Organisation dans le temps et dans l'espace des activits technologiques
Les activits technologiques de biologie cellulaire et molculaire sont couples celles de biochimie en 1 re anne de formation, celles de microbiologie en 2 me anne de formation.
Aussi, il semble souhaitable que les activits technologiques de biochimie et de biologie cellulaire et molculaire soient assures par le mme professeur en 1 re anne, que les activits technologiques de microbiologie et de biologie cellulaire et molculaire soient assures par le mme professeur en 2 me
anne.
On peut suggrer la progression suivante pour les activits technologiques de biologie cellulaire et molculaire: - en 1 re anne : . module 2 (mthodes d'analyse utilisant les anticorps) raison de 5 sances de 6h . module 3 (techniques de biologie molculaire) raison de 5 sances de 6h - en 2 me anne: . module 1 (techniques de culture des cellules eucaryotes) raison de 8 sances de 5h
Ds que les matriels auront t acquis, il est souhaitable que les oprations unitaires soient abordes ds la premire anne en liaison avec l'enseignement des sciences et technologies bioindustrielles.
Locaux Les modules 2 et 3 des activits technologiques de biologie cellulaire et molculaire pourront tre assurs dans les laboratoires de biochimie. Le module 1 des activits technologiques de biologie cellulaire et molculaire sera assur dans le laboratoire de cultures cellulaires
A chaque type de laboratoire devront tre associs des locaux annexes: salles instrumentale et informatique, salle de prparation, laverie, chambre froide, vestiaire. Lorsque la structure de ltablissement le permettra, des annexes seront ddies aux oprations unitaires et distinctes des salles d'analyse instrumentale.
Proposition de rpartition des sances d'activits technologiques
Premire anne
Deuxime anne Activits technologiques en analyse biochimique (y compris oprations unitaires): 20 sances de 6h Activits technologiques en analyse biochimique (y compris oprations unitaires): 20 sances de 6h
Activits technologiques en analyse microbiologique (y compris oprations unitaires): 30 semaines raison de 5h par semaine ( dcomposes en 3h + 2h) Activits technologiques en analyse microbiologique (y compris oprations unitaires): 20 semaines - dont 12 semaines raison de 8h par semaine dcomposes en 2 sances (5h + 3h) - dont 8 semaines raison de 3h par semaine
Activits technologiques en biologie cellulaire et molculaire: 10 sances de 6h Activits technologiques en biologie cellulaire et molculaire: 8 sances de 5h 2
Enseignement de lgislation - droit du travail; sant et scurit au travail
L'enseignement du module 1 (lgislation - droit du travail) sera confi: - soit un professeur de biochimie - gnie biologique intervenant par ailleurs dans la formation, - soit un professeur d'conomie et gestion, de sciences conomiques et sociales ou de sciences mdico-sociales. Lenseignement du module 2 (prvention des risques professionnels) est du ressort dun professeur de biochimie-gnie biologique.
Les contenus de l'enseignement du module 3 (application aux activits professionnelles: principales mesures de prvention, risques chimiques, risques biologiques, nettoyage et dsinfection du matriel et du poste de travail, gestion des dchets, conduite tenir en cas d'accident) seront intgrs aux enseignements professionnels
Enseignement de sciences et technologies bioindustrielles
On peut suggrer le dcoupage horaire suivant:
Premire anne
Deuxime anne Module 1: qualit 15h de cours, raison d'une heure par semaine
Module 1: qualit 20h de cours, raison d'une heure par semaine Module 2: filires, procds, produits 15h de cours, raison d'une heure par semaine 30h de travaux dirigs, raison de 2 heures par quinzaine
Module 2: filires, procds, produits 20h de cours, raison d'une heure par semaine 20h de travaux dirigs, raison de 2 heures par quinzaine
On privilgiera en travaux dirigs l'tude des procds, partir de documents. On traitera plus spcialement de la qualit, des filires et des produits en cours.
En premire anne, on s'intressera aux filires correspondant au tissu industriel rgional afin de prparer les terrains de stage.
Stages en entreprise
Le stage de premire anne peut tre modul dans une fourchette de 4 5 semaines. Le stage de deuxime anne peut tre modul dans une fourchette de 9 10 semaines.
Rle du professeur rfrent Professeur de biochimie - gnie biologique intervenant dans la formation, il est responsable d'un groupe d'tudiants dont il assure le suivi des stages si possible durant les 2 annes. C'est le correspondant privilgi du matre de stage. Il valide les terrains de stage. Il participe au choix du thme du projet et son suivi. Il assure avec le matre de stage l'valuation de l'implication et de l'activit du stagiaire.
Grille d'valuation 3
BTS bioanalyses et contrles
Grille d'valuation du stage en entreprise (valuation conjointe matre de stage - professeur rfrent) ______________________________________________
NOM et PRENOM du stagiaire : .............................................................................................................. Etablissement : .......................................................................................................................................... Coordonnes de l'entreprise : .................................................................................................................... .................................................................................................................................................................... Thme du projet technique : ...................................................................................................................... ....................................................................................................................................................................
Critres d'valuation A B C Implication du stagiaire
1. Assiduit; comportement 2. Intgration dans l'entreprise. Insertion dans les quipes de travail 3. Investissement personnel dans le travail conduit 4. Aptitude la recherche et l'utilisation d'informations. Esprit critique 5. Qualits de communication: dialogue, coute, argumentation
Activit du stagiaire
1. Matrise des connaissances scientifiques et technologiques 2. Matrise des techniques mises en uvre 3. Pertinence et qualit de la rflexion personnelle. Esprit critique 4. Rigueur dans l'analyse. Capacits de synthse 5. Qualits d'organisation (dans le temps et dans l'espace)
Remarque: A = satisfaisant; B = moyen; C = insuffisant
Matre de stage: ..........................................................................................................................................
La biochimie structurale pourra tre traite selon deux logiques diffrentes : - prsentation des structures molculaires de base, puis tude des macromolcules ; - tude des diffrentes familles de biomolcules : protides, glucides, acides nucliques, lipides.
On appliquera les connaissances de biochimie structurale la composition des produits agroalimentaires, pharmaceutiques et cosmtiques. On voquera les principales ractions susceptibles de modifier les constituants alimentaires (altrations ou transformations) : - ractions de dpolymrisation ou dhydrolyse (glucides, lipides, protines) ; - ractions doxydation (auto-oxydation des lipides insaturs) ; - ractions de polymrisation ou de condensation (protines entre elles, protines avec glucides (ractions de Maillard), protines avec dautres composs).
Contenus Repres pour la formation 1.Leau, solvant principal des biomolcules
2. Les structures molculaires de base et les structures simples
2.1. Les acides amins On pourra faire la distinction entre acides amins standards (constitutifs des protines et en nombre limit) dont on prcisera les principales proprits et les acides amins non standards. On donnera une classification des acides amins naturels standards en fonction de la nature chimique et de la polarit du radical R. On dgagera la notion dacide amin indispensable et dacide amin non indispensable. On dfinira la notion dion mixte et de pH isolectrique. On dcrira les proprits physiques et chimiques ayant un intrt analytique dactualit : stroisomrie, absorption dans lU.V., proprits ioniques, raction la ninhydrine, solubilit et saveur.
2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.2. Les glucides simples 2.2.1. Les oses et leurs drivs On dcrira les proprits physico-chimiques permettant de comprendre les mthodes danalyse dactualit : proprits optiques, ractions doxydo- rduction, mthylation des hydroxyles alcooliques, ractions furfuraliques. Parmi les drivs doses, on mentionnera les polyols (glycrol, ribitol, sorbitol, mannitol, inositol), les acides uroniques, lacide ascorbique, le dsoxyribose, les osamines.
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2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.2. Les glucides simples 2.2.2. les osides simples On illustrera la liaison osidique par des exemples diversifis et on dduira de cette diversit la classification des osides. Parmi les oligoholosides, outre les diholosides classiques (saccharose, lactose, maltose) on pourra voquer les -galactosides des graines de lgumineuses . On mettra en relation proprits et structures notamment propos du saccharose, du lactose et du maltose. Ltude des htrosides sera limite leur dfinition et sera illustre par quelques exemples : nuclosides, ONPG. On prsentera les diffrentes mthodes de prparation et danalyse des glucides simples : extraction, fractionnement, purification, identification et dosage. Les proprits des osides prsentant un intrt analytique ou industriel seront soulignes : solubilit, proprits rductrices, caractre hydrolysable ou fermentescible. On voquera la diversit et lorigine des glucides got sucr : - naturels (saccharose, fructose, lactose, miel) ; - sirops de glucose rsultant de lhydrolyse de lamidon ; - polyols ou sucres-alcools obtenus par hydrognation catalytique.
2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.3. Les nuclotides Les formules de ladnine, de la guanine, de la cytosine, de la thymine et de luracile doivent tre connues ainsi que celles des nuclosides correspondants et des trois nuclotides AMP, ADP, ATP. On montrera la complmentarit AT et GC. On indiquera les proprits des bases puriques et pyrimidiques : caractre basique, absorption dans lU.V., stabilit. Par analogie avec les acides amins, on dfinira lion mixte et le pH isolectrique de chaque nucloside phosphate.
2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.4. Les lipides 2.4.1. Les molcules constitutives des lipides simples Pour les acides gras naturels, on dveloppera plus particulirement les proprits prsentant un intrt analytique dactualit. On donnera la nomenclature, la symbolisation et les formules chimiques dacides gras saturs, mono- insaturs et poly-insaturs. La notion dacides gras essentiels sera voque ainsi que la dfinition et la rpartition en deux sries : n-3 ou 3 et n-6 ou 6. On donnera la structure gnrale des alcools gras.
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2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.4. Les lipides 2.4.2. Les homolipides On citera parmi les applications industielles, la fabrication des savons. On dfinira les strides et les crides. On citera quelques exemples dans le domaine de la cosmtologie. Des notions simples seront voques propos des corps gras alimentaires : - distinction entre graisses et huiles ; - diversit des corps gras alimentaires : beurres, margarines, matires grasses composes ; - auto-oxydation des lipides insaturs, protection contre le rancissement.
2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.4. Les lipides 2.4.3. Les htrolipides On mentionnera la prsence et le rle des glycolipides de surface des membranes plasmiques. En partant de lexemple des lcithines, on pourra introduire la notion dagents mulsifiants et prsenter leur diversit.
