COQUES A GRAM POSITIF

Staphylococcus Cocci à Gram+, isolés, en diplocoques, en courtes chaînettes ou en amas (grappe de raisins). Immobiles, non sporulés et parfois capsulés. Il
n’existe pas de vaccins contre les staphylocoques. Sont responsables d’infections suppuratives et des toxi-infections ou toxémies. Les principales
espèces retrouvées chez l’homme : -Staphylococcus aureus, -S. epidermidis -et S. saprophyticus
Streptococcaceae Cocci à Gram+ sphériques ou ovoïdes, groupés en diplocoques ou en chaînettes parfois longues de plus de 6 coques et asporulés. Parfois capsulée.
il n’existe pas de vaccins anti-streptococcique efficaces actuellement
Pneumocoque Streptococcus pneumoniae ou pneumocoque est un diplocoque à Gram+, capsulé, responsable d’affections respiratoires et est un redoutable
agent de méningite purulente aiguë au BF. peuvent être prévenues par vaccination
COQUES A GRAM NEGATIF
Neisseriaceae Cocci à Gram négati-, en "grain de café"ou réniformes, s'opposant 2 à 2 par leur face aplatie en diplocoques (diplocoques à Gram négatif : DGN).
Des vaccins polysaccharidiques et conjugués sont disponibles contre les méningites, mais aucun vaccin efficace contre les infections
gonococciques. Les principales espèces : -Neisseria gonorrhoeae ou le gonocoque agent de la blennorragie ou « chaude-pisse »
-Neisseria meningitidis ou le méningocoque, l’agent de la méningite cérébrospinale (MCS).
BACILLES A GRAM POSITIF
Bacillus Généralement mobiles (ciliature péritriche), généralement sporogènes et acapsulées. Elles sont à Gram+, mais en vieillissant, elles deviennent
Gram-. Sont des bacilles longs et larges à bouts carrés, isolés, en chaînettes plus ou moins longues et/ou filamenteux. Il n’existe pas de vaccin.
Les principales espèces : -Bacillus anthracis -Bacillus cereus
Listeria Petits bacilles à Gram positif dont la position taxonomique actuelle n’est pas bien définie. Chez l’humain responsables d’épidémies néonatales
dans les crèches. il n’existe pas de vaccin contre les listérioses humaines.
BACILLES A GRAM NEGATIF
Enterobacteriaceae Bacilles Gram-, généralement polymorphes, mobiles, (ciliature péritriche). Certaines sont capsulées (Klebsiella, E. coli,…), mais jamais sporulées.
Escherichia coli Bacille mobile, parfois capsulé, à Gram-. Son intérêt biomédical repose sur 2 notions principales :
-sa responsabilité dans les pathologies digestives et urinaires surtout,
-et son utilisation dans de nombreuses études expérimentales, notamment en génie génétique (biologie moléculaire).
Shigella Bacilles Immobiles (ne possèdent pas d'Ag H) responsables de dysenterie bacillaire et de diarrhées favorisées par une hygiène
précaire. Il n’existe pas de vaccins efficaces contre les shigelloses,
Salmonella comprend une seule espèce, Salmonella enterica, composée de 7 sous espèces. Chez les humains, sont responsables de toxi-
infections alimentaires (gastro-entérites) et de bactériémies/septicémies (fièvres typhoïdes et paratyphoïdes). Il existe des
vaccins.
Proteae BGN possédant en commun des enzymes de désamination oxydative dont les plus recherchées sont la Tryptophane-
désaminase (TDA) et la phénylalanine-désaminase (PDA) : sont généralement mobiles. -Trois (3) genres principaux :
-Proteus -Providencia -Morganella
groupe KHES
Klebsiella Bacilles trapus, immobiles, capsulés et à Gram-. K. pneumoniae est l’espèce type et comprend 2 sous-espèces : ozaenae et
rhinoscleromatis. Sont responsable :
-Infections opportunistes surtout chez les malades hospitalisés : infections broncho-pulmonaires, méningites post-
traumatiques ou postchirurgicales.
