1. Analyses microbiologiques de leau.

Les matires fcales sont la principale voie de transmission des microorganismes pathognes
pour lhomme. Elles peuvent provoquer des pathologies digestives, respiratoires

Type de microorganismes Pathologies

Mode de contamination

Salmonelles

Fivres thyphodes et gastro-entrite Eau

Escherichia coli

Gastro-entrite

Giardia sp

Gastro-entrite

Eau

Rotavirus
Virus

Affection ORL

Actinomyctes

Mycoses

baignade

Leptospires (bactrie)
Candida albicans (levure) Candidose
Pseudomonas

Affection cutane et des muqueuses Eaux de piscines

Staphylocoque

Affection cutane et des muqueuses Eaux de piscines

Helminthes (parasites)

Eaux de piscines

Tous ces microorganismes ne font que survivre un certain temps dans leau, ce nest pas leur
milieu naturel.
Microorganisme

Dlai de mortalit 50%

Coliformes

17 h

Acromonas

Pas de mortalit

Entrocoques

27 h

Salmonelles

19 26 h

Salmonella paratyphi 2 h

I. Les germes-test
La technique utilise pour valuer le risque de contamination des eaux est celle des germes
test de contamination fcale. Ce sont des indicateurs micro-biologiques de pollution fcale.

A. Caractristiques dun bon indicateur.

Etre spcifique : uniquement dorigine fcale.

Etre mesurable et identifiable avec le maximum de garanties par des mthodes simples,
rapides et peu coteuses.
Etre plus rsistant que les germes pathognes aux agents strilisants (Cl, ozone, UV)
Rsister aux agents extrieurs (chimiques, physiques, biologiques).
Ne doit pas tre pathogne.
Etre applicable tous les types deau.
Se trouver en nombre suprieur aux pathognes dans leau.
Etre absent des eaux non pollues biologiquement.
Etre prsent dans 100% des matires fcales.

B. Deux types de germes de contamination fcale.

1. Les germes indicateurs de risques.
Ce sont des bactries indicatrices de pollution.
Ex : coliformes fcaux thermo-tolrants, streptocoques fcaux ( : entrocoques D).
2. Les indicateurs defficacit de traitement.
Ce sont des micro-organismes assez rsistants aux traitements.
Ex : spores de bactries sulfito-rductrices, streptocoques fcaux, micro-bactries (dans
certains cas).
Les coliformes totaux ne renseignent que partiellement.

C. Limites des indicateurs.

Hypothse de base : les maladies transmission hydrique ont pour origine lhomme ou des
animaux sang chaud.
Problme : on travaille temprature fixe donc on peut se poser la question de :
-

la signification des germes tests dans les rgions quatoriales ou polaires.

La signification des germes tests vis vis des virus. Peut-on sen servir pour connatre
une contamination par des virus ?

La signification des germes tests vis vis de certaines bactries multi-rsistantes aux
agents de chimiothrapie tels que les Pseudomonas ou les Staphylocoques.

D. Isolement et dnombrement.
Bactrie

Mthode disolement et de dnombrement

Identification

Observations

37C - 20h

Galerie API

Eaux potables, Eaux

1 ; Membrane filtrante dpose sur un milieu Rsultat en 4h

de surface, piscines.

glos avec un milieu slectif prsomptif de

Indicateurs de

Coliformes

la prsence de ces bactries.

pollution rcente.

totaux

2. Milieux liquides en tubes (nombre le plus

probable (NPP))
44C - 20h

Galerie API 20E Eaux potables, Eaux

1. Membrane filtrante(MF) dpose sur un

Rsultat en 4h

de surface, piscines.

Coliformes

milieu glos avec un milieu slectif

Indicateurs de

thermo-tolrants

prsomptif de la prsence de ces bactries.

pollution rcente.

2. Milieux liquides en tubes (nombre le plus

probable (NPP))
Streptocoques
fcaux

37 - 48h

Milieu

Eaux potables, Eaux

MF. Milieu glos trs slectif.

biloesculine

de surface, piscines

Milieu liquide en tubes trs slectif

37, 3 24h

Paris.

(NPP)
Spores

1 : destruction des formes vgtatives (80,

Eaux potables, Eaux

de

10mn)

de surface.
3+

Clostridium

2 : MF dans milieu glos + Fe + sulfite

Indicateurs de

sulfito-rductrice

(37, 48h)

pollution ancienne.
Vrification des
traitement de
filtration.

