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La microbiologie du milieu hydrique Benabdallah.S DCE/M

La microbiologie du milieu hydrique

La microbiologie du milieu hydrique Benabdallah.S DCE/M

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Sommaire
Sommaire

Quelques notions fondamentales importante de la microbiologie

Importance de l’étude approfondie des bactéries

Les microorganismes du milieu hydrique

Le contrôle bactériologique obligatoire et indispensable

Devenir des bactéries du milieu hydrique lors des étapes de traitement

Méthodes d’étude des bactéries

Le prélèvement en bactériologie – transport et conservation

Les méthodes en bactériologie de l’eau

en bactériologie – transport et conservation Les méthodes en bactériologie de l’eau Benabdallah.S DCE/M

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Quelques notions fondamentales importante de la microbiologie Benabdallah.S DCE/M

Quelques notions fondamentales importante de la microbiologie

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Qu’est ce que la microbiologie ?
Qu’est ce que la microbiologie ?

La microbiologie :

Science ayant pour objet l’étude des microbes

Microbe ou microorganismes :

tous les organismes vivants, de petite dimension, qui nécessite pour leur observation un microscope

tous les organismes vivants, de petite dimension, qui nécessite pour leur observation un microscope Benabdallah.S DCE/M

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Qu’est ce que la microbiologie ?
Qu’est ce que la microbiologie ?

La microbiologie englobe l’ensemble des disciplines biologiques qui concernent ces micro-organismes, notamment la bactériologie, la virologie et la parasitologie.

La microbiologie, qui s’est développée avec lala microscopiemicroscopie, étudie non seulement la morphologie des micro-organismes, mais également leur mode de vie, leur métabolisme, leur structure moléculaire, leurs éventuelles propriétés pathogènes et leurs caractéristiques antigéniques

moléculaire, leurs éventuelles propriétés pathogènes et leurs caractéristiques antigéniques Benabdallah.S DCE/M

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Naissance et essor de la microbiologie
Naissance et essor de la microbiologie

La naissance de la microbiologie correspond à la découverte, grâce au microscope, de l’existence d’une vie minuscule, notamment dans des gouttes d’eau ou autres surfaces :

c’est le naturaliste hollandais Antonie Van Leeuwenhoek qui, le premier, en 1683, observe de tels micro-organismes (bactéries et protozoaires), qu’il baptise « animalcules ».

, observe de tels micro-organismes (bactéries et protozoaires), qu’il baptise « animalcules ». Benabdallah.S DCE/M

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Naissance et essor de la microbiologie
Naissance et essor de la microbiologie

Le développement de la microbiologie est tout particulièrement stimulé par les implications médicales de la microbiologie. (touche la santé humaine)

Ainsi, les travaux des chercheurs permettent de mettre en évidence un certain nombre de micro-organismes pathogènes, des bactéries, des unicellulaires parasites, etc.

De plus, Pasteur, fait admettre un principe capital pour l’avancement des recherches : les micro-organismes, comme tous les autres êtres vivants, n’apparaissent pas spontanément, mais à partir de « germes » existants

autres êtres vivants, n’apparaissent pas spontanément, mais à partir de « germes » existants Benabdallah.S DCE/M

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Les microorganismes du milieu hydrique
Les microorganismes du milieu hydrique

Les eaux des ressources naturelles superficielles ou souterraines à l’état naturel (sans traitement) contiennent toutes sortes de microorganismes :

algues microscopiques protozoaires (parasites) champignons bactéries virus

microscopiques protozoaires (parasites) champignons bactéries virus Nécessité de les classifier Benabdallah.S DCE/M

Nécessité de les classifier

microscopiques protozoaires (parasites) champignons bactéries virus Nécessité de les classifier Benabdallah.S DCE/M

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Classification simplifiée
Classification simplifiée
Classification simplifiée Eucaryotes Structure complexe et différenciée Procaryotes Structure simple et rudimentaire
Classification simplifiée Eucaryotes Structure complexe et différenciée Procaryotes Structure simple et rudimentaire

Eucaryotes

Structure complexe et différenciée

Procaryotes

Structure simple et rudimentaire

différenciée Procaryotes Structure simple et rudimentaire Animaux Algues Protozoaires Champignons Algues bleu vert
différenciée Procaryotes Structure simple et rudimentaire Animaux Algues Protozoaires Champignons Algues bleu vert
différenciée Procaryotes Structure simple et rudimentaire Animaux Algues Protozoaires Champignons Algues bleu vert
Animaux Algues
Animaux
Algues

Protozoaires

Champignons

Algues bleu vert Bactéries Eubactéries
Algues bleu vert
Bactéries
Eubactéries
et rudimentaire Animaux Algues Protozoaires Champignons Algues bleu vert Bactéries Eubactéries Benabdallah.S DCE/M

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Principales caractéristiques des eucaryotes et procaryotes Procaryotes Eucaryotes Bactéries Algues –protozoaires
Principales caractéristiques des eucaryotes et procaryotes
Procaryotes
Eucaryotes
Bactéries
Algues –protozoaires – m ycètes
T aille de la cellule
G énéralem ent 1 ou 2 µm de
long
G énéralem ent 10 ou 100 µm de
long
M étabolism e
Anaérobies ou aérobies
Aérobies
O rganites
Peu ou pas
Noyau- m itochondries –
chloroplastes
ADN
ADN cytoplasm ique circulaire
ADN très long contenant de
nom breuses régions non codantes
ARN et proteines
ARN et proteines synthétisées
dans le m êm e com partim ent
ARN synthétisé et assem blé dans
le cytoplasm e
Cytoplasm e
Pas de cytosquelette
Cytosquelette com posé de
filam ents proteiques
D ivision cellulaire
Par de scissiparité
Par m itose
O rganisation
unicellulaire
Unicellulaire, et pluricellulaire
cellulaire
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Dimensions des microorganismes virus
Dimensions des microorganismes
virus

(10mµ)

bactéries (1µ) cellules sanguines (10µ) protozoaires (1mm)
bactéries
(1µ)
cellules
sanguines
(10µ)
protozoaires
(1mm)
des microorganismes virus (10mµ) bactéries (1µ) cellules sanguines (10µ) protozoaires (1mm) Benabdallah.S DCE/M

