Tutoriel Zotero2

Module ED : "Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation.
"
Gérer ses références bibliographiques : Zotero
Présentation et
utilisation du
logiciel Zotero (TP)
Elise TANCOIGNE
Julie MARIN
Catherine MORGE
Département Systématique et Evolution

Direction des Bibliothèques et de la Documentation -
tancoigne@mnhn.fr - jumarin@mnhn.fr - morge@mnhn.fr
24 - 25 - 26 janvier 2011
Gérer ses références bibliographiques
Zotero
Présentation Les outils de recherche : Sauvegarder et partager
Installation les filtres, la recherche Zotero
Structure
simple et avancée Sauvegarder par copie locale
Les marqueurs "Portable" Zotero
La recherche simple et Importer et exporter des
avancée bibliographies
Débuter avec Zotero
Créer un compte distant : la
Importer des références
synchronisation
depuis un catalogue de
bibliothèque Gérer une bibliographie Partager Zotero
La colonne de gauche L'ajout rapide
Importer des références Depuis le menu contextuel
depuis une base de données : Intégrer Zotero dans Open
Web of science Office
Importer des PDF
Gérer et trier les références :
colonne du milieu, le contenu
des collections
Gérer et enrichir les
références : colonne de droite,
les valeurs ajoutées
Module ED : "Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation."
Présentation
Installer Zotero
Zotero est un logiciel de gestion de références bibliographiques gartuit produit par le Center of History and New Media. Zotero est une exten-
sion de Firefox et s'installe comme un plugin du navigateur. Il est téléchargeable à l'adresse : http://www.zotero.org
Ce support de formation est basé sur la version 2.0 de Zotero .
Dans Firefox, ouvrir Zotero soit en utilisant le raccourci clavier Ctrl+Alt+Z, soit en cliquant sur l’icône Zotero en bas à droite.
Une fenêtre apparaît alors en bas de page : c’est Zotero.
3
Structure : les trois colonnes de Zotero
Zotero permet de collecter, de gérer , et de partager des références bibliographiques, des documents en PDF, des pages Web, des images et
vidéos, etc.
Colonne de gauche :
Contient par défaut le dossier "Ma bibliothèque" dans lequel se trouve collecté toutes les références.
• Organisation des références par création des dossiers et sous-dossiers (ou collections et sous-collections).
• Gestion de la liste des dossiers et sous-dossiers créés par l’utilisateur dans lesquels sont classées les références.
Colonne du milieu :
• Gestion des références : affiche le contenu du dossier ou sous-dossier sélectionné dans la colonne de gauche.
• Tris des références
Colonne de droite :
• Affichage des éléments de la référence sélectionnée dans la colonne du milieu.
• Gestion des valeurs ajoutées aux références : infos, notes, pièces jointes, marqueurs ou tags, etc.
Action :
Le bouton Action donne accès aux paramé-
trages de Zotero.
Action —> Préférences.
Nous y reviendrons tout au long du TP.
4
Débuter avec Zotero
Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque : l’exemple du Sudoc 1/2
Une fois installé Zotero repère automatiquement sur les pages Internet visitées les éléments bibliographiques lorsque les sites visités sont
compatibles.
Exemple de recherche : eubacteri* phylogen* dans le Sudoc dans tous les mots de la notice.
Dans la barre d’adresse du navigateur

sur la page d’affichage des résultats
une icône jaune de type "Dossier" ap-
paraît .
Lorsqu’il n’y a qu’une seule notice bi-
bliographique sur la page web, l’icône
dans la barre d’adresse est bleue : on
rajoute alors les références bibliogra-
phiques une à une.
5
Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque : l’exemple du Sudoc 2/2
Clic sur l’icône jaune —> Liste des

