TEMA-G2B CHAP2-Rappels de BM 20191207 2

CHAP 2 - Rappels de Biologie Moléculaire
Chapitre 2 - Rappels de BM 1
Plan
I. Structure des macromolécules informatives (acides
nucléiques – protéines)
II.Structure des gènes
III.Quelques propriétés physico-chimiques des acides

nucléiques
IV.Enzymes du génie génétique
1. Composition des acides nucléiques
2. Structure de l’ADN
3. Structure de l’ARN
4. Composition et structure des protéines
5. Le code génétique
STRUCTURE DES ACIDES NUCLEIQUES
Composition :
- Sucre (ose) : ribose (ARN) ; désoxyribose (ADN)
- Bases azotées : purines ; pyrimidine
- Groupement phosphate
Ribose (ARN) Désoxyribose (ADN)
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Les bases azotées: purines et pyrimidines
8
Bases puriques
Adenine = 6-amino purine

Guanine = 2-amino 6-oxy purine
9
Bases pyrimidiques
Cytosine = 2-oxy 4-amino pyrimidine

Uracile = 2,4-dioxy pyrimidine
Thymine = 2,4-dioxy 5-methyl pyrimidine
10
Nucléosides et nucléotides
Base + sucre: liaison N-osidique
11
Nucléosides et nucléotides
Sucre + Phosphate: liaison ester
12
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Nucléoside phosphate
Base Nucléoside
Mono-P Di-P Tri-P
Adénosine AMP ADP ATP

Adénine
désoxy-Adénosine dAMP dADP dATP
Guanosine GMP GDP GTP

Guanine désoxy-Guanosine
dGMP dGDP dGTP
Cytidine CMP CDP CTP

Cytosine
désoxy-Cytidine dCMP dCDP dCTP
Thymine désoxy-Thymidine dTMP dTDP dTTP
Uracile Uridine UMP UDP UTP

14
NUCLÉOTIDE
Base azotée
Groupement
phosphate
Sucre : désoxyribose
Structure primaire de l’ADN
 L’ADN (acide désoxyribonucléique) est la molécule dépositaire de
l’information génétique transmise entre générations.
 Il est composé des nucléotides A, T, C et G.
 La structure primaire de l’ADN correspond à la séquence, c’est a

dire la l’enchaînement linéaire des nucléotides qui le composent.
17
Extrémité 5’ et 3’
La polymérisation du brin
d’ADN se fait de l’extrémité
5’ vers l’extrémité 3’.
Séquence = CAG ou 5’ CAG
18
Structure secondaire de l’ADN
 L’ADN se présente en général sous forme double brin dans la
cellule.
 Le double brin d’ADN est formé par l’appariement entre les bases
complémentaires des deux brins qui sont orientés de façon
opposée: on parle de chaines antiparallèles.
 L’appariement des bases des deux brins se fait par l’intermédiaire
de liaisons hydrogène.
 La forme double-brin de l’ADN (i) stabilise la molécule et (ii)
permet la transmission de l’information génétique lors de la
réplication ou de la transcription.
19
Les liaisons hydrogène de l’ADN
 La liaison hydrogène est une liaison de faible énergie impliquant un
atome d’hydrogène (donneur) et un atome (accepteur) possédant des
électrons libres (O et N dans le cas de l’ADN).
 Les liaison hydrogène permettent l’appariement de deux brins
complémentaires d’ADN qui forment ainsi une molécule double brin.
 Les liaison hydrogène s’établissent entre une base purique et une
base pyrimidique.
 L’appariement Adénine-Thymine fait intervenir 2 liaisons hydrogène
alors que l’appariement Cytosine-Guanine en implique 3.
20
21
Appariement A-T
22
23
Appariement G-C
24
Appariement de deux brins de l’ADN
A C T G
5’ A C TG 3’
3’ T GAC 5’
25
Structure secondaire de l’ADN: la double hélice
 Les 2 brins d’ADN s’enroulent l’un autour de l’autre

