MASTER 2

« Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique »

Fiche de proposition de sujet de stage pour l’année 2022-2023
(Remplir les champs grisés puis retourner la fiche à geraldine.schlecht-louf@universite-paris-saclay.fr
et nathalie.chaput@universite-paris-saclay.fr)

I. Laboratoire d’accueil
Intitulé et n° : INSERM UMR 996 Inflammation, Microbiome and Immunosurveillance –équipe 2 :
Drug and Chemical Allergy, Immunotoxicology And Immunopathology

Adresse complète : Université Paris-Saclay - UFR de pharmacie - Batiment Moissan – Pôle BPC

Thématique de recherche : Mécanismes immunologiques de l’Allergie aux médicaments et aux

produits chimiques

Ecole doctorale de rattachement : ED 569 - INNOVATION THÉRAPEUTIQUE: DU FONDAMENTAL

À L'APPLIQUÉ

Responsable de l’équipe : Pr Marc Pallardy

N° de téléphone : 01 46 83 53 35

Adresse électronique : marc.pallardy@universite-paris-saclay.fr

II. Sujet proposé pour un stage de M2 (6 mois)

Nom de l’encadrant : Vanessa Granger-MCUPH

N° de téléphone : 01 46 83 57 80

Adresse électronique : vanessa.granger@universite-paris-saclay.fr

vanessa.granger@aphp.fr

Titre du sujet : Implication des mitochondries dans la production des Neutrophil Extracellular Traps
ou NETs. Application au choc anaphylactique aux curares.

Mots clefs : Neutrophil Extracellular Traps - neutrophile - mitochondrie -formes réactives de

l’oxygène - allergie

Résumé du sujet :

La nétose est un mécanisme effecteur du polynucléaire neutrophile aboutissant à la libération dans le

milieu extracellulaire de filaments d’ADN recouverts de nombreuses protéines. Ces filaments, appelés
« neutrophil extracellular traps » (NETs) ont un rôle bénéfique dans la défense anti-infectieuse mais
s’avèrent également délétères en cas de production excessive ou inappropriée. Une forme rapide de
nétose impliquant des formes réactives de l’oxygène dérivées des mitochondries et/ou une libération
d’ADN mitochondrial pourrait être impliquée dans des mécanismes allergiques et inflammatoire aigus.
Le but de ce projet est de poursuivre les travaux in vitro de notre équipe sur les mécanismes impliqués

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 1

dans cette forme originale de nétose, et son intrication avec la nétose dite classique, impliquant l’ADN
nucléaire et les formes réactives de l’oxygène dépendant de la NOX2. De plus, la participation de ce
mécanisme nouveau dans la physiopathologie du choc anaphylactique sera évaluée grâce à la cohorte
clinique ENDOPHEN de chocs aux curares constituée en 2022 et coordonnée par notre équipe.

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 2

 MASTER 2
« Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique »
Fiche de proposition de sujet de stage pour l’année 2022-2023
(Remplir les champs grisés puis retourner la fiche à geraldine.schlecht-louf@universite-paris-saclay.fr
et nathalie.chaput@universite-paris-saclay.fr)

I. Laboratoire d’accueil
Intitulé et n° : INSERM U996. Equipe I - Immunorégulation, Chimiokines et Persistance Virale

Adresse complète : INSERM UMR996 - Inflammation, Microbiome et Immunosurveillance

32 rue des Carnets - 92140 Clamart.

Thématique de recherche : Immunorégulation, effecteurs du système immunitaires dont Chimiokines

et Persistance Virale

Ecole doctorale de rattachement : Innovation Thérapeutique du Fondamental à l’Appliqué.

Responsable de l’équipe : Dr. Françoise BACHELERIE

N° de téléphone : 01 41 28 80 05

Adresse électronique : francoise.bachelerie@universite-paris-saclay.fr

II. Sujet proposé pour un stage de M2 (6 mois)

Nom de l’encadrant.e : Dr. Franck GESBERT

N° de téléphone : 01 41 28 80 14

Adresse électronique : franck.gesbert@universite-paris-saclay.fr

Titre : Exploration biochimique et fonctionnelle d’un nouvel effecteur de la chimiokine

CXCL12 et son récepteur CXCR4.

Mots clefs : Immunodéficience, Biologie Cellulaire, Signalisation, cibles thérapeutiques

Résumé :
Le projet de recherche vise à caractériser la biologie d’une petite protéine G comme nouvel effecteur
de l'axe de signalisation formé par la chimiokine CXCL12 et son récepteur CXCR4. Les fonctions
biologiques de CXCL12 qui sont largement impliquées dans le contrôle de processus immunitaires et
de défense de l’hôte sont fréquemment altérées dans les immunodéficiences et les pathologies
infectieuses. A cet égard, la dérégulation de cet axe est responsable du syndrome WHIM (WS) ; une
immunodéficience primaire rare se caractérisant par une pan-leucopénie profonde et une susceptibilité
sélective aux pathologies dues aux infections par les papillomavirus humains (HPV). Alors que la
majorité des patients sont porteurs de mutations gain de fonction dans un allèle de CXCR4, certains,
de manière inattendue, sont porteur d’un gène CXCR4 sauvage. Notre équipe a identifié, sur la base
de l'analyse de l'exome complet d’un patient WS, une nouvelle mutation dans un allèle d’un gène codant
pour une petite protéine G dont nous nous attachons à caractériser le phénotype et l’implication dans
la pathogenèse du WS afin d’en déduire le rôle de ce nouvel effecteur dans la signalisation et les
fonctions biologiques de l’axe CXCL12/ CXCR4.

