Séquençage de l’ADN sur site et en temps réel appliqué à la surveillance

des efflorescences estivales de cyanobactéries au Québec

1,4 1,4 1 2 2 1,4
Naíla Barbosa da Costa* ; Maude Pomerleau ; Thomas Deschênes ; Marianne Potvin ; Jeff Gauthier ; Christophe Langevin ; Vani
3 2 3 2 1,4
Mohit ; Irena Kukavica-Ibrulj ; Daniel Verreault ; Roger C. Levesque ; Jérôme Comte
1 2 3
Institut national de la recherche scientifique Centre Eau Terre Environnement (INRS-ETE), Institut de biologie intégrative et des systèmes (IBIS) de l'Université Laval, Centre d’expertise
4
en analyse environnementale du Québec (CEAEQ) - Ministère de l’Environnement, de la Lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs (MELCCFP), Groupe de
recherche interuniversitaire en limnologie (GRIL)
*courriel: naila.costa@inrs.ca Twitter: @nbcosta

CONTEXTE Avancées de RosHAB et ICYATOX

1) Les efflorescences nuisibles cyanobactériennes (cHAB): 1) Séquençage de l’ADN sur place et en temps réel dans un lac en efflorescence : 3h de l’échantillonnage aux résultats
- Affectent plusieurs lacs au Québec
- Sont prévues pour augmenter avec le changement climatique

2) Certains des impacts des cHAB:

- Diminution de la qualité de l’eau

cHABs
- Utilisation limitée des ressources
- Changements dans l’écosystème environnant © Le Journal de Montréal 2023-09-14

Efflorescence dans le lac Saint-Augustin en 2021 le jour du
test pilote
3) La détection précoce des cHABs permettrait : Years
2) Pipeline bioinformatique pour l'identification
- D’améliorer la surveillance des lacs par le MELCCFP taxonomique rapide sur place (Kraken2) et la
- D’accélérer la mise en œuvre du plan d’action par le MELCCFP, qui surveille récupération du génome (Metabet2 et Maxbin2) pour
intégrer ICYATOX
de nombreux lacs au Québec
Installation pour l’extraction de l’ADN sur place, la préparation de la bibliothèque et le Résultat obtenu 3h après
séquençage de l’ADN dans un appareil MinION l’échantillonnage
NBAO_001 Planktothrix LSA Aug-2023
NBAO_002 Planktothrix LSA Aug-2023
NBAO_006 Planktothrix LSA May-2023
NBAO_007 Planktothrix LSA Sep-2023
CCIW_047 Planktothrix Sandusky Bay 2011
CCIW_044 Planktothrix Whalley Lakes 2016
CCIW_049 Planktothrix Sandusky Bay 2011
CCIW_048 Planktothrix Sandusky Bay 2011
NBAO_005 Planktothrix LSA Sep-2023
NBAO_008 Planktothrix LSA Sep-2023
Planktothrix cluster
NBAO_003 Planktothrix LSA Sep-2023

MÉTHODOLOGIE
NBAO_004 Planktothrix LSA Sep-2023
CCIW_045 Planktothrix Sandusky Bay 2011
CCIW_046 Planktothrix Sandusky Bay 2011
CCIW_052 Planktothrix Lake Vert 2008
CCIW_051 Planktothrix Lake Vert 2008
CCIW_053 Planktothrix Lake Vert 2008
NBAC_002x Planktothrix co-isolated with Microcystis LBL Jun-2023
NBAN_002x Planktothrix co-isolated with Dolichospermum LSA Jun-2023
NBAN_003 Dolichospermum LSA Jun-2023
NBAN_008 Dolichospermum LSA Jul-2023
NBAN_006 Dolichospermum LSA Jun-2023

Dolichospermum cluster
NBAN_002 Dolichospermum LSA Jun-2023
CCIW_006 Dolichospermum Lake of the Woods 2003