références bibliographiques que l’on peut
ajouter : sélectionner / désélectionner et
valider avec OK.
On peut importer les notices une a une ou
toutes ensembles "Select All".
Par défaut les références sont
importées dans le dossier
"Ma Bibliothèque".
"Ma bibliothèque" contient la totalité des
références sélectionnées, celles-ci peuvent
être organisées en collections en créant des
dossiers et sous-dossiers. On peut créer
autant de dossiers et sous-dossiers que
nécessaire.
Pour classer les références dans les divers
dossiers et sous-dossiers il suffit d’utiliser
un glisser / déposer.
Les collections de références peuvent ainsi
être organisées de façon thématique, mais
on peut aussi bien choisir d’autres
organisations.
Si une collection déjà existante a été
sélectionnée préalablement à l’import, la
liste de références va automatiquement être
classée dans la collection choisie
(apparaissant en surbrillance).
6
Colonne de gauche : gestion des dossiers et des sous-dossiers
Clic gauche —> créer une nou-

velle collection
Clic droit sur une collection —>

menu contextuel, gestion des col-
lections, création de sous ensem-
bles à l'intérieur d'une collection
existante.
Classer les références dans les

dossiers et et sous-dossiers.
Et voilà le résultat :
Mini-exercice : Recommencer une recherche dans le Sudoc avec escherichia coli phylogen* et limiter les résultats aux thèses
(version de soutenance). Puis importer les références dans Zotero dans une sous-collection E. Coli.
7
Importer des références depuis une base de données : Web of science
Se connecter à la base de données et rechercher : Topic=(escherichia coli) AND Topic=(phylogen*)

Limiter les résultats à : Subject Areas=( EVOLUTIONARY BIOLOGY )
Puis à Document Type = (REVIEW)
Ajouter aux références bibliographiques existantes sur le même sujet en cliquant sur l’icône de la barre de navigation.
Ne pas hésiter à utiliser le Clipboard avant l'ajout des notices.
8
Importer des PDF

Lorsqu’on récupère des références
bibliographiques depuis une base de données
contenant des documents en texte intégral
Zotero peut récupérer les fichiers PDF
associés aux notices bibliographiques et les
indexer.
Pour cela faire en deux temps :
• "Actions" "Préférences"
"Recherche", installer les deux
programmes (.exe) puis redémarrer le
navigateur.
• "Actions" "Préférences"
"Générales" et cocher la case : "Joindre
automatiquement les fichiers PDF
associés lors de la sauvegarde d’un
élément". Les fichiers PDF sont stockés
par défaut dans le dossier Profiles de
Firefox.
Selon les plateformes, soit le PDF est

importé automatiquement soit il sera
possible de l’importer en faisant glisser
l’icône dans une référence sélectionnée au
préalable.
Si aucune référence n’a été sélectionnée, le
fichier PDF sera importé de façon
indépendante.
Mini-exercice :
Depuis la plateforme JSTOR faire une
recherche sur anura* AND phylogen* et
importer 1 ou 2 références dans un dos-
sier Anuran.
9
Gérer et trier les références : colonne du milieu, le contenu des collections
Les Tris
Par défaut, les références sont classées par ordre alphabétique de titre. Un clic en haut des colonnes "Titre" ou "Créateur" permet de modifier
l'orde des tris. Le petite icône placée à l’extrême-droite permet d’ajouter ou de modifier les tris.
Les diverses icônes à gauche des titres indiquent le type de document : livres, thèses, articles de revues, etc.
Les Fonctionnalités
Ajouts manuels
Cliquer sur le bouton "Nouvel élément" pour rajouter manuellement des références bibliographiques : livre, chapitre de livre, article
de revue, thèses, etc. Mais aussi d’jouter des liens vers des fichiers, voire des copies de ceux-ci.
Cliquer sur le bouton "Créer un nouvel élément à partir de la page courante" permet d’ajouter une référence à un site Web ou à une
page en cours.
Cliquer sur le bouton "New Note" pour ajouter une note à une référence ou une note indépendante.
Cliquer sur le bouton "New Child Attachment" pour joindre à une référence existante une capture d’écran ou un lien vers la page Web
en cours ou bien pour joindre un fichier ou un lien vers un fichier stocké en local.
10
Gérer et enrichir les références : colonne de droite, les valeurs ajoutées 1/2
Lorsqu’une référence est sélectionnée dans la colonne du milieu, on peut consulter et modifier les informations sur l’onglet "Info".
Type de
document
Modifier les infos

