Polycopie Boudjema - Merged

République Algérienne Démocratique Et Populaire
Ministère De L’Enseignement Supérieur Et De La Recherche Scientifique
Université de Blida 1
Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie
Département de Biologie et Physiologie Cellulaire
MICROBIOLOGIE
ALIMENTAIRE
Cours Licence-Master
Dr. BOUDJEMA NOUARA
2015-2016
Dr. Nouara BOUDJEMA
Maitre de conférences
(SNV/BPC, Blida1)
Microbiologie Alimentaire
(Cours Licence-Master)
Ce document est destiné aux étudiants de 3ème année licence, 1ère et 2ème
année Master Microbiologie
2015-2016
LISTE DES FIGURES
Figure 1. Pyramide des groupes alimentaires ............................................................................... 2

Figure 2 : Les différentes étapes de l’infection bactérienne ......................................................... 14
Figure 3. Distances phylogénétiques entre les genres principaux constituant les BL basées
sur les séquences des ARNr 16S .................................................................................................. 24
Figure 4. Types de fermentation lactique, homo-fermentation des bactéries lactiques (a)
et hétéro-fermentation (b)............................................................................................................. 27
Figure 5. Facteurs intrinsèque et extrinsèques ............................................................................. 40
Microbiologie Alimentaire/L3 microbiologie Dr. BOUDJEMA Nouara /Université de Blida 1
Sommaire
Introduction ......................................................................................................................... 1
Chapitre 1 : LES GRANDS GROUPES D’ALIMENTS
1. VIANDE-POISSONS-ŒUFS ...................................................................................... 3
1.1. Viandes et produits carnés....................................................................................... 3
1.2. Charcuteries ............................................................................................................. 4
1.3. Poissons ................................................................................................................... 4
1.4. Œufs ........................................................................................................................ 5
2. LAIT ET PRODUITS LAITIERS ................................................................................... 5
2.1. Laits .............................................................................................................................. 5
2.2. Fromages ...................................................................................................................... 6
3. MATIÈRES GRASSES .................................................................................................. 7
3.1. Crème et le beurre ........................................................................................................ 7
3.2. Autres matières grasses d’origine animale ................................................................... 8
3.3. Huiles et margarines ..................................................................................................... 8
4. LÉGUMES ET FRUITS ................................................................................................. 9
4.1.Légumes ........................................................................................................................ 9
4.2.Fruits.............................................................................................................................. 9
5. CÉRÉALES ET DÉRIVÉS – LÉGUMINEUSES .......................................................... 10
5.1. Céréales et Dérivés ....................................................................................................... 10
5.2. Légumineuses ............................................................................................................... 11
6. SUCRES ET PRODUITS SUCRÉS ............................................................................... 11
7. EAU ET BOISSONS ..................................................................................................... 11
7.1. Eaux .............................................................................................................................. 12
7.2. Boissons sucrées ........................................................................................................... 12
Chapitre 2 : MICRO-ORGANISMES ET ALIMENTS
I. Bactéries pathogènes des produits alimentaires ............................................................ 13

I.1. Pouvoir infectieux ......................................................................................................... 13
I.1.1. Mécanismes d'infections ......................................................................................... 14
I.1.2. Etapes de l’infection ................................................................................................ 14
I.1.2.1. Contamination ................................................................................................... 15
I.1.2.2. Pénétration (porte d’entrée) ............................................................................... 15
I.1.2.3. Action ................................................................................................................ 15
I.2. Pouvoir pathogène ....................................................................................................... 15
I.3. Virulence ....................................................................................................................... 16
I.4. Caractères microbiens favorisant la virulence .............................................................. 16
I.4.1.Pouvoir d’adhésion ..................................................................................................... 16
I.4.2. Envahissement .......................................................................................................... 17
I.4.3. Pouvoir pathogène proprement dit ............................................................................. 17
I.5. Modalités du pouvoir toxique ....................................................................................... 18
I.5.1. Intoxications ............................................................................................................... 18
I.5.2. Intoxinations .............................................................................................................. 18
I.5.3. Toxi-infection et toxinogenèse liée à la virulence ..................................................... 18
II. Microbiologie des principaux produits alimentaires ...................................................... 19
II.1. Microbiologie des eaux................................................................................................ 19
II.2. Microbiologie de lait et dérivés ................................................................................... 19

II.3. Microbiologie de la viande .......................................................................................... 20
II.4. Microbiologie des plats cuisinés.................................................................................. 20
II.5.Microbiologie des conserves ........................................................................................ 20
II.6. Microbiologie des beurres et matière grasse ............................................................... 20
Chapitre 3 : LES BACTERIES LACTIQUES
1.Définition ......................................................................................................................... 22
2. Caractères généraux ..................................................................................................... 22
3. Classification et taxonomique ...................................................................................... 23
4. Principaux genres des bactéries lactiques .................................................................... 25
5. Isolement et dénombrement ......................................................................................... 25
6. Voies métaboliques ...................................................................................................... 26
7. Bactéries bénéfiques en agro-alimentaire .................................................................... 28
7.1. Bactéries à fermentation ............................................................................................... 28
7.1.1. Fermentation alcoolique ou éthylique ....................................................................... 28
7.1.2. Fermentation lactique ................................................................................................ 28
7.1.3. Fermentation acétique ............................................................................................... 31
7.2. Production de biomasse ................................................................................................ 31
7.3. Production de métabolites ............................................................................................ 31
7.4. Bioconservations….. …. ............................................................................................... 32
7.5.Production de biocarburants .......................................................................................... 32
Chapitre 4 : LES ALTERATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS ET MOYENS DE

LUTTE
I. ALTERATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS ............................................. 33

I.1. Différents types altérations ........................................................................................... 33
I.1.1. Altération physique .................................................................................................... 34
I.1.2. Altération chimique et biochimique..................................................................... 34
I.1.3. Altération microbienne .............................................................................................. 34
I.2. Incidence sur la qualité d’altération .............................................................................. 35
I.3. Facteurs influençant la flore d’altération des aliments ................................................. 36
I.3.1. Facteurs intrinsèques ................................................................................................. 36
I.3.2. Facteurs extrinsèques ................................................................................................ 38
I.4. Origine et nature de la flore microbienne des aliments ................................................ 39
I.5. Mode de contamination................................................................................................. 40
I.5.1. Contamination par les manipulateurs ......................................................................... 40
I.5.2. Contamination par l’environnement .......................................................................... 41
I.5.3. Contaminants industriels ............................................................................................ 41
I.6. Mécanismes d’altération ............................................................................................... 41
I.6.1. Durée de vie et dégradation alimentaire .................................................................... 41
I.6.2. Dégradation microbienne ........................................................................................... 42
II. MOYENS DE LUTTE ................................................................................................. 43

II.1. Facteurs influençant la destruction microbienne ......................................................... 43
II.1.1. Nature et l’état des micro-organismes ...................................................................... 43
II.1.2. Nature de l’agent antimicrobien ............................................................................... 43
II.1.3. Rôle de l’environnement........................................................................................... 43

II. 2. Moyens Physiques ...................................................................................................... 43
II.2.1. Température (la chaleur)........................................................................................... 44
II.2.1.1. Stérilisation ............................................................................................................ 44
II.2.1.2. Pasteurisation ......................................................................................................... 45
II.2.1.3. Tyndallisation ........................................................................................................ 45
II.2.1.4. Thermisation .......................................................................................................... 46
II.2.1.5. Chaleur sèche ......................................................................................................... 46
II.2.2. Froid (Congélation et Réfrigération) ........................................................................ 46
II.2.3. Radiations ................................................................................................................. 47
II.2.4. Pression ..................................................................................................................... 47
II.2.5. Elimination mécanique ............................................................................................. 47
II.2.5.1.Filtration ................................................................................................................. 47
II.2.5.2. Centrifugation ........................................................................................................ 48
II.3.Moyens Chimiques ...................................................................................................... 48
II.4. Moyens biologiques (Chimio-thérapeutiques) ............................................................ 49
Conclusion ........................................................................................................................... 52
Références bibliographiques ............................................................................................... 53
LISTE DES TABLEAUX
Tableau 1 : Teneur en lipidique et en cholestérol des viandes, poissons et œufs ....................... 3

Tableau 2 : Apports nutritionnels moyens des différents laits/100g ............................................ 6
Tableau 3: Composition de quelques corps gras solides .............................................................. 7
Tableau 4 : Teneur en amidon et en protéine des céréales ........................................................... 11
Tableau 5 : Description des principales bactéries responsables dans toxi-infections
alimentaires collectifs (TIAC) ..................................................................................................... 18
Tableau 6 : Flore origine et d’altération des principaux groupes alimentaire .............................. 20
Tableau 7 : Principaux espèces de bactéries lactiques ................................................................. 25
Tableau 8: Propriétés générales des bactéries lactiques et leurs intérêts dans l’industrie
alimentaire .................................................................................................................................... 29
Tableau 9 : Participation des bactéries lactiques aux autres produits .......................................... 30
Tableau 10 : Exemples d'altérations des denrées par des bactéries psychrotrophes .................... 35
Tableau 11 : Classification des micro-organismes selon leur température optimale
de croissance ................................................................................................................................ 38
Tableau 12 : Agents antimicrobiennes des produits alimentaires, des surfaces et
Matériels ....................................................................................................................................... 48
Tableau 13 : Caractéristiques des substances antibactériennes .................................................... 50
Microbiologie Alimentaire Dr. BOUDJEMA Nouara /Université de Blida 1
Introduction
La microbiologie alimentaire est une science qui traite les micro-organismes des
aliments en particulier l’industrie alimentaire. Les aliments sont d’origine végétale et/ou
animale peuvent être le siège de prolifération microbienne, prolifération d’autant plus variée
que le produit est riche en éléments nutritifs et placé dans des conditions favorables à la
croissance microbienne (Nicklin et al., 2000). Afin d’assurer la santé du consommateur, il est
nécessaire de prendre en compte les transformations et les incidentes des accidents d’origine
alimentaire. Pour cela, la maitrise des fabrications est basée sur la qualité marchande et
hygiénique des aliments (Cuq, 2007).
Les micro-organismes sont associés généralement de façon implicite, dans diverses

industries agro-alimentaire dans des buts variés: obtentions des produits fermentés, de culture
microbienne, métabolites utilisables comme additifs alimentaires, etc. (Prescott et al., 2010).
Cependant, certains contaminants (bactéries, champignons et levures) ne présentent aucun
inconvénient, ni pour le produit ni pour le consommateur. En revanche, d'autres sont
susceptibles de nuire gravement à la santé humaine (flore pathogène) ou de mettre en péril la
vie commerciale de la denrée (flore d'altération).
La détérioration des aliments constitue un problème important dans toutes les sociétés.
Elle peut se produire à n’importe qu’elle stade de la production, du transport, du stockage ou
de la préparation. Lors d’une intoxication alimentaire, les micro-organismes se multiplient
dans les aliments et produisent des toxines qui affectent alors la santé du consommateur
(Guiraud, 1998 ; Prescott et al., 2003).
1
-Chapitre 1-
LES GRANDS GROUPES D’ALIMENTS
Il est classique de regrouper dans une même catégorie les aliments qui présentent une parenté
biochimique, une composition en nutriments voisine ou des modalités de production
semblables (Desalme et al., 2004). Nous envisagerons donc 7 catégories d’aliments (figure 1):
1- Viandes-poissons-œufs,
2- Produits laitiers,
3- Matières grasses,
4- Légumes et fruits,
5- Céréales et dérivés Ŕ légumineuses,
6- Sucres et produits sucrés,
7- Eau et boissons.
Sucre
et
Produits sucrés
Matière grasse
Viande, poisson et œuf
Lait et produits laitiers
Légumes et fruits
Céréales et dérivés
Eau et boissons
Figure 1. Pyramide des groupes alimentaires
2
1. VIANDE-POISSONS-ŒUFS
1.1. Viandes et produits carnés
Sont des produits riches en protéines en graisses et en peu de glucides, d’où le développement
favorable des micro-organismes protéolytiques entrainant une modification de la qualité
organoleptique (l’odeur, la couleur et la texture).
La teneur en protéine est de moyenne de 16 à 20g/100g de viande avant cuisson et 60 à 70%

d’eau à l’état frais (Dupin et al., 1992). Ces protéines sont composées essentiellement de
myosine, myoalbumine et de collagène.
Les viandes sont dépourvues de vitamines liposolubles. Elles sont riches en vitamines du
groupe B. Les abats (principalement le foie) en sont les plus riches et représentent en outre un
apport important de vitamines A et D (Fournaud, 1982 ; Ciqual, 1995).
Les lipides des viandes sont constitués principalement d’acides gras saturés et mono-
insaturés. La teneur en matières grasses des viandes varie selon l’espèce, l’état
d’engraissement de l’animal et le morceau considéré. Compte tenu de ces considérations une
viande peut contenir 2 à 30% de graisses (tableau 1) (Ciqual, 1995). Toutes les viandes,
mêmes maigres sont sources de cholestérol, en particulier les abats. Selon la teneur en lipide,
les viandes sont distinguées en trois types:
-les viandes les plus maigres (< 10%)
-les viandes plus grasses (10 à 30%)
-les viandes maigres (~5%).
Tableau 1 : Teneur en lipidique et en cholestérol des viandes, poissons et œufs (Ciqual, 1995)
Aliments Lipides Aliments Cholestérol

Totaux (%) (mg/100 g)
Agneau 15 Cervelles 2 000 à 2 200
Bœuf 8,5 Rognons 365 à 380
Porc 12 Foie 265 à 555
Cheval 4,6 Cœur 150 à 170
Œuf 10,5 Langue 110 à 140
Oie 17,5 Jaune d’œuf 1 480
Poulet 4 Charcuteries 100 à 380
Dinde 2,9 Viande en général 65 à 80
3
Thon au naturel 1,6 Viandes de porc 100

Sardine 9 Crustacés (crevettes, 140 à 182
Saumon 10,1 homard)
Hareng 14,6 Œuf de “lump“, caviar 300
Coquillages (moules, 50 à 70
coquille St Jacques)
Poissons 50 à 70
1.2 Charcuteries
A l’origine, la charcuterie est une méthode de conservation de la viande. Toute charcuterie

fait l’objet d’une salaison avec un mélange de sel et de nitrate de potassium, ou de sel et de
nitrite de sodium. Les charcuteries contiennent 10 à 20% de protéines (les jambons cuits ou
secs en sont les plus riches). Elle est caractérisée par sa richesse en lipides : 20 à 35% (les
saucisses, saucissons cuits) et 35 à 40% (les rillettes, saucissons secs et salamis). La teneur en
cholestérol des charcuteries est variable : 100mg/100g dans les saucissons et saucisses, 150 à
260mg/100g dans les pâtés de foie et 60 à 70 mg/100g dans le jambon (Ciqual, 1995, Roberts,
1999).
1.3 Poissons
Le poisson et les crustacés représentent un apport en protéines d’aussi bonne qualité que la
viande et peu de glucide. Il contient en outre une quantité plus importante de substances
azotées non protéiques (ammoniaque, urée) qui lui donnent une odeur caractéristique. Les
poissons sont une bonne source de vitamines du groupe B (en particulier B12) et de vitamine
E. Les vitamines A et D sont également abondantes dans les poissons gras (Dupin et al.,
1992).
Le poisson contient en moyenne 18 à 19% de protéine. On a signalé des valeurs variables : le

thon 25 à 35%, les huitres 7 à 10% (Dupin et al., 1992). La teneur en lipides des poissons est
variable (0,5 à 15%). La teneur en cholestérol du poisson est de 50mg à 70mg pour 100g.
Les poissons sont classés généralement en 3 groupes (Ciqual, 1995):
-Poissons maigres (0,5 à 5%) : merlan, sole, dorade, morue,

