La microbiologie du milieu hydrique

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Sommaire
Quelques notions fondamentales importante de la microbiologie

Importance de ltude approfondie des bactries Les microorganismes du milieu hydrique Le contrle bactriologique obligatoire et indispensable Devenir des bactries du milieu hydrique lors des tapes de traitement Mthodes dtude des bactries
Le prlvement en bactriologie transport et conservation
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Les mthodes en bactriologie de leau

Quelques notions fondamentales importante de la microbiologie

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Quest ce que la microbiologie ?

La microbiologie : Science ayant pour objet ltude des microbes

Microbe ou microorganismes : tous les organismes vivants, de petite dimension, qui ncessite pour leur observation un microscope
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Quest ce que la microbiologie ?

La microbiologie englobe lensemble des disciplines biologiques qui concernent ces micro-organismes, notamment la bactriologie, la virologie et la parasitologie. La microbiologie, qui sest dveloppe avec la microscopie, microscopie tudie non seulement la morphologie des micro-organismes, mais galement leur mode de vie, leur mtabolisme, leur structure molculaire, leurs ventuelles proprits pathognes et leurs caractristiques antigniques

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Naissance et essor de la microbiologie

La naissance de la microbiologie correspond la dcouverte, grce au microscope, de lexistence dune vie minuscule, notamment dans des gouttes deau ou autres surfaces : cest le naturaliste hollandais Antonie Van Leeuwenhoek qui, le premier, en 1683, observe de tels micro-organismes (bactries et protozoaires), quil baptise animalcules .
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Naissance et essor de la microbiologie

Le dveloppement de la microbiologie est tout particulirement stimul par les implications mdicales de la microbiologie. (touche la sant humaine) Ainsi, les travaux des chercheurs permettent de mettre en vidence un certain nombre de micro-organismes pathognes, des bactries, des unicellulaires parasites, etc. De plus, Pasteur, fait admettre un principe capital pour lavancement des recherches : les micro-organismes, comme tous les autres tres vivants, napparaissent pas spontanment, mais partir de germes existants

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Les microorganismes du milieu hydrique

Les eaux des ressources naturelles superficielles ou souterraines ltat naturel (sans traitement) contiennent toutes sortes de microorganismes :

algues microscopiques protozoaires (parasites) champignons bactries virus

Ncessit de les classifier
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Classification simplifie
Animaux

Eucaryotes
Structure complexe et diffrencie

Algues Protozoaires Champignons

Algues bleu vert

Procaryotes
Structure simple et rudimentaire

Bactries Eubactries
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Principales caractristiques des eucaryotes et procaryotes

P ro c a ry o te s B a c t rie s T aille d e la c e llu le G n ra lem e n t 1 o u 2 m d e lo n g A n a ro b ie s o u a ro b ie s Peu ou pas E u c a ry o te s A lg u e s p ro to zo a ire s m y c te s G n ra lem e n t 1 0 o u 1 0 0 m d e lo n g A ro b ie s N o ya u - m ito c h o n d rie s ch lo ro p la ste s A D N tr s lo n g c o n te n a n t d e n o m b re u se s r g io n s n o n co d a n te s A R N syn th tis e t a sse m b l d a n s le cyto p la sm e C y to sq u e le tte com p o s d e filam e n ts p ro teiq u e s P a r m ito se U n ice llula ire, e t p lu ric ellulaire

M ta b o lis m e O rg a n ite s

ADN

A D N cy to pla sm iq u e circ u laire

A R N e t p ro te in e s

A R N e t p ro tein e s sy n th tis e s d a n s le m m e c om p a rtim e n t P a s d e cy to sq u e le tte

C y to p la s m e

D iv is io n c e llu la ire O rg a n is a tio n c e llu laire

P a r d e scissip a rit u n ic e llu laire

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Dimensions des microorganismes

virus (10m) bactries (1) cellules sanguines (10) protozoaires (1mm)

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Les algues microscopiques ou phytoplancton

Non obligatoire rechercher (normes)
Mais elles sont recherches en gnrale pour : Dterminer le degr trophique ou de pollution des eaux superficielles susceptibles d'tre utilises pour l'alimentation humaine Contrler lefficacit des stations de traitement liminer le plancton Rechercher les causes ventuelles de got et d'odeur dans l'eau
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pediastrum duplex

oocystis lacustris

Les ufs de parasites

Non obligatoire rechercher dans leau potable (normes)
Mais elles sont de plus en plus recherches en gnrale pour
Strongles

