Lhtrognit des corpus : approches smiotiques ; dix-huit dfinitions du gne dans Les Cahiers

de jrico, n 4, Du traitement du discours dans les recherches en communication, Bernard Castagna, dir.,
Universit de Tours, 17p., 2001.

DIX-HUIT DFINITIONS SUR LE GNE

JACQUES FONTANILLE
Universit de Limoges
Institut Universitaire de France

PROBLMATIQUE
La revue La Recherche a publi rcemment une srie de dix-huit dfinitions du gPne, dans
un article 1 qui a eu un grand retentissement, car les lecteurs (cultivs) de cette revue ont pu se
rendre compte que les plus grands spcialistes qui ont en charge le fondement scientifique des
technologies actuelles et futures du vivant ne saccordent pas du tout sur la dfinition de leur
objet.
Malgr sa spcificit et sa technicit, le corpus est ici parfaitement typique de
lhtrognit des corpus dtudes en communication, et notamment des corpus de presse
scientifique :
- linformation est relaye par un sujet dnonciation dlgu par lorgane de presse, qui
intervient plus ou moins discrPtement (ici, discrPtement, mais visiblement, par un chapeau
introductif indiquant dans quelles conditions les dfinitions ont t recueillies, et par des encadrs
techniques, explicatifs et B caractPre didactique, pour aider le lecteur B comprendre le texte des
dfinitions ;
- elle est djB mise en forme par dautres sujets dnonciations, les informateurs
interrogs, et qui sont en grand nombre, et dopinion trPs divergente ;
- elle est partiellement multimodale (et syncrtique !) puisque larticle associe des
textes, des schmas, et des dessins dhumour.
Dans les limites de cette analyse, mon approche sera limite B la rsolution de
1

La recherche, n

348 , rubrique SAVOIRS

lhtrognit nonciative de premier degr (entre les informateurs), parce que jai
volontairement limit mon objectif B la controverse entre les thPses scientifiques sur le gPne : il
faudrait reprendre lanalyse au point de dpart (et non ajouter aprPs-coup lanalyse du chapeau
introductif et des schmas et dessins) si lon voulait embrasser mthodiquement lensemble de
larticle.
Mon hypothPse tient en peu de mots : les positions de chacun ne peuvent Ltre comprises
que:
1* si on a identifi la nature et lenjeu de cette divergence entre les dix-huit
dfinitions, B savoir la tension difficile B rsoudre entre deux grands types de
dfinitions du gPne ;
2* si on a pu reconstituer les diffrents cas de figure de la relation entre ces deux
dfinitions (notamment : ascendante / descendante ; causale / statistique ; disjointe
/ conjointe ; avec transition / sans transition ; isotope / allotope)
3* quand on pu situer chaque position par rapport B ce dispositif global, qui
constitue lunivers de discours des dix-huit textes analyss.

Les deux dfinitions du gPne

Ces deux dfinitions sont :
1- le gPne comme squence molculaire matrielle
2- le gPne comme unit dinformation
Du point de vue de la mise en scPne textuelle, le traitement de ces deux dfinitions est
franchement contrast.
LE GPNE COMME SQUENCE MOLCULAIRE MATRIELLE
La squence molculaire matrielle est dfinie en extension. Il sagit de dfinir ses
constituants, ses limites, ses formes alternatives ; les constituants sont dfinis dans une squence
de production :
(1) la rgulation : des rgions dADN sont des rgulateurs pour les oprations qui vont
Ltre accomplies sur la rgion dADN dite ADN promoteur ;
* la question se pose donc de savoir si ces rgions rgulatrices font ou ne
font pas partie de la squence ADN pertinente ;
2

