle est défini comme étant la plus faible concentration d’antibiotique permettant une
réduction de nombre de survivants de la population d’une souche bactérienne au moins égale
à 100 survivants /ml sur 1.000.000 de bactéries ensemencées /ml, c'est-à-dire 1 survivant sur
10.000 bactéries de l’inoculum après 18 heurs de culture à 37 ˚C de cette souche en présence
d’antibiotique.
L’activité bactéricide d’un antibiotique peut être dépendante du temps (antibiotique
bactéricide temps dépendant) ou être dépendante de la concentration (antibiotique bactéricide
concentration dépendant) (SOILLEUX, 2007).
Lorsqu’un antibiotique a une CMB proche de la CMI on dit qu’il est bactéricide.
Lorsque la CMB est beaucoup plus élevée que la CMI on dit qu’il est bactériostatique
(COHEN et JACQUOT, 2008).
22
Tableau I : Exemples d’antibiotiques bactériostatiques et antibiotiques bactéricides

(YALA, 2001 ; SINGLTON, 2005 ; COHEN et JACQUOT 2008).
Antibiotiques bactériostatiques Antibiotiques bactéricides
Tétracyclines, macrolides, sulfamides, Bêtalactamines, aminosides, polypeptides

chloramphénicol cycliques, rifamycines et acide nalidixique
2.4- Classification selon le spectre d’activité

Le spectre d’action d’un antibiotique est l’éventail des agents pathogènes sensibles à
son action. Le spectre est directement lie à la structure chimique (configuration spatiale) de
l’antibiotique et à la cible microbienne (structure et fonction) (BUGNICOUR, 1995).
Il y a des antibiotiques à large spectre d’activité comme les aminosides, les
tétracyclines et le chloramphénicol et des antibiotiques à spectre étroit comme les macrolides
(SINGLTON, 2005).
2.5- Classification selon le site d’action

Les cibles principales des antibiotiques chez les bactéries sont : la paroi cellulaire, la
membrane cytoplasmique, les ribosomes, la réplication d’ADN et la transcription
(MADIGAN et MATINKO, 2007). Dans l’ensemble, lorsque deux molécules d’antibiotiques
appartiennent à la même famille, elles ont des cibles proches, voire identiques
(ANDREMONT et al., 1997).
2.5.1- Les antibiotiques agissant sur la paroi bactérienne

2.5.1.1- Les bêtalactamines
Les bêtalactamines constituent une famille très complexe dont la structure du noyau de base
comportant toujours le cycle bêtalactame, permet de distinguer trois grands groupes : les
dérivés, de l’acide 6-aminopénicillanique, les dérivés de l’acide 7-aminocéphalosporanique et
les monobactames (BRYSKIER, 1999 ; CAVALLO et al., 2004).
2.5.1.1.1- Les dérivés de l’acide 6-amino-pénicillanique

Leur noyau de base associe un cycle bêtlalactame à un cycle thiazolidine, spécifique des
pénicillines donnant une structure à trois nayaux. Selon que ce noyau est un péname, un
pénème ou un clavame, diverses substitutions confèrent à la molécule des propriétés et une
activité antibactérienne variable expliquant les variaions du spectre d’activité antibactérien.
- Les pénames ou pénicillines sont une vaste famille de produits ayant en commun
le noyau péname caractéristique des pénicillines. La nature du radical fixé sur le carbone 6
permet de distinguer les produits de ce sous groupe. Il y a lieu de distinguer au moins
sept sousgroupes différenciés par leur structurechimique, leur stabilité, leur spectre et
leur activité antibactérienne. Ce sont : les phénoxypéniciIlines et analogues de la pénicilli
ne G,laméthicilline et les isoxazolylpénicillines, les aminopénicillines, les carboxypénicilline
s,les acyluréidopénicillines, les amidinopénicillines, les pénicillines sulfonées et les mét
ho-xycarboxypénicillines (CAVALLO et al., 2004).
- Les clavames ou oxapénames sont issus de la substitution du soufre en position 1 du
noyau péname par un oxygène ; l’acide clavulanique est la seule molécule naturelle produite
Streptomyces cattleya actuellement commercialisée dans ce groupe. L’importance de l’acide
clavulanque réside plus dans son rôle d’inhibiteur des bêtalactamase de Ambler par fixation
sur le site actif que de son rôle antibiotique. Cette molécule est administrée en association
23
avec une autre bêtalactamine comme l’amoxicilline ou la ticarcilline dont l’activité est
rétablie en présence de souches bactérienne productrices de bêtalactamases. Actuellement
sont disponibles en association :
• Amoxicilline –acide clavulanique (Augmentin.
• Pipéracilline-tazobactam (tazocillin)
• Sublactam : En plus de son effet inhibiteur irréversible sur les ß-lactamases, le subalactam a
une activité antibiotique intrinsèque sur quelques germes mais il est toujours, utilisé en
association avec les antibiotiques détruits par les ß- lactamases.
• Sulbactam + ampicilline estérifiés : Unacim (ALLAIN, 2008).
- Pour les pénèmes la substitution du soufre en position 1 du noyau péname par un

atome de carbone est à l’origine du noyau pénème ; les carbapénèmes les plus connus sont
l’imipénème, le méropénème et l’ertapénème. Ces molécules sont caractérisées par leur
puissance due à leur affinité élevée aux protéines cibles, leur large spectre antibactérien et une
grande stabilité vis-à-vis de la plupart des ß-lactamases (CAVALLO et al., 2004 ; ZHANEL
et al., 2005 ).
2.5.1.1.2- Les dérivés de l’acide 7-amino-céphalosporanique

Leur noyau de base associe un cycle b-lactame à un cycle dihydrothiazine pour former
l’acide 7-aminocéphalosporanique ou 7-ACA (noyau céphème), qui distingue les
céphalosporines des pénicillines. Suivant les substituants en R3 et R4, on distingue les
céphalosporines, les céphamycines et les oxacéphèmes (figure 2). La particularité du noyau
céphème et les nombreux radicaux de substitution proposés expliquent les propriétés
antibactériennes différentes des céphalosporines, justifiant leur distinction fonctionnelle en
plusieurs générations, de spectre et d’intérêt clinique variables (CAVALLO et al., 2004).
- Les céphalosporines de première génération ont un spectre limité aux cocci à Gram
positif, essentiellement les streptocoques et les staphylocoques sensibles à la méthicilline et à
quelques entérobactéries ne produisant pas de céphalosporinase inductible comme E. coli, les
salmonelles, P. mirabilis ou Klebsiella spp. Elles sont hydrolysées facilement par les bêta-
lactamases acquises.
Les principaux produits sont la céfalotine, la céfazoline et la céfapirine pour les formes
parentérales, le céfaclor, le céfadroxil et la céfalexine pour les formes orales.
- Les céphalosporines de deuxième génération ont un spectre un peu élargi au sein

des entérobactéries, avec des variations suivant les molécules. Les céphamycines comme la
céfoxitine et le céfotétan leur sont rattachées du fait de leur spectre très proche, étendu à
certaines entérobactéries productrices de b-lactamase à spectre étendu et aux anaérobies à
Gram négatif.
-
- Les céphalosporines de troisième génération se distinguent par un accroissement
important de leur spectre antibactérien et par leur stabilité à la plupart des bêta-lactamases
comme les pénicillinases de type TEM ou les céphalosporinases chromosomiques des
entérobactéries, de P. aeruginosa et A. baumannii. Les principales sont le céfotaxime,
la ceftriaxone, la ceftizoxime, le céfixime, la cefpodoxime et la ceftazidime.
- Céphalosporines de quatrième génération possèdent une stabilité accrue contre