Dterminer une prsence suspecte surtout des espces parasites pathognes comme giardia et cryptosporidium Dtecter un problme de fonctionnement de la station de traitement notamment les filtres

Larves

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Les ufs de parasites (obligatoire- eau use)

Le laboratoire de microbiologie procde rgulirement la recherche et dnombrement des ufs dhelminthes dans les eaux uses pour :
vrifier la conformit de ses eaux par rapport aux recommandations de lOMS visant la protection des agriculteurs et des consommateurs Le renforcement du contrle de la qualit des eaux traites. Le contrle de lefficacit des stations dpuration
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Les champignons microscopiques

Non obligatoire rechercher dans leau potable (normes) Actuellement des tudes sont en cours pour dterminer leur action sur les gots et odeurs dans leau Leur ventuelle toxicit
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Les virus
Non obligatoire rechercher dans leau potable (normes) Actuellement beaucoup dtudes visent rechercher les entrovirus et les bactriophages

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Les bactries
Plan rglementaire : obligatoire rechercher dans leau potable (normes marocaines )

Labsence de bactries (germes tests tmoin de contamination fcale) indique la potabilit dune eau
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Importance de ltude approfondie des bactries

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Quest que les bactries ?

Protistes infrieurs ou procaryotes invisibles l oeil nu peuvent tre dtruites par strilisation peuvent tre responsables de certaines maladies... les bactries sont les plus petits organismes connus, dous de mtabolisme, capables de crotre et de se diviser au dpend de substances nutritives minrales ou organiques l ordre de grandeur est le micron mais certaines bactries peuvent atteindre 50 m. elles sont dans ce cas proches des algues

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types de bactries
Il est possible de classer les micro-organismes selon leur capacit provoquer ou non des maladies infectieuses. Certains microbes sont inoffensifs ou mme utiles : cest le cas de ceux utiliss pour la fabrication de produits alimentaires (fromage, vin, etc.) Dautres sont pathognes car ils peuvent provoquer des maladies infectieuses sils sont transmis lhomme (bactrie diphtrique, virus de la rage, etc.)

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Place des bactries dans le monde vivant

Exigence nutritionnelle simple Pouvoir de multiplication considrable Les bactries Reprsente une grande partie de la biomasse terrestre
Plusieurs critres les diffrencient les unes des autres

Ncessit de classifier les bactries

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Classification des bactries

Dans la classification standard du monde vivant les bactries constituent celui des procaryotes, qui se distinguent des eucaryotes par le fait que leur matriel gntique (ADN) n'est pas isol du reste du contenu cellulaire par une membrane. On connat environ 1 600 espces de bactries, parmi lesquelles on distingue deux grands groupes : les archobactries et les eubactries.
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Origine de la classification des bactries

Les bactries, sont gnralement classes partir de diffrents critres morphologiques ou physicochimiques : la structure de la paroi cellulaire, qui permet de distinguer les bactries parois fines, de type Gram ngatif (Gram -), celles paroi paisse de type Gram positif (Gram +), les formes dpourvues de parois et enfin, celles qui prsentent des parois constitues d'un matriau diffrent du polypeptide typique de la plupart des bactries ; leurs besoins en oxygne : les bactries arobies se dveloppent en prsence doxygne, et les anarobies en labsence de cet lment ; leur aptitude former des spores, qui permettent certaines espces de rsister des conditions extrmes ; leur forme : sphrique (cocci ou microcoques), en btonnet (bacilles), ou spirale (spirochtes).
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Critres de classification des bactries

Morphologiques structurale Tinctoriaux Trophique Mtabolique Sensibilit Rsistance
certains agents : oxydants, antibiotiques ...
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Aspect des cellules ...

Aspect de la paroi ...

Coloration de Gram... Arobies, anarobies, htrotrophes ...

Action sur les glucides, les lipides.

Structure des bactries

capsule (ventuelle) paroi cellulaire membrane cytoplasmique ribosomes msosome appareil nuclaire granules cytoplasmiques vacuoles cytoplasme corpuscules mtachromatiques

flagelle (ventu

el)

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Morphologie des bactries

d ip lo c o q u e d i p lo b a c i ll e

s tre p to c o q u e

s t r e p t o b a c il le

d ip lo s t r e p t o c o q u e

b a to n n e ts in c u r v s e x : V ib r io n

e n t tra d e

s p irille s

e n g ra p p e e x : s ta p h y lo c o q u e

e x e m p le s d e fo r m e s fo rm e s s p h r iq u e s C O C C I

e x e m p le s d e e n b a to n n e ts B A C IL L E

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multiplication des bactries

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Les bactries pathognes

Le pouvoir pathogne des bactries varie considrablement en fonction des espces et dpend la fois de la virulence de la souche bactrienne et de l'tat de l'organisme hte, cest--dire de lefficacit de son systme immunitaire. Il existe environ deux cents espces de bactries pathognes pour l'espce humaine. Parmi les germes responsables des maladies les plus graves, on trouve les bactries du cholra, de la fivre typhode
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Les microorganismes du milieu hydrique