(2) la transcription : lADN promoteur est suivi de maniPre plus ou moins complPte et
rguliPre par lARN dit ARN transcripteur (une enzyme polymrase), pour le transcrire,
et produire un autre ARN, dit ARN transcrit ou ARN messager ;
* les dcisions B prendre se multiplient :
S lARN transcripteur est-il ou pas un constituant de la squence
matrielle B retenir ?
S comme certaines rgions de lADN promoteur ne sont pas
transcrites (les segments dits introns) font-ils partie ou pas de la
squence pertinente ?
S comme le dbut et la fin de la squence transcrite sont indiqus
par deux nuclotides, des codons, respectivement le codon start
et le codon stop, ces deux codons font-ils partie ou pas de la
squence pertinente ?
(3) la synthPse : lARN transcrit et un acide amin sont assembls grce B une molcule
intermdiaire, un ARN dit ARN de transfert, et on peut alors dire que lARN transcrit a
synthtis une protine ;
* lidentification des constituants de la squence biologique originelle
pourrait sarrLter B la phase prcdente, puisquil ny a maintenant plus
aucune trace de lADN originel, mais le questionnement continue, dans la
mesure oj, dPs quon a renonc B limiter la squence molculaire
pertinente B lADN promoteur, on ne peut plus ignorer les bases
molculaires de la suite des oprations : ainsi se pose la question de savoir
si lARN transfert fait partie ou pas de cette squence.
(4) la maturation : la protine synthtise subit de nombreuses modifications sous leffet
de son environnement chimique ;
* si on pousse la logique de ce raisonnement jusquau bout, tout ce qui
modifie la nature du produit des oprations antrieures doit entrer dans la
dfinition en extension du gPne, et par consquent, les facteurs de
modification de la protine en font partie.
On remarque tout de suite dans cette prsentation trois types de phnomPnes :
a) Si lon se fixe strictement sur la squence biologique originelle du gPne, la dfinition
sarrLte au point (2), et plus prcisment B lADN promoteur, dlimit par deux bornes indiques
3

par les deux codons.

DPs quon prend en compte dautres lments, notamment les rgions rgulatrices, et les
divers ARN (transcripteur, messager et transfert), on change de perspective, puisquil sagit alors
dun processus de production et non dun tat matriel originel. Le simple fait de sinterroger sur
la pertinence, au sein mLme de la squence dADN promoteur, des segments qui sont ignors par
la transcription (les introns), constitue un raisonnement rtroactif, qui sappuie sur le processus de
production, et non sur la seule dlimitation de la squence matrielle originelle.
b) Lidentification de ce saut qualitatif nest possible que si on a pralablement identifi
lexistence des phases du processus de production, et ordonn les dfinitions en fonction de ces
quatre phases. La seule lecture des dix-huit dfinitions, prises sparment, ne permet pas en effet
de dceler un tel saut : la discussion y apparat simplement comme une recherche des constituants
biologiques du gPne, et semble porter seulement sur leur nombre, sur lextension de la dfinition.
Mais la notion dextension, en loccurrence, na pas grand sens, puisque ces diffrents lments
ne constituent pas une classe homogPne (des segments dADN + plusieurs types dARN) : le
gPne nest donc pas, B ce stade de la rflexion, et dans la perspective de lidentification de la
squence biologique pertinente, B proprement parler une classe.
c) En dautres termes, la discussion sur le nombre de composants matriels du gPne
repose sur un micro-rcit sous-jacent, celui de la production des chanes molculaires biologiques
: le gPne est une chane de squences biologiques qui sengendrent mutuellement, qui
sembotent et se combinent selon un processus explicite. Mais cette chane ntant dfinissable
quB partir du processus, le gPne est le processus, et pas seulement laddition des diffrentes
molcules ou segments de molcules qui y participent.
On hsiterait donc ici entre une dfinition segmentale et une dfinition suprasegmentale, entre une dfinition par les figures et une dfinition par les processus. Mais
cest la dfinition processuelle qui lemporte, car ceux qui, comme Fischer et Jordan, veulent
limiter la dfinition B la squence ADN originelle, adoptent une argumentation restrictive par
rapport au processus : Fischer, par exemple, rappelle le processus (le codage des transcrits, et la
synthPse des protines) mais pour prciser que le gPne nest que la squence sur laquelle opPre la
premiPre tape du processus.

LE GPNE COMME UNIT DINFORMATION

La dfinition ne vise plus une squence biologique, mais une fonction biologique, et elle
va se prsenter comme une formulation dactes et de mises en corrlation entre des phnomPnes.
4

Le gPne code pour la synthPse de protines.