+ et -
Prise de notes : l’onglet "Notes".permet l’ajout de commentaires annexés à une référence particulière dans un gestionnaire de texte type Word
permettant des mises en page.
Mini-exercice :
Sélectionner une référence JSTOR et importer un abstract en note.
11
Gérer et enrichir les références : colonne de droite, les valeurs ajoutées 2/2
L’onglet "Marqueurs" (ou tags) permet la

suppression ou l’ajout de mots clés qui
apparaîtront ensuite dans la colonne de gauche
de Zotero.
On peut par exemple ajouter des marqueurs
aux références qui en sont dépourvues. Soit on
rajoute le marqueur de façon manuelle
(bouton ajouter) soit on fait glisser une
référence sur un marqueur déjà existant pour
lui attribuer ce marqueur.
Les marqueurs ajoutés manuellement sont
bleus, les importés sont orange.
Mini-exercice : Sélectionner une référence du Web of Science et importer les Keyword Plus en marqueurs.
L’onglet "Connexe".permet de lier entre elles

des références classées dans des collections
diverses (par exemple du même auteur) ou
bien des articles en plusieurs parties classés
dans le même dossier....
12
Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée 1/2

Les marqueurs
Pour masquer ou visualiser les marqueurs utiliser la fonction de type menu déroulant dans la colonne de gauche en bas de l’espace contenant
l’arborescence des collections. Un bouton de couleur arc-en-ciel permet de cacher par défaut les marqueurs.
Diverses options permettent de filtrer les références : case à cocher, clicks sur les marqueurs… Chaque mot clé est cliquable, ils sont autant
de filtres que l’on peut appliquer successivement aux collections.
Selon les sources des références les collections seront plus ou moins richement indexées, les imports automatiques des marqueurs ne sont
pas systématiques.
Les marqueurs peuvent permettre d’ajouter des filtres personnalisés permettant par exemple de filtrer ensuite les références par chapitres.
Cliquer sur le bouton "Tout désélectionner" pour désélectionner les marqueurs et revenir à l'ensemble des références.
La recherche simple
Tous les textes présents dans les divers champs des références bibliographiques, les mots des marqueurs ainsi que les textes des PDF et des
notes sont indexés donc "cherchables".
13
Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée 2/2

La recherche avancée (les collections dynamiques)
En cliquant sur la loupe à côté du formulaire de recherche on ouvre une fenêtre de Recherche avancée et on peut alors combiner autant de
termes que l’on souhaite.
Opérateurs booléens de la recherche avancée.

Correspond :
"A toutes les" = AND, ET /
"Au moins à une" = OR, OU
On peut rajouter autant de critères que né-
cessaires en utilisant les + à droite des for-
mulaire.
Lancer la recherche.
Une fois le résultat affiché on peut le sauve-

garder sous forme d’une recherche dynami-
que : "Enregistrer la recherche".
L’avantage de ce type de collection est qu’elle
s’actualise automatiquement : toute référence
ajoutée ultérieurement et correspondant à la
recherche va venir s’intégrer automatique-
ment dans la collection ainsi créée.
14
Gérer une bibliographie 1/4

L’ajout rapide
Ouvrir un traitement de texte ou toute autre application acceptant l’ajout d’un

texte par glisser-déposer.
Sélectionnez un ou des références bibliographiques dans la colonne du milieu
Faire glisser cette sélection dans l’application à l’endroit désiré :
• Maintenir le bouton gauche de la souris appuyé et placer quelques se-
condes le pointeur de la souris sur l’application active dans la barre de tâ-
che. Lorsque la fenêtre de l’application s’ouvre faire glisser les références
• Ou utiliser le raccourci Alt-Tab (Windows) ou Pomme-Tab (Mac).
Le format de citation est celui sélectionnée par défaut. Ce format peut être vu et
modifié dans les préférences de Zotero : Action —> Préférences —> Exporta-
tion.
Pour obtenir plus de styles Aller dans Actions —> Préféren-

ces —> Styles : Obtenir des styles supplémentaires.
15
Gérer une bibliographie 2/4

Depuis le menu contextuel
Sélectionner les notices concernées puis ouvrir le menu contextuel (clic droit de la souris) :
"Créer une bibliographie à partir des documents sélectionnés".
Sélectionner une recherche dynamique ou une collection puis ouvrir le menu contextuel (clic droit de la souris) :
"Créer une bibliographie à partir de la recherche / collection enregistrée".
Choisir le style : Chicago, NLM

