Enzymologie

Pr. M. Choukri

Introduction
• La vie de tout organisme nécessite un très grand nombre de réactions
enzymatiques.
• La présence des enzymes est indispensable: les réactions nécessaires à
la vie de l’organisme ne peuvent se produire spontanément à une vitesse
suffisante. Cependant, elles sont toutes accélérées par des catalyseurs
naturels dans des conditions physiologiques.
• Exemple:
- Réaction de décarboxylation de l’acide pyruvique.
- Enzyme: Pyruvate décarboxylase
- Cette réaction in vitro nécessite un chauffage de 170°C
- In vivo, elle se fait à 37°C.
- Donc l’enzyme est un catalyseur biologique qui accélère la réaction
chimique en diminuant le potentiel énergétique nécessaire à la réaction.

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 Réaction Demi-vie non catalysée Demi-vie catalysée Facteur accélération

Orotidine 5’
-Monophosphaste (OMP) 78 millions années 18 msec 1.4*1017
décarboxylase

Nucléase staphylocoques 130 000 ans 7 msec 5.6*1014

AMP nucléotidase 69 000 ans 11 msec 6.0*1012

Carboxypeptidase A 7.3 ans 1 msec 1.9*1011

Cétostéroide isomérase 7 semaines 10 µsec 3.9*1011

Triose phosphate isomérase 1.9 jours 0.16 msec 1.0*109

Anhydrase carbonique 5 secondes 0.69 µsec 7.7*106

Définitions (1)
• Catalyseur: Substance qui agit à faible quantité sans subir de
modifications.
• Enzyme: Catalyseur biologique de nature protéique qui agit de façon
spécifique en formant un complexe enzyme-substrat.
• Substrat: Molécule qui entre dans une réaction enzymatique pour y être
transformée.
• Produit: Molécule qui apparait au cours d’une réaction enzymatique.

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 Définitions (2)
• L’enzyme est régénéré et se trouve impact à la fin de la réaction. Une
enzyme peut être:
• Holoprotéine: Structure uniquement protéique.
Exemple: trypsine, chymotrypsine, ribonucléase.
• Hétéroprotéine+++: L’enzyme comporte 2 parties:
• Apoenzyme: partie protéique de l’enzyme. Elle porte la spécificité et permet
la fixation du substrat et favorise l’action du coenzyme sur le substrat.
• Coenzyme: partie non protéique de l’enzyme. Molécule biologique
intervenant comme cofacteur indispensable de la réaction.

Définitions (3)
• Il y’a 2 types de coenzymes selon le type de liaison entre l’apoenzyme et le
coenzyme:
• Groupement prosthétique: Liaison forte avec l’apoenzyme. Il intervient dans
la réaction de manière catalytique: régénération sans libération (non
dialysable).
• Cosubstrat: Liaison avec l’apoenzyme est faible. Il intervient dans la réaction
de manière stoechiométrique: régénération dans un autre système
enzymatique. Donc elle se fait avec libération (dialysable).

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 Mode d’action (1)
• 3 Modes d’actions:
- Diminution de l’énergie libre d’activation;
- Augmentation de la vitesse de réaction sans modification de l’équilibre
réactionnel;
- Formation du complexe entre l’enzyme et le substrat.

Mode d’action (2)

I. Diminution de l’énergie libre d’activation
A. Notion d’énergie libre G
• Soit un composé ou système chimique donné. On considère que celui-ci
possède une certaine énergie appelée énergie libre (G) qui n’est pas
mesurable.
• La variation de l’énergie libre d’un système est par contre mesurable
(changement d’un système):
∆G = ∆H – T∆S
• ∆G: Variation d’énergie libre
• ∆H: Variation d’enthalpie
• T: Température absolue
• ∆S: Variation d’Entropie

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 Mode d’action (3)
A. Notion d’énergie libre G (suite)
• Soit une réaction chimique générale:
A+B C+D
• ∆G = ∆G0 + RT ln [C] [D] / [A] [B]
• ∆G: Variation d’énergie libre
• ∆G0 : Variation d’énergie libre standard (constante)
• R: Constante des gaz parfaits
• T: Température absolue
• [A], [B], [C] et [D]: Concentrations de A, B, C et D.

