MISE Agriculture

RAPPORT DE
SYNTHESE
 Table des matières

Maladies et protection phytosanitaire ................................................................................. 3

Olivier ................................................................................................................................ 3
L'Œil de paon ............................................................................................................................ 3
La Verticilliose .......................................................................................................................... 3
La Fumagine.............................................................................................................................. 3
La Bactériose ............................................................................................................................. 3
Xylella fastidiosa ....................................................................................................................... 3
Agrumes ............................................................................................................................. 4
Tristeza...................................................................................................................................... 4
Psoroses..................................................................................................................................... 4
Tatterleaf ................................................................................................................................... 4
Greening des agrumes ................................................................................................................ 4
Phytophthora ............................................................................................................................. 4
Blé ..................................................................................................................................... 5
Le charbon nu ............................................................................................................................ 5
Les rouilles du blé...................................................................................................................... 5
Le Charbon foliaire .................................................................................................................... 6
Les pourritures racinaires ........................................................................................................... 6
Les Septorioses .......................................................................................................................... 6
Oïdium ...................................................................................................................................... 7
Maïs ................................................................................................................................... 8
La pourriture de la tige............................................................................................................... 8
La rouille du maïs ...................................................................................................................... 8
Le charbon................................................................................................................................. 8
Helminthosporiose du maïs ........................................................................................................ 9
Méthodes d’estimation du rendement ................................................................................. 9
Agrumes & Oliviers ........................................................................................................... 9
Blé ................................................................................................................................... 10
Maïs grain ........................................................................................................................ 10
Maïs fourrage ................................................................................................................... 11
Stress Hydrique .................................................................................................................. 11
Description du stress hydrique sur le blé : ......................................................................... 11
Description du stress hydrique sur le maïs : ...................................................................... 11
Description du stress hydrique sur les agrumes : ............................................................... 12
Description du stress hydrique sur l’olivier : ..................................................................... 12
Évaluation du stress hydrique ........................................................................................... 12
Les indices de végétation .................................................................................................... 13
Les indices utilisés pour évaluation des cultures (maïs et blé) ........................................... 13
The Excess Green Index (ExGI) ............................................................................................... 13
The Modified Chlorophyll Absorption in Reflectance Index (MCARI)..................................... 13
The photochemical reflectance index (PRI) .............................................................................. 13
Normalized green-red difference index (NGRDI) ..................................................................... 13
L'indice de végétation par différence normalisée (NDVI) ......................................................... 13
Ratio Vegetation Index (RVI) .................................................................................................. 13
Soil Adjusted Vegetation Index SAVI ...................................................................................... 13
Water Index (WI)..................................................................................................................... 14
L'indice de stress hydrique des cultures (CWSI) ....................................................................... 15
Surveillance des vergers d'agrumes basée sur la télédétection ........................................... 15
Suivi et évaluation des maladies ........................................................................................ 16
La télédétection au service de la surveillance des zones infectées par le virus Citrus tristeza
(CTV) dans un verger d'orangers ...................................................................................... 16
La télédétection au service de la surveillance des zones infectées par le Greening et le
phytophtora dans un verger d'orangers .............................................................................. 16
Surveillance de l'incidence de l'infection par Xylella fastidiosa dans les vergers d'oliviers à
l'aide d'indices de végétation............................................................................................. 17
Surveillance du stress hydrique par télédétection............................................................. 18
Surveillance du stress hydrique dans un verger d'orangers ................................................ 18
Surveillance du stress hydrique dans un verger d’oliviers ................................................. 19
Surveillance du stress hydrique sur le blé.......................................................................... 20
Évaluation du stress minéral (cas d’Azote) chez l’olivier ................................................. 21
La gestion des mauvaises herbes sur le blé........................................................................ 21
Pour l’exemple du sorgho ................................................................................................. 23
Maladies et protection phytosanitaire
Olivier

Les maladies de l'Olivier sont:

L'Œil de paon
(Cycloconium oleaginum) : tâches arrondies sur feuilles adultes pouvant entraîner la défoliation
de l'arbre. Lutte : traitement avec une bouillie cuprique en février et novembre.

La Verticilliose
(Verticillium dahliae) maladie grave qui affecte les oliveraies en irrigation pérenne. Une
branche ou une charpentière se dessèche brutalement. Lutte : réduire les irrigations dans les
oliveraies en sols lourds ; modérer la fertilisation azotée; proscrire les cultures maraîchères ou
oléagineuses en intercalaire.

La Fumagine
Se développe sur les arbres touffus, non taillés. Lutte : aérer l'arbre par des tailles, bouillie
cuprique.

La Bactériose
(Tuberculose = Pseudomonas syringae pv savastanoï), maladie bactérienne en progression dans
les oliveraies du nord du Maroc où l'humidité de l'air et le gaulage favorisent sa dissémination.
Lutte : contrôle des parcs à bois des pépinières ; désinfecter les outils de taille; éliminer les
ramifications atteintes de galles et les brûler; traiter au cuivre les plaies occasionnées par la
taille ou la chute de grêle; éviter le gaulage.