-Poissons demi-gras (5 à 10%) : maquereau, sardine, saumon, thon,
-Poissons gras (> 10%): anguille,
4
Il représente une source importante de phosphore, en sélénium et peu de calcium. Les

coquillages et crustacés ont la particularité d’être plus riches en divers minéraux (calcium,
zinc, fer, sodium) (50 à 400mg/ 100g) (Dupin et al., 1992).
1.4. Œufs
Les protéines de l’œuf (l’ovalbumine dans le blanc et ovovi-telline dans le jaune) ont une
excellente valeur biologique. La teneur protéique de l’œuf entier est de 14% (8g) et de 12 à
16% en lipide (Dupin et al., 1992). Les lipides sont contenus uniquement dans le jaune (33,5g
pour 100g de jaune d’œuf soit environ 7g de graisses dans 1 jaune) et comportent une forte
proportion de phospholipides (Desalme et al., 2004). D’autre part le jaune d’œuf est une
source importante de cholestérol (1 500mg environ pour 100g soit 300mg pour 1 jaune). Il est
riche en phosphore et en fer. L’œuf est une bonne source de vitamines du groupe B et pour le
jaune de vitamines A et D, pratiquement pas de glucide et 75% d’eau (Dupin et al., 1992 ;
Ciqual, 1995).
2. LAIT ET PRODUITS LAITIERS
2.1. Lait
C’est un aliment de choix complet, il contient de graisses, du lactose, des protéines, des sels
minéraux, des vitamines et de 87% d’eau; son pH est de 6,7. C’est un substrat très favorable
au développement des micro-organismes. Il est la matière première de plusieurs produits
alimentaires (Ciqual, 1995).
 Un litre de lait de vache, qu’il soit entier ou écrémé apporte 35g de protéines. Il s’agit
principalement de caséine, de lactalbumine et de lactoglobuline. Tous les acides
aminés indispensables sont présents.
 La teneur en lipides du lait est standardisée à un taux minimum de 36g/L de lait entier.
Cette teneur en lipides confère une valeur énergétique importante (700 Kcal soit 2 930
KJ/1L) (tableau 2). Les triglycérides du lait comportent essentiellement des acides
gras saturés (60 à 65%) et monoinsaturés (32%). Il contient également du cholestérol
(lait entier : 140 mg/litre, lait 1/2 écrémé : 90mg/litre).
 Le lait est riche en glucide (50g de lactose dans un litre que ce soit entier ou écrémé),
favorise l’absorption du calcium contenu dans cet aliment.
5
 Le lait est une source importante de calcium (1200mg/L). Le calcium du lait est mieux
absorbé que celui de toute autre source grâce à la présence d’éléments favorables
(protéines, graisses et un peu d’acide lactique). Il est mieux utilisé par l’organisme car
le lait apporte en même temps du phosphore. Le lait apporte en outre du chlorure de
sodium, du chlorure de potassium et de faibles quantités de soufre, magnésium et
cuivre. Il ne contient pas de fer (Enjalbert, 1993).
 Le lait entier est une source appréciable de vitamine A et D. Presque toutes les
vitamines du groupe B sont présentes, en particulier la vitamine B12. Les vitamines
liposolubles (A et D) sont absentes dans le lait écrémé (Ciqual, 1995 ; Martin, 2001 ;
OMS, 2011).
Tableau 2 : Apports nutritionnels moyens des différents laits/100g (Ciqual, 1995)

laits Kcal KJ P (g) L (g) G (g) Ca (mg)
Lait entier 63 263 3,2 3,5 4,6 120
Lait 1/2 écrémé 46 195 3,2 1,6 4,6 114
Lait écrémé 34 142 3,3 0,2 4,6 112
Lait en poudre écrémé* 351 1467 35,5 0,8 50 1300
Lait concentré entier non sucré 130 544 6,4 7,5 9,2 255
Lait concentré sucré 325 1358 8,4 9,1 55,8 280
(*) 10g de poudre permet de reconstituer 100ml de lait.
2.2. Fromages
Le fromage est un dérivé du lait, sa fabrication comporte 3 étapes essentielles (La

coagulation, égouttage et maturation lors de l’affinage). La maturation est provoquée par les
enzymes produites par des micro-organismes spécifiques à chaque type de fromage. Il est
habituel de classer les fromages selon leur mode de fabrication (fromages frais, à pâte molle,
persillés, à pâte pressée cuite et non cuite et fromage fondu). Il y eu des différences dans la
composition du fromage par rapport à celle du lait selon le mode de fabrication (Martin, 2001)
 La teneur en protéines est présentée par la caséine, elle est variable selon le type de
fromage : 8 à 10% dans un fromage frais, 20 à 24% dans les fromages à pâte molle et 28
à 30% dans les fromages à pâte pressée.
 La teneur en lipides d’un fromage dépend de sa richesse en eau. Un camembert contient
45% de matières grasses et 40 % pour le fromage blanc. Les fromages les plus riches en
matières grasses sont les fromages à pâte cuite type gruyère (32g de matières grasses pour
100g) (Dupin et al., 1992). Les lipides des fromages sont composés majoritairement
d’acides gras saturés (60 à 65%) et mono-insaturés (30%). Les fromages affinés
6
contiennent en moyenne 90 à 100mg de cholestérol pour 100g (Luquet, 1990 ; Ciqual,

1995).
 Le lactose est presque totalement éliminé lors de l’égouttage.
 Les fromages sont plus ou moins riches en chlorure de sodium. Leur teneur dépend de la
quantité de sel ajoutée lors de leur fabrication. L’apport en calcium et en phosphore
dépend du mode de fabrication des fromages. L’emmental (pâte pressée cuite) apporte
environ 1 000 à 1 200mg de calcium pour 100g. Un fromage type pâte molle en contient
200 à 400mg pour 100g et les fromages frais 100mg pour 100g.
 La teneur en vitamine A des fromages est proportionnelle à leur teneur en matières
grasses. Les fromages bleus sont de bonnes sources de vitamines du groupe B (les
moisissures en réalisent la synthèse) (Martin, 2001 ; OMS, 2011).
3. MATIÈRES GRASSES
Les matières grasses regroupent le beurre, la crème (d’origine animale), les huiles et les
margarines (d’origine végétale).
3.1. Crème et le beurre
La crème comporte environ 30 à 35% de lipides et le beurre 82 à 84%. Les acides gras saturés
représentent plus de 60% des acides gras totaux. Le beurre apporte également des acides gras
saturés à chaîne courte ou moyenne (environ 13%) (tableau 3). Ces produits sont pauvres en
acides gras polyinsaturés (2%) et apportent du cholestérol (250mg/100g de beurre). Ces
matières grasses sont une excellente source de vitamine A (teneur variable selon la
provenance du beurre) et contiennent un peu de vitamine D et absence totale de calcium
(Dupin et al., 1992 ; Martin, 2001).
Tableau 3: Composition de quelques corps gras solides (Martin, 2001)
Aliment Lipides Totaux

(saturés) (g/100g)
Beurre 83
Crème 33,5
Saindoux 99
Graisse d’oie 99
Végétaline 100
Margarine tourne-sol 82,5
Margarines maïs 82,5
7
3.2. Autres matières grasses d’origine animale
Il s’agit des matières grasses obtenues par fusion des tissus gras des animaux (graisse d’oie ou
de canard). Ces graisses contiennent toutes 90 à 100% de lipides. Les proportions relatives
d’acides gras varient en fonction de l’alimentation qu’a reçue l’animal. Les graisses de
volaille (oie, canard) contiennent en moyenne moins d’acides gras saturés (30%) et nettement
plus d’acides gras mono-insaturés (50 à 60%) et polyinsaturés (11 à 15%). Toutes ces graisses
apportent en outre 100mg de cholestérol pour 100g (Dupin et al., 1992).
3.3. Huiles et margarines
Ce sont les huiles fluides ou concrètes préparées à partir de graines ou de fruits oléagineux.
Les huiles sont généralement liquides à une température ambiante. Ces matières grasses ne
contiennent pas de cholestérol et apportent toutes 100% de lipides. Les huiles se distinguent
les unes des autres par leur composition en acides gras (Martin, 2001).
- L’huile d’olive est une source importante d’acides gras mono-insaturés (70 à 75%), et
une teneur faible en acides gras saturés et polyinsaturés.
- L’huile de colza présente aussi une forte teneur en acides gras mono-insaturés (60 à
65%). Elle est un peu plus riche en acides gras essentiels (30%) et se distingue surtout
par la présence de 8% d’acide linolénique. Les nouvelles variétés de colza ne
contiennent pratiquement plus d’acide érucique.
- L’huile d’arachide comporte 30 à 35% d’acides gras polyinsaturés dont moins de 1%
d’acide linolénique. C’est une bonne source d’acides gras mono-insaturés (45 à 50%).
Les acides gras saturés représentent environ 20%.
- Les huiles de maïs, soja, tournesol, pépin de raisin, et noix représentent les meilleures
sources d’acides gras polyinsaturés (60 à 70% des acides gras totaux). Les huiles de
soja et de noix comportent en outre 7 à 15% d’acide linolénique. Ces huiles sont une
source très importante de vitamine E (Dupin et al., 1992 ; Ciqual, 1995 ; Martin,
2001).
8
4. LÉGUMES ET FRUITS
Les végétaux comestibles les oléagineux mis à part, sont habituellement répartis en 2 groupes
(Dupin et al., 1992) :
- Céréales, tubercules, légumes secs ;

- Légumes et fruits
4.1. Légumes
Les légumes frais proviennent de toutes les parties de la plante : racines (carottes, navet),
tubercules (pommes de terre), tiges (céleri branche), feuille (épinard), fleur (chou-fleur), fruit
(tomate, courgette). Ils se contiennent une teneur très importante en eau (90%). La teneur en
glucides est modéré de 1 à 6% pour les parties aériennes des plantes (salades, épinards,
courgettes, tomates) et 9% pour les racines (carottes, céleri) (Martin, 2001).
Les légumes représentent un apport important de potassium et du calcium (surtout dans les
choux), du magnésium, du fer et du cuivre (légumes à feuilles type épinard), du soufre
(choux, oignons, ail, poireaux, navets, radis) et de nombreuses autres matières minérales. Les
légumes sont riches en vitamines hydrosolubles : vitamine C (choux, légumes à feuilles,
tomates), provitamine A ou bêta-carotène (partie colorée des plantes : légumes à feuilles
vertes, carottes) et vitamines du groupe B (Ciqual, 1995).
Les fibres des plantes se composent surtout de cellulose, d’hémicellulose et de matières

pectiques. La pomme de terre se distingue par un apport plus important en amidon (20%) et
un teneur en vitamine C assez faible surtout après quelques mois de conservation (Ciqual,
1995).
4.2.Fruits
La teneur des fruits en glucides est cependant très élevée. Il s’agit le plus souvent de sucres
(de fructose mais aussi de saccharose ou de glucose et plus rarement d’amidon). Elle est peu
importante pour les agrumes, les groseilles, les fraises, les framboises, les mûres, le melon et
la pastèque (5 à 10%). Les fruits les plus riches en sucres sont le raisin et la banane (18 à
20%). Un fruit apporte généralement 15 à 20g de glucides. L’intérêt principal des fruits réside
dans leur richesse en vitamines. Les plus riches en vitamine C sont les fruits acides (agrumes,
groseilles, cassis, fraises), les plus riches en carotène sont les fruits colorés (abricots, pêches,
myrtilles, cassis) (Dupin et al., 1992). Il y a peu d’oligo-éléments dans les fruits. Ils sont tous
9
riches en potassium et pauvres en sodium. Les fibres des fruits sont composées à part égale de
cellulose, lignine, hémicellulose et sont riches en matières pectiques.
- Les fruits séchés (raisins, pruneaux, bananes, pommes, poires) renferment en

moyenne 73% de glucides assimilables. Ces fruits constituent une bonne source de
vitamines A et C et une teneur élevée en fibres.
- Les fruits oléagineux (noix, noisettes, amandes, cacahuètes, noix de cajou) sont
d’aliments très énergétiques. Ils représentent un apport important de lipides (plus de
50%) et de protéines (10 à 15%) (Dupin et al., 1992). Les noix et les noisettes sont
riches en acides gras insaturés (poly ou mono). Les fruits oléagineux représentent par
ailleurs une bonne source de minéraux (calcium, magnésium, fer) et de fibres (Ciqual,
1995).
5. CÉRÉALES ET DÉRIVÉS - LÉGUMINEUSES
5.1. Céréales et Dérivés
Les céréales sont présentées le blé, le riz, et dans une moindre mesure le maïs, l’avoine, le
seigle, le sarrasin et le manioc (tapioca). La consommation des céréales est très élevées dans
nos régions, le blé est le plus consommés dans le monde notamment les pays en voie de
développement entre autres l’Algérie (Doumandji et al., 2003).
Les graines de céréales contiennent 10 à 15% d’eau, 70 à 76% de glucide en particulier en

forme d’amidon, de 8 à 12% de protéine (14% blé dur) (tableau 4). La teneur en lipides est
faible, de 2 à 4% (prestent dans le germe). Les céréales et farines complètes apportent en plus
des fibres.
Le son de blé se compose principalement d’hémicellulose et de cellulose. Ces protéines sont

pauvres en lysine. Les céréales et leurs dérivés sont pauvres en calcium mais beaucoup de
phosphore sous forme d’acide phytique dans les produits à base de farines complètes.
Absence de vitamine A, C, et D et des teneurs plus élevées en vitamine B (B2 ou riboflavine
et assez riche en B1ou Thiamine) (Dupin et al., 1992 ; Ciqual, 1995).
10
Tableau 4 : Teneur en amidon et en protéine des céréales (Martin, 2001)

céréale Source d’amidon (%) Protéine(%)
les farines 74 10
pâtes alimentaires et les biscottes 72-73 10
le pain 55 7-8
le riz 80 10
5.2. Légumineuses
Cette catégorie comprend les légumes secs (lentilles, haricots, pois, pois chiches, etc.), le soja
et l’arachide.
- Les légumes secs : Ces aliments sont riches en protéines (24%), éléments minéraux
(phosphore, fer 85% à 90%) et vitamines du groupe B. Ils sont riches en fibres (12 à
25% du poids sec) ce qui rend leur digestibilité parfois difficile et 45% des lipides.
- Le soja et l’arachide : Ces aliments sont comparables aux légumes secs du point de
vue de leur teneur en protéines, vitamines et minéraux. Ils apportent en plus 18% des
lipides (Ciqual, 1995 ; Guéguen et Lemarié, 1996 ; Martin, 2001).
6. SUCRES ET PRODUITS SUCRÉS
L’apport nutritionnel de ce groupe est essentiellement les glucides (saccharose, glucose ou

fructose) et aucun autre élément nutritif sauf dans le chocolat. La dénomination de sucre est
réservé aux mono et disaccharides à l’exclusion des polyols, d’après la réglementation
nationale et communautaire relative à l’étiquetage et à la présentation des denrées
alimentaires.
- Le sucre : sucre de canne ou de betterave ne sont pas différents sur le plan de leur
composition. Tous ces sucres sont composés de 100% de saccharose rapidement assimilé par
l’organisme. Il s’agit d’une source d’énergie rapidement utilisable, intéressante en cas
d’efforts physiques importants.
- Les confiseries : c’est une préparation alimentaire dans laquelle le sucre constitue l’élément
dominant à l’exclusion des confitures, gelées et marmelades.
11
- Le miel : le miel est constitué de 3 à 6% de saccharose, 35% de glucose et 35% de fructose.

Les vitamines et les minéraux sont présents à l’état de traces.
- Le chocolat : il est obtenu par le mélange de sucre et de pâte de cacao. Le chocolat apporte
en moyenne 50 à 65% de saccharose, 20 à 30% de lipides (beurre de cacao essentiellement),
6% de protéines, des minéraux et un peu de vitamines (Dupin et al., 1992 ; Martin, 2001).
7. EAU ET BOISSONS
7.1. Eaux
Les eaux de boissons sont classées selon la législation en 4 catégories :

- Les eaux de distribution (eaux potables),
- Les eaux en bouteille,
- Les eaux de source doivent avoir une origine déterminée et être commercialisée telles
qu’elles sortent du sol sans avoir subi de traitement,
- Les eaux minérales.
7.2. Boissons sucrées
Les boissons sucrées sont des limonades, sodas, sirops, coca cola, boissons aux fruits.
- Les boissons aux fruits composées d’eau, de sucre et de 12% seulement d’extraits de
fruits ne doivent pas être confondues avec les jus de fruits. Un litre de ces boissons
apporte 90 à 120g de sucres.
- Le thé, le café : Ces boissons sont très utilisées pour leurs qualités stimulantes
(caféine, théine). Elles ne contiennent aucun élément nutritif assimilable.
- Les jus de fruits : Les jus de fruits contiennent les éléments nutritifs des fruits dont ils
sont issus : minéraux, vitamines et sucres. La teneur en sucres d’un jus de fruit est
variable : le jus de raisin contient environ 200g de sucres/litre, le jus d’orange 90 à
100g/litre (Martin, 2001).
12
-Chapitre 2-
MICRO-ORGANISMES ET ALIMENTS
Plusieurs bactéries sont capables de contaminer de nombreux produits alimentaires

provoquant l’altération du produit. Ce qui peut engendrer des maladies graves pour le
consommateur par leur pouvoir pathogène. Par contre d’autres bactéries sont bénéfiques pour
l’homme et sont utilisées dans le domaine agro-alimentaire.
I. Bactéries pathogènes des produits alimentaires
I.1.Pouvoir infectieux
Le pouvoir infectieux est la propriété que peut posséder ou non la bactérie d’envahie les
tissus de l’hôte. Les bactéries introduites avec l’aliment se multiplient et colonisent les
intestins (Guiraud, 1998 ; Prescott et al., 2003). Il n’est pas nécessaire que les bactéries
prolifèrent, mais en général il y a un nombre limite pour provoquer l’infection (le passage par
l’estomac provoque la destruction d’un certain nombre de germes) et fièvre typhoïde
(Salmonella typhi). Il provient d’un ensemble de caractères participant à l’envahissement de
l’organisme et à la prolifération du germe:
- Pouvoir de contamination
- Pouvoir de multiplication et de pénétration
- Activité enzymatiques néfastes
- Utilisation des métabolites de l’hôte
- Libération de toxines (souvent endotoxines)
13
I.1.1.Mécanismes d'infections
Les micro-organismes pathogènes peuvent agir selon deux mécanismes lors des
infections alimentaires.
 Infection non invasive : Les micro-organismes infectieux se multiplient à la

surface de l'épithélium, sans pénétrer la muqueuse et produisent des toxines qui
perturbent les fonctions épithéliales (Clostridium perfringens, Vibrio cholera,
Escherichia coli, Giardia lamblia).
 Infection invasive : Les micro-organismes pathogènes (bactéries, virus ou parasite)
dépassent la barrière intestinale et se retrouvent dans le flux circulatoire que peut les
faire migrer jusqu’à des organes distants (Shigella, Salmonella, Campylobacter,
Escherichia coli O157:H7, Listeria monocytogenes, Toxoplasma gondii,
Cryptosporidium parvum et tous les virus).
I.1.2.Etapes de l’infection
Pour que la bactérie provoque une infection, elle doit atteindre un site approprié chez l’hôte
où elle doit surmonter les mécanismes de défense de l’hôte (figure 2). Les propriétés ou les
facteurs qu’une bactérie acquiert pour infecter dépendent de deux facteurs : le mécanisme par
lequel la bactérie pénètre dans l’hôte et la nature du site de la colonisation (muqueuse, tissus)
(Mims et al., 1995 ; Janeway et Travers, 1997 ; Nicklin et al., 2000)
Transmission entre hôtes
Invasion de l’hôte
Croissance et multiplication chez l’hôte
Echappement à la réponse immunitaire
Lésion et production de symptômes
Figure 2 : Les différentes étapes de l’infection bactérienne
14
I.1.2.1.Contamination
Pour qu‘il y ait infection, il faut d’abord qu’i y ait eu contamination. On distingue différents
mécanismes (Guiraud, 1998):
- Contamination direct par contact (par des manipulateurs, animal à homme, etc.)
- Contamination par intermédiaire de l’environnement (aérosols respiratoires, eaux de
baignade), intervention direct ou indirect d’un vecteur (insecte),
- Contamination par ingestion d’un produit (le produit lui-même contaminé).
I.1.2.2.Pénétration (porte d’entrée)
La porte d’entrée des bactéries pathogènes diffère d’une bactérie à l’autre, on distingue une
pénétration passive par une plaie sur la peau ou les muqueuses (parfois micro-plaie) ou
pénétration par les voies digestives (Guiraud, 1998).
I.1.2.3.Action
L’action néfaste du micro-organisme infectieux est liée à sa croissance in vivo et aux

conséquences de celle-ci. Il apparait un foyer infectieux qui peut être localisé à la surface d’un
épithélium (Choléra) ou plus au moins à l’intérieur des tissus (Staphylocoques). L’infection
peut parfois se généraliser, donne une septicémie ou bactériémie (fièvre typhoïde), une telle
infection pouvant être une complication ou une évolution d’une infection localisée. Lorsqu’un
tissu est infecté, la croissance a souvent lieu dans le milieu intérieur extracellulaire. La
croissance in vivo est conditionnée par divers facteurs : pH, potentiel oxydo-réducteur,
nutriments par exemple : Brucella abortus trouve des conditions dans le placenta d’où son
action abortive (Guiraud, 1998).
I.2.Pouvoir pathogène
Il s’agit d’une relation indifférente ou bénéfique pour les micro-organismes mais néfaste pour
l’hôte. Les bactéries pathogènes sont capables de provoquer une maladie en infectant leur
hôte. Ce changement, ce manifeste par une série de symptômes, peut être lié aux effets
métabolites microbiens, comme les toxines, ou à la réaction immunitaire de l’hôte activée par
la présence de la bactérie (douleur, fièvre, la rougeur, etc.) (Salyers et Whitt, 1994)
15
Le pouvoir pathogène est spécifique, la spécificité est liée à l’espèce, parfois à l’individu. Il
faut noter que certains individus sont porteur des germes pathogènes sans ressentir les
troubles, il s’agit d’un porteur sain ou ceux faisant une intoxication inapparente. Par ailleurs
certains germes saprophytes ou commensaux peuvent devenir pathogènes dans certaines
conditions : ce sont des germes opportunistes. Le pouvoir pathogènes peut être exprimé par
différentes façons (Bourgeois et al., 1996 ; Guiraud, 1998 ; Prescott et al., 2003) :
- Multiplication dans des tissus (infection par Mycobacterium tuberculosis)