Mode d’action (4)

A.Notion d’énergie libre G (suite)
• La réaction chimique est en équilibre:
- [C] [D] / [A] [B] = Kéq
- Pas de variation de G (∆G = 0)
→ ∆G = ∆G0 + RT ln Kéq = 0
- Comme ∆G0 est constante, donc ∆G varie en fonction des concentrations.
• Si ∆G < 0 : la réaction est dite exergonique.
• Si ∆G > 0 : la réaction est dite endergonique.
• Si ∆G = 0 : Equilibre réactionnel.
De même:
• ∆G0 < 0 : la réaction est exergonique dans les conditions standards.
• ∆G0 > 0 : la réaction est endergonique dans les conditions standards.

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 Mode d’action (5)
B. Energie libre d’activation
• Lorsque la variation de l’énergie libre d’un
système est importante, la réaction se fait
pratiquement d’une façon spontanée.
Exemple:
HCl + NaOH NaCl + H2O + Q
• Dans la plupart des réactions chimiques, ∆G0
est peu importante en valeur absolue, et pour
que la réaction se fasse, il faut un apport
énergétique appelé énergie libre
d’activation qui va amener les molécules
réactionnelles de leur état initial à un état de
transition ou la réaction est spontanée:
liaisons plus fragiles et plus faciles à briser
(haut de la courbe).
• Donc l’enzyme diminue ∆G d’activation
• L’état de transition correspond à la formation
du complexe ES.

Mode d’action (6)

C. Augmentation de la vitesse de
réaction
• L’Enzyme permet d’atteindre l’équilibre
100 %
réactionnel rapidement.
S
• Soit une réaction enzymatique
Sans enzyme
générale: 70 % Enzyme

E+S ES E+P
• A l’équilibre S et P sont présents à des
% bien définis.
• L’enzyme augmente la vitesse de la
réaction sans modification de l’équilibre P
Temps
(mêmes proportions de S et P à la fin
de la réaction que ce soit en présence
ou en absence d’enzyme).

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 Mode d’action (7)
D. Formation du complexe ES
E+S ES E+P

Figure: Le concept clé-serrure proposé par Emil FISCHER

Mode d’action (8)

D. Formation du complexe ES (suite)
E+S ES E+P
1. Mise en évidence du complexe ES
- Cette mise en évidence est pratiquement difficile car le complexe ES est
instable. Cependant, il existe des preuves indirectes:
- Les modifications spectrales de certaines enzymes en présence du substrat
- Mise en évidence des liaisons covalentes
Exemple: base de Schiff : Enz-N=C.
- Radioactivité du substrat: E + S* ES*
- Chromatographie d’exclusion diffusion

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Chromatographie
d’exclusion
diffusion

Mode d’action (9)

D. Formation du complexe ES (suite)
2. Mise en évidence du site actif
a. Structure du site actif:
• Site actif: petit groupe d’acides aminés .
• Exemple: Sérine (-OH), Cystéine (-SH), Lys (-NH2)
• Conformation tridimentionnelle bien définie: structure secondotertiaire du
peptide qui constitue le site actif.
• Le site actif est formé de deux parties:
- Site de fixation qui échange des liaisons faibles avec le S
- Site catalytique au niveau duquel va se faire la réaction biochimique.
• Ces différentes structures sont stabilisées par des liaisons:
- Covalente: forte. Exemple ponts –S-S-
- Hydrogène: acide-alcool; liaisons peptidiques.. Liaisons
- Electrovalente: acide-base faibles
- Van Der Waals: hydrophobe

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 Mode d’action (10)
Rappel
• Les protéines se présentent sous forme de structures différentes:
Primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire
Structure primaire
• Correspond à l’enchainement des Aa dans la protéine

Mode d’action (11)

Rappel
Structure secondaire
• Correspond à la configuration
spatiale de la chaine
polypeptidique (1 er degré
d’enroulement):
Enroulement hélicoïdal:
(hélice α)
• Spires régulières
• Protéines globulaires
Enroulement en feuillets
plissés : (feuillets ß)
• Protéines fibreuses

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 Mode d’action (12)
Rappel
Structure tertiaire
• Conformation spatial tridimensionnelle et repliement des chaines
• Intérêt: rapprochement des Aa éloignés dans la structure primaire (sites
actifs des enzymes).

Mode d’action (13)

Rappel
Structure quaternaire
• Association de plusieurs sous unités
protéiques (monomères ou
protomères).
• Exemple: hémoglobine (4 monomères
2 α et 2 ß).

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