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Les algues microscopiques ou phytoplancton
Les algues microscopiques ou phytoplancton
Les algues microscopiques ou phytoplancton pediastrum duplex oocystis lacustris Non obligatoire à rechercher (normes)

pediastrum duplex

Les algues microscopiques ou phytoplancton pediastrum duplex oocystis lacustris Non obligatoire à rechercher (normes)

oocystis lacustris

Non obligatoire à rechercher (normes)

Mais elles sont recherchées en générale pour :

Déterminer le degré trophique ou de pollution des eaux superficielles susceptibles d'être utilisées pour l'alimentation humaine

Contrôler l’efficacité des stations de traitement à éliminer le plancton

Rechercher les causes éventuelles de goût et d'odeur dans l'eau

éliminer le plancton • Rechercher les causes éventuelles de goût et d'odeur dans l'eau Benabdallah.S DCE/M

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Les œufs de parasites
Les œufs de parasites
Les œufs de parasites Strongles Larves Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes) Mais elles

Strongles

Les œufs de parasites Strongles Larves Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes) Mais elles

Larves

Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes)

Mais elles sont de plus en plus recherchées en générale pour

•Déterminer une présence suspecte surtout des espèces parasites pathogènes comme giardia et cryptosporidium

• Détecter un problème de fonctionnement de la station de traitement notamment les filtres

• Détecter un problème de fonctionnement de la station de traitement notamment les filtres Benabdallah.S DCE/M

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Les œufs de parasites (obligatoire- eau usée)
Les œufs de parasites (obligatoire- eau usée)

Le laboratoire de microbiologie procède régulièrement à la recherche et dénombrement des œufs d’helminthes dans les eaux usées pour :

vérifier la conformité de ses eaux par rapport aux recommandations de l’OMS visant la protection des agriculteurs et des consommateurs

Le renforcement du contrôle de la qualité des eaux traitées.

Le contrôle de l’efficacité des stations d’épuration

de la qualité des eaux traitées. Le contrôle de l’efficacité des stations d’épuration Benabdallah.S DCE/M

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Les champignons microscopiques
Les champignons microscopiques
Les champignons microscopiques Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes) Actuellement des études sont

Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes)

Actuellement des études sont en cours pour déterminer leur action sur les goûts et odeurs dans l’eau

Leur éventuelle toxicité

cours pour déterminer leur action sur les goûts et odeurs dans l’eau Leur éventuelle toxicité Benabdallah.S

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Les virus
Les virus
Les virus Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes) Actuellement beaucoup d’études visent à

Non obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes)

Actuellement beaucoup d’études visent à rechercher les entérovirus et les bactériophages

Actuellement beaucoup d’études visent à rechercher les entérovirus et les bactériophages Benabdallah.S DCE/M

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Les bactéries
Les bactéries

Plan réglementaire : obligatoire à rechercher dans l’eau potable (normes marocaines )

à rechercher dans l’eau potable (normes marocaines ) L’absence de bactéries (germes tests témoin de

L’absence de bactéries (germes tests témoin de contamination fécale) indique la potabilité d’une eau

de bactéries (germes tests témoin de contamination fécale) indique la potabilité d’une eau Benabdallah.S DCE/M

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Importance de l’étude approfondie des bactéries Benabdallah.S DCE/M

Importance de l’étude approfondie des bactéries

Importance de l’étude approfondie des bactéries Benabdallah.S DCE/M

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Qu’est que les bactéries ? Protistes inférieurs ou procaryotes invisibles à l ’oeil nu peuvent
Qu’est que les bactéries ?
Protistes inférieurs ou procaryotes invisibles à l ’oeil nu
peuvent être détruites par stérilisation
peuvent être responsables de certaines maladies
les bactéries sont les plus petits organismes connus, doués de
métabolisme, capables de croître et de se diviser au dépend de
substances nutritives minérales ou organiques
l ’ordre de grandeur est le micron mais certaines bactéries
peuvent atteindre 50 µm. elles sont dans ce cas proches des
algues
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types de bactéries
types de bactéries

Il est possible de classer les micro-organismes selon leur capacité à provoquer ou non des maladies infectieuses.

Certains microbes sont inoffensifs ou même utiles :

c’est le cas de ceux utilisés pour la fabrication de produits alimentaires (fromage, vin, etc.)

D’autres sont pathogènes car ils peuvent provoquer des maladies infectieuses s’ils sont transmis à l’homme (bactérie diphtérique, virus de la rage, etc.)

infectieuses s’ils sont transmis à l’homme (bactérie diphtérique, virus de la rage, etc.) Benabdallah.S DCE/M

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Place des bactéries dans le monde vivant
Place des bactéries dans le monde vivant

Exigence nutritionnelle simple

Pouvoir de multiplication considérable

Les bactéries

Représente une grande partie de la biomasse terrestre

Plusieurs critères les différencient les unes des autres

Plusieurs critères les différencient les unes des autres Nécessité de classifier les bactéries Benabdallah.S DCE/M

Nécessité de classifier les bactéries

Plusieurs critères les différencient les unes des autres Nécessité de classifier les bactéries Benabdallah.S DCE/M

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Classification des bactéries
Classification des bactéries

Dans la classification standard du monde vivant les bactéries constituent celui des procaryotes, qui se distinguent des eucaryotes par le fait que leur matériel génétique (ADN) n'est pas isolé du reste du contenu cellulaire par une membrane.