- Multiplication et libération des toxines (toxi-infection à Salmonella)
- Action d’une toxine qui nécessite la présence de la bactérie (toxi-infection à Vibrio
cholerae), action d’une toxine qui ne nécessite pas la présence de la bactérie
(intoxication à Clostridium botulinum)
- Action toxique de produits de transformation (intoxication par production d’amine par
des coliformes)
I.3.Virulence
Est le degré de pathogénicité d’un germe infectieux. Elle est exprimée par sa toxicité et sa
capacité d’invasion. L’entrée dans les tissus n’est pas obligatoire pour qu’il y ait expression
de la virulence, mais il est nécessaire que germe adhère à l’épithélium : cette adhésion qui
peut être spécifique fait intervenir le glycocalyx, mais aussi les capsules, les membranes
externes (Gram-), les pili et d’autres facteurs de surface (adhésines, agglutinines, couche de
surface S-layers). La toxicité se caractérise par la capacité des micro-organismes produiront
des toxines (Meyer et al., 1984 ; Guiraud, 1998).
La mesure de la virulence peut se faire de plusieurs façons. On détermine la dose infectante

50 (DI 50) et la dose létale 50 (DL50). On peut étudier des actions particulières : dose
émétique, dose diarrhéique, etc. La toxinogenèse ou le pouvoir toxique est lié ou non au
pouvoir infectieux (Meyer et al., 1984 ; Madigan et Martinko, 2007).
I.4.Caractères microbiens favorisant la virulence
I.4.1.Pouvoir d’adhésion
Une lésion de la peau ou de la muqueuse favorise l’adhésion aux cellules épithéliales par
interaction moléculaire entre leurs surfaces (Madigan et Martinko, 2007). Lors de conditions
16
environnementales favorables (sucres, acides aminés) chez l’hôte, une colonisation et

croissance du pathogènes aura lieu dans les tissus. Divers vecteurs peuvent intervenir dans le
pouvoir d’adhésion :
- La possession d’adhésion, de glycocalyx, de pili entraine des phénomènes souvent

spécifiques. Les souches pathogènes d’Escherichia coli possèdent un antigène k
(capsule) implique dans l’adhérence à l’épithélium intestinal (contrôle par un
plasmide) : les souches no adhésives ne sont pas pathogènes.
- La possession d’une capsule ou de cires structures qui empêchent la phagocytose,
l’aptitude à la sporulation et la mobilité, protègent le germe et/ou favorisent
l’envahissement (Guiraud, 1984).
I.4.2.Envahissement
La plupart des bactéries développent leur pathogénicité par l’envahissement des tissus
colonisés au niveau de l’apport d’entrée (lésion). L’envahissement est lié à des enzymes
lytiques : collagénases, hyaluronidases, kinases (fibrinolysines : la streptokinase et une
enzyme fibrinolytique qui favorise l’invasion. Des enzymes et substances protectrices vont
aussi intervenir : coagulase (genèse d’un coagulum protecteur), leucocydine (détruisent les
phagocytes en donnant du pus ; germes pyogènes), endotoxines, etc (Meyer et al., 1984 ;
Guiraud, 1998).
I.4.3.Pouvoir pathogène proprement dit
Il dépend de plusieurs mécanismes (ainsi que de facteurs d’envahissement) : action d’enzyme

lytiques (ADNase, phosphatase, hémolysines actives sur les érythrocytes ou globules rouges
et dont certaines sont des lécithinases ou phospholipases), multiplication dans les tissus (elle
est lente et difficile), libération de substances non spécifiques (gaz, histamine et d’autres
amines) et enfin libération de toxines spécifiques perturbant le métabolisme de l’hôte. Ces
dernières peuvent avoir une action pyrogène (fièvre), émétique (vomissement), neuro-
vasculaire (baisse de tension artérielle), inflammatoire (rougeur, tumeur (œdème), chaleur), et
peuvent perturber la perméabilité cellulaire (diarrhée) (Guiraud, 1984 ; Madigan et Martinko,
2007).
17
I.5. Modalités du pouvoir toxique
I.5.1.Intoxications
Seules les toxines agissent, les bactéries n’ont pas besoin d’être ingérées. La multiplication
des bactéries pathogènes peuvent produire des substances toxiques spécifiques (toxines,
enzymatiques pouvant favorisant un pouvoir infectieux), mais aussi des catabolites toxiques.
Ceci peut se produire in vivo mais survient-le plus souvent en dehors de l’organisme, par
exemple dans un aliment qui devient toxique. C’est généralement du à une contamination par
manque d’hygiène suivie d’un séjour prolongé à une température ambiante (Staphylococcus
aureus, Bacillus cereus, Escherichia coli) (Meyer et al., 1984 ; Guiraud, 1998).
I.5.2.Intoxinations
L’intoxination peut se définir comme étant une maladie liée à l’ingestion d’une ou de
plusieurs toxines bactériennes. Tous les symptômes sont dus à la toxine sans qu’il y ait besoin
d’un développement de l’agent pathogène dans l’organisme. Elles sont provoquées par des
micro-organismes qui sécrètent et libèrent des toxines spécifiques in vivo (diphtérie, tétanos)
ou dans un aliment (toxine botulinique, entérotoxine staphylococcique, mycotoxines) (Meyer
et al., 1984 ; Guiraud, 1998).
I.5.3.Toxi-infection et toxinogenèse liée à la virulence
Principalement d’origine alimentaire, sont des infections par des bactéries qui produisent des
toxines (toxi-infection) les endotoxines libérées après la lyse cellulaire comme réaction de
défense et les exotoxines libérés lors de la multiplication de certaines bactéries Exemples :
Vibriocholerae (Choléra), Vibrio parahemolyticus (fruits de mer), Salmonella typhimurium
(Salmonellose), Shigella sonnei (Shigellose), Campylobacter jejuni (gastro-entérite)
(volailles) (Meyer et al., 1984 ; Guiraud, 1998) . Les principales bactéries responsables dans
toxi-infection alimentaire collectifs (TIAC) sont citées dans le tableau 5:
Tableau 5 : Description des principales bactéries responsables dans toxi-infections

alimentaires collectifs (TIAC) (Prescott et al., 2010)
Bactéries Fréquen Origine de Mode de contamination Aliments à risques
condition ce de bactérie
favorable TIAC
(%)
Salmonella 45 Tube digestif Mains, mauvaise hygiène Volailles, œufs,
des volailles du matériel, plats des produits
18
homme contamination avec des de viande, poissons,

porteur sain produits produits manipulés
ou atteint des
troubles
digestifs
Staphylococcus 16 Homme sain Mains, mauvaise hygiène Produits manipulés,
aureus (bouche, nez) du matériel, air, insecte Œufs, laits et plats
7-45°C ou malade les comportant,
(plaie charcuterie (pâtés),
infectée, plats cuisinés
diarrhée, conservés à T°
angine) ambiante
Clostridium 12 sol Mais, légumes mal lavés Sauce, viande en
perfringens sauce, soupe
15-50°C
anaérobie
Listeria 7 Sol et Mains, légumes souillés Fromage,
+2°C végétaux mauvaise hygiène du charcuterie, viande,
matériel (chambre froide) légumes
Clostridium 0,1 Sol (spore) Viande contaminée au -Boites de
botulinum moment de l’abattage, conserves abimées,
(14-17°C stérilisation insuffisante bombées, mal
anaérobie) des conserves stérilisées.
-Charcuterie mal
salée et séchée.
II. Microbiologie des principaux produits alimentaires
Dans cette partie, on traite la flore origines et de contamination des principaux groupes
alimentaire:
II.1. Microbiologie des eaux

Les micro-organismes rencontrés dans l’eau sont très variés. Leur nature dépend aussi de celle
de l’eau à analyser (eau de distribution, eau résiduaire, eau de traitement, etc.). La majorité
des germes rencontrés couramment dans l’eau soit des germes mésophiles peu dangereux
mais aussi des germes pathogènes qui posent un problème sanitaire dans l’eau. L’origine des
micro-organismes dans l’eau soit typiquement aquatiques, telluriques ou de germes de
contamination humaine ou animale (Leclerc et Mossel, 1989 ; Guiraud, 1998).
II.2. Microbiologie de lait et dérivés
Le lait prélevé chez un animal sain contient peu de micro-organismes (< 103UFC/ml), sont
des bactéries saprophytes des canaux galactophores. Le lait est protégé pour une courte durée
(1h) par une substance inhibitrice la lacténine (Guiraud, 1998).
19
II.3. Microbiologie de la viande

Les viandes portent une flore originale provenant d’une animaux malades ou au moment de
l’abattage. La viande est un produit très favorable à la prolifération des bactéries dont
l’altération est rapide (Dupin et al., 1992 ; Guiraud, 1998).
II.4. Microbiologie des plats cuisinés

Les plats cuisinés sont fabriqués à partir de divers produits ayant chacun une flore spécifique.
Ils ont subit de nombreuses manipulations, des traitements de préparation et de conservation.
De nombreux micro-organismes peuvent intervenir dans ces produits (Guiraud, 1998).
II.5. Microbiologie des conserves

Sont des denrées alimentaires périssables d’origine animale ou végétale qui ont subi le
conditionnement (T°<55°C) et un traitement par la chaleur ou autre technique autorisée afin
de détruire les enzymes, les spores et les toxines des micro-organismes (Dupin et al., 1992).
II.6.Microbiologie des beurres et matière grasse

On distingue deux type de matière grasse de nature animale et végétale, le beurre n’est pas un
milieu favorable pour la prolifération bactérienne, cependant leur altération est réalisée par les
bactéries lipolytiques et levure et moisissures (Guiraud, 1998).
Il existe au niveau de chaque croupe alimentaire des micro-organismes origines et spécifiques
appartenaient au produits lui-même ainsi que une flore responsable de l’altération du produit.
La flore d’altération s’est installée au cours de la contamination des aliments et ce en fonction
de plusieurs facteurs et des conditions environnementales responsables dans la prolifération
microbienne. Le tableau ci-dessous résume la microbiologie des principaux groupes
alimentaires.
Tableau 6 : Flore origine et d’altération des principaux groupes alimentaire

Produits Flore origine Flore de contamination et d’altération
alimentaires
Eaux -Germes aquatiques : -Bactéries :
Algues microscopiques, Entérobactéries (Escherichia coli,
Bactéries (Vibrion, Pseudomonas, Salmonella, Shigella, Entérocoques),
Spirillum, Achromatobacter, Clostridium perfringens, Vibrio cholerae
Corynebacterium, etc).
-Protozoaires et parasites :
-Germes telluriques : Entomobea, histolytia, kystes de
Bactéries sporulées (Bacillus, Cysticercose, Douve du foie (Fasciola
20
Clostridium, Stretomyces) et hepatica), œufs d’helminthes, etc.

quelques spores fongiques.
Lait et
dérivés Microcoques, Streptocoques -Fèces et tégument animal : (coliformes,
lactique (Lactococcus), entérocoques, Clostridium, Salmonella,
Lactobacilles Shigella, Yersinia, etc.)
-Sol : Streptomyces, Listeria, spore
fongique, etc.
-Air et eau : Pseudomonas, bactéries
sporulées,
-Manipulateur : Staphylocoques,
-Divers vecteur (insecte)
Viande et -Cestodes : Taenia solium - Bactéries protéolytiques libérant des
dérivés (muscle du porc), Teania composées soufrés avec odeurs
saginata (des bœufs). ammoniacales (formation de
Enchinoccoccus granulosus ou triméthylamine, de mercaptan, de
hydatydose. diméthylsulfure, H2S)
-Nématodes : Trichinilla spiralis, -Pseudomonas, Streptococcus changent la
(maladie trichinose) viscosité des viandes en aérobiose,
-Protozoaire : Toxoplasma gondi - Lactobacillus, Leuconostoc et les levures.
-bactéries à pigments diffusibles
(Photobacterium, Flavobactérium),
verdissement des viandes suite à
l’oxydation.
Plats de -Germes de manipulation :
cuisinés Flore spécifique selon les produits Coliformes, Entérobactéries,
composés Entérocoques, microcoque te
Staphylocoques
-Germes responsables de toxi-infection :
Staphylococcus aureus, Clostridium
perfringens, sBacillus cereus,
-Germes pathogènes à toxine
thermosensible (Clostridium botulinum,
Salmonella).
Conserves Spore thermorésistantes (due aux -Bactéries sporulée mésophiles
boites mal stériles, traduit par (Clostridium butyricum libère H2 et CO2),
bombage et acidification -Bactéries thermophiles et protéolytiques
(Clostridium botulinum, Clostridium
putrefaciens)
-Bactéries non sporogènes (Streptococcus
thermophiilus, Micrococcus,
Lactobacillus)
Beurre et Bacteries lactiques : Lactococcus Coliformes et les entérobactéries, bactéries

matière lactis, Lc. cremoris, parfois lipolytiques, protéolytiques, hydrolyse et
grasses Leuconostoc, oxydation par levure et moisissures.
21
-Chapitre 3-
LES BACTERIES LACTIQUES
Les bactéries lactiques (ferments lactiques) occupent une place importante dans
l’alimentation. Elles sont responsables dans la fermentation de produits alimentaires, qu’ils
soient d’origine carnée (saucissons), laitier (yaourt, fromages) et ou végétale (choucroute).
L’utilisation de ces ferments, appelés aussi « cultures starter », permet une meilleure maitrise
de la fermentation (Garry et Guern, 1999). Leurs caractères variés et leurs multiples propriétés
sont largement exploités dans l’agro-alimentaire.
1. Définition
Les bactéries lactiques sont responsables de la fermentation des produits alimentaires, c’est
pourquoi on les appelle aussi ‘ferments lactiques’ ou ‘levains’ ou encore ‘starters’. Il s’agit de
souches de bactéries non pathogènes ou non toxinogène qui sont à la base des fermentations
des produits laitiers et carnés crus (Guiraud, 1998 ; Garry et Guern, 1999).
1. Caractères généraux
Les bactéries lactiques sont des cellules procaryotes organotrophes formant un groupe
hétérogène. La principale fonction métabolique d’une bactérie lactique est d’excréter l’acide
lactique à partir d’un substrat glucidique (lactose, glucose).
Ce sont des firmicutes (Gram positifs), pauvre en CG%, non-sporulantes, immobiles,
catalase-négatives, aéro-anaérobie facultatives ou micro-aérophiles, à métabolisme
fermentaire strict, acido-tolérantes et capables de croître à des températures comprises entre
10°C et 45°C et à des pH allant de 4.0 à 4.5 (Madigan et Martinko, 2007).
Elles sont dépourvues de cytochrome, de ce fait elles sont incapables de respirer mais peuvent
seulement effectuer un métabolisme fermentaire (Yao et al., 2009). Elles ne participent pas à
la phosphorylation oxydative et par conséquent tirent leur énergie uniquement par la
phosphorylation des substrats énergétique. Leur capacité de biosynthèse est très limitée et
22
leurs exigences nutritionnelles complexes (auxotrophes) nécessitent des besoins en acides

aminés, en vitamines, en purines et pyrimidines (Luquet, 1990 ; Guiraud, 1998 ; Garry et
Guern, 1999 ; Prescott et al., 2010).
2. Classification et taxonomique
La classification des bactéries lactiques (BL) ne s’est pas basée seulement sur ces propriétés
biochimiques, ces dernières ne sont pas suffisantes pour caractériser correctement la flore
lactique. Le groupe des bactéries lactiques ne peut pas être considéré comme un groupe
phylogénétique. Elles appartiennent toutes au groupe des bactéries à Gram positif, mais si la
plupart d’entre elles appartiennent au groupe des bactéries à Gram positif à bas G+C (phylum
des Firmicutes) (figure 3), le genre Bifidobacterium appartient au groupe des bactéries à Gram
positif richent en G+C (phylum des Actinomycètes) (Holzapfel et al., 2001). Les différents
genres des bactéries lactiques (BL) ont été définis sur la base de leur morphologie, de la
composition en base de leur ADN, de leur phylogénie et de type de métabolisme fermentatif
(William et Wilkins, 1986; Prescott et al., 2010).
23
Figure 3. Distances phylogénétiques entre les genres principaux constituant les BL basées sur
les séquences des ARNr 16S (Schleifer et Ludwig, 1995).
Les bactéries à bas G+C (en haut) sont phylogénétiquement éloignées des bactéries à haut
G+C (en bas). La barre indique une divergence de séquence estimée de 10% (Schleifer et
Ludwig, 1995).
Les genres Streptococcus et Lactococcus n’ont été séparés qu’en 1985 avec l’apparition du
genre Lactococcus (Schleifer et al., 1985) et sont phylogénétiquement proches. Lactococcus
lactis est une bactérie très utilisée en fermentation fromagère. Le premier génome de BL
disponible a été celui d’une souche de Lactococcus lactis ssp. lactis en 2001 (Bolotin et al.,
2001). Dans le genre Streptococcus, la seule espèce utilisée comme ferment dans l’industrie
alimentaire est Streptococcus thermophilus, notamment pour la production de yaourt avec
Lactobacillus bulgaricus.
Le troisième groupe est formé des genres Oenococcus, Leuconostoc et Weissella. Dans ce
groupe, on retrouve des bactéries très utilisées dans l’industrie agroalimentaire comme
Oenococcus oeni, bactérie importante dans la production de vin pour la fermentation
24
malolactique ou Leuconostoc citreum utilisée pour la fermentation de certains légumes et Lc.

