LISER

pourquoi, quoi, quelles chelles, comment ?

par
les interactions plantes climat -

ne

Michal Chelle
UMR1091 Environnement et grandes cultures (INRA, AgroParisTech)

chelle@grignon.inra.fr

Forum des labos

15 novembre
2012
Forum
des labos
Centre
de Versailles-Grignon
15
novembre
2012

ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT

MODELe

Reprsentation

idaLISER
MODE(le ida)LISER
MODELISER !

Un modle est
une reprsentation simplifie,
une abstraction de la ralit pour

mesurer !

mesurer

(Chelle, 2005 ; Chelle et al., 2010 ; Saudreau et al., 2007)

Un modle est
une reprsentation simplifie,
une abstraction de la ralit pour

mesurer

comprendre

dissquer
(hypothses)

prdire

synthtiser
(intgration)

transmettre

Cest quoi ?

variables
dentre

x1
x2
x3
.
.
.
xn

rtroaction

paramtres
p1 p2 pl

modle

Y1
.
.
.
ym

cognitif mathmatique informatique

statistique (corrlation) mcaniste
bote noire spcialis versus gnrique
combinaison de sous-modles (modules)

variables
de sorties

Cest quoi ?

expriment

Cycle de modlisation
Modlisation

erreurs de
conception

Modle formel

Implmentation

ralit

Modle-outil

EXPRIMENTATIONS
valeurs
gammes

validation

Analyse
des rsultats

Simulation

pas de sensibilit

Plan
dexprience

(J.C. Souli, HDR, 2012)

Quel objet ?

Tous les objets - voir les exposs suivants

(Klipp et al., 2007)

Importance de lobjectif, de la mthode, des chelles retenues

Quelles
chelles ?

Dynamique des ravageurs

INTERACTIONS

observer ?
Quelle chelle est pertinente pour

comprendre ?

prdire ?

Quelles
chelles ?

Interactions

Quelles
chelles ?

Comprendre les interactions

organisme-environnement ?

environnement

individu
population

Couvert, plante ou organe :

quelle chelle pertinente dtude ?

Quelles
chelles ?

Pour tudier les changes

au sein du couvert vgtal

Du point de vue de la plante

Topologie

Couvert
-> plante
-> organes interagissants

Du point de vue de lenvironnement

Proximit spatiale

Couvert
-> voxel
-> organes proches

Quelles
chelles ?

Thorie de la hirarchie
Les niveaux infrieurs
fournissent des explications
mcanistes : pourquoi ?
Les niveaux plus levs
procurent les contraintes : et
alors ?
3 niveaux minimum :
Contraintes (significativit)
Niveau dattention
(niveau

(from Dr. Thomas M. Gehring,

dintrt)

Composants (explication)

Quelles
chelles ?

Cohrence

Hte
zone climatique

paysage
couvert
organe

Contraintes

Niveau
dattention
Composants

Quelles
chelles ?

Approches lchelle
du couvert vgtal

Approche corrlative : relier maladies et

variables climatiques (temprature de lair, humidit)

Efficacit
Problme de robustesse extrapolation (Chgt Clim.)
Faible sensibilit e.g. architecture du couvert vgtal

Approche mcaniste : intgrer les interactions

pathognes/organes/phylloclimat au couvert vgtal
Du msoclimat au phylloclimat
Concept cologique de norme de raction
Intgration: faire face la complexit
bonne sensibilit e.g. architecture du couvert

Quelles
chelles ?

Quelle chelle climatique ?