On connaît environ 1 600 espèces de bactéries, parmi lesquelles on distingue deux grands groupes :

les archéobactéries et les eubactéries.

parmi lesquelles on distingue deux grands groupes : les archéobactéries et les eubactéries. Benabdallah.S DCE/M

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Origine de la classification des bactéries
Origine de la classification des bactéries

Les bactéries, sont généralement classées à partir de différents critères morphologiques ou physicochimiques :

la structure de la paroi cellulaire, qui permet de distinguer les bactéries à parois fines, de type Gram négatif (Gram -), celles à paroi épaisse de type Gram positif (Gram +), les formes dépourvues de parois et enfin, celles qui présentent des parois constituées d'un matériau différent du polypeptide typique de la plupart des bactéries ;

leurs besoins en oxygène : les bactéries aérobies se développent en présence d’oxygène, et les anaérobies en l’absence de cet élément ;

leur aptitude à former des spores, qui permettent à certaines espèces de résister à des conditions extrêmes ;

leur forme : sphérique (cocci ou microcoques), en bâtonnet (bacilles), ou spiralée (spirochètes).

leur forme : sphérique (cocci ou microcoques), en bâtonnet (bacilles), ou spiralée (spirochètes). Benabdallah.S DCE/M

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Critères de classification des bactéries
Critères de classification des bactéries

Morphologiques

structurale

Tinctoriaux

Trophique

Métabolique

Sensibilité

Résistance

Tinctoriaux Trophique Métabolique Sensibilité Résistance Aspect des cellules Aspect de la paroi Coloration de Gram

Aspect des cellules

Aspect de la paroi

Coloration de Gram

Aérobies, anaérobies, hétérotrophes

Action sur les glucides, les lipides….

À certains agents : oxydants, antibiotiques

hétérotrophes Action sur les glucides, les lipides…. À certains agents : oxydants, antibiotiques Benabdallah.S DCE/M

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Structure des bactéries
Structure des bactéries

capsule (éventuelle)

paroi cellulaire

membrane cytoplasmique

ribosomes

mésosome

appareil nucléaire

granules cytoplasmiques

vacuoles

cytoplasme corpuscules métachromatiques

el)

granules cytoplasmiques vacuoles cytoplasme corpuscules métachromatiques el) flagelle (éventu Benabdallah.S DCE/M
granules cytoplasmiques vacuoles cytoplasme corpuscules métachromatiques el) flagelle (éventu Benabdallah.S DCE/M

flagelle (éventu

granules cytoplasmiques vacuoles cytoplasme corpuscules métachromatiques el) flagelle (éventu Benabdallah.S DCE/M

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Morphologie des bactéries
Morphologie des bactéries
Morphologie des bactéries e x : d i p l o c o q u e
Morphologie des bactéries e x : d i p l o c o q u e

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multiplication des bactéries
multiplication des bactéries

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Les bactéries pathogènes
Les bactéries
pathogènes

Le pouvoir pathogène des bactéries varie considérablement en fonction des espèces et dépend à la fois de la virulence de la souche bactérienne et de l'état de l'organisme hôte, c’est-à-dire de l’efficacité de son système immunitaire.

Il existe environ deux cents espèces de bactéries pathogènes pour l'espèce humaine. Parmi les germes responsables des maladies les plus graves, on trouve les bactéries du choléra, de la fièvre typhoïde

des maladies les plus graves, on trouve les bactéries du choléra , de la fièvre typhoïde

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Les microorganismes du milieu hydrique Benabdallah.S DCE/M

Les microorganismes du milieu hydrique

Les microorganismes du milieu hydrique Benabdallah.S DCE/M

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Les bactéries du milieu hydrique : 3 origines
Les bactéries du milieu hydrique : 3 origines

Origine purement aquatique : parfaitement adaptées aux conditions de température et aux concentration des différents nutriments

Origine terrestre avec des facultés d’adaptation ou de résistance qui leur permettent de survivre et même se développer dans le milieu aquatique

Origine animale ou humaine : ce sont des germes de contamination le plus souvent fécales dont la température normale de développement est de 37 °C environ et qui sont accoutumées à un milieu nutritif riche en matière organique. On parlera de survie de ces microorganismes dans l’eau et non de multiplication ou développement

On parlera de survie de ces microorganismes dans l’eau et non de multiplication ou développement Benabdallah.S

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transmission des microorganismes
transmission des microorganismes

La transmission par contact entre un sujet infecté et un sujet sain Le contact est direct lorsqu’il y a attouchement entre un sujet malade et un sujet sain Le contact peut-être indirect, lorsqu’un objet a servi de lien entre le sujet malade et le sujet sain. (seringue, …)

Les autres voies de transmission

– par aérosol ;

Dans ce cas, les micro-organismes pathogènes sont transmis par des gouttelettes

de mucus émises lorsque le sujet infecté tousse, éternue ou parle. Exemple : la grippe.

par l’eau ;

De nombreux germes pathogènes sont transmis par l’eau : choléra, amibes, poliomyélite, etc.

; De nombreux germes pathogènes sont transmis par l’eau : choléra, amibes, poliomyélite, etc. Benabdallah.S DCE/M

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transmission des microorganismes
transmission des microorganismes

– par l’alimentation ; Le lait et les produits laitiers provenant d’animaux infectés transmettent la tuberculose bovine, la brucellose.

par le sol ;

Le sol héberge de nombreux micro-organismes qui peuvent être transmis : agents du charbon, du tétanos, etc.

par des vecteurs animaux.

Il peut s’agir d’un simple transfert de microbes d’un animal infecté sur un sujet

sain ou sur un objet : la mouche transporte ainsi, sur ses pattes, des microbes qu’elle récupère quand elle pond sur des matières fécales.

L’organisme est ainsi constamment confronté à la possibilité de pénétration (contamination) d’éléments émanant de son environnement.

à la possibilité de pénétration (contamination) d’éléments émanant de son environnement. Benabdallah.S DCE/M

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vie survie et mort des bactéries dans l’eau
vie survie et mort des bactéries dans l’eau

Dans les eaux naturelles (souterraines ou de surface), dans les eaux traitées (avant ou sans traitement)

surface), dans les eaux traitées (avant ou sans traitement) La variété des bactéries rencontrées est infini

La variété des bactéries rencontrées est infini

La variété des bactéries rencontrées est infini Sur le plan santé publique : Pathogènes Indicateurs de

Sur le plan santé publique :

Pathogènes

Indicateurs de pollution

Bactéries hétérotrophes

infini Sur le plan santé publique : Pathogènes Indicateurs de pollution Bactéries hétérotrophes Benabdallah.S DCE/M

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vie survie et mort des bactéries dans l’eau
vie survie et mort des bactéries dans l’eau

Pathogènes

Peuvent survivre + ou – longuement mais jamais se multiplier

survivre + ou – longuement mais jamais se multiplier Indicateurs de pollution Ex : E Coli

