Master de Protéomique & Master Physico-Chimie du Vivant

MODULE PCV4
EPREUVE DE SPECTROMETRIE DE MASSE
Durée de l’épreuve 1H30
ANNEE UNIVERSITAIRE 2008-2009 Vendredi 23 janvier 2009

CORRIGE

I : Question de cours (4 points)

Voir cours pour les détails.

En ionisation chimique, les ions sont formés par transfert de proton entre un gaz réactif protoné et
l’analyte, suivant la réaction

M + GH+ Æ MH+ + G

La réaction se produit si la réaction est favorable thermodynamiquement, soit si l’AP (affinité

protonique) de M est supérieur à celle de G.
La source CI est similaire à la source EI mais incluse dans une enceinte permettant de maintenir une
pression définie. Le gaz réactif protoné est préparé par EI suivant le schéma
.
G + é Æ G+

. .
G+ + G Æ GH+ + G
Ainsi que d’autres réactions en cascades.

II : PROBLEME : Détermination de masse : cas d’un polymère (7 points)

Kéki S., Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 675

Les polymères sont de structures x-[A]n-Y ou A est le motif de répétition et X, Y les

terminaisons. Le polymère se constitue d’une distribution d’oligomères avec n variant.

Le polymère est analysé en MALDI la distribution observée correspond à la

distribution des espèces pour n motifs de répétition variant, il ne s’agit pas de chercher des
états de charge !!!

1-Il faut remarquer sur la figure 1 que les distributions isotopiques présentent un troisième
isotope particulièrement abondant. Pour la figure 1a ce troisième isotope est d’abondance quasi
égale à celle du 1er. Il est d’ores et déjà possible d’éliminer Co qui n’a qu’un seul isotope et ne
pourrait donner une telle contribution. De plus le seul métal présentant deux isotopes espacés de 2
et d’intensité égale est l’Ag. Donc pour la figure 1a le cation X utilisé pour la cationisation est l’Ag.
L’écart de masse entre les deux oligomères n=2 pour le cation X et Y est de (en prenant le pic
monoisotopique) :

ΔM= 373,10-329,13=43,97
Or Mmono (Ag)= 106,9

1
 Donc Mmono(cationY)=Mmono (Ag)-Δm=106,9-43,97

Mmono(cationY)=62,93

D’après la table 1, le cation Y est donc Cu

Cation X=Ag et cation Y=Cu

2-
Détermination du motif de répétition :

M/z(oligomère n)= [n.M(A)]+ M(X) + M(Y) + M(Ag) pour la figure 2a

Ou [n.M(A)]+ M(X) + M(Y) + M(Cu) pour la figure 2b

M/z(oligomère n)= [n.M(A)]+ M(X) + M(Y) + M(Ag)

M/z(oligomère n+1)= [(n+1).M(A)]+ M(X) + M(Y) + M(Ag)

Donc M/z(oligomère n)-M/z(oligomère n+1)=[n.M(A)]-[(n+1).M(A)]=M(A)

Donc la différence de M/z entre deux pics consécutifs de la distribution permet de déterminer
la masse du motif de répétition A.

Cas de Ag :
En prenant le couple, m/z 2350,29 / 2246,26
ΔM= 104,03

Détermination de la masse du motif de répétition :

Cas de Ag :
D’après la Figure 1a, on sait que n=2 et M/z(n=2)=373,10= (2.104,03)+ M(X) + M(Y) +106,9
Donc M(X)+M(Y)=373,10-(2.104,03)-106,9
M(X)+M(Y)=58,14
Il est possible de faire le même calcule en partant de la Figure 1b et en prenant le cuivre.

3-
Identification des extrémités du polymère :
Il est précisé que le polystyrène ne comporte pas d’hétéroatome donc il est possible d’écarter la
formule N°2 C3H7 / OH

Il reste donc,
Formule N°1, H / H soit M=2 (en masse nominale)
Formule N°3, C4H9 / H soit M=58 (en masse nominale)
Formule N°4, C3H7 / C2H5 soit M=72 (en masse nominale)