certains types de ß-lactamases produites par Pseudomonas aeruginosa et d’autres bactéries
entériques (BUSH, 2001). Les principales molécules sont le céfépime et le céfpirome.
24
- Les céphamycines
Les principales molécules sont la céfoxitine et le céfotétan qui sont rattachées, du fait
de leurs propriétés, aux céphalosporines de deuxième génération. Elles sont caractérisées par
un radical alpha-méthoxy en position 7. Ce radical protège le noyau b-lactame de l’hydrolyse
par les bêta-lactamases, mais est responsable d’un effet inducteur intense sur
les céphalosporinases chromosomiques.
- 2.5.1.1.3-Les monobactames
Leur noyau se caractérise par la présence du noyau monocyclique, azétidine, limité au
cycle b-lactame. Seul l’aztréonam est à l’heure actuelle prescrit.
Une série de substitutions latérales sur le noyau monobactame lui confère ses caractéristiques
originales. Une chaîne latérale aminothiazolyl lui confère une très bonne activité contre les
bactéries à Gram négatif aérobies et plus particulièrement contre les entérobactéries pour
lesquelles il possède une activité comparable à celle des céphalosporines de troisième
génération en raison de sa bonne stabilité vis-à-vis des bêta-lactamases. Son activité s’étend à
P. aeruginosa. Il n’a en revanche aucune activité sur les bacilles à Gram positif et les
anaérobies (CAVALLO et al., 2004).
2.5.1.1.4-Mécanisme d’action des bêtalactamines

 Pénétration des bêta-lactamines à travers la membrane externe
Chez les bactéries à Gram négatif, les bêta-lactamines doivent traverser la membrane
externe pour atteindre les PLP cibles. Cette membrane agit comme une barrière hydrophobe et
les bêta-lactamines, qui sont le plus souvent des molécules hydrophiles, vont traverser cette
barrière essentiellement par la voie des porines. Les porines représentent une très forte
proportion des protéines transmembranaires de la membrane externe bactérienne (environ 10 5
chez E. coli) et jouent un rôle-clé dans la pénétration des bêta-lactamines. Leur regroupement
en trimères pour former des canaux transmembranaires avec une structure en tonneau et un
canal central hydrophile rempli d’eau permet la diffusion au travers de la membrane de divers
solutés hydrophiles, dont les bêta-lactamines hydrophiles.
Après avoir traversé la membrane externe, les bêta-lactamines diffusent facilement à
travers le peptidoglycane dont la structure laisse passer des molécules de 100 000 daltons
alors que la taille des bêta-lactamines varie de 300 à 700 daltons. Toutefois elles ne peuvent
atteindre leur cible que si elles ne sont pas hydrolyser par les bêtalactamases, des enzymes
périplasmiques produites naturellement ou acquises (BUSCH et al., 1995 ; CAVALLO et al.,
2004).
 Au niveau de la membrane cytoplasmique
D’un point de vue stéréochimique, les ß-lactamines sont des analogues de la terminaison D-
alanine -D- alanine des précurseurs de la synthèse du peptidoglycane.. Elles présentent une
analogie structurale entre le noyau bêta-lactame et le dipeptide terminal D-alanine-D-alanine
du pentapeptide constitutif du peptidoglycane. Ce sont des molécules s qui interfèrent avec
les étapes finales de la synthèse du peptidoglycane. Leur reconnaissance par les
transpeptidases et les carboxypeptidases (PLP) présentes à la surface de la membrane
cytoplasmique aboutit à la fixation du cycle b-lactame sur le site actif de ces enzymes cibles,
qui comporte en général une sérine. Cette fixation entraîne une ouverture du cycle bêta-
lactame par rupture de la liaison amide et une acylation du site actif sérine avec formation
d’un complexe pénicilloyl-enzyme covalent qui aboutit à l’inactivation du site actif de
l’enzyme, provoquant une inhibition de la synthèse du peptidoglycane et l’arrêt de la
25
croissance bactérienne. La fixation est irréversible et l’antibiotique se comporte comme un

substrat suicide. Les bêta-lactamines n’ont en revanche pas d’action sur la transglycosylation.
L’arrêt de la synthèse du peptidoglycane, qui résulte de la fixation sur les PLP, va
entraîner un arrêt de la croissance bactérienne qui correspond à l’effet bactériostatique de
l’antibiotique. L’action bactéricide des bêta-lactamines sur les bactéries sensibles est lié à une
dégradation du peptidoglycane qui conduit à une lyse de la bactérie. Si la lyse bactérienne
peut théoriquement survenir par l’action des forces osmotiques sur une paroi altérée, le
processus de lyse bactérienne résulte surtout de la mise en jeu d’un système faisant intervenir
des autolysines. Ces autolysines sont des hydrolases endogènes présentes chez toutes les
bactéries qui, sous le contrôle strict de mécanismes de régulation, peuvent dégrader à
plusieurs niveaux la structure du peptidoglycane bactérien. Elles sont actives au cours de la
phase de croissance bactérienne, ce qui explique que les bêta-lactamines n’ont en règle
générale pas d’action bactéricide sur les bactéries en phase stationnaire, mais uniquement sur
celles en phase de croissance. Les bêtalactamines activeraient ces protéines bactériennes
appelées holines et inactiveraient également des inhibiteurs endogènes, des hydrolases et des
autolysines bactériennes. Le système de régulation des enzymes lytiques alors perturbé, les
holines formeraient activement de canaux transmembranaires, permettant ainsi des fuites
membranaires, le passage des hydrolases du peptidoglycane et la lyse de la bactérie
(BAYLES, 2000 ; CAVALLO et al., 2004 ; WILKE et al., 2005 ; ZARAH et al., 2010 ;
NORDMANN et al., 2012).
Ils sont des inhibiteurs efficaces de la synthèse de la paroi cellulaire dans les cellules
en croissance (SINGLETON, 2005).
Un dispositif important de la synthèse de la paroi cellulaire est l’action de
la transpeptidase, qui a comme conséquence la formation de la liaison entre deux chaînes
de peptidoglyganes. Ces enzymes, transpeptidases, sont capables de se fixer à la pénicilline ;
elles sont d’ailleurs appelées PLP (Protéines Liant la Pénicilline). Quand ces transpeptidases
se fixent à la pénicilline, elles perdent leur activité catalytique, mais la paroi cellulaire
continue à être formée. Cependant, la paroi nouvellement synthétisée n’est plus réticulée et
perd ainsi son rôle de structure. En outre, le complexe antibiotique-PLP stimule la production
d’autolysines qui digèrent la paroi cellulaire. Le résultat de ces mécanismes est une paroi
cellulaire affaiblie et s’autodégradant. Cela amène, dans des conditions normales à la lyse
de la cellule due à la différence de pression osmotique entre l’intérieur et l’extérieur de
la bactérie (MADIGAN et MATINKO, 2007).
2.5.1.2- Les glycopeptides