Indicateurs de pollution

Ex : E Coli :

survivent + ou – durablement

Bactéries hétérotrophes

Appartiennent à plusieurs espèces et groupes donc impossible à classifier dans ce sens

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caractéristiques des micro-organismes
caractéristiques des micro-organismes

Persistance dans l ’eau

dès qu’ils quittent l ’organisme hôte les µorg pathogènes perdent graduellement de leurs vitalité et de leur pouvoir infectant . Leur persistance dans l’eau dépend de plusieurs facteurs comme la température, les UV…

dose infectante

en général dans l ’eau les pathogènes sont très dispersés

valeur guide

les pathogènes ne sont pas en solution mais sous forme de particules séparées les pathogènes sont agglomérés et s ’attachent aux solides en suspension la relation des doses à effet des pathogènes n ’est pas cumulative ect

aux solides en suspension la relation des doses à effet des pathogènes n ’est pas cumulative

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infections d ’origine hydrique
infections d ’origine hydrique

les germes pathogènes ont le pouvoir de s ’implanter, de se multiplier chez l ’homme et de produire des troubles

dans le cas des maladies hydriques les agents contaminateurs proviennent habituellement du tube digestifs de l ’homme ou de l ’animal et sont éliminés principalement dans les matières fécales

pour déclencher une infection intestinale aigue, le micro- organisme doit coloniser le tube digestif et à des doses ingérées infectieuses

le tube digestif et à des doses ingérées infectieuses Maladies / troubles / signes cliniques Benabdallah.S
le tube digestif et à des doses ingérées infectieuses Maladies / troubles / signes cliniques Benabdallah.S

Maladies / troubles / signes cliniques

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Les micro-organismes pathogènes de l ’eau M a la d i e s A g
Les micro-organismes pathogènes de l ’eau
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Le contrôle bactériologique obligatoire et indispensable Benabdallah.S DCE/M

Le contrôle bactériologique obligatoire et indispensable

Le contrôle bactériologique obligatoire et indispensable Benabdallah.S DCE/M

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nécessité du contrôle bactériologique
nécessité du contrôle bactériologique

parmi tous les critères physiques, chimiques et microbiologiques qui permettent de juger si une eau est potable , les critères bactériologiques sont indispensables.

l ’eau destinée à la consommation humaine ne doit pas contenir de micro-organismes pathogènes, agents d ’infections humaines redoutables

la grande majorité de ces µorg nocifs diffusent dans l ’environnement aquatique par l ’intermédiaire de souillures fécales humaines ou animales.

dans l ’environnement aquatique par l ’intermédiaire de souillures fécales humaines ou animales. Benabdallah.S DCE/M

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nécessité du contrôle bactériologique
nécessité du contrôle bactériologique

Les µorg pathogènes pour l ’homme, susceptible de souiller l ’eau de boisson sont par exemple :

les salmonelles, les vibions cholériques, Yersinia entérovirus giardia kystes amibiens

Ces µorg sont difficiles à mettre en évidence dans l ’eau car ils sont peu nombreux et parce que la souillure n ’est le plus souvent qu ’intermittente

car ils sont peu nombreux et parce que la souillure n ’est le plus souvent qu

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nécessité du contrôle bactériologique
nécessité du contrôle bactériologique

Les µorg pathogènes sont difficiles à mettre en évidence dans l ’eau car ils sont peu nombreux et parce que la souillure n ’est le plus souvent qu ’intermittente

la souillure n ’est le plus souvent qu ’intermittente ces agents pathogènes sont d ’origine fécale
la souillure n ’est le plus souvent qu ’intermittente ces agents pathogènes sont d ’origine fécale

ces agents pathogènes sont d ’origine fécale

ces agents pathogènes sont d ’origine fécale nécessité de trouver des germes plus facile à rechercher

nécessité de trouver des germes plus facile à rechercher et ayant la même origine fécale

plus facile à rechercher et ayant la même origine fécale germes témoins de contamination fécale leur

germes témoins de contamination fécale

leur présence dans l’eau : doute sur la potabilité

(en général, ces

germes accompagnent les germes pathogènes )

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germes témoins de contamination fécale
germes témoins de contamination fécale

Les µorg les plus représentatifs sont :

fécale Les µorg les plus représentatifs sont : les coliformes totaux les coliformes fécaux ou

les coliformes totaux les coliformes fécaux ou thermotolérants les streptocoques fécaux

fécaux ou thermotolérants les streptocoques fécaux grande importance sanitaire spécificité et une

grande importance sanitaire spécificité et une sensibilité différente

sanitaire spécificité et une sensibilité différente recherche simultanée permet une meilleure interprétation

recherche simultanée permet une meilleure interprétation des résultats

permet une meilleure interprétation des résultats NB. L ’analyse est complétée généralement par la

NB. L ’analyse est complétée généralement par la recherche de BHR (37°C et 22°C)

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Choix des germes témoins de contamination fécale en fonction de leurs exigences
Choix des germes témoins de contamination fécale en fonction de
leurs exigences

les études devraient établir la relation qui existe entre un indicateur, sa nature, son taux et la probabilité d ’apparition d ’infections dans une population

épidémiologique :

écologique :

doit être spécifique d ’une contamination fécale, et être toujours absent d ’un environnement non pollué. Doit exister avec d ’autres germes et être sensible son taux doit être élevé , plus que celui des pathogènes

bactériologique :

il doit être plus résistant aux désinfectants que les pathogènes. Il sera incapable de se multiplier dans l ’eau

taxonomique :

il doit être parfaitement reconnu et classé en tant qu ’espèce selon les critères bactériologiques en cours

techniques :

doit être facile à détecter, rapidement et au moindre coût. Doit être capable d se X°sur des milieux usuels sélectifs ou non doit être identifiable sans ambiguîté à l ’aide de réaction ou de tests simple. (Cf. techniques)

être identifiable sans ambiguîté à l ’aide de réaction ou de tests simple. (Cf. techniques) Benabdallah.S

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les coliformes totaux
les coliformes totaux

Ceux sont des Enterobacteriacea bacille GRAM négatif non sporulés oxydase négative aérobies ou anaérobies facultatif capable de se multiplier en présence de sels biliaires capables de fermenter le lactose avec production d ’acide et gaz en 48 heures à une température de 35 à 37°C

il existe dans ce groupe des bactéries d ’origine fécale et des bactéries d ’origine non fécale

limite l’utilité de ce groupe comme indicateurs de pollution fécale

d ’origine non fécale limite l’utilité de ce groupe comme indicateurs de pollution fécale Benabdallah.S DCE/M