mesenteroides ssp. mesenteroides utilisée dans la production de choucroute et de dextrane.
Enfin, le dernier groupe phylogénétique est constitué des genres Lactobacillus et
Pediococcus.
4. Principaux genres des bactéries lactiques
Les espèces bactériennes du groupe lactique répondant à ces propriétés générales

appartiennent aux 5 genres (Lactococcus (Lc.), Streptococcus (Sc.), Leuconostoc (Ln.),
Pediococcus (Pc.), Lactobacillus (Lb.), Enterococcus) (tableau 7).
Les espèces appartenant aux genres Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus, Leuconostoc

et Pediococcus ont des pourcentages en bases (%G+C) de leur ADN très proches. De plus, les
variations entre souches sont également très faibles (Prescott et al., 2010).
Tableau 7 : Principaux espèces de bactéries lactiques (Federighi, 2005)

Genres Morphologie Type de Espèces Température
fermenta- de croissance
tion
Streptococcus Sc. thermophilus 40-45°C
Lactococcus Lc. lactis, Lc. cremoris 10- 40°C

Leuconostoc Ln. Mesenteroides 10- 30°C
Cocci en Homo-
Pediococcus tétrades fermentaire Pc. acidilactici 25-35°C
Lactobacillus Bâtonnet en Homo/ Lb. acidophilus, Lb. 45-50°C

chaînette héreto- bulgaricus, Lb. Dembrueki,
fermentaire Lb. lactis
Lb. casei,
Lb. plantarum
5. Isolement et dénombrement
Il existe de nombreux milieux pour l’isolement et le dénombrement des bactéries lactiques,

milieu d’ELLIKER, ensemencement en surface convient bien à la fois pour les Streptococcus
et les Lactobacillus, incubation est faite à 35°C pendant 18 à 48h. Le milieu MRS convient
pour Leuconostoc et Pediococcus (DeVos et al., 2009).
25
6. Voies métaboliques
En évaluant la quantité d’acide lactique produite par rapport à la quantité de substrat dégradé,
ce qui revient à considérer les voies métaboliques empruntées pour cette excrétion (Cuq,
2007 ; Madigan et Martinko, 2007):
•Homofermentaire (voie d’Embden Meyerhof Parnas) : l’acide lactique est le principal

produit du métabolisme, très majoritaire, excrété à partir du substrat glucidique.
1Glucose → 2 acide lactique + 2ATP
•Hétérofermentaire (voie des pentoses) : conduisant à l’acide lactique en mélange avec

d’autres produits d’excrétion : dioxyde de carbone (CO2), éthanol ou l’acide acétique
ainsi que de l’acide lactate selon les souches considérées (Leveau et al., 1991).
1Glucose → 1Acide lactique +1 éthanol (acétate) + 1CO2+1ATP
Les différences observées dans ces deux types de fermentation résultent principalement de la
présence, ou non, d’une aldolase qui doit être considérée comme une enzyme clé de la
glycolyse. En effet, les bactéries hétérofermentaires, du fait l’absence de cette aldolase, ne
peuvent dégrader le fructose biphosphatase en triose-phosphatase ; en contre partie elles
oxydent le glucose 6-phosphogluconate qui est par la suite décarboxylé en pentose-phosphate,
lui-même transformé en trios-phosphate et acétyl-phosphate grâce à une phosphocétolase
(figure 4).
Ce triose-phosphate, chez les bactéries hétérofermentaires, est en définitif, transformé en

acide lactique, avec la production d’une mole d’ATP. Cependant, pour équilibrer la balance,
l’acétyl-phosphate produit doit accepter des électrons provenant du NADH généré au cours de
la production du pentose-phosphate, se transformant ainsi en éthanol ; cette réaction se réalise
sans production d’ATP (Madigan et Martinko, 2007).
La voie hétérofermentaire qui permet d’en libérer deux ; de plus, du fait de la

décarboxylation du 6-phosphogluconate par les bactéries hétérofermentaire, celles produisent
du gaz carbonique ; au contraire, les bactéries homofermentaires n’en produisent pas, ou très
peu. Par conséquent, une méthode simple pour détecter les bactéries hétérofermentaires et de
mettre en évidence, en laboratoire, la production de gaz carbonique (Mensah et al., 1990 ;
Kimmons et al., 1990).
26
a) Homofermentation b) Héterofermentation
Glucose Glucose
ATP ATP
ADP
ADP
Glucose-6-phosphate
Glucose-6-phosphate
2NAD+
2NADH
fructose-6-phosphate acide-6-phosphate
ATP 2NAD+
CO2
ADP 2NADH
fructose-1,6-biophosphate Rabulose 5-phosphate
Déhydroxylase Glyceraldehyde-
Xylulose 5-phosphate
phosphate 3-phosphate
2NAD+ P
2NADH Glyceraldehyde- Acetyl phosphate

21,3-biophosphoglycerate 3-phosphate
2ADP 2NADH
2ADP
2ATP
2ATP 2NAD+ Acetyl-coA
2 3-phosphoglycerate Pyruvate
2NADH
2NADH
H2O 2NAD+
2NAD+ Acetyldéhyde
2 Phosphoenolpyruvate
Lactate
2NADH
2ADP
2ATP 2NAD+
2 Pyruvate Ethanol
2NAD+
2 Lactate
Figure 4. Types de fermentation lactique, homo-fermentation des bactéries lactiques (a) et

hétéro-fermentation (b) (Prescotte et al., 2010)
27
7. Bactéries bénéfiques en agro-alimentaire
A cotés des bactéries lactiques, on distingue d’autres bactéries bénéfiques pour l’homme
utilisés pour divers intérêt médical, industriel et environnemental. Plusieurs micro-organismes
sont utilisés notamment dans l’industrie alimentaire, dans des buts variés :
7.1. Bactéries à fermentation

Ce sont des bactéries capables de transformer le produit initial en produits finals et d’autres
métabolites secondaires portants des propriétés plus efficaces pour améliorer la valeur
alimentaire (Cuq, 2007). La qualité organoleptique peut être modifiée pour améliorer le gout
ou l’odeur dans un sens favorable, selon la nature des substances produites au cours de la
fermentation, on distingue :
-Fermentation alcoolique
-Fermentation lactique
-Fermentation acétique
7.1.1. Fermentation alcoolique ou éthylique
Cette fermentation est une réaction biochimique qui produit de l’éthanol et une grande
quantité du CO2 à partir d’un substrat contenant de sucre. Il y a aussi la formation d’acides
gras, d’esters, d’aldéhydes et de cétones. C’est une fermentation qui est exploitée pour la
fabrication du vin, cidre, de la bière et de diverses boissons fermentées. L’agent responsable
de cette réaction est essentiellement des levures en particulier Saccharomyces cerevisiae est
utilisée en boulangerie (levure de bière), Saccharomyces ellipsoideus (vin), Saccharomyces
fragilis (champagne). Certaines bactéries sont également de bonnes productrices d'éthanol par
des voies différentes, mais elles sont peu utilisées à cette fin par l'industrie alimentaire
(Guiraud, 1998).
7.1.2. Fermentation lactique
Les bactéries lactiques sont largement utilisées dans l’industrie alimentaire, en tant que
starters dans les procédés industriels de fermentations afin de répondre aux exigences de
croissantes des consommateurs en produits alimentaires.
28
- La fermentation lactique est utilisée pour la fabrication de plusieurs produits fermentés

(fromages, yaourts, de nombreux produits végétaux fermentés et la charcuterie) en y
développant certaines caractéristiques organoleptiques, sans altérer le goût ni l’odeur,
et en augmentant leur durée de conservation. Leur apports bénéfiques consistent à
l’améliorer la qualité des produits fermentés.
- L’action des bactéries lactiques au cours de la fermentation a été associée tout d’abord
à l’élaboration de l’arôme et de la texture du produit final mais aussi au maintien
d’une bonne sécurité alimentaire grâce aux acides organiques produits sont souvent
rapportées.
- Les propriétés probiotiques des BL et l’inhibition des bactéries pathogènes sont
particulièrement importantes, dès lors qu’il a été signalé que les aliments fermentés
contribuaient à réduire la durée et la sévérité des diarrhées infantiles. Les bactéries les
plus fréquemment utilisées comme probiotique sont des Lactobacillus et des
Bifidobacterium.
- Plusieurs métabolites ayant une activité antimicrobienne tels que les acides
organiques, le peroxyde d’hydrogène, le dioxyde de carbone, la reutérine, le diacétyle
et les bactériocines (Laurent et al., 1998).
- Certaines bactériocines peuvent éventuellement être utiles pour limiter les
contaminations alimentaires par des pathogènes comme Listeria monocytogenes ou
Clostridium botulinum (Ross et al., 2002)
Les principaux caractéristiques des bactéries lactiques et leurs avantages dans l’industrie
alimentaires sont résumés dans le tableau suivant.
Tableau 8: Propriétés générales des bactéries lactiques et leurs intérêts dans l’industrie
alimentaire.
Genres Caractéristiques Intérêt dans la fabrication
Streptococcus environnements très variés -fabrication des ensilages
et représentant une agricoles
importance pour l’homme -productions laitières et autres
du fait de leurs activités aliments fermentés
métaboliques.
certaines espèces sont
associées à la formation
des caries dentaires.
29
Lactobacillus Forme bâtonnet, longues - Produits fermentés

et minces, d’autres plus (Lactobacillus delbrueckiis sp).
courts et courbés. - yogourt (bulagaricus),
-résistent aux conditions - la production de laits fermentés
acide et peuvent se associées à des productions
développer à des pH telles que les ensilages de
proches de 4 végétaux destinés à
l’alimentation animale (L.
acidophilus) les choucroutes et
les produits saumurés.
-les lactobacilles sont
responsables de dernières étapes
des fermentations lactiques
Pediococcus -micro-aerophiles, - dégradation en brasserie (P.
acidophiless et cerevisia) la bière est rendue
osmophiles, saphrophytes visqueuse par accumulation de
et contaminent les matériel polysaccharidique
végétaux. extracellulaire
-Leur développement Ils sont parfois utilisés comme
nécessite la présence de levains lactiues pour les
divers facteurs de charcuteries
croissance.
Leuconostoc -anaérobies, facultatifs et - fermentation malolactique des
exigeants au point de vue vins (L. oenos).
nutritionnel. Ils se Fabrication de certains fromages
développent entre 20 et (bleu) avec production de CO2.
30°C pas à 45°C, -les ensilages (L. mesenteroides)
généralementcapsulés sont et les végétaux fermentés, olives,
pas hémolytiques ni choucroute, aussi cacao et café.
pathogènes.
Dans l’industrie alimentaire, les bactéries lactiques sont impliquées dans la fermentation et
bioconservation des déférents aliments, les souches Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus
thermophilus sont utilisées pour la production du yaourt, des fromages et des laits fermentés,
Le vin, les poissons, les viandes, les charcuteries, le pain au levain entre autres sont aussi des
produits de fermentation par des bactéries lactiques. D’autres activités principales des
bactéries lactiques sont résumées dans le tableau suivant.
Tableau 9 : Participation des bactéries lactiques aux autres produits fermentés (Prescott et al.,
2010)
Produits Bactéries lactiques Principales activités
Produits carnés : Lb.sakei Acidification
Saucisson, saucisses Lb.curvatus aromes
Lb. plantarum,
30
Pediococcus
Levains de Lb. plantarum Acidification
panification Lb. brevis (A lactique acétique)
P. damnosus
Vinification Oencoccus oeni Fermentation
Cidrerie Lactobacillus malolactique*
Pediococcus
Choucroute Lb. brevis Acidification, arômes
Et légumes fermentes Lb. Plantarum
P.pentosaceus
(*) La fermentation malolactique (FML) consiste en une décarboxylation enzymatique de

l’acide L-malique en acide L-lactique par les bactéries lactiques, principalement Oenococcus
oeni (O. oeni). Ceci se traduit par une diminution de l’acidité du vin qui conduit à un net
assouplissement gustatif.
7.1.3. Fermentation acétique
Cette fermentation intervient dans la fabrication du vinaigre par la formation de l’acide

acétique en présence de la bactérie Acetobacter et d’une grande quantité d’oxygène. Les
bactéries acétiques n’interviennent que si la teneur en éthanol est faible. L’action est favorisée
par l’intervention des levures qui oxydent l’éthanol pour baisser sa concentration (Guiraud,
1998).
7.2. Production de biomasse
La fabrication de la biomasse est dans le but soit dans la consommation alimentaire directe
soit comme sources de métabolites après lyse et extraction. Les principales productions sont
celle de levure diététique, de ferment de régénération de la flore intestinale, de nourriture pour
l’aquaculture (algues), et d’autres micro-organismes sont utilisés une lutte biologique contre
les insectes (Guiraud, 1998).
7.3. Production de métabolites
Divers métabolites issus par la fermentation bactérienne sont utilisés comme additifs
alimentaires tels que :
31
- les acides aminés (Lysine, acide aspartique) et le glutamate comme agent de sapidité.
L’acide L-glutamique est un acide aminé produit en grande quantité essentiellement par
Corynebacterium glutamicum (Laurent et al., 1998).
- La fermentation d’acides gras permet d’obtenir des huiles essentielles, des arômes et des
parfums (terpènes par Penicillium sp et Fusarium sp)
- Les acides organiques (citrique, fumarique, gluconique, acétique) sont utilisés comme
agents d’acidification pour la conservation. La fermentation de mélasses est exploitée pour
la production d’acides organiques qui sont beaucoup employés dans l’industrie alimentaire
(acide citrique par Aspergillus niger et acide fumarique par Rhizopus sp).
- Production des protéines à partir des bactéries (Pseudomonas, Methylophylus, et de
moisissures (Penicillium, Aspergillus) ou d’algues (Spirulina).
- Certains antibiotiques sont utilisés comme des conservateurs alimentaires (nisine, subtiline,
etc.). Des enzymes sont aussi utilisées pour la fabrication et le traitement des denrées
alimentaires (protéases, lipases, amylases sont utilisées pour éliminer le glucose de
nombreuses préparations alimentaires) (Laurent et al., 1998).
- La fermentation de glucides permet la production de matières plastiques biodégradables
par des bactéries. Alcaligenes eutrophus génère des polyhydroxybutyrates à partir du
glucose. D’autres écoplastiques à base d'acide lactique sont obtenus à partir d'amidon de
pomme de terre et de lactosérum (Federighi, 2005).
7.4. Bioconservations
Les bactéries lactiques sont les bactéries les plus intéressantes pour la biopréservation.
Certaines bactéries lactiques peuvent se développer rapidement dans les produits réfrigérés et
emballés sous vide ou sous atmosphère modifiée. Certaines souches produisent des composés
antimicrobiens (acides organiques, peroxyde d'hydrogène, diacétyle et bactériocines) et elles
sont généralement reconnues sans risques dans l'alimentation (Rodgers, 2001). .
7.5. Production de biocarburants

La fermentation acétone-butylique réalisée par Clostridium acetobutylicum donne naissance à
l'acétone et au butanol. Elle peut servir à la valorisation de produits agricoles par la
production de biocarburants (Prescott et al., 2010).
32
-Chapitre 4-
LES ALTERATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS ET

MOYENS DE LUTTE
Les aliments sont d’excellents milieux pour la croissance des micro-organismes. De ce fait,
tous les produits alimentaires transformés ou non peuvent être contaminés par des
micro-organismes. Ce qui provoque une altération des produits alimentaires, en lui faisant
perdre ses caractéristiques organoleptiques et ou commerciales et parfois la cause
d’intoxications ou toxi-infections graves. Les denrées alimentaires peuvent subir plusieurs
dégradations de nature physique, chimique, enzymatique et/ou microbiologique. L’altération
microbienne des alimentaire dépend de plusieurs facteurs environnementaux, de la nature de
l’aliment et des micro-organismes responsables (Dupin et al., 1992).
I. ALTERATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS
La contamination des denrées alimentaires peut être à l’origine d’une altération du produit,
traduit par une modification de ses caractéristiques organoleptiques et de sa qualité
sanitaire (Cuq, 2007). Les activités bactériennes ont une grande incidence sur la qualité
intrinsèque et donc commerciale des produits qui peut être améliorée ou abaissée sur la
qualité hygiénique.
I.1. Différents types altérations
De nombreux types d’altérations des denrées alimentaires dues à l’action des bactéries et
d’autres facteurs. Selon les cas, la nature et la composition de l’aliment, la consistance, la
couleur, l’aspect, l’odeur et la saveur du produit peut être affectée. Il existe en effet plusieurs
types d’altérations (Guiraud, 1998).
33
I.1.1. Altération physique

Chocs, blessures, changements d’état, variation de la teneur en eau, changement de
couleur. Les modifications de la consistance du produit, notamment par production
d’exopolysaccharides à l’origine par exemple d’une consistance filante des laits décrite avec
les genres Micrococcus et Alcaligenes (Guiraud, 1998).
I.1.2. Altération chimique et biochimique