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 1

 MASTER 2
« Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique »
Fiche de proposition de sujet de stage pour l’année 2022-2023
(Remplir les champs grisés puis retourner la fiche à geraldine.schlecht-louf@universite-paris-saclay.fr
et nathalie.chaput@universite-paris-saclay.fr)

I. Laboratoire d’accueil
Intitulé et n° : UMR-S 1180 Signalisation et physiopathologie cardiovasculaire

Adresse complète : Faculté de Pharmacie, Université Paris-Saclay, 19, avenue des Sciences 91400 Orsay

Thématique de recherche : Métabolisme énergétique cardiaque

Ecole doctorale de rattachement : ED 569 Innovation thérapeutique du fondamental à

l’appliqué (ITFA)

Responsable de l’équipe : Dr Mathias MERICSKAY / Pr Anne GARNIER

Adresse électronique : anne.garnier@universite-paris-saclay.fr

II. Sujet proposé pour un stage de M2 (6 mois)

Nom de l’encadrant.e : Pr Anne GARNIER / Dr Pauline GAIGNARD

Adresse électronique : anne.garnier@universite-paris-saclay.fr ; pauline.gaignard@universite-

paris-saclay.fr

Titre : Etude du rôle de la poly-ADP-ribose polymérase 1 (PARP1) sur les voies de signalisation
énergétique SIRT1 et AMPK et la fonction mitochondriale dans le cœur défaillant et de sa spécificité
liée au sexe.
Mots clefs : Cœur ; mitochondrie ; dimorphisme sexuel

Résumé (en quelques lignes) :

Contexte : L’insuffisance cardiaque (IC) est une cause majeure de morbi-mortalité non seulement
dans les pays industrialisés mais aussi de plus en plus dans les pays émergents et la recherche de
traitements plus ciblés est une priorité. La dérégulation du cycle de vie de la mitochondrie et de ses
propriétés fonctionnelles dans les cellules cardiaques occupe un rôle central de plus en plus reconnu
dans la physiopathologie de l’IC. Notre équipe a participé à montrer que la dérégulation de l’axe PGC-
1α, le régulateur principal de la biogénèse mitochondriale, est impliquée dans la dysfonction du
myocarde défaillant aussi bien chez l’animal que chez l’homme faisant de cet axe une cible
thérapeutique potentielle. Nous avons ensuite prouvé que l’activation de l’AMP kinase (AMPK) ou de
la Sirtuine 1 (SIRT1, désacétylase à NAD), qui toutes deux modulent l’activité de PGC-1α et donc la
fonction mitochondriale, avait des propriétés cardioprotectrices dans des modèles d’IC.
Le sexe biologique est un modificateur important du développement des maladies cardiovasculaires.
Les femmes plus jeunes sont généralement protégées, mais cette cardioprotection est perdue plus
tard dans la vie. De manière intéressante, la cascade de l'axe PGC-1α est plus dérégulée chez
l'homme que chez la femme, en accord avec la présence d’un site de reconnaissance aux estrogènes

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 1

dans le promoteur de PGC-1α. Nous avons étendu cette notion en montrant que l’activation de
l’AMPK était aussi soumise à un dimorphisme sexuel.
La Poly-ADP-Ribose Polymérase 1 (PARP1) est une enzyme permettant la réparation de l’ADN après
des dommages oxydatifs grâce à la PARylation à partir du fragment ADP-ribose du NAD. PARP1 est
ainsi en compétition directe avec SIRT1 pour l’utilisation du NAD et une hyperactivation de PARP1
peut conduite à une déplétion des stocks de NAD et la mort cellulaire. PARP1 est aussi une des cibles
de phosphorylation de l’AMPK. Des études sur souris mâles ont montré qu’inhiber PARP1 protégeait
la fonction mitochondriale lors d’atteintes cardiaques. Par ailleurs, dans des modèles d’ischémie
cérébrale et de néphrite, il a été montré une activation différente de PARP1 entre mâles et femelles,
probablement à cause de la liaison de PARP1 avec le récepteur aux estrogènes. Cet aspect n’a
cependant jamais été étudié dans le tissu cardiaque.