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les coliformes fécaux
les coliformes fécaux

Ceux sont des Enterobacteriacea bacille GRAM négatif non sporulés oxydase négative aérobies ou anaérobies facultatif capable de se multiplier en présence de sels biliaires capables de fermenter le lactose avec production d ’acide et gaz en 48 heures à une température de 41 à 44°C ( germes thermotolérants)

exclusivement d ’origine fécale

germes thermotolérants) exclusivement d ’origine fécale groupe le plus important comme indicateurs de pollution

groupe le plus important comme indicateurs de pollution fécale

le plus important comme indicateurs de pollution fécale l ’identification poussée des espèces est importante,
le plus important comme indicateurs de pollution fécale l ’identification poussée des espèces est importante,

l ’identification poussée des espèces est importante, elle permet de classer ces CF selon leur origine

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classification traditionnelle des coliformes d ’origine fécale
classification traditionnelle des coliformes d ’origine fécale

Genre

espece

remarque

Escherichia

 

E.Coli

 

Klebsiella

K.

pneumoniae

rare

K.

oxytoca

Enterobacter

E.

cloacae

E.

aerogenes

rare

Citrobacter

C.

freundi

C.

koseri

C.

amalonatica

seul un petit nombre de genre et d ’espèces sont répertoriés dans ce tableau

en réalité les données taxonomiques modernes (nouvelles techniques de biologie) montrent que ce nombre est beaucoup plus élevé : + de 50 espèces

(nouvelles techniques de biologie) montrent que ce nombre est beaucoup plus élevé : + de 50

Benabdallah.S

DCE/M

classification moderne des coliformes d ’origine fécale C o l i f o r m
classification moderne des coliformes d ’origine fécale
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les streptocoques fécaux
les streptocoques fécaux

on distingue 2 genres streptococcus enterococcus témoins plus résistants E.Coli ceux sont des germes témoins de contamination fécale ils se multiplient rarement dans l ’eau indicateurs supplémentaires de l ’efficacité du traitement

supplémentaires de l ’efficacité du traitement groupe indicateurs supplémentaires pour des résultats

groupe indicateurs supplémentaires pour des résultats douteux pour les CF

supplémentaires pour des résultats douteux pour les CF les SF étant trés résistants à la dessiccation

les SF étant trés résistants à la dessiccation ils peuvent être utile pour les contrôles à la suite de la pose de nouvelles canalisations ou lorsque des réparations ont été effectuées dans le réseau

la pose de nouvelles canalisations ou lorsque des réparations ont été effectuées dans le réseau Benabdallah.S

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les clostridiums sulfito-réducteurs
les clostridiums sulfito-réducteurs

appelés aussi : Cl anaérobies sulfito-réductrice ou Cl perfringens est habituellement pris en compte dans les réglementations destinées à garantir la potabilité des eaux ne sont pas d ’origine exclusivement fécale les spores de Cl survivent dans l ’eau (+ que les CF) ils résistent à la désinfection (+ que les CF ou SF)

ils résistent à la désinfection (+ que les CF ou SF) groupe indicateurs supplémentaires pour des

groupe indicateurs supplémentaires pour des résultats douteux pour les CF et SF capables d ’indiquer une pollution intermittente ou à distance OMS ne recommande pas de faire leur recherche en routine

OMS ne recommande pas de faire leur recherche en routine les Cl étant résistants à la

les Cl étant résistants à la désinfection, leur présence dans les eaux désinfectées peut indiquer un traitement déficient et que des pathogènes ont pu également survivre

peut indiquer un traitement déficient et que des pathogènes ont pu également survivre Benabdallah.S DCE/M

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les bactéries hétérotrophes revivifiables
les bactéries hétérotrophes revivifiables

appelés aussi : germes totaux 2 types fondamentaux

les germes saprophytes qui se développent à 22°C (ge rmes spécifiques à l ’eau) les germes dits « pathogènes » qui se multiplient à 37°C (germes d ’origine fécale, se X°à 37°C)

à 37°C (germes d ’origine fécale, se X°à 37°C) le dénombrement des bactéries est souvent considéré

le dénombrement des bactéries est souvent considéré comme accessoire comparativement aux autres tests donnent une indication sur la salubrité général du milieu

donnent une indication sur la salubrité général du milieu une seule numération des BHR est non

une seule numération des BHR est non significative c ’est la comparaison des chiffres obtenus sur des échantillons de la même eau prélevée à des moments différents de l ’année dans des conditions différentes peut apporter des éléments d ’appréciation sur la protection de la nappe ou du réseau de distribution

apporter des éléments d ’appréciation sur la protection de la nappe ou du réseau de distribution

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Devenir des bactéries du milieu hydrique lors des étapes de traitement Benabdallah.S DCE/M

Devenir des bactéries du milieu hydrique lors des étapes de traitement

Devenir des bactéries du milieu hydrique lors des étapes de traitement Benabdallah.S DCE/M

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DCE/M

Les caractéristiques propres aux microorganismes
Les caractéristiques propres aux microorganismes

tendance à se fixer, à décanter à s’agréer ….

va jouer un rôle très important dans leur devenir

La paroi des bactéries (même les virus) chargée négativement permet la neutralisation des bactéries au cours de la coagulation /floculation par les colloïdes amenés par le traitement

/floculation par les colloïdes amenés par le traitement une grosse partie des bactéries est donc éliminée

une grosse partie des bactéries est donc éliminée dés les premiers traitement : décantation – coagulation et floculation

Remarque : en ce qui concerne les parasites l’effet mécanique de la filtration est nettement plus important que pour les bactéries et les virus étant donnée la taille des protozoaires

plus important que pour les bactéries et les virus étant donnée la taille des protozoaires Benabdallah.S