Oxydation (rancissement) par les enzymes (brunissement enzymatique, lyses,
destruction des vitamines et de certains nutriments). Cette altération engendre
l’apparition de colorations, d'odeurs et de saveurs anormales. Il existe aussi une altération par
protéolyse et lipolyse.
- La protéolyse conduit à la formation d’acides aminés libres et volatiles puis de

produits de leur décarboxylation ou de leur désamination qui sont à l’origine d’odeurs
et de saveurs désagréables (Pseudomonas, Shewanella, Alcaligenes, Acinetobacter,
Flavobacterium, Lactobacillus, Micrococcus, Bacillus et les entérobactéries) (Cuq,
2007).
- La lipolyse conduit à la libération d’acides gras libres. Elle modifie les propriétés
technologiques et gustatives des graisses, avec apparition du goût de rance. Presque
toutes les bactéries protéolytiques possèdent cette activité mise à part les lactobacilles
(Joffin et Joffin, 2003).
I.1.3. Altération microbienne

Les phénomènes d’acidification, par fermentation des sucres, activité caractéristique du
groupe des bactéries lactiques, soit les genres Lactobacillus, Carnobacterium, Pediococcus,
Leuconostoc et Lactococcus. Lors de processus hétérofermentaire, la formation de gaz,
d’aldéhydes et de cétones est à l’origine de modifications du goût et de l’odeur du produit
(tableau 10).
34
Tableau 10 : Exemples d'altérations des denrées par des bactéries psychrotrophes (Bornert,
2000).
Produit concerné Modification constatée Agent
Lait Coloration bleue Pseudomonas aeruginosa

Beurre Couleur verte Pseudomonas fluorescens
Toutes denrées Amertume Pseudomonas fluorescens
Enterococcus faecalis
Toutes denrées Goût fruité (de fraise) Pseudomonas fragi
I.2. Incidence sur la qualité d’altération
La modification microbienne des aliments est variée et affecte les caractères

physicochimiques, nutritifs et organoleptiques d’un produit. Ceci se traduit par un attrait ou
une répugnance par les consommateurs. Tous nos aliments peuvent être le siège de
prolifération microbienne en entrainant des modifications le plus souvent défavorables
d’aspect (couleur, limon), de texture, de flaveur (odeur et saveur). Les micro-organismes les
plus souvent rencontrés appartiennent aux genres Pseudomonas, Acinetobacter, Moraxella,
Alcaligenes, Aspergillus, Rhizopus, Clostridium sporogones et Flavobacterium (Guiraud,
1998).
La prolifération non contrôlée de micro-organismes dans un aliment peut poser des problèmes
au niveau industriel, mais aussi au niveau sanitaire (qualité marchande) (Cuq, 2007). Les
risques encourus varient en fonction de l’évolution et le comportement de la flore et de
nombreux paramètres :
-Nature du micro-organisme ;
-Niveau de contamination (dose infectante) ;
-Nature et composition de l’aliment (teneur en glucide, protéine) ;
-L’état physiologique du consommateur.
- Les conditions de l’environnement (pH, T°, aération) ;
- Les traitements technologiques
Au plan macroscopique, le type d’altération observé varie, d’un produit à un autre, en

fonction de la nature et de l’importance de la contamination microbiologique initiale et des
conditions écologiques offertes à cette flore, du fait de la composition de la denrée : activité
de l'eau, nature des principaux constituants, pH, potentiel d'oxydoréduction (Bourgeois et
Larpent, 1996 ; Guiraud, 1998).
35
I.3. Facteurs influençant la flore d’altération des aliments
On peut classer les facteurs d’altération des aliments selon leur caractère intrinsèque ou
extrinsèque. Les premiers sont relatifs à l’aliment et les seconds proviennent de
l’environnement où l’aliment est stocké (Bourgeois et Larpent, 1996 ; Prescott et al., 2010).
I.3.1. Facteurs intrinsèques
Plusieurs facteurs intrinsèques participent dans l’altération des aliments tels que le pH,
humidité, activité ou disponibilité de l’eau, potentiel d’oxydoréduction, structure physique
de l’aliment et présence d’agents antimicrobiens naturels.
 pH
La majorité des micro-organismes se développent sur des milieux dont le pH se situe voisine
de 7. Dans la détérioration et la putréfaction des aliments de pH neutre ou alcalin, comme les
viandes, ce sont les bactéries qui prédominent et quand le pH d’un aliment est faible, il
favorise le développement des levures et moisissures (Prescott et al., 2010).
 Activité de l’eau (aw)
La plupart des aliments que nous consommons contiennent 20 à 90% d’eau et ne sont à l’abri
des détériorations biochimiques enzymatiques et microbiennes La disponibilité en eau est
mesurée en terme d’activité de l’eau (aw), qui représente le rapport entre l’humidité relative de
l’air au dessus d’une solution test et celle de l’eau distillée (Laurent et François, 2011). La
présence et la disponibilité de l’eau affectent aussi la capacité de micro-organismes de
coloniser les aliments. On peut contrôler ou éviter sa détérioration par le séchage de l’aliment,
en rendant l’eau moins disponible, même si elle est présente, par l’ajoute des solutés comme
le sucre et le sel. Les conditions hypertoniques rendent la multiplication des micro-
organismes difficile en leur provoquant une déshydratation (Prescott et al., 2010). Les
Pseudomonas sont très exigeantes en eau libre et ne se développent bien que si l’activité de
l'eau (aw) est supérieure à 0,98. Cependant, Listeria monocytogenes résiste à des conditions
hostiles (Bourgeois et al., 1996). Elle tolère jusqu’à 10 % de chlorure de sodium et son aw
limite de croissance est de 0,86 (Larpent, 1995). Selon la teneur en aw, on cite :
- Micro-organismes osmophiles: (du grec osmos, poussée et philien, aimer), se
développent mieux dans des milieux dont la pression osmotique est élevée.
36
- Micro-organismes xérophiles : (du grec xéros, sec et philien, aimer) préfèrent un

environnement où (aw) est faible et peuvent ne pas se développer si (aw) est élevée.
 Potentiel d’oxydo-réduction
Le potentiel d’oxydo-réduction d’un aliment influence aussi la détérioration. Après cuisson,

les produits carnés, particulièrement les boillons, ont souvent des potentiels d’oxydo-
réduction plus faibles. C'est-à-dire qu’ils représentent un milieu réducteur pour la croissance
microbienne. Ces produits, avec leurs acides aminés, leurs peptides et leurs facteurs de
croissances facilement disponibles, sont des milieux idéaux pour le développement
d’anaérobies, dont Clostridium (Laurent et François, 2011).
 Composition de l’aliment
La composition d’un aliment est un facteur intrinsèque crucial qui influence la croissance
microbienne.
- Si un aliment consiste surtout en hydrates de carbone, c’est la croissance de

champignons, plutôt que de bactéries, qui prédominera et la détérioration ne produira
pas beaucoup d’odeurs. Des aliments comme les pains, les confitures et certains fruits,
gâtent d’abord sous l’action des champignons.
- Par contre, lorsque l’aliment contient de grandes quantités de protéines et/ou de
graisses (viande et le beurre), la croissance bactérienne peut produire toute une variété
d’odeurs infectes. (Œufs pourris). Cette dégradation anaérobie de protéine donne des
composées aminés nauséabonds c’est la putréfaction. Une source importante d’odeur
est l’amine organique, cadavérine.
- La production, à partir des lipides d’acide gras de courtes chaines rend le beurre rance
d’odeur désagréable (rancissement) (Guiraud, 1998).
 Structure physique d’un aliment
La structure physique d’un aliment affecte également le déroulement et l’étendue de la

détérioration. Broyer et mélanger des aliments, comme pour les saucisses et les hamburgers,
non seulement augmente la surface de la nourriture, mais y disperse aussi les micro-
organismes contaminants. Cela peut provoquer une détérioration rapide, si ces aliments sont
mal conservés. Les légumes et les fruits ont des enveloppes externes qui les protègent d’une
37
altération. Les micro-organismes détériorant possèdent des enzymes spécialisée qui les aident
à affaiblir et à pénétrer les pelures et les écorces protectrices, surtout lorsque les fruits et les
légumes ont été blessés (Guiraud, 1998 ; Cuq, 2007).
 Présence d’agents antimicrobiens naturels
Dans plusieurs aliments, on trouve des agents antimicrobiens naturels. Ceux-ci inhibent la
croissance de certains microorganismes. Les herbes et les épices contiennent souvent des
substances antimicrobiennes importantes ; les champignons y sont généralement plus
sensibles que la plupart des bactéries. La sauge et le romarin sont deux des épices les plus
antimicrobiennes. La coumarine, une enzyme présente dans les fruits et légumes, agit aussi
comme un antimicrobien. Le lait de vache et les œufs contiennent également des inhibiteurs
de ce genre (Dupin et al., 1992 ; Guiraud, 1998).
1.3.2. Facteurs extrinsèques
Température et humidité relative sont des facteurs extrinsèques importants pour déterminer si
un aliment va se détériorer. Dans une humidité relative élevée, la croissance microbienne
commence plus rapidement, même à baisse température ; quand des aliments secs sont placés
dans les endroits humides, ils absorbent l’eau condensée à leur surface, ce qui permet une
croissance microbienne.
 Température
La température est en relation avec la vitesse de croissance d’une souche bactérienne. La
vitesse de croissance est maximale pour une valeur de la température qualifiée de température
optimale de croissance (tableau 11) (Robert, 1999). De part et d’autre de cet optimum,
l’activité métabolique ralentit, jusqu’à être totalement inhibée au delà des températures
minimale et maximale de croissance. Il est possible de classer les bactéries en différents
groupes, selon la valeur de la température optimale de croissance. On distingue ainsi les
bactéries thermophiles, mésophiles et psychrophiles (Fourneaud, 1982 ; Catteau, 1999).
Tableau 11 : Classification des micro-organismes selon leur température optimale de

croissance (Catteau, 1999)
Thermophiles Mésophiles Psychrophiles
Valeurs de la température
optimale de croissance +40°C et +55°C +20°C et +40°C +5°C et +20°C
38
 Atmosphère (présence de gaz)
L’atmosphère dans laquelle la nourriture est conservée est également importante, les aliments
emballés sous film plastique, ces derniers permettent une diffusion de l’oxygène, ce qui a
pour résultat une meilleure croissance des micro-organismes. Un excès de CO2 peut réduire le
pH de la solution et inhibe le développement microbien. La conservation de la viande dans
une atmosphère riche en CO2 inhibe les bactéries Gram-négatifs et donne une population
dominée par les lactobacilles (Guiraud, 1998).
I.4. Origine et nature de la flore microbienne des aliments
La présence des micro-organismes dans les aliments n’ayant pas subi de traitement
antimicrobien est tout à fait normale. La matière alimentaire brute est d’origine végétale ou
animale et la flore qui lui est associée est donc respectivement celle naturellement présente
sur les plantes et les animaux. La charge microbienne initiale peut être relativement élevée, de
l’ordre de 102 à 106/UFC. Par ailleurs de nombreux apports en oxygènes peuvent accroitre la
charge microbienne (Prescott et al., 2003).
Divers facteurs intrinsèques et extrinsèques peuvent influencer la croissance microbienne

dans les aliments. La communauté microbienne et les aliments subissent des modifications
qui se succèdent dans le temps (figure 5)
39
Etat 1 : Produit alimentaire
Facteur intrinsèques Facteurs extrinsèques
(Composition, aw, état physique et (T°C, gaz, micro-organismes, etc.)

biologique, etc.)
Micro-organismes présents
Changement en fonction du temps
Communauté microbienne modifiée
Facteur intrinsèques et extrinsèques

modifiés (humidité, pH)
Etat 2 : Détérioration ou
fermentation des aliments
Figure 5. Facteurs intrinsèque et extrinsèques (Prescott et al., 2010).
I.5. Mode de contamination
Les micro-organismes peuvent contaminer les produits alimentaires par plusieurs modes de
contamination.
I.5.1.Contamination par les manipulateurs
C’est une contamination de contact direct et essentiellement par les mains (contamination
fécale), dont les germes incriminés (Staphylococcus, Streptococcus, Salmonella, etc.) aussi
par les vêtements. Cette flore est surtout véhiculée par la peau saine ou par des plaies, abcès
40
ou furoncles. Les flores commensales et pathogènes de l’homme sont proches de celles des
animaux (Guiraud, 1998).
I.5.2.Contamination par l’environnement
Contaminations par aérosols (toux, éternuement, respiratoire). L’air et le sol sont riches en
bactéries, l’air contient des poussières chargées de spores (Bacillus) et des formes
bactériennes non sporulées (microcoques). Le sol contient un très grand nombre d’espèces
(Bacillus, Clostridium, Streptomyces, Corynebacterium, spore Penicillium, Aspergilus,
Mucor, Fusarium). L’eau est utilisée abondamment dans l’industrie alimentaire, cette eau
peut contenir des micro-organismes variés et être à l’origine de contaminations (Salmonella,
Shigella, Yersinia, Vibrio, Listeria, entérobactéries, virus, protozoaires, etc.) (Meyer et al.,
1984 ; Prescott et al., 2003).
I.5.3.Contaminants industriels
Le matériel industriel est une source de contamination, en particulier les surfaces poreuses
(plan de travail), les outils et les machines etc. Lors de la préparation de produits à partir des
matières premières diverses, certaines de celles-ci constituent un apport privilégie de micro-
organismes. Les traitements technologiques peuvent induire ou favoriser la dispersion de la
flore de contamination. Les déchets industriels sont aussi une source potentielle de
contamination (Guiraud, 1998).
I.6. Mécanismes d’altération
Les propriétés intrinsèques des aliments et les facteurs extrinsèques appliqués aux
aliments influenceront les mécanismes d’altération microbiens, chimiques, biochimiques et
physiques des aliments qui résulteront en une perte de la qualité organoleptique. Les aliments
vivent, vieillissent et meurent selon des cycles biologiques naturels (Guiraud, 1998).
a) Durée de vie et dégradation alimentaire ;

b) La dégradation microbienne.
I.6.1.Durée de vie et dégradation alimentaire
Le terme vie est assez souvent employé pour désigner la période pendant laquelle des
denrées conservent les propriétés compatibles avec l'usage qui leur est destiné. Ainsi en
41
parlant de vie commerciale d'une denrée il est indiqué par là qu'à partir d'une certaine
date elle n'offrira plus toutes les qualités requises pour être vendue. Parfois cette date
d'ultime utilisation est indiquée sur le conditionnement. Les durées de conservations des
produits sont indiquées par La Date Limite de Consommation (DLC) et Date Limite
d'Utilisation Optimale (DLUO) (Mayer et al., 1984 ; Guiraud, 1998) :
- DLC : Signifie qu'à partir du jour figurant sur son conditionnement l'aliment est mort,
qu'il ne peut plus être consommé car le niveau du risque pour le consommateur n'est
plus négligeable; Le danger est de nature microbienne.
- DLUO : Indique que l'aliment a vieilli et ne présente plus forcément les
caractères organoleptiques (couleur, texture, consistance, odeur, goût, saveur, etc.)
qui en composent la qualité recherchée.
Le terme vieillissement des aliments, il s'agit d'évolution favorable ou plus souvent

défavorable ne pouvant entraîner aucune conséquence sur la santé du consommateur. Le
produit peut être altéré mais non toxique. Le vieillissement est une altération plus ou moins
marquée qui dégrade l’aliment.
I.6.2. Dégradation microbienne
Les micro-organismes ne se contentent pas de décolorer la nourriture, de la dégrader

ou de la rendre très désagréable à sentir et à manger; ils peuvent également représenter
de sérieux dangers pour la sante publique. Les micro-organismes présents dans un produit
alimentaire proviennent soit des matériaux crus, des ingrédients utilisés, sinon d’une
contamination. Les moyens par lesquels ces micro-organismes contaminent les aliments sont
variés et dépendent à la fois des organismes présents et du produit alimentaire qui leur sert de
support. La capacité de ces organismes à se développer et à causer des dommages dépend des
propriétés intrinsèques de la nourriture et de facteurs extrinsèques appliqués à la nourriture.
Les dégradations visibles d’origine microbienne peuvent prendre différentes formes
parmi les quelles la décoloration, la pigmentation, l’épaississement de la surface, un aspect
trouble ou la décomposition ( Guiraud, 1998 ; Prescotte et al., 2003).
42
II. MOYENS DE LUTTE
Le rôle des agents antimicrobiens est d’inhiber la croissance des micro-organismes ou de les
détruire. Il existe de nombreux moyens de lutte de nature physique, chimique ou biologique.
Les principaux traitements sont classés en traitement d’élimination, de destruction
(bactériostatique) et de stabilisation (produit agit sur le développement) (Meyer et al., 1984).
II.1. Facteurs influençant la destruction microbienne
Les moyens de lutte sont nombreux et variés, ils doivent tenir compte du micro-organisme
lui-même et de son environnement ainsi que de l’intensité de l’action souhaitée. Il existe des
facteurs intervient dans la destruction microbienne (Guiraud, 1998) :
II.1.1.Nature et l’état des micro-organismes
Les bactéries n’ont pas la même sensibilité aux agents de destructions, l’état physiologique de
la bactérie joue aussi un grand rôle, les bactéries en phase exponentielle sont plus sensibles
qu’en phase stationnaire, la forme sporulée est beaucoup plus résistante que la forme
végétative, la charge initiale de bactérie (nombre de cellule) d’autant plus important, le temps
nécessaire pour les éliminer sera long (Guiraud, 1998).
II.1.2.Nature de l’agent antimicrobien
Les différents agents que ce soit physique ou chimique n’agit pas ni de la même façon ni avec
les même dose sur l’activité microbienne (Cuq, 2007).
II.1.3.Rôle de l’environnement
Les conditions de l’environnement peuvent influencer considérablement sur l’efficacité de la

destruction microbienne (pH du milieu, teneur en eau, turbidité, etc.)
II.2. Moyens Physiques
En raison de leur faible spécificité, la plupart des agents physiques antimicrobiens sont
efficaces sur l’ensemble des micro-organismes, en affectant les acides nucléiques ou les
protéines (Guiraud, 1998).
43
II.2.1. Température (la chaleur)
L’action de la température dépend de l’environnement, de l’état physico-chimique des

cellules et de leur nombre. Les formes végétatives des bactéries sont en général inactivées par
un chauffage de 50 à 60°C durant 30 minutes. Les formes sporulées sont au contraire et par
nature extrêmement thermorésistantes. Il existe deux types de chaleur humide et sèche.
L’utilisation de la chaleur est un procédé très efficace de destruction des micro-organismes.