formant une structure en double hélice.
 Dans la double hélice d’ADN, les bases sont tournées vers
l’intérieur de l’espace délimitée par les 2 brins alors que
les groupements phosphate et les molécules de sucre sont
situés sur la partie externe.
26
La double hélice d’ADN
27
28
29
 L’ARN (acide ribonucléique) est composé de nucléotides constitués
par un phosphate+ un sucre + une base azotée.
 Contrairement à l’ADN:
• le sucre de l’ARN correspond à la ribose;
• les bases pyrimidiques de l’ARN sont la cytosine et l’uracile;
• dans la cellule l’ARN existe généralement sous forme simple brin.
• Le brin d’ARN est souvent le siège d’appariements intramoléculaires qui

confèrent à la molécule des structures secondaire et tertiaire.
 Les molécules d’ARN sont en général de taille beaucoup plus petite

que l’ADN. 31
 Il existe plusieurs types d’ARNs qui interviennent dans des
fonctions biologiques diverses
• ARN de transfert (ARNt);
• ARN ribosomale (ARNr);
• ARN messager (ARNm);
• snARN, petits ARNs nucléaires
• siARN, petits ARNs interférant

• Etc.
32
Structure secondaire de l’ARN
Appariement G-C et A-U entre des segments complémentaires d’un même brin.
33
Les protéines
Les protéines représentent 20% du poids de la cellule (eau = 70%).
Elles remplissent plusieurs fonctions:
 Structurale: exemple, le collagène relie les os et les tissus.

 Catalytique: les enzymes catalysent une multitude de réactions biochimiques
(formant le métabolisme).
 Transport: les protéines membranaires maintiennent l’environnement
cellulaire, régulent le volume de la cellule, créent des gradients ioniques pour
les muscles et le système nerveux, etc.
35
Protéine= polymère d’acides aminés
Structure primaire
Il y a 20 acides aminés qui entrent dans la composition
des protéines. On peut donc présenter la séquence
primaire des protéines comme un texte basé sur un
alphabet à 20 lettres.
Exemple: séquence de l’insuline
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKA
Liaison peptidique:
Chaîne : Lys-ala-ile-thr
STRUCTURE SECONDAIRE DES PROTEINES
Certaines parties de la chaîne d'acides aminés adoptent une structure régulière

appelée structure secondaire. On reconnaît deux grands types de structure
secondaire :
Hélice alpha
Dans la structure dite en hélice alpha, la chaîne d'acides aminés prend la forme d'une
hélice qui est stabilisée par des liaisons hydrogènes.
Feuillet bêta
Dans un feuillet bêta, il se forme parallèlement les uns par rapport aux autres. L'ensemble
forme comme une membrane plissée.
Structure secondaire : Hélice
Hélice  droite
Conformation repliée impliquant des liaisons hydrogènes répétitives entres
atomes de la chaîne principale (NH et CO) des résidus i et i+4
Structure secondaire : Feuillets 
Feuillets  parallèles
Structure secondaire : Feuillets 
Feuillets  antiparallèles
Structure secondaire
Hélice α Feuillet β
Structure tertiaire
Structure quaternaire
Nouvelles notions
Séquence d’ADN Structure secondaire
Extrémités 5’ et 3’ Structure tertiaire
Chaines antiparallèles Structure quaternaire
Liaison hydrogène Hélice 
Double hélice Feuillets  parallèles
Plateau de bases Feuillets 
antiparallèles
47
Le code génétique ou comment l’information contenue dans l’ADN
est déchiffrée pour permettre la production des molécules qui
assurent le fonctionnement de la cellule.
L’information contenu dans la molécule d’ADN est

codée sous forme de triplets de nucléotides appelés
codons, chaque codon spécifiant un acide aminé ou
un signal d’arrêt de la traduction.
Le code génétique
64 triplets
20 acides aminés
Méthionine: signal de
début de traduction
Stop: signal de fin de