Objectif : Le but de notre étude est de déterminer si l’activation de PARP1 et ses conséquences sur
les voies de signalisation énergétique (AMPK et SIRT1) et la fonction mitochondriale est différente
selon le sexe dans le contexte de l’IC. L’étude se déroulera en trois temps avec des modèles
expérimentaux de complexité croissante, tous déjà maitrisés au laboratoire : lignée de cellules
cardiaques / cardiomyocytes en culture primaire / souris mâles et femelles avec induction d’une IC.
Le projet de Master 2 portera sur la lignée de cellules cardiaques H9c2 et aura pour but d’analyser :
- l’activation de PARP et les niveaux de NAD cytosolique et nucléaire ;
- la régulation de SIRT1, de l’AMPK et de PGC-1α suite à l’activation de PARP ;
- l’activité des complexes de la chaîne respiratoire et la consommation d’oxygène des
mitochondries.
Ces mesures se feront d’abord après induction de dommages de l’ADN par nitrosoguanidine puis en
présence d’estradiol et d’un antagoniste du récepteur aux estrogènes.
L’étudiant.e acquerra les techniques de cultures cellulaires de lignée, de western-blot, de dosages
enzymatiques par spectrophotométrie, de polarographie et de RT-PCR quantitative. Toutes ces
techniques sont déjà au point au laboratoire.

Perspectives : Ce travail pourra être poursuivi par une thèse de Science portant sur les deux modèles
suivants (cardiomyocytes et modèle murin) pour aboutir à une caractérisation plus complète des
interactions PARP/SIRT1/AMPK dans l’insuffisance cardiaque et d’un éventuel dimorphisme sexuel.

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 2

 Inserm UMR-S 1180
Guillaume PIDOUX, PhD

Université Paris Saclay

Faculté de Pharmacie
5, rue de JB Clément
92296 Châtenay-Malabry

Objet : Proposition de stage Master2

Titre: Étude de nouvelles molécules thérapeutiques ciblant la connexin-43 en cas d’infarctus du

myocarde

Le potentiel d’action (PA) cardiaque déclenche au niveau cellulaire des évènements moléculaires
responsables de la contraction synchrone et homogène du cœur. La propagation de cardiomyocyte à
cardiomyocyte du PA cardiaque est assurée par les jonctions communicantes (JC) qui sont
composées principalement de connexine-43 (Cx43). Toute altération de l’expression et/ou de la
localisation de la Cx43 cardiaque affecte la propagation du PA et favorise la survenue d’arythmies
ventriculaires, fatales pour les patients. Ce type d’altération s’observe lors d’un infarctus du
myocarde (IM) caractérisé par une lésion ischémique provoquant la mort irréversible des
cardiomyocytes. De manière intéressante, la Cx43 joue également un rôle important dans la phase
aiguë de l’IM, en propageant les messages de mort de cardiomyocyte à cardiomyocyte, responsables
de la taille de la zone infarcie (ZI). Nous avons identifié in vitro des molécules (peptides et composés)
qui modulent la Cx43 et régulent la communication intercellulaire. Le but de ce stage de M2 est
d’étudier leurs effets comme nouvelles solutions thérapeutiques en cas d’IM sur i/ la prévention de
la survenue des arythmies et ii/ la diminution de la taille de la ZI dans un model ex vivo de cœur de
rat isolé perfusé (Langendorff).
Les travaux seront réalisés sous la direction du Dr. G. Pidoux (CRCN Inserm) dans l’équipe 2 de l’unité
Inserm UMR-S1180 localisée dans le nouveau bâtiment BPC de la faculté de Pharmacie de
l’Université Paris-Saclay. Pour atteindre les objectifs, le ou la candidat(e) sera amené(e) à perfuser
des cœurs de rat dans un système Langendorff en présence des molécules d’intérêt et à réaliser des
IM par ligature de l’artère coronaire descendante gauche. La distribution cardiaque des molécules
sera quantifiée par microscopie confocale et western blots. Les effets des molécules sur la prévention
de la survenue des arythmies et sur la diminution de la taille de la ZI seront respectivement évalués
par ECG de surface et estimés par imagerie.

Date limite pour postuler : 6 juillet 2022

Contact : guillaume.pidoux@inserm.fr
Dossier de candidature : CV, lettre de motivation, relevé de note, lettre de recommandation (facultatif)

5, rue JB Clément
92296 Châtenay-Malabry
Tél. +33 (0) 1 46 83 58 07
 MASTER 2
« Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique »
Fiche de proposition de sujet de stage pour l’année 2021-2022
(Remplir les champs grisés puis retourner la fiche à geraldine.schlecht-louf@universite-paris-saclay.fr
et nathalie.chaput@universite-paris-saclay.fr)

I. Laboratoire d’accueil
Intitulé et n° : INSERM U970 - PARCC Equipe « Thérapies régénératives dans les maladies
cardiaques et vasculaires »

Adresse complète : 56 rue Leblanc - 75015 PARIS

Thématique de recherche : cardiovasculaire

Ecole doctorale de rattachement : ED BioSPC

Responsable de l’équipe : Jean-Sébastien Silvestre

N° de téléphone : 01 53 98 78 80

Adresse électronique : jean-sebastien.silvestre@inserm.fr

II. Sujet proposé pour un stage de M2 (6 mois)

Nom de l’encadrant.e : Angélique Levoye

N° de téléphone : 01 53 98 78 80

Adresse électronique : angelique.levoye@inserm.fr

Titre : Rôle de l’isoforme CXCL12 dans la régénération cardiaque

Mots clefs : Chimiokine, CXCL12, régénération cardiaque, protéoglycans, recepteurs