2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.4. Les lipides 2.4.4. Les autres substances caractre lipidique. On donnera la dfinition des lipides isoprniques. On citera, sans exiger la connaissance des formules, les composs suivants : vitamines A, D, E, K, ubiquinone et plastoquinone, acides biliaires et hormones strodes. On nexigera pas la connaissance des formules lexamen. Parmi les icosanodes, on citera les prostaglandines drivs de lacide arachidonique, sans exiger la connaissance des formules.
2. Les structures molculaires de base et les structures simples 2.4. Les lipides 2.4.5. Les mthodes de prparation et danalyse
3. Les structures macromolculaires 3.1. Les diffrentes forces mises en jeu
3. Les structures macromolculaires 3.2. Les peptides et les protines 3.2.1. Liaison peptidique : structure, proprits
3. Les structures macromolculaires 3.2. Les peptides et les protines 3.2.2. Peptides dintrt biologique
3. Les structures macromolculaires 3.2. Les peptides et les protines 3.2.3 Conformation spatiale des peptides et des protines
On indiquera les principaux agents dnaturants. On soulignera leurs applications au laboratoire et leur importance dans les industries agroalimentaires.
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3. Les structures macromolculaires 3.2. Les peptides et les protines 3.2.4. Proprits physiques et chimiques des protines, applications aux technologies danalyse On dcrira les principales proprits ayant un intrt en analyse : solubilit, absorption de la lumire, diffusion, sdimentation, proprits osmotiques, ionisation, proprits immunologiques. Les proprits essentielles des protines en rapport avec les fabrications seront abordes : - proprits fonctionnelles et/ou de texturation ; - ractions de protolyse et de polymrisation ; - ractions avec les glucides rducteurs : condensations de Maillard et brunissement non enzymatique. On dcrira les diffrentes mthodes de dtermination de la masse molaire molculaire des peptides et des protines : ultracentrifugation, chromatographie dexclusion-diffusion, lectrophorse en gel de polyacrylamide, spectromtrie de masse. A propos du squenage, on prsentera la mthode dEdman et on donnera le principe du squenage par les techniques de la biologie molculaire. On prsentera les diffrentes mthodes de prparation et danalyse des protines (extraction, fractionnement, purification, identification et dosage) : principes, intrt et limites en liaison avec les activits technologiques en biochimie. 3. Les structures macromolculaires 3.2. Les peptides et les protines 3.2.5. Classification des protines : holoprotines, htroprotines On prcisera limportance fonctionnelle des glycoprotines : rle structural (peptidoglycane des parois bactriennes), rle antignique. Une classification des principales protines alimentaires en fonction de leur origine (animale ou vgtale) et de leurs sources (viandes, poissons, uf, lait, graines de crales, graines de lgumineuses) peut tre propose. A cette occasion, la valeur nutritionnelle des diffrentes protines (composition en acides amins indispensables) pourra aussi tre voque. 3. Les structures macromolculaires 3.3 Les polyholosides Le terme de polysaccharide dusage courant au niveau industriel sera introduit. A propos de lamidon, outre les aspects strictement structuraux (amylose et amylopectine), la rpartition et la localisation des deux polymres au sein dun grain damidon seront voques et permettront daborder ses transformations hydrothermiques. Ltude des polyholosides htrognes conduira une prsentation gnrale des hydrocollodes alimentaires (lien avec les agents de texture dans additifs alimentaires ). Le rapport entre structure et proprits fonctionnelles (pouvoir paississant ou pouvoir glifiant) sera tabli. On voquera la notion de fibres alimentaires : en partant de la dfinition restrictive dindigestible glucidique et en prenant appui sur les proprits des polyholosides voques prcdemment, on introduira une dfinition plus fonctionnelle et utilitaire des fibres alimentaires (transit, flore intestinale, prvention des pathologies diverses). On dfinira les deux types de glycoconjugus : glycoprotines et glycolipides. On donnera des exemples lors de ltude des protines dune part, des lipides dautre part. 9 3. Les structures macromolculaires 3.4. Les acides nucliques 3.4.1. LADN On indiquera les caractristiques structurales de lADN : antiparalllisme des 2 brins, complmentarit AT et GC, rapport A+T/G+C, ADN monocatnaire, ADN circulaire, superenroulements. On donnera la localisation cellulaire et les caractristiques de lADN eucaryote, procaryote et viral. On dcrira la mthode de squenage de Sanger. On indiquera les proprits physiques les plus intressantes pour la prparation et lanalyse des ADN : solubilit dans leau et dans lthanol, absorption dans lUV. La dnaturation par fusion thermique sera mise en vidence par lanalyse dune courbe de fusion. A partir de la renaturation, on expliquera le principe de lhybridation molculaire, en liaison avec les activits technologiques en biologie cellulaire et molculaire. On dcrira plus particulirement les mthodes prparatives et analytiques bases sur lquilibre de sdimentation dans un gradient de chlorure de csium.
3. Les structures macromolculaires 3.4. Les acides nucliques 3.4.2. Les ARN On donnera les bases fonctionnelles de la classification des ARN : ARN prmessagers, ARN messagers, ARN de tranfert, ARN ribosomaux, petits ARN nuclaires.
Module 2 Enzymologie
Contenus Repres pour la formation 1. Caractristiques gnrales des enzymes et de la catalyse enzymatique On dfinira les termes suivants : apoenzyme, coenzyme, enzyme cofacteur mtallique, enzyme monomrique et enzyme oligomrique, isoenzyme, proenzyme. On illustrera par des exemples le fonctionnement denzymes (ribonuclase, lysozyme, hydrolase srine, )
2. Cintiques enzymatiques michaeliennes En liaison avec lenseignement dinformatique applique et les activits technologiques en biochimie, la dtermination des paramtres cintiques partir de donnes exprimentales pourrait tre loccasion de diversifier les mthodes utilises : - classiques (mthode des doubles inverses, application de la rgression linaire aux donnes transformes) - nouvelles (utilisation de procds de rgression non linaire).
3. Cintiques enzymatiques non michaeliennes Grce la reprsentation de Cleland, on prsentera les diffrents schmas cintiques. Les cintiques enzymatiques deux substrats ne feront pas lobjet de questions lexamen.
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4. Structure et mode daction des principaux coenzymes On dfinira coenzyme, groupement prosthtique et coenzyme cosubstrat. Le lien entre coenzyme et vitamine sera tabli quand cela est le cas. Les principaux coenzymes tudis (en liaison avec le cours de biochimie mtabolique) seront : - pour les coenzymes doxydo-rduction : NAD , NADP , FAD, acide lipoque ; - pour les coenzymes de transfert de groupements : TPP, coenzyme A, biotine, phosphate de pyridoxal, nuclotides triphosphates.
5. Rgulation de lactivit enzymatique
6. Mthodes dtude de la raction enzymatique, applications aux technologies danalyse
8. Applications de lenzymologie en analyse et en production
Module 3 Bionergtique
Contenus Repres pour la formation 1. Variation denthalpie dune raction En liaison avec le cours de sciences physiques et chimiques, on montrera la relation entre la variation denthalpie libre dune raction et son droulement.
2. Ractions exergoniques et endergoniques En liaison avec le cours de sciences physiques et chimiques.
3. Cas des ractions doxydo-rduction En liaison avec le cours de sciences physiques et chimiques.
4. Couplage nergtique : composs riches en nergie
5. Formation dATP dans les mitochondries, les chloroplastes et les bactries Dans la photosynthse, on diffrenciera les deux tapes : phase lumineuse et phase obscure. On montrera lanalogie entre les ractions photosynthtiques de la phase lumineuse et la respiration mitochondriale.
Module 4 Biochimie mtabolique
Contenus Repres pour la formation 1. Mtabolisme des glucides 2. Cycle de Krebs 3. Mtabolisme des lipides 4. Mtabolisme des composs azots
11 Selon les choix pdagogiques de lquipe enseignante et selon la rpartition des enseignements thoriques et pratiques entre les diffrents professeurs, lenseignement des technologies danalyse pourra : - tre effectu dans le cadre du cours de biochimie et technologies danalyses ; - tre effectu dans le cadre des activits technologiques en analyse biochimique ; - tre rparti entre ces deux enseignements technologiques.
Proposition de rpartition horaire
En tenant compte des deux stages rglementaires de 4 5 semaines en premire anne et de 9 10 semaines en seconde anne, on peut considrer que le programme doit tre assur sur 50 semaines environ. Cest sur cette base que la proposition de rpartition horaire est tablie : - 30 semaines en premire anne soit 60 heures de cours et 30 heures de travaux dirigs ; - 20 semaines en deuxime anne soit 40 heures de cours et 20 heures de travaux dirigs.
Suggestion de rpartition horaire par module
Module 1 Biochimie structurale : 50 heures (+ travaux dirigs)
Module 2 Enzymologie : 20 heures (+ travaux dirigs)
Module 3 Bionergtique : 12 heures (+ travaux dirigs)
Module 4 Biochimie mtabolique : 18 heures (+ travaux dirigs)
Suggestion de progression sur les deux annes de formation
Les manipulations proposes ci-dessous ne sont que des exemples en rapport avec le contenu du programme et ne reprsentent en aucune faon des activits technologiques mettre en oeuvre obligatoirement. Chaque professeur demeure libre de ses choix et conserve toute latitude pour traiter les diffrents items du programme en proposant ses tudiants, des manipulations diffrentes des exemples fournis ci-dessous.
Contenu Exemples de manipulations 1. Prparation et conservation des chantillons et produits Les techniques seront appliques : - aux chantillons (matires premires, produits intermdiaires, produits finis) - aux ractifs. 1.1. Broyage, homognisation Suggestion : broyage de graines de soja en vue du dosage des isoflavones (phyto-oestrognes du soja) par HPLC. 1.2. Minralisation, calcination Minralisation par voie humide avec ou sans micro- ondes. 1.3. Evaporation, dessication Par exemple : vaporation sous vide et obtention dun extrait sec en vue de la dtermination des insaponifiables dune huile vgtale telle que lhuile dAnacarde (huile de cajou utilise en cosmtique et en alimentation dittique) daprs la Norme NFT60205. 1.4. Centrifugation 1.5. Filtration, ultrafiltration 1.6. Prcipitation, relargage 1.7. Dialyse 1.8. Sonication Suggestion : sonication de graines de soja en vue de lextraction des isoflavones 1.9. Distillation
2. Analyses gravimtriques et physicochimiques 2.1. Dtermination du taux de matire sche 2.2. Dtermination du taux de cendres, dtermination des pourcentages de matires organiques et minrales Notion de cendres et calcul du pourcentage de matires organiques et minrales sur un aliment ou une farine. 2.3. Dtermination de la w (activit de leau) On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique 2.4. Dtermination de caractristiques rhologiques dun chantillon On dfinira les diverses caractristiques rhologiques dun chantillon. On mettra en uvre une mthode de mesure dune de ces caractristiques sur un produit agroalimentaire, pharmaceutique ou cosmtique.