(pour articles de revues), autres…
Et le format du fichier.
16
Générer une bibliographie 3/4

Intégrer Zotero dans Open Office 1/2
Les plugins pour traitements de texte sont des extensions Firefox, qui installent les composants nécessaires dans le traitement de texte.
Une fois qu’un plugin est installé, Firefox proposera automatiquement d'installer les mises à jour.
Sinon on peut aussi aller chercher les mises jour dans Outils Modules complémentaires Extensions puis cliquer sur Rechercher les mi-
ses à jour
Pour installer les plugins dans Word ou dans la suite Open Office aller dans Actions Assistance et Documentation
Rechercher OpenOffice LibreOffice ou aller à l’adresse http://www.zotero.org/support/word_processor_plugin_installation
Une fois le plugin installé une barre d’outils supplémentaire apparaît dans le traitement de texte.
Pour insérer une cita-

tion cliquer sur le
bouton le plus à gau-
che "Insert citation"
Le contenu de Zotero
apparaît en pop-up
sur le document
ouvert.
Sélectionner un
document, ajouter si
on le souhaite un
numéro de page et
cliquer sur OK.
Prévisualisation en
cliquant sur le bouton
"Montrer l’éditeur".
Sélections multiples
en cliquant sur le
bouton "Sources
multiples".
17
Générer une bibliographie 4/4

Intégrer Zotero dans Open Office 2/2
Le bouton "Edit citation" permet de

revenir et de modifier une citation
Le bouton "Insert Bibliography"

permet d’insérer la bibliographie à la
fin du travail.
Le bouton "Refresh" permet de

remettre à jour les citations après des
modifications (ajouts, retraits, etc.)
Le bouton "Set document

preferences" permet de changer à
tout moment de style de
présentation.
Créer un style : http://www.zotero.org/styles
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Sauvegarder et partager Zotero 1/3

Sauvegarder par copie locale
Lien vers un fichier : crée un lien vers un fichier en local. "Enregistrer le lien..." et "Capturer la page courante" offrent les fonctionnalités
équivalentes pour les pages Web visitées.
Par défaut les fichiers sont stockés dans le dossier Profiles de Firefox :
WIN XP : C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<randomstring>\zotero
WIN Vista : C:\Users\<User Name>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\<randomstring>\zotero
MAC : /Users/<username>/Library/Application Support/Firefox/Profiles/<randomstring>/zotero
Pour créer un espace de stockage local il est également possible de cliquer sur le bouton "Actions" "Préférences" "Avancées"
Afficher le dossier contenant les données, le sauvegarder en local et/ou sur un support externe.
"Portable" Zotero
• Installer Portable Firefox sur votre clé ou votre disque dur externe.
• Aller dans "Actions" —> "Préférences" et vérifier que la case "Utiliser le répertoire de profil de Zotero" est cochée.
• Fermer toutes les sessions de Firefox et copier la totalité du dossier Zotero sur votre clé ou disque dur externe
• Ouvrir Zotero dans Portable Firefox aller dans "Actions" —> "Préférences" et aller chercher le dossier Zotero avec "Choisir…".
• Intégrer le dossier.
• Zotero redémarrera Firefox avec vos références.
Importer et exporter des bibliographies
Il est possible d’importer des bibliographies dans Zotero dans les formats suivants : Zotero,
MODS (Metadata Object Description Schema), BibTeX, RIS, Refer/BibIX, Dublin Core non quali-
fié.
Il est possible d’utiliser ces fonctions d’imports et d’exports pour transférer des réfernces d’une
machine à une autre ou d’un système de gestion des références bibliographiques à un autre.
Toutefois il n’est pas recommandé de transférer une bibliographie complète (pertes des liens
Zotero).
Une aide personnalisée est disponible sur le site pour Endnote.
19

Créer un compte distant : la synchronisation
Il est aussi possible de créer un compte distant pour stocker les références bibliographiques et les pièces jointes.
Cliquer sur le bouton "Actions" "Préférences" "Synchronisation"
Créer un compte.
• Il est parfois nécessaire de ré indexer les contenus : Action —> Préférences —> Recherche —> Reconstruire l’index.
• La création d’un compte distant ne dispense pas d’effectuer des sauvegardes régulières.
• Attention à la confidentialité des comptes sur le Web
20