Ils se fixent de manière non covalente sur la partie D-Ala-D-Ala terminale
des peptides impliqués dans la phase de polymérisation du peptidoglycane. De ce fait,
la polymérisation est inhibée (LOUM, 2005).
2.5.2- Antibiotiques agissant sur la membrane cytoplasmique

Les polymyxines augmentent la perméabilitéde la membrane cytoplasmique entrainant
l’éclatement de la cellule bactérienne (SINGLETON, 2005).
2.5.3- Antibiotiques agissant sur la réplication d’ADN (appareil nucléaire)

 Les quinolones
Leurs cibles incluent la sous unité A de la gyrase et la topoisomérase N. Leur liaison à
la gyrase, par exemple, inhibe l’activité normale de l’enzyme et la réplication d’ADN
(SINGLETON, 2005).
26
 Les rifamycines
Ces antibiotiques se lient à la sous unité β de l’ARN polymérase ADN dépendante et
inhibent l’initiation de la transcription (YALA et MERAD, 2001).
2.5.4- Antibiotiques agissant sur les ribosomes

2.5.4.1- Les aminosides
Les aminosides agissent sur diverses fonctions bactériennes, mais leur effet principal
vient de leur fixation à la sous unité 30S du ribosome où ils interférent avec la synthèse des
protéines. Par exemple, de faibles concentrations de streptomycine provoquent des erreurs de
lecture de l’ARN messager (c'est-à-dire l’incorporation d’acides aminés incorrectes), tandis
que des concentrations élevées inhibent complètement la synthèse des protéines
(SINGLETON, 2005).
2.5.4.2- Les tétracyclines

Les tétracyclines inhibent la synthèse des protéines en se liant aux ribosome (chez E.
coli, préférentiellement à la protéine S7 de la sous unité 30S) et en inhibant la fixation des
aminoacyl-ARNt au site ribosomique A (SINGLETON, 2005).
2.5.4.3-Les macrolides
Les macrolides provoquent une terminaison prématurée de la synthèse polypeptidique.
Ils se lient à la peptidyltransférase et ils peuvent, dans certaines conditions, inhiber la
transpeptidation, et/ou déclencher une translocation abortive, conduisant à la libération d’un
polypeptide incomplet (SINGLETON, 2005).
2.5.4.4-Le chloramphénicol
Il inhibe la peptidyltransférase. Il est possible qu’il empêche la liaison normale de
l’aminoacyl-ARNt au site ribosomique A. Ceci a pour conséquence une inhibition de la
synthèse des protéines (SINGLETON, 2005).
La figure 15 et le tableau II permet de récapituler les mécanismes d’action et les

caractéristiques des bêtalactamines, des quinolones et d’autres d’antibiotiques
27
28
ARNm : ARN messager ; ARNt : ARN de transfert. DHF : Dihydrofolate ; THF : Tétrahydrofolate ; PABA : Acide Para-Amino-Benzoïque
Figure 15 : Les différents modes d’action des antibiotiques sur les bactéries (MADIGAN et MATINKO, 2007).
28
Tableau II : Récapitulation des caractéristiques des bêtalactamines, des quinolones et d’autres d’antibiotiques (BRYSKIER, 1999 ; YALA et al., 2001 ;
TORTORA et al., 2003 ; SKÖLD, 2003 ; YVON, 2009 ; CHEN et al., 2012 ; KEMPF et al., 2013).
Groupe Membres Mécanismes d’action Effet Principal Mode
d’antibiotiques primaire et de résistance
spectre
Inhibition de la synthèse de la paroi
Béta- lactamines Pénicillines et dérivés : Inhibent les enzymes de transpéptidation (PLP) impliquées dans le Bactéricide Inactivation
Pénicilline G, pénicilline V, pontage des chaines polysaccharidiques du peptidoglycane de enzymatique
carbénicilline... la paroi bactérienne. ; Activent les enzymes lytiques de la paroi.
(Bêta-
ère Large
Céphalosporines : 1 , 2ème lactamases)
,3ème et 4ème génération (chromosomique
Carbapénèmes et éléments
mobiles
Monobactames
Inhibition de la synthèse protéique
Aminosides Streptomycines, Se fixe à la sous-unité 30S du ribosome pour inhiber Bactéricide Inactivation
29
kanamycine, gentamicine, directement la synthèse protéique et provoquer des enzymatique

néomycine, amikacine… erreurs de lecture de l’ARNm.
(APH ; ANT
AAC et RMT).
Par Transposon et
Tétracyclines Tétracycline, oxytétracycline Fixation sur la sous-unité 30S du ribosome (site A) et Bactériostatique plasmides
Pompes à efflux
et chlortétracycline inhibition de la fixation de l’aminoacyl-ARNt sur le site (gènes tet)
ribosomale spécifique.
Détérioration de la membrane
Polypeptides Polymyxines B, colistine Désorganisation membranaire par fixation sur les Bactéricide Modification de
phospholipides et le lypopolysaccharide de la la cible (LPS)
membrane externe (Mutations)
APH : aminoside-O-phosphotransférases ; ANT : aminoside-O-nucléotidyltransférases ; AAC : aminoside-N-acétyltransférases ; RMT : 16S rRNA methylases ;
PLP : Protéines liant Pénicillines
29
Tableau III : (Suite).Récapitulation des caractéristiques des bêtalactamines, des quinolones et d’autres d’antibiotiques (BRYSKIER, 1999 ; YALA et al.,
2001 ; TORTORA et al., 2003 ; SKÖLD, 2003 ; YVON, 2009 ; CHEN et al., 2012 ; KEMPF et al., 2013
Famille Membres Mécanismes d’action Effet Principal Mode de
d’antibiotiques primaire et résistance
spectre
Inhibition des acides nucléiques
Inhibent l’ADN gyrase et la topoisomérase IV; Bactéricide - Modification de
interférent avec la réplication de l’ADN et la cible
Etroit (Gram-
Acide nalidixique, Acide pipémidique la transcription. (mutations)
excepté
Quinolones - Diminution de la
Pseudomonas sp.)
et concentration en
- ATB
fluoroquinolones  Plasmidiques
Ofloxacine, norfloxacine, Large - Protection de la
ciprofloxacine, péfloxacine cible des FQ (Qnr)
intracellulaire
- Pompes à effluxdes
FQ et OqxAB)
(Qep
30
Inhibition de la synthèse des folates
Sulfamides Sulfadiazine, sulfanilamide... Inhibent la synthèse du THF (l’acide Bactériostatique Présence d’intégron de
tétrahydrofolique) par compétition avec classe 1
Large
l’acide p-aminobenzoique (PABA)
Modifications
des cibles
Triméthoprime Triméthoprime Inhibe la synthèse du THF (l’acide Bactériostatique (gènes sul) de

tétrahydrofolique) par compétition avec le la dihydro--pteroate
Large
substrat de la dihydrofolate réductase. synthase (DHPS)
(gènes dhr) de la
dihydrofolate réductase
(DHFR)
30
Chapitre 4 : La résistance bactérienne aux antibiotiques
Après la découverte de la pénicilline on croyait posséder enfin un médicament contre