Résumé (en quelques lignes) :

Les maladies cardiovasculaires sont la première cause de mortalité dans les pays industrialisés. L’infarctus du
myocarde (IM), est caractérisé par une perte des cardiomyocytes, conduisant à une altération de la fonction
cardiaque et finalement à une insuffisance cardiaque. Malgré des avancées significatives, les traitements
conventionnels ne permettent pas de remplacer ces cardiomyocytes perdus au cours de la pathologie et le
pronostic de l'insuffisance cardiaque reste sombre. Pour cette raison, le remplacement des cardiomyocytes
morts devient la cible principale de la recherche en médecine régénérative 1. Alors que certains amphibiens
subissent une régénération complète du cœur adulte après une blessure, le cœur des mammifères adultes
développe une vaste cicatrice myocardique. Récemment, l’’existence dans le cœur de mammifère adulte, de
capacités de prolifération des cardiomyocytes faibles mais détectables a orienté la recherche vers des stratégies
thérapeutiques visant à stimuler la prolifération des cardiomyocytes adultes. Des études ont montré que des
souris postnatales âgées d'un jour sont capables de régénérer leur myocarde après un IM 2. Cette régénération
cardiaque chez les souriceaux se produit par dédifférenciation partielle et division cellulaire complète des
cardiomyocytes existants et se maintien au cours de la première semaine de vie postnatale. Ainsi, une

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 1

compréhension détaillée des mécanismes moléculaires contrôlant la prolifération des cardiomyocytes
postnataux est essentielle pour identifier les cibles de la réparation et de régénération cardiaque.
La chimiokine CXCL12 joue un rôle essentiel dans le développement du système cardiovasculaire et module
l'inflammation, l'angiogenèse ou la fibrose. CXCL12 exerce ses activités biologiques en se liant à des récepteurs
spécifiques qui déclenchent des voies de signalisation distinctes et ses interactions avec les sulfates d'héparane
(HS) de la matrice extracellulaire. Nous avons précédemment démontré le rôle essentiel de l'interaction
CXCL12/HS dans la croissance et le remodelage vasculaire dans le modèle ischémique des membres inférieurs.
Fait intéressant, nous avons constaté que l'isoforme CXCL12γ est plus puissante que CXCL12α dans la
revascularisation post-ischémique. CXCL12 est impliqué dans la régénération tissulaire de plusieurs organes dont
le cœur. Parmi 3 isoformes (,  et ), CXCL12 a les niveaux d'expression les plus élevés dans le cœur et présente
une affinité incontestée pour HS.
Cependant, l'importance des interactions CXCL12/HS et le rôle de CXCL12, dans la régénération cardiaque sont
des questions difficiles qui restent ignorées. Ainsi, ce projet visera à définir l'importance des interactions
CXCL12/HS et plus spécifiquement le rôle de CXCL12 dans la régénération cardiaque. Pour cela, nous
utiliserons un modèle de régénération cardiaque chez des souris néonatales en induisant un MI à P1 chez les
animaux Cxcl12Gagtm (modèle où Cxcl12 est dépourvu de ses sites d’interaction avec les HS) et Cxcl12γΔ4/Δ4
(modèle où Cxcl12γ est non fonctionnel) disponibles au laboratoire. Nous évaluerons la fonction cardiaque par
échocardiographie et la taille de la zone infarcie, du processus angiogénique et de la fibrose tissulaire par
histologie. Enfin, nous analyserons la prolifération et la cytokinèse des cardiomyocytes (CM) dans nos modèles
murins. Notre projet améliorera nos connaissances sur le rôle de CXCL12 dans la régénération cardiaque et
pourrait ouvrir de nouvelles perspectives en médecine régénérative pour les maladies cardiaques.

Références : 1- Payan et al. Cardiomyocyte proliferation, a target for cardiac regeneration. BBA (2020). 2- Porello et al.
Transient Regenerative Potential of the Neonatal Mouse Heart. Science (2011). 3- Das et al. A Unique Collateral Artery
Development Program Promotes Neonatal Heart Regeneration. Cell (2019).4- Itou et al., Migration of cardiomyocytes is
essential for heart regeneration in zebrafish.

