Chapitre 2: Croissance,

reproduction et métabolisme

Dr. Danielle Fortin

Département des Sciences de la Terre
(Marion 215, poste 6423)
email: dfortin@uottawa.ca

Référence générale

• Brock, T. et al. Biology of microorganisms, 6 Edition

(1991), 7, 8 ou, 9 edition.
Sections sur “Microbial Ecology”.

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 Comment mesurer la structure et
la fonction des communautés
microbiennes dans
l’environnement?

1. Abondance et Biomasse
• Les techniques qui fonctionnent en laboratoire ne sont
pas appropriées à l’ étude des microbes en milieu
naturel ou in situ, parce que:
– l’abondance des microbes est plus faible
– les organismes sont plus petits
– la diversité est plus élevée
– autres facteurs due à la chimie de l’eau ou du sol et
d’autres conditions (e.g. lumière) sont difficiles à
simuler correctement en laboratoire

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 1. Abondance et Biomasse
• Techniques de culture en plaque ou dilution ne
fonctionnent pas bien pour les eaux diluées des lacs
ou océans (limitées par le type de milieu de culture)
• énumération directe avec microscope à
épifluorescence: abondance 1000 fois plus grande
• nous savons maintenant que la biomasse
bactérienne est significative dans plusieurs
environnements et dépasse souvent la biomasse
d’autres organismes

1.1Épifluorescence

• visualisation de la lumière émise par les cellules

exposées à des longueurs d’ondes spécifiques
• permet une meilleure résolution de petites cellules
au delà de la limite de détection du microscope à
lumière (1 µm)
• fluorescence émise par les cellules peut être induite
par l’ajout de fluorochromes spécifiques à l’ADN ou
aux protéines. Permet la distinction entre les cellules
autotrophes vs hétérotrophes ou vivantes vs mortes
• autofluorescence naturelle chez les cellules avec
pigments fluorescents (e.g. chlorophylle,
phycoérythrine)

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 1.2 Cytométrie
• Cytométrie à flux ou “fluorescence activated cell
sorters” permet une analyse rapide d’un grand
nombre d’ échantillons (104 - 106 cellules par minute
) et d’une façon non destructive avec un faisceau
laser
• La lumière diffractée lors du passage des cellules
dans le faisceau laser est directement
proportionnelle avec la taille et la complexité des
cellules
• L’appareil peut aussi mesurer la fluorescence émise
par les cellules

1.3 Microscopes éléctroniques

• Microscopes électroniques a transmission ou a

balayage permettent l’observation de cellules
individuelles
– la structure cellulaire et l’interaction des microbes
avec des substrats
– la taxonomie des diatomées
– la composition chimique et la localisation
d’éléments (e.g. métaux) et par énergie
dispersive des rayons X

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 1.4 Biomasse estimée par la
quantité d’acides nucléiques
• ATP (adenosine -5’-triphosphate):
– bon indicateur de toutes les cellules vivantes (courte
demi-vie après la mort, concentration intracellulaire
assez constante quelque soit l’ état physiologique et
le stade de croissance)
– Bio-essai luciferin luciferase: limite de detection
adéquate.

1.5 Biomasse estimée par la

quantité d’acides nucleiques
• ADN: extraction cellulaire:
– implique la séparation des cellules du sol ou des
sédiments par centrifugation différentielle, suivi d’une
extraction directe de l’ADN avec une solution alkaline
ou des cycles de gel (azote liquide) pour éclater les
celulles suivi par extraction phenol/chloroforme et
purification par chromatographie
– mesuré pas fluorescence, spectrophotomètre

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1.6 Biomasse estimée par les lipides
• phospholipides (phospholipide fatty acids PLFAs)
sont méthylés et purifiés pour produire des méthyl
esters d’acides gras (“FAMEs”) avant une séparation
et quantification par chromatographie à phase
gazeuse.
• le contenu en phospholipides des cellules
procaryotes est assez stable en culture, mais selon
les conditions de croissance, la composition peut
changer (e.g. proportion de certains acides gras
trans peut augmenter avec le stress, ou avec une
baisse de O2, ou une augmentation de température)

1.7 Biomasse estimée par les

pigments
• la chlorophylle a est une mesure pratique de la
biomasse d’algues. Analyse par HPLC peut donner
des informations quantitatives sur la biomasse
relative des groupes d’algues, utile en mer, pour les
communautés benthiques et en paléolimnologie
• bactériochlorophylle spécifique aux bactéries
sulfureuses photosynthétiques

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 Problèmes avec les mesures de
biomasse

