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Impacts des eaux usées sur l’évolution microbiologique des sols : étude de cas à
Pikine Dakar-Sénégal

Article · January 2006

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1 author:

Mamadou Lamine Ndiaye

Sandoz, Boucherville, Canada
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 ressources
Impacts des eaux usées sur
l’évolution microbiologique des sols :
étude de cas à Pikine Dakar-Sénégal
*M. L. NDIAYE1, A. GUÈYE-G
RÉSUMÉ - M. L. Ndiaye, A. Guèye-Girardet et H.-R. Pfeifer,
Impacts des eaux usées sur l'évolution microbiologique des sols :
étude de cas à Pikine Dakar-Sénégal. Agrosol. 17 (1) : 33-38.
Le Sénégal, à l’instar des pays africains arides et semi-arides, est
confronté à des problèmes de démographie galopante et de
pénurie d’eau. Cette situation a favorisé l’exode rural et, de ce fait,
une insécurité alimentaire autour des centres citadins. Pour pal-
lier cette situation, l’agriculture urbaine et périurbaine s’est beau-
coup développée ces dix dernières années. L’agriculture urbaine
et périurbaine est pratiquée dans une zone aux conditions
hydrologique et climatique favorables. Cette zone, appelée locale-
ment Niayes, se situe en bordure du littoral, entre le 14°50 et 16°,
et s’étend sur une bande de 150 km de long par 10-15 km de
large. Les Niayes sont constituées de dunes littorales ou continen-
tales reposant sur un substratum marno-calcaire imperméable de
l’éocène. Dans cette zone, la nappe phréatique est très superfi-
cielle (1-3 m selon les endroits et les saisons). L’exploitation des
eaux de la nappe ou Céanes pour l’irrigation des champs a provo-
qué des intrusions d’eaux salines qui ont décliné la qualité des
eaux. Notre étude porte sur une partie de la zone des Niayes qui
se trouve à Pikine (Dakar-Sénégal). Ce site est caractérisé par
l’utilisation de trois types d’eaux d’arrosage : (i) eaux de la nappe
(Céanes), (ii) eaux usées brutes, (iii) eaux de mélange (eaux de la
nappe et eaux usées brutes). Les éléments chimiques majeurs des
eaux ont été déterminés par chromatographie ionique et les élé-
ments traces par ICP-MS. Les échantillons de sol, pris à dif-
férentes profondeurs (0-20, 20-40 et 40-60 cm), ont été analysés
par fluorescence aux rayons X. Les analyses microbiologiques des
eaux et des sols ont été faites selon trois méthodes : (i) méthode
de culture sur milieux semi-solides, (ii) Hybridation in situ
(FISH), (iii) Polymerase Chain Reaction (PCR). Les analyses
chimiques montrent une dégradation continue de la qualité des
eaux de la nappe (Céanes) dans cette zone. La salinité et la teneur
en nitrate, sont plus élevées (538 ± 223 mg/l de chlorure, 424 ±
87,0 mg/l de nitrate) par rapport aux eaux usées (479 ± 16,0 mg/l
de chlorure, 218 ± 10,0 mg/l de NH4+). Les teneurs en métaux
lourds des eaux sont très faibles (inférieures aux normes recom-
mandées pour les eaux d’arrosage). D’un point de vue microbio-
logique, les eaux de Céanes semblent indemnes d’une contamination
fécale (0 CFU/ml de coliformes) tandis que les eaux de mélange
1. IMG Centre d’analyse minérale, Faculté géosciences et environnement, Bâtiment Humense, CH-1015, Lausanne, Switzerland,
*Auteur pour la correspondance : téléphone : +41 (0) 21 692 43 21, télécopieur : +41 (0) 21 692 43 15, courriel : ndiayma2@etu.unige.ch
GIRARDET1 ET H.-R
R. PFEIFER1
(6,67 103 ± 122 CFU/ml) et les eaux usées (1,07 105 ± 31CFU/ml)
dépassent largement les normes de l’OMS pour les eaux
d’épandage (10 CFU/ml). La comparaison de la valeur du SAR
(Sodium absorption ration), des rapports Na/Cl et Ca/Cl des eaux
d’arrosage (eaux de Céanes, eaux usées) par rapport aux eaux de
la nappe située dans ces zones indique un processus de salinisa-
tion des sols par les eaux usées. Les analyses microbio-logiques
des sols révèlent la présence d’entérobactéries jusqu’à la pro-
fondeur 40-60 cm dans les zones irriguées avec les eaux de
mélange et eaux usées. Cette étude montre que les eaux usées
peuvent constituer une alternative pour l’irrigation des champs à
cause de leur richesse en éléments fertilisants. Cependant, une
utilisation brute présenterait des risques de contamination de la
nappe mais aussi de la salinisation des sols.
Mots clés : Eaux de Céanes, eaux usées, eaux de mélange, nappe phréatique
superficielle, coliformes, entérobactéries, contamination.
ABSTRACT - M.L. Ndiaye, A. Guèye-Girardet and H.-R. Pfeifer,
Impacts des eaux usées sur l'évolution microbiologique des sols :
étude de cas à Pikine Dakar-Sénégal (anglais?). Agrosol. 17 (1):
33-38. Senegal, as many other West Africa arid and semi-arid
countries, is facing problems of increasing population and lack of
water. Such a situation gives place to a drift from the land and con-
sequently food insecurity around town-centers. In order to put an
end to this phenomenon, urban and periurban agriculture have