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Les bactries du milieu hydrique : 3 origines

Origine purement aquatique : parfaitement adaptes aux conditions de temprature et aux concentration des diffrents nutriments Origine terrestre avec des facults dadaptation ou de rsistance qui leur permettent de survivre et mme se dvelopper dans le milieu aquatique Origine animale ou humaine : ce sont des germes de contamination le plus souvent fcales dont la temprature normale de dveloppement est de 37 C environ et qui sont accoutumes un milieu nutritif riche en matire organique. On parlera de survie de ces microorganismes dans leau et non de multiplication ou dveloppement

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transmission des microorganismes

La transmission par contact entre un sujet infect et un sujet sain Le contact est direct lorsquil y a attouchement entre un sujet malade et un sujet sain Le contact peut-tre indirect, lorsquun objet a servi de lien entre le sujet malade et le sujet sain. (seringue, ) Les autres voies de transmission par arosol ; Dans ce cas, les micro-organismes pathognes sont transmis par des gouttelettes de mucus mises lorsque le sujet infect tousse, ternue ou parle. Exemple : la grippe. par leau ; De nombreux germes pathognes sont transmis par leau : cholra, amibes, poliomylite, etc.

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transmission des microorganismes

par lalimentation ; Le lait et les produits laitiers provenant danimaux infects transmettent la tuberculose bovine, la brucellose. par le sol ; Le sol hberge de nombreux micro-organismes qui peuvent tre transmis : agents du charbon, du ttanos, etc. par des vecteurs animaux. Il peut sagir dun simple transfert de microbes dun animal infect sur un sujet sain ou sur un objet : la mouche transporte ainsi, sur ses pattes, des microbes quelle rcupre quand elle pond sur des matires fcales. Lorganisme est ainsi constamment confront la possibilit de pntration (contamination) dlments manant de son environnement.

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vie survie et mort des bactries dans leau

Dans les eaux naturelles (souterraines ou de surface), dans les eaux traites (avant ou sans traitement)

La varit des bactries rencontres est infini

Sur le plan sant publique :

Pathognes Indicateurs de pollution Bactries htrotrophes

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vie survie et mort des bactries dans leau

Pathognes Peuvent survivre + ou longuement mais jamais se multiplier Ex : E Coli : survivent + ou durablement

Indicateurs de pollution

Bactries htrotrophes

Appartiennent plusieurs espces et groupes donc impossible classifier dans ce sens Benabdallah.S
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caractristiques des micro-organismes

Persistance dans l eau
ds quils quittent l organisme hte les org pathognes perdent graduellement de leurs vitalit et de leur pouvoir infectant . Leur persistance dans leau dpend de plusieurs facteurs comme la temprature, les UV

dose infectante
en gnral dans l eau les pathognes sont trs disperss

valeur guide
les pathognes ne sont pas en solution mais sous forme de particules spares les pathognes sont agglomrs et s attachent aux solides en suspension la relation des doses effet des pathognes n est pas cumulative ect...

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infections d origine hydrique

les germes pathognes ont le pouvoir de s implanter, de se multiplier chez l homme et de produire des troubles

dans le cas des maladies hydriques les agents contaminateurs proviennent habituellement du tube digestifs de l homme ou de l animal et sont limins principalement dans les matires fcales

pour dclencher une infection intestinale aigue, le microorganisme doit coloniser le tube digestif et des doses ingres infectieuses Maladies / troubles / signes cliniques
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Les micro-organismes pathognes de l eau

M a la d ie s A g e n ts O rig in e b a c t rie n n e F i v r e s t y p h o d e s e t p a r a ty p h o id e s S a lm o n e lla t y p h i S a lm o n e ll a p a r a t y p h i A e t B S h ig e lla V ib ro c h o l r a e E . c o li e n t r o t o x in o g n e C a m p y l o b a c t e r j e n u j e n i / c o li Y e r s in ia e n t e r o c o lit ic a S a lm o n e ll a s p S h ig e lla s p

D y s e n t e r ie b a c illa ir e C h o l r a G a s tr o - e n t r iq u e s a ig u e s e t d ia r r h e s