traduction
Caractéristiques du code génétique
 Universel: un même code pour tous les organismes vivants (différences chez la
mitochondrie et les chloroplastes).
 Dégénéré: un acide aminé peut être spécifié par plusieurs codons différents.
 Codon d’initiation: ATG (Met) pour la majorité des gènes;
 Autres codons d’initiation: TTG (Leu), GTG (Val), CTG (Leu).
 Codons stop:
• TAA = ocre.
• TAG = ambre.
• TGA = opale.
51
II.Structure des gènes
1. Gène procaryote
2. Gène eucaryote
Le gène procaryote
Peut être divisé en 2 parties:
 Le promoteur
 L’unité transcriptionnelle
53
Le promoteur procaryote
 Séquence d’ADN situé dans la région 5’ du gène.
 Site où s’assemble la machinerie cellulaire qui
réalise la transcription du gène.
 Nécessaire à la transcription d’un gène.
 Contient des signaux qui sont conservés.
54
Les signaux du promoteur procaryote:
le site d’initiation de la transcription
+1
Promoteur Unité transcriptionnelle

la boite TATA ou boite de Pribnow ou boite -10
+1
-10
TATAAT
G
 Située à environ 10 nucléotides en amont du +1.

 Hexanucléotide TATAAT fréquemment retrouvé chez les gènes procaryotes et
eucaryote = séquence consensus.
 Richesse en AT facilite l’ouverture du double brin lors de la transcription.
56
la boite -35
+1
-35 -10
TTGACA TATAAT
G
 Située à environ 35 nucléotides en amont du +1.

 Site de fixation de l’ARN polymérase.
 Consensus TTGACA retrouvé chez les promoteurs procaryotes les plus forts.
 Séparée par 17  1 nucléotides de la boite TATA.
57
Unité transcriptionnelle des ARNm procaryotes:
la phase ouverte de lecture (ORF)
+1
-35 -10
TTAGCA TATAAT
G ATG Stop

 Appelée ORF (Open Reading Frame).
 Commence par un codon d’initiation et se termine par un codon stop.
 Correspond à l’ensemble des codons qui déterminent la séquence de la protéine pour
laquelle code le gène.
58
la séquence leader
leader
En. -35 Op. -10 +1
RBS ATG Stop
TTAGCA TATAAT
 Séquence 5’ transcrite non traduite.

 Commence au nucléotide +1 et se termine juste avant le codon d’initiation.
 Contient le RBS (Ribosome Binding site), séquence reconnu par le ribosome lors du
démarrage de la traduction.
59
la séquence trailer
leader trailer
En. -35 Op. -10 +1
RBS
TTAGCA TATAAT ATG Stop

 Séquence 3’ transcrite non traduite.
 Commence immédiatement après le codon stop et se termine à la fin de l’ARNm.
 Peut contenir des signaux de terminaison de la transcription.
 En général important pour la stabilité de l’ARNm
60
1. Structure du gène procaryote
leader trailer
-35 -10 +1
TTAGCA TATAAT RBS ATG Stop
61
Le gène eucaryote
Caractères généraux similaires à ceux du gène procaryotes. Plusieurs
différences:
 Taille plus grande.
 Boite TATA située à  25 pb en amont du +1.
 Boite CAAT située à  80 pb en amont du +1
 Plus grand nombre de séquences régulatrices.
 Présence d’introns et d’exons.
 Modifications post-transcriptionnelles absentes chez les procaryotes
62
63
2. Structure du gène eucaryote
 Exon: séquence transcrite et traduite.
 Intron: séquence transcrite non-traduite.
Promoteur ATG Stop
Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3
64
Transcription du gène eucaryote
Promoteur ATG Stop PolyA
TRANSCRIPTION