Seule la formule N°3 correspond à la masse déterminée

Donc les extrémités du polymère sont C4H9 / H

2
Attribution des espèces :
Cas de Ag (Figure 2a) :
M/z n Espèce
1413,74 12 [M(n=12)+Ag]+
1517,80 13 [M(n=13)+Ag]+
1621,86 14 [M(n=14)+Ag]+
1725,92 15 [M(n=15)+Ag]+
1829,99 16 [M(n=16)+Ag]+
1934,05 17 [M(n=17)+Ag]+
2038,11 18 [M(n=18)+Ag]+
2142,17 19 [M(n=19)+Ag]+
2246,24 20 [M(n=20)+Ag]+
2350,30 21 [M(n=21)+Ag]+
2454,36 22 [M(n=22)+Ag]+
2558,42 23 [M(n=23)+Ag]+
2662,49 24 [M(n=24)+Ag]+
2766,55 25 [M(n=25)+Ag]+
2870,61 26 [M(n=26)+Ag]+
2974,67 27 [M(n=27)+Ag]+
3078,74 28 [M(n=28)+Ag]+
3182,80 29 [M(n=29)+Ag]+
3286,86 30 [M(n=30)+Ag]+
3390,92 31 [M(n=31)+Ag]+
3494,98 32 [M(n=32)+Ag]+

Cas de Cu (Figure 2b) :

M/z n Espèce
1473,83 13 [M(n=13)+Cu]+
1577,89 14 [M(n=14)+Cu]+
1681,95 15 [M(n=15)+Cu]+
1786,02 16 [M(n=16)+Cu]+
1890,08 17 [M(n=17)+Cu]+
1994,14 18 [M(n=18)+Cu]+
2098,20 19 [M(n=19)+Cu]+
2202,27 20 [M(n=20)+Cu]+
2306,33 21 [M(n=21)+Cu]+
2410,39 22 [M(n=22)+Cu]+
2514,45 23 [M(n=23)+Cu]+
2618,52 24 [M(n=24)+Cu]+
2722,58 25 [M(n=25)+Cu]+
2826,64 26 [M(n=26)+Cu]+
2930,70 27 [M(n=27)+Cu]+
3034,77 28 [M(n=28)+Cu]+
3138,83 29 [M(n=29)+Cu]+
3242,89 30 [M(n=30)+Cu]+

Détermination de la masse moyenne de la distribution :

La masse moyenne de la distribution correspond au maximum de la distribution du polymère donc
se situe à M/z 2246,22, soit pour n=20

3
III : PROBLEME : Détermination de la séquence d’un peptide (9 points)
Peng I. X. et coll, Anal. Chem. 2008, 80, 6995

Peptide de 15 AA étudié en ELDI i.e. formation d’ions multichargées comme en ESI.

1-Détermination de la masse du peptide et attribution des pics

Pour deux ions d’états de charge n et n+1 dont les m/z mesurés expérimentalement sont notés
respectivement M1 et M2, n peut être déterminé par
M2 −1
n=
M1 − M 2

En prenant le couple 788,3 / 671,96 serait obtenu

671,96 − 1
Alors n= = 5,77
788,3 − 671,96

En prenant le couple 1007,44 / 788,3 serait obtenu

788,3 − 1
Alors n= = 3,59
1007,44 − 788,3

En prenant le couple 1007,44 / 671,96 serait obtenu

671,96 − 1
Alors n= =2
1007,44 − 671,96

Seul le dernier cas de figure donne un nombre entier, donc

m/z 671,96 correspond à z=3 i.e. [M+3H]3+
m/z 1007,44correspond à z=2 i.e. [M+2H]2+
La masse du peptide est donc de
M mono = (m / z mono ⋅ n) − (n ⋅ M ( H ) ) = (671,96 ⋅ 2 ) − (2 ⋅ 1,007825)

M mono = 2012,86

ou
M mono = (m / z mono ⋅ n) − (n ⋅ M ( H ) ) = (1007,44 ⋅ 2) − (2 ⋅ 1,007825)

M mono = 2012,86

Le pic à m/z 788,3 ne correspond pas au peptide

Le pic à m/z 1018,44 est distant de ΔM=1018,44-1007,44=11

Soit pour z=2, M(P)=2012,86=(1018,44x2)-M(X)
D’où M(X) vaut 24. Soit pour apporter 2 charges 1H+ et 1 Na+

Donc m/z 1018,44 correspond à z=2 i.e. [M+H+Na]2+

2- Détermination des AA manquants

Ions immoniums:

4
m/z 76 donc C 1 fois
m/z 159 donc W 1 fois
m/z 120 donc F 3 fois

H mobiles
Acide aminé avec 5 H mobiles donc R 2 fois
Acide aminé avec 1 H mobile et un ion isobare donc L 1 fois

En récapitulant dans un tableau

A 71,037 1
R 156,101 2
D 115,027 1
C 103,009 1
E 129,042 2
L 113,084 1
F 147,068 3
T 101,048 1
W 186,079 1
OH2 18,01 1
=1718,78

Donc par différence avec M(P) il reste ΔM=2012,86-1718,78=294,08

Soit Méthionine (M) et Tyrosine (Y)

3- Attribution des séries

CID : classiquement en CID basse énergie, les séries les plus fréquentes et abondantes sont les bi+
et les yi+, qui sont deux séries d’ions fragments complémentaires.
ETD : les ions observés sont des séries complémentaires mais moins classiques i.e. les séries ci+ et
zi+.

Série 1 : m/z 182,08

S’il s’agit d’un ion y alors M/z(y1+)=182,08=M(AA15)+M(OH)+M(2H)=M(AA15)+19
Soit M(AA15)=182,08-19=163,08 donc Y
S’il s’agit d’un b, alors M/z(b1+)=182,08=M(AA1)+M(H)=M(AA1)+1
Soit M(AA1)=182,08-1=181,08 impossibilité (pas d’AA pour cette masse)

Donc ma série 1 est la série y et la série2 sa complémentaire donc la série b.

Le dernier AA du peptide est un Y

Série 2 (série b) : 148,08

M/z(b1+)=148,08=M(AA1)+M(H)=M(AA1)+1
Donc M(AA1)=148,08-1=147,08 soit F

Le 1er AA du peptide est donc un F

Série 3 :
Les ions fragments de la série 3 présentent un espacement de 0,495 entre les pics du massif
isotopique. Donc il s’agit d’ions fragments doublement chargés.

5
 Série 4 :
Les ions fragments de la série 3 présentent un espacement de 0,328 entre les pics du massif
isotopique. Donc il s’agit d’ions fragments triplement chargés.

I (u.a.) 671,96 1007,44 2013,88

3+ 2+ 1+
F3+
F2+ F1+

F2+
F3+ F2+ F1+

F1+ f1+ F1+

F3+

M/z

Les ions fragments doublement chargés (série 3) ne peuvent être observé à un m/z supérieur
au m/z de l’ion parent doublement chargé soit 1007,44.
Les ions fragments trois fois chargés (série 4) ne peuvent être observés au-delà du m/z de l’ion
parent trois fois chargé i.e. 671,96
Ce qui explique que la série 3 est observé jusqu’à m/z 1000 alors que la série 4 ne présente pas
d’ions au-delà de m/z 660.

4- Séquence du peptide :
CID : série 1= série y

131,04 186,08 115,03 129,04 156,1

M W D E R
1149,54 1280,58 1466,66 1581,69 1710,73 1866,83
147,03
F
D’où la séquence partielle 2013,86
FREDWM_ _ _ _ _ _ _ _Y [M+H]+

CID : série 2= série b

115,03 186,08 131,04 103,1 113,08
D W M C L
433,22 548,25 734,33 865,37 968,38 1081,46

3AA ?

148,08
F

D’où la séquence partielle

F_ _ _ DWMCL_ _ _ _ _ Y

6
Soit pour le CID
FREDWMCL _ _ _ _ _ _Y

ETD : série 5
129,05 115,02 186,08 ?? 156,1 101,05
E D W ?? R T
321,2 450,25 565,27 751,35 1592,7 1748,8 1849,84

D’où la séquence partielle

_REDWM _ _ _ _ _ _RT_

ETD : série 5
156,1 129,04 147,07 147,07 71,03 113,09
R E F F A L
264,09 420,19 549,23 696,30 843,37 914,4 1027,49

D’où la séquence partielle

_ _ _ _ _ _ _ LAFFER_ _

Soit pour l’ETD

_REDWMCL _ _ _ _ RT_

En réunissant les séquences partielles CID et ETD, il est possible d’obtenir la séquence peptidique
complète
FREDWMCLAFFERTY

Le peptide obtenu correspond au nom d’une personne éminente du domaine de la MS, connu pour
avoir proposé un mécanisme de fragmentation en phase gazeuse connu, le réarrangement de
McLafferty.