Classification des enzymes

Classification par lUnion Internationale de Biochimie (1961) Base sur le type de raction catalyse et le type de substrat 6 classes Identification des enzymes par 4 chiffres prcds de EC
Enzyme Commission Classe (parmi les 6) Sous-classe : type de fonction chimique du substrat participant la raction

EC. a.b.c.d.
N dordre de lenzyme Type de raction : nature de laccepteur

Classification des enzymes (exemple)

EC 1.1.1.1 alcool dshydrognase (nom usuel)

oxydo-rductase (classe 1)

dshydrognase thanol (type de raction) nature du = fonction du substrat substrat transform

ndordre dans la sousclasse prcdente

6 classes

sous-classes

EC 1.1.1.1 EC 1.1.1.2

NAD+ NADP+

thanol NAD(P)+ CH3-CH2-OH

actaldhyde NAD(P)H,H+ CH3-CHO

Nomenclature des enzymes Nomenclature internationale officielle (EC) Mais : Plusieurs dnominations possibles : Fonction de la nature des partenaires de la raction. Exemple : la L-lactate : NAD oxydo-rductase qui est lquivalent de la Lactate-dshydrognase ou LDH. Utilisation de la dnomination simplifie : lactate dshydrognase. Cette dnomination ne sapplique pas pour certaines enzymes comme la trypsine, la chymotrypsine

Les six classes denzymes

Les six classes denzymes

EC 1. Les oxydo-rductases Dfinition : Ce sont des enzymes qui catalysent des ractions doxydation ou de rduction Existence de plusieurs sous-groupes (dshydrognase, oxydase, peroxydase, hydroxylase et catalase)

Les six classes denzymes

EC 1. Les oxydo-rductases Dshydrognases - Elles catalysent la transformation dune simple liaison en double liaison en permettant le transfert dhydrogne dun substrat sur un coenzyme - Exemple des dshydrognases NAD+ qui catalysent loxydation des fonctions
alcool en fonction ctone (ex: LDH, malate dshydrognase)

Les six classes denzymes

EC 1. Les oxydo-rductases Oxydases - Ces enzymes catalysent le transfert des lectrons sur loxygne ou encore laddition de loxygne.
-Exemple : la cytochrome c-oxydase de la chane respiratoire qui par oxydation du cytochrome c va rduire le dioxygne en eau.

Les six classes denzymes

EC 2. Les transfrases Dfinition : enzymes qui catalysent le transfert dun groupement X (autre que H) dun substrat A sur un substrat B : AX + B A + BX Exemples :
- transfert dun groupement monocarbon : mthyltransfrase - transfert dun groupement phosphate : phosphoryltransfrase (NB : lorsquil sagit du transfert dune liaison riche en nergie de lATP un compos pauvre en nergie on parle alors de kinase) - Transamination et dsamination : aminotranfrase

Les six classes denzymes

EC 3. Les hydrolases Dfinition : enzymes qui catalysent lhydrolyse (attaque par une molcule dH2O et addition de celle-ci) de diffrentes liaisons chimiques Exemples : - les phosphatases - les peptidases (ex: carboxypeptidases, aminopeptidases), les protinases (ex : pepsine, trypsine..) -

Les six classes denzymes

EC 4. Les lyases ( synthases ) Dfinition : Ce sont des enzymes qui catalysent le dpart de certains groupements par dautres mcanismes que lhydrolyse, ou la formation de nouvelles liaisons chimiques indpendamment de lhydrolyse de lATP Exemple : les dcarboxylases catalysent llimination du groupement carboxyle sous forme de CO2, avec le phosphate de pyridoxal (vitamine B6) comme coenzyme.

Les six classes denzymes

EC 5. Les isomrases Dfinition : Les isomrases ou mutases catalysent le transfert datomes ou de groupements au sein dune mme molcule. Exemples :
-phosphotriose isomrase qui catalyse linterconversion entre le phosphodihydroxyactone et le glycraldhyde-3-phosphate - la phosphohexose isomrase catalyse linterconversion entre le glucose-6-phosphate et le fructose-6-phosphate

l H du C2 est transfr vers le C1

pyrannose

furannose

Les six classes denzymes

EC 6. Les ligases ( synthtases ) Dfinition : enzymes qui catalysent la liaison entre deux substrats, au dtriment de lhydrolyse dune molcule dATP synthse dune liaison : C-O : Ex. aminoacyl-ARNt synthtases C-S : Ex. actyl-CoA-synthtase C-N : amide synthtase (Ex. glutamine synthtase) C-C : carboxylase biotine
ex.: pyruvate carboxylase qui catalyse la formation doxalo-actate partir du pyruvate + CO2 + ATP

Enzymes, co-facteurs, coenzymes

Le site actif peut contenir des composs organiques (vitamines = cofacteurs) et inorganiques (Fe2+, Mn2+, Mg2+) essentiels lactivit catalytique Dfinitions : - apoenzyme : partie protique enzyme - cofacteur ou coenzyme : partie non-protique de lenzyme - holoenzyme = apoenzyme+cofacteur

Enzymes, co-facteurs, coenzymes

Dfinitions coenzymes :