• conversion des valeurs d’abondance ou autres

mesures en biovolume, biomasse et carbone
• dimensions difficiles à obtenir par épifluorescence
• Difficile d’estimer l’abondance des groupes
fonctionnelles spécifiques: sondes moléculaires sont
maintenant utiles (FISH) (fluorescence in situ
hybridization)

1.8 Identification par méthodes

moléculaires
• méthodes basées sur l’extraction et l’analyse de l’ADN
ou ARN des microbes dans l’environement
• objectif peut être le suivi d’un organisme spécifique
• ou potentiel génétique d’un processus particulier ou
niveau d’expression de gènes impliqués dans un
processus

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2. Croissance et métabolisme

• La croissance des bactéries est un processus

complexe incluant plusieurs réactions anaboliques
(synthèse du matériel cellulaire) et cataboliques
(production de métabolites)
• La division cellulaire peut être très rapide en culture
(milieu riche), mais très lente en milieu naturel
(milieu pauvre)

2.1 Caractéristiques de la croissance

microbienne

• modèle sigmoïdale et croissance à volume limité

(“batch culture”) phase préliminaire (phase de
latence), phase exponentielle, stationnaire, mort

• croissance en culture continue (“continuous culture”)

– « chemostat » ou bioréacteur

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 2.2 Processus hétérotrophiques

• avant les années ‘60, l’activité bactérienne était

mesurée par la consomation d’O2 dans des
bouteilles pendant des incubations de longue durée
• Parsons & Strickland 1962 ont décrit l’utilisation des
substrats organiques radiooactifs tel le 14C-glucose
pendant des incubations très courtes (suivant
l’approche de Steeman-Nielsen avec le 14C pour la
productivité primaire en mer). L’assimilation suit
généralement la cinétique Michaelis-Menten

Taux de croissance bactérienne

• les bactéries dégradent un grand nombre de
composés - sucres, acides aminés, acides
organiques, cellulose, amidon etc..
• Les substrats organiques sont rarement spécifiques
• les années 60 et 70 ont demontré que les bactéries
métabolisent activement la matière organique, mais
n’ont pas donné des estimations quantitatives de
croissance ou de productivité

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 Taux de croissance bactérienne
• quelques bactéries fixent le carbon sous forme de
CO2 alors la croissance peut être mesurée en
utilisant le 14CO2 radioactif (e.g. les bactéries
nitrificatrices dans l’eau en comparant la fixation
dans le noir avec ou sans un inhibiteur de
méthanogenèse (conversion de 14CO2 , en 14CH4)
mais l’étude des populations naturelles nécessite
une méthode plus générale
• incorporation de l’ 3H-adénine en ARN et ADN par
les procaryotes et algues unicellulaires pour une
estimation de la production totale microbienne
• incorporation de méthyl-3H-thymidine en ADN
bactérienne
• incorporation de 3H-leucine en protéine bactérienne

2.3 Processus autotrophiques

• la photosynthèse est facile à mesurer dans
l’environnement mais son interpretation demeure
parfois problématique
• photosynthèse nette ou brute peut être estimée par
la production d’oxygène en présence de lumière et
par la consommation de O2 dans le noir, soit de
façon directe in situ avec des sondes très sensibles
ou en suivant les changements chimiques dans des
bouteilles pendant l’incubation. Dans les océans
oligotrophiques, cette technique n’est pas toujours
assez sensible et l’incorporation du C radioactif
demeure la méthode la plus courante.
• 13C non-radioactif aussi disponible mais nécessite
l’analyse par spectrophotométrie de masse

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 Incorporation du carbone en
fonction de la lumière
• après 50 ans d’utilisation, il n’est pas encore clair si
la méthode de 14C mesure la photosynthèse nette ou
brute ou quelque chose entre les deux.

• il est aussi difficile de convertir les taux de

photosynthèse en taux de croissance parce que
nous ne pouvons pas déterminer correctement la
quantité de carbone vivant in situ, qui est impliquée
dans la photosynthèse

Incorporation du carbone en
fonction de la lumière
• la photosynthèse en fonction de la lumière a besoin
d’être modélisée pour pouvoir extrapoler des courtes
incubations de l’ordre de quelques heures à des taux
journaliers pour la colonne d’eau entière ou une
superficie donnée (pour le périphyton ou biofilms)
• des algorithmes complexes sont utilisés pour les
données obtenues par satéllite - la quantité d’algues
est convertie en production primaire. Ceci nécessite
quand même une vérification sur le terrain et ne tient
pas compte de la productivité des populations en
zones profondes. Quel sera l’effet d’un
réchauffement global ou d’une augmentation des
rayons UV sur la productivité primaire?

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