la plupart des infections bactériennes : la méningite, la fièvre typhoïde, la syphilis ou autres
fléaux semblent définitivement vaincus. Pourtant, des 1945, FLEMING prévoit les risques
potentiels liés à l’utilisation des antibiotiques. Il craint que leur utilisation à grande échelle ne
sélectionne des bactéries résistantes. Dans son laboratoire, il observe que des bactéries,
sensibles à la pénicilline en début d’expérience, parviennent à se multiplier en présence de
concentrations croissantes de l’antibiotique. Selon lui, les bactéries sensibles ont été détruites,
et les bactéries résistantes se sont multipliées sans limitation (ANDREMONT et al., 1997).
Il avait raison, une année après l’utilisation de ce médicament (pénicilline) un nombre
significatif de souches bactériennes sont devenus résistantes. Seulement quelques années
après, plus de 50% des souches n’étaient plus sensibles à ce nouveau médicament (ALANIS,
2005).
1-Définition de la résistance
Un micro-organisme est considéré résistant lorsque sa concentration minimale
inhibitrice CMI est plus élevée que celle qui inhibe le développement de la majorité des autres
souches de la même espèce (JONES, 2001).
Cette définition bactériologique de la résistance doit être complétée par deux autres :
une clinique et une génétique. La définition clinique associe la notion de succès et d’échec
clinique. En première approximation, une bactérie résistante est une bactérie qui échappe au
traitement, ce qui peut se manifester par un échec clinique. La définition génétique correspond
à la présence de gènes de résistance au sein de la bactérie, détectés par des techniques
biophysiques et ou génétiques (GUILLOT, 1988).
Parfois, la résistance à un antibiotique confère de la résistance à un autre antibiotique,
et c’est ce que l’on appelle la résistance croisée. Les bactéries sont dites multi-résistantes
lorsqu’à la suite d’une accumulation de résistances naturelles et acquises, elles ne sont
sensibles qu’à un petit nombre d’antibiotiques. Elles sont alors résistantes à plusieurs
antibiotiques ou classes pharmacologiques d’antibiotiques (AHMAD, 1999).
2-Bases génétique de la résistance

La résistance bactérienne à un antibiotique est d’origine génétique. Les gènes
de résistance se trouvent soit dans le chromosome (résistance chromosomique), soit dans
un élément mobile, comme les plasmides, les éléments transposables ou les intégrons
(résistance extra-chromosomique). La résistance peut être soit naturelle ou acquise (CARLE,
2009).
2.1-Résistance naturelle
Les gènes de résistance font partie du patrimoine génétique de la bactérie.
La résistance naturelle est un caractère présent chez toutes les souches appartenant à la même
espèce. Ce type de résistance est détecté dès les premières études réalisées sur l’antibiotique
afin de déterminer son activité et contribue à définir son spectre antibactérien. Par exemple,
la résistance des entérobactéries et du Pseudomonas aux macrolides ou des bactéries à Gram
négatif à la vancomycine est naturelle. La résistance bactérienne naturelle est permanente
et d’origine chromosomique. Elle est stable, transmise à la descendance (transmission
verticale) lors de la division cellulaire mais elle n’est généralement pas transférable
d’une bactérie à l’autre (transmission horizontale) (YAMASHITA et al., 2000). La résistance
naturelle constitue un critère d’identification (LAVIGNE, 2007).
31
2.2-La résistance acquise
Les bactéries peuvent développer de la résistance à un antibiotique préalablement
actif, ce qui implique des changements génétiques. Cette résistance est souvent instable.
Ces changements peuvent être de deux types : soit une mutation spontanée, soit l’acquisition
de gènes par un autre micro-organisme (PATRICK, 2003).
2.2.1-Mutation chromosomique spontanée

La mutation chromosomique spontanée constitue un mécanisme de résistance aux
antibiotiques chez environ10 à 20 % des bactéries. Les gènes de résistance se situent alors
dans le chromosome de la bactérie. Une mutation n’affecte qu’un caractère et la résistance ne
concerne généralement qu’un antibiotique ou qu’une famille d’antibiotiques ayant le même
mécanisme d’action (TENOVER, 2006).
La résistance due à une mutation, se transmet seulement verticalement (d’une bactérie
à sa descendance) ; elle ne se transmet pas horizontalement (d’une bactérie à une autre)
(ANDREMONT et al., 1997).
2.2.2-Acquisition de gènes de résistance

La résistance bactérienne par acquisition d’information génétique exogène représente
la majorité des cas isolés en clinique et s’observe aussi bien chez les bactéries à Gram positif
qu’à Gram négatif. L’acquisition de nouveau matériel génétique peut se faire soit par échange
direct de matériel chromosomique, soit par échange d’éléments mobiles tels les plasmides
(molécules d’ADN bicatenaire, circulaires et extra-chromosomiques) (CARLE, 2009).
Comme les mutations chromosomiques, les gènes de résistances plasmidiques se
transmettent verticalement. Toutefois, les plasmides peuvent aussi se transmettre
horizontalement (d’une bactérie à sa voisine) qu’elle soit ou non de la même espèce
(MOSSIALOS et al., 2008).
Les gènes de résistance peuvent s’acquérir par transformation, transduction ou par
conjugaison.
 La conjugaison
La conjugaison est le mécanisme de transmission de la résistance le plus important et
le plus fréquent. Ce mécanisme consiste en un transfert de plasmides via la formation
temporaire d’un pilus (structure tubulaire) entre deux bactéries proches (ALANIS, 2005).
 La transduction
C’est un transfert du matériel génétique qui se produit par l’intermédiaire d’un
bactériophage (phage). Le virus contenant les gènes bactériens de résistance aux antibiotiques
infecte une nouvelle bactérie et y introduit ce matériel génétique. Les phages responsables de
la transduction sont des phages tempérés qui déclenchent un cycle lysogénique ou lytique
contrairement aux phages virulents qui ont un cycle lytique (SCHAECHTER et al., 1999).
 Transformation
La transformation consiste en un échange de matériel génétique chez les bactéries par
l’intermédiaire d’ADN nu. Certaines bactéries captent de l’ADN spontanément à partir
du milieu et l’incorporent dans leur génome (SCHAECHTER et al., 1999).
L’acquisition de gènes de résistance peut se faire également par l’intermédiaire
des transposons et des intégrons :
 Transposons
Ce sont des segments d’ADN qui peuvent s’insérer eux même dans une molécule
d’ADN et s’exciser. Ces éléments peuvent, donc, se transférer d’une localisation
chromosomique à une autre, d’un chromosome à un plasmide ou vice-versa.
32
L’une des caractéristique des transposons est de pouvoir transporter des gènes
étrangers. Ces gènes peuvent avoir un intérêt clinique, c’est le cas de ceux responsables de la
résistance aux antibiotiques. Certains plasmides transportent un ou plusieurs transposons
responsables de résistance vis-à-vis d’antibiotiques. Ces éléments ont la capacité de sauter
d’un plasmide à un autre, ce qui confère aux bactéries une facilité étonnante pour développer
des résistances (SCHAECHTER et al., 1999).
 Intégrons
Les intégrons sont des systèmes de recombinaison spécifique de site permettant de
réorganiser des gènes sous forme de cassettes mobilisables par l'action d'une intégrase
BINGEN, 2010).
De façon générale, les intégrons sont composés de 3 éléments distincts : un gène qui
code pour une intégrase chargée d’exciser et d’intégrer les cassettes, un site spécifique
nommé attC où l’intégrase va intégrer préférentiellement les cassettes, puis un promoteur
facilitant l'expression des cassettes (TREMBLAY, 2007).
Les cassettes de gènes sont des éléments mobiles non-réplicatifs qui existent sous une
forme libre circulaire et sous forme linéaire intégrée au sein d’un intégrons. Elles sont
constituées d’une séquence (ou plus rarement, de plusieurs) codante et d'un site de
recombinaison attC.
Ces structures sont retrouvées dans les plasmides et les chromosomes des bactéries à
Gram négatif, tout particulièrement chez les Enterobacteriaceae et les Pseudomonadaceae.
Mais ont aussi été mises en évidence chez des bactéries à Gram positif. Les intégrons jouent
probablement un rôle important dans la dissémination des gènes de résistance
aux antibiotiques au sein du monde bactérien (PLOY et al., 2005).
Figure 16 : Représentation schématique des différents mécanismes de transfert horizontal de