-Ozène (K. pneumoniae ozaenae) et rhinosclérome (K. pneumoniae rhinoscleromatis).

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 -K. pneumoniae est aussi appelé «pneumobacille de Friedlander»
Hafnia H. alvei (ex Enterobacter hafniae)
Enterobacter E. cloacae, E. aerogenes, E. gergoviae
Serratia Bacilles mobiles, VP+, très protéolytiques, et productrices de nombreuses enzymes. Dix (10) espèces dont 2 (Serratia
marcescens, S. liquefaciens) sont les plus en bactériologie médicale. Les autres sont rarement pathogènes. S. marscecens
produit un pigment rouge en milieu gélosé.
-Peu pathogènes pour sujets sains ; surtout responsables d’infections hospitalières (nosocomiales)
-Endocardites, ostéomyélites, …
Vibrionaceae Bacille à Gram-, incurvé en virgule, isolé, parfois groupé, mobile par un flagelle polaire unique, non sporulé, NON CAPSULE.
-pathogènes pour l’homme : Vibrio cholerae (O1, O139 ; nonO1, non O139), V. parahaemolyticus.
-saprophytes ou opportunistes : V. alginolyticus, V. damsela, V. furnisii,
Aeromonas et Aeromonas  :
Plesiomonas BGN, coccobacillaires ou en courtes chaînettes, mobiles par une ciliature polaire ou immobiles, AAF. Responsables chez l’humain, de maladies
diarrhéiques et d’infections extra-digestives. Il n’existe pas de vaccins. Pathogènes chez l’Homme : (font partie des Aeromonas mobiles)
-A. hydrophila espèce type (HG1), qui est capsulée -A. caviae (HG4) -A. veronii subsp. sobria (HG8)
HG ou Groupes d’Hybridation : est un caractère de classification
Plesiomonas  :
BGN, mobiles par une ciliature lophotriche ou polaire, AAF. L’espèce Plesiomonas shigelloides est la seule du genre Plesiomonas. Responsable
de gastroentérites et d’infections diverses sensibles à une antibiothérapie rationnelle. Il n’existe pas de vaccin contre P. shigelloides.
Pseudomonadaceae BGN fins et droits ou légèrement incurvés, mobiles (ciliature polaire monotriche ou multitriche), mais certaines souches sont immobiles. Non
sporulés, acapsulés, mais parfois présence d'une couche muqueuse pseudo-capsulaire ou "slime". Responsables d’infections diverses,
nosocomiales notamment, qui sont curables par antibiothérapie. Cependant, multirésistantes aux antibiotiques connues.
Pasteurella BGN, coccobacilles ovoïdes ou courts bâtonnets avec une coloration bipolaire, groupés par paires et parfois en courtes chaînettes. Immobiles,
asporulés. Pasteurella multocida  : (Pathogènes opportunistes) responsable :
-Pateurelloses d’inoculation: suite à une morsure ou une griffade de chien ou de chat.
-Infections pleuro-pulmonaires -Infections systémiques : septicémies, endocardites, méningites néonatales ou du vieillard
Pasteurella multocida est :
-Sensible à : Péni G, Ampicilline, céfalotine, -Modérément sensibles : aux aminosides -Résistant à : oxacilline, érythromycine, clindamycine
Haemophilus Petits bacilles polymorphes dans les produits pathologiques, parfois coccobacillaires à Gram négatif, immobiles, non sporulés, AAF.
Haemophilus influenzae  :
Petits bacilles pléomorphes, immobiles, à Gram négatif, parfois capsulés, non sporulés.
Chez l’enfant :
-Agents : souches capsulées invasives, surtout du sérotype b (Hib)
-Manifestations invasives : infections des voies respiratoires supérieures ou ORL
-Manifestations non invasives : otites moyennes aiguës (OMA) et autres infections ORL (rhinopharyngites, sinusites,...)
Chez l’adulte :
Agents : souches non capsulées surtout.
-Manifestations respiratoires : broncho-pneumonies par complication d’une bronchite chronique

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 -Méningites chez les sujets très âgés surtout.