O rig in e v ira le H p a tite s A e t E P o lio m y lit e s G a s tr o - e n t r ite s a ig u e s e t d ia r r h e s V ir u s h p a tite A e t E V ir u s p o lio m y e lit iq u e V ir u s d e N o r w a lk R o ta v ir u s A s tr o v ir u s C a lic iv ir u s C o r o n a v ir u s E n t r o v ir u s A d n o v ir u s R o v ir u s

O rig in e p a ra s ita ire D y s e n te r ie a m ib ie n n e G a s tr o - e n t r ite s E n ta o m o e b a h is to ly tic a G ia rd ia la m b lia C r y p to s p o r id iu m

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Le contrle bactriologique obligatoire et indispensable

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ncessit du contrle bactriologique

parmi tous les critres physiques, chimiques et microbiologiques qui permettent de juger si une eau est potable , les critres bactriologiques sont indispensables. l eau destine la consommation humaine ne doit pas contenir de micro-organismes pathognes, agents d infections humaines redoutables la grande majorit de ces org nocifs diffusent dans l environnement aquatique par l intermdiaire de souillures fcales humaines ou animales.
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ncessit du contrle bactriologique

Les org pathognes pour l homme, susceptible de souiller l eau de boisson sont par exemple : les salmonelles, les vibions cholriques, Yersinia entrovirus giardia kystes amibiens ...

Ces org sont difficiles mettre en vidence dans l eau car ils sont peu nombreux et parce que la souillure n est le plus souvent qu intermittente

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ncessit du contrle bactriologique

Les org pathognes sont difficiles mettre en vidence dans l eau car ils sont peu nombreux et parce que la souillure n est le plus souvent qu intermittente

ces agents pathognes sont d origine fcale

ncessit de trouver des germes plus facile rechercher et ayant la mme origine fcale

germes tmoins de contamination fcale

leur prsence dans leau : doute sur la potabilit
germes accompagnent les germes pathognes ) (en gnral, ces

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germes tmoins de contamination fcale

Les org les plus reprsentatifs sont : les coliformes totaux les coliformes fcaux ou thermotolrants les streptocoques fcaux

grande importance sanitaire spcificit et une sensibilit diffrente

recherche simultane permet une meilleure interprtation des rsultats NB. L analyse est complte gnralement par la recherche de BHR (37 C et 22 C)
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Choix des germes tmoins de contamination fcale en fonction de leurs exigences

pidmiologique :
les tudes devraient tablir la relation qui existe entre un indicateur, sa nature, son taux et la probabilit d apparition d infections dans une population

cologique :
doit tre spcifique d une contamination fcale, et tre toujours absent d un environnement non pollu. Doit exister avec d autres germes et tre sensible son taux doit tre lev , plus que celui des pathognes

bactriologique :
il doit tre plus rsistant aux dsinfectants que les pathognes. Il sera incapable de se multiplier dans l eau

taxonomique :
il doit tre parfaitement reconnu et class en tant qu espce selon les critres bactriologiques en cours

techniques :
doit tre facile dtecter, rapidement et au moindre cot. Doit tre capable d se Xsur des milieux usuels slectifs ou non doit tre identifiable sans ambigut l aide de raction ou de tests simple. (Cf. techniques) Benabdallah.S DCE/M

les coliformes totaux

Ceux sont des Enterobacteriacea bacille GRAM ngatif non sporuls oxydase ngative arobies ou anarobies facultatif capable de se multiplier en prsence de sels biliaires capables de fermenter le lactose avec production d acide et gaz en 48 heures une temprature de 35 37 C il existe dans ce groupe des bactries d origine fcale et des bactries d origine non fcale limite lutilit de ce groupe comme indicateurs de pollution fcale

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les coliformes fcaux

Ceux sont des Enterobacteriacea bacille GRAM ngatif non sporuls oxydase ngative arobies ou anarobies facultatif capable de se multiplier en prsence de sels biliaires capables de fermenter le lactose avec production d acide et gaz en 48 heures une temprature de 41 44 C ( germes thermotolrants) exclusivement d origine fcale

groupe le plus important comme indicateurs de pollution fcale

l identification pousse des espces est importante, elle permet de classer ces CF selon leur origine

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classification traditionnelle des coliformes d origine fcale

Genre

espece

remarque

Escherichia Klebsiella

E.Coli K. pneumoniae K. oxytoca E. cloacae E. aerogenes rare

Enterobacter

rare

Citrobacter

C. freundi C. koseri C. amalonatica

seul un petit nombre de genre et d espces sont rpertoris dans ce tableau en ralit les donnes taxonomiques modernes (nouvelles techniques de biologie) montrent que ce nombre est beaucoup plus lev : + de 50 espces