gènes (FAURE, 2009).
33
3-Origine des gènes de résistance
Après avoir élucidé les mécanismes de transmission des résistances, les biologistes
se sont demandé d’où provenaient les gènes de résistance. La survenue de mutations
ponctuelles est un phénomène constant, spontané et aléatoire. En revanche, la formation
d’un gène de résistance complet et fonctionnel est le fruit d’une longue évolution. De tels
gènes n’ont pu apparaitre en 50 ans, c’est-à-dire depuis le début de l’utilisation thérapeutique
des antibiotiques.
En 1970, des biologistes émirent l’hypothèse que les gènes de résistance préexistent
dans les micro-organismes qui produisent spontanément des antibiotiques dans les systèmes
naturels. En effet, sans cette protection conférée par les gènes de résistance, les micro-
organismes producteurs s’autodétruiraient. Cette hypothèse à d’abord été vérifiée chez
Streptomyces qui produit les antibiotiques de la famille des aminosides. Cette bactérie produit
des enzymes analogues à celle qui confèrent aux bactéries pathogènes pour l’Homme
la résistance aux antibiotiques (ANDREMONT et al., 1997).
Une souche d’E.coli lyophilisée en 1946 contient un plasmide portant des gènes
de résistance à la tétracycline et à la streptomycine. Bien que ces deux antibiotiques aient été
employés médicalement plusieurs années après sa mise en conservation. De plus, il a été
montré que des souches portant sur le plasmide R des gènes pour la résistance à la pénicilline
semi synthétique existent avant que celle-ci n’était synthétisée (MADIGAN et MATINKO,
2007).
Les antibiotiques n’ont pas crée de nouveaux gènes ni de nouvelles bactéries, ils ont
seulement favorisé la sélection et la dissémination des bactéries qui portent les gènes
de résistance (ANDREMONT et al., 1997).
4-Mécanismes de résistance
4.1-Défaut d’affinité
Après la pénétration cellulaire de l’antibiotique, il existe une étape de reconnaissance
de la cible. C’est à ce niveau qu’intervient ce type de résistance. Il sàgit de :
 Soit dùne résistance naturelle avec la mauvaise affinité de certain antibiotiques pour
les cibles ;
 soit dùne résistance acquise avec modification des cibles et perte dàffinité des
antibiotiques pour ces cibles (GAUDY et BUXERAUD, 2005).
Exemple de la modification des PLP ou protéines liant les pénicillines qui sont des
enzymes qui catalysent l’étape finale de la biosynthèse du peptidoglycane (paroi bactérienne)
et qui sont les cibles des β-lactamines (en se fixant aux PLP les β-lactamines les empêchent
de jouer leur rôle ; la synthèse du peptidoglycane est entravée). Trois mécanismes peuvent
intervenir :
 Diminution de làffinité des PLP pour les β-lactamines (exemple : Streptococcus
pneumoniae) : les β-lactamines ont du mal à se fixer aux PLP qui restent disponibles
pour la synthèse du peptidoglycane.
 Augmentation de la synthèse des PLP existantes avec hyper-expression de PLP
possédant naturellement une faible affinité pour les β-lactamines (ex : Enterococcus
spp. Cas précédent avec en plus une augmentation du nombre de PLP disponibles
pour la synthèse du peptidoglycane ce qui conduit à une impossibilité pour une même
dose de β-lactamines de toutes les bloquer).
 Synthèse d’une ou de plusieurs nouvelles PLP insensibles aux β-lactamines (ex :
Staphylococcus aureus : l’acquisition et l’intégration dans le chromosome d’un gène
mecA, d’origine mal connue, induit la synthèse d’une nouvelle PLP, la PLP 2a qui est
capable d’assurer à elle seule l’assemblage du peptidoglycane et elle confère une
résistance à toutes les β-lactamines) (LOZNIEWSKI et RABAUD, 2010).
34
Le deuxième exemple est la résistance aux quinolones qui est due à des mutations dans
le gène gyrA pouvant modifier la sous unité A de l’ADN gyrase (une des cibles des
quinolones) et diminuer l’affinité de ces antibiotiques pour leur cible ce qui provoque une
résistance croisée, à des degrés divers, pour l’ensemble des quinolones (EUZEBY, 2001).
Il en est ainsi de la résistance aux macrolides où l’ARN ribosomal, cible de ces
molécules, est modifié par une enzyme et perd son affinité pour l’antibiotique (TRIEU-
CUOT et COURVALIN, 2011).
4.2- Modification enzymatique

Quantitativement et qualitativement, ce type de mécanisme est sûrement le plus
important. De nombreuses classes d’antibiotiques et pratiquement toutes les espèces
bactériennes sont concernées. Pour être actif l’antibiotique doit arriver intact à sa cible
(GAUDY et BUXERAUD, 2005).
L’inactivation se traduit par la perte d’affinité de l’antibiotique pour sa cible. C’est
le mécanisme le plus répandu dans la nature ; l’inactivation peut être extra ou intracellulaire ;
ainsi, les pénicillines et le chloramphénicol sont inactivés dans le milieu de culture par
des enzymes excrétées hors de la bactérie ; les aminosides, en revanche, sont inactivés dans
le cytoplasme de la bactérie par des enzymes qui demeurent intracellulaires (BEJOT, 2011).
Ce mode de résistance est présenté principalement par la production de β-lactamases,
qui sont des enzymes codées par des gènes plasmidiques ou chromosomiques.
Elles constituent un mécanisme de résistance très efficace. Elles inactivent les β-lactamines en
détruisant le lien amide sur le cycle β-lactame (CARLE, 2009).
En générale, les bactéries Gram positives tel que les staphylocoques produisent des
β-lactamases extracellulaires. Etant secrétées dans le milieu, ces enzymes détruisent
l’antibiotique avant qu’il ne vienne en contact avec la surface de la bactérie. Chez
les bactéries Gram négatives, les β-lactamases se situent dans le périplasme ou bien elles sont
liées à la membrane interne. Elles sont souvent constitutives.
Les β-lactamases peuvent être subdivisées en deux catégories, les pénicillinases et
les céphalosporinases. Il existe un degré important de croisement : ainsi, une céphalosporinase
peut aussi inactiver une pénicilline et vice-versa, mais avec une efficacité différente
(SCHLESSINGER, 1999).
L’augmentation de l’utilisation des β-lactamines a abouti à l’apparition des β-
lactamases à spectre étendu (BLSE), qui peuvent agir sur les pénicillines et
les céphalosporines (LOZNIEWSKI et RABAUD, 2010).
Il existe d’autres enzymes qui peuvent détruire d’autres classes pharmacologiques :
l’aminoglycoside (AMG) acetyltransférase, l’AMG adenyltransférase ou l’AMG
phosphotransférase peuvent détruire les aminosides, et l’érythromycine estérase ou
le chloramphénicol acetyltransférase en sont d’autres exemples (CARLE, 2009).
4.3- Résistance par efflux