Xylella fastidiosa
Une bactérie phytopathogène qui peut vivre dans le xylème de plus de 300 espèces végétales,
cause de graves dommages à de nombreuses cultures dans le monde, dont l'olivier. Les
symptômes commencent alors à être visibles, avec une augmentation progressive de la
décoloration et une défoliation des couronnes des arbres en quelques mois, conduisant à la mort
des arbres en quelques années. Lutte : Conduite d'une surveillance renforcée de la zone infectée,
par la réalisation de prélèvements et d'analyses, afin de s'assurer de l'éradication de la bactérie.

L'Œil de paon Verticilliose Fumagine Bactériose

Agrumes

Les maladies des Agrumes sont :

Tristeza
Le virus provoque une nécrose des tissus conducteurs de sève au point de greffe. Par
conséquence, la circulation de sève dans le phloème est bloquée. Les symptômes s’identifient
par des craquelures et des striures du feuillage, conduisant au jaunissement, puis à la chute des
feuilles. Lutte : Lorsqu'il est atteint de Tristeza, l’arbre finit par dépérir.

Psoroses
Se détecte le plus souvent par des chloroses, des gaufrages et des mosaïques sur les feuilles.
Cette maladie a pour conséquences une décoloration, une perforation et une criblure du bois à
l’origine de l’affaiblissement de l’arbre.

Tatterleaf
C’est une maladie causée par un virus filamenteux, le feuillage est déformé, il devient jaunâtre,
et les rameaux en zigzags caractérisent le plus souvent cette maladie. Lutte : Pour éviter la
propagation, il est recommandé de désinfecter soigneusement les outils de taille. Il suffit de les
plonger dans une solution contenante 1 % d’hypochlorite de sodium pour les débarrasser du
virus.

Greening des agrumes

Les symptômes se manifestent sur les feuilles par un jaunissement des veines et une chlorose
asymétrique. L’asymétrie est le caractère le plus sûr pour un diagnostic positif. Les taches en
vert foncé au milieu des taches claires sur les feuilles d’un arbre infesté sont aussi à considérer.

Phytophthora
Les symptômes les plus typiques sont la gommose du bois (apparition de gouttes d’exsudat
brun à la surface du tronc ou de charpentières infestées) et la pourriture des fruits. Lutte : Le
phytophthora se développe en conditions humides. La lutte préventive s’attache donc à éliminer
cette humidité et choisir des plants d’agrume greffés sur des porte-greffes résistants

Tristeza Psoroses Tatterleaf

 Greening des agrumes Phytophthora

Blé

Le charbon nu
Symptômes :
Les symptômes du charbon sont visibles entre la floraison et la maturité. Au début, les épis
infectés sont noircis, et apparaissent un peu plutôt que les épis sains. Les enveloppes de la
graine, ainsi que leur contenu sont détruites et remplacées par une masse noirâtre, constituée de
spores du champignon.

Intervention :
• Produire des semences saines en utilisant un traitement de semences fongicide à
efficacité totale.
• Utiliser des cultivars résistants
• Effectuer des contrôles pour vérifier que le champ est exempt de semences infectées et
éviter l’emploi de semences provenant de champs infectés pour les futures cultures

Les rouilles du blé

Symptômes :
● Rouille brune : pustules de petite taille, circulaires ou ovales, oranges ou brunâtres. Elles
apparaissent de préférence sur la face supérieure des feuilles.
● Rouille noire : Pustules plus longues que celles de la rouille brune et de couleur rouge-brique
à marron foncé. Elle se développe sur les feuilles, sur les tiges et sur les épis.
● Rouille jaune : Pustules jaunâtres, alignées le long des nervures des feuilles, sous forme de
stries. Les pustules se développent aussi sur la face inférieure des feuilles et sur les épis.
 R R R
J N B

Intervention :
• Les triazoles (famille des matières actives) robustes comme l’époxiconazole (en
préventif et en curatif) sont très efficaces contre la rouille jaune, les strobilurines auront
une efficacité uniquement préventive.
• Détruire les repousses de céréales et les adventices qui sont des hôtes du champignon.
• Ne pas semer trop tôt, pour éviter les infections d’automne.
• Eviter les fortes densités de semis.
• Privilégier des variétés résistantes et précoces.
• Pratiquer des fumures azotées fractionnées et équilibrées.

Le Charbon foliaire
Symptômes :
Les plantes atteintes manifestent des stries longitudinales le long des feuilles tordues. Des
masses sporifères noirâtres apparaissent au niveau des stries entre les veines de la feuille.

Les pourritures racinaires

Symptômes :
Les plantes atteintes montrent des épis blancs non remplis. Pour s'assurer de la nature exacte de
la maladie, on doit arracher quelques plantes atteintes et observer le système racinaire. Des
taches brunes sont observées sur le collet, le sous-collet et les racines.
Intervention :
L’alternance d’une céréale avec une culture non céréalière est efficace pour réduire les
populations des agents de pourritures racinaires et celles des nématodes existés dans le sol.