developed much the last 10 years. This agriculture is practiced in
areas which gather very favorable water and climate conditions.
Locally named “Niayes”, this area is located in the offshore of the
littoral between the 14°50 and 16° and is extended on 150 kms
long of 10-15 large. The “Niayes” consist of littoral or continental
AGROSOLUTIONS
dunes lied on an impermeable limestone substratum forming du-
ring Eocene. In this area, groundwater is not deep at all (1-3 m,
depending on area and seasons). The use of groundwater or
“Céanes” (well with 1-3 m deep) to sprinkle fields causes the sali-
nity of water and therefore alter their agronomics qualities. Our
NOVEMBRE 2006 VOL. 17
study is about a part of the “Niayes” area which is located at Pikine
(Dakar-Senegal). Pikine “Niayes” are situed of the coastal east
area of Dakar and is characterized by its shallow groundwater and
No 1
34
the use of three types of water to irrigate Keywords: Céanes water, wastewater, mixed water, km sur 5-15 km de large (figure 1). Cette
fields: the “Céanes” water, the waste-water shallow groundwater, coliforms, enterobacteria, zone assure a elle seule 40 % de la
and the mixed water (Céanes and wastewater). contamination. production nationale (Mbaye, 1999).
To determine the risk of contamination of
the groundwater, various bacterial and La surexploitation de la nappe pour
chemical methods were used to analyze the Introduction l’irrigation des champs a provoqué
irrigation waters. In order to quantify the l’intrusion du biseau salé et la salinisation
bacteria as a function of soil depth (0-20, de l’eau. Les paysans, profitant des reliques
20-40, 40-60 cm), three methods have been Le Sénégal se situe à l’Ouest du continent d’une ancienne station d’épuration située
used: (i) Plating method: three selected africain. Il s’étend sur une superficie de 19 sur la zone, ont dévié les canalisations pour
media have been used to identify total hete- 6722 km2 avec une population d’environ 10 utiliser les eaux usées brutes comme eaux
rophilic bacteria (Plate Count Agar), coli- millions d’habitants (DPS, 2003). d’arrosage.
forms (Vire Red Bile Lactose) and Shigella
spp (Salmonella-Shigella); (ii) Poly-Chain- Comme tous les pays d’Afrique de l’Ouest,
Reaction method: the primers IpaH is used le Sénégal est confronté à un problème de Contexte de l’étude
to identify Shigella spp and LacZ for coli- pénurie d’eau causé par l’avancée du
forms; (iii) Fluorescent in situ hybridization désert du Nord au sud du pays. En effet, le
(FISH) methods: the probe ENT1 is used to déplacement des isohyètes a provoqué une L’utilisation des eaux usées pour
detect Enterobacteria in the soils samples. diminution des pluies hivernales dont l’agriculture est une pratique très ancienne
To determine major and trace metal contents dépend l’agriculture, principale source de (Arnold et Stevan, 1977). Les eaux usées
ICP-MS (Inductively Coupled Plasma l’économie nationale (23 % du PIB en constituent une alternative intéressante de
Atomic Emission Spectro-scopy) and ionic 1988, DPS 2003). Cette situation a créé un par sa valeur agronomique, mais aussi sa
chromatography methods were used for the exode rural vers la capitale du pays (Dakar, disponibilité. En effet, selon Gaye et Niang
waters and X-ray Fluorescence for the soils. densité actuelle 4 147 habitants/km2, DPS (2002), plus de 180 000 m3 d’eaux usées
Chemical analyses show a debasement of 2003). Il s’est développé une agriculture sont rejetées par jour à Dakar (Sénégal), à
the groundwater’s quality in this area. Both, urbaine et périurbaine dans une zone aux Riyadh (Maroc), environ 100 millions de m3
the salinity and the nitrogen concentration conditions climatiques et hydrologiques par année (Hussain, 1999).
of the groundwater (538±223 mg/l of chlo- favorables appelée localement les Niayes.
ride, 424±87.0 mg/l of nitrogen) are as Les Niayes constituent une série de dunes La pénurie d’eau a favorisé l’utilisation des
high as the wastewater (479±16.0 mg/l of et d’inter-unes. La région des Niayes borde eaux usées dans le maraîchage et
chloride, 218±10.0 mg/l of nitrogen). The la frange maritime sur une longueur de 180 l’horticulture qui s’intensifient avec
heavy metals contents of waters are very low
(less than the Senegalese threshold). The
microbiological analyses show that waste-
water and mixed water content high per-
centage of coliforms (1.07 105±31 resp.
6.67 103±122 CFU/ml) exceeding the WHO-
threshold (1000 CFU/100ml). On the contrary,
local groundwater is devoid of these bacte-
ria. The total heterophilic bacteria content
decreases with depth, but Enterobacteria
are detected down to 60 cm depth in soils
irrigated with wastewater and mixed water.
The comparison of the SAR value (Sodium
Absorption Ratio), the Na/Cl and Ca/Cl
ratio of the irrigation water and the ground-
water underlying the ground (water of the
No 1