Le système d’efflux est un mécanisme de transport actif membranaire, universellement
répandu chez les organismes vivants. Il à un rôle clé dans la physiologie bactérienne par
la préservation de l’équilibre physicochimique du milieu intracellulaire, en s’opposant
à l’accumulation de substances naturelles ou synthétiques toxiques ; transport de substances
nutritives et export de substances toxiques (CATTOIR, 2009).
Ce système d’efflux fonctionne avec une protéine de la membrane cytoplasmique qui
est le transporteur ou pompe, une protéine de la membrane externe qui forme le canal
d’excrétion et une protéine périplasmique chargée d’assurer la liaison entre les précédentes.
L’antibiotique rentre dans la bactérie, mais, avant qu’il ne puisse se fixer sur sa cible, il est
pris en charge par ces protéines et excrété vers l’extérieur de la bactérie.
35
Ce mode de résistance peut être naturel, c’est le cas des staphylocoques vis-à-vis
des quinolones. Comme il peut être acquis suite à l’introduction d’un plasmide ou, plus
souvent, d’une mutation entrainant la surexpression de gènes chromosomiques déjà existants
mais peu ou pas exprimés, c’est le cas d’E.coli vis-à-vis des tétracyclines (GAUDY et
BRUXERAUD, 2005).
4.4-Phénomène d’imperméabilité
Pour qu’un antibiotique soit actif, il faut qu’il pénètre dans la bactérie jusqu’à sa
cible. Cela suppose qu’il soit capable de traverser les divers obstacles mis sur sa route par
la bactérie, comme la membrane externe, quand elle existe et la membrane cytoplasmique.
 Membrane externe
Les antibiotiques qui agissent sur les bactéries à Gram négatif doivent au moins
franchir cette barrière. Cette bicouche lipidique est peu perméable aux molécules hydrophiles
que sont la majorité des antibiotiques. Les canaux que forment les porines traversent
la membrane externe ; c’est la voie de passage utilisée par la plupart des antibiotiques.
Ces derniers doivent être suffisamment hydrophiles et de faible poids moléculaire pour
traverser ces canaux. Les molécules hydrophobes tel que la pénicilline G, les macrolides et
les glycopeptides ne peuvent pas traverser la membrane externe, ce qui explique la résistance
naturelle des bacilles Gram négatif vis-à-vis de ces molécules (GAUDY et BRUXERAUD,
2005).
Le même mécanisme est aussi mis en cause dans les résistances acquises. L’exemple
le plus classique est la résistance du Pseudomonas aeroginosa à l’imipenème. Ce type de
résistance est lié à la diminution de la production de la porine OprD qui forme les canaux
laissant passer l’imipenème (BINGEN, 2010).
 La membrane cytoplasmique
Les aminosides passent la membrane cytoplasmique par un mécanisme actif
nécessitant de l’énergie. L’énergie provient de la chaîne respiratoire. Or, les bactéries
anaérobies strictes et les bactéries anaérobies aérotolérantes comme les streptocoques en sont
dépourvus, ce qui explique leur résistance naturelle aux aminosides.
Il existe aussi des résistances acquises par modification de système de transport de
la membrane cytoplasmique. C’est le cas des mutants résistants à la fosfomycine par mutation
chromosomique portant sur les deux systèmes de transport : le système des glycérophosphates
et/ou des hexoses phosphate (GAUDY et BRUXERAUD, 2005).
5- Emergence et propagation de la résistance
L’émergence et la propagation de la résistance aux antibiotiques sont le résultat d’une
pression sélective exercée par les agents antimicrobiens et de la transmission de micro-
organismes résistants.
Les principaux facteurs contribuant à l’émergence et à la propagation de la résistance
bactérienne sont :
 L’usage inapproprié d’antibiotiques
L’usage abusif des antibiotiques ou leur utilisation inadéquate est principalement
responsable de la résistance bactérienne. Le nombre croissant de patients plus âgés ou
présentant des déficits immunitaires plus marquées, les interventions chirurgicales plus
complexes, les systèmes de soutien des fonctions vitales plus avancés favorisent une
utilisation fréquente et parfois inappropriée d’antibiotiques à large spectre d’activité.
Les traitements des patients simplement contaminés constituent un des principaux exemples
d’usage abusif des antibiotiques. Paradoxalement, la sous utilisation par manque d’accès, une
posologie insuffisante, mauvaise observance ou antibiotique non approprié semble jouer un
36
rôle aussi important dans l’accroissement de la résistance que la sur utilisation (CARLE,
2009).
Plus un médicament antibactérien s’avère efficace, plus il est prescrit, de sorte que
les chances de voir émerger des souches bactériennes qui résistent à ce médicament
augmentent (PATRICK, 2003).
 Usage agricole et vétérinaire des antibiotiques

Les antibiotiques sont utilisés en élevage comme médicaments contre les infections
bactériennes et comme promoteurs de croissance (incorporés dans la nourriture pour éliminer
l’effet compétitif de la flore intestinale aux nutriments) impliquant leur administration pour
beaucoup d’animaux au même temps. Certains antibiotiques sont utilisés pour la préparation
de la nourriture des animaux et dans la médecine humaine, augmentant ainsi le risque
de l’émergence et de la propagation des bactéries résistantes y compris celles qui peuvent
causer des infections chez l’Homme et l’animal.
La transmission de bactéries résistantes de l’animal à l’Homme peut se faire par voie
fécale, par contact direct ou en moyen d’eau ou de nourriture contaminées et permettre
le transfert de gènes de résistance aux bactéries humaines (GRAYSON et al., 2012).
37
Amplification / Augmentation
substitution de la cible de l’efflux
Diminution de l’influx
Altération de
la cible
Inactivation de
l’antibiotique
Amplification /
substitution de la cible
Figure 17 : Mécanismes de résistance aux antibiotiques chez les bactéries

(d’après SCHMIEDER et EDWARDS, 2012)
38
Index bibliographique
AHMAD M., URBAN C., MARIANO N., BRADFORD S.J., BUSH K. and RAHAL J.J.
(1999). Clinical characteristics and molecular epidemiology associated with imipenem
resistant Klebsiella pneumoniae. Clinical infectious diseases, vol 29, 352-355.
ANDREMENT A., CORPET D. et COURVALIN P. (1997). La résistance des bactéries

aux antibiotiques. Pour la science, 232, 66-73.
ALLAIN P. (2008). Bêta-lactamines, pénicillines et céphalosporines. Les médicaments. 3ème

édition.C. Vernozy-Rozand, S. Roze. 220 p.
ALANIS A.J. (2005). Resistance to antibiotics: are we in the post antibiotic era. Elsevier,
Archives of medical research, 36, 697-705.
BINGEN E. (2010).Mécanismes de résistance aux ß-lactamines, Hôpital Robert Debré, Paris.
BRYSKIER A. (1999). Les bêtalactamines : Antibiotiques, agents antimicrobiens et

antifongiques. Ed, Ellips, pp.669-680.
BRYSKIER A. (2000). Perfecting the ring and extending the antibacterial spectrum: the
multiple Generations. Clin Microbiol Infect. 6(3): 13-21
BUSH K. (2001). New beta-lactamases in gram-negative bacteria: diversity and impact on the
selection of antimicrobial therapy. Clin Infect Dis. Apr 1;32(7):1085-1089.
BUSH K. et JACOBY G. A. (2010). Updated functional classification of beta‐lactamases.