On pourra par exemple envisager de dterminer : - la viscosit dun produit pharmaceutique (sirop) ou cosmtique (crme ou lotion) ou agroalimentaire (yaourt, gele) ; - la duret dun comprim pharmaceutique ; - la granulomtrie des sucres en poudre , des farines, des arosols, des micro-capsules pharmaceutiques
13 3. Analyses volumtriques et lectrochimiques 3.1. Dtermination de points dquivalence
On pourra par exemple envisager lanalyse dune huile vgtale : - dtermination de l'acidit des huiles daprs la Norme NFT60204 ; - dtermination de l'alcalinit des huiles daprs la Norme NFT60217 ; - dtermination de l'indice de peroxyde daprs la Norme NFT 60 3.1.2. Mthodes physiques - pHmtrie - Potentiomtrie - Conductimtrie Titrage potentiomtrique et Karl Fischer volumtrique (Bi burette) Possibilits dapplication en agroalimentaire : - indice de peroxyde : huiles alimentaires et produits gras - chlorures : lait, beurre, autres produits laitiers - acide Ascorbique : jus de fruits et aliments - acidit : vin, condiments - teneur en eau . produits alimentaires : poudre de lait, beurre, miel, sirop . produits cosmtiques : crmes, dentifrice, lotions On pourra prsenter les diffrentes techniques de prparation : - centrifugation (exemple pH dun beurre) ; - pressage (exemple pH dun ensilage) ; - lectrodes de pntration (pH dune viande)
3.2. Dtermination de paramtres chimiques par utilisation dlectrodes spcifiques, dlectrodes oxygne En relation avec le programme traitant des techniques enzymatiques 4. Analyses mettant en uvre des mthodes optiques 4.1. Polarimtrie Dosage dun mlange de deux substances optiquement actives (additivit de la loi de Biot). 4.2. Rfractomtrie 4.3. Spectrophotomtrie dabsorption molculaire 4.3.1. UV-Visible On mettra en uvre cette mthode loccasion de la prparation, de lanalyse et du contrle de bioproduits.
Dosage dun mlange de deux substances absorbant deux diffrentes (additivit de la loi de Beer- Lambert) Mthode comparative (talon/essai) Mthode avec gamme de calibrage 4.3.2. IR On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 4.3.3. IRTF On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 14
4.4. Spectrophotomtrie dabsorption atomique On pourra se limiter une prsentation thorique en sappuyant sur lanalyse dlments prsents dans les bioproduits.
On pourra, par exemple, envisager lanalyse de rsidus ou micro-polluants (Plomb). On prsentera la mthode des ajouts doss (dosage du plomb dans leau dadduction ou dans un additif alimentaire). 4.5. Spectrophotomtrie dmission molculaire 4.5.1. Fluorimtrie Contrle de pasteurisation du lait ou de produits laitiers par la dtermination de l'activit de la phosphatase alcaline l'aide de la mthode fluorimtrique (norme NF EN ISO 11816-1.-Lait et produits laitiers). On pourra galement envisager de mettre en oeuvre cette technique pour le dosage de vitamines et (ou) dA.D.N.
4.5.2. Bioluminescence On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 4.5.3. Chimioluminescence On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 4.6. Spectrophotomtrie dmission atomique 4.6.1. Photomtrie de flamme Introduire les notions doligo-lments (Na et K en mission atomique). 4.6.2. Spectrophotomtrie dmission plasma On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 4.7. Photomtrie des milieux troubles 4.7.1. Turbidimtrie 4.7.2. Nphlomtrie
5. Analyses mettant en uvre des techniques chromatographiques
5.1. Chromatographie sur couche mince (CCM). 5.2. Chromatographie en phase liquide basse pression Il sera fait mention de lutilisation prparative de cette technique. 5.2.1. Partage 5.2.2. Adsorption 5.2.3. Affinit Technique tudier en relation avec le programme dactivits technologiques en biologie cellulaire et molculaire. 5.2.4. Gel filtration 5.2.5. change dions 5.2.6. Hydrophobe
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5.3. Chromatographie en phase liquide haute performance (HPLC) isocratique, gradient et dtecteurs associs Il sera fait mention de lutilisation prparative de cette technique. On prsentera les principes des diffrents dtecteurs utilisables y compris le dtecteur spectromtrie de masse. On prsentera la mthode des ajouts doss. On montrera la modification des temps de rtention par variation des gradients, la sparation deux pics co-lus par modification de la phase mobile ou la phase stationnaire ( choix de colonnes). On prsentera lHPLC en phase inverse. Exemple de manipulation : dosage des isoflavones du soja par HPLC (isoflavones : constituants de complments nutritionnels et de produits de parapharmacie). 5.4. Chromatographie en phase gazeuse (CPG), dtecteurs associs On prsentera le principe dexploitation des rapports dabondance relative entre standard et talon interne.
Exemple :dtermination de la composition en acides gras (esters mthyliques) dune huile.
6. Analyses mettant en uvre des techniques lectrophortiques
6.1. lectrophorse sur support des protines Exemples applicables aux industries agroalimentaires et (ou) pharmaceutiques et (ou) cosmtiques : - lectrophorse des protines de blanc duf - lectrophorse des casines du lait. Les techniques proposes aux tudiants devront exclure celles se rattachant aux analyses spcifiques du domaine du diagnostic biomdical. 6.2. lectrophorse SDS-PAGE Exemple : suivi de purification de protines en industrie agroalimentaire et (ou) pharmaceutique. 6.3. lectrophorse en gel dagarose Cette technique sera tudier en relation avec le paragraphe 8.3. : analyses mettant en uvre les techniques de la biologie molculaire . 6.4. lectrophorse capillaire On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 6.5. lectrofocalisation On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 6.6. lectrophorse bidimensionnelle On pourra se limiter une prsentation thorique. Les tudiants devront tre en mesure dexploiter des rsultats exprimentaux obtenus par cette technique. 6.7. Immunolectrophorse Application aux contrles de puret dun ractif. Les techniques proposes aux tudiants devront exclure celles se rattachant aux analyses spcifiques au domaine du diagnostic biomdical.
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7. Analyses mettant en uvre des techniques enzymatiques
7.1. Dtermination dactivits enzymatiques Ces techniques seront mises en oeuvre au cours du suivi dune purification denzyme et de lanalyse des bioproduits.
Suivi dune purification denzyme, notion dactivit spcifique. tude de linfluence des facteurs physico-chimiques sur lactivit enzymatique. tude denzymes immobiliss, denzymes solubles. 7.2. Dosage de substrats par mthode enzymatique 7.2.1. Mthodes en point final 7.2.2. Mthodes cintiques 7.3. Ralisation et utilisation dlectrodes spcifiques (capteurs enzymatiques)
8. Analyses mettant en uvre les techniques de la biologie molculaire
8.1. Extraction et digestion dacides nucliques - Extraction dADN plasmidiques ou chromosomiques et/ou dARN ( partir de microorganismes, tissus vivants animaux ou vgtaux) - Digestion par des enzymes de restriction Techniques ralises in extenso : - extraction ; - purification ; - quantification. Le choix des enzymes de restriction rsulte dun travail prparatoire des tudiants. Lanalyse de la taille des fragments obtenus est ralise par lectrophorse. 8.2. Amplification dacides nucliques par PCR Le choix des amorces rsulte dun travail prparatoire des tudiants. On privilgiera les exemples tirs des secteurs de la rpression des fraudes et de lanalyse vtrinaire. 8.3. Analyse des produits damplification - Prparation des ractifs et matriels - lectrophorse sur gel puis analyse des gels Validation des ractifs. Ralisation des gels dagarose. lectrophorse et lecture.
9. Ralisation doprations unitaires mettant en uvre des techniques biochimiques Voir le programme dactivits technologiques doprations unitaires. 9.1. Ultrafiltration ou change dions Une de ces deux oprations unitaires devra tre mise en uvre au cours de la formation. Ultrafiltration : application au domaine alimentaire ou pharmaceutique pour : - purification ; - concentration de protine ; - sparation de molcules. change dions : application au domaine alimentaire pour : - dminralisation ; - dcoloration ; - sparation de molcules. 9.2. Formulation ou mulsion Une de ces deux oprations unitaires devra tre mise en uvre au cours de la formation. Application au domaine alimentaire, pharmaceutique ou cosmtique. Selon les choix pdagogiques de lquipe enseignante et selon la rpartition des enseignements thoriques et pratiques entre les diffrents professeurs, lenseignement des technologies danalyse pourra tre abord : - soit dans le cadre du cours de biochimie et technologies danalyses ; - soit dans le cadre des activits technologiques en analyse biochimique ; - soit rparti entre ces deux enseignements technologiques. 17
Microbiologie et technologies danalyses
Module 1 Le monde microbien dans les secteurs alimentaire cosmtique et pharmaceutique, 15h Contenu Repres pour la formation 1.Classification des tres vivants
2. Les microorganismes eucaryotes 2.1. Les microalgues On prsentera une structure schmatique des microalgues et des protozoaires et on donnera succinctement leurs caractristiques physiologiques. 2.2. Les protozoaires 2.3. Les champignons microscopiques
3. Les microorganismes procaryotes : les bactries 3.1. Formes et groupements 3.2. Elments structuraux spcifiques intervenant dans les phnomnes de rsistance, dissmination, reconnaissance, attachement, fixation.
3.2.1. La paroi On nenvisagera pas dtude dtaille, complte des peptidoglycanes. A partir de deux exemples, on montrera les diffrences existant entre les structures des peptidoglycanes des bactries Gram + et des bactries Gram -. 3.2.2. La capsule 3.2.3. Les polymres extracellulaires
3.2.4. Les endospores 3.2.5. Les plasmides
3.2.6. Les flagelles 3.2.7. Les pili dadhsion
Module 2 Physiologie des microorganismes, 15h
Contenu Repres pour la formation 1.Besoins nutritionnels
1.1. Besoins lmentaires : source de carbone, dazote, dnergie, de soufre, de phosphore et dlments minraux.
1.2. Besoins en facteurs de croissance 1.3. Interactions nutritionnelles entre populations microbiennes
1.4. Applications la conception et lutilisation des milieux de culture Une prsentation exhaustive des milieux est exclue. Ltude de diffrents milieux empiriques ou synthtiques permettra la mise en vidence des diffrents besoins et leur couverture. 2. Mtabolismes
2.1. Mtabolisme nergtique Types trophiques : phototrophes et chimiotrophes.
On pourra comparer, ventuellement sous forme de 18
2.2. Les fermentations
tableaux, la photosynthse des diffrents types de microorganismes photosynthtiques. On fera ressortir les points communs et les diffrences des modes de production dATP par chimiotrophie : donneur et accepteur dlectrons, systme dentranement
Cette prsentation pourra tre conduite partir de schmas ractionnels montrant les diffrences de produits terminaux. On insistera sur les enzymes essentielles.