Les traitements thermiques sont à la base de la conservation de nombreux aliments mais ils ne
sont pas adaptés au traitement industriel de l’eau. L’exposition à l’eau à 100°C pendant 10
minutes est suffisante pour détruire les cellules végétatives et les spores eucaryotes. La durée
thermique mortelle (DTM) est la période de temps la plus courte requise pour tuer tous les
micro-organismes à une T° spécifique. Le temps de réduction décimal est le temps requis
pour tuer 90% des micro-organismes à une T° spécifique (Meyer et al., 1984 ; Guiraud,
1998).
II.2.1.1. Stérilisation
Technique par chaleur correspond à un traitement permettant d’éliminer tous les micro-
organismes (y compris sous forme sporulée). Les paramètres du traitement sont supérieurs à
ceux de la pasteurisation et il varie selon le produit entre 10 minutes à 115°C et 30 minutes à
121°C. La vapeur est réalisée dans un autoclave à 121°C pendant 15 minutes. Elle provoque
la dégradation des acides nucléiques et la dénaturation des enzymes et autres protéines
(Guiraud, 1998 ; Meyer et al., 1984; Prescott et al., 2010).
La chaleur agit au niveau de l’agitation moléculaire. Elle provoque une augmentation de la

vitesse des réactions métaboliques et de la vitesse de croissance, puis rapidement la
dénaturation des composés microbiens et en particulier des protéines enzymatiques. On
observe alors une diminution puis un arrêt de la croissance, quand le niveau de modification
devient important et irréversible, la mort.
La constante de vitesse K de la dénaturation thermique dépend de la température selon la loi

d’Arrhénius :
K= A e- Ea/RT
44
On voit que si la température augmente, cela réduit le temps de traitement. (Ea) énergie
d’activation différente, les réactions de destruction de bactéries ou de vitamines ne se font pas
à la même vitesse aux différentes températures (Guiraud, 1998).
II.2.1.2. Pasteurisation
On l’applique à certains produits naturels (lait, la bière, le vin, les jus de fruits) dont on veut
assurer momentanément la conservation sans en altérer les caractères organoleptiques
(couleur, odeur, saveur). La pasteurisation entraine la destruction des formes végétatives, en
particulier de celles des micro-organismes pathogènes ou responsables d’altérations
organoleptiques, à l’exclusion de la plupart des formes sporulées bactériennes. Elle est obtenu
par différents couples temps-température : la pasteurisation haute, le lait est porté à 90°C
durant 30 secondes, puis brusquement refroidi à +10°C. La pasteurisation basse, le lait est
soumis à une température de 60 à 70°C pendant un temps plus long (quelques minutes). La
pasteurisation UTH (Ultra-haute-température), c’est un procédé appliqué surtout au lait et
certains jus de fruits pour obtenir une longue conservation. On applique une température à
140°C pendant quelque secondes puis on refroidit brutalement (Bornet, 2000).
L’ébullition peut être considérée comme une forme de pasteurisation haute permettant de
détruire le maximum de germes ; on utilise quotidiennement au cours de la cuisson des
aliments. En outre, la cuisson ou la pasteurisation des aliments ne détruise pas en particulier
les spores. Par contre, Yersinia enterocolitica est très thermosensible (Cuq, 2007).
II.2.1.3. Tyndallisation
Est un traitement thermique équivalent à des pasteurisations répétées, séparées par des
intervalles de 12 à 24h à des températures de 30 à 40°C. Au cours de la pasteurisation, seules
les formes végétatives sont inactivées tandis que dans les intervalles, la plus part des spores
thermorésistantes germent et sont sensibles à la pasteurisation suivante. Ce procédé est utilisé
pour les milieux de culture fragiles. Cette opération, consiste à chauffer le milieu 60°C ou
70°C durant 30 minutes ou 1 heure, trois fois consécutives, en ménageant un intervalle de 24
heures entre chaque chauffage (Prescott et al., 2010).
45
II.2.1.4. Thermisation
C’est une forme amoindrie de pasteurisation. Son objectif principal est la destruction des
bactéries pathogènes qui pourraient se trouver dans le produit, sans modifier autant ses
caractéristiques technologiques. La thermisation est un traitement thermique appliqué au lait
cru. Ce dernier devra être porté à une température d'au moins 63ºC pendant 16 secondes (Cuq,
2007).
II.2.1.5. Chaleur sèche
Le matériel à stériliser est placé dans un four électrique ou à gaz (fours P ASTEUR, POUPINEL) à
180°C pendant 1 heure où de 160°C durant 2 à 3 heures. Il y a oxydation des constituants
cellulaires et dénaturation des protéines. Elle ne corrode pas les verreries, les instruments
métaux chirurgicaux et permet la stérilisation des poudres et huiles (Meyer et al., 1984).
II.2.2. Froid (Congélation et Réfrigération)
Le froid entraine le ralentissement de la croissance et des transformations microbiennes

(réactions qui suivent aussi la loi d’Arrhénius).
 La réfrigération qui utilise la température proche de 0 à 4°C empêche la multiplication
de nombreux germes mais pas celles des germes psychrophiles. A cette température
(0°C) les micro-organismes subissent des désordres métaboliques et des lésions
cellulaires pouvant être importants. Cet état physiologique de "stress froid" est
principalement la conséquence d'une fragilisation des liaisons hydrophobes, induite
par la réfrigération (Druesne, 1996). Il en résulte une perte de fonctionnalité des
protéines enzymatiques, par modification de leur conformation dans l’espace. Une
dissociation des complexes polymériques est apparue. L’assemblage des ribosomes est
inhibé, ce qui provoque une diminution des synthèses protéiques. La fluidité des
membranes est réduite et l’ensemble des fonctions membranaires telles que le
transport des ions ou des nutriments s’en trouve affecté (Gounot, 1991).
 La congélation à -18°C et la surgélation (-40°C et même -80°C) permettent une
stabilisation totale vis-à vis des micro-organismes et entraîne une mortalité plus au
moins importante selon la nature des germes et la vitesse de refroidissement.
46
II.2.3. Radiations
Les radiations ionisantes sont appliquées aux aliments dont le but d’améliorer leur
conservabilité et pour les locaux et le matériel. Les aliments ayant subi un traitement aux
radiations ionisantes sont dites irradiés. Ils ne sont nullement radioactifs. Un rayonnement
solaire ou plus précisément les radiations ultraviolettes et les rayonnements
électromagnétiques couvrent une très large gamme de longueur d’onde. On peut distinguer :
les rayonnements infrarouges (> 800 nm), les visibles (800 à 400 nm), les ultra-violets (400
à10 nm), les rayons X (10 à 0,1 nm), les rayons γ (0,1 à 0,001 nm), les rayons cosmiques (<
0,001nm). Les UV proches de 260 microns sont utilisés pour stériliser l’air, l’eau. Les
radiations ioniques pénètrent en profondeur les objets. Les radiations gamma stérilisent à
froid les ATB, hormones, objets en plastique (Meyer et al., 1984).
II.2.4. Pression
Pour la conservation de certains aliments comme les confitures et les salaisons, on a recours à
la pression osmotique. L’effet antimicrobien est obtenu par l’augmentation de la pression
osmotique par addition de sucre ou de sel ; les espèces sont capables de se développer aux
concentrations choisies (osmophiles ou halophiles) sont en peu nombreuses. Le séchage des
aliments est aussi un procédé de conservation fondé sur l’augmentation de la pression
osmotique (Meyer et al., 1984). On cite plusieurs types :
- Réduction de l’aw par déshydratation/ou par l’ajout d’agents dépresseurs (NaCl)

- Réduction du pH (acidification, fermentation)
- Maitrise du potentiel d’oxydo-réduction
II.2.5. Elimination mécanique
Deux procédés mécaniques permettant d’éliminer les micro-organismes d’un milieu liquide :
la filtration et la centrifugation.
II.2.5.1. Filtration
Cette technique est utilisée pour stériliser les solutions renfermant des substances
thermolabiles, telles que les protéines qui ne supportent pas de températures inférieures à
100°C (sérum, liquide d’ascite, etc.) Elle permet de réduire la population microbienne jusqu’à
la stérilisation. Les membranes filtrantes sont soit aux filtres de verre fritté, constitués d’un
47
mélange de deux poudre de verre de granulométrie différente, soit aux filtre d’amiante très
fine, soit aux filtres de diatomées (filtre BERKEFELD), soit enfin aux membranes filtrantes
d’acétate de cellulose (filtre moléculaire), et de porosité graduée. Ces filtres servent à
stériliser les produits pharmacologiques, les ATB, l’air.
II.2.5.2. Centrifugation
Cette technique est capable de séparer les particules en suspension dans un milieu liquide.
Elle s’applique habituellement à de faibles quantités de liquide et ne permet pas une
élimination totale des micro-organismes. Une parfaite application est faite dans certains
industries laitières pour le traitement du lait avant sa pasteurisation ; bactofugation qui
consiste à centrifuger le lait pour éliminer la plus grande partie des micro-organismes (Meyer
et al., 1984).
II.3.Moyens Chimiques
Tous les agents antibactériens chimiques sont beaucoup utilisés comme un désinfectant ou
comme antiseptiques des surfaces et matériels ainsi que dans les produits alimentaires. Le
choix de ces agents dépendra de l’usage que l’on veut faire (Meyer et al., 1984). Certains sont
très actifs mais toxiques (tableau 12).
Tableau12 : Agents antimicrobiennes des produits alimentaires, des surfaces et matériels

Agents Nature Nature de produit et mode d’Action
Destruction microbienne des surfaces, matériels
Eau oxygénée solution aqueuse (3%) des plaies
Chlore forme de gaz ou de diverses eaux de boisson (provoque une

Oxydants
et dérivés combinaisons chimiques oxydation des constituants cellulaires)
Iode la solution aqueuse de Lugo -désinfection la peau et des plaies

superficielles. hôpitaux (locaux)
Composés grâce à leur fonction phénol Laboratoire, et hôpitaux (dénaturation
phénoliques des protéines et altération des
membranes cellulaires)
détergents sels sodiques ou potassiques Peau, locaux, (Les détergents mouillants

synthétiques d’acides gras (acide oléique, et d’émulsifiants grâce à leurs extrémités
linoléique), hydrophiles et hydrophobes)
48
Colorants Cristal violet, vert brillant, vert Utilisation locale des bactéries à Gram+
malachite
Gaz stérilisants Germicide et sporicide (oxyde -Stériliser de nombreux objets
fiormal d’éhyde) d’éthylène) thermosensibles,
Produits alimentaires
Antioxydants -molécules protègent les - huiles végétales et à la margarine

aliments contre les réactions (empêcher de rancir et pour préserver
d'oxydation et le vieillissement leur goût)
-groupe des gallates (E 310-
312)
Gaz (Ozone, azote) maîtrise du potentiel Ozone : Stérilisation de l’eau de
d’oxydoréduction d’un produit distribution (se fixant sur les protéines
cellulaires)
Azote : conservation des pommes,
poires, céréales, etc
Alcools Bactéricide et fongicide no Conservation des produits alimentaire
sporicide (méthanol, butanol, (fruits et l’eau de vie)
éthanol)
Conservateurs Agents garde la stabilité de -Salaison des viandes, sucre (confiture),

alimentaires l’aliments (Sel, sucre, acide l’acide lactique (yaourt, choucroute),
cétrique, l’anhydride sulfereux, l’acide acétique (fruits, légumes),
etc.), E200 à E297 ; fumage des poissons et des viandes.
L’anhydride sulfureux (vin) d’acide
sulfureux ou de bisulfite de sodium (jus
de fruits).
II.4. Moyens biologique (Chimio-thérapeutiques)
Les agents biologiques sont généralement représentés par des produits biologiques naturels ou
synthétisés par les micro-organismes. Les chimio-thérapeutiques détruisent les micro-
organismes pathogènes en inhibant leur développement à des concentrations suffisamment
49
faibles pour éviter d’occasionner des dommages chez l’hôte. L’agent chimio thérapeutique
doit avoir une toxicité sélective (Meyer et al., 1984 ; Cuq, 2007).
Beaucoup d’ATB sont à spectre étroit, c'est-à-dire que leur efficacité est limitée à une variété
restreinte de micro-organismes. Ils sont synthétisés par les micro-organismes ou par méthode
chimiques (tableau 13).
Tableau 13 : Caractéristiques des substances antibactériennes

Substance Caractéristiques
antibactérienne
Sulfamides -Rentre en compétition avec l’acide p-aminobenzoïque qui participe à
la synthèse de l’acide folique
- Il se fixe sur le site actif de l’enzyme et fait baisser la concentration
en acide folique (purine et pyimides) (base d’ADN et ARN)
-Arrêt de la croissance ou la mort de la bactérie
Quinolones - Inhibent l’ADN gyrase bactérienne qui facilite la séparation des
chaines
- Elles perturbent la réplication, la transcription et la réparation de
l’ADN
Pénicillines -la pénicillinase hydrolyse la lésion amide et détruit l’activité de la
pénicilline
-caractérisée par le cycle Béta lactame - inhibent l’enzyme catalysant
la réaction de transpeptidation, ce qui bloque la synthèse du
peptidoglycane et conduit à une lyse osmotique
Céphalosporines Possèdent un cycle Béta lactame comme les pénicillines produit par
les mycètes céphalosporium. Ils agissent comme les pénicillines.
Tétracyclines 4 cycles sur lesquels sont fixées des chaines latérales. Elles inhibent la
snthèse protéique en se fixant sur la sous unité 30S du ribosome et
inhibe la fixation des aminoacyleARNt.
Aminoglycosides La steptomicine, la canamicine, la néomicine sont synthétisées par

streptomycès, se fixant sur la petite sous unité ribosomale et interfère
avec la synthèse protéique. Elle provoque des erreurs de lecture de
50
l’ARNm.
Erythromycine Macrolides qui se fixent sur l’ARN ribosomal 23S pour inhiber
l’élongation de la chaine peptidique en croissance.
Chloramphénicol Inhibe la peptidyltransférase en se fixant sue l’ARN ribosomal.
51
Conclusion
Il est nécessaire de donner l’importance à la microbiologie alimentaire, c’est une science qui a
prouvé beaucoup d’avantages pour faciliter la vie de l’homme (antibiotique, produits
fermentés, production des fromages, yaourts, etc.). Un intérêt industriel tout particulier a été
porté pour les bactéries lactiques, avec les nouvelles techniques de conservation des produits
alimentaires.
L’étude des micro-organismes et les différents groupes alimentaires ainsi que les interactions
existantes entre eux, nous a mené à mettre en premier lieu la sécurité des aliments et enfoncer
des efforts continus et importants pour améliorer la maîtrise de leurs produits comme
fondement de la sécurité du consommateur.
La qualité microbiologique des aliments est une composante essentielle, représente un enjeu
considérable qui permettrait de garantir des approvisionnements alimentaires sains et nutritifs.
L’étude des micro-organismes nous a fait comprendre beaucoup de réactions biochimiques
qui ont servit à améliorer la production de divers produits alimentaires avec une valeur
nutritionnelle meilleure. Ainsi que la recherche et la sélection des micro-organismes ont un
grand intérêt dans le développement des industries agro-alimentaires.
52
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56
Chapitre V : Microorganismes intervenant dans l’industrie alimentaire
Parmi les germes importants en microbiologie alimentaire on peut citer les germes suivants :
1- Les bactéries lactiques :

Les bactéries lactiques sont des bactéries à Gram positif, aéro-anaérobies partiellement
tolérantes à l'oxygène, asporulées, sous forme de coques ou de bâtonnets et capables de
fermenter les sucres en acide lactique.
Elles sont présentes dans de nombreux milieux naturels : sol, plantes, animaux (cavités
buccales, les fèces et le lait), et accompagnent l'activité humaine en tant que bactéries de la
flore commensale des muqueuses et de la flore alimentaire. Le tractus gastro-intestinal des
mammifères est colonisé par des bactéries lactiques comme Bifidobacterium, Lactobacillus,
Leuconostoc.
Elles sont utilisées pour fabriquer des aliments fermentés. Leur production d'acide lactique
permet d'acidifier le substrat et d'inhiber la prolifération de germes pathogènes ou d'agents
indésirables provoquant des modifications organoleptiques. On trouve des bactéries lactiques
dans les produits laitiers (yaourts, fromages), les légumes fermentés (olives, cornichons,
choucroute), la charcuterie (jambon, saucissons) et le pain au levain.
 Aptitudes technologiques des bactéries lactiques :

a. Aptitude acidifiante :
Elle se manifeste par la production de l’acide lactique à partir de la fermentation des sucres au
cours de la croissance bactérienne. Les conséquences, d’ordre physico-chimique et
microbiologique, peuvent se résumer ainsi :
- Accumulation d’acide lactique participant à la saveur des aliments fermentés;

- Abaissement progressif du pH des milieux de culture et des matrices alimentaires;
- Limitation des risques de développement des flores pathogène et d’altération dans les
produits finaux;
- Déstabilisation des micelles de caséines, coagulation des laits et participation à la synérèse.
b. Aptitude protéolytique et lipolytique :

