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Les Objectifs:
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Les protéines: les molécules les plus complexes et les plus variées
des êtres vivants. On fabriquerait ~100 000 protéines différentes qui
constituent plus de 50% du poids sec des cellules.
Chaîne latérale
ou radical R
Carbone α
Hydrogène α
Groupement Groupement
α aminé carboxyl
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Alanine Ala A
Glycine Gly G
Leucine Leu L
Proline Pro P
Thréonine Thr T
Cystéine Cys C
Histidine His H
Isoleucine Ile I
Méthionine Met M
Sérine Ser S
Valine Val V
Arginine Arg R
Phénylalanine Phe F
Tyrosine Tyr Y
Tryptophane Trp W
Asparagine Asn N
Acide glutamique Glu E
Glutamine Gln Q
Lysine Lys K
Acide aspartique Asp D
1- AA Neutres
2- AA Hydroxylés
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3- AA dicarboxyliques
4- AA Basiques
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5- AA soufrés
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1-Notion d’acide-base
Les acides aminés sont des acides faibles, ils sont ionisés en
solution, Les acides aminés sont appelés diionique amphotères.
L'ionisation varie avec le pH : il s’établie un équilibre réel
entre l’acide et sa base conjuguée.
HA H+ + A-
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Notion de pH
Dissociation d’un AA
H H H
K1 K2
+H +H C COO- NH2 C COO-
3N C COOH 3N
R1 R1
R1 + H + + H+
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Les fonctions ionisables des AA sont d'autant plus protonnées que le milieu
est plus riche en ions H+ ( le pH est plus faible ).
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Spectre d’absorption
A-Chromatographie de partage
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Chaque AA est
caractérisé par la
vitesse de son
déplacement sur le
parier.
h parcourue AA
Rf =
H front de migration
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Faibles
DEAE-
Carboxyméthyl
Cellulose Cellulose
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La différence pHt
- pHi détermine le
signe de la charge
Q d'un acide
aminé .
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Acide sulfonique
Cys OH OH
2 2
Acide performique
OH + OH + HI
2 2
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Met
Homosérine lactone
3-L’hydroxyl de la Sérine
O-
H2N-CH-COOH + HO-P-O- H2N-CH-COOH + H2O
CH2 O CH2
OH O
O p O-
Sérine Ac phosphorique
O
Sérine phosphorylée ou
phosphosérine
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Liaison peptidique
Nt O Ct
Chaîne peptidique
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Configuration Trans de 2
résidus successifs
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N O 2
+ N H 2 -C H 2 -C O - A la - L y s - G lu C O O H
Méthode de
Sanger N O 2
F
2 ,4 d in itr o f lu o r o b e n z è n e
(D N F B )
dinitrofluorob N O 2
enzène
H F
(DNFB) dans +
la méthode de N O 2
Sanger qui N H -C H 2 -C O -A la - L y s -G lu C O O H
+ A la + L y s + G lu
N O 2
N H -C H 2 -C O O H
D in itr o p h é n y l-G ly (D N P -G ly )
H 3 C -N -C H 3
Méthode de + H 2 N -C H -C O -G ly -L y s-V a lC O O H
CH3
dansylation
SO 2Cl
C h lo ru re d e d a n sy l
-Le chlorure de (D N S -C l)
R é a c tif flu ore s c e n t e n lu m iè re U V
M a rq u a g e o u fix a tio n
dansyl (DNS-Cl)
dans la méthode de
dansylation qui H 3 C -N -C H 3
donne un DNS AA
fortement + HCl
méthode de Sanger. H 3 C -N -C H 3
+ G ly + L ys + V a l
A A L ibre s
O= S=O
N H -C H - C H 3-C O O H D a n sy l-A la F lu o re s c e n t (D N S -A la )
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+ H 2N-CH-CO-NH -CH-CO-NH-CH-CO-NH---
R1 R2 R3
N=C=S Peptide
Phénylisothiocyanate
Dégradation (PITC)
Fixation à pH8 ou marquage
d’Edman
Le phényl NH-C-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NHCH-CO-NH---
R1 R2 R3
isothiocyanate
Phényl thiocarbamyl peptide
(PITC) dans la
Dégradation Cyclisation à pH faiblement acide
cyclique. NH
C Peptide racourci d'unAA
O C
H-R 1 +
Phénylthiohydantoine AA1 PITC
(PTH-AA1)
Fixation pour un 2ème cycle
Cyclisation
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LiBH4
----Rn-CH-NH2 -- Rn-CH-CH2-OH + H2O
COOH NH2
-Méthode enzymatique:
Les Carboxypeptidase A ou B sont des exopeptidases qui libèrent l’AA
en Ct .
- Méthode chimique:
- Le BrCN qui coupe après la Met et la transforme en homosérine.
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1- Hormones Hypophysaires:
° La vasopressine : action antidiurétique, elle diminue le volume des
urines en augmentant la perméabilité à l'eau du tube collecteur.
COOH─Cys─Tyr─Phe─Glu─Asp─Cys─Pro─Arg─Gly─NH2
Vasopressine: 9AA
2- Hormones Hypothalamiques:
° La somatostatine:
est une hormone polypeptidique. Formée de 2 peptides : une chaîne
de 14 AA , l'autre de 28.
La somatostatine est sécrétée principalement par les cellules de
l‘hypothalamus. Elle a une action inhibitrice sur l’hormone de
croissance et agit également sur le pancréas endocrine en inhibant
la sécrétion de l’insuline et du glucagon.
Ala-Gly-Cys-Lys-Asn-Phe-Phe-Trp-Lys-Thr-Phe-Thr-Ser-Cys
S S
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° La TRH ou protiréline :
Protiréline
3-Hormones Pancréatiques:
° L’insuline: hormone hypoglycémiante secrétée par le pancréas
endocrine, elle est formée de 2 chaînes peptidiques: A (21AA) et B
( 30AA) liées par deux ponts disulfure .
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4-Hormones digestives:
B- Peptides Neurotransmetteurs:
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C- Peptides de microorganismes:
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- la traduction correspond
au décodage de
l'information portée par
l'ARN m en protéines, grâce
au code génétique
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Les AA sont reliés entre eux par des liaisons peptidiques covalentes,
formant des plans successifs et dont la disposition les uns par rapport aux
autres donnera la structure de la protéine dans l’espace.
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A-Structure conformationelle :
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Pont disulfure
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B- Structures ordonnées
Deux types principaux de structure ordonnée :
L'hélice alpha
Le feuillet bêta
Le coude bêta
Chaîne β
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l’hélice α
feuillet β
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Le collagène
Chaque molécule de collagène est formée d'une hélice alpha. Des ponts disulfure relient
ces hélices trois à trois (a, b et c). Les groupes de trois sont reliés entre eux pour former
de grosses fibres (d) très résistantes visibles au microscope électronique (e et f).
La kératine
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Le cytosquelette
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la masse
moléculaire
un indice de
polarité
C- Dosage colorimétrique
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Gel filtration
Les grosses molécules sont exclues du gel (d'où le nom de chromatographie
d'exclusion).
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Transport membranaire
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Les enzymes
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Domaines constants
Les domaines constants ne sont pas impliqués dans la reconnaissance
de l'antigène, mais dans la fonction de défense.
Domaines variables
Une immunoglobuline possède quatre domaines variables situés aux
extrémités des deux « bras » et constitue le site de reconnaissance
de l'antigène.
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Les Hormones
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Maturation de l’insuline
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