piezometers) show a degradation of the

physic and chemical qualities of the soils
NOVEMBRE 2006 VOL. 17

irrigated with wastewater (salinization and

acidity of the soils). This study shows that
wastewater can be an alternative source to
face the scarcity of water. However, its use
without pre-treatment bears considerable
risks of microbial and chemical contamina-
AGROSOLUTIONS

tion for farmers, consumers, soils and

groundwater. Figure 1. Localisation géographique du Sénégal (J. Le Borgne, IRD).

l’accroissement de la population (Koné,
2002). Cependant, leurs réutilisations sans
prétraitement sont à l’origine d’impacts sur
l’environnement et sur la santé des
populations. Plusieurs études ont démontré
l’utilisation des eaux usées ou des boues
d’épuration comme source potentielle de
contaminations chimique et micro-
biologique des eaux de nappe superficielle
(Personné 1997, Howard 2002, Taylor
2004, Oren 2004). Des épidémies de
typhoïde et de paratyphoïde qui ont éclaté
à Dakar, ont été attribuées aux eaux usées
(Gaye et Niang 2002). De même, des
études récentes à Kampala (Howard, 2002)
ont mis en évidence la relation de
l’épidémie de choléra 1997-98 et la
contamination des puits. C’est à ce propos
qu’on a mené une étude sur les Niayes de
Pikine (Dakar-Sénégal).
Caractéristiques
de la zone d’étude :
Niayes de Pikine
Le site de Pikine s’étend sur une superficie
de 42,24 ha, avec 384 exploitations
(essentiellement du maraîchage) et 830 per-
sonnes actives (Gaye et Niang, 2002). Les
Niayes de Pikine sont caractérisés par un
sol sableux très perméable, une nappe
souterraine superficielle (1,5-3 m de
profondeur) et par 3 types de pratique :
i) Irrigation avec les eaux de la nappe ou
Céanes qui ont une conductivité très
élevée, presque le double de celle des eaux
de robinets (HLM_LAS) situés dans les
environs (tableau 1);
ii) Les eaux usées brutes anoxiques, très
chargées de matières en suspension et avec
une conductivité et une alcalinité très
élevées;
Tableau1. Paramètres chimiques des eaux d’arrosage du site de Pikine (n = 3).
Conductivité
Types d’eau pH
(µS/cm)
HLM_LAS 6,9 1572
Céanes 7,1 ± 0,5 3043 ± 587
Mélanges 8,0 ± 0,3 3950 ± 636
Eaux usées 7,6 ± 0,3 3817 ± 23
EU_TU (3) 7,3 3290
Dène_Céane (4) 6,8 936
(1) : alcalinité HCO3- + Cl-; (2) : Moyenne ± écart-type; (3) : Eaux usées provenant directement du tuyau; (4) : eaux de
la même nappe des sables aquifères, mais hors de l’influence urbaine (environ 40 km de Dakar).
iii) Les eaux de mélange qui sont la mixture
des deux types d’eaux citées ci-dessus.
Leurs paramètres changent énormément
d’un champ à un autre. En effet, le mélange
se fait selon le goût des maraîchers.
Échantillonnage
et analyses
Échantillonnage
des eaux d’irrigation
Le matériel d’échantillonnage (tuyau de la
pompe, bouteilles en PE, récipients,
matériels de filtration manuelle) a séjourné
dans un bain au HNO3 dilué pour éviter
toute contamination. Pour chaque type de
pratique, les eaux d’arrosage de 3 champs
ont été échantillonnées (les eaux de Céanes
PC, les eaux usées PEU et les eaux de
mélange PM). Les eaux usées provenant