Les Septorioses
Symptômes :
Les premiers symptômes sont observés sur les feuilles du bas et progressent au fur et à mesure
vers les feuilles supérieures de la plante. Ces symptômes se présentent sous forme de taches
allongées de taille variable sur les feuilles. Les taches sont d'abord chlorotiques et deviennent
nécrotiques par la suite. Dans les parties nécrosées des feuilles, des fructifications se forment.
Intervention :
• Eviter les retours fréquents de blés.
• Détruire les résidus de paille et les graminées adventices et favoriser leur
décomposition.
• Choisir une variété peu sensible.
• Eviter les semis précoces qui augment le temps d’exposition à une infection.
• Eviter les fortes densités de semis.
• Eviter des pailles trop courtes, qui facilitent l’infection des feuilles par les
éclaboussures.
Oïdium
Symptômes :
Feutrage blanc envahissant la surface de la feuille, mais aussi le reste de la plante, feutrage
devenant gris et se parsemant de points noirs, puis évoluant en croûtes blanchâtres à grisâtres.

Intervention :
• Incorporer rapidement les résidus de récolte et suivre par un travail du sol afin
de détruire les repousses de céréales et autres graminées
• Choisir une variété peu sensible
• Eviter les semis précoces
• Eviter les semis à forte densité qui maintiennent une humidité dans la végétation
• Surveiller la teneur du sol en potasse
• Eviter les apports tardifs d'azote
Remarque :
Les spécialités disponibles sur le marché sont efficaces à des degrés variables vis-à-vis de la
septoriose et des rouilles jaune et brune. Les fongicides homologués sur blé contre ces maladies
au Maroc (Index phytosanitaire, AMPP et site de l’ONSSA) appartiennent à deux familles
chimiques principales: les triazoles et les strobilurines.
Maïs

La pourriture de la tige
Symptômes :
POuvrant la tige en deux, on observe que le tissu intérieur se désintègre et a pris une couleur
caractéristique rose-saumon. Sur la partie extérieure on observe des points noirs. Une autre
caractéristique de cette maladie est que la partie supérieure de la plante se dessèche près la
floraison.

Intervention :
Il n’existe pas de traitement chimique pour ces pathologies. Il faudra donc choisir des variétés
résistantes. D’autres mesures pour éviter cette maladie consisteront à apporter de l’engrais azoté
équilibré, à semer à des densités pas trop élevées, à éliminer les résidus de récolte et à prévenir
les attaques de vrilles qui favorisent l’infestation.

La rouille du maïs
Symptômes :
Elle commence par de petits points chlorotiques qui se développent en pustules poussiéreuses
et de couleur sombre.

Intervention :
Une fois l’infection produite, il n’y a aucun mécanisme pour éviter les dégâts. Aucun traitement
phytosanitaire ne peut guérir la culture. Dans ce cas il faut agir avec des mesures préventives.
De nos jours la plupart des hybrides modernes présentent des résistances à ce virus, mais pour
le moment il n’en existe aucun qui y soit résistant à 100 %. Le semis précoce ou le traitement
insecticide de la semence peuvent représenter d’autres mesures préventives.

Le charbon
Symptômes :
Tumeurs pouvant atteindre 15 cm de diamètre, blanches au début et qui s’obscurcissent avec le
temps. À maturité elles explosent en dispersant une grande quantité de spores pouvant se
conserver dans le sol plusieurs années.
Intervention :
Il n’existe pas de mesure de contrôle chimique pour ces pathologies, mais la plupart des variétés
actuelles sont résistantes à cette maladie.

Helminthosporiose du maïs
La maladie est caractérisée par l’apparition de lésions fusiformes. Celles-ci vont se multiplier
jusqu’à envahir la totalité du feuillage, en entrainant le desséchement prématuré des plantes
malades.

Intervention :
Les mesures préventives se basent essentiellement sur l’enfouissement des résidus de la culture
du maïs et l’utilisation de variétés tolérantes. Quant aux méthodes curatives, elles sont basées
sur l’utilisation de fongicides appropriés. Le recours aux fongicides est justifié en cas
d’apparition précoce de la maladie sur des variétés sensibles et à haut potentiel de production.
Exemples de produit : le fongicide Opera®Max de BASF, à base d’Epoxiconazole et de F500®
a été testé avec succès contre l’helminthosporiose du maïs dans un essai conduit dans la région
de Larache en 2015, dès l’apparition des premières lésions de l’helminthosporioses sur les
feuilles basales

Méthodes d’estimation du rendement

Agrumes & Oliviers
Plusieurs méthodes pratiquées à savoir :

• Estimation visuelle (œil expérimentée) : Certains professionnels expérimentés sont

capables de faire des estimations plus ou moins proches à la réalité uniquement par le
diagnostic visuel du verger et la comparaison avec son historique.
• Estimation d’un seul arbre : basé sur le choix d’un arbre représentatif dans chaque bloc
• Estimation des arbres de la diagonale des parcelles choisies
 • Utilisation des cadres à volume connus (voir photo). Cette technique utilisée pour
déterminer la charge moyenne dans un volume donné. D'autres informations sont
nécessaires telles que la densité et la taille des arbres.