1. Co-substrat : coenzyme libre, ou interaction avec enzyme par liaisons faibles, interviennent dans 2 ractions. Enzyme 1 A-X
Co-sub Co-sub-X

Enzyme 2 B 2. Coenzyme : coenzyme li lapoenzyme par liaisons covalentes ou faibles. Ex : groupement prosthtique (molcule organique non protique, ex : lhme)
A-X

B-X

Enz Co-enz Enz Co-enz-X

A B

B-X

Enzymes, co-facteurs, coenzymes

Les coenzymes Dfinition : molcules organiques qui sont indispensables la raction en permettant soit le transport dun groupement du substrat, soit en participant la structure de lenzyme ou directement la raction de catalyse. Le coenzyme nest pas consomm lors de la raction Les coenzymes drivent en gnral de vitamines et sont donc apports par lalimentation

Coenzymes

Classification en deux groupes 1. Coenzymes doxydo-rduction (interviennent dans transfert dlectrons et H+)

2. Coenzymes de transfert de groupements datomes

Coenzymes Coenzymes doxydo-rduction

Coenzymes pyridiniques : nicotinamide adnine dinuclotide (phosphate) NAD+ et NADP+ Acceptent 2 lectrons et 1 H+

NADH,H+ et NADPH,H+ Coenzymes de nombreuses dshydrognases

Prcurseur = vitamine PP ou niacine)

Coenzymes Coenzymes doxydo-rduction Coenzymes flaviniques (flavine adnine dinuclotide ou flavine mononuclotide) FAD et FMN Acceptent 2 lectrons et 2 H+ FADH2 et FMNH2 Coenzymes de nombreuses dshydrognases

Prcurseur = vitamine B2 ou riboflavine)

Coenzymes Coenzymes doxydo-rduction

Coenzyme lipoque : Partie active : pont S-S Groupement prosthtique : fixation sur lenzyme par liaison amide Accepte 2 H+ pour passer vers la forme acide dihydrolipoque

Coenzyme des ractions de dcarboxylation des acides- ctoniques (pyruvate et -ctoglutarate dshydrognase)

Coenzymes Coenzymes doxydo-rduction

Coenzymes quinoniques: Ubiquinone ou coenzyme Q : accepte 2 H+ (rle dans la chane respiratoire) Vitamines K
Ex. : raction de carboxylation de rsidus dacide glutamique en acide gamma-carboxyglutamique (protines de coagulation)

Vitamine K1

Coenzymes Coenzymes doxydo-rduction

Coenzymes hminiques: Hme = noyau ttrapyrrolyque avec centre atome de Fer Rle : transport dun lectron (ferrique ferreux) Groupement prosthtique de nombreuses enzymes (cytochromes)

Coenzymes Coenzymes de transfert de groupes datomes

Thiamine ou vitamine B1: Hydrosoluble Active sous forme thiamine pyrophosphate (TPP) Partie active : C2 du noyau thiazole Transport de groupement aldhyde activ partir dacide -ctonique Ractions de dcarboxylation (pyruvate et -ctoglutarate dshydrognase) et transctolisation (voie des pentoses)

Coenzymes Coenzymes de transfert de groupes datomes

Biotine ou vitamine H ou B8: Hydrosoluble Fix par liaison amide sur lenzyme Coenzyme de carboxylation par fixation sur fonction NH du noyau imidazole (ex : pyruvate carboxylase) en prsence dATP

Coenzymes

Coenzymes de transfert de groupes datomes Vitamine B6 : Phosphate de pyridoxal Partie active : carbone aldhydique Groupement prosthtique fix lenzyme par une base de Schiff Coenzyme du mtabolisme des acides amins : transamination, dcarboxylation, dsamination non oxydative

Coenzymes Coenzymes de transfert de groupes datomes Vitamine B3 ou acide pantothnique : Coenzyme A (CoA) form de : acide pantothnique, cystamine, 3-phospho AMP. Partie active : groupement sulfhydryle (SH) formation de liaisons riche en nergie (thioester)

Transport les groupements acyles (dont actyle)

Coenzymes Coenzymes de transfert de groupes datomes Vitamine B9 ou folates: Acide ttrahydrofolique (THF) form de ptridine, p-aminobenzoate et glutamate Partie active : N5-ptridine et NH-p-aminobenzoate Transfert de groupements carbons (CH3, CH2, CHO)

Acide folique

Coenzymes Coenzymes de transfert de groupes datomes

Vitamine B12 ou cobalamines: Structures complexes avec noyau ttrapyrrole contenant du cobalt, combin un pseudo-nuclotide Partie active = cobalt Impliqu dans des ractions de transmthylation homocystine en mthionine propionate en succinyl~CoA rgnration du THF partir du dihydrofolate

Carences en vitamines et pathologies

POINTS A RETENIR..

Notions sur les enzymes : catalyse, site actif, spcificit, nergie dactivation, facteurs de modulation Classification en 6 groupes Coenzymes Dfinitions et calculs des vitesses Relation de Michaelis-Menten, signification Vmax et Km, leurs calculs Inhibition comptitive et non-comptitive Lallostrie : grands principes