Le gPne est une instruction pour un programme gntique.
Le gPne dtermine lapparition dun caractPre phnotypique.
La diffusion dun gPne est statistiquement corrle B la diffusion dun phnotype.
Le gPne conditionne deux proprits essentielles et indissociables du vivant : sa
reproductibilit et sa variabilit.
Cette srie de dfinitions appelle elle aussi plusieurs commentaires.
1- On retrouve ici un processus, mais saisi globalement, comme une opration sur des
informations, des instructions, et pas le processus de production des structures matrielles. La
production des structures matrielles visait B dterminer les composants en extension du gPne,
pour en faire le produit dune suite doprations, alors que le processus informatif sempare
du gPne comme un tout, pour en faire un oprateur, dont les produits sont des observables dans le
monde vivant.
Le changement de statut du gPne est double :
- dun point de vue actantiel, il passe du statut de produit B celui de producteur
- dun point de vue modal, il passe dun statut pragmatiqueet expliqu, un compos
de figures matrielles descriptives, B un statut cognitifet explicitement smiotique, ou du moins
explicatif : marqueur, instruction, programmation, dterminant.
2- Le niveau de comprhension et de comparabilit des dfinitions dpend de la procdure
adopte : saisies chacune sparment, ces dfinitions apparaissent comme des variations, plus ou
moins prcises et assumes, sur un mLme thPme ; mais, saisies comparativement et globalement,
elles peuvent Ltre elles-mLmes ordonnes selon deux paramPtres :
- le statut modal de lexplication ;
- la porte de lexplication.
a) Le statut modal de lexplication varie en effet depuis quelque chose qui sapparenterait
B une causalit, jusquB une simple corrlation statistique : en somme, en suivant la
gamme des degrs de probabilit et de certitude, les dfinitions parcourent laxe des
modalits pistmiques, depuis le certain (le gPne code, fournit des instructions
pour

un

programme)

jusquau

simplement

probable (le gPne dtermine,

conditionne, est corrl statistiquement).

b) La porte de la relation et de lopration varie de son ct en suivant le processus
mLme de lengendrement des chanes matrielles du vivant : depuis les protines (le gPne
code la synthPse des protines), jusquau vivant en gnral (le gPne conditionne la
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reproductibilit et la variabilit du vivant), en passant par les phnotypes (le gPne

dtermine lapparition de caractPres phnotypiques).
Mais seule cette mise en perspective globale permet de comprendre que le processus en
question, dont le gPne est loprateur cognitif nest pas de mLme nature que le processus de
production matrielle exploit dans lautre dfinition du gPne : en effet, quand on adopte la
dfinition du gPne comme unit dinformation, on ne peut plus suivre B la trace, tape par
tape, la production de la chane matrielle. Les deux paramPtres de variation de la dfinition, le
paramPtre modal et le paramPtre de porte, introduisent des sauts qualitatifs irrversibles : la
corrlation statistique, notamment, interdit de rabattre la relation sur une chane de produits
matriels ; de mLme, la reproductibilit et la variabilit du vivant ne peut pas se rduire B une
combinaison de phnotypes, pas plus quun phnotype ne peut se rduire B une combinaison de
protines.

Les relations entre les deux dfinitions

LE RLE DE LA QUANTIFICATION
A ce point de lanalyse, il devient particuliPrement ardu de rendre compte de larticulation
entre les deux dfinitions, puisquon en est B constater une srie de sauts qualitatifs
irrversibles, et un rabattement impossible de lune sur lautre.
Lanalyse spare de chacune des dfinitions ne pourra que constater la divergence de
traitement de cette articulation :
- certains nadoptent quune seule dfinition, en gnral la dfinition matrielle, et
rcusent ou ignorent lautre ;
- certains constatent la divergence entre les deux dfinitions, et mLme la radicalisent
(LADN nest pas porteur du gPne);
- dautres enfin engagent une dmarche de rduction de la divergence, et tentent
larticulation: nous reviendrons sur ces tentatives.
Mais il est au moins un point sur lequel tous sont daccord (ou, au moins, ne manifestent
pas de dsaccord) : la difficult vient de la quantification. Une des dfinitions repose mLme
entiPrement sur la quantification, celle de Chambon : ce nest pas lunit de transcription qui
porte le gPne, mais le nombre de protines synthtises par le gnome.
Or la quantification est, dans cet ensemble de dfinitions, une proprit attache au
processus de production matriel, et son effet ne peut Ltre apprci que si on a reconstitu les
6

tapes et les oprations de ce processus ; on a donc affaire B une syntaxe doprations, et la