Antimicrob Agents Chemother. 54:969‐76.
BRYSKIER A. (2000). Perfecting the ring and extending the antibacterial spectrum: the multiple
Generations. Clin Microbiol Infect. 6(3): 13-21
CATTOIR V. (2009). Pompes d’efflux et résistance aux antibiotiques chez les bactéries.
Pathologie Biologie, 10 (52), 607-616.
CARLE S. (2009). La résistance aux antibiotiques: un enjeu de santé publique

important!.Pharmactuel, vol.2 , 6-21.
CAVALLO J.D., FABRE R., JEHL F., RAPP C. et GARRABE E. (2004).

Bêtalactamines. EMC-Maladies infectieuses. 1 : 129-202.
CHEN X., ZHANG W., PAN W., YIN J., PAN Z., GAO S. and XINAN J. (2012). Prevalence
of qnr, aac(6=)-Ib-cr, qepA, and oqxAB in Escherichia coli Isolates from Humans, Animals, and the
Environment. Antimicrob Agents and Chemother. June; 56(6): 3423–3427.
COHEN N. et KARIB H. (2006). Risque hygiénique lié à la présence des Escherichia coli
dans les viandes et les produits carnés : un réel problème de santé publique. Institut
Agronomique et Vétérinaire Hassan II. Les technologies de laboratoire. 1: 5-9.
39
COURVALIN P GOLDSTEIN F PHILIPPON et SIROT J. (1985). L’antibiogramme Ed.
MPC-Vigot. Paris-Bruxelles.
DRIDER D. et SALVAT G (2015). Sécurité sanitaire des aliments Epidemiologie et lutte

contre les contaminants zoonotiques. Editions Economica p155-163
FAURE .S. (2010). Transfert d’un gène de résistance aux béta-lactamine BLA CTX-M-9
entre Salmonella et les entérobactéries de la flore intestinale humaine : impacte d’une
antibiothérapie.Thèse de doctorat , université de Rennes1.
FRENEY J., RENAUD F., LECLERCQ R et RIEGEL P. (2007). Précis de bactériologie

clinique. Ed. ESKA. , Paris, pp.990, 991, 4(992), 993, 994,995.
GALANI I., SOULI M., CHRYSSOULI Z. and GIAMARELLOU H. FOURNIER S.

(2006). Relation entre consommation des antibiotiques et résistance bactérienne. Mission
urgences et risques sanitaires, France.
GALMICHE A., FLATAU G. et BOQUET P. (1997). Mécanismes moléculaires d'action

des toxines bactériennes Volume 3, numéro 7, Août- Septembre Médecine thérapeutique
Page(s) : 569-76
GALMICHE A. et BOQUET P. (2001). Toxines bactériennes : facteurs de virulence et
outils de biologie cellulaire. Médecine/sciences; 17 : 691-700.
GAUDY C. et BUXERAUD J. (2005). Antibiotiques : pharmacologie et thérapeutique.

Elsevier, Paris.
GUILLOT J.F. (1989). Apparition et évolution de la résistance bactérienne aux

antibiotiques. Elsevier, 20, 3-16.
GRAYSON M.L., HEYMANN D. et PITTET D. (2012).The evolving threat of

antimicrobial resistance: Options for action. WHO.
GROSJEAN J. et PASQUIER C. (2009). Bactériologie et virologie pratique.11ème édit De

Boeck s.a, Bruxelles, p.128.
HART T. et SHEARS P. 1999. Atlas de Poche. Medecine Sciences Flammarion.
JOLY B. et REYNAUD A. (2002). Entérobactéries, systématique et méthode de diagnostic.

Tec et Doc, Lavoisier, Paris.
JOLY B. (1989). Données générales sur les antibiotiques, in « Biotechnologie

des Antibiotiques ». Biotechnologie, Masson, Paris.
JONES R.N. (2001). Resistance patterns among nosocomial pathogens: trends over the last
few years. Chest, 119, 397-404.
KEMPF I., FLEURY M.A , DRIDER D., BRUNEAU M., SANDERS P., CHAUVIN C.,
MADEC J.Y. and JOUY E. (2013). What do we know about resistance to colistin in
Enterobacteriaceae in avian and pig production in Europe? Int J Antimicrob Agents. Nov;42(5):
379-383.
40
KEZZAL K. (1993). Les antibiotiques, classification, mode d’action, résistance, action in
vitro. Office des publications universitaires, Alger.
LEROY U. et DEAUCHAIRE G. (2000). Lute contre la diffusion des infections à

entérobactéries sécrétrices de bêtalactamases à spectre étendu. Revue générale, 34(2), 690-
697.
LEVY S.B., O’BRIEN T.F., AVORN J.L., DAVEY P.G. and BARRETT J.F. (2001).
Antibiotic resistance: synthesis of recommendations by expert policy groups. WHO.
LEYRAL G. ET VIERLING E. Toxicologie des aliments. Editions Biosciences et

techniques.
LOUM N.A. (2005). Les entérobactéries sécrétrices de bêtalactamases à spectre élargi. Pour
l’obtention de grade de docteur en pharmacie. Université Cheikh Anta Diop de Dakar,
Sénégal.
LOZNIEWSKI A. et RABAUD C. (2010). Résistance bactérienne aux antibiotiques. Fiches

conseil pour la prévention du risque sanitaire- infections associées aux soins. CCLIN.
MOUTON Y., BINGEN E., DEBOSKER Y. et DUBREUIL L. (2000). Antibiotiques,

antiviraux, anti-infectieux. John LibeyEurotext, Paris.
MADIGAN M. et MATINKO J. (2007). Biologie des microorganismes. De Boeck 11ème éd.,

Pearson éducation , Paris.
MERENS A. et SERVONNET A. (2010). Mécanismes et épidémiologie de la résistance aux

fluoroquinolones en 2010 - Revue francophone des laboratoires RFL, mai 40 (422): 33-41.
MERENS A. et SERVONNET A. (2010). Mécanismes et épidémiologie de la résistance

aux fluoroquinolones en 2010 - Revue francophone des laboratoires RFL, mai 40 (422): 33-
41.
MUYLAERT A. et MAINIL J.G (2013). Résistances aux fluoroquinolones : la situation

actuelle. Ann Méd Vét.157: 15-26.
NORDMANN P. (2006). L’émergence de la résistance plasmidique aux quinolones chez les

entérobactéries. Éditoria, Path Biol: 54 7–9.
NORDMANN P. DORTET L. and POIREL L. (2012). Carbapenem resistance in

Enterobacteriaceae : here is the storm! Trends Mol Med. May;18(5):263-72.
PATRICK G.L. (2003). Chimie pharmaceutique. De Boek, Paris.
PHILIPPON A. et ARLET G. (2012). Entérobactéries et bêta-lactamines : phénotypes de

résistance naturelle. Path Biol 60:112–126.
PLOY M.C., GASSANA A., CHAINIER D. et DENIS E. (2005). Les intégrons en tant que
support génétique de résistance aux antibiotiques. Immuno-analyse et biologie spécialisée,
41
20(9), 343-352.
PRESCOTT L. M.,. HARLEY J. P. et KLEIN D. A. (2003). Microbiologie 2ème Edition
De Boeck.
PRESCOTT L., HARLEY, KLEIN WILEY SHERWOOD et WOOLVERTON (2010)

Microbiologie 3me Edition De Boeck.
SCHAECHTER M.. MEDOFF G,. EISENSTEIN B. I. et FLANDROIS, J.-P (1999).