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 2

 MASTER 2
« Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique »
Fiche de proposition de sujet de stage pour l’année 2021-2022
(Remplir les champs grisés puis retourner la fiche à geraldine.schlecht-louf@universite-paris-saclay.fr
et nathalie.chaput@universite-paris-saclay.fr)

I. Laboratoires d’accueil
Intitulé et n° : Institut Galien Paris-Saclay, UMR CNRS 8612

Adresse complète : Université Paris-Saclay, Faculté de Pharmacie, Bâtiment Henri Moissan, 17

avenue des Sciences, 91400 ORSAY

Thématique de recherche : Physico-chimie appliquée aux sciences pharmaceutiques –

Pharmacotechnie-Biopharmacie

Ecole doctorale de rattachement : ED ITFA 569 (Innovation Thérapeutique : du Fondamental à

l'Appliqué)

Responsable de l’équipe : Faivre Vincent

N° de téléphone : 01 80 00 61 12

Adresse électronique : vincent.faivre@universite-paris-saclay.fr

Intitulé et n° : Inflammation, Microbiome et Immunosurveillance, UMR INSERM 996

Adresse complète : Université Paris-Saclay, Faculté de Pharmacie, Bâtiment Henri Moissan, 17

avenue des Sciences, 91400 ORSAY

Thématique de recherche : Maladies nutritionnelles du foie et microbiote intestinal

Ecole doctorale de rattachement : ED ITFA 569 (Innovation Thérapeutique : du Fondamental à

l'Appliqué)

Responsable de l’équipe : Cassard-Doulcier Anne-Marie

N° de téléphone : 06 68 13 66 29

Adresse électronique : cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr

II. Sujet proposé pour un stage de M2 (6 mois)

Nom de l’encadrant : LEGRAND François-Xavier

N° de téléphone : 01 80 00 61 15

Adresse électronique : francois-xavier.legrand@universite-paris-saclay.fr

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 1

Nom de l’encadrant : Cassard-Doulcier Anne-Marie

N° de téléphone : 06 68 13 66 29

Adresse électronique : cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr

Titre : Évaluation de la toxicité de nouvelles formulations pharmaceutiques et leurs effets sur le

tractus digestif et le microbiote intestinal

Mots clefs : voie orale, microbiote intestinal, toxicologie, foie, formulation pharmaceutique

Résumé (en quelques lignes) :

Dans le cadre du projet MicroDES financé par l’action interdisciplinaire HEALTHI, nous travaillons à
mieux comprendre l’effet de nouvelles formulations pharmaceutiques sur le tractus digestif et le
microbiote intestinal lors de leur administration par voie orale. Ces nouvelles formulations, appelées
solvants eutectiques profonds (DES pour deep eutectic solvents), sont des mélanges de deux solides à
température ambiante ou d’un solide et d’un liquide à température ambiante, qui conduisent à un
liquide à température ambiante. Ces solvants permettent d’augmenter la solubilité de molécules peu
solubles ou leur stabilité et ont également été décrits comme promoteur d’absorption au niveau de
différentes barrières biologiques comme la barrière cutanée ou la barrière intestinale. A ce jour, peu
de données sont disponibles dans la littérature concernant les effets des DES in vivo après
administration orale. Le projet du stage consiste à évaluer les effets des différents DES retenus à dose
sub-toxique chez la souris. Après administration par voie orale des DES chez la souris, les différents
tissus ainsi que le microbiote intestinal seront analysés par différentes techniques parmi lesquelles
l’histologie et la PCR quantitative. Les résultats combinés permettront de choisir les meilleures
formulations à la fois en termes de toxicité mais également en termes de moindres effets sur le
microbiote intestinal et les différents organes du tractus gastro-intestinal.

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 2

 MASTER 2
« Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique »
Fiche de proposition de sujet de stage pour l’année 2021-2022
(Remplir les champs grisés puis retourner la fiche à geraldine.schlecht-louf@universite-paris-saclay.fr
et nathalie.chaput@universite-paris-saclay.fr)

I. Laboratoires d’accueil
Intitulé et n° : Inflammation, Microbiome et Immunosurveillance, UMR INSERM 996

Adresse complète : Université Paris-Saclay, Faculté de Pharmacie, Bâtiment Henri Moissan, 17

avenue des Sciences, 91400 ORSAY

Thématique de recherche : Maladies nutritionnelles du foie et microbiote intestinal

Ecole doctorale de rattachement : ED ITFA 569 (Innovation Thérapeutique : du Fondamental à

l'Appliqué)

Responsable de l’équipe : CASSARD Anne-Marie

N° de téléphone : 06 68 13 66 29

Adresse électronique : cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr

II. Sujet proposé pour un stage de M2 (6 mois)

Nom de l’encadrant : CASSARD Anne-Marie

N° de téléphone : 06 68 13 66 29

Adresse électronique : cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr

Titre : Effet protecteur de la pectine dans la NAFLD- le rôle du microbiote intestinal et de ses
métabolites

Mots clefs : foie, microbiote intestinal, NAFLD, pectine, fibres, métabolites

Résumé (en quelques lignes) :

Les maladies nutritionnelles du foie dont la NAFLD/MAFLD (Stéatose hépatique d'origine métabolique)
présente une susceptibilité individuelle dans laquelle il est désormais prouvé que les bactéries du
microbiote intestinal jouent un rôle. Nous avons montré que la pectine, une fibre alimentaire soluble,
prévient l’apparition des lésions dans un modèle murin d’obésité induite par un régime enrichi en
graisses, en sucre et en cholestérol. La pectine, modifie la composition bactérienne du microbiote
intestinal mais également les métabolites qu’il produit. Si la pectine module le pool des acides biliaires
et la production des acides gras à chaine courte, nous avons montré qu’elle modifie également la
production d’indoles dont certains sont des agonistes du récepteur aux hydrocarbures aromatiques
(AhR). La production de ces indoles dans la maladie nutritionnelle du foie due à l’excès d’alcool qui