Les bactéries lactiques démontrent des potentialités différentes, liées à leur équipement
enzymatique, pour l’utilisation de la fraction azotée. Les lactobacilles présentent
généralement une activité protéolytique plus prononcée que les lactocoques.
Les propriétés lipolytiques sont généralement faibles chez les bactéries lactiques, les
lactocoques sont considérés comme plus lipolytiques que Streptococcus thermophilus et les
lactobacilles. Elles peuvent cependant présenter un intérêt pour certaines applications
fromagères.
1
c. Aptitude aromatisante :
Les bactéries lactiques sont capables de produire de nombreux composés aromatiques (tels
que : l'a-acétolactate, l'acétaldéhyde, le diacétyle, l'acétoïne, le formiate, etc.). Cette
fonctionnalité est particulièrement importante lors de l’élaboration des laits fermentés, des
fromages frais, crèmes et beurre, dont l’arôme principal est lié à cette activité microbienne.
d. Aptitude texturante :
La capacité des bactéries lactiques à synthétiser des exopolysaccharides (EPS) joue un rôle
important pour la consistance et la rhéologie des produits transformés. Les Lb. delbrueckii
ssp. bulgaricus et Streptococcus thermophilus produisant des EPS sont utilisés dans la
fabrication des yaourts, ceci afin d’améliorer la texture, éviter la synérèse et augmenter la
viscosité des produits finis.
e. Activité antimicrobienne :
Les bactéries lactiques sont connues et utilisées pour les propriétés antimicrobiennes
qu’elles développent. Elles sont dues aux métabolites excrétés : acide lactique et autres
acides organiques, diacétyle, peroxyde d’hydrogène et surtout antibiotiques et
bactériocines.
2- Les entérobactéries :
Les Entérobactéries (famille des Enterobacteriaceae) constituent l'une des plus importantes
familles de bactéries, du point de vue quantitatif et qualitatif. Elle regroupe ainsi de nombreux
genres ubiquitaires, fréquemment rencontrés en pathologie infectieuse ainsi que dans les bio-
industries.
Ce sont des bacilles ou coccobacilles à Gram (-), de taille et de forme variable. Certains
possèdent une capsule, aéro-anaérobies facultatifs, attaquant le glucose par voie fermentaire,
immobiles ou mobiles par ciliature péritriche, non sporulés, oxydase (-), nitrate réductase (+).
Les entérobactéries sont des bactéries très ubiquitaires, certaines espèces sont seulement
saprophytes (sols, eaux, végétaux, produits alimentaires : Serratia marcescens), mais la
plupart des espèces sont commensales, isolées dans l'intestin de l'homme et des animaux, d'où
le nom d'entérobactéries (Escherichia coli). Certaines espèces sont pathogènes pour l’homme
et les animaux et provoquent des troubles dont la gravité varie énormément d'une souche à
l'autre. Certaines sont responsables de maladies des végétaux (phytopathogènes : Erwinia,
Pantoea).
On appelle « coliformes », les entérobactéries fermentant le lactose avec production de gaz à

30°C. Il s’agit d’un groupe de genres : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter et Klebsiella.
2
3- Les bactéries saprophytes :
a. Pseudomonas et genres voisins :

Ce sont des contaminents fréquents des produits alimentaires. Ce sont des bacilles ou
coccobacilles, Gram(-), aérobies strictes. Le genre Pseudomonas est le genre type. Ils sont
asporulés, oxydase (+) ou (-), mais fermentation du glucose (-). Ils sont mésophiles ou
psychrophiles, température optimale entre 20 et 30°C. Les colonies sont fréquemment
pigmentées, avec une ciliature variable en fonction des espèces. Ils ont un pouvoir
protéolytique et lypolytique.
Les genres les plus fréquents dans les aliments sont : Pseudomonas, Flavobacterium,
Xanthomonas, Acinetobacter, Chromobacterium, Alcaligees et Aeromonas. L’espèce
Pseudomonas aeruginosa provoque des gastroentérites à partir des aliments contaminés, ainsi
que certains autres genres peuvent aussi donner des troubles digestifs.
b. Les bactéries acétiques :

Ce sont des bactéries à Gram (-), saprophytes, aérobies, asporulés, à métabolisme oxydatif.
Ce sont des agents de « fermentation » acétique, leur caractéristique est la production d’acide
acétique à partir d’éthanol. On distingue les genres Acetobacter (fabrication du vinaigre) et
Gluconobacter (production d’acide cluconique).
4- Les bactéries sporulées :
a. Le genre Bacillus :
Les Bacillus appartiennent à la famille des bacillacées (Bacillaceae). Ce sont des bactéries à
Gram (+), aérobies ou aéro-anaérobies facultatives, et tirent leur énergie par respiration ou
fermentation, elles sont sporulés, hétérotrophes, saprophytes et ubiquitaires. Elles sont
fréquemment retrouvées dans le sol, terre, poussière, en eau douce et eau de mer, etc.
On peut trouver des Bacillus dans des denrées alimentaires. Les espèces saprophytes sont
responsables de multiples dégradations de produits alimentaires (sûrissement et caillage du
lait, etc.). Ils résistent aux conditions défavorables et dégradent les conserves alimentaires.
L’agent d’intoxication alimentaires et Bacillus cereus.
b. Le genre Clostridium :
Le genre Clostridium appartient à la famille des Clostridiaceae. Ce sont des bacilles à Gram
(+), anaérobies strictes, sporulés, mobiles par ciliature péritriche, catalase (-), oxydase (-). Ce
sont des germes saprophytes telluriques intervenant dans la putréfaction des déchets
organiques (protéolytiques et saccharolytiques). Ils peuvent aussi se trouver en commensaux
dans la flore intestinale.
Ils contaminent plusieurs produits alimentaires (eau, lait, viande, poisson, aliments fermentés
et congelés et surtout les conserves). Certaines espèces sont responsables d’intoxications
alimentaires comme Clostridium perfringens, ou de graves intoxications mortelles comme Cl.
botulinum.
3
5- Les staphylocoques :
Ce sont des coques à Gram (+), immobiles, regroupés en amas, catalase (+), aéro-anaérobies
facultatifs, pouvant donner des colonies pigmentées en jaune d’or. Ils sont halophiles,
protéolytiques. Ce sont des bactéries commensales de la peau et des muqueuses des animaux
et de l’homme, où ces bactéries peuvent être à l’origine d’infections cutanées.
Ils contaminent fréquemment les aliments et peuvent entrainer des dégradations et des
problèmes sanitaires. L’espèce S. aureus produit une coagulase, est pathogène. Elle provoque
une intoxication alimentaire qui est due uniquement à l’entérotoxine (de nature peptidique,
thermorésistante) et non au pouvoir invasif.
6- Les Vibrio :
Le genre Vibrio apparteint à la famille des Vibrionaceae. Il regroupe des espèces souvent
saprophytes des eaux et quelques espèces très pathogènes transmises par l’eau et les produits
en contact avec l’eau. Ce sont des bacilles à Gram (-), en forme de bâtonnets incurvés,
asporulés, très mobiles, oxydase (+), catalase (+), aérobies ou anaérobies selon les espèces.
Parmi les espèces pathogènes pour l’homme, le Vibrio cholerae, agent de la maladie du
cholera, V. parahaemolyticus responsable de toxi-infections intestinales.
7- Les actinobactéries :
Ce vaste ensemble regroupe des familles variées de bactéries présentant en général des
morphologies particulières. Les « actinobactéries » sont des bactéries à Gram (+), asporulées,
de différentes formes : des fromes bacillaires irrégulières, des structures de type ou
d’apparence mycéliens avec ramifications, certaines espèces forment des conidies. Ces
bactéries sont souvent aérobies, quelquefois anaérobies, catalase (+). Un certain nombre
d’espèces sont saprophytes, quelques unes sont pathogènes.
Les principales bactéries rencontrées en industrie alimentaire sont :
a. Les bactéries corynéformes saprophytes :

Il s’agit des bactéries présentant des caractères proches du genre Corynebacterium. Les
germes de ce groupe intéressant l’industrie alimentaire appartiennent aux genres
Arthrobacter, Aureobacter, Brevibacterium, Caseobacter, Cellulomonas, Coryne-bacterium,
Microbacterium, Rarobacter, etc. Leurs formes et arrangements sont irréguliers. Il s’agit
d’espèces saprophytes fréquentes comme contaminants banaux et habituellement non
pathogènes. Certaines espèces jouent un rôle dans l’industrie fromagère, en particulier les
genres Brevibacterium et Caseobacter.
b. Propionibacterium :
Les Propionibacterium sont des bacilles de formes et d’arrangements irréguliers, à cellules
allongées. Les colonies sont parfois pigmentées. Le pH favorable est la neutralité ; toutes les
souches se développent à 30 °C. Le métabolisme est de type fermentaire. Ce genre regroupe
de nombreuses espèces dont certaines sont parasites, parfois pathogènes et n’interviennent pas
dans l’alimentation, et d’autres saprophytes, rencontrées fréquemment dans les produits
laitiers. Ces dernières espèces sont utilisées en fromagerie : elles sont responsables de
4
l’ouverture des fromages à pâte pressée cuite (Gruyère, emmenthal : Propionibacterium
shermanii).
c. Streptomyces :
Quelques espèces du genre Streptomyces peuvent intervenir en alimentation. Ce sont des
bactéries saprophytes du sol, apparaissant sous forme de filaments ramifiés portant des
conidies en chaînes parfois très longues. Les colonies sont de grande taille souvent
pigmentées et d’aspect fongique. Les Streptomyces peuvent se développer dans certains
aliments et causer des odeurs et goûts désagréables. Ils sont faiblement protéolytiques et ne
sont pas pathogènes. On les rencontre parfois dans l’eau des citernes ou retenues d’eau
d’alimentation, où ils donnent un goût de terre dû à la géosmine ou au méthyl-isobornéol, et
quelquefois sur les poissons.
d. Les mycobactéries :
Il s’agit de bactéries appartenant au genre Mycobacterium. Ce sont des bacilles avec des
éléments renflés et pratiquement jamais de ramification. Il existe des espèces saprophytes
n’intervenant pas dans l’alimentation et quelques espèces pathogènes qui peuvent être
transmises par certains aliments : viandes, lait cru. Il g’agit essentiellement des espèces
Mycobacterium tuberculosis et Mycobacterium bivis, responsables de la tuberculose, maladie
grave atteignant le système lymphatique, pulmonaire et/ou osseux.
8- Brucella :
Le genre Brucella appartent à la famille des Brucellaceae. Ce sont de très petits coccobacilles
à (-), immobile, non encapsulée, non sporulée, flagellée, aérobie stricte, oxydase (+).
Certaines espèces sont pathogènes pour l’homme, elles sont transmises par l’alimentation :
lait cru, viande, fromages, etc. Elles provoquent la maladie de la brucellose ou la fièvre de
Malte (exemples : Brucella suis, B. melitensis et B. abortus).
9- Listeria :
Ce sont des bacilles de petite taille, mobiles, gram (+), catalase (+), non sporulées, anaérobies
facultatifs. Ce sont des bactéries ubiquistes qu’on trouve dans le sol, sur les végétaux, dans
l’eau, etc. Elle résiste au froid, prolifère dans le réfrigérateur et survit dans le congélateur,
mais est tuée par la chaleur.
L’espèce Listeria monocytogenes est pathogène et provoque la listériose, qui peut être
transmise par les légumes, les viandes et volailles crues, les œufs, le lait et produits laitiers
(fromages).
5
10- Les levures et moisissures :
Les levures et les moisissures, regroupées sous le nom de "Mycètes" ou "champignons",
forment, comme les bactéries, un groupe important de micro-organismes.
Les levures sont des mycètes unicellulaires, de formes variées, se reproduisant par
bourgeonnement ou par fission. Les moisissures sont des mycètes pluricellulaires, mycéliens,
se reproduisant par envahissement ou par spores de reproduction.
Les mycètes sont présentent partout, dans le sol (substances organiques en décomposition),
dans l'eau, dans l'air (qui véhicule de grandes quantités de spores) et dans les aliments.
Les mycètes trouvent dans les aliments les nutriments nécessaires à leur croissance, ce qui
entraîne une détérioration rapide du produit.
Les levures sont utilisées dans certaines fabrications comme la panification, production
d’alcool industriel, production de levures en tant que source de protéines et de vitamines B,
l’affinage de certains fromages et la production d’enzymes et de vaccins.
Les moisissures sont très utiles dans la dégradation de déchets organiques et l’humification
des sols. Dans l’industrie, ils sont utilisées dans certains produits laitiers (fromages),
production de molécules à activité pharmacologique (antibiotiques, protéines), production
d’enzymes industrielles, de métabolites secondaires divers et peuvent contribuer à la
valorisation des déchets des industries alimentaires.
Du point de vue sanitaire, les moisissures présentes dans les aliments sont habituellement
considérés comme inoffensives, mais certaines souches de moisissures peuvent produire des
mycotoxines redoutables, particulièrement dans les céréales, les produits céréaliers et les
oléagineux. Les intoxications alimentaires à cause des mycètes sont peu fréquentes.
6
Chapitre VI : Microorganismes des principaux produits alimentaires
1- Flore microbienne de l’eau :

Les microorganismes rencontrés dans l’eau sont de trois types :
- des germes aquatiques (algues microscopiques, Vibrio, Pseudomonas …),
- des germes telluriques (sporulés, Streptomyces, spores fongiques),
- des germes de la contamination humaine et animale (liés à la pluie, aux végétaux et
animaux et à l’industrie: coliformes fécaux, E. coli, Lactobacillus, sporulés
anaérobies, levures et moisissures …).
La contamination de l’eau est à l’origine de nombreuses maladies qualifiées de maladies
d’origine hydrique (gastro-entérites ou toxi-infections intestinales).
2- Microbiologie du lait :
Le lait contient peu de microorganismes s’il est prélevé dans de bonnes conditions (˂ 103
germes/mL) : des germes saprophytes du pis et des canaux galactophores (microcoques,
streptocoques lactiques …), ou des pathogènes de vaches malades (streptocoques pyogènes,
staphylocoques, Salmonella, Brucella, Listeria monocytogenes, Mycobacterium …).
Le lait peut se contaminer au cours de sa manipulation par : le sol et la peau de l’animal

(coliformes, entérocoques, Clostridium, Salmonella), par le sol (Streptomyces, Listeria,
sporulés, spores fongiques …), équipement de traite (microcoques, levures, lactobacilles,
streptocoques …) et des manipulateurs (staphylocoques des mains, germes d’expectorations et
de contamination fécale).
3- Microbiologie des œufs et ovo-produits :

L’œuf est un bon substrat pour les microorganismes, mais il est protégé de façon efficace
par sa structure (coquille), l’intérieur est stérile. La contamination de surface provient du
cloaque (coliformes, entérobactéries …), du sol (sporulés, moisissures), et des manipulations.
La contamination interne provient soit avant la ponte (maladie), soit après la ponte
(entérobactéries pathogènes, Mycobacterium, Salmonella, Serratia …).
4- Microbiologie de la viande :
La chair de l’animal sain vivant est pratiquement stérile. Chez l’animal malade, la
contamination peut se faire par le système lymphatique.
La contamination peut avoir lieu au moment de l’abattage par la flore de la peau
(microcoques, Pseudomonas, staphylocoques, lactobacilles, streptomycètes …), du tube
digestif (E. coli, Clostridium perfringens, streptocoques fécaux, Salmonella), ou par des
manipulations et du stockage par l’air, le sol, l’eau de lavage … (Pseudomonas, Bacillus
cereus, Clostridium perfringens, Salmonella, shigella, Staphylococcus) et par des insectes.
7
5- Microbiologie des poissons et des produits de la mer :
La chair des poissons et des crustacés est stérile. La flore des poissons est influencée par
celle du milieu aquatique.
Les régions contaminées sont les branchies, le mucus qui recouvre la peau (flore ±
psychrophile : Pseudomonas, Achromobacter, Aeromonas, Falvobacterium, Serratia,
Proteus, Vibrio, Bacillus, Corynebacterium …), et le tube digestif (Achromobacter,
Pseudomonas, Escherichia, Clostridium …).
6- Microbiologie des céréales :

La flore des graines est composée de germes parasités (moisissures) ou saprophytes en
surface (Peudomonas, microcoques, lactobacilles, sporulés, coliformes, levures …), et
certains germes phytopathogènes (charbon, rouille, mildiou, Claviceps purpura).
En conditions de stockage, les céréales peuvent être contaminées en anaérobiose par des
levures et lactobacilles, ou par des moisissures en aérobiose dont certaines peuvent être
toxinogènes.
7- Microbiologie des fruits et légumes :

La flore originale est constituée par des saprophytes de l’eau, l’air et le sol (corynéformes,
actinomycètes, streptocoques, sporulés, coliformes, levures, moisissures …), et une flore
phytopathogène (Pseudomonas, Xanthomonas, champignons et quelques virus : mosaïque).
La flore de contamination provient du sol, de l’air, du fumier, de l’eau d’arrosage, des
manipulations et des prédateurs (insectes) (germes saprophytes, phytopathogènes,
staphylocoques, Salmonella, parasites et virus).
8
Chapitre VII : Techniques de contrôle microbiologique des aliments
Intérêt de la bactériologie alimentaire :

La maîtrise de la qualité microbiologique (hygiénique obligatoire et marchande souhaitée par
le fabricant mais aussi le consommateur) passe par un ensemble de démarches qui vont du
contrôle des matières premières brutes, en cours de transformation ou de l’aliment fini, aux
bonnes pratiques de fabrication.
L’analyse microbiologique des produits finis reste indispensable car elle permet d’éviter, dans
le cas où des produits dangereux ou non conformes seraient fabriqués, leur commercialisation
ou leur consommation.
Les méthodes d’analyse mises en œuvre doivent être rapides, fiables, reproductibles et si
possible simples (et peu coûteuses) ; elles consistent en une recherche et/ou une numération
des principaux germes microbiens rencontrés dans les aliments afin d’en maîtriser leur
présence ou absence (dans le cas de germes dangereux responsables de maladies infectieuses)
et leur nombre (dans le cas de germes peu dangereux, contaminants ou hôtes normaux des
matières premières composant la denrée).
1- But du contrôle microbiologique des aliments :

L’analyse bactériologique des produits alimentaires est indispensable pour :
- Assurer au produit une bonne qualité commerciale et une bonne conservation.
- Garantir la sécurité des consommateurs en par la détection des microorganismes
pathogènes et éventuellement de métabolites toxiques.
2- Echantillonnage et prélèvements :
a. Définitions :
- Un « lot » : est une partie d’une même livraison ou d’une même fabrication présentant les
mêmes caractéristiques (produits dans des conditions identiques, dans un endroit identique,
et une période de production déterminée).
- Un « échantillon » : est un élément ou un ensemble d’éléments, prélevé au sein d’un lot

donné.
- Un « prélèvement » : est une quantité aliquote ou un élément indivisible prélevé au sein

d’un lot (parfois appelé échantillon élémentaire).
b. Critères d’échantillonnage :
Le prélèvement doit être réalisé selon les critères d’échantillonnage, il doit être
statistiquement représentatif du lot étudié, sans modifier la microflore du produit dont il est
issu (lot) et sans apporter de microorganismes étrangers (ni changement qualitatif ni
quantitatif).
9
Les échantillons doivent être choisis au hasard, d’une façon homogène, en prélevant un
nombre déterminé d’unités, dans des conditions d’asepsie rigoureuse.
c. Techniques de prélèvements :
Produits alimentaires liquides :