Quelle que soit la méthode que vous choisissez, toutes sont basées sur :

Estimation de la charge de récolte = comptage de la densité de fruits x nombre d'arbres.

Plus vous faites de comptages, plus le résultat est précis. On peut également tenir compte
de l'historique du bloc et de la saison.

Figure 1. Utilisation d’un cadre de comptage de 0,125 m2 (0,5 m x 0,5 m x 0,5 m) fabriqué à partir de tubes légers.

Blé

Pour estimation du rendement du blé, on utilise la méthode du quadrat de ½ m2 avec 6

rééditions pour avoir plus au moins une bonne précision :

Ø Nombre d'épis /m2 = Nombre d'épis / ½ m2 x 2

Ø Nombre d'épis /m2 x Nombre de grains par épi x Poids Moyen d'un Grain = rendement
(g/m2)
Ø Ou bien : (Nombre d'épis /m2 x Nombre de grains par épi x PMG) / 1000 = rendement
(g/m2)
Ø Rendement (q/ha) = rendement (g/m2) / 10

Maïs grain

Ø Mesurer le nombre de plant /M2, Avec des répétition et échantillonnage en zigzag ou

diagonale sur la parcelle, et de préférence éviter les bordures de la parcelle.
Ø Mesurer le nombre d'épis /plant : Compter le nombre d'épis.
 Ø Compter le nombre moyen de grains par épis : Prendre 10 épis successifs. Sur chaque
épis, compter le nombre de rangs, le nombre moyen de grains sur les rangs pour avoir
le nombre moyen des grain par épis.
NB : Retenir les grains fécondés viables.
• Rendement grain (g/m2) = Nombre de plant/m2 x Nombre d’épis/plant x le nombre de
rangs x nombre moyen de grains /rangs x (PMG/1000).
• Rendement grain (g/m2) = Nombre de plant/m2 x Nombre d’épis/plant x Nombre de
grain/épis x (PMG/1000).
• Rendement grain (q/ha) = [Rendement grain (g/m2) / 10]

Maïs fourrage

Ø Mesurer le nombre de plant /M2. Avec des répétition et échantillonnage en zigzag ou

diagonale sur la parcelle, et de préférence éviter les bordures de la parcelle.
Ø Prendre le poids de la matière Fraiche d’un plant avec 10 répétitions.

• Mesurer le poids d’un m2 du Maïs Fourrager pour avoir le rendement en matière fraiche
(Kg de MF/m2).
• Rendement Fourrage (T de MF/m2) = Rendement Fourrage (Kg de MF/m2) /10
• Taux de MS = poids sec / poids Fraiche (le poids sec est obtenue en mettant
l’enchantions dans étuve pour 24 heures)
• Rendement Fourrage (Kg de MS/m2) = Nombre de plant/m2 x poids d’un plant (kg de
MS)
• Rendement Fourrage (T de MS/m2) = Rendement Fourrage (Kg de MS/m2) /10

Stress Hydrique
Description du stress hydrique sur le blé :

Lorsque la plante rentre effectivement en stress hydrique (c’est-à-dire que la demande

évaporative n’est pas satisfaite par l’eau prélevée par les racines), le statut hydrique de la plante
baisse. Cela a deux conséquences : une réduction de l’expansion foliaire et une baisse de la
transpiration via la fermeture des stomates. L’indice foliaire final peut donc être pénalisé si le
stress hydrique s’exprime courant montaison, même si l’alimentation en eau est rétablie
ultérieurement. La fermeture des stomates va de son côté ralentir progressivement la
photosynthèse, et éventuellement causer un échauffement des tissus si le rayonnement est fort
et les températures élevées. Dans ce cas, la réduction de la biomasse à floraison et des capacités
de photosynthèse de la plante pendant le remplissage des grains va pénaliser le poids de mille
grains (PMG).
Le stress hydrique se traduit par un jaunissement des feuilles basales puis remonte
progressivement vers les feuilles les plus récentes.

Description du stress hydrique sur le maïs :

Avant floraison : Enroulement des feuilles du cornet, la plante se protège en fermant ses
stomates pour limiter l’évapotranspiration et une coloration bleue des feuilles.
A la floraison : Retard de la floraison femelle et problème de fécondation.
Après floraison : Avortement des grains, échaudage des grains du haut de l’épi ou quelques fois
sur ou plusieurs rangs (épi en banane et - Perte de PMG).

Description du stress hydrique sur les agrumes :

Le stress hydrique a induit une augmentation de la teneur en sucres solubles au niveau des
feuilles. Le manque d'eau affecte d'une manière significative les caractéristiques physiologiques
et morphologiques des plants.