2.3. Les autres voies cataboliques : catabolisme azot, catabolisme lipidique.
2.4. Les synthses
3. Croissance des micro organismes
Module 3 Agents antimicrobiens, 15h
Contenu Repres pour la formation 1. Les agents chimiques utiliss pour la conservation des bio produits
1.1. Conservation des aliments
On explicitera le mode daction des conservateurs et on prsentera les consquences de leur action sur la flore de laliment.
1.2. Conservation des cosmtiques et des mdicaments
On tudiera les qualits requises et les critres de choix des principaux conservateurs antimicrobiens. On prsentera succinctement la lgislation relative aux conservateurs.
2. Les agents chimiques utiliss dans les oprations de nettoyage et de dsinfection :
On insistera sur les facteurs physico-chimiques influenant lactivit des antiseptiques et des dsinfectants lors de leur utilisation. 2.1. Les dtergents
On dfinira et on expliquera laction de nettoyage. 2.2. Les dsinfectants On dfinira et on expliquera laction de dsinfection. On insistera sur les diffrentes procdures de nettoyage et de dsinfection effectuer, selon la classification des locaux en zones risque.
3. Les agents chimiques utiliss en thrapeutique : 3.1 Les antiseptiques 3.2 Les antibiotiques
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Module 4 Systmatique des microorganismes, 5h
Contenu Guide pour la formation 1.Principe et mthodes de la taxonomie bactrienne 1.1. Supports de la classification phnotypique 1.2. Supports de la classification gnotypique
2. Identification probabiliste Etude de caractres morphologiques et biochimiques.
3. Systmatique des groupes microbiens intressant les bio-industries
Module 5 Les flores utiles en microbiologie industrielle, 15h
Contenu Repres pour la formation 1. Etude des souches et des levains 1.1. Les bactries lactiques, actiques, les levures et les moisissures On prsentera succinctement leurs caractristiques structurales et taxonomiques. 1.2. Slection des souches et des levains
1.3. Amlioration On dveloppera mutations et agents mutagnes, transferts de matriel gntique naturels et artificiels 1.4. Conservation des souches
On pourra aborder une prsentation comparative des mthodes, leurs avantages et leurs inconvnients. La lyophilisation sera traite en Sciences et Technologies Bio industrielles.
2. Production des souches et levains 2.1. Les tapes de la production 2.2. Production de biomasse : suivi des principaux paramtres de la croissance On analysera et on exploitera des rsultats exprimentaux. 2.3. Conditions de croissance
On analysera et on exploitera des rsultats exprimentaux.
3. Diffrents types de production de mtabolites 3.1. Mtabolites primaires : 3.2. Mtabolites secondaires : antibiotiques 3.3. Bioconversions 3.4. Production de vaccins On dfinira la problmatique gnrale. On mentionnera les souches industrielles productrices de mtabolites primaires et secondaires. On tudiera un exemple de chaque type de production.
4. Elaboration daliments, transformation
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Module 6 Les agents daltration de la qualit marchande et sanitaire des bioproduits, 25h
Contenu Repres pour la formation 1. Origine des flores daltration 1.1. Flores dorigine exogne 1.2. Flores dorigine endogne
2. Flores daltration de la qualit marchande 2.1. Flore msophile arobie 2.2. Flores bactriennes daltration slectionnes par les caractristiques physico-chimiques du bioproduit A traiter en relation avec le module filires, produits, procds du cours de sciences et technologies bioindustrielles. 2.3. Flores bactriennes daltration lies au mode de fabrication et de conservation A traiter en relation avec le module filires, produits, procds du cours de sciences et technologies bioindustrielles. 2.4. Flore fongique
3. Flores indicatrices de laltration de la qualit sanitaire On abordera leurs caractristiques structurales et taxonomiques. On insistera sur la valeur dindice de ces diffrents germes indicateurs de contamination fcale. 3.1. Coliformes et coliformes thermotolrants 3.2. Escherichia coli 3.3. Enterobacteriaceae 3.4. Streptocoques fcaux 3.5. Spores de bactries anarobies sulfito rductrices et spores de Clostridium sulfito rducteur
4. Les bactries pathognes responsables de TIA(C) 4.1. Rle du terrain 4.2. Bactries agissant principalement par leur pouvoir invasif
On placera cette tude dans le contexte des bio- contaminations survenant dans les bio industries. On indiquera les aspects physiopathologiques de linfection. 4.2.1. Bactries entroinvasives 4.2.2. Autres bactries 4.3. Bactries agissant par la production dune toxine
On placera cette tude dans le contexte des bio- contaminations survenant dans les bio industries. On indiquera les aspects physiopathologiques de linfection.
4.3.1. Bactries agissant par la scrtion dune entrotoxine
On prsentera le modle de Vibrio cholerae ou des ETEC et un modle dintoxination par Staphylococcus aureus ou Bacillus cereus. 4.3.2. Bactries agissant par la scrtion dune neurotoxine
4.4. Notions dpidmiologie
5. Les moisissures productrices de mycotoxines
6. Les algues productrices de toxines
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7. Les parasites On prsentera les parasitoses dorigine alimentaire, les caractristiques morphologiques des parasites concerns sous forme de schmas comments. Le cycle de vie des parasites sera tudi succinctement partir dun schma fourni. Seul le cycle de Toxoplasma gondii sera tudi de faon approfondie.
7.1. Helminthes 7.2. Protozoaires
Module 7 Prvention des biocontaminations et contrle des bioproduits, 10h
Contenu Repres pour la formation 1. Prvention des bio contaminations 1.1. Conception et hygine des locaux (surface et matriel, sol) nettoyage, dsinfection.
1.2. Etude de larobiocontamination, salles atmosphre contrle. On prsentera la flore microbienne de lair et on montrera les facteurs influenant sur sa composition (air extrieur ou air ambiant, nature de lactivit dans le local). On dfinira poussires et arosols et on donnera les classes dempoussirement. On mentionnera en particulier les risques lis la prsence de Legionnella pneumophila.
1.4. Slection et stockage des matires premires 1.5. Eaux de fabrication, de lavage, de rinage 1.6. Conditionnement aseptique
2. Contrles des bioproduits 2.1. Les critres microbiologiques 2.2. Les mthodes de contrle
2.3. Les niveaux de contrles dans la fabrication 2.4. Les tapes du contrle
Un ou des exemples pourront tre utiliss pour prsenter les diffrentes tapes. 2.5. Mthodes de quantification 2.6. Mthodes de recherche et didentification
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Activits technologiques en analyse microbiologique
Module 1 Observations et culture des microorganismes
Contenus Repres pour la formation 1. Techniques microscopiques Etat frais et colorations Les observations et descriptions auront lieu tout au long de la formation et notamment lors des identifications.
2. Techniques de culture Les observations et descriptions des aspects macroscopiques auront lieu tout au long de la formation et notamment lors des identifications. A propos de lutilisation des milieux de culture, on pourra - analyser des compositions de milieux de culture en prcisant le rle des diffrents constituants ; - tablir des tableaux comparatifs mettant en vidence les rles des constituants de plusieurs milieux ; - classer les constituants des milieux de culture en les regroupant en catgories. 2.2. Prparation et contrle de lefficacit des milieux La prparation des milieux sera valide en utilisant des souches de rfrence. 2.3. Culture en arobiose et sous diffrentes atmosphres On mettra en uvre, au cours de la formation, les procds suivant pour obtenir lanarobiose : - rduction des milieux de culture : rgnration, rduction chimique (composs rducteurs) et biologique ; - conditionnement en tube troit ; - rduction de latmosphre : enceintes anarobies, jarres
3. Techniques de conservation Bactries et champignons, souches de rfrence, souches industrielles et levains
3.1. Repiquage On pourra confier aux tudiants lentretien dune souche sur milieu pauvre par subcultures successives avec vrification rgulire dun certain nombre de caractres. 3.2. Conglation La revivification dune souche congele pourra tre suivie dun contrle de puret, de contrle de viabilit et dune identification. 3.3. Lyophilisation
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Module 2 Identification des microorganismes
Contenu Repres pour la formation 1. Techniques microbiologiques classiques On dveloppera une dmarche dorientation raisonne. Lorsque la nature de la souche le permettra, on pratiquera galement la dmarche propre lidentification numrique (probabiliste). On nexigera pas des lves une mmorisation de tous les caractres mais seulement des caractres dorientation de lidentification et des caractres spcifiques des souches les plus importantes.
2. Techniques immunologiques
3. Techniques de biologie molculaire Lapplication de ces techniques pourra faire lobjet dun travail interdisciplinaire : activits technologiques en microbiologie et activits technologiques en biochimie dune part, activits technologiques en microbiologie et activits technologiques en biologie cellulaire et molculaire dautre part.
Module 3 Quantification et suivi de croissance
Contenu Repres pour la formation 1. Techniques de quantification des microorganismes 1.1. Mesure du nombre
1.1.1. Comptage microscopique Le comptage en cellule pourra tre ralis loccasion de suivi de croissance de levures. Suggestions : - mthode de Breed pour contrler la densit des ferments dun yaourt, la viabilit dun levain, - pifluorescence (DEFT) pour le dnombrement de la flore totale du lait ou lors dun suivi de croissance de levures ou de bactries lactiques. 1.1.2 Comptage automatique 1.1.3. Dnombrement aprs culture Ces techniques seront mises en uvre loccasion des contrles microbiologiques. On pourra galement les utiliser pour - tablir une corrlation entre absorbance et densit microbienne ou entre talons de MacFarland et densit microbienne ; - comparer plusieurs techniques appliques au dnombrement dune mme catgorie de microorganismes (ex : coliformes) 1.2. Mesure de la biomasse Les mthodes pourront tre mises en uvre lors des suivis de croissance. La mthode pondrale sera prfrentiellement utilise pour mesurer la biomasse en dbut et en fin de culture en fermenteur. 1.3. Mesure de lactivit Suggestion : Comparaison de lactivit acidifiante de diffrentes souches lactiques par dosage de lacide lactique.
