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TELE CHARGEMENT DE EPI INFO A PARTIR D'INTERNET

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petit rsum du mode demploi dpi info


daprs un travail du Dr Fabienne Passionne

EPI INFO
- PROGRAMMES-

DESCRIPTIFS DES DIFFERENTS PROGRAMMES DISPONIBLES


1. EPED: Editeur de texte pour crer un masque de saisie du questionnaire
(cration d'un fichier '*.qes')
2. ENTER OU ENTERX: saisie des donnes partir du masque cre prcdemment
(cration d'un fichier '*.rec')
3. ANALYSIS: Analyse statistique d'un fichier de donnes (utilisation du fichier *.rec)
4. CHECK: Crer un programme de contrle de la saisie (utilisation du fichier *.rec)
5. IMPORT: importer un fichier de donnes saisies sur un autre logiciel que EPI
INFO. (cration d'un fichier *.rec)
6. EXPORT: opration inverse de la fonction prcdente (utilisation d'un fichier *.rec)
7. MERGE: fusion de 2 fichiers de donnes de structure identique ou pas (utilisation
de 2 fichiers *.rec)
8. STATCALC: estimation de "taille d'chantillon", de "puissance de test", "CHI 2"
partir de tabulations croises
9. CSAMPLE: analyse statistique des clusters (donnes groupes)
10.

EPITABLE: calculs statistiques directement l'cran sans utilisation d'un

fichier de donnes brutes.

Comment sortir
-

d'un programme: F10

d'un cran dans un programme: esc (Echap)

EPED: Editeur de texte


CREATION DU MASQUE DE SAISIE D'UN QUESTIONNAIRE
. La cration du masque de saisie consiste dfinir pour chaque variable son nom et son
format.
- Le nom de la variable a, au max, 10 lettres,
- 4 formats sont couramment utiliss:
-

# = numrique, autant de # que de chiffres ncessaires, dcimales=#.#

_ = caractres, autant de _ (tiret long) que de caractres ncessaires

<Y>

<dd/mm/aa> = date (jour/mois/anne)

= variable 2 classes (Y=yes, N=no)

Tous les formats sont dcrits dans EPED / F4 / Variable epi info.

Exemple de cration d'un masque de saisie dans l'diteur EPED


Age

##

Date de consultation <dd/mm/yy>


HTA
Traitement HTA

<Y>
__________

Diabete

<Y>

Glycemie

##.# mmole/l

Enregistrer le masque de saisie: F9,


inscrire le nom du fichier qui contiendra le masque de saisie, par exemple "hta.qes". Rgle:
le nom doit avoir moins de 8 lettres, sans blanc, avec une extension .qes obligatoire.
Sortir de l'diteur F10
ouvrir nouveau le fichier contenant le masque de saisie dans EPED : F2
inscrire le nom du fichier, par exemple "hta.qes". Ou bien "*.qes" pour consulter tous les
fichier .qes disponibles en cas d'oubli du nom exact.

MODIFIER UN MASQUE DE SAISIE aprs que les premires fiches aient t saisies.

On peut ajouter ou supprimer des variables mais on ne peut pas modifier le nom d'une
variable qui existe dj sans risquer de perdre les informations dj saisies. F9 pour
enregistrer. Lorsque le masque est modifi, il faut reprendre la saisie par le choix 3
(Rviser la structure du fichier de donnes avec le fichier rvis .qes) rouvrir le fichier
check avec le nouveau fichier de donnes.

ENTER: Saisie des donnes

FICHIER

DE DONNES:

inscrire le nom du fichier qui doit contenir les donnes. Une

extension .rec sera automatiquement attribue ce fichier (par exemple "donnes.rec")

CHOIX=

2 pour la cration du fichier lors de la premire saisie


1 pour ajouter des donnes un fichier dj existant
3 si le masque de saisie a t modifi depuis la dernire saisie de donnes

si rponse prcdente = 2 ou 3 alors indiquer le nom du fichier contenant le masque de


saisie.

Faire la saisie de l'exemple suivant partir du masque hta.qes. Une ligne= un dossier.
AGE
50
56
65
43
73
53
46
62
73
52

DATE CONSULTATION
12/07/99
12/07/99
12/07/99
13/07/99
13/07/99
13/07/99
13/07/99
13/07/99
14/07/99
14/07/99

HTA
Y
Y
N
Y
N
N
Y
N
N
N

TTT HTA

DIABETE
N
N
N
Y
N
Y
Y
N
N
Y

GLYCEMIE
8.2
5.5
4.9
10
6.0
7.8
4.8
4.1
5.3
8.9

A la fin de chaque dossier, la touche 'entre' fait apparatre la question de la sauvegarde des
donnes. Sur un clavier PC la touche 'FIN' active la mme question. Un numro
d'enregistrement est attribu au fur et mesure et automatiquement chaque dossier. Le
numro attribu est indiqu en bas droite de l'cran.