Description du stress hydrique sur l’olivier :

Un stress hydrique pendant les premières phases de développement du fruit risque de ralentir
la division cellulaire et de réduire le calibre final des fruits. Les arbres ayant subi un stress
hydrique durant la phase de grossissement de la pulpe (mois d’août) présentent des fruits plus
petits contenant moins d’eau ainsi qu’un ratio pulpe / noyau plus faible.

Évaluation du stress hydrique

La mesure du potentiel hydrique du xylème (Ψx) est la méthode standard pour évaluer l'état
hydrique. Dans ce protocole, les feuilles situées près du tronc sont enfermées dans des sacs ou
recouvertes d'une feuille d'aluminium pendant 30 min pour arrêter la transpiration et faire
correspondre le potentiel hydrique de la feuille à celui du xylème. Deux feuilles ombragées près
du tronc doivent être échantillonnées sur un arbre par parcelle au milieu de la journée à l'aide
d'une chambre à pression pour mesurer le potentiel hydrique (PWSC Modèle 3000, Soil
Moisture Equipment Corp., Californie, USA). Les mesures ont été effectuées une fois tous les
10 jours, avec une surveillance plus intense pendant la période de stress hydrique élevé (juin-
septembre).

Figure 2 : Coupe schématique d’une chambre à pression renfermant un petit rameau feuillé
Les indices de végétation
Les indices utilisés pour évaluation des cultures (maïs et blé)

The Excess Green Index (ExGI) contraste la partie verte du spectre contre le rouge et le bleu
pour distinguer la végétation du sol, et peut également être utilisé pour prédire les valeurs
NDVI. Il a été démontré qu'il surpasse d'autres indices qui fonctionnent avec le spectre visible
pour distinguer la végétation.
ExGI = ( 2 * G ) - ( R + B )

The Modified Chlorophyll Absorption in Reflectance Index (MCARI) a été développé comme
un indice de l'état de la végétation. L'indice d'absorption de la chlorophylle en réflexion a été
initialement conçu pour distinguer les matières non photosynthétiques de la végétation
photosynthétiquement active. Le MCARI est une modification de cet indice et est défini comme
la profondeur d'absorption de la chlorophylle dans la région rouge du spectre par rapport à la
réflectance dans les régions verte et rouge.

MCARI = (Red-Edge - R ) - 0.2 * ( Red-Edge - G) * ( Red-Edge / Red )

The photochemical reflectance index (PRI) : dérivé de la réflectance à bande étroite à 531 et
570 nm, a été exploré comme indicateur de l'efficacité d'utilisation du rayonnement
photosynthétique
PRI = (B531 – B570)/( B531 + B570)

Normalized green-red difference index (NGRDI) est obtenu en calculant la réflectance de la

zone verte et rouge du spectre électromagnétique, qui proviennent d'une image en couleurs
vraies. Cet indice peut être utilisé pour le suivi phénologique d'une culture qui permet de
déterminer la biomasse aérienne et le statut nutritif pour la gestion des adventices d'une zone
d'étude.
NGRDI = (G – R)/(G + R)

L'indice de végétation par différence normalisée (NDVI) a été développé comme un indice de
"verdure" des plantes et tente de suivre l'activité photosynthétique.

NDVI = NIR - R / NIR + R

Ratio Vegetation Index (RVI) qui peut être utilisé pour estimer et surveiller la biomasse
aérienne. Si l'IVR est très efficace pour l'estimation de la biomasse, notamment dans les zones
à végétation dense, il est sensible aux effets atmosphériques lorsque la couverture végétale est
inférieure à 50 %.
RVI = R / NIR

Soil Adjusted Vegetation Index SAVI est un indice qui introduit un paramètre d'ajustement, L,
qui caractérise le sol et son taux de recouvrement par la végétation. Il suppose que les isolignes
de végétation ne sont pas parallèles à la droite des sols, mais qu'elles coupent celle-ci en un
point selon la densité du couvert végétal. Le paramètre L prend la valeur de 0,25 pour une forte
densité et de 1 pour une très faible densité de végétation. Pour des densités intermédiaires, il
est égal à 0,5

SAVI= [(PIR-R) / (PIR+R+L)] (1+L)

Le SAVI est utilisé comme un d'indice de végétation dans un modèle de bilan hydrique
pour estimer l'évapotranspiration du blé et du maïs.

• ETo : évapotranspiration de référence ETo.

• Ke : coefficient d'évaporation du sol.
• Kcb : un coefficient de culture de base.
• Kc : l'effet de la transpiration de la culture et de l'évaporation du sol en un seul
coefficient.
• Fcmax : est la fraction de couverture végétale (fc ) pour laquelle Kcb est à son maximum
(Kcbmax ), et les indices max et min de SAVI renvoient aux valeurs pour un LAI très
important et un sol nu.

Une bonne corrélation a été établi pour la culture de blé et du maïs entre le ET mesuré et ET
estimé par l IV le SAVI, de l’ordre de R=0,92 et R=0,9 pour le blé respectivement pour les
années 2008 et 2009 et de l’ordre de R=0,92 et R=0,89 pour le maïs respectivement pour les
années 2008 et 200

Water Index (WI) = R900/R970.