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classification moderne des coliformes d origine fcale

C o lifo r m e s d o r ig in e f c a le C o lifo r m e s d o r ig in e a q u a tiq u e o u te llu r iq u e C o lifo r m c lin iq u e : o u p a o p p o
E . f e r g u s o n ii E . h e rm a n ii E . v u ln e ris

e s is o l s e n c o lo n is a t e u r s th o g n e s r tu n is te s

E s c h e ric h ia E . C o li C C C C E E E itro b a c te r . f ru n d ii . k o s e ri . a m a lo n a tic u s n te ro b a c te r . c lo a c a e . a e ro g e n e s

E E E E

. . . .

a m n ig e n u s d is s o lv e n s in te rm e d iu s n im ip r e s s u la r is

E E E E E

. . . . .

a s b u ria g e rg o v ia h o rm a e c h e i s a k a z a k ii ta y lo ra e

K le b s ie lla K . o x y to c a K . p n e u m o n ia e s a lm o n e lla Y e rs in ia Y . e n t e r o c o l iti c a

K . p l a n t ic o l a K . te rrig e n a

K . o r n it h in o ly t ic a K . ozenae

S e rra tia

Y . a ld o v a e Y . b e r c o v ie r i Y . fr e d e r ik s e n ii Y . in te rm e d ia Y . k ris te n s e n ii Y . m o ll a r e ti Y . ro h d e i S . fo n tic o la S . g r im e s ii S . liq u e f a c ie n s S . p ly m u t h ic a S . p ro te a m a c u la n s S . ru b id e a B u d v i c i a a q u a t ic a B u t tia u x e lla a g r e s t is H a f n a i a lv e i L e c le rc ia a d e c a rb o x y la ta P a n to e a a g g lo m e ra n s P . d is p e rs a R a h n e l l a a q u a t ili s T r a b u ls ie lla g u a m e n s is

S . m a rc e s c e n s S . o s o r if e r a

E K K K

w in g e lla a m e ric a n a lu y v e r a a s c o r b a ta . c ry o c r e n s e n s o s e r e lla tr a b u ls ii

T h e rm o to p h e s o u th e r m o to l r a n ts

P s y c h o tro p h e s o u p s y c h o to l ra n ts

M s o p h ile s o u th e rm o tro p h e s o u p s y c h ro tro p h e s

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les streptocoques fcaux

on distingue 2 genres streptococcus enterococcus tmoins plus rsistants E.Coli ceux sont des germes tmoins de contamination fcale ils se multiplient rarement dans l eau indicateurs supplmentaires de l efficacit du traitement

groupe indicateurs supplmentaires pour des rsultats douteux pour les CF

les SF tant trs rsistants la dessiccation ils peuvent tre utile pour les contrles la suite de la pose de nouvelles canalisations ou lorsque des rparations ont t effectues dans le rseau

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les clostridiums sulfito-rducteurs

appels aussi : Cl anarobies sulfito-rductrice ou Cl perfringens est habituellement pris en compte dans les rglementations destines garantir la potabilit des eaux ne sont pas d origine exclusivement fcale les spores de Cl survivent dans l eau (+ que les CF) ils rsistent la dsinfection (+ que les CF ou SF)

groupe indicateurs supplmentaires pour des rsultats douteux pour les CF et SF capables d indiquer une pollution intermittente ou distance OMS ne recommande pas de faire leur recherche en routine

les Cl tant rsistants la dsinfection, leur prsence dans les eaux dsinfectes peut indiquer un traitement dficient et que des pathognes ont pu galement survivre

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les bactries htrotrophes revivifiables

appels aussi : germes totaux 2 types fondamentaux
les germes saprophytes qui se dveloppent 22 C (ge rmes spcifiques l eau) les germes dits pathognes qui se multiplient 37C (germes d origine fcale, se X 37 C)

le dnombrement des bactries est souvent considr comme accessoire comparativement aux autres tests donnent une indication sur la salubrit gnral du milieu

une seule numration des BHR est non significative c est la comparaison des chiffres obtenus sur des chantillons de la mme eau prleve des moments diffrents de l anne dans des conditions diffrentes peut apporter des lments d apprciation sur la protection de la nappe ou du rseau de distribution

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Devenir des bactries du milieu hydrique lors des tapes de traitement

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Les caractristiques propres aux microorganismes

tendance se fixer, dcanter sagrer .