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mode d ’action des oxydants
mode d ’action des oxydants

le mode d ’action est très mal connu car il y a un grand nombre de

variables interférentes

nature de la cible de la concentration de l ’oxydant et du temps de contact des conditions expérimentales

mécanisme d ’inactivation des bactéries

Le mécanisme peut s ’opérer sur les différentes structures :

la membrane cytoplasmique (cible préférentielle), augmentation de la perméabilité cellulaire, pénétration de l ’oxydant vers le cytoplasme

-

le enzymes intervenant dans le cycle respiratoire

les acides nucleiques (ADN et ARN)

- le enzymes intervenant dans le cycle respiratoire les acides nucleiques (ADN et ARN) Benabdallah.S DCE/M

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résistance des micro-organismes aux oxydants
résistance des micro-organismes aux oxydants

La désinfection a pour ambition d ’inactiver les micro-organismes pathogènes

la résistance de certains micro-organismes aux désinfectants dépend de nombreux facteurs :

la température la nature de l ’organisme son état physique ou physiologique (fixé, libre …)

les bactéries sont plus sensibles aux désinfectants que les virus

les virus sont plus sensibles aux désinfectants que les kystes de protozoaires pathogènes comme giardia ou cryptosporidium

les µorg fixés sur un support sont + résistants aux désinfectants que les µorg libres

les µorg fixés sur un support sont + résistants aux désinfectants que les µorg libres Benabdallah.S

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Méthodes d’étude des bactéries Benabdallah.S DCE/M

Méthodes d’étude des bactéries

Méthodes d’étude des bactéries Benabdallah.S DCE/M

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méthodes d ’étude des bactéries au laboratoire
méthodes d ’étude des bactéries au laboratoire

Dans le but de connaître la forme, le métabolisme, la structure des bactéries … plusieurs techniques de plus en plus perfectionnées sont employées

Microscopie photonique

plus perfectionnées sont employées Microscopie photonique Culture des bactéries au laboratoire Microscopie

Culture des bactéries au laboratoire

Microscopie électronique

Au laboratoire techniques d ’isolement , d ’identification et de conservation des souches

, d ’identification et de conservation des souches technique de la membrane filtrante technique du nombre

technique de la membrane filtrante technique du nombre le plus probable technique d ’incorporation en gélose technique d ’identification des entérobacteriacea par le système API 20 E

en gélose technique d ’identification des entérobacteriacea par le système API 20 E Benabdallah.S DCE/M

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étude des bactéries grâce au microscope
étude des bactéries grâce au microscope

Microscope photonique

observation à l ’état frais :

une seule observation est possible avec l ’objectif X100 . Les bactéries sont montées entre lame et lamelles avec un liquide physiologique par exemple. Elle concerne la mobilité et la non mobilité des bactéries. Il n ’est pas possible de distinguer la forme

observation d ’un frottis :

les bactéries sont séchées et fixées sur une lame puis colorées 2 types de coloration coloration simple : ex bleu de méthylène coloration complexe : coloration spécifique ou coloration de GRAM . On peut distinguer les colonies roses : Gram - et les colonies violet : Gram +

Microscope électronique

Technique qui nécessite une préparation préalable fixation coupe ultra fine

une préparation préalable fixation coupe ultra fine visualisation de la structure interne et externe

visualisation de la structure interne et externe

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Examen des bactéries au microscope
Examen des bactéries au microscope

Le microscope est un instrument fondamental dans l'étude des bactéries.

Cette technique fut déterminante dans l'étude et l'identification des bactéries. La préparation est d'abord déposée sur une lame de verre, puis colorée après séchage pour être plus facile à observer.

Les colorations utilisées peuvent avoir une relative spécificité.

Le microscope électronique, grâce à ses grossissements beaucoup plus importants que ceux des microscopes ordinaires, a aussi constitué un progrès considérable.

plus importants que ceux des microscopes ordinaires, a aussi constitué un progrès considérable. Benabdallah.S DCE/M

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Coloration de gram
Coloration de gram
Coloration de gram La méthode de coloration mise au point par Hans Christian Gram (1853- 1938)

La méthode de coloration mise au point par Hans Christian Gram (1853- 1938) permet de distinguer deux types fondamentaux de bactéries : celles dont la paroi est épaisse (comme Lactobacillus acidophilus qui apparaît ici en bleu foncé), ou bactéries Gram positives, et celles dont la paroi est très mince, les Gram négatives.

foncé), ou bactéries Gram positives, et celles dont la paroi est très mince, les Gram négatives.

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étude des bactéries grâce à la culture au laboratoire
étude des bactéries grâce à la culture au laboratoire
étude des bactéries grâce à la culture au laboratoire l ’étude des bactéries a connu son

l ’étude des bactéries a connu son plein essor à partir du moment ou furent mises au point les techniques d ’isolement au laboratoire

mises au point les techniques d ’isolement au laboratoire découverte des milieux de culture liquide et

découverte des milieux de culture liquide et solide

découverte des milieux de culture liquide et solide les milieux de culture liquides ou solides contiennent

les milieux de culture liquides ou solides contiennent des substances nutritives indispensables à la croissance des bactéries

les milieux liquides sont réparti dans des tubes les milieux solides sont réparti dans des boites de pétri

la croissance des bactéries se manifeste par un trouble du milieu liquide et par la présence de colonies caractéristiques dans le cas des milieux solides

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les milieux de culture
les milieux de culture

Leur composition varie en fonction du but que l ’on veut atteindre (mettre en évidence tel ou tel germe) et des besoins que requiert la bactérie

milieu d ’isolement : mise au point de milliers de milieux de culture empiriques.ces milieux de culture sont commercialisées mise au point de milliers de milieux de culture empiriques.ces milieux de culture sont commercialisées sous forme de poudre

de culture sont commercialisées sous forme de poudre ex : le bouillon nutritif milieu simple très
de culture sont commercialisées sous forme de poudre ex : le bouillon nutritif milieu simple très

ex : le bouillon nutritif

milieu simple très riche en composants nutritif, très utilisé en analyse bactériologique

extrait de viande de bœuf peptone trypsique chlorure de sodium

milieu sélectif ou d ’enrichissementviande de bœuf peptone trypsique chlorure de sodium il s ’agit de milieux qui favorisent la

il s ’agit de milieux qui favorisent la multiplication de telle ou telle bactérie en mettant dans le milieu des nutriments « spécifiques » de la bactérie ou en mettant un inhibiteur chimique.