1) Détection rapide sur site des efflorescences nuisibles de cyanobactéries (de l'anglais RosHAB)
CCIW_008 Dolichospermum Lake Winnipeg 2011
NBAN_004 Dolichospermum LSA Jun-2023
CCIW_003 Dolichospermum Lake Erie 2011
CCIW_141 Cylindrospermopsis Lake Balaton (Hungary) 1996
CCIW_140 Dolichospermum Tullaroop Reservoir (Australia) 1994
CCIW_069 Dolichospermum Lake Steinsfjorden (Norway) 1980
NBAN_013 Calothrix LAC Sep-2023
CCIW_143 Calothrix Sphagnum bog near Kastanienbaum (Switzerland) 1972
CCIW_026 Geitlerinema
CCIW_050 Lyngbya
CCIW_066 Oscillatoria

Résultats le
CCIW_065 Oscillatoria
CCIW_007 Dolichospermum Lake Ontario 2008
CCIW_005 Dolichospermum Lake Ontario 2005
CCIW_136 Aphanizomenon ELA 2014

même jour
CCIW_001 Dolichospermum Laurel Lake
CCIW_002 Dolichospermum Hamilton Lake
CCIW_004 Dolichospermum Georgian Bay 2016
CCIW_039 Oscillatoria Yellownife
CCIW_070 Planktothrix Yellownife
CCIW_068 Lyngbya
CCIW_067 Lyngbya

Available on GitHub (https://github.com/dsamoht/mag-ont) CCIW_124 Aphanizomenon Lake William 2009

NBAN_001 Aphanizomenon LSA Jul-2023
CCIW_027 Aphanizomenon Lake Ontario 2003 Aphanizomenon cluster
CCIW_028 Aphanizomenon Lake Ontario 2014
NBAC_008 Microcystis LBL Jul-2023
NBAC_002 Microcystis LBL Jun-2023
NBAC_003 Microcystis LBL Jun-2023
NBAC_007 Microcystis LAX Aug-2023
NBAC_001 Microcystis LBL Jun-2023

Intervention Microcystis cluster

NBAC_004 Microcystis LBL Jun-2023

3) Clusters de similarité de séquence des 63

NBAC_006 Microcystis LAC Jul-2023
CCIW_022 Microcystis Lake Ontario 2003
CCIW_019 Microcystis Lake Ontario 2003

Diagnostic pratique,
CCIW_021 Microcystis Lake Erie 2013

du MELCCFP
CCIW_018 Microcystis Lake Ontario 2011

premiers génomes de cyanobactéries séquencés : 38

CCIW_020 Microcystis Lake Erie

Échantillonnage Traitement des échantillons

NBAO_007x Microcystis co-isolated with Planktotrhix LSA Sep-2023

rapide, en temps réel

du CCIW et 25 isolats du Québec à l’été 2023 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 Sequence similarity degree
(based on k-mer content)

2) Base de données internationale sur les toxines cyanobactériennes (de l'anglais ICYATOX)
Isolation, culture de génomes de cyanobactéries du Québec et d’ailleurs,
cryoconservation, séquençage et assemblage de longues reads (GridION, ONT), Prochaines étapes et principaux objectifs de recherche
rassemblement des génomes
Pangénomique: dentifier les Phylogénomique: identifier les
gènes de base qui sous-tendent les espèces clés des microbiomes de
ICYATOX contient actuellement: traits conservés ainsi que les gènes floraison (c’est-à-dire les bactéries
- 130 cultures fraîches offertes par le Centre canadien des eaux intérieures (une accessoires qui peuvent élucider associées aux floraisons), l’histoire
branche d’Environnement Canada Changement climatique) les adaptations locales et la évolutive et les avantages de leur
- 95 cultures fraîches d’isolats provenant des lacs du Québec en 2023 variabilité de la population association
Les génomes seront disponibles à: https://icyatox.ibis.ulaval.ca/ (scannez le code QR)