Formation Master 2 Sciences de l’eau Pérès G.

2023

Impacts des activités anthropiques sur

la composante biologique

Guénola Pérès,
Agrocampus Ouest, UP Sciences du sol
UMR INRA « SAS » Rennes

9 Décembre 2023

Plan

1) Impact des caractéristiques mésologiques

 Organismes du sol = indicateurs d’état
2) Impact des activités anthropiques
 Organismes du sol = indicateurs d’usages
- Contaminants métalliques et organiques
- Phytosanitaires
- Gestion organique
- Travail du sol
- Rotation
- Modes de gestion
 1 . Indicateur d’état Pérès G. 2023

Les organismes du sol sont influencés par les caractéristiques du sol

A l’échelle de la parcelle
Ils sont sensibles à leur environnement:

- La composition minérale du sol (sable, limon, argiles) Ranke

r
-> Texture sableuse moins favorable
- La profondeur de sol

- La teneur en éléments grossiers

Source : JM.
- L’humidité du sol Rivière

-> espèces caractéristiques des sols hydromorphes .

- Le pH
2 bornes : 4.7 - 11, sachant qu'en dessous de 3.7 : absence de lombriciens (Bachelier, 1978)
- les lombriciens peuvent vivre à des pH très éloignés de l'optimum
MAIS : leur activité générale est modifiée
exemple : Allolobophora icterica (endogée)
optimum : 7, peut vivre entre 4.2 et 8
longueur du réseau de galeries : 3 fois plus importante à pH8 comparé à pH 4.2
 Communautés lombriciennes plus nombreuses dans sols neutres, riche en cations
 Communautés faibles dans sols acides

1. Indicateur d’état Pérès G. 2023

Relation propriétés environnementales (pédo-

climatiques, anthropiques) et biomasse
microbienne
 Le programmes de recherche – EcoMic
A l’échelle Nationale Quantité d’ADN dans les sols en ng/kg de sol

texture occupation

Dequiedt et al, 2011 –

Global Ecology and Biogeography
1. Indicateur d’état Pérès G. 2023

Relation entre propriétés (pédo-

climatiques, anthropiques) et
lombriciens
A l’échelle Européenne

Plan

1) Impact des caractéristiques mésologiques

 Organismes du sol = indicateurs d’état
2) Impact des activités anthropiques
 Organismes du sol = indicateurs d’usages
- Contaminants métalliques et organiques
- Phytosanitaires
- Gestion organique
- Travail du sol
- Rotation
- Modes de gestion
2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Programme de Recherche National :

 Programme Bioindicateurs de la qualité des sols
Objectifs : identifier des bioindicateurs pertinents en fonction
des attentes (agricoles, sols contaminés)

Grande diversité de paramètres Grand nombre de sites

40 paramètres testés
différentes
échelles

Communauté
structure

Flore

Population
abondance,
biomasse, présence-
Faune absence structure
(macro, méso, microfaune)

Individu
activité enzymatique
accumlation des ETM
Microorganismes
13 sites (forestiers, agricoles, pollués), 51
contextes
Réseau de chercheurs : 20 équipes de
recherche françaises (70 chercheurs)

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Impact des activités anthropiques : métaux lourds

Site Metaleurop
Contamination métallique (7 modalités)
F. Douay (ISA Lille)

- contamination liée à ancienne fonderie ; contamination diffuse en Pb, Zn et Cd.

- parcelles d’étude réparties sur large zone

Bois Tém culture

50 Tém
Bois 103 50
149
culture 103
Ref. 149
[Pb] mg/kg

Seuil Valeur anomalique

Pb Total = 86.9 mg/kg
(Villaneau et al., 2008)

Bois n°
culture 117
98
600
3000

Ancienne fonderie METALEUROP

Bois 117
Arrêt activité 2003
600
 2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Site de Metaleurop (parcelles cultivées)

Abondance et diversité fonctionnelle des vers de terre

Cultures
Cultures

Diversité fonctionnelle
Abondance (i/m²)