Correction d'une fiche dj saisie: activer la fonction recherche par 'CTRL F', puis
F2 pour saisir le numro d'enregistrement du fichier corriger OU BIEN F7 (prcdent) F8
(suivant) pour faire dfiler les fiches l'une aprs l'autre. Pour saisir une nouvelle fiche aprs
avoir utilis la fonction FIND (Ctrl F) taper Ctrl N.

Les corrections peuvent se faire directement partir de la fonction ANALYSIS par la


commande UPDATE (F6).

CHECK: programme de vrification de la saisie

Il s'agit d'une fonction qui permet d'empcher la saisie de donnes errones. Au cours de la
saisie une sonnerie indique que la valeur propose n'est pas dans le champ des valeurs
prvues. Le programme de vrification se dfinit partir du fichier de donnes (.rec). Il faut
crer un fichier de donnes avec le programme ENTER, sortir du programme ENTER sans
avoir saisie de donnes puis activer le programme CHECK

1. DEFINIR UNE LIMITE infrieure et suprieure pour les nombres et les dates.
-

Limite infrieure: dans le champ de la variable concerne, taper la plus petite valeur
possible. Puis la touche F1.

Limite suprieure: dans le champ de la variable concerne, taper la plus grande valeur
possible. Puis la touche F2.

Les bornes infrieure et suprieure s'inscrivent en bas de l'cran.


Exemple: NUMERO DOSSIER de 1 (F1) 30 (F2) / DATE DE CONSULTATION de 01/01/99
(F1) 31/12/99 (F2)
2. SAISIE OBLIGATOIRE: exclue la possibilit de donnes manquantes dans un champ.
Taper F4 dans le champ de la variable concerne. Par exemple, numro de dossier (F4).
3. VALEURS AUTORISEES: permet de dfinir les valeurs possibles, en tapant F6 aprs
chaque libell. Par exemple: traitement HTA: diuretiques (F6)/ betabloquants
(F6)/autres (F6). Toutes autre saisie ne sera pas autorise dans ce champ.
4. SAUT CONDITIONNEL: Permet d'viter le champ d'une variable dans certaines
conditions. Exemple : si HTA ="N" alors sauter le champ de la variable "traitement HTA".
Dans le champ HTA, inscrire N puis taper la touche F7, se dplacer sur le champ de
la variable diabete en sautant la variable traitement HTA puis taper nouveau F7.

Le programme check peut tre modifier en cours de saisie des donnes.

Le programme check doit tre mis jour aprs chaque modification du masque de saisie,
juste aprs la mise jour du fichier de donnes..

DOUBLE SAISIE
2 approches possibles
VALIDATE: deux fichiers saisis sparment sont compars et les diffrences sont
imprimes soit directement l'cran, sur une imprimante ou dans un fichier. Les fiches qui
doivent tre compares entre elles sont repres par une variable identique :nom du champ
identifiant (case cocher). On peut utiliser le numro d'enregistrement attribu
automatiquement par le programme au moment de la saisie: REC1, si les fiches ont t
saisies dans le mme ordre.
ENTER: le choix 4 (double saisie et vrification des donnes d'un fichier existant). La
vrification et la correction se fait en mme temps que la double saisie. Cette approche
permet d'utiliser comme identifiant plusieurs variables.
Exemple: Nom des champs identifiants = code region medecin patient.

MERGE : fusion de deux fichiers

1. FUSION DE DEUX FICHIERS IDENTIQUES: fusion verticale (un fichier aprs l'autre)
Exemple: Une enqute multicentrique, chaque centre saisie ces propres fiches. On dispose
la fin de l'enqute de 5 fichiers contenant chacun 60 fiches et 20 variables. Il faut
fusionner ces 5 fichiers pour en obtenir un seul contenant 300 fiches et 20 variables.
Choix = concatnation

2. FUSION DE DEUX FICHIERS DIFFERENTS fusion horizontale (un fichier cot de


l'autre). Exemple: Un enqute prospective concernant 200 patients fait l'objet d'une
saisie des donnes initiales dans un premier fichier de 200 fiches et 20 variables. Puis le
suivi un an, des mmes patients, fait l'objet d'une deuxime saisie sur un autre fichier
contenant 6 variables. La fusion horizontale permet d'obtenir un fichier final contenant
200 fiches et 26 variables.
Choix = jointure
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Une ou plusieurs variables communes pour faire la jointure (cliquer 2x sur la ou les
variables). Pour les dossiers orphelins: on peut choisir de les garder ou pas (cliquer 1x sur
inclusion des enregistrements non correspondants)

IMPORTATION ET EXPORTATION DE FICHIERS

Le transfert de fichiers EPIINFO avec le tableur EXCELL se fait facilement en utilisant le


format d'import ou d'export DBASE. Le passage par EXCELL permet de lire les fichiers
indiffremment avec PC ou MAC.
1. EXPORT:
Pour utiliser un fichier EPIINFO sous EXCELL, crer avec la fonction export un fichier
dbase partir du fichier epiinfo. Ce dernier est lisible directement avec EXCELL.