ex : le tergitol 7 TTC

milieu simple qui permet la recherche des bactéries coliformes

tergitol 7 , a un effet bactéricide sur les germes GRAM - le TTC permet la reconnaissance rapide des colonies jaune avec halo jaune

milieux qui servent à mettre en évidence 1 ou plusieurs propriétés chez les bactéries ex : Kligler pour la recherche de la fermentation d ’un sucre. Actuellement les galeries de type API 20E, système perfectionné est de plus en plus utiliséle TTC permet la reconnaissance rapide des colonies jaune avec halo jaune milieu d ’identification :

milieu d ’identification :

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culture des bactéries
culture des bactéries
culture des bactéries Les bactéries peuvent être cultivées en milieu liquide, dans un flacon — dans

Les bactéries peuvent être cultivées en milieu liquide, dans un flacon — dans ce cas, elles se dispersent dans le milieu , ou sur milieu solide,

généralement une boîte de Petri, comme sur cette photographie.

le milieu , ou sur milieu solide, généralement une boîte de Petri, comme sur cette photographie.

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Présence des bactéries dans l’eau
Présence des bactéries dans l’eau

Vie et présence Des bactéries

Se manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules

manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules Trouble du milieu
manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules Trouble du milieu
manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules Trouble du milieu

Trouble du milieu

manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules Trouble du milieu
manifeste par : augmentation de la taille mais aussi du nombre de cellules Trouble du milieu

Colonies

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Le prélèvement en bactériologie Benabdallah.S DCE/M

Le prélèvement en bactériologie

Le prélèvement en bactériologie Benabdallah.S DCE/M

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le prélèvement en bactériologie on dit très souvent : l’analyse commence au prélèvement . L’importance
le prélèvement en bactériologie
on dit très souvent : l’analyse commence au prélèvement . L’importance
de l ’échantillonnage est capitale :
a quoi serviraient les efforts prodigués pour avoir des moyens analytiques
fiables , précis et reconnus si l ’échantillon est contestable ou si le résultat
ne peut être relié de façon sûre à la matière d ’origine dont on recherche les
caractéristiques ???
le prélèvement bactériologique est très important car il faut veiller à ce que les
échantillons soient le plus représentatifs
trois types de questions se posent :
quelles précautions prendre pour que le prélèvement destiné à l’analyse
soit correctement représenté ??
Comment éviter que l ’échantillon soit modifié avant son arrivée au
laboratoire ??
Benabdallah.S
Quelles informations doivent être consignées par écrit pour s ’assurer de
la réponse aux deux questions précédentes ??
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Précautions à prendre I - Flacons de prélèvements
Précautions à prendre
I -
Flacons de prélèvements

- les flacons en verre ou en matière plastique conviennent

- le lavage et rinçage des flacons ne doit pas laisser de résidu toxique ou inhibiteur pour les bactéries

- le volume l plus fréquent est 500 mL

- le bouchon doit être parfaitement étanche et ne doit pas fuir sous la pression

stérilisation par la chaleur :

- l ’autoclavage (121°C, 20 minutes en vapeur humide) - le chauffage en chaleur sèche pendant 1 heure et demi à 2 heures à 175°C est le plus commode pour la verrerie vide

CQA :

- un CQA permettant d ’assurer le lavage adéquat et la bonne stérilisation doit être effectué

- un CQA permettant d ’assurer le lavage adéquat et la bonne stérilisation doit être effectué

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Prélèvement au robinet
Prélèvement au robinet

- les conditions d ’asepsie maximum doivent être assurées : propreté des mains, protection contre les courants d ’air, protection contre les éclaboussures…

- aucune souillure ne doit aller de la surface externe du robinet vers l ’échantillon d ’eau : enlever les saletés, les brises jets

- un flambage du robinet assure une désinfection externe

- laisser couler l’eau en débit maximum pendant 5 à 10 secondes puis laisser couler à débit moyen pendant 2 à 3 minutes puis faire le prélèvement.

- ne pas remplir au maximum le flacon, le 1/4 doit rester vide pour pouvoir effectuer une agitation avant analyse

- le rebouchage doit être immédiat et ne pas se servir du flacon pour faire les autres paramètres sur place (T°, pH…)

être immédiat et ne pas se servir du flacon pour faire les autres paramètres sur place

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prélèvement dans les puits et forages
prélèvement
dans les puits et forages

connaître la nappe :

il faut d ’abord remplacer l ’eau du puits par l ’eau de nappe, aussi, il faut faire un pompage prolongé. La législation préconise 30 heures au début d ’utilisation du puits. Il faut obtenir 2 ou 3 renouvellement du volume dans le puits au minimum avant de prélever par immersion d ’un flacon lesté

qualité de l ’eau chez l ’usager :

cette qualité ne dépend pas de la qualité de la nappe car des modifications microbiologiques prennent place dans le puits lui même. Par ailleurs des contaminations externes ( oiseaux ruissellement, rongeurs, seaux …) peuvent survenir si des précautions ne sont pas prises

les flacons lestés qui sont utilisés sont stérilisés ( flacons +lest + corde) sont stérilisés

RemarqueRemarque : si les puits ou forage sont équipés d ’une pompe de refoulement, le prélèvement est réalisé comme décrit pour un robinet

équipés d ’une pompe de refoulement, le prélèvement est réalisé comme décrit pour un robinet Benabdallah.S

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prélèvement dans les lacs, rivières, mer…usées
prélèvement
dans les lacs, rivières, mer…usées

L’une des principales sources de variation tient à l ’absorption préférentielle des particules sur les particules fines.