Cultures

+ ++ +++ + ++ +++
 Abondance et diversité fonctionnelle sont affectées par la
plus forte contamination
 Les modes de gestion peuvent contrebalancer les contaminations
(Pérès et al., 2011)

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Site GIS-FI Homécourt

Contamination HAP
Hydrocarbures Aromatiques polycyliques (2 modalités)
N. Raoult - T. Beguiristain (ENSAIA- CNRS Nancy)

GHM
Pollution moyenne Pollution faible
++ GHF
(572 mg/kg) (60 mg/kg)
+

- Friche industrielle (32 ha)

- 2 anciennes cockeries successives (production
fonte et laine de roche à partir de charbon)
- Démantèlement 1985
2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Site du GIS-FI (Homécourt)

Abondance et diversité fonctionnelle des vers de terre

Abondance lombricienne Biomasse lombricienne

Abondance absolue Abondance relative
sur GISFI sur GISFI cologiques par catégories écologiques
sur GISFI
100 50 100%
90%
40 80%
70%
b épigé
nb ind / m²

30 anécique 60%
g / m²

50 endogé 50%
20 40%

a 30%
10 20%
10%
0 0 0%

GISFI_M
GISFI_F
GISFI_M
GISFI_F

GISFI_F
GISFI_M

+ ++ + ++ + ++
Abondance et biomasse lombricienne altérées Structure écologique très modifiée par
par contamination HAP contamination HAP
-> anéciques et épigés sensibles
(Pérès et al., 2011)

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Impact des éléments traces métaliques

Cadmium > Cuivre > Nickel > Plomb > Zinc

* En quantité optimale, ils participent au métabolisme (composition des enzymes, hormones)

* Quand concentration > optimum : toxicité

Effet léthal
- mortalité
Effets Sub-léthaux
- troubles de la reproduction
- troubles de la croissance pondérale (prise de poids)
- modification de l'ultra-structure et du nb. de spermatozoïdes

* Toxicité est fonction :

- des espèces animales
- de l'élément lui même, de sa forme (soluble ou insoluble) et de la durée
d'exposition
- le pH : l'acidité du sol, augmente la disponibilité des ETM (Cd, Al)
- des interactions entre différents éléments
 Pérès G. 2023

Impact des pesticides

Exemple d’un programme de Recherche Régional :

 Programme VITI 2000

Objectif : identifier des pratiques viticoles durables

19 sites étudiées pendant 20 ans

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Impact des activités agricoles : pesticides

Herbicides et peuplement lombricien Fongicides et peuplement lombricien

(8 années d'expérimentation) (5 années d'expérimentation)

individus/m² (Cluzeau et al., 1994)

g/m²
100 a 200 50 43 42 29 g/m²
40
a a
80
Abondance ind/m²

abc 150
bc ac
bc 30
60
b
100
40 b b b b 20
50
20
10
0 0
Azural+ Azural+ Azural+ Azural+ Diuron Azural+
Surfassol Diuron C7 Basta Fénican 0
Folpel Valiant Mancozèbe Cuivre
glyphosate dichlobénil cent7 proche du diuron+ (Cluzeau et al., 1994)
Isoxabène glyphosate autre MA
Impact des pesticides : Pérès G. 2023

comparaison des insecticides, herbicides et fongicides

- Etude portant sur la synthèse de résultats obtenus après 5 ans (dispositifs expérimentaux),
région Ile de France
- Application d’un indicateur de pression de pesticide : IFT (indice de fréquence de
traitement) :
- Quantité de pesticides appliqués à l’hectare : AD
- Taux recommandé par hectare (Ministère agriculture, pêche, 2008) : HD
TFI= somme (AD/HD)

A. chlorotica L. castaneus
 Etude de 3 espèces de vers de terre
L. terrestris

Impact des activités agricoles : pesticides Pérès G. 2023

Conclusion majeure issues de 2 revues (Pélosi et al., 2013 ; Pelosi et al; 2014)
- Les pesticides impactent les vers de terre à tous les niveaux
d’organisation
- réduisent la biomasse et la densité globale de la communauté
- pertubent les activités enzymatiques
- augmentent la mortalité individuelle
- réduisent la fécondité et le développement
- modifient le comportement alimentaire et fouisseur
Impact des pesticides Pérès G. 2023