-Antibiotiques : ampicilline, céfalotine, ceftriaxone, gentamycine, tétracycline, cotrimoxazole, chloramphénicol, fluroquinolone (ciprofloxacine).
Haemophilus ducreyi  :
Petits bacilles immobiles ou coccobacilles à coloration bipolaire très nette lui donnant un aspect en «épingle de nourrice». Ils peuvent être isolés
ou groupés en «bancs de poissons» ou en «chaînes de vélo». Ce sont des BGN, mais sur les frottis de pus, ils sont mieux colorés par le Bleu de
méthylène ou par le Giemsa.
Bordetella Coccobacilles à Gram négatif, aérobies stricts, n'oxydant pas les glucides. Espèces : -B. pertussis -B. parapertussis, -B. bronchiseptica, -B.
avium.
Bordetella pertussis  : Petit coccobacille à Gram négatif, à coloration bipolaire, immobile, asporulé, possédant une capsule difficile à mettre en
évidence et qui ne gonfle pas en présence d'antisérum. Polymorphes en culture : groupées par 2 ou en petits amas, formes longues, fines et
filamenteuses. Est responsable de la coqueluche, dont les complications peuvent être :
-Apnée pouvant être asphyxiante -Complications pulmonaires infectieuses (rares) -Complications nerveuses.
Brucella Petits bacilles ou coccobacilles immobiles, à Gram négatif, non sporulés à multiplication intracellulaire facultative. 3 principales espèces pouvant
infecter l'Homme : -Brucella melitensis, prédominant chez les ovins et caprins est la plus invasive, la plus pathogène
-Brucella abortus, prédominant chez les ovins et les équidés,
-Brucella suis, prédominant chez les ovins et porcins
Antigènes de surface des Brucellaou Ag de paroi :
-Les 2 déterminants antigéniques A (abortus) et M (melitensis) : présents chez Brucella melitensis, B. abortus, B. suis et B. neotomae.
-L'antigène R (LPS-R ou rough) : commun à toutes les 6 espèces de Brucella.
Les Brucella sont responsable :
-La brucellose aiguë septicémique caractérisée par une fièvre ondulante suduro-algique
-La brucellose secondaire à focalisations ostéo-articulaire (++), neuro-méningée,… qui peuvent survenir à la suite des formes septicémiques
-La brucellose mineure inapparente, sans localisation et peut aboutir à la brucellose chronique générale ou focale, invalidante ou "patraquerie".
Transmission :
-Directe au contact d'un animal infecté -Indirecte surtout par consommation de lait ou de produits laitiers non pasteurisés
Legionella Bacilles polymorphes, courts ou coccobacillaires, parfois filamenteux. Mobiles par un ou plusieurs flagelles polaires, à Gram négatif. L'espèce
type est Legionella pneumophila qui comprend 3 sous-espèces (pneumophila, fraseri et pascullei)
Milieux de culture actuels :
-Milieu BCYE-alpha simple ou BCYE-a : gélose BCYE (Buffered Charcoal Yeast Extract Agar) additionnée d'acide alpha-céto-glutarique.
-Milieu BCYE-a sélectif : BCYE-a simple + obtenu par adjonction d'antibiotiques inhibiteurs
-Milieu GVP : milieu BCYE additionné du mélange glycine, vancomycine et polymyxine
Habitat :
-Bactéries présentes dans les écosystèmes naturels ou artificiels d'eau douce : lacs, rivières, marais, terres humides
-Leur croissance est favorisée par les Pseudomonas, Flavobacterium, et certains protozoaires comme les amibes libres des genres
Acanthamoeba et Naegleria dans lesquelles elles survivent et qui les disséminent.
Transmission :
-Transmission se fait par voie aérienne, par inhalation d'aérosols infectieux jusque dans les alvéoles pulmonaires.
-La contamination peut être anadémique (contamination multiple sans contagion interhumaine)
Pathologies :
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 -la maladie des légionnaires, une pneumonie très sévère qui s'accompagne de diarrhées.
-la fièvre de Pontiac, un syndrome pseudogrippal qui guérit spontanément.