AAAAAAAAAAAA
EPISSAGE
Exon 1 Exon 2 Exon 3

AAAAAAAAAAAA
65
nucléiques
1. Charge des acides nucléiques et électrophorèse en

gel d’agarose
2. Dénaturation et hybridation moléculaire
nucléiques

gel d’agarose
Les acides nucléiques possèdent une grande quantité de
charges négatives dues aux groupement phosphates.
Gel d’agarose
• Gel formé par la polymérisation des molécules d’agarose.
• Contient des pores par lesquels des molécules d’acides nucléiques peuvent migrer sous l’effet d’un
champ électrique.
• La migration se fait de l’anode vers la cathode du fait des charges négatives des acides nucléiques.
• Plus une molécule est petite, plus sa migration est rapide.
Migration des acides nucléiques sur gel d’agarose
Après la migration l’ADN est révélé grâce à des molécules qui s’intercalent dans le grand sillon et
émettent des signaux qui permettent de les détecter (UV, fluorescence, etc.)
nucléiques

gel d’agarose
Dénaturation de l’ADN
Suivi de la dénaturation de l’ADN
Hybridation moléculaire
L’hybridation moléculaire est l'association entre deux acides
nucléiques simples brins de séquences complémentaire et qui
conduit à la formation d'un double brin ou duplex.
Cette association s'effectue par l'établissement de liaisons
hydrogènes spécifiques entre les bases puriques et
pyrimidiques,
L’hybridation moléculaire est spécifique sous certaines conditions expérimentales
(température, PH, stringence), une séquence d’ADN monobrin ne peut s’apparier
qu’à la séquence qui lui est complémentaire dans le génome.
1. Enzymes de restriction
2. Ligase
3. Enzymes de polissage
4. Transcriptase inverse
Le génie génétique
 Génie génétique = ingénierie génétique.
 Le génie génétique est l’ensemble des outils et techniques de biologie
moléculaire qui permettent d’étudier et de modifier les gènes dans des buts de
recherche fondamentale (compréhension des mécanismes de fonctionnement des
êtres vivants) ou de recherche appliquée (utilisation des mécanismes du vivant
pour des productions d’intérêt).
 Le génie génétique a débuté à partir des années 1970 avec les avancées dans la
compréhension de la structure et du fonctionnement des molécules du vivants
(ADN, ARN, protéines).
 La découverte des enzymes de restriction en 1970 a permis un bon considérable
à l’ingénierie génétique. Chapitre 2 - Rappels de BM 77
Applications du génie génétique
 Le génie génétique rend possible aujourd’hui la création d’organismes génétiquement
modifiés (OGM), la caractérisation génétique des individus afin de diagnostiquer des maladies
génétiques, et la thérapie génique.
 Le génie génétique est un champ très actif de la recherche avec des applications dans plusieurs
domaines:
• santé humaine et animale (correction d’un gène porteur d’une mutation délétère, production
de protéines thérapeutiques, diagnostic, etc.);
• agriculture (mise au point de nouvelles générations de plantes génétiquement, etc.) ou encore
pour la mise au point d’outils destinés à la recherche (par exemple pour explorer la fonction
d’un gène);
• environnement
• etc.
2. Ligase
Les enzymes de restriction
Ce sont des endonucléases produites par les bactéries.
Coupent les liaison phospho-diester 3’-5’ des 2 brins d’ADN en
des sites spécifiques.
Les plus utilisées sont les enzymes de restriction de type II
qui reconnaissent des séquences palindromiques.
Peuvent générer des molécules
à bouts francs
bouts cohésifs
Les enzymes de restriction (ER) sont des endonucléases produites par les bactéries
 Endonucléases: coupent l’ADN à l‘intérieur de la molécule; exonucléases digèrent l’ADN à

partir d’extrémités libres.
 Il existe 3 types d’ER:
 Type I: coupent l’ADN à des distances très éloignées de leur site de reconnaissance
(1000-5000 pb).
 Type II: reconnaissent des séquences palindromiques (même séquence sur les 2 brins) et
coupent l’ADN à ce niveau.
 Type III: coupent l’ADN à un vingtaine de pb de leur site de reconnaissance.
 Les ER font en fait partie d’un système de restriction/modification qui protège l’ADN de la
bactérie productrice: la méthylation du site reconnu par l’enzyme empêche la coupure de
l’ADN.
Les enzymes de restriction (ER) de type II
Les ER de type II sont les plus utilisées.