2. IMPORT:
Pour transformer un fichier EXCELL en fichier lisible par EPIINFO, crer un fichier au
format dbase sur EXCELL (enregistrer sous/ type de fichier = dbf4). Puis importer avec
EPIINFO le fichier dbase.
Attention! Les formats des variables doivent tre correctement dfinis dans EXCELL
(numrique, date etc..), car ils sont repris identiques par EPIINFO.

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ANALYSIS:
Analyse statistique partir d'un fichier de donnes *.rec

COMMANDES LES PLUS FREQUENTES : F2


COMMANDES

EXEMPLES

(liste de l'ensemble des commandes: F2)


READ : indiquer le nom du fichier de donnes analyser

Liste du nom des variables: F3


>read hta

(1ere commande obligatoire)


prsente la liste de tous les noms de fichiers de

> read

donnes disponibles
FREQ : description des variables (frquence ou moyenne)

* = description de toutes les variables du fichier


TABLES : tabulation croise 2 ou 3 variables

freq age
> freq *

tables hta diabete

qualitatives. Chi 2. Odds Ratio.


MEANS : comparaison de moyennes par analyse de

tables sexe hta diabete


>means age diabete /n

variance ou test non paramtrique


REGRESS : rgression linaire simple ou multiple
LIST: lecture simple des donnes en ligne
HISTOGRAMM: histogramme
MATCH: Chi2 appari

>regress poids taille


> list age diabete glycemie
> histogramm age
>MATCH num t z1

freq diabete

IMPRESSION DES RESULTATS: F5 avant l'analyse.

RESUME: ql=variable qualitative, qn=variable quantitative (continue)


1. Tables ql ql

(tables lombalgies discopathie)

2. Means qn ql

(means age lombalgies /n)

3. Regress qn qn

(regress age index)

MATCH: Comparaison de la variable z1 (qualitative) aux temps t= 0 et 1, pour un mme


individu (num ). Exemple : comparaison de la frquence des bonnes rponses une
question (Z1), avant aprs un enseignement (t=0-1) suivi par des tudiants (num).

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Structure du fichier: une fiche saisie pour chaque valuation, c'est dire 2 fiches par
tudiant (avant et aprs l'enseignement).

CREER UNE NOUVELLE VARIABLE partir des variables existantes:


DEFINE: dfinir le nom et le format de la nouvelle variable >Define groupe #
IF .THEN .ELSE: SI ALORS .SINON
>recode age to clasage
RECODE variable 1 TO variable 2
SYMBOLES: AND (et), OR (ou), >,>= (), =, <>()
Exemple 1

define FR <Y>

if diabete="Y" and hta="Y" then FR="Y" else FR="N"

Exemple 2

define CLASAGE #

if age >=50 then clasage=1 else clasage=2

Exemple 3
>define groupage __________
>recode age to groupage by 10
Exemple 4

define delai ###

delai= date1 date2

Attention: Les variables ainsi cres sont temporaires, elles disparaissent la sortie du
programme ANALYSIS

COMMENT CONSERVER LES NOUVELLES VARIABLES CREEES A PARTIR DU FICHIER


INITIAL ?
2 possibilits: crer un nouveau fichier contenant les anciennes et les nouvelles
variables. sauvegarder la programmation qui gnre les nouvelles variables.

CREER UN NOUVEAU FICHIER DE DONNEES partir du fichier d'origine, incluant les


nouvelles variables.
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route nomnouveaufichier.rec

write recfile

ou bien

write recfile <nom des variables que l'on veut garder>

SAUVEGARDER LE PROGRAMME DE CREATION DE NOUVELLES VARIABLES

sauvegarde du programme = save nom du programme.pgm

(ce programme peut tre lu et modifi dans EPED). Exemple:

define delai ###

delai= date1 date2

save delai.pgm

Lors d'une nouvelle session d'ANALYSIS, excuter le programme de cration de la nouvelle


variable "delai":
> run delai

VISUALISER ET CORRIGER LES DONNEES BRUTES : F6 ou bien

update

ou bien

update age diabete glycemie

Si correction des donnes, la question de l'enregistrement qui apparat l'cran ne


concerne que les modifications faites depuis la fonction update.
F10 pour sortir

SELECTIONNER UN SOUS-GROUPE DE DOSSIERS

select age>50

annuler la slection
>select

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