va jouer un rle trs important dans leur devenir

La paroi des bactries (mme les virus) charge ngativement permet la neutralisation des bactries au cours de la coagulation /floculation par les collodes amens par le traitement

une grosse partie des bactries est donc limine ds les premiers traitement : dcantation coagulation et floculation

Remarque : en ce qui concerne les parasites leffet mcanique de la filtration est nettement plus important que pour les bactries et les virus tant donne la taille des protozoaires

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mode d action des oxydants

le mode d action est trs mal connu car il y a un grand nombre de variables interfrentes
nature de la cible de la concentration de l oxydant et du temps de contact des conditions exprimentales

mcanisme d inactivation des bactries

Le mcanisme peut s oprer sur les diffrentes structures :
la membrane cytoplasmique (cible prfrentielle), augmentation de la permabilit cellulaire, pntration de l oxydant vers le cytoplasme le enzymes intervenant dans le cycle respiratoire les acides nucleiques (ADN et ARN)
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rsistance des micro-organismes aux oxydants

La dsinfection a pour ambition d inactiver les micro-organismes pathognes la rsistance de certains micro-organismes aux dsinfectants dpend de nombreux facteurs : la temprature la nature de l organisme son tat physique ou physiologique (fix, libre ) les bactries sont plus sensibles aux dsinfectants que les virus les virus sont plus sensibles aux dsinfectants que les kystes de protozoaires pathognes comme giardia ou cryptosporidium les org fixs sur un support sont + rsistants aux dsinfectants que les org libres
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Mthodes dtude des bactries

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mthodes d tude des bactries au laboratoire

Dans le but de connatre la forme, le mtabolisme, la structure des bactries plusieurs techniques de plus en plus perfectionnes sont employes
Microscopie photonique Culture des bactries au laboratoire

Microscopie lectronique

Au laboratoire techniques d isolement , d identification et de conservation des souches

technique de la membrane filtrante technique du nombre le plus probable technique d incorporation en glose technique d identification des entrobacteriacea par le systme API 20 E

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tude des bactries grce au microscope

Microscope photonique
observation l tat frais :
une seule observation est possible avec l objectif X100 . Les bactries sont montes entre lame et lamelles avec un liquide physiologique par exemple. Elle concerne la mobilit et la non mobilit des bactries. Il n est pas possible de distinguer la forme

observation d un frottis :
les bactries sont sches et fixes sur une lame puis colores 2 types de coloration coloration simple : ex bleu de mthylne coloration complexe : coloration spcifique ou coloration de GRAM . On peut distinguer les colonies roses : Gram - et les colonies violet : Gram +

Microscope lectronique
Technique qui ncessite une prparation pralable fixation coupe ultra fine visualisation de la structure interne et externe Benabdallah.S DCE/M

Examen des bactries au microscope

Le microscope est un instrument fondamental dans l'tude des bactries. Cette technique fut dterminante dans l'tude et l'identification des bactries. La prparation est d'abord dpose sur une lame de verre, puis colore aprs schage pour tre plus facile observer. Les colorations utilises peuvent avoir une relative spcificit. Le microscope lectronique, grce ses grossissements beaucoup plus importants que ceux des microscopes ordinaires, a aussi constitu un progrs considrable.
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Coloration de gram

La mthode de coloration mise au point par Hans Christian Gram (18531938) permet de distinguer deux types fondamentaux de bactries : celles dont la paroi est paisse (comme Lactobacillus acidophilus qui apparat ici en bleu fonc), ou bactries Gram positives, et celles dont la paroi est trs mince, les Gram ngatives.

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tude des bactries grce la culture au laboratoire

l tude des bactries a connu son plein essor partir du moment ou furent mises au point les techniques d isolement au laboratoire

dcouverte des milieux de culture liquide et solide

les milieux de culture liquides ou solides contiennent des substances nutritives indispensables la croissance des bactries les milieux liquides sont rparti dans des tubes les milieux solides sont rparti dans des boites de ptri la croissance des bactries se manifeste par un trouble du milieu liquide et par la prsence de colonies caractristiques dans le cas des milieux solides

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les milieux de culture

Leur composition varie en fonction du but que l on veut atteindre (mettre en vidence tel ou tel germe) et des besoins que requiert la bactrie

milieu d isolement : mise au point de milliers de milieux de culture empiriques.ces milieux de culture sont commercialises sous forme de poudre ex : le bouillon nutritif
milieu simple trs riche en composants nutritif, trs utilis en analyse bactriologique
extrait de viande de buf peptone trypsique chlorure de sodium

milieu slectif ou d enrichissement

il s agit de milieux qui favorisent la multiplication de telle ou telle bactrie en mettant dans le milieu des nutriments spcifiques de la bactrie ou en mettant un inhibiteur chimique.