Elles reconnaissent des séquences palindromiques de 4 à 8 pb
de long.
Statistiquement, plus un site d’ER est court plus il en existe
de copie sur un ADN donné. Inversement plus un site est long
moins il y en a de copies.
Nomenclature et extrémités générées par les enzymes de restriction
 Première ER découverte en 1970: HindII (= HincII), produite par Haemophilus

influenzae (d’où le nom)
 ER de type II qui reconnait la séquence GTPyrPurAC (GTYRAC).
 Coupe entre Pyr et Pur et génère des bout francs.
 EcoRI: produite par Escherichia coli
 ER de type II qui reconnait la séquence GAATTC.
 Coupe entre G et A (G/AATTC) et génère des bouts cohésifs 5’ débordant.
 KpnI: produite par Klebsiella pneumonia
 ER de type II qui reconnait la séquence GGTACC.
 Coupe entre les 2 C (GGTAC/C) et génère des bout cohésifs 3’ débordant.
Extrémités générées par les enzymes de restriction
Enzymes de restriction compatibles
Ce sont des ER dont les extrémités qu’elles génèrent peuvent

s’hybrider.
Exemple: SalI (G/TCGAC) et XhoI (C/TCGAG)
1. Montrer les extrémités produites par chaque.
2. Dessiner le produit de l’hybridation des extrémités générées
par les 2 ER.
Travaux dirigés
Parmi les enzymes suivant y en a-t-il qui sont
compatibles? Si oui dessiner les extrémités qu’elles
génèrent ainsi que le produit de ligation de ces
extrémités,
1.BamHI:G/GATCC
2.BanI: G/GTACC
3.BglII: A/GATCT
4.BsiWI: C/GTACG
2. Ligase
La ligase
 Enzyme capable de raccorder des extrémités libres d’ADN = établissement d’une liaison
phospho-diester entre 3’-OH et 5’-P.
 Par exemple, dans l’hybridation des extrémités SalI et XhoI précédemment décrite,
l’action de la ligase va permettre de raccorder de façon covalente les extrémités 5’ et 3’ de
chaque brin.
 Réaction de ligation: NNN-OH3’ + 5’P-NNN NNN-O-P-NNN
Réaction catalysée par la ligase
Ligation de produits d’ER compatibles
Montrer les produits de ligation de molécules digérées par les ER

suivant:
NdeI (CA/TATG) + AseI (AT/TAAT)
BamHI (G/GATCC) + BglII (A/GATCT) = DpnII (/GATC)
2. Ligase
Enzymes de polissage
Transforment les ADN à extrémités cohésives en molécules à

bout franc.
Utiles lorsque des ER compatibles ne sont pas disponibles lors des
clonages.
2 types: polymérases et nucléases.
Polissage de l’extrémité de l’ADN avec une polymérase
1. Digestion par EcoRI

3’ 5’
G A A T T C
C T T A A 5’ G
3’
2. Polissage par une polymérase (T4 DNA polymérase, fragment de Kleenow, et.)
3’ 5’
G A A T T A A T T C
C T T A A 5’ T T A A 3’G
Polissage de l’extrémité de l’ADN avec une nucléase
1. Digestion par KpnI (GGTAC/C)

3’ 5’
G G T AC C
C C A T GG
5’ 3’
2. Polissage par la Mung Bean nucléase (exonucléase qui reconnait les parties simple brin)
3’ 5’
G G T AC C
C C A T GG
5’ 3’
2. Ligase
Transcriptase inverse
C’est une ADN polymérase ARN-dépendante:

synthétise de l’ADN à partir d’une matrice ARN.
Utilisée pour produire de l’ADN complémentaire
(ADNc) par exemple lorsque l’on souhaite exprimer
un gène eucaryote chez un procaryote.
Travaux dirigés
Parmi les enzymes de restriction suivantes quelles
sont celles qui sont compatibles? Dessiner les
produits de ligation de fragments qu’elles ont
digéré.
BamHI : G/GATCC MfeI : C/AATTG
KasI : G/GCGCC BglII : A/GATCT
Travaux dirigés
Il vous est demandé d’analyser un plasmide par restriction
en utilisant 2 enzymes, PvuII et SimI. Les digestions du
plasmide donnent les résultats suivants.
• PvuII, 7125 pb, 2002 pb
• SimI, 7799 pb, 1328 pb
• PvuII + SimI, 4765 pb, 2002 pb, 1328 pb, 1032 pb
Donner la taille du plasmide et dessiner sa carte de
restriction (positionnement des sites des 2 enzymes)
Travaux dirigés
Il vous est demandé d’analyser un plasmide par restriction
en utilisant 2 enzymes, EcoRI et XbaI. Les digestions du
plasmide donnent les résultats suivants.
• EcoRI, 4000 pb, 2000 pb
• XbaI, 3000 pb, 1500 pb
• EcoRI + XbaI, 3000 pb, 1500 pb, 500 pb
Donner la taille du plasmide et dessiner sa carte de
restriction (positionnement des sites des 2 enzymes)

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CHAP 2 - Rappels de Biologie Moléculaire

III.Quelques propriétés physico-chimiques des acides

IV.Enzymes du génie génétique

Adenine = 6-amino purine

Cytosine = 2-oxy 4-amino pyrimidine

Adénosine AMP ADP ATP

Guanosine GMP GDP GTP

Cytidine CMP CDP CTP

Thymine désoxy-Thymidine dTMP dTDP dTTP

Uracile Uridine UMP UDP UTP

 Il est composé des nucléotides A, T, C et G.

 La structure primaire de l’ADN correspond à la séquence, c’est a

 Les 2 brins d’ADN s’enroulent l’un autour de l’autre

• les bases pyrimidiques de l’ARN sont la cytosine et l’uracile;

• dans la cellule l’ARN existe généralement sous forme simple brin.

• Le brin d’ARN est souvent le siège d’appariements intramoléculaires qui

 Les molécules d’ARN sont en général de taille beaucoup plus petite

• ARN ribosomale (ARNr);

• ARN messager (ARNm);

• snARN, petits ARNs nucléaires

• siARN, petits ARNs interférant

Elles remplissent plusieurs fonctions:

 Structurale: exemple, le collagène relie les os et les tissus.

Certaines parties de la chaîne d'acides aminés adoptent une structure régulière

L’information contenu dans la molécule d’ADN est

Stop: signal de fin de

Promoteur Unité transcriptionnelle

Promoteur Unité transcriptionnelle

 Située à environ 10 nucléotides en amont du +1.

Promoteur Unité transcriptionnelle

 Située à environ 35 nucléotides en amont du +1.

Promoteur Unité transcriptionnelle

Promoteur Unité transcriptionnelle

 Séquence 5’ transcrite non traduite.

Promoteur Unité transcriptionnelle

Promoteur Unité transcriptionnelle

Promoteur ATG Stop

Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3

Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3

Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3

Exon 1 Exon 2 Exon 3

1. Charge des acides nucléiques et électrophorèse en

2. Dénaturation et hybridation moléculaire

1. Charge des acides nucléiques et électrophorèse en

2. Dénaturation et hybridation moléculaire

1. Charge des acides nucléiques et électrophorèse en

2. Dénaturation et hybridation moléculaire

 Endonucléases: coupent l’ADN à l‘intérieur de la molécule; exonucléases digèrent l’ADN à

Les ER de type II sont les plus utilisées.

 Première ER découverte en 1970: HindII (= HincII), produite par Haemophilus

Ce sont des ER dont les extrémités qu’elles génèrent peuvent

Montrer les produits de ligation de molécules digérées par les ER

Transforment les ADN à extrémités cohésives en molécules à

1. Digestion par EcoRI

1. Digestion par KpnI (GGTAC/C)

C’est une ADN polymérase ARN-dépendante:

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