directement du tuyau qui draine les eaux
usées (EU_TU) et les eaux de robinets
(HLM_LASS) ont été prélevées.
Cinq à cent ml sont filtrés à-travers un
filtre en acétate cellulose de 0,45 µm. Les
filtres sont ensuite placés dans un tube
Eppendorf, traités avec du para
formaldéhyde 4 % et conditionnés sous
froid jusqu’au laboratoire. Les échantillons
sont centrifugés pour rejeter l’excès de
paraformaldéhyde. Les cellules sont
suspendues dans de l’éthanol 20 % et
conservées à -20 °C jusqu’à l’analyse
bactérienne par la méthode de
l’hybridation in situ (FISH). 1,5 ml est mis
dans un tube Eppendorf et conservé à -20 °C
pour l’analyse avec la Polymerase Chain
Reaction (PCR) et 1,5 ml est acheminé
directement au laboratoire pour la méthode
de culture sur plaque.
Alcalinité
Eh (mV)
(mg/L) (1)
440 13,3
355,6 ± 12,6 192,7 ± 15,0
4,6,6 ± 211,2 475,8 ± 27,9
-155,6 ± 6,6 1208,6 ± 453,8
-338 509,2
210 11
35
Echantillonnage des sols
Pour chaque type de pratique, 3 champs
sont échantillonnés à différentes pro-
fondeurs (0-20, 20-40 et 40-60 cm) avec
une tarière et à différents niveaux (haut de
pente, mi-pente et bas de pente).
Pour l’analyse microbiologique 1,5 g de sol
est traité de la même manière que les filtres
pour la recherche de bactéries par la
méthode FISH. 1,5 g est congelé à -20 °C
jusqu’à l’analyse par PCR et 5 g sont
amenés directement au laboratoire pour la
culture sur plaque.
Analyses microbiologiques
Trois méthodes d’analyses bactériologiques
ont été utilisées :
(i) La méthode de culture sur plaque
Les milieux de culture VRBL (Vert Red
Bile Lactose), PCA (Plate Count Agar) et
S.S (Salmonella-Shigella) ont été utilisés
pour mettre en évidence respectivement les
coliformes thermotolérants (incubation à
44 ± 0,5 °C pendant 24 h), la flore aérobie
mésophile totale (incubation à 30 °C
pendant 72 h) et Shigella spp (37 °C, 24 h).
(ii) La méthode d’hybridation in situ (FISH)
Un µL de suspension bactérienne de
chaque échantillon est mis dans un puits de
la lame préalablement prélavée avec de
l’éthanol 96 % et traitée avec de la gélatine
(0,1 %). La lame est séchée à 45 °C
pendant 20 minutes dans une chambre
d’hybridation. Les cellules sont déshydra-
tées dans une série de bains d’éthanol (50,
70 et 96 %) pendant 3 minutes chacun. Dix
µL d’un mélange du tampon d’hybridation
(180 µL NaCl 5M, 20 µL TRIS 1M pH :7,
1 µL SDS 10 %, 300 µL formamide, 500 µL
H2O) et de la sonde ENT1 marquée au
AGROSOLUTIONS
Cye3 (Rompré, 2002) pour les entéro-
Oxygène bactéries (55’ CCGCTTGCTCTCGCGAG‘3 )
dissous
(mg/L) dans un rapport 9 : 1 sont mis dans chaque
65 puits. La lame est placée dans un tube
Falcon dans lequel est mis un papier buvard
NOVEMBRE 2006 VOL. 17
0,85 ± 0,69
0,85 ± 0,69 imbibé de tampon d’hybridation (pour
0,07 ± 0,03 éviter l’évaporation de la solution
0,05
11,1
d’hybridation). Le tube est ensuite incubé
dans la chambre d’hybridation à 46 °C
pendant 1 h 30.
No 1
36
Après l’hybridation, la lame est plongée E. coli est 5’-AATGAAAGCTGGCTACAGG CFU (bact.)/ml
dans un tampon de lavage (500µL NaCl AAGGCC-33’ (ZL-11675); 5’-C CACCATGCC- 1,E+07