proprit critique de cette syntaxe est son aspectualit, et plus prcisment, la quantification qui
va sappliquer et se combiner B cette aspectualit : il faut avoir pralablement fait lanalyse
aspectuelle du processus pour reprer les zones critiques de la quantification. Or leffet de la
quantification, trPs prcisment, est la modification du statut modal et de la porte du processus
mLme : au fur et B mesure oj on avance dans la chane de production des figures matrielles, la
quantification des oprations, par un effet cumulatif, interdit la rtroaction causale, et oblige B
faire le saut cognitif.
VoilB les zones critiques du processus :
(1) Il y a toujours sur lADN plusieurs rgions de fixation possibles pour lARN
polymrase : le choix du promoteur est donc multiple.
(2) Pour le mLme promoteur ADN, il y a toujours plusieurs bornes ou sites de dbut et de
fin : le choix de la squence codante prcise est donc lui aussi multiple.
- plusieurs sites dinitiation possibles (plusieurs points de fixation du codon
start)
- plusieurs sites de terminaison possibles (plusieurs points de fixation du codon
stop).
(3) Lors de la transcription, le phnomPne de lpissage alternatif va lui aussi multiplier
les possibilits de production de protines : au cours du processus de duplication, lARN
polymrase qui suit la squence ADN de rfrence peut dupliquer les deux brins de
lhlice B la fois, un seul dentre eux, ou, le plus souvent, sauter de lun B lautre, selon un
rythme et une frquence particuliPre : il y a donc lB aussi un trPs grand nombre de
solutions possibles.
On note donc quatre facteurs de pluralisation de la seule opration de transcription, qui rsultent
de la quantification des seuils aspectuels du processus de production matrielle : (1) le nombre de
promoteurs, (2) la position du site initial, (3) la position du site terminal, (4) la stratgie de
lpissage alternatif. A chaque choix pour chacune de ces variables, correspond un ARN
transcrit diffrent, et, par consquent, une protine diffrente.
Mais il faut ajouter B cela que, pour chacune des protines, et B partir dun mLme transcrit
(ARN messager), on obtient encore des devenirs diffrents, selon lARN de transfert qui sert
dinterface, et selon les conditions de maturation de la protine : cela porte donc B six le nombre
de phases (aspects) et donc B six le nombre de bifurcation par quantification : choix du promoteur
(fixation), choix du site dinitiation (start), choix du site de terminaison (stop), choix des brins de
lhlice (pissage alternatif), choix de lARN de transfert (collage), devenir de la protine
(maturation).
7

On comprend alors pourquoi la quantification des aspects du procPs fait difficult, et

pourquoi, au moment de linterprtation et de la tentative de dfinition, cest elle, prcisment,
qui change le statut du processus de production des protines et des phnotypes. La raison en est
simple: le nombre de possibilits, pour chaque choix, nest pas dtermin, et le nombre de choix B
faire aboutit globalement B une indtermination de la lecture ascendante du processus.
Comment expliquer cette conversion cognitive ?
Chacun des facteurs de pluralisation est en mLme temps un facteur de tri : sil y a
plusieurs solutions, et si une seule est ralise B la fois, alors il faut supposer une instance de
contrle (le rle des rgions rgulatrices nest pas clairement dfini dans le corpus). Et, aussi
longtemps que les fonctions de tri ne peuvent pas Ltre rapportes B des productions chimiques
spcifiques, elles apparaissent djB comme des fonctions cognitives de contrle ; certes, au
moins dans un cas, on identifie la prsence de segments molculaires qui jouent le rle de
codons (oprateurs pragmatiques du tri), mais on ne prcise pas pourquoi, oj et comment sont
produits ces codons ; B la place de ces explications, les dfinitions font appel aux rgions de
rgulation, cest-B-dire B des oprateurs cognitifs du tri.

