UE 4.

5 EPREUVE DE GENETIQUE MEDICALE

Année 2018 / 2019 – Session initiale

EXERCICE

Enoncé.
Un test de dépistage d’une pathologie sévère a été réalisé chez un patient. L’équipe médicale
lui annonce la mauvaise nouvelle, le test est positif. Cette pathologie ne touche pourtant que
0,1% de la population.

Le patient demande si le test est fiable. La réponse est catégorique : « le test sera positif dans
90% des cas si vous êtes atteint; mais si vous ne l’êtes pas, il sera négatif dans 95% des cas ».

Le patient comprend alors qu’il a une forte probabilité d’être atteint.

Suite au résultat du test, que répondriez-vous au patient ? Quelle est la probabilité qu’il soit atteint de
cette pathologie ? justifiez votre réponse

CORRECTION

EXERCICE
Non, malgré un test positif, le patient n’a pas une forte probabilité d’être malade. En fait la
probabilité d’être malade pour ce patient reste faible (<2%) bien que le test soit positif ;
cependant, il a un risque plus important d’être atteint que tt autre individu de la population
(~ 20 fois plus).
Voir l’explication ci-dessous.

Les données :

Le test cible une maladie qui touche un individu sur 10000 (prévalence de 0.1%) avec une Sensibilité
de 90% et une spécificité de 95%.

Attention, le test révèle que si le sujet est malade alors celui-ci a 90% de probabilité que son test soit
positif.

Explication donnée par l’exemple ci-dessous dans lequel 10 000 personnes ont été testées :

Correction UE 4.5 2018-2019 - 1

Idem avec le Tableau

Malades Non malades

Test + 9 (VP) 500 (FP)
Test - 1 (FN) 9490 (VN)
10 9990 10 000

Comment calculer la probabilité d’être malade chez ce patient, si le test est positif.

 Par la Valeur prédictive

Attention, la VPP dépend de la prévalence, on peut se référer au tableau ci-dessus.

VPP = VP/ (VP+FP) = 9/509 = 1,76%

Si le test est positif alors la probabilité d’être malade est de 1,76%

 Par le Rapport de vraisemblance

RV = Se / (1-Sp) = 0.9/0.05 = 18

Signification : le patient a 18 fois plus de risque d’être atteint que tout autre individu de la pop.

La prévalence étant de 0.1%, la probabilité est de 0.1% x 18 = 1,8 %

 Par la Probabilité Bayes

Quelle est la probabilité d’être malade sachant que le patient est positif pour le test ?

Posons les probabilités :

 P(A) : être malade ; P(Ac) : ne pas être malade

 Evénement B réalisé : être positif pour le test

A priori, la probabilité d’être atteint est de 0.1% =P(A) ; et de ne pas l’être de 0.999 =P(Ac)

Correction UE 4.5 2018-2019 - 2

 P(A) x P(B/A)
P(A/B) =
P(A)x P(B/A) +P(Ac) x P(B/Ac)

0.001 𝑥 0.9
= 1,77 %
(0.001 𝑥 0.9)+(0,999 𝑥 0.05)

La probabilité pour ce patient d’être malade sachant que celui-ci est positif pour le test est
de 1,77 %

Stratégie de dépistage prénatal de la trisomie 21.

Question 1. Comment dépiste-t-on actuellement la trisomie 21 libre ?

Voir ED2 (SPIRALCONECT): Mode de dépistage la trisomie 21

L’essentiel

Seule l’analyse du caryotype du fœtus permet de confirmer ou d’infirmer le diagnostic de la trisomie

21. Pour réaliser cette analyse, il faut effectuer une amniocentèse (ou une choriocentèse) qui est une
méthode invasive avec un risque de perte fœtale. Le risque est faible mais non nul (~<0,5%).

Pour éviter les prélèvements inutiles, on utilise des indicateurs ou des marqueurs permettant d’obtenir
une meilleure prédiction afin de minimiser les prélèvements fœtaux.

Ainsi le dépistage repose sur trois facteurs :

- L’âge de la mère
- Le dosage de marqueurs sériques (attention le taux est mesuré dans le sang maternel).
- La mesure de la clarté nucale (dépend de la LCC) par échographie

Un risque sous forme de probabilité est alors calculé en fonction des résultats obtenus. C’est la
combinaison des résultats des tests qui permettra de décider s’il est proposé ou non une
amniocentèse. Le risque seuil au-delà duquel l’amniocentèse est proposée est de 1/250*(voir les
dernières recommandations de la HAS sur le lien indiqué plus bas).

Question 2. Quel test complémentaire recommande actuellement la Haute Autorité de Santé (HAS)
concernant le dépistage prénatal de la trisomie 21 ?

Voir ED2 Mode de dépistage la trisomie 21. Aujourd’hui, la HAS recommande de proposer le test ADN
libre circulant de la T21 après un dépistage combiné aux femmes dont le risque estimé est compris
entre 1/1000 et 1/50.

Correction UE 4.5 2018-2019 - 3

  * Les recommandations de la HAS datant de mai 2017 ont été mentionnées en ED2 (2 dernières
diapos) ; voici en lien ci-dessous les dernières recommandations et la stratégie dépistage T21
actualisés :

https://www.has-sante.fr/portail/upload/docs/application/pdf/2019-01/depistage_trisomie.pdf

Dépistage néonatal
Indiquer et décrire brièvement les maladies systématiquement dépistées en France en précisant les
marqueurs utilisés pour les dépister.

Tout est dans le cours

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