Bactries

37 -24h et 20 - 72h.

arobies

1.Ensemencement par inclusion en glose en

revivifiables

surfusion quon coule ensuite dans une boite

Tous types deau

de Ptri.
2.Ensemencement en surface de la glose
solide (eaux de surface).
Salmonelles

Staphylocoques

Concentration puis isolement sur milieu Galerie API z

Recherche

spcifique.

demande

MF puis milieu glos slectif hyper-sal.

pathognes
Pseudomonas
aeruginosae

MF puis milieu glos slectif (cetrimide)

la

la

Catalase +

Recherche

Coagulase +

demande + piscines.

Galerie
20NE

API En cas de besoin +

piscines Paris.

Dans les coliformes totaux il ny a pas seulement des fermes dorigine fcale.

En gnral, dans les eaux purs : coliformes totaux = coliformes fcaux thermo-tolrants.
Les coliformes fcaux sont trs sensibles lenvironnement : dans leau de mer il y a la
disparition dun log en 10mn. Ce sont des bacilles Gram -. Ex : E. coli.
Streptocoques fcaux = Entrocoques D : plutt dorigine animale. Plus rsistants quE.
coli. Coques Gram +. Peuvent galement tre utiliss comme indicateurs defficacit de
traitement et donc de pollution ancienne.
On peut ensuite valuer si la contamination est plutt dorigine humaine ou animale :
Nombre de coliformes fcaux / nombre de coliformes totaux. Si le rapport est suprieur
4 : contamination dorigine humaine. Si il est infrieur 0,7 : contamination dorigine
animale.
Spores de Clostridium sulfito-rductrices : ce sont des spores trs rsistantes au chlore et
ont la taille des ufs de mollusques.
Bactries arobies revivifiables, cest--dire capables de se multiplier sur des milieux
slectifs. Le nombre de bactries qui acceptent de se multiplier sur un milieu slectif est
trs faible par rapport au nombre total de bactries dans leau.

E. Caractres des germes-test de contamination fcale.

Germe test
E. coli

Spcificit Sensibilit Rsistance

+++

+++

+++

++

Streptocoques fcaux

++

++

++

Spore de Clostridium

+++

Coliformes

F. Pourquoi rechercher ces germes tests ?

Pour valuer :
-

la potabilit des eaux dalimentation.

Le degr de pollution des eaux de surface et des eaux rsiduaires.

Lefficacit de traitement.

II. Indicateurs de contamination virale.

On ne pense pas que ces bactries puissent nous donner des indications sur le risque de
contamination virale. Il faut donc trouver dautres indicateurs de contamination virale : soit un
virus entrique humain, soit rechercher la prsence dun bactriophage spcifique dune
bactrie entrique.

A. Les trois types de bactriophages utiliss.

Il existe trois types de bactriophages que lon peut rechercher dans les eaux. Pour les mettre
en vidence il faut utiliser des bactries htes spcifiques. Il faut que ce bactries soient
prsentes dans les matires fcales.
-

Couple E.coli / coliphage somatique : dans tous les types de milieux aqueux.

Couple Bactrrodes fragilis / phages spcifiques : problme de test : B. fragilis est

anarobie. Les rsultats pour ce couple ne sont pas constants.

Couple Salmonella typhinirium / coliphage F-spcifique : ce phage reconnat le pili

sexuel (F) de Salmonella. De petite taille (40 nm). Dans les eaux rsiduaires, dans les
stations dpuration, les rivires, leau de mer. On arrive avoir des rsultats
quantitatifs. Ces coliphages F-spcifiques sont assez rsistants aux UV.

Il existe des normes pour les coliphages F-spcifiques et les coliphages somatiques. Mais les
rsultats pour le phage spcifique de B. fragilis varient et il nexiste donc pas de mthode
standardise.

B. Pourquoi recherche-t-on des bactriophages ?

Les virus ne se comportent pas comme les bactries dans leau. Les bactriophages
sadsorbent plus rapidement que les bactries indicatrices dans les tissus des mollusques
filtreurs. De plus, lors des traitements des eaux rsiduaires, le pourcentage dlimination des
virus est infrieur celui des bactries indicatrices. Le pourcentage dlimination des
bactriophages est relativement proche de celui des virus animaux. Donc ces coliphages
pourraient tre galement des indicateurs defficacit de traitement.

C. Exemple
Prlvement deau dans la station de Valenton (en amont de Paris) avant et aprs puration.
Prlvement deau de surface dans la Seine au niveau dune station de potabilisation.
Prlvement de 25L deau puis sous-chantillonnage.
Recherche de :
-

coliformes fcaux dans 100ml.

Streptocoques fcaux dans 100ml.

Salmonelles dans 1L.