24 2. Etude du suivi de croissance en milieu non renouvel
Cette tude constituera un pralable indispensable la conduite de fermentation en pilote ralise en opration unitaire. 2.1. Suivi de la production de biomasse 2.2. Etude de la croissance en prsence dun agent antimicrobien Suggestions : - Influence de la prsence dun antibiotique sur la croissance ( ex : ampicilline et ferments du yaourt) - dtermination de la CI 50 .
2.3. Etude de la croissance en prsence de vitamines 2.4. Etude de la croissance lors de linfection phagique de levains Suggestion : - utilisation de la technique des suspensions dilutions et de celle des microgouttes ou spots.
Module 4 Etudes relatives aux agents antimicrobiens
Contenu Repres pour la formation 1. Etude de la sensibilit des souches aux agents antimicrobiens On ralisera les ensemencements par la technique de lcouvillonnage. Suggestions : - ralisation dantibiogrammes hors du contexte thrapeutique lors des contrles de qualit avec de souches-tests, selon les textes officiels en vigueur. - dterminations de CMI en macro et micromthodes en milieu liquide et de CMI en milieu solide.
2. Recherche et dosage dun agent antimicrobien dans un bioproduit
Suggestions : - recherche et dosage dantibiotique dans le lait ou dosage dans un mdicament, - dtermination du pouvoir inhibiteur intrinsque PII dans un produit cosmtique.
3. Contrle de lefficacit dun conservateur
Suggestion : - contrle dun conservateur antimicrobien dans un produit cosmtique (Challenge-test selon la Pharmacope) ou dans un produit alimentaire.
4. Dtermination de lactivit bactricide dun antiseptique et/ou dun dsinfectant
5. Evaluation de lactivit bactricide de radiations UV Suggestion: - exposition dune population standardise de microorganismes des doses croissantes de radiations et tude de linfluence des radiations sur un caractre mtabolique.
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Module 5 Contrles microbiologiques
Contenu Repres pour la formation 1. Contrles de la qualit microbiologique des bioproduits - Aliments : - Produits cosmtiques - Mdicaments
2. Contrles de strilit :
3. Contrles de pollution des locaux et contrle de lhygine du personnel On pourra mettre en uvre des techniques classiques : botes contact, Petrifilms, couvillonnage suivi de culture. On pourra prsenter, parmi les techniques rapides, la technique dcouvillonnage suivie de mesure par ATPmtrie (thorie). On pourra mettre en uvre pour la mthode statique, la sdimentation. On pourra prsenter pour la mthode dynamique, laspiration et la projection sur support nutritif (biocollecteur).
Module 6 Oprations unitaires de microbiologie
Lune des deux oprations aura lieu en 1 re anne et lautre en 2me anne, de prfrence avant le stage en milieu professionnel.
Contenu Repres pour la formation 1. Ralisation dune production en fermenteur pilote
Les modules 1,2,3 seront traits au cours de la premire anne de la formation . Les comptences dveloppes dans les modules 1 et 2 serviront tout au long de la formation. Le module 3 est un pralable lopration unitaire fermentation.
26 Biologie cellulaire et molculaire
Les six modules de ce programme doivent tre traits sur les deux annes de formation , ce qui reprsente un volume horaire global de 100 heures (60 en premire anne et 40 en seconde). La rpartition de cet horaire entre ces diffrents modules peut se faire selon la base suivante :
Comme cela a t dj signal dans le rfrentiel des comptences, savoirs et savoir-faire , l'organisation de cet enseignement doit tre l'objet d'une concertation pralable , entre les enseignants impliqus pour tablir une progression pdagogique coordonne. Cette progression devra tre construite en rfrence deux types de contraintes : - celles lies la comprhension des contenus : la construction du programme a conduit l'existence de domaines partags
thme microbiologie biologie cellulaire sciences et biochimie et technologies molculaire bio- industrielles
mthodes d'tude des cellules dans cette discipline acides nucliques application la rplication structure et proprits classification transcription physiques et gnotypique des chimiques microorganismes plasmides avantages adaptatifs structure et transfert vecteurs de clonage protines synthse protique structure et proprits physiques et chimiques membrane structure bactrienne transport de mcanismes substances chez les bactries interactions dans cette discipline molculaires (lipides- lipides ; lipides - protines et protines acides nucliques)
- celles lies l'organisation retenue dans l'tablissement pour les activits technologiques de biologie cellulaire et molculaire.
Si l'organisation retenue est conforme la proposition de rpartition de ces sances donne dans ce guide, elle impose , naturellement, que soient traits, ds la premire anne, les modules 3 et 4 du cours .
27 Des rapprochements et des associations entre parties de module peuvent permettre une meilleure comprhension des phnomnes.
Module 1 Biologie cellulaire
Contenu Repres pour la formation 1. Mthodes d'tude de la cellule 1.1. Techniques d'examen microscopique Dans les techniques d'examen microscopique, on insistera sur la microscopie fluorescence. 1.2. Techniques de sparation, de purification et de La cytomtrie de flux sera prsente et son importance marquage cellulaire souligne. 1.3. Techniques de fractionnement cellulaire
2. Etude des structures et ultrastructures cellulaires
Les objectifs essentiels de ce chapitre.sont, dune part, de faire ressortir les diffrences entre cellule eucaryote cellule procaryote, dautre part, dinsister sur l'aspect dynamique des structures cellulaires, faire le lien entre les ultrastructures et la localisation des phnomnes mtaboliques. 2. 1. Membranes cellulaires 2. 1. 1. Architecture membranaire : la membrane
Les structures l'origine de la cohsion tissulaire (desmosomes et light-junctions) seront prsentes dans ce chapitre. L'tude du systme endomembranaire (rticulum et appareil de Golgi; lysosomes, endosomes ) sera l'occasion d'insister sur les phnomnes d'adressage cellulaire et de prsenter un exemple de scrtion de protine. Lors de l'tude du rticulum endoplasmique lisse, il parait intressant de privilgier son rle dans la dtoxification des xnobiotiques
2.5. Noyau et constituants nuclaires 2.5. 1. Noyau des cellules eucaryotes 2.5.2. Chromosome bactrien
2.6. Ultrastructures spcifiques de la cellule vgtal 2.6. 1. Paroi cellulaire 2.6.2.Vacuole 2.6.3. Chloroplastes
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3. Communications entre cellules eucaryotes par message chimique La prsence de ce thme dans ce programme se justifie par son importance dans le cadre de l'tude des mdicaments et des cultures cellulaires . Il sera donc construit dans cette optique.
3. 1. Diffrentes catgories de messagers : hormones,
L'inventaire des diffrentes catgories de messagers ne sera pas dtaill ; il s'agit simplement , travers un ou deux exemples de chaque catgorie, de montrer caractres communs et diffrences.
3.2. Rcepteurs cellulaires
On dgagera l'importance de la notion de transduction du signal. Les exemples choisis comprendront les cas d'un neurotransmetteur, d'un messager chimique agissant par l'intermdiaire d'une protine G, d'un rcepteur - enzyme, enfin d'un messager de type strode.
4. Cycle cellulaire et mort des cellules eucaryotes 4. 1. Cycle cellulaire : phases et rgulation
4.2. Diffrenciation cellulaire 4.3. Drglements du cycle : transformationcellulaire 4.4. Mort cellulaire : ncrose et apoptose
De faon simple, on envisagera: le rle des cyclines dans la rgulation du cycle (horloge cellulaire ), les mcanismes et l' importance de l'apoptose, les consquences de la transformation cellulaire sur la structure et les proprits des cellules.
Module 2 Pharmacologie et toxicologie
Contenu Repres pour la formation 1. Elments de physiologie
1. 1. Compartiments liquidiens de l'organisme: composition et changes
On prsentera les diffrents compartiments liquidiens de l'organisme (intracellulaire, extracellulaire, transcellulaire). On dfinira le milieu intrieur et on mettra en vidence les changes entre compartiments. 1.2. Elments de physiologie digestive et rnale
Les lments de physiologie digestive comprendront un rappel sur l'existence et l'importance du systme porte hpatique, une prsentation des sites d'absorption, du rle de la muqueuse intestinale, de la prise en charge, sanguine ou lymphatique, des substances absorbes. En physiologie rnale, on se limitera une prsentation simple de la formation de l'urine au niveau des nphrons, en dfinissant les phnomnes de filtration glomrulaire, de rabsorption et de scrtion tubulaires l'origine de cette formation.
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2. Elments de toxicologie 2. 1. Dfinitions ; les diffrents types de toxicit
2.2. Mthodes d'tude et d'valuation de la toxicit d'une substance (animal entier, tissu, organe, culture cellulaire , culture bactrienne, extrait acellulaire On dfinira les diverses formes de toxicit (aigu, subaigu et chronique), les mthodes d'valuation de la toxicit aigu (DMM, DL 50 ) et chronique (dose sans effet dose journalire admissible, DJA). On prsentera les tudes mettant en vidence une toxicit gntique , un effet cancrogne et un effet tratogne . Les tudes pralables la mise sur le march d'un mdicament font partie du cours de sciences et technologies bio- industrielles.
3. Absorption, distribution et mtabolisme des xnobiotiques
3. 1. Voies d'absorption
3.2. Transport sanguin et distribution tissulaire
3.3. Biotransformations et dtoxifications
3.4. Voies d'excrtion
3.5. Mthodes d'investigation On soulignera l'importance de la concentration plasmatique pour le suivi du devenir d'un xnobiotique. Les termes ou paramtres suivants utiliss en pharmacocintique seront dfinis : temps de vie, aire sous la courbe (ASC ) , biodisponibilit. L'volution de la concentration plasmatique d'un mdicament sera tudie plus particulirement dans les cas suivants : administration par voie orale et intraveineuse ; organisme assimil un seul compartiment et deux compartiments. L'accent sera mis sur le rle du foie dans ce domaine. A travers quelques exemples de toxiques ou de mdicaments, on tudiera le rle des enzymes hpatiques.
4. Modes et sites d'action des mdicaments notions de pharmacodynamie
On prsentera les courbes dose - effet, la dfinition et la dtermination de la dose efficace 50. On donnera une classification faisant apparatre les grandes catgories de mdicaments. On montrera le rle des biotransformations des mdicaments. A laide de quelques exemples, on montrera la diversit et le rle des rcepteurs cellulaires aux mdicaments ainsi que les ractions intermdiaires permettant daboutir leffet physiologique recherch.