RELATION ASCENDANTE ET RELATION DESCENDANTE

La quantification introduit donc une dissymtrie entre les deux directions du parcours :
- dans le sens ascendant, se produit un saut modal et un changement du statut modal du
processus de production du vivant, et, par consquent, du gPne lui-mLme ;
- dans le sens descendant, ce saut modal ne se produit pas, puisquon part des observables
(les phnotypes) et que, par analyse, on retrouvera les squences molculaires qui les
dterminent.
1- Dans le sens ascendant,
le pragmatique est converti en cognitif.
L information est alors une catgorie qui apparat quand la relation de causalit nest
plus linaire et univoque ; on parle dautant plus d information et de code quon matrise
moins la relation entre le rfrent et le produit : par exemple, quand on cherche B passer du
gnotype au phnotype, le saut est plus important quentre lADN promoteur et la protine, et
lexplication par l information et les modalits cognitives (probabilits, incertitudes) devient
dominante. Dans le sens ascendant, la quantification des oprations pragmatiques provoque la
conversion smiotique : la quantification du processus pragmatique implique des oprations de
tri, qui supposent un contrle cognitif.
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Ce phnomPne est proprement textuel (et mLme narratif), et nest pas spcifique au
discours scientifique sur le gPne. Il est en effet comparable B la reconstruction de la signification
dun rcit: elle ne peut Ltre que rtrospective, car dans le sens prospectif, linformation contenue
dans chaque phase ou priptie peut produire un grand nombre de bifurcations.
En smiotique narrative, on distingue ainsi deux directions mthodologiques : la
direction ascendante, qui ne dbouche que sur le constat de la multitude des possibles
narratifs, et sur lidentification des points de bifurcation ; la direction descendante, pour
laquelle, rtrospectivement, chaque point de bifurcation apparat aprPs coup comme contrl par
une modalit (un devoir faire, un vouloir faire, un savoir faire ou un pouvoir faire). En dautres
termes, ce qui apparat comme quantification des possibles dans le sens ascendant sera trait
comme modalisation du processus dans le sens descendant. En effet, sil y avait une relation
univoque entre chaque phase narrative, et un enchanement sans bifurcation, il ny naurait besoin
daucun savoir-faire, vouloir-faire ou pouvoir-faire, la conversion dune phase B lautre serait
automatique et directe.
Ce point pourrait paratre inutilement technique et purement analogique, mais il nen est
rien, car il permet de montrer trPs prcisment que le problPme qui se pose dans cette collection
de dfinitions :
- est un problPme de nature smiotique, qui concerne la dimension narrative de la mise en
scPne discursive des phnomPnes voqus,
- et quil est trans-textuel ; en effet, il nest pas localisable dans telle ou telle dfinition, et
seule la confrontation et la mise en ordre de toutes les dfinitions permet de le faire apparatre ; il
sagit dun phnomPne discursif, commun B lensemble des dfinitions, et non pas au sens oj
lensemble de ces dfinitions formeraient un corpus, une classe de textes analysables dans
leurs rcurrences et leurs diffrences, mais au sens oj chacun participe dune syntaxe englobante,
y occupe sa place, en dcrit une des tapes, etc.
2- Dans le sens descendant,
toutes les dfinitions saccordent sur ce point :

il ny a pas de relation cognitive

envisageable ; on ne sait pas passer des phnotypes au gnotype, et du gnotype aux squences
molculaires, par des oprations cognitives ; il y a des corrlations, mais tablies statistiquement
sur des bases de donnes, et pas sur des observations suivies de prvision. On peut observer,
identifier, isoler, etc. le gPne correspondant B un phnotype ou une protine, on ne peut pas le
prvoir, le calculer, se le reprsenter B partir de la protine.
Dans le sens descendant, on opPre donc, en revanche, une conversion pragmatique, qui
consiste B reprer exprimentalement et par observation directe les units matrielles (les
9

structures biologiques) qui sont supposes B lorigine de la production des units observables : B
partir dun phnotype, on peut retrouver la squence dARN, puis B partir de celle-ci, on peut
identifier la squence ADN de rfrence.
Dans cette conversion pragmatique de l unit dinformation, la quantification
sinverse, car sil y a plusieurs phnotypes possibles issus dun mLme gPne, B partir dun ou
plusieurs phnotypes donns, on peut remonter au gPne unique qui lui ou leur correspond.