5M, 1000 µL TRIS 1M (pH:7), 1020 µL GTGGGTTTCAATATT-33’ (ZR-22548) (Bej 1,E+07

formamide) et incubée à 48 °C pendant et Steffan 1990, Bej et McCarty 1991). Coloration Dapi Comptage sur plaque

20 minutes dans la chambre d’hybridation. L’amplification s’est faite sur 35 cycles

8,E+06

La lame est rincée avec de l’eau distillée avec des températures de dénaturation 6,E+06

pour enlever l’excès de SDS, puis séchée à initiale de 94 °C (5 minutes), de dénatura- 4,E+06

température ambiante et à l’obscurité. Dix tion de 94 °C (30 secondes), d’anneling de 2,E+06

µL d’une solution DAPI (0,001 %) et d’eau 50 °C (30 secondes), d’élongation de 0,E+00
(rapport 9 : 1) sont mis dans chaque puis et 72 °C (1 minute) et d’élongation finale de Céanes Mélange E. Usées
la lame est incubée à température ambiante 72 °C (7 minutes).
et à l’obscurité pendant 7 minutes. La lame Figure 2. Bactéries totales des eaux d'arrosage
est lavée à l’eau distillée puis séchée. (n = 3; moy ± ET).
L’observation au microscope se fait après Résultats
ajout d’une goutte de Citifluor pour éviter
UFC (Bact.)/g
1,50E+08
l’altération de la fluorescence. 1,30E+08
L’analyse par la méthode de culture sur 1,10E+08
FISH Culture sur plaque

(iii) La méthode Polymerase Chain plaque (photo 1) et de FISH (photo 2) 9,00E+07

Reaction (PCR) montre que les eaux usées ont une flore 7,00E+07
bactérienne plus importante par rapport 5,00E+07
Seuls les échantillons de sol ont été aux eaux Céanes et eaux de mélange (figure 2). 3,00E+07
analysés. Le FAST DNA SPIN KIT La méthode de culture sur plaque a mis en 1,00E+07
Depth

(Qbiogène, 2004) est utilisé pour extraire évidence la présence de coliformes -1,00E+07
l’ADN des échantillons de sol. Après thermotolérants aussi bien dans les eaux 0-20 cm 20-40 cm 40-60 cm

l’extraction, 15 µL de la solution sont usées que dans les eaux de mélange (figure 6). Figure 3. Bactéries de sols irrigués avec les eaux
chargés dans les puits d’un gel d’agarose Ces résultats sont similaires à ceux des de Céanes.
marqué au bromure d’éthidium. La entérobactéries (FISH).
visualisation se fait par irradiation aux UV 1,50E+08
CFU (Bact.)/g

(ultraviolet). Le primer pair pour amplifier Des études antérieures sur la qualité 1,30E+08
FISH Culture sur plaque
le gène ipaH du genre Shigella spp (Lampel microbiologique des eaux de Céanes (Gaye 1,10E+08

et Palmer, 2000) est 5’-G GTTCC et Niang, 2002) ont mis en évidence la 9,00E+07

TTGACCGCCTTTCCGATACCGTC-33’; 5’- présence de coliformes thermotolérants. 7,00E+07