Effet d’un insecticides (imidacloprid) sur le comportement fouisseur de deux espèces

lombriciennes

 Forte diminution de l’activité fouisseuse Capowiez et al, 2009, in Pelosi et al., 2014

Impact des activités agricoles : pesticides Pérès G. 2023

Conclusion majeure issues de 2 revues (Pélosi et al., 2013 ; Pelosi et al; 2014)
- Les pesticides impactent les vers de terre à tous les niveaux
d’organisation
- réduisent la biomasse et la densité globale de la communauté
- pertubent les activités enzymatiques
- augmentent la mortalité individuelle
- réduisent la fécondité et le développement
- modifient le comportement alimentaire et fouisseur

- L’impact négatif des pesticides est surtout observé pour les vers de
terre en interaction avec la surface du sol (épigés, anéciques)

- Les insecticides et fongicides sont ceux qui ont l’impact négatif le plus
important, comparés aux herbicides

- Une réduction de 50% des pesticides permet d’augmenter de manière

significative le nombre de vers de terre (+ facteur : 1,5 jusque 4)
 Impact de la fertilisation

Programme de Recherche
Régional :
Programme de Recherche National :
 Programme VITI
2000  Programme Bioindicateurs de la
qualité des sols

Lombriciens = indicateur d‘usages gestion des apports organiques

Pérès G. 2023

Pérès et al., 1998, 2008, 2012 Cluzeau et al., 2009, 2012

Culture - Après 10 ans - Site

QualiAgro Feucherolles
Grande culture
b
• Abondance totale :
Impact positif des apports organiques (fumier)
SOERE-PRO
• Abondance des endogés et anéciques :
a,b
Impact positif de tous les apports organiques
a
a

Vigne

Vigne - Après 3 ans Vigne - Après 16 ans

b b b
b
a,b

a,b
a
a

• Dès 3 ans : • Après 16 ans

Impact positif des apports organiques (Ecorces) Homogénéisation des impacts positifs
 Lombriciens = indicateur d‘usages gestion des apports organiques Pérès G. 2023
Pérès et al., 1998, 2008, 2012 Cluzeau et al., 2009, 2012

Culture - Après 10 ans - Site Yvetot Synthèse :

b Qualité des apports organiques
• Caractéristiques chimiques (C/N, tanins,
SOERE-PRO cellulose)
a,b • Propriétés physiques (recouvrement sol)
a Réponses biologiques varient dans le temps
a

Identification de pratiques agricoles

 restauration des communautés
lombriciennes (densité, structure écologique)
Monitoring (dispositif longue durée)

Vigne
 dynamique de restauration, résilience

Vigne - Après 3 ans Vigne - Après 16 ans

b b b b
a,b

a,b
a
a

Impact de la fertilisation – Grande Culture Pérès G. 2023

Impact des apports organiques sur les microorganismes

Effets nouvel apport

Effets apports répétés

Témoin Témoin Compost Boues Compost Fumier

Témoin Témoin Compost Boues Compost Fumier -N +N ordures biodéchet
-N +N ordures biodéchet ménagères
ménagères

Effets apports répétés :  BM totale ∼ ∀ les Effet nouvel apport :

traitements organiques (facteur 1.4) après 7 -  intense de la BM (facteurs 1,2 à 1,9)
apports ( teneurs en MO des sols) - PRO le + efficace = OMR (riche en C
facilement biodégradable et directement
assimilable par les microorganismes)
- Stimulation champignons > bactéries
(Houot et al., 2010)
 Effet des apports organiques sur biodiversité du sol Pérès G. 2023

Synthèse :
Qualité des apports organiques
• Caractéristiques chimiques (C/N, tanins, cellulose)
• Propriétés physiques (recouvrement sol)
Réponses biologiques varient dans le temps

Identification de pratiques agricoles

 restauration des communautés lombriciennes (densité,
structure écologique)

Monitoring (dispositif longue durée)

 dynamique de restauration, résilience

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Impact du travail du sol

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

 Le labour : technique ancestrale de travail du sol

- Contrôler les adventices
- Enfouir les résidus et effluents d’élevage
- Améliorer la structure

 Mais externalités négatives :

- érosion « Dust Bowl » (1930)
- dégradation de la biodiversité….