CONCLUSIONS
Une dmarche qui aurait consist B tudier chaque dfinition sparment et B tenter
ensuite de les confronter naurait finalement rien pu montrer dautre que ce quon constate
intuitivement immdiatement B la lecture : les gnticiens ne sont pas daccord entre eux.
La dmarche adopte, qui se voulait demble intgrative, partait du postulat que ces
diffrentes dfinitions partageaient un mLme univers de discours, mLme si elles se prsentaient
comme un corpus htrogPne. Si on admet, dans la perspective de la thorie polyphonique et de
lintertextualit, quon nnonce jamais seul et pour la premiPre fois, mais que, chaque fois quon
tient un discours, il est en relation avec une multitude dautres discours, effectifs, antrieurs ou
potentiels, il faut bien que ce principe ne sapplique pas seulement B lanalyse des textes
particuliers et isols, mais que, au premier chef, il sapplique aux ensembles textuels qui
partagent une mLme thmatique, un mLme genre, oj quelque forme smiotique que ce soit.
Quel que ce soit le cas de figure, lnonciation individuelle nest quune spcification, une
actualisation et une restriction B partir de la praxis nonciative collective. Dans le cas qui nous
occupe, ce principe est en outre confort par le fait que les personnes interroges font partie dune
mLme communaut scientifique, connaissent chacun, vraisemblablement, les positions des uns et
des autres, ou, au moins, les positions-types qui existent dans cette communaut : il est toujours
plus confortable de proposer une lecture intertextuelle entre Ren Char et les Prsocratiques si on
peut sassurer que Ren Char a lu les Prsocratiques. On a donc affaire B une vritable structure
conversationnelle B distance. Mais lexistence dune communaut professionnelle ou
institutionnelle nest quun cas particulier de ces praxis nonciatives collectives et de ces
dialogues involontaires qui se nouent dans les corpus htrogPnes.
Et cest justement cette dmarche qui a permis de mettre en lumiPre, en deux tapes
successives :
1) La problmatique et les proprits des deux dfinitions concurrentes : B ce niveau
danalyse, chaque dfinition pourrait (cest ce qui sera fait dans une version plus longue de cette
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tude) Ltre caractrise comme une position dquilibre (ou de dsquilibre) dans la structure
tensive qui associe et confronte B la fois le gPne comme structure matrielle et le gPne comme
structure dinformation.
2) La problmatique de la conversion et de la relation entre les deux grands types de
dfinition : ce ne sont pas vraiment deux objets smiotiques diffrents, mais un seul objet, qui
reoit deux types de conversions. Dans le sens ascendant, une conversion cognitive, qui fait de
lobjet molculaire une unit dinformation, et, dans le sens descendant, une conversion
pragmatique, qui fait du phnotype et des rsultats de la slection naturelle, lexpression dune
structure molculaire de rfrence. Ces deux conversions, ascendantes et descendantes,
correspondent respectivement :
- pour la conversion ascendante, B la reconnaissance des contenus cognitifs associs aux
expressions biologiques ;
- pour la conversion descendante, B laffectation dune expression matrielle aux contenus
dinformation.
On assiste donc B un processus de smiotisation orient :
- dans le sens ascendant, ce processus de smiotisation invente en quelque sorte des
contenus dinformation, des codages et des oprations de tri et de slection ;
- dans le sens descendant, le processus de smiotisation ancre les phnomPnes cognitifs
et informatifs dans la matiPre, les inscrit sur des supports biologiques, et leur trouve en quelque
sorte des expressions matrielles.
On a donc affaire B deux smiotiques diffrentes et associes par une fonction : dun ct
une smiotique modale et cognitive, qui associe des indices, des expressions B des contenus
dinformation, et B la formation de systPmes de valeurs ; de lautre une smiotique des modus
oprandi, ce quon appellerait aujourdhui une smiotique de lempreinte, cest-B-dire une
smiotique qui focaliserait sur les modalits de linscription sur un support matriel de
lexpression, aux formes de linteraction avec ce support et B la syntaxe propre de ce dernier.
Lune de ces smiotiques donne la prminence B la gnration du plan des contenus
(slection, valeurs, adaptation, devenir du vivant, etc.). Lautre donne la prminence B la
gnration du plan des expressions (support, inscription, syntaxe, modus oprandi, etc.). La
runion de ces deux macro-smiotiques forme une smiotique-objet complPte et biplane, B partir
de laquelle, justement parce quelle est biplane, on peut tenir un raisonnement, dgager de
lintelligibilit, assurer une comprhension, etc.

11

ANNEXES : rsum des 18 dfinitions

1) H. Atlan
Propose quatre dfinitions pouvant Ltre regroupes en trois entres complmentaires :
a)
b)
c)

b1

-squence dADN pouvant coder plusieurs protines

-lieu daction de la slection naturelle (volution), mais la slection ne

c1

porte que sur les phnotypes, et pas sur lADN

-instruction de programme gntique

c2

- squence dADN associe statistiquement B un trait de caractPre

Les deux premiPres dfinitions appartiennent B deux domaines diffrents, et actualisent

donc deux isotopies distinctes : la dfinition chimique et molculaire, et la dfinition
volutionniste. La troisiPme met en relation les deux premiPres : entre les deux rles de lADN
(structure biologique molculaire & ressort de la slection), il y a un code, un programme, ou
une corrlation statistique.
La dfinition installe progressivement une contre-dfinition, puisque chaque proposition
est corrige et annule par la prcdente. Atlan finit mLme par dire que tout cela nest quune
simplification idologique et journalistique, puisque la squence dADN est un marqueur (cestB-dire un signe) et quon ne peut pas tablir de relation de causalit entre lADN et les
phnotypes de la slection naturelle, et ce dautant plus que ce nest pas lADN qui est actif, mais
les ARN transcrits et les protVnes synthtises).

