Enjeux SVT changements

globaux :
Impact du réchauffement sur les
écosystèmes.
Olivier PANAUD
Laboratoire Génome et Développement des Plantes,
Université de Perpignan
Institut Universitaire de France
 Un écosystème est un ensemble formé par une
communauté d'êtres vivants en interrelation avec son
environnement. Les composants de l'écosystème développent
un dense réseau de dépendances, d'échanges d'énergie,
d'information et de matière permettant le maintien et le
développement de la vie

(Wikipedia)
 ©Sciences et avenir

Les animaux se déplacent vers le Nord

Pas les plantes…..

Carte des dépérissements dus à la sécheresse dans le Grand Est de la France. © ONF
 Un écosystème est un ensemble formé par une
communauté d'êtres vivants en interrelation avec son
environnement. Les composants de l'écosystème développent
un dense réseau de dépendances, d'échanges d'énergie,
d'information et de matière permettant le maintien et le
développement de la vie

(Wikipedia)
Réserve de la forêt de la Massanne :
un hot spot de Biodiversité
8000 espèces sur 300 hectares !

Transmission de l'information génétique entre espèces distinctes (reproductivement
isolées), parfois phylogénétiquement très distantes.
Physcomitrella patens :
Colonisation par les plantes
de la surface terrestre
grâce à des TH de gènes
de virus, bactéries et
champignons (Yue et al.,
2012)
TRANSFERT HORIZONTAL :
Arthropodes phytophages :
Certains insectes sont devenus
phytophages grâce à
l'acquisition par TH à partir de
bactéries et champignons de
gènes leur permettant de
contourner les défenses
naturelles des plantes.
(Wybouw et al., 2016)
Fougères :
Les fougères se sont
adaptées aux milieux à
faible luminosité grâce à
l'acquisition par TH d'un
gène de néochrome de
bryophyte (Li et al., 2014)
Elysia chlorotica :
Un animal devient photosynthétique en
consommant des algues. Les
chloroplastes peuvent « fonctionner »
dans des tissus animaux ! (Rumpho et
al., 2008). Pas héritable.
 Impact des changements
climatiques sur les agrosystèmes.
Origine des plantes cultivées
Carte des centres de conservation des ressources génétiques.
 Apport de la Génomique pour
explorer et exploiter la diversité des
plantes.
 Génomes de plantes séquencés

Arabidopsis thaliana

Et des dizaines d'autres.....

 La révolution des nouvelles
technologies de séquençage.
● Jamais dans l'histoire des sciences un
domaine a connu un tel essor grâce au
développement technologique.
Génome humain :
– Publié en 2004 (plus de 10 ans pour un coût de
plusieurs 10aines de Millions de $)
– Aujourd'hui, on peut séquencer un génome
humain en quelques heures pour quelques
Milliers de $
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Projet 3000 génomes de riz.

The 3,000 rice genomes project. GigaScience.2014, 3:7

Comment le riz s’adapte-t-il aux variations de l’environnement ?
Origine de la domestication du Riz
Histoire de la domestication du riz

O. rufipogon
Asie du Sud et Chine
du Sud-Est

O. rufipogon O. rufipogon
Himalayas
~0.5-1M
d’années
Domestication par
l’homme 10000 ans

O. sativa ssp. O. sativa ssp.

indica japonica
 japonica

indica

2 domestications indépendantes 10000 ans

 japonica
indica
 japonica
indica

Japonica tropical
= javanica
 japonica
indica

Dissémination rapide des riz Indica de plaine.

Relations phylogénétiques basées sur > 1M SNPs

INDICA

JAPONICA
Erosion de la Biodiversité des plantes cultivées
 L’une des conséquences du réchauffement climatique est
l’augmentation des régimes pluviaux (Mousson) en Asie du
Sud-Est.
Identification du gène sub-1 de tolérance à la submergence dans une variété traditionnelle
Distribution de la taille du génome de 6288 plantes à fleurs
(C-value database, Kew garden)
~600 Mbp

0 1 2 3 4 5 Gbp
Distribution of genome size of 6288 angiosperms species
(C-value database, Kew garden)
~600 Mbp

GENES Eléments transposables (satellites)

(100-200 Mbp)

0 1 2 3 4 5 Gbp
Les éléments transposables (ETs) sont les
constituants majoritaires de la plupart des
génomes de plantes et d'animaux

Bz

B Ds z
 Wild Type
VvmybA1

LTR ORF LTR VvmybA1

LTR VvmybA1

(Kobayashi et al. 2004)

Butelli et al., Plant Cell
MER20 retrotransposon burst
 Les ETs sont ils adaptatifs chez le riz ?

INDICA

JAPONICA
?
Exemple : largeur du grain 3000 genomes
sans insertion avec insertion
 Conclusions
● La survie des agrosystèmes (et la nôtre..) va
nécessiter de mieux gérer nos ressources (eau,
sol … mais également biodiversité).
● La génomique permettra de mieux caractériser
la biodiversité des plantes cultivées et donc de
mieux la préserver.
● Mais les agrosystèmes sont interdépendants de
tous les autres écosytèmes ! → approche
globale.
Exemple : largeur du grain 3000 genomes