Acinetobacter Polymorphe. Courts bacilles trapus en phase logarithmique de croissance et devenant coccoides en phase stationnaire de croissance. Parfois
capsulés, mais asporulés. Sans flagelles, donc immobiles, mais peuvent être animés de mouvements grâce à des structures polaires qui
ressemblent à des fimbriae (twitching motility).
BACTERIES ANAEROBIES STRICTES
Généralités Bactéries hypersensibles à l’action de l’oxygène (anoxybiontiques). Elles ne cultivent pas en présencede 20% d’oxygène air atmosphérique, mais
ont des degrés de tolérance à l’oxygène qui sont très variables :
-<0,1% pour les bactéries EOS (extremely oxygen sensitive bacteria), sont dépourvues de pouvoir pathogène, sont commensales du tube digestif
et de la peau
-0,1 à 5% ou anaérobies modérées pour la plupart sont pathogènes.
-Anaérobies sporulées ou telluriques :
-Bactéries du genre Clostridium présentes dans le sol et thermorésistantes grâce à leur spore.
-Responsables de gangrènes gazeuses, de bactériémies, d’entérocolites, d’intoxications et/ou d’affections caractéristiques liées à des toxines
neurotropes : tétanos, botulisme.
-Anaérobies non sporulées :
-Elles sont pour la plupart des commensales et des saprophytes de l’homme et elles appartiennent à la flore endogène dite Flore de Veillon, par
opposition à la flore exogène tellurique.
-Responsables seules ou en association, d’infections putrides et/ou de bactériémies si les défenses de l’organisme sont affaiblies.
Clostridium Bacilles à Gram positif sporulés mobiles par une ciliature péritriche ou immobiles. Endospores ovales ou sphériques pouvant déformer la
bactérie. Espèces : C. botulinum, C. perfringens, C. difficile, C. tetani sont les 4 principales espèces pathogènes du genre.
Agent Toxines Pouvoir pathogène
C. tetani Toxine tétanique (tétanospasmine) Tétanos
Tétanolysine
C. botulinum Neurotoxine Botulisme
C. perfringens Entérotoxine Intoxication alimentaire
Toxine nécrosante Entérite nécrosante
Toxine nécrosante Gangrène gazeuse
C. difficile toxine A ou entérotoxine et la toxine B ou cytotoxine Colite pseudo-membraneuse
BACTERIES SPIRALEES
Campylobacter Une forme plus ou moins allongée, incurvée, en virgule, en forme de «S» ou hélicoïdale. Une mobilité en «vol de moucheron» par une ciliature
polaire monotriche ou par des flagelles situés aux 2 extrémités du corps bacillaire. Ils ne sont pas sporulés. Parfois, leur ciliature est bipolaire.
Sont responsables de gastro-entérites chez l’homme et de zoonoses.
PHYSIOPATHOLOGIE :
-Contamination par ingestion d’aliments souillés.
-Les bactéries se multiplient dans l’intestin et provoquent une diarrhée à 2 composantes : *une diarrhée liquide *et une diarrhée sanglante
-A partir de la circulation sanguine, peuvent atteindre d’autres sites et provoquer d’autres formes de campylobactériose.
-Les bactéries émises dans le M.E par les selles peuvent être disséminées par l’eau ou des aliments souillés et infecter d’autres personnes.

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Helicobacter BGN incurvés ou en forme de « C », de « U » ou de « S ». Mobiles par la présence de 4 à 6 flagelles polaires. H. pylori, est l’espèce type du genre.
PATHOLOGIES : H. pylori est responsable de Gastrites.
-la gastrite antrale chronique active exogène de type B (à distinguer de la gastrite de type A qui est auto-immune). La gastrite chronique peut se
compliquer en atrophie gastrique et en cancer de l’estomac.