2) P. Chambon
P. Chambon retient les mLmes lments de dfinition (molcule, codage), mais ne
mentionne pas la question des phnotypes et de la slection. Il ajoute en outre le premier rle de
lADN (unit de transcription).
Mais surtout, il introduit le thPme de la quantification :
- plusieurs ADN promoteurs possibles pour une mLme unit de transcription
- plusieurs sites dinitiation et de terminaison pour une mLme unit de transcription
(produisant plusieurs transcrits)
- plusieurs protines possibles B partir de chaque transcrit
Ce qui lui permet de passer de l unit au tout : ce nest pas lADN-unit de transcription qui
12

porte le gPne, mais lensemble et le nombre des protines codes par le gnome (100000 chez la
mouche, 1 million chez lhomme, pour une mLme base de 30000 gPnes)

3) D. Cohen
D. Cohen tient le mLme raisonnement, concernant labsence de causalit directe, et le rle
de la quantification ; il rajoute mLme deux motifs supplmentaires :
(1) pissage spar ou alternatif des deux brins de la squence dADN, pouvant coder
sparment ou alternativement pour des protines diffrentes, et
(2) les rgions rgulatrices de la transcription peuvent Ltre plus ou moins loignes de la
squence codante.
Mais au lieu de dplacer la question vers la statistique ou vers le nombre global, il insiste lui aussi
sur le rle de lARN (les transcrits, et les rgulateurs de la transcription), qui seuls ont un rapport
avec lindividualit de chacun, B travers les protines quils synthtisent.
Lui aussi suscite le doute aussitt quil a avanc une solution (polymorphisme de lARN)

4) A. Fischer
A. Fischer ramPne la dfinition au noyau biologique et molculaire : un gPne est une
squence dADN, qui code des ARN, lesquels synthtisent des protines.

5) Ph. Froguet
Ph. Froguet dplace clairement la dfinition du ct des phnotypes et de la slection
naturelle : le gPne est pour lui une unit dterminant un caractPre phnotypique, et en
consquence, il propose de dplacer aussi lintrLt du chercheur vers les phnomPnes aval (le
mtabolome, la maturation et la structure des protines dans leur environnement).
Il a donc renonc B puiser les lments de sa dfinition dans la structure bio-chimique,
ainsi que dans les questions de codage ou de programmation (dterminant laisse une grande
marge dapprciation).
6) J.-Ch. Galloux
En tant que juriste, J.-Ch. Galloux doit prendre en compte les deux dimensions du gPne,
mais sans se proccuper de leur mise en relation : pour lui, en effet, ce sont deux entits
juridiquement indpendantes, et qui relPvent de deux domaines diffrents du droit :
13

(1) dun ct la structure bio-chimique dans sa matrialit, qui ancre le gPne dans la
catgorie des choses que lon peut sapproprier, et qui relPvent donc du droit de la
proprit prive ;
(2) de lautre lunit dinformation, le dterminant du phnotype, qui range le gPne dans
la catgorie des informations prives et cest B ce titre quil relPve des droits
immatriels de la personne.
7) P. Gaudray
P. Gaudray reprend en dtail les lments de la description biologique djB connue, en
ajoutant quelques autres facteurs de complexification et de quantification : on se demande alors
si, dans une dfinition en extension, il faudrait intgrer B ce quon appelle un gPne les parties
dADN limines et non transcrites (les introns), les ARN traducteurs (ribosomes), les ARN de
transfert (en interface entre lARN transcrit et lacide amin dans la protine).
Il insiste sur la dissymtrie du raisonnement, qui explique B la fois la croyance (en un lien
fort, en une corrlation) et labsence de dmonstration causale :
- on connat les gPnes B partir des phnotypes (sens descendant), mais
- on ne connat pas les phnotypes B partir des gPnes (sens ascendant)
8) J. Gnermont
J. Gnermont introduit une notion nouvelle, qui permet daborder diffremment la relation
entre la structure molculaire et son rle gntique : il sagit des allPles de la squence dADN ;
au lieu dLtre dfinis B partir de leur structure biologique, ils sont dfinis par deux proprits
fonctionnelles : lisoaction (cest une classe de squences ADN produisant le mLme phnotype)
et lhomologie (cest une classe qui prsente un nombre suffisamment de traits dorganisation
communs).
Les squences biologiques matrielles sont B cet gard de simples motifs contextuels,
dtermins par leur position sur un chromosome.
9) P.-H. Gouyon
P.-H. Goyon reprend la dfinition par les allPles en la prcisant : B lintrieur dun
ensemble de gPnes homologues, cest-B-dire susceptibles de sapparier, et formant un locus,
une partie dentre eux donnent le mLme phnotype : ils sont donc isoactifs. Cest cet ensemble
de gPnes homologues et isoactifs qui dfinissent des allPles (les motifs diffrents de ces gPnes
homologues isoactifs)
Le raisonnement cherche visiblement B mnager des phases de transition entre la structure
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biologique matrielle et la structure dinformation associe B la slection naturelle, en combinant