Pérès G. 2023

https://www.arte.tv/fr/videos/106133-001-A/de-la-poussiere-et-des-hommes/
 Pérès G. 2023

 Une solution : les Techniques Culturales de Conservation des Sols (TCS, TCSL,
AC)

- reduction travail du sol  Conservation tillage (mechanical lever)

Superficial tillage Reduced tillage Direct seeding

(without soil inversion)
3 pilars

- couverture du sol (mulch, cover crop, inter-crop)

- Modification rotation des cultures

 rotation plus longue, plus diversifiée, culture diversifiée

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

 Importance des TCS

Augmentation importante est observée
 échelle mondiale
45 millions d’ha en 2000 (surtout continent américain)  110 millions d’ha. en 2010
 échelle nationale
21 % des surfaces en 2001  33 % en 2010

 échelle régionale
2. Indicateurs d’usage Travail du sol Pérès G. 2020

Impact des activités agricoles : travail du sol

-> sur l’ensemble des organismes du sol
Influence sur la macrofaune (carabes)

(Chambre d’Agriculture Finistère)

Aslam et al., 1999

Dans ces deux exemples, le non-travail se traduit par

- l’absence de perturbations de l’habitat (le sol),
- l'absence de perturbations physiques de l'animal
ce qui permet une augmentation de la composante biologique

Impact du travail du sol

Et gestion organique

Exemple d’un programme de Recherche européen :

 Programme SUSTAIN

(Soil Functional Biodiversity and Ecosystem Services, a

Transdisciplinary Approach
SUSTAIN project
(2011-2014)

SNOWMAN NETWORK
Knowledge for sustainable soils
42. Impact des TCS - Programme SUSTAIN Pérès G. 2023

Site de Kerguéhennec
Guernévez Crécom
Trévarez
Lait Porc - Equipement Vaches allaitantes
Porcs
Lait (*)

Brest
St Brieuc St Aubin
du Cormier
Agromachinisme

Quimper Rennes

Lorient

Vannes
Kerlavic Mauron
Systèmes de production Viande bovine
et qualité de l'eau Viande ovine
Kerguéhennec
Agronomie et
productions végétales

Essai "Agronomique“ FKA

-> impact de réduction du travail du sol
Combiné à une gestion organique rotation (4 ans) : maïs grain
– blé- colza – Blé – Phacelie

42. Impact des TCS - Programme SUSTAIN

3 traitements 4 fertilisation
Labour conventionnel
Appotrs organiques avec
25 cm (CMP)
apportrs azotés équivalents

Mineral - M
Fumier volaille - PM

X Lisier porc - LP
Fumier bovin (tous les 2 ans) – M/FB

Travail superficiel (MT)

8 cm
Sous-essai B: essai
Sous-essai A: essai « scientifique »
« faisabilité »
L, TS, SD ; M, FV
L, TS ; LP, FB-M

Bloc L/M- TS/M-

TS/FV TS/M SD/FV SD/M L/M L/FV L/LP TS/LP
1 FB FB

Bloc TS/M- L/M-

L/M L/FV TS/M TS/FV SD/M SD/FV TS/LP L/LP
2 FB FB
Semis direct(DS)

Bloc L/M- TS/M-

SD/FV SD/M L/FV L/M TS/FV TS/M L/LP TS/LP
3 FB FB

10 traitements (12 m X 25 m) X 3 blocs  30 plots

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Impact des activités agricoles : travail du sol

-> Rôle de la fertilisation
(exemple après 7 ans d’expérimentation, Site Kerguehennec)
CM/M= fumier bovin/mineral
M = mineral
PS : lisier porc,
PM : Fumier volaille

Labour Conventionnel Travail Superficiel Semis direct

(Piron et al., in prep)
-Impact positif de la fertilisation dépend de la nature (PS vs PM)
-Impact positif agit sur abundance mais pas sur structure fonctionnelle
- Impact positif de la réduction du travail du sol et de la fertilisation
 nécessité d’agir conjointement sur les deux pilliers : travail et fertilisation

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet des systèmes sans labour….