Le climat peru au niveau des organes malades

diffre du climat moyen de la masse dair
Leaf temperature vs Air temperature (weather-station)
32

30

Wheat,
Grignon, 2010

Leaf temperature

28
Air temperature
(weather station)

26
Temperature <C>

24
22
20
18
16
14
12
10

Example of sunny day

8
0

10

12
Hour

14

16

18

20

22

24

Thse de Frdric Bernard 10/12/1012 - Paris

Quelles
Interactions pathognes/organes/phylloclimat
chelles ?
Etablir la rponse de linteraction pathogne/plante
aux variables de lenvironnement

Concept cologique de
norme de raction :
Utile pour analyser
plasticit & adaptation
Environmental variable e.g. temperature

Environmental variable e.g. temperature

(F. Bernard, thse, 2012)

Quelles
chelles ?

Intgrer les normes de raction

Effet de la temprature sur le dveloppement

de la mineuse du pommier, Phyllonorycter blancardella

(Pincebourde et al., 2007, IRBI )

Quelles
chelles ?

Aller vers le plus petit => mcaniste / gnricit

?
Beaujard
et al,
2000

Drouet, 2003

Espaa et al, 1999

Espaa et al, 1999

Mais complexit => insoluble, incompltude.

Simuler ?
Modlisation

Modle formel

Implmentation

Modle-outil

Analyse
des rsultats

Simulation

Plan
dexprience

(JC. Souli, HDR, 2012)

Simuler?

Rgulation du tallage du bl par le R:FR

Hypothtiques lois de rponse locales

Modle de radiosit mixte

coupl ADEL-wheat

(Evers et al., 2007)

Simuler ?

Sensibilit

One at a time!

Allaire D. and Willcox K. 2012.

Reliability Engineering and System Safety 107: 107.

http://reseau-mexico.fr/

- Mthodes pour lexploration informatique

des modles complexes

Comment ?

Approche artisanale
qualit

Approche industrielle
efficacit

e.g. squenage des gnomes

Comment ?

Exemple des modles FSPM

Function-Structure Plant Model : plus de 10 ans de recul

Accumulation dexpertise dans la construction des modles-cls du dveloppement de la
plante (lumire, photosynthse, absorptions racinaire, ramification, transpiration, ...)

Trop de temps et d'efforts pour modliser du fait du mode artisanal

Partir de pratiquement rien pour dvelopper un FSPM ddi une question donne
Plus de temps consacr aux questions informatiques quaux questions de biologie vgtale
Difficults pour transmettre les savoirs-faire

Trop peu de rutilisation et de partage

hypothses caches, approches et langages spcifiques, codes sources et docs indisponibles
Des questions ouvertes complexes:
Comment et jusquo peut on modulariser la description dune plante ?
Comment simplifier un modle de plante par le multichelle (temps, espace, fonction)
Quel est le niveau de dpendance dun module un modle de plante donne?

Acclrer les processus de modlisation / science et innovation

Augmenter le partage et la rutilisation
Besoin de formalismes pour pouvoir faire cela !

Comment ?

Nature Biotechnology (2007) 25: 390

Simulation Experiment Description

Markup Language

ONTOLOGIE

Comment?

Plateformes de modlisation collaborative

Exemple pour la modlisation des plantes dOpenAlea (INRIA-INRA)

Assemblage de composants-modules

Pradal & Godin, 2007

=> Favoriser leur usage: masse critique, ergonomie, cohrence, benchmarking

Comment ?

Dvelopper lAQR en modlisation/simulation !

Comment ?

Dvelopper linterdisciplinarit !
maths
biologie

physique

informatique
Oui, mais quel grain ?

Honnte homme
du XVIIe sicle

IMV , Saclay ?

Conclusion
Bernard Chazelle
Chaire Informatique et sciences numriques
Collge de France, Paris

Les algorithmes forment le langage naturel de la science du monde vivant, le

seul capable de rendre compte de sa complexite descriptive. Les algorithmes
restent bien sur
la simulation
rique mais ils constituent aussi
un puissant outil analytique
Le grand fi est que biologistes, physiciens et informaticiens travaillent
ensemble pour batir
la fois ducatifs et culturels.

Lalgorithmique est
le fondement des sciences du XXI

cle

M
E
R
C
I