GCCGGTCAGCCACCCTCTGAGAG-TTAC- Ceci peut s’expliquer par une contami- 5,00E+07

3’. L’amplification s’est faite sur 35 cycles nation ponctuelle ou par une « désinfection » 3,00E+07
avec des températures de dénaturation des eaux au moment de notre échantillon- 1,00E+07
initiale de 94 °C (5 minutes), de nage. En effet, selon Garcia-Armisen et -1,00E+07 0-20 cm 20-40 cm 40-60 cm
dénaturation de 94 °C (30 secondes), Servais (2004), deux facteurs ont
d’anneling de 55 °C (30 secondes), vraisemblablement des effets sur les eaux Figure 4. Bactéries totales de sols irrigués avec les
d’élongation de 72 °C (45 secondes) et naturelles faiblement contaminées par les eaux usées.
d’élongation finale de 72 °C (7 minutes). Le bactéries fécales : la disponibilité des
primer pair pour amplifier le gène LacZ de nutriments et la turbidité de l’eau. La très 1,50E+08 CFU (Bact.)/g

1,30E+08

1,10E+08

9,00E+07

7,00E+07

5,00E+07
No 1

3,00E+07

1,00E+07
NOVEMBRE 2006 VOL. 17

-1,00E+07 0-20 cm 20-40 cm 40-60 cm

Figure 5. Bactéries totales de sols irrigués avec les

eaux de mélange.

faible turbidité des eaux de Céanes (28 mg/l

de matières en suspension) favorise la
AGROSOLUTIONS

pénétration de la lumière solaire qui peut

Photo 1. Bactéries totales sur PCA. Photo 2. Entérobactéries mises en évidence par exercer son effet aseptique à travers ses
FISH (échantillon d'eau PEU3 1000×).
 37
abattement des bactéries indicatrices Shigella spp pure a été faite. Une série de
7,00E+05 UCF (bact.) /ml d’hygiène (figure 6). dilution a été réalisée à partir de la solution
6,00E+05
mère contenant environ 2 108 CFU/ml et
5,00E+05 Entérobactéries Coliformes thermotolérents La flore bactérienne totale des sols diminue 100 µL inoculé dans 5 mg de nos sols
4,00E+05 en fonction de la profondeur (figures 2, 3 et 4). préalablement stérilisés. Les résultats
3,00E+05 En effet, le sol joue un rôle de filtre pour la montrent que seul l’ADN bactérien de
2,00E+05 flore totale présente. De plus, le carbone l’échantillon de sol contenant la solution-
1,00E+05 total des sols diminue avec la profondeur mère est isolé (ou du moins visible après
0,00E+00
Céanes Mélange E. Usées
(résultats non publiés). Seules les bactéries migration sur gel marqué au bromure
peu exigeantes peuvent survivre. Les sols d’éthidium, photo 3). L’amplification avec
Figure 6. Bactéries indicatrices d'hygiène des eaux arrosés avec les eaux de Céanes les différentes concentrations ne donne pas
d'arrosage. contiennent une flore bactérienne plus de résultats concluants (photo 4). La
élevée par rapport aux sols irrigués par les conclusion peut donc être une inhibition du
1,00E+07

9,00E+06
CFU (ba cteri a)/g
eaux de mélange et les eaux usées. Ceci PCR soit par l’acide humique présent dans
8,00E+06 semble antagoniste si on prend en compte les sols, soit par d’autres substances
7,00E+06 la teneur bactérienne des eaux. Mais, vu la inconnues. En effet, selon Bürgmann et al.
pauvreté des sols et des eaux de Céanes en (2001), la co-extraction d’acide humique
Entérobacteri es Col i formes thermotolérents
6,00E+06

5,00E+06
matière organique, les maraîchers ont avec de l’ADN, inhibe les réactions
recours à des fumures organiques (crottin biochimiques du PCR.
4,00E+06