Le rapport WI/NDVI a également été calculé afin de corriger le WI de l'effet du NDVI (dû à la
relation habituelle entre la verdure et l'humidité).
Les deux indices WI et NDVI ont été significativement corrélés avec la concentration en eau
des plantes. Le NDVI, qui mesure la biomasse verte de la végétation est influencé par les
changements de structure et de couleur (perte de pigments) dans les plantes en train de sécher.
Il est donc indirectement lié à la concentration en eau des plantes vivantes. Lorsque le WI a été
rapporté par le NDVI, les corrélations linéaires entre le WI et le PWC (plant water
concentration) ont augmenté.

NB : Ce rapport entre WI et NDVI peut être utiliser non seulement pour caractériser le stress
hydrique, mais pour la culture du blé ça peut être un indice pour savoir si la culture est en
maturité, donné une carte de maturité sur des parcelles de grande superficie. À ce qui concerne
le maïs fourrager ça va donner une idée sur le taux d’humidité à l’échelle de la parcelle pour
savoir le bon moment d’ensilage. Dans le cas du maïs grain ce rapport donne une idée sur le
taux d’humidité de la plante dans le moment de la moisson et le battage.

L'indice de stress hydrique des cultures (CWSI) c’est un indicateur thermiquement dérivé du
déficit hydrique basé sur les mesures de la température des feuilles et du couvert végétale a été
utilisé pour évaluer l'état hydrique des cultures.
La température de luminosité mesurée par la caméra thermique a été convertie en température
radiométrique en supposant un coefficient d'émissivité de la feuille. La température
radiométrique des feuilles acquise dans la région spectrale de l'infrarouge thermique permet de
calculer des cartesde la température foliaire et, grâce à l'estimation de l'CWAI, du déficit
hydrique de la plante. Le CWSI a été calculé en utilisant l’équation :

CWSI = (Tleaf − Twet) / (Tdry − Twet)

Tdry et Twet représentent respectivement la température d'une feuille stressée et d'une feuille
"humide" en l'absence totale de stress, tandis que Tleaf indique la température radiométrique
réelle de la surface de la feuille.

La procédure d'estimation des températures de référence (Tdry et Twet) est cruciale pour
obtenir des cartes de température précises. Les feuilles ont été enduites sur les deux faces de
vaseline pour empêcher la transpiration et arrêter le refroidissement par transpiration, simulant
ainsi la réponse physiologique des feuilles à des conditions de stress hydrique. La référence
humide a été obtenue en mouillant les deux côtés des feuilles. Tdry et Twet ont été mesurés 30
min après l'application de la vaseline et 20 s après lemouillage respectivement.

Les températures de référence humide et sèche ont également été calculées artificiellement.
Pour cela, une surface humide artificielle, faite de tissu en coton et maintenue continuellement
humide avec de l'eau froide, a été utilisée pour estimer la température humide de référence et
ainsi simuler des feuilles avec des stomates complètement ouverts. La température sèche de
référence a été estimée à l'aide d'une surface en aluminium noir, 5 cm de long, 10 cm de large
et 0,3 cm d'épaisseur. Cette méthode d'obtention des températures de référence est différente
mais comparable à celle rapportée par plusieurs auteurs, avec la méthodologie citée dans le
paragraphe précédent. Le choix des surfaces artificielles pour la mesure des températures de
référence s'explique par la nécessité d'obtenir des données à partir de nombreuses répétitions,
par plante et par traitement, de manière rapide et efficace,
Les deux références ont été utilisées conjointement avec les températures de la canopée pour
calculer les valeurs CWSI en utilisant l'équation (1). L'indice thermique linéaire (Ig) a
également été calculé comme suit :

lg = (Tdry − Tcanopy) / (Tcanopy − Twet)

Surveillance des vergers d'agrumes basée sur la télédétection

Parmi les facteurs très intéressants dans le suivi des vergers d'agrumes, il y a l'état de la
végétation. Dans le tableau 1, nous présentons quelques indices de végétation
Suivi et évaluation des maladies

La télédétection au service de la surveillance des zones infectées par le virus

Citrus tristeza (CTV) dans un verger d'orangers

L'indice de végétation par différence normalisée (NDVI) est largement appliqué pour
reconnaître les zones de végétation. Il est très sensible à la présence de symptomatologies
biotiques. L'indice analytique mCAI ou mCARI (modiied Chlorophyll Absorption Index ou
Modified Chlorophyll Relectance Absorption Index) est utilisé pour estimer la vigueur et l'état
de santé de la végétation.

Le MCARI résulte de l'équation suivante :

Indice = ((VNIR - Rouge)-0,2*(VNIR - Vert))*(VNIR / Rouge) en utilisant la bande 5 (VNIR),

la bande 4 (Rouge) et la bande 3 (Vert) de Sentinel-2.

Le MCARI est sensible à la concentration en chlorophylle des feuilles et à la réflectance au sol.