Lorsque le liquide est contenu dans un récipient le prélèvement peut être effectué par des
instruments stériles (pipette, louche, flacon lesté), après homogénéisation du liquide.
Quand le liquide est prélevé à partir d’un récipient muni d’un robinet, ou d’un réseau (eau par
exemple), il faut d’abord prendre le soin de purger le circuit pour éliminer le liquide des zones
de stagnation, puis désinfecter le robinet (métallique) à l’aide d’une torche. Le prélèvement
sera recueilli dans un flacon stérile et doit être refermé aussitôt.
Produits alimentaires solides :

Selon le produit, et dans le cas de produit de grand volume, le prélèvement sera effectué au
scalpel (carcasse de viande), à la sonde (fromages et produits mous) ou à la pipette harpon
(produit de consistance solide), ou avec une spatule (produit de consistance molle).
La surface est souvent éliminée avant de procéder au prélèvement. Si le produit est hétérogène
(plats cuisinés, conserves etc.) il faut s’assurer de la bonne représentativité du prélèvement.
Le prélèvement est mis dans un sachet stérile.
Dans le cas où les produits se présentent sous forme d’unités emballées en faible volume,
quelques unités seront recueillies en l’état, en s’assurant d’être bien identifié.
Prélèvement en surface :
Ils permettent l’étude de la flore présente sur la surface de l’aliment, le matériel de
fabrication, les récipients et emballages, les plans de travail, les murs et sols des locaux et
éventuellement les mains du personnel. Il existe plusieurs techniques :
- par écouvillonnage
- par rinçage
- par emploi d’un ruban adhésif
- par impression directe sur milieu gélosé, etc.
d. Conservation et transfert des échantillons :

Les échantillons doivent être étiquetés (numéro d’ordre, date, heure, lieu précis, modalités de
prélèvement, température, pH d’un aliment voisin, nom de la personne ayant effectué le
prélèvement, …).
Le temps séparant le prélèvement et l’analyse doit être le plus court possible. Les
prélèvements doivent être transférés dans des enceintes isothermes (glacières).
10
3- L’analyse :
La préparation des échantillons nécessitera l’ouverture aseptique des récipients fermés
(produits emballés, bouteilles, conserves) et l’homogénéisation ou la fluidisation des produits
non liquides. Cette opération consiste parfois en un broyage couplé à une première dilution.
Pratiquement, toutes les analyses s’effectuent à partir d’une suspension liquide, de

concentration connue. Pour les produits solides, ils sont broyés et homogénéisés dans un
diluant stérile pour obtenir une première dilution à 10-1 (Solution Mère) sui pourra être diluée
par la suite.
Les protocoles d’analyses à effectuer diffèrent en fonction de l’aliment et des

microorganismes recherchés, en utilisant des techniques spécifiques qui sont précisées par la
réglementation.
a. Dénombrement des microorganismes :

Plusieurs techniques sont utilisées pour la numération des microorganismes dans un
échantillon d’aliment, parmi lesquels :
- Méthodes microscopiques directes, par utilisation des lames de numération

(hématimètre, cellules de Thoma et de Malassez, technique de Breed, épifluorescence, …).
- Dénombrements après culture des microbes viables (vivants), ils s’effectuent soit :
- en milieu gélosé : où un volume connu de suspension mère ou des dilutions est
incorporé dans la masse d’un milieu gélosé. Après incubation, les colonies sont
comptées et les résultats sont exprimés en UFC/ml de l’échantillon.
- En milieu liquide : où une série de tubes contenant un milieu de culture liquide
convenable sont inoculés par un volume de solution mère ou des dilutions. Les résultats
sont interprétés par la technique du nombre le plus probable NPP.
- Dénombrement après filtration : des membranes sur lesquelles les bactéries ont été
retenues sont déposées sur des milieux gélosés adaptés, et les colonies sont comptées
comme précédemment.
- Méthodes d’évaluation et d’estimation de la population microbienne par la détection de

l’activité métabolique des microorganismes : l’activité enzymatique, la concentration des
métabolites, modification du milieu, … (la turbidimétrie, la bioluminescence, mesure de
variation du potentiel redox, radiométrie, impédance, …).
b. Identification microbienne :
L’identification microbienne est une méthode qui permet de reconnaitre un microorganisme
par l’étude de ses caractères. Elle comporte plusieurs étapes successives et variables selon le
microorganisme, chaque résultat oriente vers l’étape suivante, à l’aide de la clé
d’identification adéquate. Elle s’effectue sur une souche pure.
11
L’identification comprend :
- l’étude des caractères culturaux : aspects des colonies sur divers milieux de culture.
- l’étude des caractères morphologiques et structuraux : forme, taille et regroupements
des cellules, structure de la cellule microbienne, …
- l’étude des caractères biochimiques et physiologiques : les aspects du métabolisme
microbien (catabolisme et anabolisme) et la présence d’enzymes.
- l’étude des modes de reproduction pour les mycètes (levures et moisissures)
- l’étude des caractères immunologiques (sérologiques) : détection des microorganismes
par réaction Ag-Ac.
- l’étude des caractères génétiques : étude du génome microbien (%GC, hybridation
ADN-ADN, séquençage des Ac nucléiques, …),
- l’étude du pouvoir pathogène éventuel.
4- Interprétation des résultats :

a. Le plan à deux classes :
Deux réponses sont possibles :
- 1er cas: présence ou absence d’un microorganisme dans une quantité donnée d’aliment:
Ce type de réponse concerne certaines bactéries très pathogènes, dans le cadre de la sécurité
alimentaire. Aucune tolérance, par exemple, n’est acceptée pour Salmonella, Listeria
monocytogenes, pour l’entérotoxine staphylococcique, etc. La qualité d’un aliment ne peut
être jugée satisfaisante qu’en absence de ces bactéries pathogènes, ceci dans toutes les unités
de l’échantillon.
- 2ème cas : nombre de microorganismes supérieur ou inferieur à une limite :

La qualité est considérée satisfaisante lorsque toutes les valeurs sont inférieures à la limite
fixée. Par exemple : la recherche de Listeria monocytogenes dans les aliments prêts à être
consommés, le nombre d’unités de prélèvement est n=5 et la limite fixée de 10 2 ufc/g. si les
cinq unités de prélèvement donnent des résultats inférieurs à cette limite, la qualité du produit
peut être considérée comme satisfaisante.
b. Le plan à trois classes :

L’interprétation des résultats prend en considération quatre (4) paramètres :
- n, le nombre d’unités de l’échantillon.
- m, et M les limites fixées pour la concentration du microorganisme recherché.
- c, le nombre maximum d’unités de l’échantillon pour lequel la concentration microbienne
peut se situer entre m et M.
- 1er cas : toutes les valeurs obtenues sont inférieures ou égales à m :

La qualité de l’aliment est, sur ce critère, satisfaisante.
- 2ème cas : un maximum de c/n valeurs sont comprises entre m et M :
La qualité de l’aliment est considérée comme acceptable.
- 3ème cas : plus de c/n valeurs sont supérieures à M :
La qualité est considérée comme insatisfaisante.
12
Exemple : numération des staphylocoques à coagulase positive dans les fromages au lait cru.
N = 5, c = 2, m = 104 ufc/g, M = 105 ufc/g.

Qualité satisfaisante : tous les résultats sontb inférieurs à 104 ufc/g.
Qualité acceptable : un ou deux résultats sont compris entre 104 et 105 ufc/g.
Qualité insatisfaisante : plus de deux valeurs sont supérieures à 105 ufc/g.
------------------------------ *** --------------------------------
Chapitre VIII : Analyses microbiologiques de quelques aliments
I- Les microflores recherchées :
1- Recherche des germes pathogènes :
La mise en évidence de la contamination par des germes pathogènes (ou généralement

pathogènes) permettra de remédier aux défaillances de la préparation de l’aliment.
La recherche de ces germes a lieu directement ou après enrichissement (mettre le germe dans
un milieu pour favoriser le développement du microorganisme et augmenter sa population).
Les germes pathogènes généralement recherchés sont : les entérobactéries pathogènes

(Salmonella, Shigella, E. coli entérotoxinogènes, Yersinia enterocolitica), Vibrions
pathogènes, Campylobacter, staphylocoques entérotoxiques, Bacillus cereus, Clostridium
perfringens, Cl. botulinum, Listeria monocytogenes, Mycobacterium, etc.
2- Microorganismes pour tester l’hygiène générale :

L’hygiène des procédés peut être contrôlée grâce à la recherche d’indicateurs qui révèlent un
défaut des bonnes pratiques de fabrication.
a. Flore totale ou Flore globale ou Flore mésophile totale :

Le dénombrement de cette flore reflète que le produit peut être contaminé par un défaut du
procédé, des matières premières, des manipulations ayant apporté de nombreux germes. Cet
ensemble de germes risque fort d’altérer l’aliment et signe un grave défaut d’hygiène dans le
précédé.
b. Indicateurs de contamination fécale :

Une contamination fécale fait soupçonner la présence possible de Salmonella et autres
bactéries pathogènes. La contamination d’un aliment par les matières fécales montre qu’il
n’est ni préparé ni conservé dans de bonnes conditions d’hygiène.
13
- Les Entérobactéries, les coliformes, coliformes thermotolérants et E. coli :
La numération des entérobactéries est intéressante au niveau industriel comme test de
qualité hygiénique globale, ils peuvent être considérés comme germes indicateurs de
mauvaises conditions de manipulation de fabrication.
Les coliformes sont des entérobactéries fermentant le lactose avec production de gaz à
30°C (germes : Escherichia, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter) ou 37°C.
Les coliformes thermotolérants (fécaux) le font aussi à 44 °C, et E. coli est un coliforme
fécal indole (+) à 44 °C. Ces bactéries sont commensales de l’intestin et survivent en
saprophytes à l’extérieur plus ou moins longtemps : E. coli ne survit que peu de temps à
l’extérieur et sa présence traduit donc une contamination fécale récente. Il en est
probablement de même pour les coliformes thermotolérants.
- Les streptocoques fécaux (Entérocoques) :

Les entérocoques sont des streptocoques d’origine fécale, correspondant au genre
Enterococcus et aux streptocoques du groupe D de Lancefield. Elles résistent mieux aux
mauvaises conditions que les entérobactéries, ils ne doivent donc pas être considérés s’ils
sont seuls présents comme indicateurs de contamination fécale.
- Clostridium sulfitoréducteurs :
Ce sont des bacilles à Gram (+), anaérobies strictes, sporulés, commensaux de l’intestin,
telluriques (sol), réduisant les sulfites en sulfures ; trois dénombrements peuvent être
réalisés :
* spores et formes végétatives (contamination fécale, ou par le sol, récente ou ancienne),
sur les eaux ;
* dénombrement des anaérobies sulfitoréducteurs à 46 °C pour la mise en évidence de
Cl. perfringens responsable d’infection d’origine alimentaire ;
* dénombrement spécifique de Cl. perfringens comme indicateur d’hygiène du procédé
de cuisson ou refroidissement dans les produits à base de viande.
c. Les staphylocoques :
Leur recherche est considérée comme indicateurs de contamination dans les aliments crus, et
signalent des contaminations humaines par manipulation ou par voie aérienne, ou une
contamination initiale d’un produit animal.
d. Les levures et moisissures :

Ils constituent une bonne flore indicatrice de la qualité générale, essentiellement pour les
produits d’origine végétale, ou une contamination environnementale durant le procédé.
14
II- Analyse microbiologique de quelques aliments : (Voir tableau)
Aliment Germes recherchés / Analyses effectués

L’eau Coliformes
Coliformes thermo tolérants
Streptocoques fécaux
Dénombrement des bactéries revivifiables à 22°C et 37°C
Spores de bactéries anaérobies sulfito réducteurs
Le lait Microorganismes aérobies totaux à 30°C - Phosphatase
Coliformes à 30°C - Peroxydase
Coliformes thermo tolérants - Stabilité à l’é bullition
Staphylococcus aureus - Acidité
Salmonella - Nombre de cellules
Streptococcus β- hémolytiques somatiques
Œufs et Ovoproduits Dénombrement de la flore aérobie mésophile (Flore totale)
Dénombrement des Entérobactéries (Coliformes et E. coli)
Recherche et dénombrement de Staphylococcus aureus et/ou
Pseudomonas
Recherche de Salmonella dans 25 g
Recherche de staphylocoques entérotoxiques (pour les ovoproduits)
La viande Dénombrement de la flore aérobie mésophile (Flore totale)
Recherche des indicateurs fécaux (coliformes, coliformes fécaux)
Recherche de Staphylococcus aureus
Recherche des anaérobies sulfitoréducteurs
Recherche de Salmonella
Les levures et moisissures
Poissons et produits Evaluation de la fraicheur du poisson par l’inspection des caractères
de la mer organoleptiques (odeur, aspect général, rigidité, la peau, les écailles,
l’œil, …)
Dénombrement de la flore totale à 30 °C ou 37°C
Dénombrement de la flore halophile
Dénombrement des coliformes (identification de E. coli) ou
dénombrement des coliformes fécaux
Recherche de germes pathogènes : Staphylococcus aureus,
Salmonella, Vibrio
Eventuellement, dénombrement des Entérobactéries
Fruits et légumes Dénombrement de la flore aérobie mésophile (Flore totale) à 30 °C
Recherche de la flore fongique
Recherche de la flore particulière (pectinolytique), germes
pathogènes
Recherche de la flore phytopathogène (Xanthomonas, Erwinia, …)
Détection de certaines moisissures
15

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République Algérienne Démocratique Et Populaire

Ministère De L’Enseignement Supérieur Et De La Recherche Scientifique

Dr. BOUDJEMA NOUARA

Figure 1. Pyramide des groupes alimentaires ............................................................................... 2

Chapitre 1 : LES GRANDS GROUPES D’ALIMENTS

Chapitre 2 : MICRO-ORGANISMES ET ALIMENTS

I. Bactéries pathogènes des produits alimentaires ............................................................ 13

II.2. Microbiologie de lait et dérivés ................................................................................... 19

Chapitre 3 : LES BACTERIES LACTIQUES

Chapitre 4 : LES ALTERATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS ET MOYENS DE

I. ALTERATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS ............................................. 33

II. MOYENS DE LUTTE ................................................................................................. 43

II.1.3. Rôle de l’environnement........................................................................................... 43

Tableau 1 : Teneur en lipidique et en cholestérol des viandes, poissons et œufs ....................... 3

Les micro-organismes sont associés généralement de façon implicite, dans diverses

LES GRANDS GROUPES D’ALIMENTS

Viande, poisson et œuf

Lait et produits laitiers

Figure 1. Pyramide des groupes alimentaires

1.1. Viandes et produits carnés

La teneur en protéine est de moyenne de 16 à 20g/100g de viande avant cuisson et 60 à 70%

Aliments Lipides Aliments Cholestérol

Thon au naturel 1,6 Viandes de porc 100

A l’origine, la charcuterie est une méthode de conservation de la viande. Toute charcuterie

Le poisson contient en moyenne 18 à 19% de protéine. On a signalé des valeurs variables : le

Les poissons sont classés généralement en 3 groupes (Ciqual, 1995):

-Poissons maigres (0,5 à 5%) : merlan, sole, dorade, morue,

Il représente une source importante de phosphore, en sélénium et peu de calcium. Les

2. LAIT ET PRODUITS LAITIERS

Tableau 2 : Apports nutritionnels moyens des différents laits/100g (Ciqual, 1995)

Le fromage est un dérivé du lait, sa fabrication comporte 3 étapes essentielles (La

contiennent en moyenne 90 à 100mg de cholestérol pour 100g (Luquet, 1990 ; Ciqual,

3.1. Crème et le beurre

Tableau 3: Composition de quelques corps gras solides (Martin, 2001)

Aliment Lipides Totaux

3.2. Autres matières grasses d’origine animale

3.3. Huiles et margarines

- Céréales, tubercules, légumes secs ;

Les fibres des plantes se composent surtout de cellulose, d’hémicellulose et de matières

- Les fruits séchés (raisins, pruneaux, bananes, pommes, poires) renferment en

5. CÉRÉALES ET DÉRIVÉS - LÉGUMINEUSES

5.1. Céréales et Dérivés

Les graines de céréales contiennent 10 à 15% d’eau, 70 à 76% de glucide en particulier en

Le son de blé se compose principalement d’hémicellulose et de cellulose. Ces protéines sont

Tableau 4 : Teneur en amidon et en protéine des céréales (Martin, 2001)

6. SUCRES ET PRODUITS SUCRÉS

L’apport nutritionnel de ce groupe est essentiellement les glucides (saccharose, glucose ou

- Le miel : le miel est constitué de 3 à 6% de saccharose, 35% de glucose et 35% de fructose.

Les eaux de boissons sont classées selon la législation en 4 catégories :

7.2. Boissons sucrées

Plusieurs bactéries sont capables de contaminer de nombreux produits alimentaires

I. Bactéries pathogènes des produits alimentaires

 Infection non invasive : Les micro-organismes infectieux se multiplient à la

Transmission entre hôtes

Croissance et multiplication chez l’hôte

Echappement à la réponse immunitaire

Lésion et production de symptômes

Figure 2 : Les différentes étapes de l’infection bactérienne

I.1.2.2.Pénétration (porte d’entrée)

L’action néfaste du micro-organisme infectieux est liée à sa croissance in vivo et aux

- Multiplication dans des tissus (infection par Mycobacterium tuberculosis)

La mesure de la virulence peut se faire de plusieurs façons. On détermine la dose infectante

I.4.Caractères microbiens favorisant la virulence