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 1

partage un spectre de lésions hépatiques avec la MAFLD peut également être induite par un
enrichissement du régime en tryptophane. Notre projet consiste à identifier les mécanismes d’action
de la pectine et du tryptophane, similaires et/ou différents, en termes de lésions intestinale, et
hépatique dans un modèle murin de MAFLD. Dans le cadre de ce projet, l’étudiant suivra
l’expérimentation animale de manière encadrée. Sur les tissus prélevés, il faudra préparer des ARNs
et réaliser des PCR quantitatives, effectuer des marquages de cellules immunitaires à quantifier par
cytométrie en flux, préparer des protéines pour évaluer l’expression de protéines.

Master 2 « Biologie appliquée à l'innovation thérapeutique et diagnostique » 2

 Projet de stage Master 2

Discipline : Immunologie

Durée du stage : 6 mois

Date de début du stage : A partir du 12 janvier 2023

Laboratoire d’accueil : UMR Inserm 1152, site Bichat, UFR de Médecine, Université de Paris

Encadrement : Georges Doumet Helou (georgesdhelou@outlook.com) et Bruno Crestani

(bruno.crestani@aphp.fr)

Contexte scientifique du projet envisagé

La fibrose pulmonaire est une complication commune dans de nombreuses maladies respiratoires aigües
et chroniques, ainsi que dans certaines maladies auto-immunes à expression systémique. Parmi ces
pathologies, la fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est une pneumopathie interstitielle de cause
inconnue constituant la forme la plus sévère et la plus fréquente. Elle est caractérisée par un remodelage
alvéolaire et une accumulation progressive et irréversible d’un tissu cicatriciel fibreux dans l’interstitium
pulmonaire son évolution irréversible. Nous disposons de deux traitements à action anti-fibrosante, le
nintedanib et la pirfenidone, qui réduisent la vitesse de progression de la fibrose, mais n’empêchent pas
sa progression inexorable vers une insuffisance respiratoire fatale1. Ainsi, une meilleure compréhension
des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans l’initiation et la progression de la maladie,
permettrait de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques.

Les mécanismes de la fibrose pulmonaire idiopathique demeurent mal compris. Une dysfonction primaire
des cellules épithéliales alvéolaires liée au vieillissement, à une susceptibilité génétique et à des
agressions environnementales diverses telles que le tabac entrainerait l’activation de voies pro-
fibrosantes aboutissant au recrutement, à la prolifération et à l’activation de cellules mésenchymateuses.
Dans la FPI, l’inflammation n’est pas la cause principale de la maladie, mais il existe une modification
profonde de la nature et de l’état de différenciation des populations cellulaires immunes dans le poumon,
notamment des macrophages. Le rôle respectif des cellules de l’immunité innée et des cellules de
l’immunité adaptative dans l’aggravation de la fibrose est discuté. Cependant, plusieurs études récentes
ont démontré la capacité du système immunitaire à moduler la progression de la fibrose et ce via la
production des cytokines pro- ou anti- fibrosantes et de certains facteurs de croissance. Parmi ces
cytokines clés, nous retrouvons le TGF-β (pour tumor necrosis factor) et la CCL18 qui est toujours associée
à la sévérité de la maladie. En particulier, le TGF-β est un inducteur puissant de la production des
composantes de la matrice extracellulaire par les fibroblastes, notamment le collagène. Les macrophages
alvéolaires constituent la source majeure de TGF-β et de la CCL18 dans les poumons, confirmant que
l’activation de certaines cellules du système immunitaire participe à l’initiation et/ou la perpétuation des
mécanismes de développement de la fibrose pulmonaire. Ainsi, une modulation ciblée des macrophages
pro-fibrosants pourraient provoquer une transition vers un profil anti-fibrosant limitant l’activation des
fibroblastes.

L’hypothèse du projet

L’hypothèse qui sous-tend ce projet de recherche est que la modulation des macrophages dans la FPI
permettrait leur reprogrammation vers une activité anti-fibrosante.