deux rductions, une ascendante (lhomologie dfinit une classe de squences appariables, un
locus) et une autre descendante (un phnotype donn pouvant correspondre B une grand nombre
de squences ADN, il prsuppose donc une classe d isoaction, la classe de toutes les squences
pouvant Ltre associes B ce phnotype.
La rduction ascendante et la rduction descendante se rencontrent alors pour imposer une
double rduction dfinitionnelle B lallPle : une dfinition morphologique (rduction ascendante)
et une dfinition fonctionnelle (rduction descendante).
A la fois classe morphologique et classe isoactive (prdicative), lallPle est un actant: il
ny a plus besoin de se demander B son propos si, comment et pourquoi il engendre un phnotype,
puisque telle sa dfinition ; il ny a plus besoin de se demander si le responsable est bien telle
squence ADN, puisque la squence ADN nest quune ralisation locale et contrainte de lallPle.
10) Ph. Jarne
Ph. Jarne reprend la plupart des motifs prcdents, en insistant sur le caractPre statistique
de la relation entre gnotype et phnotype, mais aussi sur le caractPre alatoire de la relation entre
allPle et motif molculaire.
11) B. Jordan
Dfinition purement molculaire, focalise sur la squence ADN, et tout particuliPrement
sur les marqueurs de dbut et de fin de la partie transcrite, ainsi que sur les autres segments (de
rgulation, et non transcrits).
12) A. Khan
A. Khan choisit de radicaliser la duplicit du gPne, en fournissant la composition
chimique de la squence ADN (polymPre form de nuclotides (molcules formes de
base+sucre+acide phosphorique), et en gnralisant la dfinition fonctionnelle B hauteur du
vivant en gnral : le gPne conditionne la vie, ses particularits et son volution (membrane +
ensemble fini + mtabolisme + reproductibilit et variabilit code par les gPnes).
Cest donc, eu gard B la double dfinition avec laquelle la plupart cherchent B composer
ou B biaiser, lcart maximal : non seulement il ny a plus de relation entre les deux, mais en
outre, chacune des dfinitions est formule de maniPre B Ltre entiPrement allotope par rapport B
lautre.
13) A. Laganey
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Se contente de constater le nombre illimit de dfinitions, et reprend la notion d unit

dinformation transmise.
14) D. Louvard
Dans la relation entre les deux dfinitions, introduit une variante (contrle dun
phnotype), mais pour le reste, utilise les mLmes lments (unit dinformation transmissible
mais altrable)

15) Fr. Rehenmann

Tout comme Jordan, donne une dfinition purement molculaire et focalise sur les
limites de la squence pertinente : pour cela, il isole les codons (suite de trois nuclotides) pour
les fonctions Start (initiation de la transcription) et Stop (terminaison de la transcription) : un
gPne est la squence dfinie par ces deux bornes.
Revient lui aussi sur la multiplicit des dfinitions, et sur le caractPre statistique de la
relation explicative.
16) P. Sonigo
Reprend lide de la double dfinition (informative, permettant le calcul dhrdit, &
molculaire et matrielle), mais pour insister sur leur irrductible incompatibilit (le lien entre le
gPne et le caractPre observable, bilatral dans la premiPre dfinition, est indtermin et purement
statistique dans la deuxiPme.
Sa conclusion est donc radicale : lADN ne porte pas de gPnes !
17) L. Thaler
- idem : tout ADN nest pas form de gPnes
18) J. Warcoin
Dfinition purement biologique, et focalise sur la dtermination des parties pertinentes:
du point de vue de la proprit industrielle, il faut surtout dlimiter ce qui appartient au gPne (par
ex. les introns qui sont dtruits au moment de la transcription, ou les rgions de rgulation)

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