Microbiologie et maladies infectieuses. Editions Del Boeck Universités.
SCHLESSINGER D. (1999). Base biologiques de l’action antibactérienne in « microbiologie

et pathologie infectieuses ». 2ème éd. Deboek, Paris.
SCHMIEDER, R. and EDWARDS R. (2012). Insights into antibiotic resistance through

metagenomic approaches. Future Microbiol. 7:73-89.
SINGLETON P. (2005). Bactériologie pour la médecine, la Biologie et les biotechnologies,

6ème éd., Dunod, Paris.
SKÖLD O. (2001). Resistance to trimethoprim and sulfonamides Vet. Res. 32:261–273.
SMET A., MARTEL A., PERSOONS D., DEWULF J., HEYNDRICKX M., CATRY B.,
HERMAN L., HAESEBROUCK F. and BUTAYE P. (2008). Diversity of extended-spectrum
beta-lactamases and class C beta-lactamases among cloacal Escherichia coli Isolates in Belgian
broiler farms. Antimicrob Agents Chemother. Apr;52(4): 1238-1243.
SOILLEUX M. (2007). Antibiotiques. DCEM antibioti poly réel, 1-12
TENOVER F.C. (2006).Mechanisms of antimicrobial resistance in bacteria. The American

Journal of Medicine, vol 119, 3-10.
TODAR R. (2008). Antimicrobial agents in the treatment of infectious diseases. Todar’s

online textbook of bacteriology.
TORTORA G. J., FUNKE B. R. et CASE C. L. (2003). Introduction à la microbiologie.

Ed. Du Renouveau pédagogique Inc., pp. 186, 604, 770.
TREMBLAY S. (2007). Etude moléculaire du recrutement des gènes de résistance aux

antibiotiques. Pour l’obtention du grade de maitre des sciences, université Laval, Québec,
canada.
WOODFORD N., TURTON J.F. and LIVERMORE D.M. (2011). Multiresistant Gram-
negative bacteria: the role of high-risk clones in the dissemination of antibiotic resistance.
FEMS Microbiol Rev. 35:736–755.
YALA D., MERAD A.S., MOHAMEDI D. et OUAR KORICHE M.N. (2001).

Classification et mode d’action des antibiotiques. Médecine du Maghreb, n°91.
ZHANEL G.G., JOHANSON C., EMBIL J.M., NOREDDIN A., GIN A., VERCAIGNE
L and HOBAN D.J. (2005). Ertapenem : review of a new carbapenem. Expert Rev Anti
Infect Ther. Feb;3(1):23-39. Review.
42

Polycopié Cours Bactériologie Médicale

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Polycopié Cours Bactériologie Médicale

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

République Algérienne Démocratique et Populaire

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

Cours de Bactériologie Médicale

Elaboré par Dr MEGUENNI Nacima

A l’usage des étudiants de Master 2 Microbiologie

Chapitre 2 : Epidemiologie des maladies infectieuses 11

Chapitre 4 : La résistance bactérienne aux antibiotiques 31

Liste des figures

Figures 1: Deux sous types d’exotoxines désorganisatrices de membrane 7

Liste des Tableaux

Chapitre 1 : LA PATHOGENICITE CHEZ LES BACTERIES

On mesure souvent expérimentalement la virulence en déterminant la dose létale 50 (DL50 )

2.1-La conservation d’un réservoir de la bactérie pathogène

2.2-Le transport de la bactérie pathogène vers l’hôte

2.3-L’adhérence et la colonisation par la bactérie par la bactérie pathogène

2.4-L’invasion des tissus de l’hôte

Elles peuvent aussi pénétrer par des mécanismes passifs en utilisant :

2.5-La croissance et la multiplication de la bactérie pathogène

Les bactéries intracellulaires peuvent être subdivisées en deux groupes :

2.6-La sortie de l’hôte

3- La régulation des facteurs de virulence bactériens

3.1-Les ilots de pathogénicité

Un exemple de gènes de virulence portés par un ilôt de pathogénicité est celui

4.1. Les exotoxines

- Le premier type est la toxine AB dont la sous unité B de la toxine se fixant

 L’intestin : les entérotoxines telles que la toxine cholérique et les toxines

L’entérotoxine classique, la toxine cholérique a été beaucoup étudiée ; c’est une

 autres tissus les cytotoxines telle que la toxine diphtérique et la toxine

- le troisième type, sans partie A et B séparables, agit en désorganisant les membranes

par l’oxygène (SLO). La SLO provoque une hémolyse β des hématies

 Le second type d’exotoxines désorganisatrices sont des phospholipases qui

- Le dernier type est le super-antigène qui agit en stimulant la sécrétion

4.1.1. Rôles des exotoxines dans la maladie

locale ou atteint le sang pour être distribuée de façon systémique et provoquer

4.2. Les endotoxines

5.1- Les défenses de l’hôte contre l’invasion microbienne

Diverses barrières physiques, chimiques et biologiques établissent une défense

5.1-Les mécanismes microbiens pour échapper aux défenses de l’hôte

5.1.1-Echappement au système du complément

Des bactéries comme S.pneumoniae, Neisseria meningitidis et Haemophilus

1.2-La survie dans le phagocyte

Certaines bactéries ont la capacité de survivre à l’intérieur des neutrophiles,

Mycobactérium tuberculosis est un exemple de résistance aux dérivés toxiques libérés

Chlamydia empêche la fusion du phagosome avec le lysosome.

1.3-Echappement à la réponse immunitaire spécifique

Neisseria gonorrhoeae possède deux mécanismes pour échapper au système

- Les pili varient génétiquement de sorte que les anticorps spécifiques

Chapitre 2 : EPIDEMIOLOGIE DES MALADIES INFECTIEUSES

2- Les mesures de fréquences : les outils de l’épidémiologie

Nombre de nouveaux cas d’une maladie au cours d’une période donnée

L’évaluation des taux de morbidité, de prévalence et de mortalité aide à formuler

4- La reconnaissance d’une maladie infectieuse dans une population

La maladie infectieuse se déroule généralement de façon caractéristique comme

3.1- La reconnaissance d’une épidémie

L’immunité de groupe est la résistance d’une population à l’infection et à

En conséquence l’objectif des agents sanitaire est de s’assurer que la population

4-Le cycle de la maladie infectieuse

Des porteurs convalescents, sains ou en incubation peuvent héberger

4.3-Transmission de l’agent pathogène

- Transmission par contact

- Transmission par un vecteur passif

- Transmission par un vecteur animal

4.5 -LA SORTIE DE L’HOTE