Module 4 Biologie molculaire
Contenu Repres pour la formation 1. Gnome et expression
1. 1. Organisation molculaire des gnomes eucaryote et procaryote 1.2. Rplication de l'ADN 1.3.Transcription de l'ADN 1.3.1 . Sites, mcanismes et rgulation 1.3.2. Modifications post - transcriptionnelles
1.4. Traduction 1.4.1 . Code gntique 1.4.2 . Sites et mcanismes 1.4.3 . Modifications post -traductionnelles 1.4.4. Mcanismes d'adressage On tudiera la structure des plasmides lors de la prsentation du gnome procaryote, en soulignant la plasticit du gnome, lie aux transferts de matriel gntique . On voquera les gnomes mitochondrial et chloroplastique. On fera rfrence la localisation cellulaire des phnomnes de rplication, transcription et traduction chez les eucaryotes et chez les procaryotes. On pourra citer des exemples de mdicaments ou de toxiques agissant sur ces processus. Pour la transcription de l'ADN chez les eucaryotes, on rappellera que ce mcanisme concerne les diffrents types d'ARN.
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2. Modifications du gnome et gnie gntique
2. 1. Mutations et mcanismes de rparation de l'ADN 2. 1.1 . Altrations de la structure de l'ADN nature, origine et consquences 2.1.2. Mcanismes de rparation
2.2. Transferts gntiques 2.2. 1. Transferts chez les procaryotes conjugaison, transformation et transduction 2.2.2. Transferts chez les eucaryotes
On prsentera des exemples d'agents mutagnes et des altrations qu'ils entranent.
On prsentera la correction des msappariements et la correction par recombinaison.
On tudiera ce transfert dans le cadre du gnie gntique.
2.3. Gnie gntique 2.3. 1. Dfinition des termes 2.3.2. Les outils du gnie gntique : enzymes, vecteurs de clonage,...
2.3.3. Prsentation des tapes successives du clonage et des stratgies de clonage
2.3.4 Exemples d'application
31 Activits technologiques en biologie cellulaire et molculaire
Module 1 : Techniques de culture des cellules eucaryotes
Contenu Repres pour la formation 1. Prparation et tude des cellules
1.1 Sparation des cellules
1.2 Observation et reconnaissance microscopiques
1.3 Dnombrement en cellule de comptage
2. Obtention dune culture primaire
2.1 Prlvement de fragment dorgane ou de tissu, dorigine animale et vgtale.
2.2 Obtention et contrle des cellules dintrt (dilacration, broyage, centrifugation ou autre mode de sparation).
2.3 Prparation des milieux de culture
2.4 Mise en culture
2.5 Suivi de lvolution
On dcrira le fonctionnement des hottes flux laminaire , de ltuve dioxyde de carbone et du microscope invers
Suggestion : on pourra partir , pour les cellules animales, d un uf embryonn ou dun organe (rate, ) , et , pour les cellules vgtales d un organe, dun fragment dorgane, de mristme,....
3. Conservation et entretien dune ligne cellulaire
3.1 Prparation des milieux de culture et du matriel.
3.2 Dconglation et ensemencement.
3.3 Repiquage dune culture (observation du tapis cellulaire, conduite de la trypsination, dnombrement cellulaire et ajustage, ensemencement ) .
3.4 Prparation des suspensions conserver, quantification et conservation par ou azote liquide
4. Mise en vidence et quantification dun effet cytotoxique sur des cellules en culture
4.1 Effet cytotoxique dune molcule ou dune substance par une mthode spectrophotomtrique
Suggestion : on pourra prendre comme exemple la mthode utilisant le MTT 32
4.2 Effet cytopathogne dune souche virale ou vaccinale
5. Obtention dun vitroplant par micropropagation in vitro
Module 2 : Mise en uvre de mthodes danalyse utilisant des anticorps
Les diffrentes techniques de caractrisation et didentification utilisant les anticorps seront mises en uvre sur les produits les plus varis relevant du domaine des bio-industries (analyse de produits alimentaires, cosmtiques ou pharmaceutiques).
Les exemples proposs ne sont bien sr quindicatifs, dautres sont envisageables.
Contenu Repres pour la formation 1. Analyses fondes sur une raction dimmunoagglutination ou dimmunoprcipitation
1.1 Recherche et caractrisation, par raction dimmunoagglutination, de molcules et de microorganismes ou de virus
1.2 Recherche et caractrisation de molcules par raction dimmunoprcipitation
1.2.1double diffusion en glose 1.2.2 lectrosynrse
1.3 Dosage de molcules par raction dimmunoprcipitation
Suggestion : on pourra choisir comme exemple dapplication lidentification des Salmonella, la recherche et lidentification de lentrotoxine staphylococcique
2. Analyses faisant intervenir des anticorps marqus
2.1 Recherche et caractrisation dune molcule, un microorganisme ou un virus par raction dimmunofluorescence
33 2.2 Dtection de molcules ( toxines, pesticides, protines,... ) et microorganismes par raction immunoenzymatique, par immunocapture
2.3 Dosage de molcules par raction immunoenzymatique
2.4 Etablissement ou adaptation dun protocole de dosage dune molcule par une raction immunoenzymatique Suggestions : on recherchera des microorganismes, par exemple Salmonella, ou E.coli (par Blot Elisa )
3. Purification d une molcule par une mthode faisant intervenir des anticorps fixs
Module 3 Techniques de biologie molculaire
Contenu Repres pour la formation 1. Extraction dacides nucliques
1.1Broyage et lyse cellulaire
1.2 Extraction dADN plasmidique par lyse alcaline et dADN chromosomique
1.3 Dprotinisation .
1.4 Analyse qualitative et quantitative par spectrophotomtrie U.V.
2. Utilisation des endonuclases de restriction
3. Amplification dacides nucliques par PCR
4. Analyse de fragments nucliques par lectrophorse
5. Mise en uvre dune technique dhybridation
6. Mise en uvre dune analyse ou dun contrle. Dtection par hybridation molculaire
34 Sciences et Technologiques Bioindustrielles
Module 1 Qualit
35 heures rparties en : - premire anne : 15 heures de cours - seconde anne : 20 heures de cours
Les volumes horaires pour chaque partie sont donns titre indicatif.
Contenu Repres pour la formation 1. Les diffrents concepts qualit (2 heures) On dfinira ces termes et on montrera laccroissement des exigences quils reprsentent, en sappuyant, par exemple sur les donnes historiques.
2. Les signes de la qualit (8 heures) Certification des produits : on prsentera les principaux signes de qualit franais et europens, les tapes de la cration dun signe de qualit et la dmarche dobtention de ce signe en soulignant le rle du laboratoire de contrle. Certification dentreprise : - on prsentera la norme ISO 9001 en insistant sur limplication du laboratoire de contrle dans le respect de ses exigences, - on abordera succinctement la norme ISO 14001. Accrditation du laboratoire : on prsentera la norme ISO 17025, on prcisera, ce propos, les exigences des Bonnes Pratiques de Laboratoire (BPL).
3. Mthodologie (5 heures) On prsentera succinctement lAMDEC. On tudiera lHACCP : ses principes seront expliqus ; le rle prpondrant du laboratoire de contrle dans ltablissement et dans la surveillance des limites critiques sera soulign laide de plusieurs exemples choisis dans divers secteurs dactivit.
4. Le contrle de qualit (20 heures) Mtrologie : en liaison avec les BPL et les exigences des normes ISO, on tudiera la matrise des moyens de mesures : instruments (performances, vrification, talonnage) et mthodes (choix, performances, validation). Contrle qualit : aprs avoir prsent les diffrents types de contrle, on abordera les notions fondamentales de risque et defficacit dun contrle statistique, on expliquera limportance des paramtres dchantillonnage et leur dtermination. A laide dexemples prcis, on expliquera ltablissement dune carte de contrle la moyenne pour un contrle en cours de fabrication et la dtermination dun plan dchantillonnage pour un contrle rception.
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Module 2 Filires, produits, procds
Les oprations unitaires peuvent tre traites en relation avec les filires correspondant au tissu industriel rgional. De mme les exemples de matriel industriel peuvent tre pris dans cet environnement industriel. Les contrles et analyses raliss sur les matires premires, sur les lignes de fabrication, sur les produits finis seront justifis par les risques daltration, les contraintes rglementaires, les objectifs de qualit et damlioration continue. Les techniques analytiques seront tudies et ventuellement mises en uvre durant les enseignements et activits technologiques de biochimie, microbiologie, biologie cellulaire et molculaire.
Procds
Contenu Repres pour la formation
On illustrera pour chacune des oprations la diversit de ses applications laide dexemples.
Oprations de conservation
On prsentera en introduction les diffrents procds de conservation des bio-produits selon leur mode daction : sur la temprature, sur lhumidit, sur le pH, sur la composition (salage, sucrage, agents conservateurs), sur loxygne (atmosphre modifie, enrobage, vide partiel) et par irradiation, par fumage. On explicitera les objectifs de ces procds de conservation.
Conglation - Principe - Paramtres de fonctionnement et leur influence sur le produit - Equipements
On dfinira conglation, surglation, dconglation et on indiquera leurs effets sur le produit. On soulignera limportance de la vitesse de conglation et les consquences des cycles conglation-dconglation sur le produit. On introduira la notion de temprature de fusion commenante selon la nature du produit. On abordera lvolution du produit durant le stockage et les contrles ncessaires. A partir dun document, on prsentera un exemple de matriel industriel (en relation avec la filire tudie) dont on expliquera le fonctionnement ainsi que les contrles mis en place.
Pasteurisation, strilisation - Dfinitions - Principes - Dfinitions de D (temps de rduction dcimale) et Z - Dtermination des valeurs strilisatrice et pasteurisatrice - Influence et optimisation des paramtres - Appareillages : traitement thermique des produits conditionns et des produits en vrac
Cette opration fait lobjet dune activit sur pilote dans le cadre du programme activits technologiques en microbiologie . On traitera les effets de ces traitements sur les qualits nutritionnelles et organoleptiques des produits. A partir dun document, on prsentera un exemple de matriel industriel (en relation avec la filire tudie) utilis pour un produit conditionn et pour un produit en vrac ainsi que les contrles mis en place.
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Atomisation - Principe - Influence et optimisation des paramtres de fonctionnement - Equipements.