Partager Zotero
Nota bene : pour ajouter

des pièces jointes aux réfé-
rences bibliographiques par-
tagées il faut le spécifier
dans le paramétrage de la
bibliothèque partagée. L’es-
pace est décompté de l’es-
pace gratuit (10 Mo) dont
dispose le propriétaire du
groupe.
21
Citer un document
Noter une référence bibliographique correctement : pourquoi ?
Cela doit permettre :
• D'identifier sans équivoque le document auquel il est fait référence
• De le retrouver aisément dans ses notes de travail, dans une base de données,...
• De le localiser facilement dans les catalogues de bibliothèques
On relève les références bibliographiques soit pour son usage personnel, soit pour rédiger une bibliographie. Dans le premier cas le relevé de
la référence peut être extrêmement succinct : numéro doi par exemple. Dans le second cas, on doit respecter dans les travaux universitaires
des règles et des normes de citation. Ces standards ou normes sont édités au plan international :
Norme ISO 690-1 http://web.archive.org/web/20070930165113/http://www.collectionscanada.ca/iso/tc46sc9/standard/690-1f.htm
Norme ISO 690-2 (documents électroniques)
http://web.archive.org/web/20070611182122/http://collectionscanada.ca/iso/tc46sc9/standard/690-2f.htm
Ces normes internationales connaissent des variantes dans leur application, on parle alors de style : Vancouver, AAA, AMA, etc.
Lorsqu'on utilise un logiciel de gestion de références bibliographiques, les références importées sont déjà en grande partie normalisées comme
on a pu le voir
Sites à visiter :
• Guides et tutoriels de l'URFIST de Paris

• http://urfist.enc.sorbonne.fr/ressources/guides-et-tutoriels
• Guides mis en ligne par les bibliothèques de l'Université d'Alberta avec en particulier le style APA
http://www.library.ualberta.ca/guides_fr/#citationstyle
http://www.library.ualberta.ca/guides_fr/citation/index.cfm
22

Tutoriel Zotero2

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Structure : les trois colonnes de Zotero

Nous y reviendrons tout au long du TP.

Débuter avec Zotero

Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque : l’exemple du Sudoc 1/2

Dans la barre d’adresse du navigateur

Importer des références depuis un catalogue de bibliothèque : l’exemple du Sudoc 2/2

Clic sur l’icône jaune —> Liste des

Colonne de gauche : gestion des dossiers et des sous-dossiers

Clic gauche —> créer une nou-

Clic droit sur une collection —>

Classer les références dans les

Importer des références depuis une base de données : Web of science

Se connecter à la base de données et rechercher : Topic=(escherichia coli) AND Topic=(phylogen*)

Importer des PDF

Selon les plateformes, soit le PDF est

Gérer et trier les références : colonne du milieu, le contenu des collections

Modifier les infos

L’onglet "Marqueurs" (ou tags) permet la

L’onglet "Connexe".permet de lier entre elles

Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée 1/2

Les outils de recherche : les filtres, la recherche simple et avancée 2/2

Opérateurs booléens de la recherche avancée.

Une fois le résultat affiché on peut le sauve-

Gérer une bibliographie 1/4

Ouvrir un traitement de texte ou toute autre application acceptant l’ajout d’un

Pour obtenir plus de styles Aller dans Actions —> Préféren-

Gérer une bibliographie 2/4

Choisir le style : Chicago, NLM

Générer une bibliographie 3/4

Pour insérer une cita-

Générer une bibliographie 4/4

Le bouton "Edit citation" permet de

Le bouton "Insert Bibliography"

Le bouton "Refresh" permet de

Le bouton "Set document

Créer un style : http://www.zotero.org/styles

Sauvegarder et partager Zotero 1/3

Importer et exporter des bibliographies

Sauvegarder et partager Zotero 2/3

Sauvegarder et partager Zotero 3/3

Nota bene : pour ajouter

• Guides et tutoriels de l'URFIST de Paris

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