Virus cultivables dans 20ml.

Bactriophage F-spcifique dans 1L.

Diminution ente lentre et la sortie de la station dpuration de Valenton :

Virus

1,4 log

Bactriophage

2,68 log

Coliformes fcaux

2,45 log

Streptocoques fcaux 2,25 log

Donc les virus rsistent mieux que les bactriophages et les indicateurs de contamination
fcale.
% de positivit * bactriophage Virus
Eaux brutes

100

94

Eaux pures

100

45

Eau de surface

91,7

23

* : % dchantillons contamins par les bactriophages ou les virus.

Ici, le bactriophage F-spcifique nest pas un bon indicateur de la prsence de virus dorigine
humaine, il nest pas assez sensible. Il ny a pas de corrlation suffisante entre la prsence de
bactriophage et la prsence de virus.

III.Aspect lgislatif : normes europennes et franaises.

A. Normes relatives la consommation de leau.
Directive europenne du 15.07.80 concernant les eaux destines la consommation humaine.
Dcret franais du 03.01.89.
Paramtres micro-biologiques

Niveau guide CMA europen CMA franais Type danalyse

Coliformes totaux

0/100ml

0/100ml

B1 B2 B3

Coliformes thermorsistants

0/100ml

0/100ml

B1 B2 B3

Streptocoques fcaux

0/100ml

0/100ml

Spores de bactries sulfito-rductrices

<1/100ml

<1/20ml

B3

A 37 pendant 24h

10/ml

10/ml

B2 B3

A 22 pendant 72h

100/ml

100/ml

B2 B3

Germes totaux
Eaux distribues

Eaux conditionnes
A 37 pendant 24h

5/ml

20/ml

A 22 pendant 72h

20/ml

100/ml

Salmonelles

0/5L

0/5L

Si besoin

Staphylocoques pathognes

0/100ml

0/100ml

Si besoin

Entrovirus (poliovirus, rotavirus)

0/10L

0/10L

Si besoin

CMA : Concentration maximale acceptable.

Catgories danalyse :
B1 : Analyse rduite ralise sur la ressource en eau.
B2 : Analyse sommaire sur leau du rseau.
B3 : Analyse complte sur leau aprs traitement.

B. Normes relatives la qualit des eaux de surface en vue de la

potabilisation.
Paramtres

A1

A2

A3

Coliformes totaux (pour 100 ml)

< 50

5000

50000

Coliformes fcaux (pour 100 ml)

20

2000

20000

Streptocoques fcaux (pour 100 ml) 20

1000

10000

Salmonelles

0 / 5L 0 / 1L

Ce tableau nous donne les valeurs guides, cest--dire lobjectif de qualit atteindre.
A1 : Traitement physique simple et dsinfection. Ex : filtration rapide et dsinfection.
A2 : Traitement normal physique, chimique et dsinfection. Ex : prchloration, coagulaiton,
floculation, dcantation, filtration, dsinfection (chloration finale).
A3 : Traitement physique, chimique pouss, affinage, dsinfection. Ex : chloration au break
point , coagulation, floculation, dcantation, filtration, affinage (charbon actif), dsinfection
(ozone, chloration finale).

C. Normes relatives la qualit des eaux de baignade.

Paramtre

Valeurs guides Valeurs impratives

Coliformes totaux

500 / 100 ml

10 000 / 100 ml

Coliformes fcaux

100 / 100 ml

2 000 / 100 ml

Streptocoques fcaux 100 / 100 ml

Salmonelles

0 / 1L

Enterovirus

0 / 10 L

Les valeurs impratives sont les valeurs ne pas dpasser.

Catgorie A : Eaux dont les paramtres microbiologiques ne dpassent pas les valeurs guides.
Eaux de bonne qualit.
Catgorie B : Eaux dont les paramtres microbiologiques sont comprises entre les valeurs
guides et les valeurs impratives. Eaux de qualit moyenne.

Catgorie C : Eaux dont les paramtres microbiologiques sont suprieurs de moins de 33%
aux valeurs impratives. Eaux susceptibles dtre momentanment pollues.
Catgorie D : Eaux dont les paramtres microbiologiques sont suprieurs de plus de 33% aux
valeurs impratives. Eaux de trs mauvaise qualit.
Normes relatives aux eaux dlevage (Aquaculture)
Pour les culture de Mollusques Bivalves on ne recherche que les Coliformes fcaux sur 100
ml de chair de coquillage et leau intervalvaire. On travaille en NPP. Il faut que le NPP soit
infrieur 300 coliformes pour 100 ml pour quon puisse raliser llevage.