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Biostatistiques

Chapitre 6 :
Evaluation des performances
d’un test diagnostique
Docteur José LABARERE
Année universitaire 2009/2010
Université Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits réservés.
Plan

I. Propriétés intrinsèques d’un test

I.1. sensibilité et spécificité

I.2. rapports de vraisemblance

I.3. test quantitatif : courbe ROC

II. Propriétés extrinsèques d’un test (VPP, VPN)

III. Probabilité pré-test, probabilité post-test, théorème de


Bayes
Préambule : Poser un diagnostic

• Examen de référence (gold standard)


– (biopsie, examen d’imagerie invasif, autopsie…)

– douloureux
– risque
– coûteux
– non réalisable

• Test diagnostique (imparfait)


Préambule : Test diagnostique

• Source d’information paraclinique

• Utilisée dans une démarche diagnostique

• But : réduire l’incertitude clinique


• (test biologique, examen d’imagerie non invasif…)

Probabilité pré-test Probabilité post-test


de la maladie de la maladie
Préambule : diagnostique vs dépistage

• Test diagnostique
– 1 individu avec symptômes ou signes physiques
– Confirmer ou exclure le diagnostic
– ( femme de 52 ans consultant son médecin pour une masse découverte à
l’autopalpation mammaire)

• Test de dépistage collectif


– Population d’individus asymptomatiques
– Identifier les sujets avec une probabilité élevée :
• Altération biologique précédant la maladie
• Stade précoce et curable de la maladie
– (dépistage organisé du cancer du sein par mammographie proposé à toutes les
femmes âgées de 50 à 74 ans)
Plan

I. Propriétés intrinsèques d’un test

I.1. sensibilité et spécificité

I.2. rapports de vraisemblance

I.3. test quantitatif : courbe ROC

II. Propriétés extrinsèques d’un test (VPP, VPN)

III. Probabilité pré-test, probabilité post-test, théorème de


Bayes
I. Propriétés intrinsèques d’un test
Examen de référence

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

Prévalence = m1 / n
I.1. Sensibilité d’un test

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

VP
Se = P(T + /M + ) = 0 ≤ Se ≤ 1
(VP + FN )
I.1. Spécificité d’un test

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

VN
0 ≤ Sp ≤ 1 Sp = P(T − /M − ) =
(VN + FP )
I.2. Rapports de vraisemblance d’un test positif

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

P(T + /M + ) Se 1 ≤ L ≤ +∞
L= =
P(T + /M − ) 1 − Sp
P(T+/M-) + P(T-/M-) = 1 et P(T-/M-) = sp
I.2. Rapports de vraisemblance d’un test négatif

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

P(T − /M + ) 1 − Se 0≤λ≤1
λ= =
P(T − /M − ) Sp P(T+/M+) + P(T-/M+) = 1 et P(T+/M+) = se
I.3. Test quantitatif

n o n m a la d e s m a la d e s

FP
VN

FN VP

valeur du test
valeur seuil
Se (P(T+/M+)) augmente Sp (P(T-/M-)) augmente
I.3. Test quantitatif : courbe ROC
seuil* (Se=1, Sp=0,40)

ROC: Receiver Operating Characteristics


Plan

I. Propriétés intrinsèques d’un test

I.1. sensibilité et spécificité

I.2. rapports de vraisemblance

I.3. test quantitatif : courbe ROC

II. Propriétés extrinsèques d’un test (VPP, VPN)

III. Probabilité pré-test, probabilité post-test, théorème de


Bayes
II. Valeur prédictive positive d’un test

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

VP
VPP = P(M + /T + ) = 0 ≤ VPP ≤ 1
(VP + FP )
VPP = Probabilité Post-Test d’être malade sachant que le test est positif
II. Valeur prédictive négative d’un test

non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

VN
VPN = P(M − /T − ) = 0 ≤ VPN ≤ 1
(VN + FN )
VPN = 1 – (Probabilité Post-Test d’être malade sachant que le test est négatif)
Plan

I. Propriétés intrinsèques d’un test

I.1. sensibilité et spécificité

I.2. rapports de vraisemblance

I.3. test quantitatif : courbe ROC

II. Propriétés extrinsèques d’un test (VPP, VPN)

III. Probabilité pré-test, probabilité post-test, théorème de


Bayes
III. Théorème de Bayes

En routine clinique, on connaît :

• le résultat du test (+ ou -)

• les caractéristiques intrinsèques du test (Se, Sp)

• la prévalence (probabilité pré-test))

On ignore le diagnostic de référence


=> Déterminer la probabilité post-test (VPP ou 1-VPN)
III. Théorème de Bayes
non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

VP
VPP = P(M + /T + ) =
(VP + FP )
p . Se
P(VP ) = P(M + ). P(T + /M + ) = p . Se VPP =
p .Se + (1 - p )(1 − Sp )

P(FP ) = P(M − ). P(T + /M − ) = (1 − p )(1 − Sp )


III. Théorème de Bayes
Fagan. N Engl J Med 1975;293:257

p . Se
VPP =
p .Se + (1 - p )(1 − Sp )

Se
p.
VPP =
(1 − Sp )
p.
Se
+
(1 - p )(1 − Sp )
(1 − Sp ) (1 - Sp )

p.L
VPP =
p . L + (1 - p )

p.L
VPP =
p (L - 1) + 1
III. Théorème de Bayes
non-
malade
malade
test + VP FP n1

test - FN VN n0

m1 m0 n

VN
VPN = P(M − /T − ) =
(VN + FN )

VPN =
(1 - p ).Sp
P(VN ) = P(M − ). P(T − /M − ) = (1 - p ). Sp (1 - p ).Sp + p . (1 - Se )

P(FN ) = P(M + ). P(T − /M + ) = p (1 − Se )


III. Théorème de Bayes

Fagan. N Engl J Med 1975;293:257

P (M+/T-) = 1 - VPN

P(VN ) P(FN )
P(M + /T − ) = 1 − =
P(VN ) + P(FN ) P(VN ) + P(FN )

p . (1 − Se )
P(M + /T -) =
p . (1 − Se ) + (1 - p )Sp

p.
(1 − Se )
Sp
P(M + /T -) =
p.
(1 − Se ) + (1 - p )Sp
Sp Sp

p.λ
P(M + /T − ) =
p (λ - 1) + 1
Propriétés d’un test diagnostique

indice Probabilité calcul varie en fonction


de prévalence
Sensibilité P(T+/M+) VP / (VP + FN) non

Spécificité P(T-/M-) VN / (VN + FP) non

Rapport P(T+/M+) / P(T+/M-) Se / (1 - Sp) non


vraisemblance +
Rapport P(T-/M+) / P(T-/M-) (1 – Se) / Sp non
vraisemblance -
VPP P(M+/T+) VP / (VP + FP) oui
ou Bayes
VPN P(M-/T-) VN / (VN + FN) oui
ou Bayes
Annexe

• Probabilité d’un événement M : P(M+)


–0 ≤ P(M+) ≤ 1
–P(M-) = 1 - P(M+) → P(M+) + P(M-) =1

• Probabilité d’un événement T+ si événement M+ : P(T + | M+)


–1. P(T
+ et M+) = P(T + | M+) x P(M+) = P(M+ | T +) x P(T+)

–2. P(M
+ | T+) = P(T + et M+) / P(T+)

–3. P(M
+ | T+) = [P(T+ | M +) x P(M+)] / P(T+)

• Théorème de Bayes
(
PM T =+ +
) ( ( ) ( )
P T+ M+ × P M+
) ( ) ( ) ( )
P T+ M+ × P M+ + P T+ M− × P M−
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