Rationnel scientifique du projet

Le système immunitaire dispose d’une variété de récepteurs co-stimulateurs et inhibiteurs qui participent
à la régulation de la réponse immunitaire et maintiennent l’intégrité du système immunitaire. Les
traitements visant certains récepteurs immunitaires ont révolutionné l’immunothérapie anti-cancéreuse
et confirmé la possibilité d’utiliser le système immunitaire pour contrôler une maladie néo-proliférative.
LAIR-1 (pour Leukocyte associated immunoglobulin like receptor 1) est un récepteur immunitaire connu
pour ses fonctions inhibitrices. Différentes cellules immunitaires, telles que les cellules dendritiques, les
macrophages, les neutrophiles et les lymphocytes B et T, peuvent exprimer LAIR-1 en fonction de leur état
d’activation2–6. Il a été montré que le collagène est un ligand physiologique de LAIR-1, et que cette
interaction est due à une forte affinité entre le domaine membranaire du récepteur et une séquence
conservée et répétitive du collagène. En outre, le collagène pourrait induire et maintenir l’expression de
LAIR-1 dans certains contextes inflammatoires associés à un important remodelage tissulaire7–9. Malgré
un rationnel scientifique pertinent, aucune étude n’a évalué l’implication de LAIR-1 dans la FPI,
notamment dans l’activation des macrophages alvéolaires connus pour leur activité pro-fibrosante dans
ce contexte pathologique. Ainsi nous proposons dans ce projet l’étude de l’expression de LAIR-1 sur les
macrophages pulmonaires dans la FPI et d’évaluer son implication dans la réponse pro-fibrosante.
Objectifs du projet

Caractériser l’expression de LAIR-1 dans la FPI et étudier in vitro l’effet de la modulation de LAIR-1 sur
l’activité fibrosante des macrophages pulmonaires.

Etat de l’art lié à la question scientifique

Une étude récente a montré que LAIR-1 est induit et impliqué dans la régulation de la réponse immunitaire
dans l’asthme allergique10. Cela suggère un potentiel rôle pour LAIR-1 dans la régulation des acteurs
immunitaires pulmonaires dans d’autres contextes pathologiques. En parallèle, une autre étude récente
a montré la capacité de LAIR-1 à réguler les fonctions des monocytes et des cellules dendritiques
humaines en réponse aux lipopolysaccharides bactériens et à l’interféron-alpha. En particulier, le
traitement de ces cellules avec un agoniste LAIR-1 commercial induit une diminution significative dans la
production des cytokines comme les interleukines 6 et 8, ainsi que le TNF-α (pour tumor necrosis factor)11.
Cependant, aucune étude n’a évalué l’expression de LAIR-1 dans les macrophages pulmonaires issus des
patients FPI, ni investigué l’effet de la modulation de LAIR-1 sur l’activité pro-fibrosante de ces
macrophages.

Résultats préliminaires

Pour commencer notre projet sur des bases solides, nous avons exploré en premier l’expression
transcriptionnelle du gène codant pour LAIR-1 dans les macrophages pulmonaires. En se servant des bases
de données transcriptionnelles librement accessibles, nous avons re-analysé une étude de single cell RNA
sequencing comparant des cellules pulmonaires issues des patients FPI versus des donneurs sains. D’une
façon intéressante, nos analyses montrent que le gène LAIR-1 est principalement exprimé dans les
différentes sous-populations macrophagiques. En outre, l’expression de LAIR-1 est induite dans les
macrophages issues des patients FPI en comparaison avec ceux issus des donneurs sains. Ainsi, LAIR-1
pourrait jouer un rôle dans la modulation de l’activation des macrophages dans la FPI.

Procédure expérimentale

Le projet repose sur trois approches principales : transcriptionnelle, traductionnelle puis fonctionnelle.

a) En premier lieu, l’étudiant(e) exploitera les données transcriptionnelles issues des publications
récentes portant sur la FPI, afin de consolider nos résultats préliminaires et de confirmer
l’expression du gène LAIR1 dans les différentes sous-populations de macrophages pulmonaires.
 Différentes ressources bio-informatiques seront mises à la disposition de l’étudiant(e) pour
accomplir cette tâche.
b) Ensuite, l’étudiant(e) procédera à une validation des résultats à l’échelle traductionnelle. Il sera
primordial d’évaluer par cytométrie en flux puis de comparer le niveau d’expression de LAIR-1 sur
les macrophages alvéolaires des patients FPI en comparaison avec des donneurs sains. Pour ce
faire, nous avons accès au recrutement des patients du centre de référence des maladies
pulmonaires rares de l’adulte de l’hôpital Bichat (coordonné par le Prof Bruno Crestani). En cas
d’imprévu, nous pourrons se contenter de l’étude de l’expression de LAIR-1 dans un modèle murin
de FPI induit par la bléomycine. Le laboratoire d’accueil possède l’expertise des modèles
expérimentaux comme démontré dans ses publications.
De même, LAIR-1 sera identifié dans les biopsies pulmonaires par les marquages d’immuno-
histologie. En particulier, nous chercherons une colocalisation entre LAIR-1 et les marqueurs des
macrophages pulmonaires (notamment CD68 et CD163). Le laboratoire d’accueil possède une bio-
banque provenant de patients atteints de fibroses pulmonaires (FPI notamment) et de contrôles
qui pourra être utilisée pour étudier l’expression de LAIR-1 dans les biopsies pulmonaires.
c) Des tests fonctionnels in vitro suivront afin d’étudier l’effet de l’inhibition/activation de LAIR-1
(médiées par des anticorps commerciaux disponibles sur le marché) sur l’activité pro-fibrosante
des macrophages alvéolaires issus des patients FPI et mis en culture selon un protocole publié12 .
Afin de comprendre les mécanismes d’action, nous évaluerons les effets de la modulation de LAIR-
1 selon l’expression des médiateurs pro-/anti-fibrosants. Parmi ces médiateurs, nous étudierons
par RT-qPCR l’expression des gènes codant pour le TGF-β, COL1A1, ELN, CCL18, LAIR-1 et ACTA2.
Puis par ELISA, nous quantifierons la production de TGF-β et de la CCL18 en culture.