3,00E+06

2,00E+06 de chevaux, de moutons) pour amender les

1,00E+06 champs. Ces engrais organiques provenant
0,00E+00
0-20 cm 20-40 cm 40-60 cm
d’excréments d’animaux sont riches en
germes bactériens, ce qui peut expliquer
Figure 7. Bactéries indicatrices d'hygiène des sols cette situation.
arrosés avec les eaux de Céanes.
La comparaison des méthodes de FISH et
1,00E+07
CFU (Ba ct.)/g de culture sur plaque montre que cette
8,00E+06 dernière sous-estime le nombre de
bactéries totales des sols. Selon Torsvik
6,00E+06
(1990) et Amann (1995), seul 0,1 à 0,5 %
4,00E+06 des bactéries sont cultivables. En effet, la
sélectivité des milieux de culture entrave la
2,00E+06
croissance de certains types bactériens qui
0,00E+00 entrent en stade viable et non cultivable.
0-20 cm 20-40 cm 40-60 cm
De plus, avec la méthode FISH, des Photo 3. ADN extrait à partir de sols stérilisés et
-2,00E+06
cellules sont décomptées alors qu’avec la inoculés (- : témoin négatif; + : témoin positif).
Figure 8. Bactéries indicatrices d'hygiène des sols méthode de culture sur plaque c’est des
arrosés avec les eaux de mélange. colonies bactériennes.
1,00E+07

9,00E+06
CFU (Ba ct.)/g
L’analyse des sols irrigués avec les eaux
8,00E+06 usées et les eaux de mélange montre la
7,00E+06 présence d’entérobactéries jusqu’à une
6,00E+06 profondeur de 60 cm (figures 8 et 9).
5,00E+06

4,00E+06
Par contre, les sols arrosés avec les eaux de
Céanes en sont dépourvus (figure 7). Pour
3,00E+06

2,00E+06
mettre en évidence la présence de Shigella
AGROSOLUTIONS

1,00E+06

0,00E+00 spp parmi les entérobactéries présentes

dans nos sols, nous avons eu recours à la
0-20 cm 20-40 cm 40-60 cm

Figure 9. Bactéries indicatrices d'hygiène des sols technique de PCR. Le kit FastDNA a
arrosés avec les eaux usées. permis l’isolement de l’ADN de certains
échantillons de sols. Cependant, Photo 4. Amplification par PCR.
NOVEMBRE 2006 VOL. 17

rayons UV. De même, les eaux de Céanes l’amplification avec le primer pair IpaH n’a
sont pauvres en matière organique pas été possible; est-ce que cela signifie
(203 ± 60 mg O2/L) nécessaire pour la qu’il n’y pas de Shigella spp ou qu’il y a une
croissance et la multiplication bactérienne. inhibition de notre PCR ? Dans le but de
Le système de mélange contribue à un net comprendre ce qui se passe, une culture de
No 1
38
Conclusions
Les résultats montrent que les eaux usées et
celles de mélange sont « inaptes » quant à
leur réutilisation pour l’irrigation des
légumes mangés crus. En effet, le nombre
de coliformes dénombrés dans ces eaux
dépasse largement les normes de l’OMS
pour leur épandage sur des aliments
mangés crus.
La détection des bactéries sur une
profondeur de 60 cm, montre que les
entérobactéries ont la possibilité de migrer
en profondeur à partir de la surface. Le sol
ne joue pas toujours son rôle de filtre pour
les bactéries. Apparemment, les entéro-
bactéries se déplacent plus vers la nappe
du côté des champs arrosés avec les eaux
usées. En effet, ces champs se trouvent
près d’une mare et la fluctuation du niveau
de la nappe peut drainer les bactéries vers
cette nappe. Cependant, ce phénomène
reste à être confirmé par une autre étude
suivant les saisons. La méthode de PCR
doit être améliorée pour mettre en évidence
la présence de Shigella et Salmonella spp
(développement d’une méthode d’extraction).
Remerciements
Je remercie le Dr Pfeifer, Mme Anne Guèye
et l’ensemble du CAM (Centre d’analyse
minérale de l’Université de Lausanne) pour
leur aide précieuse. Mention spéciale pour
le Pr Jan Roloef van der Meer, Robin Tecon
et toute l’équipe du Département de
microbiologie de Lausanne de m’avoir
accueilli pour mes analyses. Je remercie
aussi les Drs Seydou Niang (IFAN-Dakar) et
Claude Rossier (Université de Genève) ainsi
que tous les maraîchers de Pikine-Sénégal.
Ce travail a été soutenu financièrement par
la Bourse de la fondation Augustin Lombard
No 1
(Genève) et le CAM.
NOVEMBRE 2006 VOL. 17
AGROSOLUTIONS
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