ex : le tergitol 7 TTC
milieu simple qui permet la recherche des bactries coliformes
tergitol 7 , a un effet bactricide sur les germes GRAM le TTC permet la reconnaissance rapide des colonies jaune avec halo jaune

milieu d identification : milieux qui servent mettre en vidence 1 ou plusieurs proprits chez les bactries ex : Kligler pour la recherche de la fermentation d un sucre. Actuellement les galeries de type API 20E, systme perfectionn est de plus en plus utilis

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culture des bactries

Les bactries peuvent tre cultives en milieu liquide, dans un flacon

sur milieu solide, gnralement une bote de Petri, comme sur cette photographie.

dans ce cas, elles se dispersent dans le milieu , ou

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Prsence des bactries dans leau

Vie et prsence Des bactries Se manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules

Colonies

Trouble du milieu

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Le prlvement en bactriologie

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le prlvement en bactriologie
on dit trs souvent : lanalyse commence au prlvement . Limportance de l chantillonnage est capitale : a quoi serviraient les efforts prodigus pour avoir des moyens analytiques fiables , prcis et reconnus si l chantillon est contestable ou si le rsultat ne peut tre reli de faon sre la matire d origine dont on recherche les caractristiques ???
le prlvement bactriologique est trs important car il faut veiller ce que les chantillons soient le plus reprsentatifs trois types de questions se posent :

quelles prcautions prendre pour que le prlvement destin lanalyse soit correctement reprsent ?? Comment viter que l chantillon soit modifi avant son arrive au laboratoire ?? Quelles informations doivent tre consignes par crit pour s assurer de la rponse aux deux questions prcdentes ??
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Prcautions prendre
I Flacons de prlvements

- les flacons en verre ou en matire plastique conviennent - le lavage et rinage des flacons ne doit pas laisser de rsidu toxique ou inhibiteur pour les bactries - le volume l plus frquent est 500 mL - le bouchon doit tre parfaitement tanche et ne doit pas fuir sous la pression strilisation par la chaleur : - l autoclavage (121 C, 20 minutes en vapeur humide) - le chauffage en chaleur sche pendant 1 heure et demi 2 heures 175 C est le plus commode pour la verrerie vide CQA : - un CQA permettant d assurer le lavage adquat et la bonne strilisation doit tre effectu

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Prlvement au robinet
- les conditions d asepsie maximum doivent tre assures : propret des mains, protection contre les courants d air, protection contre les claboussures - aucune souillure ne doit aller de la surface externe du robinet vers l chantillon d eau : enlever les salets, les brises jets - un flambage du robinet assure une dsinfection externe - laisser couler leau en dbit maximum pendant 5 10 secondes puis laisser couler dbit moyen pendant 2 3 minutes puis faire le prlvement. - ne pas remplir au maximum le flacon, le 1/4 doit rester vide pour pouvoir effectuer une agitation avant analyse - le rebouchage doit tre immdiat et ne pas se servir du flacon pour faire les autres paramtres sur place (T , pH)

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prlvement dans les puits et forages

connatre la nappe : il faut d abord remplacer l eau du puits par l eau de nappe, aussi, il faut faire un pompage prolong. La lgislation prconise 30 heures au dbut d utilisation du puits. Il faut obtenir 2 ou 3 renouvellement du volume dans le puits au minimum avant de prlever par immersion d un flacon lest qualit de l eau chez l usager : cette qualit ne dpend pas de la qualit de la nappe car des modifications microbiologiques prennent place dans le puits lui mme. Par ailleurs des contaminations externes ( oiseaux ruissellement, rongeurs, seaux ) peuvent survenir si des prcautions ne sont pas prises les flacons lests qui sont utiliss sont striliss ( flacons +lest + corde) sont striliss Remarque : si les puits ou forage sont quips d une pompe de refoulement, le prlvement est ralis comme dcrit pour un robinet
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prlvement dans les lacs, rivires, meruses

Lune des principales sources de variation tient l absorption prfrentielle des particules sur les particules fines.
Les praticiens recommandent de plonger le flacon de prlvement col vers le bas jusqu a 20 30 cm sous la surface puis de le redresser pour prsenter le col vers l amont le flacon est maintenu en gnral contre courant remarque : pour le prlvement des eaux uses, il est en gnral recommand d utiliser des gants striles et ce pour viter la contamination du prleveur

