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Ce sont les « intégrateurs naturels » les plus objectifs d'un état environnemental, et donc des impacts
des activités humaines combinés à d’éventuels aléas bio-géo-climatiques naturels... (ce qui les rend
éventuellement plus facilement contestables)
Avantage : ils traduisent une réalité biologique. Ils peuvent confirmer ou infirmer les indices de
performance.
Inconvénient : Ils sont parfois frustrants pour l’utilisateur, car s’ils mettent en évidence un problème et
ses symptômes, ils n'en désignent pas avec certitude (avant expérience de confirmation) les causes
(souvent multiples).
Les bioindicateurs ne sont pas une agrégation d’indicateurs mesurés. Ils intègrent naturellement
l’extrême complexité, les synergies et les inerties propres aux écosystèmes. De nombreux acteurs
susceptibles d’être responsables d'une dégradation environnementale nieront donc aisément leur
responsabilité. La bioindication est cependant utile ou nécessaire à de nombreux protocoles
d'évaluation, et parfois à l’application du précaution.