Les praticiens recommandent de plonger le flacon de prélèvement col vers le bas jusqu ’a 20 à 30 cm sous la surface puis de le redresser pour présenter le col vers l ’amont

le flacon est maintenu en général à contre courant

remarque :

pour le prélèvement des eaux usées, il est en général recommandé d ’utiliser des gants stériles et ce pour éviter la contamination du préleveur

recommandé d ’utiliser des gants stériles et ce pour éviter la contamination du préleveur Benabdallah.S DCE/M

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fiche de prélèvement
fiche de prélèvement

le prélèvement est toujours accompagné d ’une fiche de renseignement qui indique

la localité ou lieu de prélèvement le point spécifique de prélèvement nature de l ’eau l ’origine date et heure du prélèvement nom du préleveur

et tous les résultats des PSP (température, pH…)

observations ou anomalie notées sur le lieu du prélèvement

des PSP (température, pH…) observations ou anomalie notées sur le lieu du prélèvement Benabdallah.S DCE/M

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Transport et conservation des échantillons Benabdallah.S DCE/M

Transport et conservation des échantillons

Transport et conservation des échantillons Benabdallah.S DCE/M

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transport des échantillons
transport des échantillons

l ’analyse bactériologique doit être commencée le plus rapidement possible après le moment ou l ’eau est prélevée dés la mise en flacon des phénomènes se produisent qui vont modifier sa teneur originelle en germes

la température

Le prélèvement a une charge originelle en germes, avec l ’augmentation de la température, les bactéries exigeant une T°élevée po ur se X°et se développer au dépend des autres germes (ex: E.Coli). Le nombre d ’E.Coli va augmenter rapidement, alors que les bactéries saprophytes vont voir leur nombre baisser

pour éviter tous ces phénomènes majeurs, il faut bloquer en maintenant l ’eau prélevée à une température telle qu ’aucune X°de germ es ne sera possible

la température conseillée est de +4°C les échantillons peuvent être mis dans des glaciaires jusqu ’à arrivée au laboratoire

l ’analyse au labo doit être fait le + rapidement au maximum 24 heures après le prélèvement

l ’analyse au labo doit être fait le + rapidement au maximum 24 heures après le

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Conservation des échantillons
Conservation des échantillons

la température de conservation conseillée est de +4°C les échantillons peuvent être mis dans des glaciaires jusqu ’à arrivée au laboratoire Veillez a ne pas contaminer l’échantillon

l ’analyse au labo doit être fait le + rapidement au maximum 24 heures après le prélèvement

l ’analyse au labo doit être fait le + rapidement au maximum 24 heures après le

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Conservation des échantillons
Conservation des échantillons

il faut que l ’échantillon soit le plus représentatif du milieu, les changements à l ’intérieur de l ’échantillon doivent être réduits au maximum

pour tous les types d ’eau traitée, naturelle, usée … l ’échantillon destinée à l ’analyse bactériologique ne doit pas être congelé

les échantillons doivent être maintenus à une température basse de 4°C environ ( réfrigérateur pour la voiture)

les analyses doivent commencer le plus tôt possible, immédiatement à l ’arrivée de l ’échantillon au laboratoire

chaque retard doit être pris en compte dans l ’interprétation des résultats et signalé dans le rapport

retard doit être pris en compte dans l ’interprétation des résultats et signalé dans le rapport

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Les techniques d’isolement et d’identification des bactéries Benabdallah.S DCE/M

Les techniques d’isolement et d’identification des bactéries

Les techniques d’isolement et d’identification des bactéries Benabdallah.S DCE/M

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les techniques d ’isolement
les techniques d ’isolement

utilisation de méthodes normalisées normes marocaines normes françaises normes ISO…

méthodes utilisées sont différentes selon le type d ’eau à analyser méthode de la membrane filtrante pour les eaux claires, potables, traitées méthode du nombre le plus probable pour les échantillons chargés en MO, eau trouble, eau brute, eau usées

ces méthodes ont chacune ses avantages et ses inconvénients

ceux sont des méthodes simples employées universellement

méthodes avec 2 tests : présomptifs et confirmatifs

méthodes employant des milieux de culture liquides et solides

tests : présomptifs et confirmatifs méthodes employant des milieux de culture liquides et solides Benabdallah.S DCE/M

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méthode de la membrane filtrante
méthode de la membrane filtrante

Méthode qui consiste à filtrer un volume déterminé de l ’échantillon à travers une membrane de 0, 45 µm de porosité toutes les bactéries présentent sont retenues à la surface de la membrane cette membrane est ensuite mise sur des milieux de culture gélosé approprié incubation des boites aux températures différentes selon les germes recherchés

Entonnoir réservoir Membrane filtrante Plaque poreuse Support métallique Robinet Bouchon en caoutchouc Fiole à
Entonnoir réservoir
Membrane filtrante
Plaque poreuse
Support métallique
Robinet
Bouchon en caoutchouc
Fiole à vide
Vide
filtrante Plaque poreuse Support métallique Robinet Bouchon en caoutchouc Fiole à vide Vide Benabdallah.S DCE/M

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méthode du nombre le plus probable
méthode du nombre le plus probable

Méthode statistique

Méthode qui consiste à ensemencer un volume déterminé d ’échantillon ou ses dilutions dans des tubes contenant des milieux appropriés

on place ensuite ces tubes à l ’étuve à des températures différentes selon les germes recherchés

toutes les bactéries éventuellement présentes sont révélés par des propriétés caractéristiques qui leur sont propres

exemple pour les coliformes , leur présence est révélée par la présence du trouble du milieu et la présence de gaz dans la cloche

on compte le nombre de séries de tubes positifs et le nombre de séries de tubes négatifs et on obtient les résultats en extrapolant sur une table statistique appelée : table de MAC CRADY

et on obtient les résultats en extrapolant sur une table statistique appelée : table de MAC

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méthode d ’incorporation en gélose
méthode d ’incorporation en gélose

Méthode qui est utilisée pour tous les types d ’eau

méthode qui permet de faire un dénombrement des bactéries vivantes sans faire de distinction entre les différentes espèces

cette méthode permet de dénombrer les bactéries vivantes mais celles qui arrivent à se X°sur gélose seulement

elle s ’effectue en déposant sur une aliquote d ’un échantillon dans une boite de pétri à laquelle est ajouté de la gélose nutritive maintenue liquéfiée à environ 45 °C.

La boite de pétri est ensuite agitée doucement afin de répartir uniformément les bactéries dans tout le volume de milieu disponible

la boite de gélose est laissée à refroidir sur une surface et ensuite incubées à une température de 22°C et à 37°C pendant 24 et 72H

le nombre de colonies est compté et les résultats sont exprimés en UFC/mL

pendant 24 et 72H le nombre de colonies est compté et les résultats sont exprimés en

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