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fiche de prlvement
le prlvement est toujours accompagn d une fiche de renseignement qui indique
la localit ou lieu de prlvement le point spcifique de prlvement nature de l eau l origine date et heure du prlvement nom du prleveur et tous les rsultats des PSP (temprature, pH) observations ou anomalie notes sur le lieu du prlvement
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Transport et conservation des chantillons

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transport des chantillons

l analyse bactriologique doit tre commence le plus rapidement possible aprs le moment ou l eau est prleve ds la mise en flacon des phnomnes se produisent qui vont modifier sa teneur originelle en germes

la temprature
Le prlvement a une charge originelle en germes, avec l augmentation de la temprature, les bactries exigeant une Tleve po ur se Xet se dvelopper au dpend des autres germes (ex: E.Coli). Le nombre d E.Coli va augmenter rapidement, alors que les bactries saprophytes vont voir leur nombre baisser pour viter tous ces phnomnes majeurs, il faut bloquer en maintenant l eau prleve une temprature telle qu aucune Xde germ es ne sera possible la temprature conseille est de +4 C les chantillons peuvent tre mis dans des glaciaires jusqu arrive au laboratoire l analyse au labo doit tre fait le + rapidement au maximum 24 heures aprs le prlvement
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Conservation des chantillons

la temprature de conservation conseille est de +4C les chantillons peuvent tre mis dans des glaciaires jusqu arrive au laboratoire Veillez a ne pas contaminer lchantillon

l analyse au labo doit tre fait le + rapidement au maximum 24 heures aprs le prlvement
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Conservation des chantillons

il faut que l chantillon soit le plus reprsentatif du milieu, les changements l intrieur de l chantillon doivent tre rduits au maximum pour tous les types d eau traite, naturelle, use l chantillon destine l analyse bactriologique ne doit pas tre congel

les chantillons doivent tre maintenus une temprature basse de 4 C environ ( rfrigrateur pour la voiture) les analyses doivent commencer le plus tt possible, immdiatement l arrive de l chantillon au laboratoire chaque retard doit tre pris en compte dans l interprtation des rsultats et signal dans le rapport
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Les techniques disolement et didentification des bactries

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les techniques d isolement

utilisation de mthodes normalises normes marocaines normes franaises normes ISO mthodes utilises sont diffrentes selon le type d eau analyser mthode de la membrane filtrante pour les eaux claires, potables, traites mthode du nombre le plus probable pour les chantillons chargs en MO, eau trouble, eau brute, eau uses ces mthodes ont chacune ses avantages et ses inconvnients

ceux sont des mthodes simples employes universellement mthodes avec 2 tests : prsomptifs et confirmatifs mthodes employant des milieux de culture liquides et solides
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mthode de la membrane filtrante

Mthode qui consiste filtrer un volume dtermin de l chantillon travers une membrane de 0, 45 m de porosit toutes les bactries prsentent sont retenues la surface de la membrane cette membrane est ensuite mise sur des milieux de culture glos appropri incubation des boites aux tempratures diffrentes selon les germes recherchs
Entonnoir rservoir

Membrane filtrante Plaque poreuse Support mtallique

Robinet

Bouchon en caoutchouc

Fiole vide

Vide

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mthode du nombre le plus probable

Mthode statistique

Mthode qui consiste ensemencer un volume dtermin d chantillon ou ses dilutions dans des tubes contenant des milieux appropris

on place ensuite ces tubes l tuve des tempratures diffrentes selon les germes recherchs

toutes les bactries ventuellement prsentes sont rvls par des proprits caractristiques qui leur sont propres

exemple pour les coliformes , leur prsence est rvle par la prsence du trouble du milieu et la prsence de gaz dans la cloche

on compte le nombre de sries de tubes positifs et le nombre de sries de tubes ngatifs et on obtient les rsultats en extrapolant sur une table statistique appele : table de MAC CRADY

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mthode d incorporation en glose

Mthode qui est utilise pour tous les types d eau

mthode qui permet de faire un dnombrement des bactries vivantes sans faire de distinction entre les diffrentes espces cette mthode permet de dnombrer les bactries vivantes mais celles qui arrivent se Xsur glose seulement

elle s effectue en dposant sur une aliquote d un chantillon dans une boite de ptri laquelle est ajout de la glose nutritive maintenue liqufie environ 45 C. La boite de ptri est ensuite agite doucement afin de rpartir uniformment les bactries dans tout le volume de milieu disponible la boite de glose est laisse refroidir sur une surface et ensuite incubes une temprature de 22 C et 37 C pendant 24 et 72H
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le nombre de colonies est compt et les rsultats sont exprims en UFC/mL