A retenir sur la biodiversité

Abondance des vers de terre

Impact
Abondance des endogés
moindre

Biomasse des vers de terre Impact

Reduction du
Abondance des anéciques moindre
travail du sol Fertilisation
organique

Rétention
Infiltration

Réseau de galerie Structure grumeleuse

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet des systèmes sans labour….

A retenir sur la biodiversité

Abondance des vers de terre

Impact
Abondance des endogés
moindre

Biomasse des vers de terre Impact

Reduction du
Abondance des anéciques moindre
travail du sol Fertilisation
organique

Stabilité
structurale
Dynamique
des
nutriments

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet des systèmes sans labour….

A retenir sur la biodiversité

Abondance des vers de terre

Impact
Abondance des endogés
moindre

Biomasse des vers de terre Impact

Reduction du
Abondance des anéciques moindre
travail du sol Fertilisation
organique

Dynamique
des
nutriments
 Foccus on earthworm

From : 165 publications performed over 65 years (1950–2016) across

40 countries on five continents

Effect of reduced tillage system  meta-analysis

 Effect of mechanical action compared to inversed ploughing (Briones and Schmidt, 2017)

Abundance Biomass

 Augmentation moyenne  Mean increase :

Semis direct 137%, travail du sol réduit 127% Direct seeding 196%, reduced tillage 101%

 Positive impact on
- anecic (Lumbricus terrestris) :
increase its abundance by 124%

- epigeic (Lumbricus rubellus)

Effect of reduced tillage system  meta-analysis

 Effect of organic matter application (Briones and Schmidt, 2017)

 Impact positif de l’application de MO

 Effect of pesticides use

P: pesticides; HG = glyphosate was used as herbicide; HnoG = any other type of herbicides

 No negative impact of glyphosate

Pérès G. 2023

Impact des rotations

Programme de Recherche
National :
 Programme
Bioindicateurs de la
qualité des sols
 2. Indicateurs d’usage Rotation Pérès G. 2020

Impact des activités agricoles : effet de la rotation

SI
PP
(Prairie permanente > 40ans) Prairies de restauration (1
an), implantées après un
précédent de 6 années de
culture ou 4 années

SI SII
PP
S II
S III
GC
S IV SIII
Prairies temporaires de 5
GC (grande culture, blé) ans (alternées avec
rotations maïs/blé)

SIV

41

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet sur le sol de l’introduction de prairie dans rotation culturale

Essai Yvetot – Prairie pâturée

 Abondance lombricienne (i/m²) Dès 1,5 ans prairie
↗ abondance (facteur 2.5)
350
épigé
E
↗ Espèces Anéciques
300 anécique
endogé D  Confirmation de la vitesse de
250 C réponse lombricienne
nb ind / m²

200

150
Prairies restauration (1,5 an)
après culture
100
B B
50 A

0
GC SIII Précédent
SI Précéde
SII Prairie
SIV PPPrairie
Grande Culture 1 an
6 années nt rotatio permanent
Culture après 5 ans prairie
culture 4 années n 5ans e
culture > 40 ans

Pérès et al., 2022

 2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet sur le sol de l’introduction de prairie dans rotation culturale

Essai Yvetot – Prairie pâturée

 Abondance lombricienne (i/m²) Dès 1,5 ans prairie
↗ abondance (facteur 2.5)
350
épigé
E
↗ Espèces Anéciques
300 anécique
endogé D  Confirmation de la vitesse de
250 C réponse lombricienne
nb ind / m²