Indicateurs de suivi du déroulement du projet

L’étudiant(e) sera encadré au quotidien et aura des réunions hebdomadaires avec son encadrant pour
discuter les résultats obtenus et planifier les prochaines expériences.
Bibliographie

1. Lederer, D. J. & Martinez, F. J. Idiopathic Pulmonary Fibrosis. New England Journal of Medicine 378,
1811–1823 (2018).
2. Meyaard, L. et al. LAIR-1, a Novel Inhibitory Receptor Expressed on Human Mononuclear Leukocytes.
Immunity 7, 283–290 (1997).
3. Jansen, C. A. et al. Regulated expression of the inhibitory receptor LAIR-1 on human peripheral T cells
during T cell activation and differentiation. European Journal of Immunology 37, 914–924 (2007).
4. Vries, A.-R. V. der V. de, Clevers, H., Logtenberg, T. & Meyaard, L. Leukocyte-associated
immunoglobulin-like receptor-1 (LAIR-1) is differentially expressed during human B cell
differentiation and inhibits B cell receptor-mediated signaling. European Journal of Immunology 29,
3160–3167 (1999).
5. Verbrugge, A., Ruiter, T. de, Geest, C., Coffer, P. J. & Meyaard, L. Differential expression of leukocyte-
associated Ig-like receptor-1 during neutrophil differentiation and activation. Journal of Leukocyte
Biology 79, 828–836 (2006).
6. Bonaccorsi, I. et al. The Immune Inhibitory Receptor LAIR-1 Is Highly Expressed by Plasmacytoid
Dendritic Cells and Acts Complementary with NKp44 to Control IFNα Production. PLOS ONE 5, e15080
(2010).
7. Lebbink, R. J. et al. Collagens are functional, high affinity ligands for the inhibitory immune receptor
LAIR-1. J Exp Med 203, 1419–1425 (2006).
8. Tang, X. et al. A single residue, arginine 65, is critical for the functional interaction of leukocyte-
associated inhibitory receptor-1 with collagens. J Immunol 182, 5446–5452 (2009).
9. Kim, S. et al. The Role of Leukocyte Associated Immunoglobulin-Like Receptor-1 (LAIR-1) in
Suppressing Collagen-Induced Arthritis. J Immunol 199, 2692–2700 (2017).
10. Helou, D. G. et al. LAIR-1 acts as an immune checkpoint on activated ILC2s and regulates the induction
of airway hyperreactivity. Journal of Allergy and Clinical Immunology (2021)
doi:10.1016/j.jaci.2021.05.042.
11. Carvalheiro, T. et al. Leukocyte Associated Immunoglobulin Like Receptor 1 Regulation and Function
on Monocytes and Dendritic Cells During Inflammation. Front. Immunol. 11, (2020).
12. Nayak, D. K., Mendez, O., Bowen, S. & Mohanakumar, T. Isolation and In Vitro Culture of Murine and
Human Alveolar Macrophages. J Vis Exp (2018) doi:10.3791/57287.
 Sujet Master 2-LI2A

Dans le contexte de la transition alimentaire, des sources protéiques alternatives aux protéines
animales sont activement recherchées. Il est alors nécessaire d’évaluer le potentiel risque
allergénique de ces nouvelles sources de protéines, en particulier le risque de réactivité croisée qui
touche les individus déjà allergiques à certains aliments.

Au sein de l’UMR MTS et de l’équipe INRAE d’Immuno-Allergie Alimentaire situé au CEA de Saclay,
nous proposons un sujet de Master 2 portant sur le développement de tests de détection des
immunoglobulines (IgE) spécifiques à plusieurs sources alimentaires (multiplexage) afin de
l’appliquer à la caractérisation du risque allergénique de ces « nouveaux » aliments/ingrédients.

Dans le cadre du stage proposé, l’étudiant aura accès à notre riche plateau technique et mettra en
œuvre des techniques de biochimie des protéines (extraction protéique, purification HPLC/IEC,
analyse SDS-PAGE, marquage et couplage des protéines), des tests ELISA ou des tests utilisant la
technologie xMap Luminex et enfin un modèle in vitro de dégranulation de mastocytes.

Ce projet préliminaire est inclus dans un vaste projet Européen et le stage pourra se poursuivre par
une thèse qui inclura le développement de modèles in vitro (modèles cellulaires de la barrière
intestinale, immunophénotypage par cytométrie en flux, …) pour l’évaluation du potentiel de
sensibilisation allergique des nouvelles sources alimentaires.

Contact : stephane.hazebrouck@cea.fr

https://joliot.cea.fr/drf/joliot/Pages/Entites_de_recherche/medicaments_technologies_sante/SPI/ui
aa.aspx