-Ulcère gastro–duodénal (H. pylori est le principal agent) -Lymphomes gastriques peu malins ou MALT (Mucosa-Associated Lymphoïd Tissue)
Tréponèmes Bactéries spiralées, mobiles et à division transversales. Deux espèces dont l’une comprend 3 sous-espèces sont pathogènes pour l’Homme :
-Treponema pallidum  :
•T. pallidum sous-epèce pallidum (T. pallidum pallidum) agent de la vérole ou syphilis vénérienne
•T. Pallidum sous-espèce endemicum, agent de la syphilis endémique, non vénérienne ou bejel
•T. pallidum sous-espèce pertenue, agent du pian
-Treponema carateum, agent du pinta ou caraté.
Treponema pallidum :
Structure antigénique :
-Le cardiolipide ou haptène lipidique de Wassermann : Commun à tous les tréponèmes
-Un antigène protéique spécifique de groupe : Porté par les endoflagelles et communs à tous les tréponèmes
-Un antigène lipoprotéique d’enveloppe de 47 kDa : Spécifique de T. pallidum
-Des Antigènes du corps tréponémique : très spécifiques de T. pallidum telles les immobilisines du test de Nelson et Mayer.
Transmission :
-Directe, lors des rapports sexuels non protégés (syphilis vénérienne ou vérole) à travers les lésions primaires ou secondaires.
-Par transfusion sanguine -Par voie transplacentaire, de la mère au fœtus
-Dans la syphilis endémique, la transmission n’est pas vénérienne, se fait par contacts avec les lésions ulcérées siégeant au niveau de la peau. La
bactérie pénètre par effraction au niveau de la peau.
Spirochaetales Bacilles hélicoïdaux, souples et possédant une enveloppe qui les rapproche des BGN. Mobiles par un appareil locomoteur interne constitué par 2
à plus de 100 flagelles périplasmiques ou fibrilles axiales
Pouvoir pathogène :
-Treponema : syphilis et autres tréponématoses non vénériennes -Borrelia : fièvres récurrentes transmises par des arthropodes(borréliose)
-Leptospira : leptospirose
Borrelia bactéries spiralées responsables de borrélioses encore appelées « fièvres récurrentes » qui sont transmises à l’humain par des arthropodes
hématophages. Ces arthropodes vecteurs permettent de distinguer 2 groupes de Borrelia : ceux transmis par les poux et ceux transmis par les
tiques.
-Espèces transmises par les tiques Ixodes ou Ornithodoros:
-B. burgdorferi (espèce type) transmise par des Ixodes et agent de la maladie de Lyme
-B. hispanica, B. venezuelensis, B. tillae,… transmises par des ornithodores.
-Espèce transmise par les poux Pediculus humanus : B.recurrentis responsable de la fièvre à poux.
BAAR : Bacille acido-alcoolo-résistants
Mycobactéries Le genre Mycobacterium regroupe des espèces aérobies, à paroi riche en lipides, immobiles, non sporogènes, acido-alcoolo-résistantes et à
croissance généralement lente. Médicalement, les mycobactéries peuvent être rangées en 3 catégories :
-1ère Catégorie : les mycobactéries responsables de tuberculose des mammifères
• Mycobacterium tuberculosis : bacille tuberculeux humain. Elle est l’espèce-type de cette catégorie.
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 • M. bovis : bacille tuberculeux bovin • M. Africanum : bacille tuberculeux africain • M. microti • M. canettii
Ces 5 espèces forment le "Complexe tuberculosis" dont les 3 principales sont M. tuberculosis, M. Bovis et M. africanum
• M. ulcerans (ulcère de Buruli)
-2ème Catégorie : Mycobactéries «atypiques» ou Mycobactéries non tuberculeuses (MNT) dont certaines sont responsables d’affections
opportunistes, les «mycobactérioses». Ex : M. avium intracellulare, M. xenopi, M. kansasii,....
-3ème Catégorie : les mycobactéries de la lèpre
• M. leprae, agent de la lèpre humaine, non cultivable • M. lepraemurium, agent de la lèpre du rat, difficilement cultivable
Mycobacterium tuberculosis :
Bacille fin, long, légèrement incurvé aux extrémités arrondies. Immobiles, non capsulé, non sporulé.