Lyophilisation - Principe - Cycle de la lyophilisation - Equipements
En relation avec le programme de biochimie et technologie danalyse, on fera la relation entre conservation et a w . On dfinira lhumidit dun produit, sa teneur en eau. On montrera les avantages et inconvnients de ces procds par rapport aux autres techniques de schage.
Schage - Principe, objectifs - Paramtres de fonctionnement et leur influence sur la qualit du produit - Equipements
On tudiera les effets de cette opration sur le produit (modifications biochimiques, pertes darmes, modifications physiques et mcaniques). et on envisagera linfluence des caractristiques des matires premires et des conditions de schage sur la qualit du produit. On justifiera les contrles mis en place. On prsentera sur un exemple en relation avec la filire tudie le fonctionnement dun matriel industriel ainsi que les contrles associs.
Fumage - Principe - Composition des fumes - Effets recherchs et effets indsirables - Equipements
On abordera les paramtres technologiques influant sur la composition de la fume. On prsentera un exemple dinstallation industrielle en relation avec la filire tudie, son fonctionnement ainsi que les contrles associs.
Ionisation - Rglementation, domaines dapplication et doses utilises - Effets des radiations ionisantes - Equipements
En relation avec le programme de sciences physiques et chimiques. On prsentera, partir dun document, un exemple dinstallation industrielle en relation avec la filire tudie, son fonctionnement et les contrles associs. Centrifugation - Principe - Paramtres de fonctionnement et leur influence sur les produits - Equipements
On pourra tudier, partir dun document, le fonctionnement dune centrifugeuse assiettes.
Filtration - Principe - Paramtres de fonctionnement - Adjuvants de filtration - Equipements
On prsentera, partir dun document, un exemple dinstallation industrielle en relation avec la filire tudie, son fonctionnement ainsi que les contrles associs.
Procds membranaires
On fera une prsentation gnrale des procds membranaires (UF, OI, MFT, lectrodialyse, pervaporation), de leurs applications, de leurs associations. Suggestion : lutilisation de ces techniques pour la sparation et la valorisation des constituants du lait permet dillustrer limportance de ces techniques et la diversit des produits obtenus. 37
Osmose inverse, ultrafiltration - Principes, dfinition - Paramtres de fonctionnement - Diffrents types de membranes et modules - Equipements
Lultrafiltration peut faire lobjet dune activit sur pilote dans le cadre du programme activits technologiques en analyse biochimique . On tudiera les facteurs influant sur le flux de permat : (pression diffrentielle transmembranaire, dbit dalimentation, concentration, temprature )et les facteurs limitant les performances (polarisation, couche de gel). On dfinira : slectivit des membranes, seuil de coupure, taux de conversion. On comparera les diffrents types de membranes : permabilit, slectivit, rsistance. On prsentera, partir dun document, un exemple dinstallation industrielle en relation avec la filire tudie, son fonctionnement ainsi que les contrles associs.
Lchange dions peut faire lobjet dune activit sur pilote dans le cadre du programme activits technologiques en analyse biochimique . On dfinira : affinit, capacit, stabilit. On tudiera le fonctionnement cyclique de lchange dions. On prsentera, partir dun document, un exemple dinstallation industrielle en relation avec la filire tudie, son fonctionnement ainsi que les contrles associs.
Fermentation - Diffrents procds - Equipements - Paramtres de fonctionnement et leur optimisation - Capteurs, leur rgulation - Analyses en ligne - Acquisition et traitements de donnes - Extraction et purification des produits
Cette opration fait lobjet dune activit sur pilote dans le cadre du programme des activits technologiques en analyse microbiologique. On prsentera les diffrents types de bioracteurs, et leurs composants , la rgulation des paramtres de fonctionnement, les analyses et contrles effectus. On traitera les mthodes de sparation et de purification des produits partir dun exemple. Conditionnement aseptique - Procds - Contrles
Conditionnement sous atmosphre modifie - Principes et objectifs - Procds et quipements
A partir dun exemple en relation avec la filire tudie, on tudiera le fonctionnement dune installation et les contrles associs. On illustrera la diversit des applications. Emulsion - Dfinition, diffrents types dmulsion - Equipements -Stabilit des mulsions, autres contrles
Mlange - Paramtres intervenant dans les mlanges - Equipements - Contrle de lhomognit des mlanges - Conservation des mlanges
Cette opration peut faire lobjet dune activit exprimentale dans le cadre du programme activits technologiques en analyses biochimiques . 38
Filires, produits
Cette partie doit tre traite en troite et constante relation avec les cours et activits technologiques des enseignements professionnels. Compte tenu de lhoraire imparti, de la complexit et de la diversit des bioindustries, cet enseignement ne peut tre considr que comme une premire approche. Il sagit de donner les cls de comprhension indispensables.
Contenu Repres pour la formation 1. Industrie pharmaceutique
1.1. Le mdicament 1.1.1. Dfinition, composition 1.1.2. Rglementation, pharmacope 1.1.3. Procdure de mise sur le march
1.2. Recherche-dveloppement : tapes et tudes intervenant dans la mise au point dun mdicament
1.3. Diffrentes formes galniques 1.3.1. Formes solides 1.3.2. Formes liquides injectables et non injectables 1.3.3. Formes pteuses
1.4. La fabrication 1.4.1. Les Bonnes Pratiques de Fabrication 1.4.2. Les oprations de fabrication
1.5. Analyses et contrles
1.6. Exemple dune production : la production dun antibiotique 1.6.1. Diagramme de production 1.6.2. Oprations unitaires 1.6.3. Analyses et contrles
On illustrera partir dexemples la notion de principe actif, dexcipient.
A partir dun exemple, on montrera les diffrentes tapes : - tudes prliminaires - tude de la production au laboratoire - tudes analytiques - tudes pharmacologiques - tudes de la production et des mthodes de contrle - essais cliniques
En relation avec le module qualit. On soulignera limportance de la pharmacope. On prsentera les principales oprations : pulvrisation, mlange, dissolution, filtration, dispersion, strilisation.
2. Industrie cosmtique
2.1. Les produits cosmtiques 2.1.1. Classification, rglementation 2.1.2. Composition, substances interdites et substances soumises restriction 2.1.3. Tests dinnocuit 2.1.4. Altrations
2.2. La fabrication 2.2.1. Formulation 2.2.2. Oprations unitaires
2.3. Analyses et contrles
On montrera les points communs de cette industrie avec lindustrie pharmaceutique.
La formulation peut faire lobjet dune activit technologique en analyse biochimique.
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2.4. Exemple de fabrication : production dune crme 2.4.1. Diagramme de production 2.4.2. Oprations unitaires 2.4.3. Analyses et contrles
Cette production sera tudie en relation avec laspect formulation dun produit.
3. Industrie alimentaire
3.1. Les produits alimentaires 3.1.1. Classification : les diffrentes gammes 3.1.2. Additifs - Dfinition et classification : . agents sensoriels : dulcorants et colorants ; . agents de texture : hydrocollodes, paississants, glifiants ; . agents de conservation : conservateurs, antioxygnes ; . agents finalit nutritionnelle : vitamines, minraux, acides amins.
- Demande dautorisation : dossier technique et toxicologique.
3.1.3. Aspects rglementaires - Etiquetage - Dure de conservation (date limite de consommation,)
3.2. Le lait et les produits laitiers 3.2.1. Le lait - Dfinition, composition - Proprits physico-chimiques - Qualit du lait - Altrations - Analyses et contrles
3.2.2. Laits traits thermiquement - Dfinitions, rglementation - Lignes de fabrication, oprations unitaires - Evolution de la microflore - Influence du traitement sur les qualits sanitaires, nutritionnelles et organoleptiques - Analyses et contrles
On dfinira les diffrents types dadditifs et on donnera des exemples en relation avec les filires et produits de ce programme.
En liaison avec le cours et les activits technologiques de microbiologie.
Lister et classer les composants du lait selon leur nature biochimique et leur importance. On traitera les proprits physicochimiques et la composition du lait en relation avec la qualit du lait : matire grasse, matire azote, matire minrale, biocatalyseurs.
Laits pasteuriss, laits striliss.
40 3.2.3. Lait en poudre - Ligne de fabrication et oprations unitaires - Analyses et contrles
3.2.4. Lait ferment : exemple du yaourt - Dfinition, rglementation - Lignes de fabrication et oprations unitaires - Analyses et contrles
3.2.5. Fromages - Classification, rglementation - Ferments utiliss (en liaison avec le cours de microbiologie) - Un exemple de fabrication : lignes de fabrication, oprations unitaires, analyses et contrles
3.2.6. Produits drivs : lactosrum, lactose, concentrs de protines - Lignes de fabrication, oprations unitaires - Analyses et contrles
3.3. Les ufs et les ovoproduits 3.3.1. ufs - Structure, composition, caractristiques physiques, chimiques et microbiologiques - Proprits fonctionnelles 3.3.2. Ovoproduits - Dfinitions, rglementation - Cassage duf - Contamination et altration - Traitements : pasteurisation, concentration, ultrafiltration et osmose inverse, dsucrage, schage - Analyses et contrles - Exemples dutilisation
3.4. Les viandes et les produits carns 3.4.1. Les viandes - Composition - Obtention des viandes : abattage, viscration, maturation, stockage ; - Contaminations, altrations - Analyses et contrles
3.4.2. Un exemple de produit carn : le saucisson sec - Matires premires, ferments de maturation, additifs - Etapes de fabrication - Analyses et contrles
On dfinira les proprits recherches des poudres de lait : composition, densit, taille des poudres, mouillabilit, solubilit, dispersibilit et on en tudiera les consquences sur les procds et les contrles.
On sintressera aux accidents de fabrication (dfaut du got , dapparence, de texture) et leurs origines.
A partir dexemples, on prsentera une classification : fromage frais, pte molle, ptes persilles, pte cuite, fromage fondu. Rglementation . IGP, AOP A partir dun document, on tudiera les diffrentes tapes de la fabrication dun fromage qui peut tre choisi en fonction de la production rgionale. On donnera les caractristiques du produit fini et les contrles associs.
En relation avec les techniques membranaires.
Les techniques de conservation des ovoproduits illustrent la diversit des procds mis en uvre : pasteurisation, ionisation, conglation, concentration sous vide ou par filtration sur membrane (UF, OI) schage par atomisation. Cette filire peut donc constituer (selon implantation rgionale) un support privilgi pour ltude des oprations unitaires.
Le dsucrage est une opration de conservation par une technique fermentaire ou une technique enzymatique qui peut tre mis en uvre dans les activits technologiques de microbiologie et de biochimie. On dressera un tableau des utilisations industrielles des ovoproduits.