200 5 années de prairie vs Prairie

150
Prairies restauration (1,5 an)
Permanente
100
après culture
↗ abondance
B B
50 A
↗ Espèces Anéciques, endogés,
0
épigés
GC
Grande
Culture
SIII
Culture 1 an
après 5 ans prairie
Précédent
SI
6 années
Précéde
SII
nt
Prairie
SIV
rotatio
PPPrairie
permanent Effet d’un sur-pâturage en PP
culture 4 années n 5ans e
culture > 40 ans Intérêt de « gérer » sa prairie

Pérès et al., 2022

2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet sur le sol de l’introduction de prairie dans rotation culturale

Essai Yvetot – Prairie pâturée

 Abondance lombricienne (i/m²) Dès 1,5 ans prairie
↗ abondance (facteur 2.5)
350
épigé
E
↗ Espèces Anéciques
300 anécique
endogé D  Confirmation de la vitesse de
250 C réponse lombricienne
nb ind / m²

200 5 années de prairie vs Prairie

150
Prairies restauration (1,5 an)
Permanente
100
après culture
↗ abondance
B B
50 A
↗ Espèces Anéciques, endogés,
0
épigés
GC
Grande
Culture
SIII
Culture 1 an
après 5 ans prairie
Précédent
SI
6 années
Précéde
SII
nt
Prairie
SIV
rotatio
PPPrairie
permanent  Effet d’un sur-pâturage en PP
culture 4 années n 5ans e
culture > 40 ans

Mise en culture après 5 années

de prairie
↘ abondance
↘ Epigés, anéciques
 Pas de remise à « zéro »
Pérès et al., 2022
 2. Indicateurs d’usage Pérès G. 2020

Effet sur le sol de l’introduction de prairie dans rotation culturale

Projet ADEME « Bioindicateur2

Essai Yvetot – Prairie pâturée  Abondance de micro-arthropode
 Densité fongique
P = 0,033

25000
a

20000
T o ta l.m ic ro a rth ro p o d e s
15000
ab ab

10000
ab
ab
b

5000
0
1 y blé
crop moutarde
GC
prair perm
PP
prair rest 1
6y crop
prair rest 2
4y crop 5prair
y temp
pasture
6y crop 4y crop 1 y crop 5 y pasture

Restored pasture (1y1/2) Pasture rotation Restored pasture (1y1/2)

Gatin et al., in Legras et al., 2011 Corted, in Legras et al., 2011

Effet positif des prairies Effet délétère des Prairies

- Effet positif de 5 années de permanentes
prairie, ou PP  Intérêt de la gestion des prairies
 Un délai de réponse en fonction
des taxa

Pérès G. 2023

Impact des modes de gestion

Programme de Recherche
Régional :
 Programme RVVS
2. Indicateurs d’usage Modes de gestion Pérès G. 2020

Impact du mode de gestion

100%
Vignoble: Beaujolais
80%
endogés juvéniles
endogés adultes 60%
anéciques juvéniles 40%
anéciques adultes
20%

90 0% 2002 2006 2002 2006 2002 2006

80 conventionnel intégré biologique

Abondance (nb.ind/m²)

70

60

50

40

30

20

10

2002 2006 2002 2006 2002 2006

conventionnel intégré biologique

 Influence positive d'une diminution des traitements

phytosanitaires, réduction du travail du sol, apports organiques ou
présence de couverts végétaux

Synthèse de l’impact des pratiques Pérès G. 2023

sur la biodiversité des sols

Pérès 2016,
d’après Cluzeau et al. 1999
 Biopédologie - Conclusion Pérès G. 2023

?
?
?

 Biodiversité des sols est importante pour nous  rend

des services écosystémiques (qualité de l’eau, nourriture)
 Nous avons actuellement des outils nous permettant de la
préserver et/ou de la restaurer
 La préservation de la biodiversité et de ses fonctions
passe par une réflexion conjointe des trois piliers :
biodiversité / physique (structure) / chimique (fertilisation,
phyto)
 Intégration des variabilités spatiales et temporelles