En général, des valeurs élevées de MCARI indiquent une faible teneur en chlorophylle des
feuilles. Le MCARI présente des faiblesses dans la prévision des faibles concentrations de
chlorophylle, notamment l'impact du signal du sol qui limite sa fonctionnalité. Par conséquent,
MCARI doit être interprété conjointement avec NDVI ou LAI.

La télédétection au service de la surveillance des zones infectées par le

Greening et le phytophtora dans un verger d'orangers

TGI = −0.5[190(R670 − R550) − 120(R670 − R480)]

Greening des agrumes et le Phytophthora sont des maladies qui affectent la production et la
rentabilité des agrumes. Les symptômes et les changements physiologiques associés à ces
maladies sont diagnostiqués par des mesures sur le terrain coûteuses et longues. Les véhicules
aériens sans pilote (UAV) utilisant l'imagerie rouge/vert/bleu (RGB, true color), peuvent être
une alternative économique pour diagnostiquer les maladies. Une méthodologie utilisant un
drone avec une caméra RVB a été développée pour évaluer la santé des agrumes. Les images
de l'indice de verdure triangulaire (TGI) ont été corrélées avec des mesures de terrain telles que
l'état nutritionnel des arbres, la surface foliaire, le SPAD (verdure des feuilles), la gravité de la
maladie. Il a été constaté que 61 % des différences de l'IGC pouvaient être expliquées par Na,
Fe, Ca et K. Cette étude montre que les agrumes malades peuvent être surveillés à l'aide de
drones équipés de caméras RVB et que le TGI peut être utilisé pour expliquer les différences
subtiles dans la santé des arbres causées par plusieurs maladies.

Surveillance de l'incidence de l'infection par Xylella fastidiosa dans les

vergers d'oliviers à l'aide d'indices de végétation

Parmi le large éventail d'indices de végétation structurels et physiologiques évalués à partir de

l'imagerie Sentinel-2, la variation temporelle de l'indice de végétation résistant à l'atmosphère
(ARVI) et de l'indice de végétation ajusté au sol optimisé (OSAVI) a montré une performance
supérieure pour l'estimation de l’incidence de la maladie Xylella fastidiosa (r2 VALUES>0,7,
p < 0,001).

Figure 3. Relation entre l'augmentation de l'incidence de Xf (ΔDI) et le taux de changement des indices de végétation ARVI
(a) et OSAVI (b). Le taux de changement a été calculé à partir des images Sentinel-2 prises en 2016 et 2017.
Surveillance du stress hydrique par télédétection
Surveillance du stress hydrique dans un verger d'orangers

Les indices utilisés dans cette étude sont présentés dans le tableau 1. Les trois premiers indices
(NDVI, RDVI et MTVI) sont principalement liés à la biomasse foliaire et à la structure de la
canopée. L'indice de bord rouge R700/R670 est utilisé dans la présente étude car il est sensible à
la teneur en chlorophylle. L'indice PRI570 a été proposé comme indicateur pré-visuel du stress
hydrique.

Index Formulation
NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) R800-R670/R800+R670

RDVI (Renormalized Difference Vegetation R800-R670/R800+R670

Index)

MTVI (Modified Triangular Vegetation Index) 0.5[120(R800 − R570) − 200(R670 − R570)]

R700/R670 (Chlorophyll-related Index) R700/R670

PRI570 (Photochemical Reflectance Index) R570-R531/R570+R531

PRI515 (Modified Photochemical Reflectance R515-R531/R515+R531

Index)

Le rayonnement infrarouge thermique de la canopée est utilisé depuis longtemps en

télédétection comme méthode de détection pré-visuelle du stress hydrique. L'imagerie
thermique acquise au-dessus de la végétation est sensible au taux de transpiration instantané de
la canopée au moment de l'acquisition de l'image car la température augmente en raison de la
réduction du refroidissement par évaporation dans des conditions de stress. D'autre part,
l'imagerie hyperspectrale dans le visible et le proche infrarouge (NIR) s'est avérée capable
d'estimer avec précision l'état physiologique des cultures grâce à des indices optiques liés à la
biochimie des feuilles et à la structure de la canopée. L'indice le plus prometteur pour suivre
l'état de la photosynthèse est l'indice de réflectance photochimique (PRI), qui a été proposé pour
évaluer le stress hydrique de la végétation sur la base des changements de composition des
pigments xanthophylles. Par conséquent, les PRI peuvent être plus descriptifs de la physiologie
des plantes et du fonctionnement photosynthétique, et donc des effets des déficits hydriques sur
le rendement et la vigueur, que les indicateurs thermiques.
Figure 4 : Coefficients de détermination (r2) des relations entre les indices spectraux de chaque vol et les mesures
coïncidentes au sol de Ψx au niveau des parcelles.