On traitera les principales transformations survenant dans le muscle aprs labattage et lors de la maturation (pH, rtention deau, potentiel oxydo-rducteur, couleur) et on soulignera limportance de la temprature.
On soulignera lvolution du produit au cours de la fabrication (fleur, pte, flaveur).
41 3.5. Les produits de la pche 3.5.1. Poissons, crustacs, mollusques - Classification - Altrations, contaminations - Analyses et contrles
3.5.2. La conservation du poisson - Conglation, fumage, appertisation, salage, schage
3.6. Le bl, la farine 3.6.1. Bl - Structure et composition dun grain de bl - Identification varitale - Analyse de la qualit des crales
3.7. Les eaux 3.7.1. Eaux de consommation - Classification, rglementation - Critres organoleptiques - Critres physicochimiques - Critres microbiologiques
3.7.2. Eaux de procds - Dfinition - Traitement, dsinfection, adoucissement, dminralisation, dessalement - Exemple dutilisation : brasserie
3.8. La bire 3.8.1. Matires premires, levures, additifs 3.8.2. Lignes de fabrication, oprations unitaires. Analyses et contrles
On traitera les contaminations biologiques (phycotoxines), les contaminations chimiques traduisant une altration (histamine, ABVT) ou rsultant dune concentration de contaminants (mercure).
On sintressera notamment aux caractristiques physiques influant sur le broyage (masse volumique, duret, teneur en eau).
On envisagera les critres de qualit des farines (puret, teneur en eau, protines et gluten, caractristiques enzymatiques des farines, qualits plastiques des ptes).
Dautres exemples sont envisageables.
4. Matrise des rejets des bioindustries 4.3. Effluents liquides 4.3.1. Caractristiques 4.3.2. Rglementation 4.3.3. Un exemple de traitement
4.4. Effluents gazeux 4.4.1. Nature 4.4.2. Analyses et contrles 4.4.3. Un exemple de traitement 4.5. Dchets 4.5.1. Rglementation 4.5.2. Un exemple de valorisation de coproduits
Suggestion :pandage ou procd biologique arobie.
Suggestion : procd biologique, adsorption.
Cet exemple sera pris dans lune des filires tudies. 42
Bibliographie
Gnie Industriel Alimentaire Tome 1 : les procds physiques de conservation Tome 2 : les techniques sparatives Auteurs : Mafart, Bliand Edition :Tech et doc
Les cahiers de LENS.BANA Leau dans les procds de transformation et de conservation des aliments Edition : Tech et doc
Les cahiers du gnie industriel alimentaire Ecole Nationale Suprieure des Industries Agricoles et Alimentaires Divers Auteurs
Lassurance qualit dans les laboratoires agroalimentaires et pharmaceutiques Coord. : Feinberg Edition : Tech et Doc
Guide pratique danalyses dans les industries des crales Auteurs : Godon, Loisel Edition : Tech et Doc
Ionisation des produits alimentaires Coord. : Vasseur Edition : Tech et doc
Fraudes alimentaires : approche rglementaire et mthodologie analytique Coord : Ducauze Edition : Tech et doc
Les sparations par membrane dans les procds de lindustrie alimentaire Auteur : Achiau Edition : Tech et Doc
Science et technologie du lait Auteur : Viguola Presses internationales polytechnique
Gnie des procds appliqu lindustrie laitire Auteur : Jeantet Edition Tech et doc
Initiation la technologie fromagre Auteur : Mahant Edition : Tech et Doc
Luf et les ovoproduits Auteur : Thapon Edition : Tech et Doc 43
Bires et coolers Coord. : Moll Edition : Tech et Doc
Mthodologie exprimentale : mthodes et outils pour les exprimentations scientifiques Auteur : Balo Edition : Tech et Doc
Revues : Process Revue des Industries Alimentaires
44 Droit du travail , scurit et sant au travail
Le module 1 de ce programme a pour objectif de donner les lments essentiels au futur salari . Compte tenu de lhoraire limit imparti, de la complexit du droit du travail et de son caractre trs volutif , cet enseignement ne peut tre conu que comme une premire approche. Il sagit de donner les cls de comprhension indispensables et les repres, qui permettent de sintgrer dans lorganisation collective et de pouvoir aussi suivre les volutions de la lgislation et du droit .
Les trois thmes suivants ont t privilgis:
les diffrentes sources du droit du travail et leurs articulations
lorganisation de la relation individuelle entre salari et employeur : le contrat de travail
lorganisation des relations collectives entre salaris et employeur
Module 1 Lgislation et droit du travail
Contenu Repres pour la formation 1. Employeurs et salaris :
1.1. les employeurs : secteur priv et secteur public : la fonction publique lentreprise : dfinition, pouvoirs du chef dentreprise les organisations demployeurs du secteur priv : les branches professionnelles au niveau interprofessionnel
1.2. les salaris : dfinition la reprsentation des salaris : les syndicats la reprsentation dans lentreprise : le dlgu syndical ; la section syndicale le dlgu du personnel
le comit dentreprise le comit dhygine, scurit
On prsentera des exemples de branches des secteurs dans lesquels travaillera le titulaire du diplme
45 et conditions de travail. les lections professionnelles
2.Le droit du travail : les sources et la hirarchie des textes
2.1. les textes manant du pouvoir lgislatif : directives europennes lois
2. 2. les textes manant du pouvoir excutif : dcrets, arrts, circulaires
2. 3. les textes conventionnels :
la ngociation collective : les partenaires sociaux les niveaux de la ngociation : interprofessionnel, branche , entreprise les principaux types daccord conventionnel : accord national interprofessionnel accord et convention de branche ; convention collective accord dentreprise
2. 4. la jurisprudence
2. 5. le rglement intrieur
2. 6. la hirarchie des textes
On mettra en vidence la multiplicit des sources de ce droit ainsi que leur hirarchisation
On distinguera les normes dorigine supra nationale et dorigine nationale On signalera limportance des directives europennes et le problme de leur transposition dans le droit national
On dfinira et on prsentera le Code du travail , regroupement des textes lgislatifs et rglementaires en vigueur
On pourra prsenter quelques institutions paritaires : UNEDIC,.
On prcisera les domaines couverts par les conventions collectives ainsi que leur champ dapplication. On dfinira en particulier les grilles de classification des emplois
On dfinira la jurisprudence et on insistera sur son importance
Cet exemple du rglement intrieur permettra dindiquer quen application de son pouvoir de direction ,le chef dentreprise peut dicter des rgles
3. Emploi et statut du salari
3.1. le contrat de travail : dfinition et lments obligations respectives du salari et de lemployeur principaux types de contrats de travail : CDI et CDD modifications du contrat de travail
46 rupture du contrat : dmission, arrt ou licenciement
3. 2. la dure lgale du travail
3. 3. le bulletin de salaire
3.4. les droit attachs la formation et la qualification :
la formation professionnelle continue la validation des acquis de lexprience
3. 5 . la scurit au travail
obligations de lemployeur obligations du salari
3. 6. cas des fonctionnaires : le statut de la fonction publique
On distinguera les motifs de licenciement : motif conomique et licenciement pour faute On prsentera les principales causes darrt (ou suspension) :maladie, accident du travail, cong de formation,...
On dfinira la qualification professionnelle.
On pourra insister sur limportance de la formation continue dans le cadre de lvolution professionnelle
On traitera ce point en liaison avec le module 2 de ce programme. On insistera sur la dfinition des droits de retrait et dalerte. 4. Justice du travail
4.1. Principaux types de conflits du travail
4.2. Principales juridictions impliques :
juridiction civile : conseil des prudhommes juridiction pnale
On distinguera les litiges individuels , entre salari et employeur et les litiges collectifs.
On signalera que la nature de la juridiction concerne est en fonction de la nature du litige. 5. Contrle du respect de la rglementation
5.1. LInspection du travail
5.2. Principales missions de linspection du travail
6. Le march du travail : recherche dun emploi ; recrutement
6.1. Procdures de recrutement dans la fonction publique 6.2. Procdures de recrutement dans le secteur priv 6.3. LANPE 6.4.Techniques de recherche demploi
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Bibliographie sommaire :
Droit du Travail (collection Mmentos, diteur Dalloz ) , par Jean Maurice Verdier , Alain Coeuret et Marie - Armelle Sourniac
Notions fondamentales de droit (ditions Foucher) par M. Fontaine, R. Cavalerie, D. Fouilh et J. A. Hassendorfer
La lgislation du travail (collection Repres pratiques Nathan) par F. Charoux et Y. Jeaneau
Site du ministre des affaires sociales ( www.travail.gouv.fr )
Le Code du travail est consultable sur www.legifrance .gouv.fr
Le site de lINRS (www.inrs.fr ) met en ligne un certain nombre de dossiers (CHSCT, veille rglementaire ... )
48 49 Equipements
Complments d'quipements indispensables lis la rnovation
Descriptif du matriel Nombre Cot approximatif
Thermocycleur gradient 1 8 000 Bain thermostat sec pour microtubes Eppendorf 1 1 200 Hotte spciale pour PCR sur table roulante 1 2 000 Equipement lectrophorse (lectrophorse sur gel) 1 7 500 Microcentrifugeur 2 1 200 l'unit, soit:2 400 Ecran masque protecteur anti UV 2 300 l'unit, soit: 600 Pilote complet de pasteurisation ou de strilisation avec: - quipements annexes - mesure et rgulation - acquisition et traitement de donnes 1 48 000 Pilote complet d'ultrafiltration ou d'change d'ions avec: - quipements annexes - mesure et rgulation - acquisition et traitement de donnes 1 48 000 Pilote complet d'mulsion avec: - quipements annexes - mesure et rgulation - acquisition et traitement de donnes 1 40 000 Pilote complet de fermentation (10 L) avec: - quipements annexes - mesure et rgulation - acquisition et traitement de donnes 1 48 000 Appareil de lissage d'eau pour production d'eau ultrapure 1 5 000 Chambre d'incubation agitateur orbital 1 5 300 Spectrofluorimtre ou HPLC gradient avec dtecteur UV barrette de diodes et dtecteur fluorimtrique ou bioanalyseur ou spectrophotomtre UV-visible avec thermostatisation 1 24 000 Total 240 000
P.S. A ce listing, s'ajoute, en fonction de l'existant des tablissements, des postes de scurit microbiologique type II, rpartir dans les laboratoires de microbiologie, de biologie cellulaire et molculaire, en salle de cultures cellulaires et en salle de prparation.