Pathologie :
-Tuberculose pulmonaire : très contagieuse
-Tuberculose extra pulmonaire, peu contagieuse pourl’entourage : ganglionnaire, ostéo-articulaire, rénale, séreuse, méningée, miliaire,…
Traitement Prophylactique :
-Chimioprophylaxie par l’INH,… -Vaccination BCG du sujet non encore infecté, en principe IDR (–).
-Éviter la contamination : "défense de cracher", pasteurisation du lait...
Antibiogramme :
-Isoniazide (INH), -Rifampicine (Rif), -Streptomycine, -Acide Para-Amino-Salicylique (PAS), -Éthambutol -Ethionamide, -Pyrazinamide,...
BACTERIES DIVERSES
Chlamydiae Eubactéries à Gram négatif dépourvues de peptidoglycane. Parasites intracellulaires obligatoires. -Genres (2) : Chlamydia et Chlamydophila.
-Espèces: -Chlamydia trachomatis,
-Chlamydophila psittaci, Cph. pecorum, Cph. Pneumoniae.
Il existe 3 types de corps chlamydiens : le corps élémentaires (CE), le corps réticulé (CR) et le corps intermédiaire (CI).
Pathologie :
-Trachome : conjonctivite bilatérale et pouvant entrainer la cécité
-Infections sexuellement transmissibles (IST)
-Chez l’homme : Urétrite non-gonococcique ou post-gonococcique, -Chez la femme : Cervicite avec ou sans urétrite.
-Chez l’homme et la femme : Lymphogranulomatose vénérienne ou maladie de Durand Nicolas Favre (une IST ulcérative).
Gardnerella vaginalis Petits bacilles immobiles, non capsulé, non sporulé, à Gram négatif variable. Est responsable de la :
-Vaginites non spécifiques aiguës et non purulentes, seule ou en association avec une flore bactérienne anaérobie, notamment les Mobiluncus
spp. Gardnerella vaginalis est un agent d'IST.
-Autres : infections néonatales, septicémies puerpérales(relatif à l’accouchement), infections urogénitales masculines (urétrites, cystites,…)
Leptospires flexible, hélicoïdale, mince dont les extrémités peuvent être courbées ou en crochet (L.interrogans, L. biflexa). Mobile par des mouvements en
rotation alternative, flexion, translation dits « en tire bouchon ». La leptospirose humaine se caractérise par son polymorphisme clinique peut se
manifester sous forme ictéro-hémorragique sévère ou maladie de Weil et Matthieu, d’hépato-néphrite avec syndrome méningé, de méningite
aseptique, de fièvre anictérique, de jaunisse infectieuse, d’éruptions cutanées.
Mobiluncus Bacilles incurvés, mobiles à ciliature subpolaire (flagelles multiples). Ils sont à Gram incertain : Gram (-), "Gram variable". Le principal antibiotique
pour le traitementde la vaginose à Mobiluncus spp se fait Au métronidazole (Flagyl*)
Rickettsia bactéries de très petite taille, incapables de se multiplier sur milieux acellulaires : sont à développement intracellulaire obligatoire. La famille

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des Rickettsiaceae comprend 2 genres:
PATHOLOGIE :
-Typhus épidémique (exanthémique) :
-Agent : Rickettsia prowazekii
-Typhus endémique ou typhus murin :
-Agent : R. mooseri
-Fièvre pourprées des Montagnes Rocheuses :
-Agent : Rickettsia rickettsii
-Fièvres transmises par les tiques de l'hémisphère oriental
-Agent : Rickettsia rickettsii
-Rickettsiose vésiculeuse
-Agent : R. akari
-Agent : Rickettsia tsutsugamushi
-Rickettsia -Coxiella: avec 1 seule espèce connue, Coxiella burnetii
-Groupe du Typhus :
-Vecteurs : poux du corps et de la tête et tiques du lapin et des animaux domestiques
-Vecteurs : Puce (fèces infectant)
-Groupe des Fièvres pourprées :
-Arthropode vecteur : tiques
-Vecteurs : tiques
-Vecteurs : tique, mite
-Groupe du Typhus de brousse
-Vecteur : une mite (vecteur et réservoir)
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