L'imagerie multispectrale a été utilisée pour extraire les indices de végétation proposés et a été
évaluée par rapport aux données Ψx mesurées sur le terrain pour chaque date (Fig. 2). On peut
observer que les indices structurels NDVI, RDVI et MTVI ont montré des relations
significatives avec les mesures Ψx uniquement à la fin du mois de septembre, lorsque les
niveaux de déficit hydrique soutenus ont affecté la structure de la couronne des arbres (Fig. 4a-
c). En revanche, les deux formulations de PRI ont présenté des relations significatives avec
l'état hydrique au début du mois de septembre (PRI515 vs Ψx, r2 = 0,49) (Fig. 2e et f), montrant
également une sensibilité à la phase de réhydratation. Des deux formulations de PRI, PRI515 a
montré de meilleures relations avec Ψx que PRI570 à la fin du mois de septembre (Fig. 2e et f).
Aucun des indices n'a présenté de relations avec Ψx lors des vols de juin ou d'août, lorsque les
niveaux de stress étaient encore plus faibles qu'à la fin de la période d'irrigation déficitaire.

Surveillance du stress hydrique dans un verger d’oliviers

L'indice VCI (Vegetation Condition Index), représente la dynamique de la végétation et décrit
les changements de l'état d'humidité. Les valeurs élevées de cet indice indiquent une végétation
saine et non stressée.

VCI =100∗(NDVI−NDVImin) / (NDVImax−NDVImin)

Tableau 1. Classification de la sécheresse des valeurs VCI

Classe de sécheresse Valeurs

Sécheresse extrême <10
Sécheresse sévère <20
Sécheresse modérée <30
Légère sécheresse <40
Pas de sécheresse >=40

Surveillance du stress hydrique sur le blé

Trois régimes d'irrigation (WR) ont été utilisés en combinaison avec deux niveaux d'azote. Le
site régimes d'irrigation comprenaient (i) l'irrigation complète (I100) ; (ii) l'irrigation déficitaire
(I50), qui a appliqué la moitié des besoins en eau des cultures ; et (iii) le traitement pluvial (I0).
Les quantités d'azote étaient les suivantes (i) 50 kg ha-1 soit un niveau faible (LN) et (ii) 300
kg ha-1 ce qui correspond à un niveau élevé (HN).

Tableau 1. Les indices dérivés des bandes hyperspectrales du visible et du proche infrarouge

Résultat :
Tous les indices, à l'exception du MCARI et du CIgreen, ont été significativement affectés par
l'irrigation et l'effet a varié dans le temps (interaction irrigation × DAS (jours apres semis)).
Les niveaux d'azote ont affecté de manière significative les indices basés le red-edge (REIP,
NDRE, MCARI, CIred-edge, DD, DATT, MTCI, ainsi que CI), tandis que le structurel (NNDVI,
CIgreen) et les indices de bande d'eau (WBI, WBI/NDVI) n'ont pas varié de manière significative.
La plus haute capacité de discrimination a été démontrée par NDRE, CIred-edge, DATT et MTCI.
Parmi tous les indices testés (tableau 3), les indices NNDVI et WBI/NDVI avaient la meilleure
capacité à différencier l'interaction irrigation x azote, montrant une plus grande capacité de
discrimination sous faible teneur en azote. CIred-edge était le seul indice affecté par l’interaction
entre l'irrigation, l'azote et le DAS.

Évaluation du stress minéral (cas d’Azote) chez l’olivier

Les longueurs d'onde dans la région NIR (710 à 900 nm) et l'indice de végétation NDVI ont
permis de distinguer les carences en azote foliaire de l’olivier avec précision (>94 %). Les
résultats suggèrent que l'induction d'un déficit nutritionnel en N pendant plus de 10 ans chez
les oliviers a entraîné des teneurs en nutriments foliaires différentes qui sont détectables par les
mesures dans la région du NIR.

La gestion des mauvaises herbes sur le blé

Pour le blé il y a un article, mais ce n’est pas gratuit :
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0168169922006135#preview-section-
references
https://www.mdpi.com/journal/remotesensing/special_issues/crop_disease.
Les principaux adventices nuisibles aux céréales sont le brome, l’avoine stérile
(monocotylédones), la mauve, le coquelicot et le chardon (dicotylédones).

Le brome

L’avoine stérile
 La mauve

Le coquelicot

Le chardon

Pour l’exemple du sorgho

La détection des mauvaises herbes comme la distinction des mauvaises herbes des plants de
sorgho et du sol pixel par pixel (segmentation des mauvaises herbes). Pour activer le ML
supervisé, l’attribution de trois classes (mauvaises herbes, sorgho, sol) à chaque pixel de chaque
image collectée. Pour le processus d'annotation, nous avons utilisé le programme open-source
GNU Image Manipulation Program (GIMP). Des experts en agronomie ont guidé le processus
d'étiquetage pour garantir une vérité terrain de haute qualité. La figure 1 montre un exemple de
capture de drone et sa vérité terrain au niveau des pixels associée.
Fig. 1. Exemple de capture par drone et vérité terrain associée pour le jeu de données
sorghum_17. a Capture UAV de d’un champs de sorgho b Vérité terrain au niveau pixel avec
arrière-plan en gris, plantes de sorgho en bleu et plantes adventices en orange.